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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9981 | 2025-10-07 |
Air Pollutants and Mortality Risk in Patients with Aortic Dissection: Evidence from a Clinical Cohort, Single-Cell Sequencing, and Proteomics
2024-Apr-16, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.4c00534
PMID:38561599
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研究论文 | 本研究通过临床队列、单细胞测序和蛋白质组学探讨空气污染物与主动脉夹层患者死亡风险的关联及机制 | 首次结合临床队列、单细胞测序和蛋白质组学多维度揭示PM2.5通过肥大细胞激活和脱颗粒影响主动脉夹层预后的机制 | 研究为观察性设计,不能确定因果关系;空气污染物数据来自监测站而非个人暴露水平 | 评估空气污染物与急性主动脉夹层患者死亡风险的关联并探索潜在机制 | 1,267例急性主动脉夹层患者及主动脉组织样本 | 临床医学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 蛋白质组学, 多变量Cox回归模型 | Cox回归模型 | 临床数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 1,267例患者 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
9982 | 2025-10-07 |
An ultra high-throughput, massively multiplexable, single-cell RNA-seq platform in yeasts
2024-04, Yeast (Chichester, England)
DOI:10.1002/yea.3927
PMID:38282330
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研究论文 | 本研究优化了适用于酵母的超高通量单细胞RNA测序平台SPLiT-seq,实现了大规模并行转录组分析 | 开发了基于组合条形码策略的酵母单细胞RNA测序方法,无需物理隔离细胞即可同时处理数百种基因型或生长条件 | 方法主要针对酵母物种开发,在其他生物系统中的适用性需要进一步验证 | 开发高效、低成本的酵母单细胞转录组测序技术 | 多种物种和倍性的酵母细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序( scRNAseq),SPLiT-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 43,388个酵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | SPLiT-seq | 基于分裂池连接转录组测序的单细胞RNA测序平台 |
9983 | 2025-10-07 |
Profibrotic VEGFR3-Dependent Lymphatic Vessel Growth in Autoimmune Valvular Carditis
2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320326
PMID:38269589
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研究论文 | 本研究揭示了自身免疫性瓣膜炎中VEGFR3依赖性淋巴管生长的新机制及其与心脏纤维化的关联 | 首次发现瓣膜表面内皮细胞在疾病进展中形成新生毛细淋巴管,并鉴定出具有促纤维化转录特征的新型淋巴瓣膜内皮细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究内皮细胞在风湿性心脏病发病机制中的作用 | K/B.g7自身免疫性瓣膜炎小鼠模型和人类风湿性心脏病患者的二尖瓣组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫染色,组织学分析,超声心动图 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 小鼠模型和人类二尖瓣置换术患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9984 | 2025-10-07 |
Characterizing the T Cell Repertoire in the Proximal Airway in Health and Disease
2024-04, The Laryngoscope
DOI:10.1002/lary.31088
PMID:37787469
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较声门下狭窄患者与健康对照组近端气道T细胞受体库的多样性和特征 | 首次在单细胞水平上系统比较声门下狭窄疾病与健康状态下近端气道T细胞受体库的多样性和克隆性特征 | 高频克隆型的目标抗原仍未解析,样本量相对有限(iSGS n=24, iLTS n=8, 对照组 n=7) | 验证声门下狭窄病例是否具有较低多样性(高度克隆性)的适应性免疫反应假说 | 声门下狭窄患者(iSGS和iLTS)与健康对照组的近端气道黏膜组织 | 免疫学 | 声门下狭窄 | 单细胞RNA测序,T细胞受体序列分析 | Immunarch生物信息学流程 | 单细胞RNA测序数据,T细胞受体序列数据 | iSGS患者24例,iLTS患者8例,健康对照组7例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9985 | 2025-10-07 |
Silencing XIST on the future active X: Searching human and bovine preimplantation embryos for the repressor
2024-Apr, European journal of human genetics : EJHG
IF:3.7Q2
DOI:10.1038/s41431-022-01115-9
PMID:35585273
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研究论文 | 本研究通过分析人类和牛早期胚胎的单细胞RNA测序数据,探索X染色体上XIST基因在活性X染色体上的抑制机制 | 首次在人类和牛早期胚胎中同时研究XIST在活性X染色体上的抑制机制,并确定了与XIST抑制相关的候选基因 | 研究主要基于转录组数据分析,需要进一步的实验验证候选基因的具体功能机制 | 探索活性X染色体如何避免被自身XIST基因沉默的分子机制 | 人类和牛的早期胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 人类和牛早期胚胎(4-8细胞期、桑椹胚期、早期囊胚期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9986 | 2025-10-07 |
Potential Therapeutic Targets for Hypotension in Duchenne Muscular Dystrophy
2024-Apr, Medical hypotheses
IF:2.1Q3
DOI:10.1016/j.mehy.2024.111318
PMID:38585412
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现KCNQ5和RyR2基因可能是导致杜氏肌营养不良患者低血压的潜在治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出KCNQ5和RyR2基因在DMD突变小鼠血管平滑肌细胞中的显著上调表达 | 研究机制尚不明确,且主要基于小鼠模型数据 | 探索杜氏肌营养不良患者低血压的分子机制和潜在治疗靶点 | 杜氏肌营养不良突变小鼠的血管平滑肌细胞 | 单细胞测序分析 | 杜氏肌营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9987 | 2025-10-07 |
Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics
2024-01-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03174-1
PMID:38273415
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研究论文 | 开发了一种名为gpsFISH的计算方法,用于优化靶向空间转录组学中的基因面板选择 | 通过建模和调整平台效应,克服了现有方法依赖scRNA-seq数据而忽略技术间平台效应的局限性 | NA | 优化靶向空间转录组学中的基因选择方法 | 复杂组织中的细胞类型 | 空间转录组学 | NA | 靶向空间转录组学,单细胞RNA测序 | 计算模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
9988 | 2025-10-07 |
A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS
2024-01-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011
PMID:38151022
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研究论文 | 开发胰腺癌类器官平台筛选出特异性靶向KRAS突变的抑制剂 | 建立高通量药物筛选平台,利用等基因小鼠胰腺类器官鉴定出可特异性抑制KRAS突变型胰腺癌的化合物 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩展 | 发现靶向PDAC相关KRAS突变的新型抑制剂 | 胰腺导管腺癌(PDAC)类器官模型 | 癌症研究 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量药物筛选 | 类器官模型 | 基因表达数据, 药物反应数据 | 超过6000种化合物筛选 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9989 | 2025-10-07 |
Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401
2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235
PMID:37463058
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研究论文 | 评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后对多发性骨髓瘤患者的疗效 | 首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的免疫反应和临床效果 | 未能在移植后1年显示完全缓解率的统计学显著改善 | 评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的免疫应答和临床疗效 | 多发性骨髓瘤患者 | 肿瘤免疫治疗 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组测序, DC/MM融合疫苗技术 | 随机对照试验 | 临床数据, 免疫学数据, 转录组数据 | 203名入组患者, 140名随机分组患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9990 | 2025-10-07 |
Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma
2025-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70281
PMID:40162549
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析识别了肺腺癌中过渡性CXCL14+肌成纤维样癌症相关成纤维细胞,揭示了其促进肿瘤转移和EGFR-TKI耐药的作用机制 | 首次发现过渡性CXCL14+肌成纤维样CAF亚群在肺腺癌进展和EGFR-TKI耐药中的关键作用,并筛选出Filgotinib作为逆转该耐药的有效药物 | 研究主要聚焦于肺腺癌,在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探究癌症相关成纤维细胞异质性在肺腺癌进展和治疗耐药中的作用机制 | 肺腺癌患者组织样本、血浆样本及相应的实验模型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学,ELISA | NA | 单细胞测序数据,空间转录组数据,临床样本数据 | 多个独立肺腺癌队列的临床样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
9991 | 2025-10-07 |
Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp
2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70113
PMID:40162720
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了核桃内果皮发育的基因组变异格局和调控网络候选基因 | 构建了首个核桃图形结构泛基因组,通过多组学整合分析鉴定了与木质素积累相关的关键候选基因 | 研究主要基于核桃品种,可能无法完全代表所有核桃种质的遗传多样性 | 系统解析核桃内果皮发育的基因组基础和调控网络 | 波斯核桃(Juglans regia)及其8个近缘种,共285个种质材料 | 植物基因组学 | NA | 基因组测序, GWAS, 转录组学, 代谢组学, DNA甲基化, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 代谢组数据, 表观遗传数据 | 285个核桃种质材料,涵盖11个发育阶段 | NA | 全基因组重测序, 多组学整合分析 | NA | NA |
9992 | 2025-10-07 |
Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.01.631041
PMID:40060433
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研究论文 | 开发了TOGGLE方法和图扩散功能图谱,用于在单细胞水平识别同一细胞类型内的功能异质性和细胞命运轨迹 | 利用高分辨率分析方法揭示细胞水平的功能多样性,开发创新的图扩散功能图谱能显著降低噪音并捕捉高维数据中更细微的功能差异 | NA | 克服同一细胞类型内因基因表达相似性而难以区分功能状态和细胞命运轨迹的挑战 | 单细胞类型内的功能RNA和细胞命运 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 图扩散功能图谱 | 单细胞RNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9993 | 2025-10-07 |
Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis
2025-Mar-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57570-7
PMID:40155385
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示成纤维细胞亚型通过TNFR1信号通路在小鼠回肠炎中驱动空间特异性炎症的机制 | 首次发现不同成纤维细胞亚型在回肠炎不同解剖部位(固有层和粘膜下层)分别调控炎症起始和进展的空间分工机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究成纤维细胞亚型在克罗恩病样回肠炎发病机制中的空间特异性作用 | TNF过表达小鼠模型的回肠组织细胞 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠回肠组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9994 | 2025-10-07 |
Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments
2025-Mar-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07512-2
PMID:40155473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示胃癌微环境中TREM2+巨噬细胞与癌症相关成纤维细胞通过CXCL12-CXCR4信号轴的相互作用机制 | 首次阐明CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2脂质相关巨噬细胞免疫抑制功能的具体机制 | NA | 解析胃癌微环境中细胞间相互作用机制及其对肿瘤进展的影响 | 胃癌微环境中的TREM2脂质相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA分析, 体外实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
9995 | 2025-10-07 |
Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine
2025-Mar-28, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-025-01110-3
PMID:40155627
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫反应特征 | 首次发现MTBVAC疫苗能特异性激活具有细胞毒性的γδ T细胞和产生IFNγ的CD4淋巴细胞,这些细胞表型与结核感染控制者中的效应细胞相似 | 研究仅关注早期免疫反应,未评估长期保护效果;体外实验可能无法完全反映体内免疫应答 | 评估MTBVAC结核病候选疫苗的早期免疫应答特征 | MTBVAC疫苗激发的免疫细胞反应 | 免疫学 | 结核病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9996 | 2025-10-07 |
DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation
2025-Mar-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01452-6
PMID:40156071
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研究论文 | 本研究探讨了胰腺腺泡-导管化生(ADM)过渡状态中DNA甲基化记忆的形成及其在KRAS下游信号通路中的作用 | 首次发现在无致癌突变情况下,ADM过渡状态会形成持久的DNA甲基化记忆,影响PI3K和Rho GTPase信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究ADM过渡状态中表观遗传记忆的获得和保留机制 | 转基因小鼠KLF4诱导的ADM模型和人类胰腺上皮内瘤变(PanIN)样本 | 表观遗传学 | 胰腺癌 | DNA甲基化组测序,转录组测序,单细胞空间转录组学 | NA | DNA甲基化数据,基因表达数据 | 转基因小鼠模型和人类PanIN样本 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
9997 | 2025-10-07 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions
2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791
PMID:40139648
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研究论文 | 本研究探讨了TNFR1介导的衰老和TNFR2信号缺失如何限制人椎间盘细胞在退变条件下的修复潜力 | 首次通过单细胞RNA测序揭示椎间盘退变中TNFR1和TNFR2的表达模式,并证明TNFR1主导的代谢损伤和衰老反应 | TNFR2在天然椎间盘细胞膜上表达有限,其调节对细胞无影响,可能限制了治疗策略的开发 | 识别疼痛性椎间盘退变进展的机制和治疗靶点,重点关注促炎性TNFR1和促修复性TNFR2信号 | 椎间盘退变患者和尸检对象的椎间盘组织和细胞,特别是人纤维环细胞 | 单细胞生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序, 多重蛋白阵列, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 基因表达数据 | 椎间盘退变和尸检对象的组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9998 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞转录组学分析,揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫-基质微环境特征 | 首次提供了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间定位图谱,发现了与癌症相关和无关的DM皮肤病变中不同的免疫细胞浸润模式 | NA | 研究成人皮肌炎中免疫-基质微环境特征及其与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
9999 | 2025-10-07 |
A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644134
PMID:40166266
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研究论文 | 本研究通过分析流感感染肺部,揭示了屏障器官采用空间分层策略来感知威胁并调整免疫反应 | 发现屏障器官采用组织尺度的分层威胁感知策略,通过空间梯度模式识别受体表达实现细胞类型特异性威胁检测概率 | 研究主要聚焦于肺部流感感染模型,可能不适用于所有屏障器官或感染类型 | 探索屏障器官如何评估威胁并平衡宿主保护与组织损伤 | 流感感染的小鼠肺部组织 | 空间转录组学 | 流感感染 | 单分子成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10000 | 2025-10-07 |
Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643349
PMID:40166228
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研究论文 | 通过可解释机器学习分析单细胞多组学数据,揭示阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱 | 开发了多组学整合分析流程,首次在细胞亚群分辨率上系统揭示AD中胶质细胞特异性调控程序紊乱,发现SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的深度参与 | 样本量相对有限(26个人脑样本),研究聚焦于胶质细胞而未全面涵盖所有脑细胞类型 | 研究阿尔茨海默病的细胞和分子机制,特别关注胶质细胞的基因调控程序 | 人类脑组织样本中的胶质细胞亚群 | 生物信息学, 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 多组学整合分析 | 可解释机器学习 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 26个人脑样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |