单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8681	2024-09-11	DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172364 PMID:38869953	研究论文	研究了在CFTR功能丧失的情况下，linaclotide对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	发现linaclotide在CFTR功能丧失的情况下仍能刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，并揭示了DRA在这一过程中的补偿作用	研究主要基于小鼠和人类十二指肠样本，未涉及更大规模的人体临床试验	探讨linaclotide在CFTR功能丧失时对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验	NA	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验
8682	2024-09-11	SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis 2024-Jun-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177937 PMID:38855869	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析血清外泌体，发现肺表面活性物质相关蛋白B（SFTPB）作为渐进性肺纤维化（PPF）的潜在生物标志物	首次发现SFTPB在血清外泌体中作为预测间质性肺病进展的独立预后因子，优于已知的生物标志物KL-6和SP-D	研究仅在两个队列中验证了SFTPB的预测效用，需要更多样本和队列验证其普适性	寻找渐进性肺纤维化的早期检测生物标志物	血清外泌体中的蛋白质，特别是SFTPB及其前体形式	NA	肺纤维化	蛋白质组学分析，单细胞RNA测序	NA	蛋白质数据	两个队列的样本，包括血清外泌体和血清样本
8683	2024-09-11	Transcriptomic Analysis of the Spatiotemporal Axis of Oogenesis and Fertilization in C. elegans 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597235 PMID:38895354	研究论文	本文对秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞形成过程进行了转录组水平分析	通过单细胞RNA测序技术，深入分析了不同阶段的卵母细胞转录组，揭示了基因表达和剪接事件的详细变化，并提供了卵母细胞形成过程的新见解	NA	研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成和受精过程中的时空轴转录组变化	秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞和受精卵	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个不同阶段的卵母细胞和受精卵
8684	2024-09-11	Spatial analysis of recurrent glioblastoma reveals perivascular niche organization 2024-May-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179853 PMID:38805346	研究论文	研究分析了复发性胶质母细胞瘤的肿瘤微环境组织结构	首次通过成像技术同时评估肿瘤组织的缺氧、血管生成、炎症微环境、细胞外基质组织、TERT启动子突变状态和多种致癌扩增	NA	探讨胶质母细胞瘤中遗传多样性与肿瘤微环境之间的关系	复发性胶质母细胞瘤的肿瘤组织	数字病理学	脑肿瘤	成像技术	NA	图像	匹配的原发和复发性胶质母细胞瘤肿瘤组织样本
8685	2024-09-11	Selective CAR T cell-mediated B cell depletion suppresses IFN signature in SLE 2024-May-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179433 PMID:38722688	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，研究了CD19 CAR T细胞介导的B细胞耗竭对系统性红斑狼疮（SLE）患者免疫特征的影响	本文首次揭示了CAR T细胞介导的B细胞耗竭与SLE患者中I型干扰素信号减少之间的因果关系	NA	探讨CAR T细胞介导的B细胞耗竭对SLE患者免疫特征的影响及其分子机制	系统性红斑狼疮（SLE）患者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	SLE患者
8686	2024-09-11	Liver sinusoidal endothelial cells contribute to portal hypertension through collagen type IV-driven sinusoidal remodeling 2024-May-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174775 PMID:38713515	研究论文	研究探讨了肝窦内皮细胞通过胶原蛋白IV驱动的肝窦重塑在门脉高压中的作用	首次揭示了肝窦内皮细胞在肝纤维化和门脉高压中通过胶原蛋白IV沉积促进肝窦重塑的作用	NA	探讨胶原蛋白IV在肝纤维化和门脉高压中的作用及其细胞来源和表达调控机制	肝窦内皮细胞、胶原蛋白IV、肝纤维化、门脉高压	NA	肝病	RNA测序、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、CRISPRi-dCas9-KRAB表观基因组编辑	NA	RNA	人类肝硬化肝脏样本、小鼠纤维化肝脏样本、体外培养的肝窦内皮细胞
8687	2024-09-11	CD4 T cell-secreted IFN-γ in Sjögren's syndrome induces salivary gland epithelial cell ferroptosis 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167121 PMID:38471652	研究论文	研究探讨了干燥综合征中CD4 T细胞分泌的IFN-γ如何诱导唾液腺上皮细胞铁死亡	首次揭示了CD4 T细胞在干燥综合征中分泌的IFN-γ诱导唾液腺上皮细胞铁死亡的作用	NA	确定干燥综合征中IFN-γ的来源及其对唾液腺上皮细胞的影响	干燥综合征患者的唾液腺上皮细胞和CD4 T细胞	NA	干燥综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康对照和干燥综合征小鼠的唾液腺单细胞RNA测序数据
8688	2024-09-11	Single cell and bulk RNA sequencing identifies tumor microenvironment subtypes and chemoresistance-related IGF1+ cancer-associated fibroblast in gastric cancer 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167123 PMID:38484940	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别了胃癌肿瘤微环境亚型及与化疗耐药相关的IGF1+癌症相关成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序数据识别了胃癌肿瘤微环境的四种亚型，并发现IGF1+癌症相关成纤维细胞与化疗耐药和胃癌复发相关	研究样本量有限，且仅限于胃癌患者，结果的普适性有待进一步验证	揭示胃癌肿瘤微环境的异质性及其对治疗反应的影响机制	胃癌肿瘤微环境及其亚型，特别是与化疗耐药相关的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR，双免疫荧光染色	非负矩阵分解（NMF）	RNA	50个胃癌样本，1406名胃癌患者
8689	2024-09-11	Fructose overconsumption accelerates renal dysfunction with aberrant glomerular endothelial-mesangial cell interactions in db/db mice 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167074 PMID:38354758	研究论文	研究探讨了过量果糖摄入对db/db小鼠肾脏功能的影响及其机制	建立了由过量果糖摄入引起的新型糖尿病模型，揭示了果糖摄入通过Lrg1介导的肾小球内皮细胞与系膜细胞之间的异常交流加速糖尿病肾病进展	研究仅在db/db小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨过量果糖摄入对糖尿病肾病进展的影响及其机制	db/db小鼠的肾脏功能及细胞间相互作用	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	db/db小鼠模型
8690	2024-09-11	Reprogramming macrophage by targeting VEGF and CD40 potentiates OX40 immunotherapy 2024-02-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149546 PMID:38266314	研究论文	研究通过靶向VEGF和CD40重编程巨噬细胞，增强OX40免疫疗法的抗肿瘤效果	首次分析了抗OX40治疗对巨噬细胞的抗肿瘤作用，并发现VEGF和CD40信号通路的动态变化，提出这些可能是提高抗OX40激动剂疗效的潜在联合靶点	研究仅限于体外实验和细胞水平的分析，尚未进行临床试验验证	探索提高OX40免疫疗法抗肿瘤疗效的机制和策略	肿瘤浸润免疫细胞、巨噬细胞、VEGF和CD40信号通路	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个时间点的肿瘤浸润免疫细胞样本
8691	2024-09-11	Increased Expression of Mevalonate Pathway-Related Enzymes in Angiotensin II-Induced Abdominal Aortic Aneurysms 2024, International heart journal IF:1.2Q3 DOI:10.1536/ihj.23-623 PMID:39085115	研究论文	研究探讨了血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中甲羟戊酸途径相关酶的表达变化	首次揭示了甲羟戊酸途径在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中的重要作用	仅限于动物模型研究，未涉及临床数据	探讨甲羟戊酸途径在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中的作用	腹主动脉瘤的形成和动脉重塑	心血管疾病	心血管疾病	Western blot和单细胞RNA测序	NA	蛋白质和RNA	包括Ang II 28D、Ang II 5D和Sham组
8692	2024-09-11	Transcriptomic analysis of the spatiotemporal axis of oogenesis and fertilization in C. elegans 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1436975 PMID:39224437	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行了转录组分析，揭示了卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件	本文首次对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行了详细的转录组分析，揭示了卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件，并提供了新的机制见解	本文仅限于对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行分析，未涉及其他物种或性别	研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件	秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个不同阶段的生殖系统组织和受精卵
8693	2024-09-11	Integrating single-cell transcriptomics to reveal the ferroptosis regulators in the tumor microenvironment that contribute to bladder urothelial carcinoma progression and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427124 PMID:39238647	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，通过非负矩阵分解（NMF）聚类分析，揭示了膀胱尿路上皮癌肿瘤微环境中铁死亡调控因子及其对癌症进展和免疫治疗的影响	首次通过单细胞转录组数据识别出膀胱癌肿瘤微环境中与铁死亡相关的新型细胞亚型，并发现ACSL4+CAFs和SDC1作为重要的膀胱癌生物标志物	本研究主要基于单细胞转录组数据进行分析，缺乏体内实验验证	探讨铁死亡在膀胱癌肿瘤微环境中的调控机制及其对癌症进展和免疫治疗的影响	膀胱尿路上皮癌肿瘤微环境中的细胞亚型及其与铁死亡的关系	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	转录组数据	未明确提及具体样本数量
8694	2024-09-11	The landscape of miRNA-mRNA regulatory network and cellular sources in inflammatory bowel diseases: insights from text mining and single cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454532 PMID:39238649	研究论文	本研究通过文本挖掘和单细胞RNA测序分析，构建了炎症性肠病中的miRNA-mRNA调控网络，并确定了关键miRNA的细胞来源及其在疾病发病机制中的作用	本研究通过整合多个数据库的预测和实验验证结果，构建了全面的miRNA-mRNA调控网络，并结合大规模单细胞RNA测序数据，确定了miRNA的细胞来源及其与临床状态和功能变化的关联	研究主要依赖于已发表的文献和现有数据库，可能存在样本多样性、平台变异性和批次效应等限制	构建全面的miRNA-mRNA调控网络，确定关键miRNA在炎症性肠病发病机制中的细胞来源和功能	炎症性肠病（包括溃疡性结肠炎和克罗恩病）中的miRNA-mRNA调控网络及其细胞来源	基因组学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	文本数据和基因表达数据	两个大规模单细胞RNA测序数据集
8695	2024-09-11	Obtention of viable cell suspensions from breast cancer tumor biopsies for 3D chromatin conformation and single-cell transcriptome analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1420308 PMID:39239354	研究论文	本文介绍了一种从乳腺癌肿瘤活检中获取高存活率细胞悬液的优化方案，并利用这些细胞悬液进行了3D染色质构象和单细胞转录组分析	提出了一种成本效益高的优化方案，能够从乳腺癌肿瘤活检中简单高效地获取高存活率细胞悬液	样本处理仍然是主要挑战，包括样本采集前的治疗、组织获取量、运输以及无法处理新鲜样本等问题	开发一种优化方案，从乳腺癌肿瘤活检中获取高存活率细胞悬液，以进行个性化肿瘤分子特征分析	乳腺癌肿瘤活检样本	NA	乳腺癌	Hi-C, 单细胞RNA测序	NA	细胞悬液	NA
8696	2024-09-11	Single cell RNA-sequencing delineates CD8+ tissue resident memory T cells maintaining rejection in liver transplantation 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96928 PMID:39239518	研究论文	本研究通过多组学方法分析了人（n=17）和鼠（n=16）肝移植样本，揭示了肝移植中CD8+组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的作用	本研究首次全面揭示了肝移植中CD8+组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的表达特征和功能作用	样本量相对较小，且仅限于人和鼠的肝移植样本	探讨肝移植中组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的免疫机制	人（n=17）和鼠（n=16）的肝移植样本	免疫学	肝移植	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫学技术	NA	RNA	人（n=17）和鼠（n=16）的肝移植样本，共235,116个细胞
8697	2024-09-11	MS4A1-PTGS2 axis induces taurine metabolic reprogramming to exacerbate abdominal aortic aneurysm progression 2024, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.99659 PMID:39239552	研究论文	本研究揭示了牛磺酸代谢重编程在腹主动脉瘤（AAA）发展和进展中的关键作用	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和加权基因共表达网络分析（WGCNA），首次将代谢变化与细胞外基质（ECM）和血管平滑肌细胞（SMCs）的功能联系起来，并引入了创新的代谢谱分析技术，识别出AAA中的差异代谢物，为非手术干预提供了潜在的生物标志物和治疗靶点	NA	研究腹主动脉瘤（AAA）的发展和进展机制	腹主动脉瘤（AAA）的细胞和分子机制	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	RNA，代谢物	使用小鼠模型（GSE152583数据集）和人类AAA组织样本进行分析
8698	2024-09-11	HMGB2 drives tumor progression and shapes the immunosuppressive microenvironment in hepatocellular carcinoma: insights from multi-omics analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1415435 PMID:39247201	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了HMGB2在肝细胞癌中的作用及其对免疫抑制微环境的影响	首次揭示了HMGB2在肝细胞癌进展和免疫抑制微环境中的关键作用	NA	优化肝细胞癌管理策略并提高患者预后	HMGB2在肝细胞癌中的表达及其对免疫抑制微环境的影响	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化	NA	RNA	多个肝细胞癌患者队列
8699	2024-09-11	Identification and Validation of Cytotoxicity-Related Features to Predict Prognostic and Immunotherapy Response in Patients with Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2024, Genetics research IF:1.4Q4 DOI:10.1155/2024/3468209 PMID:39247556	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，识别并验证了与细胞毒性相关的特征，以预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	本研究首次基于细胞毒性相关特征构建了透明细胞肾细胞癌的生存预测模型，并评估了其对免疫治疗反应的预测能力	本研究仅基于GSE224630数据集进行分析，未来需要更多数据集验证模型的普适性	开发一种基于细胞毒性相关特征的透明细胞肾细胞癌生存预测模型，并评估其对免疫治疗反应的预测能力	透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	风险模型	基因表达数据	11个透明细胞肾细胞癌亚群
8700	2024-09-11	Tuberculosis to lung cancer: application of tuberculosis signatures in identification of lung adenocarcinoma subtypes and marker screening 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.97898 PMID:39247607	研究论文	研究探讨了肺结核与肺腺癌之间的关联，并利用肺结核特征识别肺腺癌亚型和筛选标记物	首次全面利用肺结核特征进行生物信息学分析，识别肺腺癌亚型，并预测预后和潜在标记物	NA	阐明肺结核在肺腺癌发展中的作用，并识别肺腺癌亚型和潜在标记物	肺结核和肺腺癌的差异表达基因，以及肺腺癌的分子亚型和预后模型	数字病理学	肺腺癌	共识聚类分析，RT-qPCR	NA	转录组数据	六个队列的数据