单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8641	2024-09-13	CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells 2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac599 PMID:36063454	研究论文	本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响	CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解	现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响	揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响	高变异基因的细胞间表达变异性	生物信息学	NA	空间转录组	偏最小二乘回归	转录组数据	NA
8642	2024-09-13	ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer 2022-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33521-4 PMID:36207295	研究论文	研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响	首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性	NA	探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响	ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8643	2024-09-13	Functional inference of gene regulation using single-cell multi-omics 2022-Sep-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100166 PMID:36204155	研究论文	本文通过应用scATAC-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，研究了静息和刺激状态下的人类血液细胞的基因调控功能	开发了功能性基因调控推断框架（FigR），用于整合多组学数据，推断基因调控网络（GRN）并识别候选转录因子（TF）调控因子	NA	研究细胞在环境刺激下基因表达的协调控制	静息和刺激状态下的人类血液细胞	基因组学	NA	scATAC-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	功能性基因调控推断框架（FigR）	单细胞多组学数据	约91,000个单细胞
8644	2024-09-13	Single-cell analysis of endometriosis reveals a coordinated transcriptional programme driving immunotolerance and angiogenesis across eutopic and ectopic tissues 2022-08, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-00961-5 PMID:35864314	研究论文	研究分析了子宫内膜异位症中单细胞转录组，揭示了驱动免疫耐受和血管生成的协调转录程序	首次在单细胞转录组水平上全面分析了子宫内膜异位症的微环境，识别了新的细胞亚群和功能	研究样本仅限于接受激素治疗的个体，可能限制了结果的普适性	揭示子宫内膜异位症的病理生理机制，为早期诊断和治疗提供新线索	子宫内膜异位症的腹膜和卵巢病变及其与正常子宫内膜的比较	数字病理学	妇科疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	14名个体，共122,000个细胞
8645	2024-09-13	The eternal quest for self-improvement of somatic cells 2022-Feb-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100094 PMID:36778659	研究论文	本文研究了体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程	结合类器官技术、前瞻性条形码标记和单细胞测序来研究体细胞克隆的进化	体细胞突变驱动癌细胞转化的序列事件理解不足	研究体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程	体细胞克隆的进化	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
8646	2024-09-13	The co-chaperone Fkbp5 shapes the acute stress response in the paraventricular nucleus of the hypothalamus of male mice 2021-07, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01044-x PMID:33649453	研究论文	研究探讨了FKBP5在雄性小鼠下丘脑室旁核中对急性应激反应的调节作用	首次揭示了Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴活性的细胞类型特异性影响	研究仅限于雄性小鼠，未探讨雌性小鼠的情况	阐明Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴和急性应激反应的调节机制	雄性小鼠的下丘脑室旁核中的Fkbp5表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雄性小鼠样本
8647	2024-09-11	SLC2A1 boosts the resistance of non-small cell lung cancer to taxanes by stimulating the formation of EPCAM+ cancer stem-like cells via glycolysis 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102082 PMID:39126936	研究论文	研究SLC2A1通过激活糖酵解促进EPCAM+癌症干细胞样细胞的形成，从而增强非小细胞肺癌对紫杉烷类药物的耐药性	揭示了SLC2A1在非小细胞肺癌中通过激活糖酵解促进癌症干细胞样细胞形成的新机制	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨SLC2A1在非小细胞肺癌对紫杉烷类药物耐药性中的作用机制	非小细胞肺癌细胞、SLC2A1表达、癌症干细胞样细胞	数字病理学	肺癌	流式细胞术、代谢组学、单细胞测序、细胞通讯分析	NA	细胞	涉及多个数据集和内部收集的样本
8648	2024-09-11	GTF2H5 Identified as a crucial synthetic lethal target to counteract chemoresistance in colorectal cancer 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102097 PMID:39173480	研究论文	本文研究了合成致死基因GTF2H5在结直肠癌化疗耐药中的作用，并探讨了其在克服化疗耐药中的潜在治疗靶点	首次识别GTF2H5为结直肠癌化疗耐药的关键合成致死靶点	实验验证仅初步，需进一步深入研究GTF2H5在化疗耐药中的具体机制	探讨合成致死基因在结直肠癌化疗耐药中的作用，寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者及其化疗耐药相关基因	癌症研究	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	来自UCSC和GEO数据库的结直肠癌患者数据，以及来自Tumor Immunology Single Cell Center数据库的单细胞RNA测序数据
8649	2024-09-11	Potential applications of dual haptoglobin expression in the reclassification and treatment of hepatocellular carcinoma 2024-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.008 PMID:38815898	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨了肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	本研究首次提出了基于HP基因表达的Th1反应重新分类基因集，并建立了四种基于HP和C3表达的预测模型，用于肝细胞癌患者的辅助治疗	研究主要基于基因表达数据，未涉及临床试验验证	探讨肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	肝细胞癌恶性细胞和T细胞中的HP基因表达及其与C3的相互作用	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8650	2024-09-11	6-Phosphogluconate dehydrogenase promotes glycolysis and fatty acid synthesis by inhibiting the AMPK pathway in lung adenocarcinoma cells 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217177 PMID:39179096	研究论文	研究探讨了6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶（PGD）在肺腺癌（LUAD）细胞中的作用及其机制	首次揭示了IQGAP1是PGD的新型相互作用蛋白，并阐明了PGD通过竞争性结合IQGAP1的IQ域来降低p-AMPK水平，从而促进糖酵解和脂肪酸合成的机制	NA	探讨PGD在肺腺癌中的功能及其分子机制	肺腺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱（IP-MS）	NA	组织微阵列数据	NA
8651	2024-09-11	XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data 2024-Oct, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066 PMID:39180857	研究论文	本文介绍了一种名为XgCPred的新方法，结合XGBoost和卷积神经网络（CNN）进行单细胞RNA测序数据的细胞类型分类	XgCPred通过结合XGBoost和CNN，利用基因表达图像的层次结构，提高了细胞类型分类的准确性	NA	开发一种高效且准确的细胞类型分类方法，以应对单细胞RNA测序数据中的复杂性和多样性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	XGBoost和CNN	基因表达图像	多个单细胞RNA测序数据集，每个数据集具有不同的细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性
8652	2024-09-11	Up-regulated DSG2 promotes tumor growth and reduces immune infiltration in cervical cancer 2024-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155554 PMID:39226803	研究论文	本文探讨了DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	首次全面探索DSG2在宫颈癌中的功能机制，发现其上调与不良预后和免疫细胞浸润减少相关	实验主要在体外进行，缺乏体内实验验证	探究DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	DSG2在宫颈癌中的表达、预后、基因突变及潜在信号通路	NA	宫颈癌	qRT-PCR, 蛋白质印迹, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	收集的宫颈癌样本
8653	2024-09-11	Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110649 PMID:39246445	研究论文	研究了在特定培养条件下，人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力	建立了新的培养条件，使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活，并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生	研究主要集中在体外培养条件下，尚未在临床环境中验证其效果	探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力	人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA	NA	移植排斥、自身免疫疾病	液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR	NA	RNA	NA
8654	2024-09-11	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-Sep-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	本文开发了TSO-his工具，通过整合单细胞和空间转录组学数据，解析人类胸腺的复杂结构	首次通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了胸腺的空间组织和发育过程，并识别了新的共定位关系	NA	揭示胸腺的空间组织和T细胞发育过程	人类胸腺细胞	单细胞组学	NA	空间转录组学，单细胞多组学分析	NA	转录组数据	NA
8655	2024-09-11	A new paradigm for generating high-quality cardiac pacemaker cells from mouse pluripotent stem cells 2024-Sep-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01942-w PMID:39237509	研究论文	本文开发了一种新的心脏起搏细胞分化策略，通过采用双起搏细胞标记物并模拟起搏细胞的发育路径，从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞	设计了FSK方法，显著提高了具有典型起搏细胞特征的SHOX2; HCN4细胞的产量，并验证了ZFP503作为心脏起搏细胞分化的关键调控因子	NA	开发一种新的方法从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞，以推动心脏生物起搏技术的发展	心脏起搏细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8656	2024-09-11	DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates 2024-Sep-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03367-8 PMID:39237934	研究论文	提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型，用于估计单细胞RNA剪接和降解速率	DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率，并优于现有的方法	NA	研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响	单细胞RNA剪接和降解速率	机器学习	NA	scRNA-seq	深度生成模型	RNA-seq数据	包括前脑和乳腺癌数据，以及红系细胞中的剪接因子突变数据
8657	2024-09-11	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-Sep-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	本文提出了一种名为ST-GEARS的空间转录组学地理空间剖面恢复系统，通过分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，以解决现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足	ST-GEARS通过创新的分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，解决了现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足	NA	解决现有空间转录组学方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足，提高下游分析的可靠性	空间转录组学的空间信息恢复和实验诱导失真的校正	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
8658	2024-09-11	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞V(D)J测序，鉴定了急性髓系白血病（AML）中肿瘤反应性T细胞的特征，并发现ADGRG1作为其特异性标记	首次鉴定了ADGRG1作为AML中肿瘤反应性T细胞的特异性标记，并验证了其在CAR-T和靶细胞系统中的作用	研究样本仅限于新诊断的AML患者，且样本量较小	评估AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标记	AML患者的骨髓T细胞	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序	NA	RNA	新诊断的AML患者骨髓T细胞
8659	2024-09-11	Single-cell RNA sequencing explored potential therapeutic targets by revealing the tumor microenvironment of neuroblastoma and its expression in cell death 2024-Sep-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01286-5 PMID:39235657	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境及其在细胞死亡中的表达，探索潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术全面研究神经母细胞瘤，并分析了新的细胞死亡途径cuproptosis，以寻找新的临床治疗靶点	NA	通过单细胞RNA测序和cuproptosis分析，揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境，寻找新的治疗靶点	神经母细胞瘤及其肿瘤微环境中的神经内分泌细胞	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自神经母细胞瘤患者的细胞样本
8660	2024-09-11	A Bayesian framework for inferring dynamic intercellular interactions from time-series single-cell data 2024-Sep-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279126.124 PMID:39237300	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架DIISCO，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态细胞间相互作用	DIISCO框架利用结构化高斯过程回归来揭示不同细胞类型之间的时序相互作用，并结合受体-配体复合物的先验知识	NA	研究细胞间通信及其随时间的变化，以理解正常发育、疾病进展和治疗反应等生物过程的协调	细胞间相互作用及其时间动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯框架	时间序列数据	包括来自T细胞与淋巴瘤细胞共培养的新数据