单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 9201 - 9220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9201 | 2024-08-28 |
Characteristics and impact of infiltration of B-cells from systemic sclerosis patients in a 3D healthy skin model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1373464
PMID:39185406
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研究论文 | 研究了系统性硬化症（SSc）患者B细胞与健康皮肤模型中成纤维细胞的相互作用及其影响 | 首次展示了激活的B细胞改变了健康和SSc成纤维细胞的转录组特征，向促炎（TNF和IL-17信号传导）和干扰素特征转变 | NA | 探讨B细胞与成纤维细胞在组织水平上的相互作用及其机制 | 系统性硬化症患者B细胞与三维重建的健康皮肤模型中的成纤维细胞、角质形成细胞和细胞外基质的共培养 | NA | 系统性硬化症 | 细胞成像策略、流式细胞术、批量和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 9202 | 2024-08-28 |
Pandemic influenza A (H1N1) virus causes abortive infection of primary human T cells
2022-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2022.2056523
PMID:35317717
|
研究论文 | 研究探讨了甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染及其对免疫反应的影响 | 通过单细胞转录组分析揭示了不同CD4 T和CD8 T细胞亚群对病毒感染的异质性及生物学反应 | NA | 探究甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染机制及其对免疫系统的影响 | 人类T细胞及其亚群 | 免疫学 | 流感 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 多种CD4 T和CD8 T细胞亚群 |
| 9203 | 2024-08-28 |
Modeling zero inflation is not necessary for spatial transcriptomics
2022-05-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02684-0
PMID:35585605
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研究论文 | 本文对20个来自11种不同技术的空间转录组数据集进行了综合分析，以表征表达计数数据的分布特性并理解零值的统计本质 | 研究表明，在空间转录组学中，大量的零值并非由于零膨胀，支持使用不含零膨胀成分的计数模型 | NA | 探究空间转录组学数据中零值的来源及其统计特性 | 20个空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 泊松模型和负二项模型 | 基因表达数据 | 20个数据集，来自11种不同技术 |
| 9204 | 2024-08-28 |
Human liver single nucleus and single cell RNA sequencing identify a hepatocellular carcinoma-associated cell-type affecting survival
2022-05-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01055-5
PMID:35581624
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研究论文 | 本文通过整合肝脏单核（snRNA-seq）、单细胞（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，识别出与肝细胞癌（HCC）相关的细胞类型，该细胞类型影响患者的生存率 | 本文首次通过整合多组学数据，发现了一种与HCC相关的增殖细胞类型（Prol），并揭示了其与TP53和RB1体细胞突变的关联 | NA | 旨在识别影响肝细胞癌患者生存率的特定细胞类型 | 肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 健康肝脏队列（9个非HCC样本）、HCC队列（1个非HCC，14个HCC肿瘤，14个邻近非肿瘤样本）、另一个HCC队列（3个HCC肿瘤，3个邻近非肿瘤样本）、TCGA多中心队列（361个HCC肿瘤，49个邻近非肿瘤组织）、LCI队列（221个HCC，209个邻近非肿瘤肝脏微阵列样本） |
| 9205 | 2024-08-28 |
Single-cell profiling of human dura and meningioma reveals cellular meningeal landscape and insights into meningioma immune response
2022-05-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01051-9
PMID:35534852
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术首次对非肿瘤相关的人类硬脑膜和原发性脑膜瘤样本进行了表征 | 揭示了人类硬脑膜中复杂的免疫微环境，并展示了与脑膜瘤不同的转录特征，同时描述了非免疫细胞（如内皮细胞和成纤维细胞）的功能多样性和异质性 | 研究主要基于单细胞RNA测序技术，可能无法全面反映所有细胞类型的功能和相互作用 | 探究人类硬脑膜和脑膜瘤的免疫和非免疫细胞景观，并提供新的见解 | 非肿瘤相关的人类硬脑膜和原发性脑膜瘤样本 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 7个非肿瘤相关的人类硬脑膜样本和6个原发性脑膜瘤肿瘤样本（4个匹配和2个非匹配） |
| 9206 | 2024-08-28 |
Benchmarking of a Bayesian single cell RNAseq differential gene expression test for dose-response study designs
2022-05-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac019
PMID:35061903
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研究论文 | 本文提出了一种多重校正的贝叶斯测试方法，用于剂量反应设计的单细胞RNA测序差异基因表达分析，并与其他八种方法进行了比较 | 本文提出的贝叶斯测试方法在广泛的准确性指标上优于所有其他测试方法，特别是在控制假阳性错误率方面 | NA | 评估和比较不同差异基因表达分析方法在剂量反应单细胞RNA测序实验中的性能 | 单细胞RNA测序数据在药物和毒理学反应中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯测试方法 | RNA测序数据 | NA |
| 9207 | 2024-08-28 |
scMAGIC: accurately annotating single cells using two rounds of reference-based classification
2022-05-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1275
PMID:34986249
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMAGIC的新方法，该方法通过两轮基于参考的分类来准确注释单细胞 | scMAGIC引入了第二轮基于参考的分类，使用第一轮中自信验证的查询细胞作为新参考，从而消除参考数据和查询数据之间的批次效应 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据的注释准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于参考的分类 | RNA测序数据 | 涉及86个基准测试 |
| 9208 | 2024-08-28 |
Mapping the epithelial-immune cell interactome upon infection in the gut and the upper airways
2022-05-02, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-022-00224-x
PMID:35501398
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研究论文 | 本文提出了一种综合计算生物学框架，用于模拟感染如何改变上皮细胞的细胞内信号传导，并通过修改上皮细胞与局部免疫细胞群的相互作用来影响全身免疫反应 | 本文创新性地整合了细胞内和细胞间网络与单细胞RNA测序数据，以揭示感染期间驱动炎症的特定上皮-免疫相互作用 | NA | 研究病毒感染如何改变上皮-免疫细胞相互作用，从而调控炎症反应 | 肠道和上呼吸道上皮感染 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及SARS-CoV-2感染的人回肠和结肠类器官以及感染的呼吸道纤毛上皮细胞 |
| 9209 | 2024-08-28 |
Characterization of cell-cell communication in autistic brains with single-cell transcriptomes
2022-05-02, Journal of neurodevelopmental disorders
IF:4.1Q2
DOI:10.1186/s11689-022-09441-1
PMID:35501678
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组技术分析自闭症患者大脑中的细胞间通讯 | 采用先进的计算和模式识别方法分析单细胞RNA测序数据，推断和比较自闭症大脑与对照组之间的细胞类型间信号通讯 | 研究结果显示的变化幅度中等，且并非所有细胞间信号通路中的基因都显示出差异表达 | 揭示自闭症大脑中潜在的细胞间信号通路中断情况 | 自闭症患者大脑中的细胞间通讯 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 9210 | 2024-08-28 |
Neuronal apoptosis drives remodeling states of microglia and shifts in survival pathway dependence
2022-04-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76564
PMID:35481836
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研究论文 | 研究探讨了凋亡神经元如何影响小胶质细胞的状态，包括溶酶体和脂质代谢基因表达以及对集落刺激因子1受体（CSF1R）生存依赖性的影响。 | 通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了小胶质细胞在与凋亡神经元相互作用时的多样性和基因表达变化，发现这些相互作用推动了小胶质细胞的多种重塑状态，并改变了其对生存途径CSF1R的依赖性。 | 研究主要集中在早期幼鼠视网膜的小胶质细胞上，可能不完全代表所有神经系统的情况。 | 探究凋亡神经元与小胶质细胞相互作用如何影响小胶质细胞的状态和生存途径依赖性。 | 早期幼鼠视网膜的小胶质细胞，包括野生型、缺乏神经元凋亡（Bax KO）和CSF1R抑制剂处理的小鼠。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 涉及野生型、Bax KO和PLX3397处理的小鼠视网膜小胶质细胞样本 |
| 9211 | 2024-08-28 |
Single-Cell RNA Sequencing for Plant Research: Insights and Possible Benefits
2022-Apr-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23094497
PMID:35562888
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物研究中的应用，强调了其在揭示细胞类型和状态方面的潜力 | scRNA-seq技术提高了生物系统分析的时空分辨率，能够全面表征常见和稀有细胞类型及细胞状态 | 文章未明确提及具体限制 | 探讨scRNA-seq在植物科学中的应用及其在环境应激适应中的作用 | 植物细胞类型和状态 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | NA |
| 9212 | 2024-08-28 |
A mesenchymal to epithelial switch in Fgf10 expression specifies an evolutionary-conserved population of ionocytes in salivary glands
2022-04-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110663
PMID:35417692
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和Fgf10:R26-tdTomato小鼠模型，揭示了FGF10细胞在唾液腺中的表达从间充质向上皮细胞的转变，并探讨了这一转变对唾液腺离子细胞功能的影响。 | 首次展示了FGF10细胞在唾液腺中的表达从间充质向上皮细胞的转变，并发现上皮FGF10细胞表达古代离子细胞标志物，表明这些细胞可能是唾液腺中的特化离子细胞。 | NA | 探讨FGF10在唾液腺发育中的作用及其在上皮细胞中的表达变化。 | 唾液腺中的FGF10细胞及其在发育过程中的表达变化。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用tamoxifen诱导的Fgf10:R26-tdTomato小鼠模型进行研究 |
| 9213 | 2024-08-28 |
Cellular and molecular atlas of the placenta from a COVID-19 pregnant woman infected at midgestation highlights the defective impacts on foetal health
2022-Apr, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13204
PMID:35141964
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研究论文 | 本研究跟踪了一名在孕中期感染SARS-CoV-2的孕妇，通过对其胎盘和胎儿组织的组织学检查及单细胞RNA测序，揭示了COVID-19对胎盘和胎儿健康的缺陷影响。 | 首次详细描述了孕中期SARS-CoV-2感染对胎盘和胎儿健康的细胞和分子层面的影响。 | 研究样本仅为一例，可能不足以代表所有孕中期COVID-19感染的情况。 | 探讨孕中期SARS-CoV-2感染对母婴健康的影响。 | 孕中期感染SARS-CoV-2的孕妇及其胎盘和胎儿组织。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 1例 |
| 9214 | 2024-08-28 |
scTenifoldKnk: An efficient virtual knockout tool for gene function predictions via single-cell gene regulatory network perturbation
2022-Mar-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2022.100434
PMID:35510185
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research paper | 本文介绍了一种名为scTenifoldKnk的高效虚拟基因敲除工具，用于通过单细胞RNA测序数据进行基因功能预测 | scTenifoldKnk工具通过构建基因调控网络并虚拟删除目标基因，利用流形对齐技术识别差异调控基因，从而推断目标基因功能 | NA | 开发一种高效的虚拟基因敲除工具，以系统性地研究基因功能 | 基因功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA |
| 9215 | 2024-08-28 |
Schizophrenia is defined by cell-specific neuropathology and multiple neurodevelopmental mechanisms in patient-derived cerebral organoids
2022-03, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-021-01316-6
PMID:34789849
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研究论文 | 本研究利用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成三维大脑类器官，模拟精神分裂症（Scz）的神经病理学特征，并揭示了Scz类器官中神经发生和细胞类型多样性的改变 | 首次通过患者来源的大脑类器官模型揭示了精神分裂症的细胞特异性神经病理学和多重神经发育机制 | 研究仅限于体外类器官模型，未涉及临床患者的实际大脑组织 | 探索精神分裂症的早期神经发育和细胞特异性标志 | 精神分裂症患者来源的大脑类器官 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 |
| 9216 | 2024-08-28 |
Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics
2022-02-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333
PMID:35139376
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SINGE的算法，用于从有序的单细胞基因表达数据中推断基因调控网络 | SINGE算法使用基于核的Granger因果回归来平滑不规则的伪时间点和缺失的表达值，并通过集成回归分析的预测来编译转录调控因子和目标基因之间的候选交互列表 | 在详细检查中，发现个别调控因子的性能较差和无信息的伪时间点 | 开发一种新的算法用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 单细胞基因表达数据和基因调控网络 | 生物信息学 | NA | Granger因果分析 | 回归分析 | 基因表达数据 | 两个小鼠胚胎干细胞分化数据集 |
| 9217 | 2024-08-28 |
Extrinsic KRAS Signaling Shapes the Pancreatic Microenvironment Through Fibroblast Reprogramming
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.02.016
PMID:35245687
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研究论文 | 研究了致癌KRAS信号如何通过重编程胰腺成纤维细胞来塑造胰腺肿瘤微环境 | 揭示了非细胞自主的致癌KRAS信号如何重编程胰腺成纤维细胞，激活炎症基因表达程序，从而影响肿瘤微环境 | NA | 探讨致癌KRAS在胰腺肿瘤微环境中的作用机制 | 胰腺肿瘤微环境和成纤维细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用遗传工程小鼠模型 |
| 9218 | 2024-08-28 |
An Optimized Tissue Dissociation Protocol for Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Fresh and Cultured Human Skin Biopsies
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.872688
PMID:35573685
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研究论文 | 本文介绍了一种优化的组织解离协议，用于从新鲜和培养的人类皮肤活检中制备高质量的皮肤细胞悬浮液，以便进行深入的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。 | 该协议能够从新鲜解离的小型皮肤活检中持续分离出大量高存活率的皮肤细胞，并成功识别了罕见的细胞群，如肥大细胞。 | NA | 旨在开发一种高效的组织解离协议，以促进对人类皮肤病理和皮肤移植实验的单细胞RNA测序发现。 | 新鲜和培养的人类皮肤活检。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 小型新鲜解离的皮肤活检和培养的皮肤活检碎片 |
| 9219 | 2024-08-28 |
The Comprehensive Analysis Identified an Autophagy Signature for the Prognosis and the Immunotherapy Efficiency Prediction in Lung Adenocarcinoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.749241
PMID:35529878
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研究论文 | 本研究通过综合分析鉴定出一种自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率 | 本研究首次发现并验证了一种基于自噬相关基因的特征，能够预测肺腺癌患者的预后和免疫检查点治疗的效率 | NA | 鉴定一种新的自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率 | 肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 肿瘤样本2181个，正常样本419个，独立验证队列70个肺腺癌患者 |
| 9220 | 2024-08-28 |
Foam Cells in Atherosclerosis: Novel Insights Into Its Origins, Consequences, and Molecular Mechanisms
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.845942
PMID:35498045
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综述 | 本文综述了泡沫细胞在动脉粥样硬化中的起源、后果及分子机制的新见解 | 采用谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术，揭示了来自单核细胞和血管平滑肌细胞（VSMC）的泡沫细胞亚型，并发现了核受体、非编码RNA和肠道微生物群等新机制 | 单核细胞的异质性和非编码RNA的复杂性为靶向泡沫细胞带来了挑战 | 总结泡沫细胞在动脉粥样硬化斑块中的起源、后果和分子机制的新见解 | 泡沫细胞及其在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |