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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10101 | 2025-10-07 |
Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection
2025-Mar-27, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6411
PMID:40145405
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研究论文 | 本研究探讨血管平滑肌细胞中PDE5A失活对主动脉瘤和夹层的影响机制 | 首次揭示血管平滑肌细胞特异性PDE5A缺失通过cGMP/PKG信号通路加剧主动脉瘤和夹层的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明血管平滑肌细胞中PDE5A在主动脉瘤和夹层发病机制中的具体作用 | 人类和小鼠主动脉组织、血管平滑肌细胞 | 病理生理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, western blotting, 免疫荧光, 免疫组织化学染色 | 基因敲除小鼠模型, 基因过表达小鼠模型 | 基因表达数据, 组织病理学图像, 蛋白质印迹数据 | 人类和小鼠主动脉组织样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10102 | 2025-10-07 |
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-Mar-25, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01137-1
PMID:40133495
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研究论文 | 介绍CellPhoneDB v5生物信息学工具包,用于从单细胞多组学数据推断细胞间通讯 | 扩展了配体-受体相互作用数据库,增加了约1000个非肽类配体介导的相互作用;引入了可根据实验设计定制查询的新方法;整合了空间转录组学和染色质可及性数据的新策略;新增了交互式可视化模块 | 需要基本的Python知识,协议执行时间约15分钟 | 开发改进细胞间通讯推断的生物信息学工具 | 单细胞多组学数据中的细胞间通讯 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学分析,空间转录组学,单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞基因组学数据,空间转录组学数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞多组学,空间转录组学,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
10103 | 2025-10-07 |
RBAD: the first database dedicated alterations of blood RNA in individuals with Alzheimer's disease and their clinical relevance
2025-Mar-25, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01165
PMID:40145964
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研究论文 | 开发首个专注于阿尔茨海默病患者血液RNA变化的数据库RBAD | 首个专门研究阿尔茨海默病血液RNA变化的网络分析平台,包含超过20,000个血液特征 | NA | 研究阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床相关性 | 阿尔茨海默病患者和小鼠模型的血液样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序, microRNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 1468个血液样本(包含人类和小鼠研究) | NA | bulk RNA-seq, microRNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
10104 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of the post-spinal cord injury dorsal root ganglia in cynomolgus monkeys: elucidation of the cellular immune microenvironment of the central nervous system
2025-Mar-25, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00974
PMID:40145972
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析食蟹猴脊髓损伤后背根神经节的细胞免疫微环境 | 首次对食蟹猴脊髓损伤后背根神经节进行全面的单细胞转录组分析,揭示了巨噬细胞亚群在轴突再生中的关键作用 | 研究仅针对食蟹猴模型,样本数量有限,需要进一步验证 | 阐明脊髓损伤后背根神经节免疫细胞微环境的变化及其对轴突再生的影响 | 食蟹猴脊髓损伤模型中的背根神经节和脊髓细胞 | 单细胞组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 食蟹猴中胸段挫伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10105 | 2025-10-07 |
EGFR-mediated local invasiveness and response to Cetuximab in head and neck cancer
2025-Mar-22, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02290-1
PMID:40121428
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研究论文 | 本研究通过功能基因图谱分析揭示了头颈癌中EGFR介导的局部侵袭基因调控网络及其与西妥昔单抗疗效的关系 | 首次构建了头颈癌局部侵袭基因调控网络(invGRN),发现INHBA和SNAI2作为核心枢纽,并证实SPHK1共抑制可增强西妥昔单抗的侵袭阻断效果 | 研究基于细胞3D模型和公共数据库,需要进一步临床验证 | 探索EGFR驱动头颈癌进展的分子网络机制,寻找联合治疗靶点和预测标志物 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)细胞系、患者来源异种移植模型(PDX)和R/M-HNSCC患者 | 癌症生物学 | 头颈癌 | RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光转换示踪技术 | 3D细胞模型 | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量,包含细胞模型、PDX模型和患者数据 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |
10106 | 2025-10-07 |
Sox9 and nuclear factor I transcription factors regulate the timing of neurogenesis and ependymal maturation in dopamine progenitors
2025-Mar-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204421
PMID:39995267
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研究论文 | 本研究探讨Sox9和核因子I转录因子在中脑多巴胺神经元前体细胞周期停滞和室管膜细胞成熟过程中的调控作用 | 首次揭示Sox9和核因子I转录因子在调控中脑多巴胺神经元前体细胞向G0期退出和室管膜细胞成熟时序中的关键作用 | 研究主要聚焦于胚胎发育阶段,对成年后这些细胞的长期功能需要进一步验证 | 阐明中脑多巴胺神经元前体细胞发育过程中细胞周期退出和分化的分子调控机制 | 中脑多巴胺神经元前体细胞和室管膜细胞 | 发育神经生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,条件性基因敲除 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 不同胚胎发育阶段的中脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10107 | 2025-10-07 |
Utilizing sc-linker to integrate single-cell RNA sequencing and human genetics to identify cell types and driver genes associated with non-small cell lung cancer
2025-Jan-23, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13525-1
PMID:39849454
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和人类遗传学数据,识别与非小细胞肺癌相关的细胞类型和驱动基因 | 使用sc-linker框架首次整合scRNA-seq、表观基因组SNP-基因映射和GWAS汇总统计数据,识别肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因 | 研究主要基于计算分析,需要实验验证来确认RAB31的功能作用 | 识别与非小细胞肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因 | 非小细胞肺癌患者和正常肺组织 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, GWAS, 表观基因组分析 | sc-linker框架, MAGMA | 单细胞RNA测序数据, GWAS汇总统计数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10108 | 2025-10-07 |
The multi-target mechanism of action of Selaginella doederleinii Hieron in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: a network pharmacology and multi-omics analysis
2025-01-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-83921-3
PMID:39747499
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研究论文 | 通过网络药理学和多组学分析探讨卷柏治疗鼻咽癌的多靶点作用机制 | 首次结合网络药理学、多组学分析和分子对接技术系统揭示卷柏治疗鼻咽癌的多靶点协同作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探索卷柏治疗鼻咽癌的作用机制 | 卷柏活性成分及其与鼻咽癌相关靶点的相互作用 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 网络药理学, WGCNA分析, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | 蛋白互作网络, 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据, 化合物靶点数据 | GSE53819数据集及多个数据库数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10109 | 2025-10-07 |
Discrepancies between human and murine model cerebral aneurysms at single-cell resolution
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1512938
PMID:40134579
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析比较人类与小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异 | 首次在单细胞分辨率系统比较人类与小鼠脑动脉瘤模型的细胞表型和分子特征差异 | 研究仅基于现有单细胞RNA测序数据集,缺乏实验验证 | 探究人类与小鼠脑动脉瘤模型在细胞和分子水平的差异 | 人类和小鼠模型的脑动脉瘤组织 | 单细胞组学 | 脑动脉瘤 | 单细胞RNA测序, 轨迹分析, 基因调控网络分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10110 | 2025-10-07 |
B-cell depletion limits HTLV-1-infected T-cell expansion and ameliorate HTLV-1-associated myelopathy
2024-Oct, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.52190
PMID:39186315
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和临床试验证明B细胞耗竭可限制HTLV-1感染T细胞的扩增并改善HTLV-1相关脊髓病 | 首次提出通过靶向B细胞治疗HAM的创新策略,揭示了HTLV-1感染B细胞并促进T细胞增殖的新机制 | 样本量有限(14例临床试验患者),需要更大规模研究验证疗效 | 探索HAM的发病机制并评估利妥昔单抗治疗HAM患者的疗效 | HTLV-1相关脊髓病患者的外周血单个核细胞和临床病例 | 单细胞测序分析 | HTLV-1相关脊髓病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据 | 14例HAM患者参与临床试验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10111 | 2025-10-07 |
An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae476
PMID:39367648
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研究论文 | 本研究通过改进组织制备和成像方案,评估其对基于深度学习的空间转录组学形态学推断性能的影响 | 首次从博弈论角度评估组织处理标准化对空间转录组学深度学习模型性能的边际效益 | 研究样本量有限(仅13例结直肠癌患者),需要更大规模验证 | 探索优化组织制备和成像方案对空间转录组学形态学推断模型性能的提升效果 | 13例病理T分期III期结直肠癌患者组织样本 | 数字病理 | 结直肠癌 | 空间转录组学,深度学习 | Inceptionv3 | 全切片图像 | 13例结直肠癌患者 | 10x Genomics, Leica | 空间转录组学 | Visium CytAssist, Leica Bond | Visium CytAssist检测,自动化苏木精-伊红染色,40×分辨率成像 |
10112 | 2025-10-07 |
An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium
2024-Sep, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01873-w
PMID:39198675
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研究论文 | 构建了一个高分辨率的人类子宫内膜单细胞参考图谱,整合了63位女性的单细胞转录组数据 | 首次创建了人类子宫内膜细胞图谱(HECA),识别了先前未报告的细胞类型,并通过空间转录组学进行原位定位验证 | 样本数量相对有限(63位女性),需要进一步扩大样本规模验证发现 | 建立人类子宫内膜的高分辨率单细胞参考图谱,研究子宫内膜生理和疾病机制 | 人类子宫内膜组织,包括患有和未患有子宫内膜异位症的女性 | 单细胞生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 313,527个细胞(单细胞数据集),312,246个细胞核(单核数据集),来自63位捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单核RNA-seq | NA | NA |
10113 | 2025-10-07 |
scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae134
PMID:39345754
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研究论文 | 开发了一个针对跨组比较优化的单细胞转录组学综合分析流程scDAPP | 首个专门针对跨组比较设计的自动化单细胞转录组分析流程,采用数据学习参数进行预处理并使用经过基准测试的软件 | NA | 开发标准化、自动化的单细胞转录组数据分析流程以解决跨组比较的复杂需求 | 单细胞或单核转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10114 | 2025-10-07 |
Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862
PMID:39149047
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析CHD8杂合脑类器官,揭示神经发育过程中的分子和网络紊乱 | 首次在脑类器官模型中系统研究CHD8单倍体不足对早期神经发育的影响,发现细胞组成变化和细胞间通讯紊乱 | 研究基于体外脑类器官模型,可能与体内真实神经发育存在差异 | 研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能,并探索其与自闭症谱系障碍临床表现的关联 | CHD8杂合敲除的脑类器官及其同基因对照 | 单细胞转录组学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10115 | 2025-10-07 |
Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing
2024 Feb-Apr, Transcription
DOI:10.1080/21541264.2024.2334110
PMID:38532542
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综述 | 探讨单细胞RNA测序在细菌表型异质性研究中的应用与前景 | 首次系统阐述单细胞转录组学在微生物群体表型异质性研究中的创新应用 | 作为综述文章未涉及原始实验数据 | 解析细菌转录异质性及其生态学意义 | 微生物群体和细菌细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10116 | 2025-10-07 |
m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation
2022-11-02, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021109895
PMID:35971838
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研究论文 | 本研究揭示了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的关键作用 | 首次发现m6A修饰与染色质修饰复合体NuRD之间的功能联系,并证明m6A在细胞命运决定中的必要性 | 研究仅限于涡虫模型,在哺乳动物系统中的普适性需要进一步验证 | 探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的功能机制 | 涡虫干细胞(新生细胞)及其分化过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,基因表达数据集分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 超过20,000个细胞进行单细胞RNA测序,分析超过1,000个基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10117 | 2025-10-07 |
Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair
2022-11, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-022-00919-5
PMID:36127466
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现JMJD3在糖尿病伤口巨噬细胞中表达升高,并通过纳米颗粒特异性抑制JMJD3可改善糖尿病伤口修复 | 首次揭示JMJD3通过调控STING基因表达影响糖尿病伤口巨噬细胞的炎症状态,并提出巨噬细胞特异性靶向治疗策略 | 研究主要关注巨噬细胞特异性机制,其他细胞类型在糖尿病伤口修复中的作用未充分探讨 | 探究JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的分子机制 | 人类糖尿病伤口组织、小鼠糖尿病伤口模型、巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类糖尿病伤口样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10118 | 2025-10-07 |
Venus: An efficient virus infection detection and fusion site discovery method using single-cell and bulk RNA-seq data
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010636
PMID:36301997
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研究论文 | 开发了一种名为Venus的高效计算方法,用于检测病毒感染并发现病毒整合位点 | 提出首个能够同时处理单细胞和批量组织RNA-seq数据的病毒检测与整合位点发现流程 | NA | 开发高效的病毒检测和整合位点发现计算方法 | 病毒感染的组织/细胞类型 | 生物信息学 | 病毒感染 | RNA-seq | 计算流程 | RNA-seq数据 | 多种病毒数据集(HBV-肝细胞癌、HIV感染等) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
10119 | 2025-10-07 |
Molecular hallmarks of heterochronic parabiosis at single-cell resolution
2022-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04461-2
PMID:35236985
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析20个器官,揭示异种共生模型中年轻和老年血液对不同细胞类型的特异性影响 | 首次在单细胞分辨率下系统研究异种共生对多种器官细胞类型的影响,发现线粒体功能在复苏过程中的关键作用 | 研究主要关注基因表达变化,对具体分子机制和长期效果仍需进一步验证 | 探索血液因子对衰老过程的影响及潜在复苏机制 | 小鼠20个器官中的多种细胞类型 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 异种共生模型 | 单细胞转录组数据 | 20个器官的多种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10120 | 2025-10-07 |
Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond
2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000228
PMID:40129604
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综述 | 本文总结了红系造血岛作为红细胞终末分化微环境的最新研究进展,并探讨其潜在的免疫功能和异质性特征 | 挑战了红系造血岛仅支持红细胞分化的传统观点,发现促红细胞生成素受体可作为其巨噬细胞新标志物,并首次确认中性粒细胞为红系造血岛的新细胞组分 | 尚未明确免疫倾向性幼红细胞是否及如何在红系造血岛中成熟 | 探讨红系造血岛的细胞组成异质性和潜在免疫功能 | 红系造血岛及其包含的巨噬细胞、幼红细胞和中性粒细胞等细胞组分 | NA | NA | 谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |