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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10001 | 2025-10-07 |
Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells
2025-Mar-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000662
PMID:40008906
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组分析揭示人类肝脏祖细胞的异质性 | 首次在人类肝脏中系统揭示LPC的异质性,发现3个LPC亚群和4个细胞模块,并比较了与小鼠的标记表达差异 | LPC在合并上皮细胞中占比较低(2.95±1.91%),未来需要更多关注空间基因表达动态 | 研究人类肝脏祖细胞的异质性和功能状态 | 人类肝脏祖细胞(LPCs) | 空间转录组学 | 肝病 | 单细胞测序, 空间转录组测序 | 细胞模块分析, 分化轨迹分析, 基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 259,400个单细胞,涵盖胎儿、健康、肝硬化和肝癌4种肝脏状态 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10002 | 2025-10-07 |
Polygenic enrichment analysis in multi-omics levels identifies cell/tissue specific associations with schizophrenia based on single-cell RNA sequencing data
2025-Mar, Schizophrenia research
IF:3.6Q1
DOI:10.1016/j.schres.2025.02.008
PMID:40036903
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研究论文 | 本研究通过单细胞疾病相关评分算法,在多组学水平上识别了精神分裂症的细胞/组织特异性关联 | 首次在多组学尺度上应用单细胞疾病相关评分算法,识别出精神分裂症相关的特定脑细胞亚群和组织异质性 | 样本量相对较小(SCUBE3阳性细胞59个,FN1阳性细胞21个),部分关联仅为提示性水平 | 探索精神分裂症的细胞起源和组织异质性,为疾病病因学研究提供新见解 | 人脑单细胞RNA测序数据及多组学面板(ATAC-seq、RNA-seq、TWAS、GWAS) | 生物信息学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序,多组学整合分析,scDRS算法 | scDRS(单细胞疾病相关评分算法) | 单细胞RNA测序数据,多组学数据 | 鉴定出SCUBE3阳性细胞59个(7.0%),FN1阳性细胞21个(2.5%) | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq | NA | NA |
10003 | 2025-10-07 |
Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis
2025-01-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85799-1
PMID:39789158
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研究论文 | 通过结合机器学习和单细胞测序技术识别脓毒症中的关键免疫基因 | 整合多种拓扑分析算法和机器学习方法识别关键基因,并首次通过单细胞测序验证这些基因在免疫细胞中的表达 | 样本量较小(脓毒症患者23例,健康对照10例) | 识别脓毒症的新型生物标志物 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞测序,qPCR | 随机森林,LASSO回归,SVM,XGBoost,逻辑回归,AdaBoost,KNN | RNA测序数据,单细胞测序数据 | 脓毒症患者23例,健康对照10例 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
10004 | 2025-10-07 |
Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study
2025-01-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85255-0
PMID:39789044
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研究论文 | 通过生物信息学和免疫组化分析揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫学意义 | 首次采用整合方法系统研究LIMCH1在乳腺癌中的双重作用,并开发了包含LIMCH1表达的可预测总生存率的列线图 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 探讨LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学作用机制 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析,免疫组化(IHC),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 列线图(nomogram) | 基因表达数据,临床病理数据,单细胞测序数据 | TCGA队列和临床IHC队列 | NA | 单细胞RNA测序,免疫组化 | NA | NA |
10005 | 2025-10-07 |
Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis
2025-01-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85664-1
PMID:39779799
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示血浆代谢物与甲亢免疫细胞的遗传关联 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞eQTL分析,发现百里酚硫酸盐通过PTK2B遗传变异介导CD8+NKT细胞演化影响甲亢发病的新机制 | 研究基于欧洲人群数据,结果在其他种族的普适性需验证;部分关联的生物学机制仍需实验证实 | 探究免疫细胞表型、甲亢与血浆代谢物之间的因果关系及中介机制 | 免疫细胞表型、甲亢患者、血浆代谢物 | 生物信息学 | 甲亢 | 孟德尔随机化, GWAS, 单细胞eQTL分析, 共定位分析 | MR-Egger, MR-PRESSO, 逆方差加权 | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 免疫细胞表型: 18,622例; 甲亢: 3,731病例/480,867对照; 代谢物: 115,078例 | UK Biobank | 全基因组关联分析, 单细胞转录组 | NA | NA |
10006 | 2025-10-07 |
Cytokine expression and cytokine-mediated cell-cell communication during skeletal muscle regeneration revealed by integrative analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.12055
PMID:39691872
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研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序数据揭示骨骼肌再生过程中的细胞因子表达和细胞间通讯机制 | 首次整合15个公共单细胞RNA测序数据集,系统分析393种小鼠细胞因子在骨骼肌再生中的动态表达谱和细胞间通讯网络 | 仅分析早期再生时间点(0、2、5、7天),未涵盖完整再生过程;基于转录组数据推断细胞通讯,需实验验证 | 解析骨骼肌再生过程中细胞因子介导的细胞间通讯机制 | 小鼠骨骼肌再生过程中的各种细胞类型 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤修复 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 单细胞转录组数据 | 整合15个公共scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10007 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-ome regression models identify functional and disease-associated enhancers and enable chromatin potential analysis
2024-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01689-8
PMID:38514783
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研究论文 | 开发了一种名为SCARlink的单细胞多组学回归模型,用于预测基因表达并将增强子与靶基因关联 | 使用正则化泊松回归对瓦片水平可及性数据进行建模,避免了传统基因-峰相关性分析和峰值调用的限制 | NA | 建立基因水平调控模型,识别功能性增强子并分析染色质潜能 | 单细胞多组学测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学测序 | 正则化泊松回归 | 基因组可及性数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
10008 | 2025-10-07 |
EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development
2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023
PMID:38176908
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研究论文 | 本研究探讨了早期B细胞因子1(EBF1)在小鼠内耳发育过程中对毛细胞和支持细胞数量的调控作用 | 首次发现EBF1通过抑制前感觉域和Kölliker器细胞的增殖来调控内耳细胞数量,并参与螺旋缘和鼓阶的形成 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 阐明EBF1在内耳发育过程中的功能机制 | 小鼠内耳组织 | 发育生物学 | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织形态学数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10009 | 2025-10-07 |
Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer
2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids
DOI:10.20517/evcna.2024.58
PMID:39811732
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研究论文 | 本研究首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合,用于追踪胰腺导管腺癌模型中肿瘤来源细胞外囊泡的摄取和功能 | 首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术相结合,能够在不干扰EV生物发生或表型的情况下特异性识别单个EV受体细胞 | NA | 研究肿瘤来源细胞外囊泡在受体非恶性细胞中的摄取和功能 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞 | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | Cre-LoxP重组系统,单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
10010 | 2025-10-07 |
Neurodegeneration: 2024 update
2024-Jan, Free neuropathology
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综述 | 本文回顾了过去一年神经退行性疾病神经病理学领域的重要研究进展 | 综合展示了从传统病理学到单细胞RNA测序、人工智能等前沿技术在神经退行性疾病研究中的应用 | 仅代表作者个人选择的文献,可能无法涵盖该领域所有重要研究 | 总结神经退行性疾病神经病理学领域的最新研究进展 | 人类组织样本和神经退行性疾病相关研究 | 神经病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,人工智能,人诱导多能干细胞模型,临床病理解剖相关研究 | NA | 组织病理学数据,基因组数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10011 | 2025-10-07 |
A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1105673
PMID:36992700
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据比较SARS-CoV-2和HIV-1感染中免疫反应的相似性和差异性 | 开发新型共识单细胞注释方法,首次系统比较两种不同病理生理学病毒感染的单细胞免疫图谱 | 样本量相对较小(仅20名患者),仅使用已发表的单细胞RNA测序数据 | 揭示SARS-CoV-2和HIV-1感染中免疫反应和代谢特征的异同 | COVID-19患者、HIV-1感染者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 病毒感染疾病 | 单细胞RNA测序 | 共识单细胞注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 111,566个单PBMCs,来自7名COVID-19患者、10名HIV-1感染者和3名健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10012 | 2025-10-07 |
Neurodevelopmental disorders: 2021 update
2021-Jan, Free neuropathology
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综述 | 本文总结了2021年神经发育障碍研究领域的最新进展,重点关注遗传学发现和新兴研究技术 | 揭示了神经发育障碍的遗传结构特征,包括独特的基因组DNA甲基化模式和体细胞突变的作用,并介绍了多基因编辑与单细胞RNA测序相结合的新研究范式 | 从遗传学发现到神经病理学机制的转化研究仍面临挑战 | 探讨神经发育障碍的病因学和风险因素 | 神经发育障碍,包括自闭症谱系障碍、发育迟缓、智力残疾和注意力缺陷多动障碍 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,基因组DNA甲基化分析,多基因编辑 | NA | 基因组数据,表观遗传数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10013 | 2025-10-07 |
Ketogenesis activates metabolically protective γδ T cells in visceral adipose tissue
2020-01, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-019-0160-6
PMID:32694683
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示生酮饮食通过激活内脏脂肪组织中代谢保护性γδ T细胞抑制炎症的机制 | 首次发现生酮饮食通过激活内脏脂肪组织中具有代谢保护功能的γδ T细胞来抑制炎症 | 长期随意采食生酮饮食会导致肥胖并耗竭脂肪组织γδ T细胞 | 探究生酮作用对脂肪组织炎症控制和能量稳态的影响机制 | 小鼠脂肪组织驻留免疫细胞 | 免疫代谢学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脂肪组织免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10014 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma
2025-Mar-28, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02471-0
PMID:40148957
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研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞测序数据,揭示TNFSF9作为微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的潜在调控因子 | 首次结合bulk RNA测序和单细胞RNA测序系统分析MSI胃腺癌的肿瘤微环境特征,并鉴定TNFSF9作为关键调控基因 | 样本量相对有限,单细胞测序样本MSI=7,Non-MSI=19;需要进一步功能验证实验 | 阐明微卫星不稳定胃腺癌中肿瘤微环境的差异及其潜在机制 | 胃腺癌患者组织样本和细胞系(SNU-1和AGS) | 生物信息学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,免疫组化,qPCR,Western blot | 差异表达基因分析,通路富集分析,细胞通讯分析 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 单细胞测序26例(MSI=7, Non-MSI=19),bulk RNA测序237例(MSI=39, Non-MSI=198),免疫组化23例(MSI=13, Non-MSI=10) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
10015 | 2025-10-07 |
C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer
2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03370-2
PMID:40148973
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研究论文 | 本研究揭示了c-FOS通过ROS-p38-cFOS-PAD4轴促进中性粒细胞胞外诱捕网形成和中性粒细胞募集,从而推动三阴性乳腺癌肺转移的分子机制 | 首次发现c-FOS通过结合PAD4启动子区域促进NETs形成,并阐明ROS-p38-cFOS-PAD4信号轴在TNBC肺转移中的作用 | NA | 探究NETs介导的三阴性乳腺癌肺转移分子机制及治疗靶点 | 三阴性乳腺癌标本、血清样本、中性粒细胞 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞测序、生物信息学分析、体外实验、体内实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10016 | 2025-10-07 |
Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface
2025-Mar-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100002
PMID:40152904
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研究论文 | 本研究通过分析胎盘免疫微环境,揭示了先兆子痫特异性免疫细胞网络及促炎巨噬细胞在母胎界面的关键作用 | 首次系统揭示先兆子痫特异性免疫微环境特征,发现促炎巨噬细胞通过IGF1-IGF1R通路诱导记忆样Th17细胞产生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分;未详细探讨其他潜在免疫细胞亚群的作用 | 阐明先兆子痫胎盘免疫微环境特征及其与妊娠期糖尿病的差异 | 先兆子痫患者和小鼠模型的胎盘组织及免疫细胞 | 免疫学 | 先兆子痫 | 飞行时间细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10017 | 2025-10-07 |
Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy
2025-Mar-28, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13845-2
PMID:40155851
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其免疫治疗潜力 | 首次系统评估CDH3在结直肠癌转移中的多功能作用,并通过药物重定位发现阿法替尼作为潜在治疗药物 | 主要依赖公共数据库分析,需要进一步实验验证机制 | 探索CDH3在结直肠癌转移中的作用机制及其治疗潜力 | 结直肠癌组织和相关生物信息学数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 免疫组化, 单细胞测序, 分子对接, 生物信息学分析 | 预后模型, 分子对接模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床病理数据 | 多个公共数据库整合数据(TCGA, GEO等) | NA | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | NA |
10018 | 2025-10-07 |
Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer
2025-Mar-28, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13957-9
PMID:40155861
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析幽门螺杆菌感染状态对胃癌患者T细胞异质性和预后的影响 | 首次在单细胞水平揭示幽门螺杆菌感染通过调节CD8 T细胞亚群分布影响胃癌免疫微环境和患者生存 | 样本量有限(6个肿瘤样本),需要更大规模研究验证 | 探究幽门螺杆菌感染状态对胃癌患者生存和T细胞免疫应答的影响 | 胃癌患者和其肿瘤组织中的T细胞 | 单细胞测序分析 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 488例胃癌患者(预后分析),6例肿瘤样本中的18,717个T细胞(单细胞测序) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10019 | 2025-10-07 |
Cancer associated fibroblasts in cancer development and therapy
2025-Mar-28, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01688-0
PMID:40156055
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综述 | 本文总结了癌症相关成纤维细胞在肿瘤发展和治疗中的关键作用及靶向策略 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了CAFs的异质性和可塑性,并系统阐述了其在肿瘤微环境中的多重作用机制 | NA | 探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤发展和治疗抵抗中的作用及靶向治疗策略 | 癌症相关成纤维细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10020 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis reveals that GFAP+ dedifferentiated Schwann cells promote tumor progress in PNI-positive distal cholangiocarcinoma via lactate/HMGB1 axis
2025-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07543-x
PMID:40148311
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞的相互作用机制 | 首次在PNI阳性远端胆管癌中发现GFAP+去分化雪旺细胞通过乳酸/HMGB1轴促进肿瘤进展 | 样本量较小(仅2对肿瘤与癌旁组织),需要更大规模验证 | 解析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞的相互作用机制 | 远端胆管癌患者肿瘤组织与癌旁组织 | 单细胞测序分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,功能实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 24,715个细胞来自2对PNI阳性dCCA肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |