单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 8581 - 8600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8581 | 2024-09-13 |
scDiffusion: conditional generation of high-quality single-cell data using diffusion model
2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae518
PMID:39171840
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scDiffusion的生成模型，结合扩散模型和基础模型，用于生成高质量的单细胞RNA测序数据，并能在控制条件下生成数据 | scDiffusion通过设计多个分类器同时指导扩散过程，并提出了一种新的控制策略——梯度插值，使得模型能够生成连续的细胞发育轨迹 | NA | 开发一种能够生成高质量单细胞RNA测序数据的生成模型，并能在控制条件下生成数据 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 扩散模型 | 生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 8582 | 2024-09-13 |
Targeting transposable elements in cancer: developments and opportunities
2024-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189143
PMID:38936517
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综述 | 本文综述了转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 本文探讨了转座子在癌症中的多方面作用，并提出了基于转座子的诊断和治疗新方法 | NA | 探讨转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 转座子及其在癌症中的作用 | NA | 癌症 | 长读长测序、计算分析、单细胞测序、蛋白质组学、CRISPR-Cas9技术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 8583 | 2024-09-13 |
Cathepsin D is essential for the degradomic shift of macrophages required to resolve liver fibrosis
2024-Sep, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101989
PMID:39019115
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研究论文 | 研究探讨了溶酶体蛋白酶Cathepsin D在巨噬细胞介导的肝纤维化逆转中的关键作用 | 首次描述了Cathepsin D驱动的溶酶体活性在纤维化逆转过程中巨噬细胞修复功能中的核心作用 | NA | 探讨Cathepsin D在肝纤维化逆转中的作用机制 | 巨噬细胞和肝细胞中的Cathepsin D表达及其在肝纤维化中的功能 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类肝硬化样本和myeloid-CtsD及hepatocyte-CtsD敲除小鼠 |
| 8584 | 2024-09-13 |
An Efficient Fluorescence-Activated Protoplast Sorting (FAPS) and Regeneration Protocol for Canola (Brassica napus)
2024-Sep, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70008
PMID:39264225
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研究论文 | 本文介绍了一种高效的荧光激活原生质体分选（FAPS）和再生协议，用于油菜（Brassica napus）的研究 | 本文首次报道了将FAPS方法应用于油菜原生质体的分选和再生，为功能基因组学和基因编辑应用提供了新的工具 | NA | 开发一种高效的原生质体分选和再生协议，以支持植物科学中的基础和应用研究 | 油菜（Brassica napus）的原生质体 | 植物科学 | NA | 荧光激活原生质体分选（FAPS） | NA | NA | NA |
| 8585 | 2024-09-13 |
The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma
2024-Aug-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770
PMID:39253204
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制 | 揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系 | 研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持 | 探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性 | 胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 8586 | 2024-09-13 |
Isogenic patient-derived organoids reveal early neurodevelopmental defects in spinal muscular atrophy initiation
2024-Aug-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101659
PMID:39067446
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研究论文 | 研究使用同基因患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型和脊髓类器官（SCO）系统，揭示脊髓性肌萎缩症（SMA）早期神经发育缺陷 | 首次使用同基因患者来源的iPSC模型和脊髓类器官系统，揭示SMA早期神经发育缺陷，并发现SMN2-to-SMN1转换不能完全逆转这些发育异常 | 研究仅限于脊髓类器官模型，未涉及其他器官或组织，且未评估所有患者的治疗效果 | 探讨脊髓性肌萎缩症早期神经发育缺陷及其对后期神经元退化的影响 | 脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官 | 数字病理学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官 |
| 8587 | 2024-09-13 |
Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics
2024-Aug-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100831
PMID:39111312
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Nova-ST的纳米图案化超密集平台，用于空间转录组学 | Nova-ST技术基于随机条码的Illumina测序流动池，实现了定制化、低成本、灵活且高分辨率的大组织切片空间分析 | NA | 开发一种新的空间转录组学技术，以解决现有技术在捕获阵列密度或成本上的限制 | 小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脑切片 |
| 8588 | 2024-09-13 |
Precise detection of cell-type-specific domains in spatial transcriptomics
2024-Aug-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100841
PMID:39127046
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研究论文 | 本文提出了一种名为De-spot的方法，用于在空间转录组学中精确检测低比例细胞类型的特异性域 | De-spot整合了分割和反卷积技术，能够生成细胞类型模式，检测低比例细胞类型的特异性域，并直观地展示这些域 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在空间转录组学中精确检测细胞类型的特异性域 | 空间转录组学中的细胞类型特异性域 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8589 | 2024-09-13 |
SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae458
PMID:39051702
|
研究论文 | 介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制 | SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据 | NA | 开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8590 | 2024-09-13 |
Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma
2024-Aug-02, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038691
PMID:39093774
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研究论文 | 研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响 | 首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制 | 研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证 | 探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响 | 肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞 | NA | 肾癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞 |
| 8591 | 2024-09-13 |
ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae480
PMID:39073888
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐 | ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性 | NA | 开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稳定匹配优化模型 | 基因表达数据 | NA |
| 8592 | 2024-09-13 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae494
PMID:39110511
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析 | APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法，并且适合在多核处理器上并行实现 | NA | 研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 基因表达数据 | 三个公开的单细胞RNA测序数据集 |
| 8593 | 2024-09-13 |
Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae498
PMID:39115884
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研究论文 | 本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法，用于替代计算密集型的广义线性混合模型（GLMMs），并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同 | 提出了offset-pseudobulk方法，并证明了其在统计性质上与GLMMs相同，同时具有更高的计算效率和数值稳定性 | NA | 比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能 | 单细胞RNA测序数据中的转录表达差异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性混合模型 | 基因表达数据 | NA |
| 8594 | 2024-09-13 |
TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae475
PMID:39120880
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法，用于将人类转录组分组为不同的表达组 | TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法，能够将转录本分为四个表达组，并应用于GTEx mRNA-seq数据，揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素 | NA | 开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达，特别是在转录本水平上 | 人类转录组和组织特异性基因表达 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 199,166个人类转录本 |
| 8595 | 2024-09-13 |
Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection
2024-Jul-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172261
PMID:39253971
|
研究论文 | 研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件 | 首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 样本量较小，仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物 | 了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件 | 人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 免疫学 | 麻疹 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 涉及5%-15%的细胞，来自多个捐赠者 |
| 8596 | 2024-09-13 |
Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway
2024-Jul-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.180198
PMID:39042459
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术，分析了原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征，揭示了纤毛中谷胱甘肽途径的独特作用 | 本文首次揭示了PCD患者呼吸道细胞中独特的转录组特征，并发现谷胱甘肽-S-转移酶GSTA2在纤毛运动中的关键作用 | 研究仅限于PCD患者及其母亲的细胞，样本量较小，且未涉及其他遗传条件下的比较 | 探讨原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征及其对纤毛运动的影响 | PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs） | 基因组学 | 遗传性疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、高级显微镜 | NA | RNA、蛋白质 | PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs） |
| 8597 | 2024-09-13 |
Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178213
PMID:39114979
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研究论文 | 研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制 | 首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现 | 探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案 | 银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型 | 免疫学 | 银屑病关节炎 | 空间转录组学和免疫荧光技术 | NA | 细胞和组织 | 来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠 |
| 8598 | 2024-09-13 |
The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study
2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13868
PMID:39031921
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研究论文 | 研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系 | 首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系 | 样本主要来自欧洲人群，可能限制了研究结果的普遍性 | 探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系 | 银屑病和白癜风患者的皮肤组织 | NA | 皮肤病 | 转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 261,018名欧洲个体，4510名银屑病患者，4680名白癜风患者 |
| 8599 | 2024-09-13 |
Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174746
PMID:38869957
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研究论文 | 研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制 | 首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制 | 研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证 | 探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制 | 肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8600 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
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研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |