单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8541	2024-09-14	Spatially informed clustering, integration, and deconvolution of spatial transcriptomics with GraphST 2023-03-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36796-3 PMID:36859400	研究论文	本文介绍了一种名为GraphST的图自监督对比学习方法，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积	GraphST结合了图神经网络和自监督对比学习，通过最小化空间相邻点的嵌入距离来学习信息丰富且具有区分性的点表示，从而优于现有方法	NA	开发一种新的分析工具，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积	空间转录组学数据中的基因表达谱	生物信息学	NA	图神经网络，自监督对比学习	图神经网络	基因表达数据	多个组织类型和技术平台的数据
8542	2024-09-14	SGLT2 inhibitors mitigate kidney tubular metabolic and mTORC1 perturbations in youth-onset type 2 diabetes 2023-03-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI164486 PMID:36637914	研究论文	研究探讨了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用	首次通过单细胞RNA测序和形态学数据分析了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中的分子机制	研究样本量较小，且仅限于青年2型糖尿病患者	探讨SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用	青年2型糖尿病患者的肾脏组织	NA	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	16名青年2型糖尿病患者和健康对照组
8543	2024-09-14	De-novo reconstruction and identification of transcriptional gene regulatory network modules differentiating single-cell clusters 2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad018 PMID:36879901	研究论文	本文介绍了一种名为DiNiro的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建和识别区分单细胞簇的转录基因调控网络模块	DiNiro方法能够揭示新的、相关的和深入的机制模型，不仅预测而且解释差异性细胞基因表达程序	NA	开发一种新的计算方法，从单细胞RNA测序数据中直接学习差异性调控疾病机制	单细胞RNA测序数据中的转录基因调控网络模块	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
8544	2024-09-14	Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat 2023-02-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36800-w PMID:36854676	研究论文	开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络	引入了NeuronChat，一种基于单细胞表达数据推断神经元间通信网络的新方法，并结合了人工整理的神经信号分子相互作用数据库	NA	开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络	神经元间的通信网络及其在不同生物背景下的变化	生物信息学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集
8545	2024-09-14	Single-cell gene regulatory network prediction by explainable AI 2023-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1212 PMID:36629274	研究论文	本文提出了一种可解释的深度学习方法scGeneRAI，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	本文提出的方法能够从单细胞层面重建基因调控网络，而现有最先进的方法只能预测细胞群体的平均网络	NA	通过单细胞基因调控网络的预测，揭示肿瘤细胞和正常上皮细胞的特征网络模式，并识别特定患者肿瘤细胞中的子网络	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序	深度学习	基因数据	一组人类肺癌的单细胞RNA测序数据
8546	2024-09-14	Pitfalls and opportunities for applying latent variables in single-cell eQTL analyses 2023-02-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02873-5 PMID:36823676	研究论文	本文探讨了在单细胞eQTL分析中应用潜在变量的陷阱和机遇	本文首次系统评估了PEER和PCA在单细胞eQTL分析中的表现，并提出了改进方法以提高eGenes的发现能力	本文主要集中在PEER和PCA方法的评估，未涵盖其他潜在变量方法	评估和改进在单细胞eQTL分析中使用潜在变量的方法	单细胞RNA-seq数据中的潜在变量应用	基因组学	NA	单细胞RNA-seq	PCA, PEER	基因表达数据	不同细胞类型的单细胞RNA-seq数据
8547	2024-09-14	ASGARD is A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs 2023-02-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36637-3 PMID:36813801	研究论文	提出了一种名为ASGARD的单细胞引导药物再利用管道，通过定义药物评分来推荐药物，考虑所有细胞簇以解决每个患者内的细胞间异质性	ASGARD在单药治疗方面显示出比基于大量细胞的药物再利用方法更好的平均准确性，并且在细胞簇级别的预测方法中也表现出色	NA	开发一种用于精准医学的单细胞引导药物再利用推荐工具	单细胞RNA测序数据和药物再利用	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	Triple-Negative-Breast-Cancer患者样本
8548	2024-09-14	Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer 2023-02-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36559-0 PMID:36810839	研究论文	本文介绍了一种用于从单细胞多组学数据中推断生物网络的深度学习方法DeepMAPS	DeepMAPS通过使用异构图和多头图变换器，在局部和全局上下文中学习细胞和基因之间的关系，从而有效地推断不同细胞类型中的活性生物网络及其对外部刺激的响应	NA	开发一种能够从单细胞多组学数据中有效推断生物网络的工具	单细胞多组学数据中的生物网络	机器学习	NA	单细胞多组学	多头图变换器	单细胞多组学数据	包括肺肿瘤白细胞CITE-seq数据和匹配的弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤scRNA-seq和scATAC-seq数据
8549	2024-09-14	Cell-type deconvolution of bulk RNA-Seq from kidney using opensource bioinformatic tools 2023-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.13.528258 PMID:36824792	研究论文	本文介绍了一种利用开源生物信息学工具从肾脏组织中进行bulk RNA-Seq细胞类型反卷积的方法	提出了一种用户友好的开源方法，利用已发表的单细胞RNA-Seq数据作为参考，评估bulk RNA-Seq数据中异质组织的细胞类型组成	该方法依赖于已有的单细胞RNA-Seq数据作为参考，可能不适用于所有类型的组织或样本	旨在解决传统bulk RNA-Seq无法评估异质组织中细胞类型组成的问题，以区分生物差异和技术差异	研究对象为雌性和雄性狒狒的肾脏皮质bulk RNA-Seq数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	雌性狒狒样本8个，雄性狒狒样本9个
8550	2024-09-14	Modeling Blast Crisis Using Mutagenized Chronic Myeloid Leukemia-Derived Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs) 2023-02-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12040598 PMID:36831265	研究论文	本文通过使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，特别是爆炸危机（BC-CML），以识别新的治疗靶点	首次使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，并识别出CD25作为CML进展的标志物	研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证	模拟CML的进展并识别新的治疗靶点	慢性髓性白血病（CML）的诱导多能干细胞（iPSCs）	细胞生物学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三组CML来源的iPSC细胞系，分别进行60天的ENU处理，并在造血分化第12天进行分析
8551	2024-09-14	Inducible disruption of Tet genes results in myeloid malignancy, readthrough transcription, and a heterochromatin-to-euchromatin switch 2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2214824120 PMID:37406303	研究论文	本文研究了在小鼠基因组中诱导性删除所有三个TET基因对骨髓恶性肿瘤、转录通读和异染色质到常染色质转换的影响	本文首次揭示了TET酶在DNA去甲基化之外的作用，包括增加转录通读和改变三维基因组组织	本文主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究TET酶缺乏对体内基因表达和基因组组织的影响	小鼠基因组中的TET基因和骨髓细胞	NA	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个骨髓细胞样本
8552	2024-09-14	Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Mouse Testicular Germ Cells Reveals Important Role of Phosphorylated GRTH/DDX25 in Round Spermatid Differentiation and Acrosome Biogenesis during Spermiogenesis 2023-Feb-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24043127 PMID:36834539	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析小鼠睾丸生殖细胞，揭示了磷酸化GRTH/DDX25在圆形精子细胞分化和顶体生物发生中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序分析了野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞，揭示了磷酸化GRTH在精子细胞分化和顶体形成中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨GRTH在不同精子发生阶段对生殖细胞发育的影响	小鼠睾丸生殖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞
8553	2024-09-14	Combined Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal the Metabolic Evolvement of Breast Cancer during Early Dissemination 2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202205395 PMID:36594618	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌早期扩散过程中代谢变化的动态过程	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌细胞在早期扩散过程中从糖酵解向氧化磷酸化的转变	研究样本量较小，仅包括四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结	揭示乳腺癌早期扩散过程中的代谢变化	乳腺癌细胞及其在早期扩散过程中的代谢变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	转录组数据	65,968个细胞，来自四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结
8554	2024-09-14	TCR-engineered adoptive cell therapy effectively treats intracranial murine glioblastoma 2023-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-006121 PMID:36808076	研究论文	本文研究了TCR工程化的细胞疗法在治疗小鼠脑胶质母细胞瘤中的有效性	首次在临床前胶质瘤模型中生成了针对内源性新抗原的TCR转基因小鼠，并展示了新抗原特异性T细胞的转移治疗潜力	MISTIC T细胞疗法在具有异质性mImp3表达的肿瘤小鼠中失效，展示了靶向治疗在多克隆人类肿瘤中的障碍	研究TCR工程化细胞疗法在治疗脑胶质母细胞瘤中的潜力	小鼠脑胶质母细胞瘤模型GL261	数字病理学	脑胶质母细胞瘤	单细胞PCR、流式细胞术、单细胞RNA测序、全外显子和RNA测序	TCR转基因小鼠	基因组数据	多个GL261-bearing小鼠样本
8555	2024-09-14	Human ureteric bud organoids recapitulate branching morphogenesis and differentiate into functional collecting duct cell types 2023-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01429-5 PMID:36038632	研究论文	本文描述了从人类多能干细胞（hPSCs）高效、无血清分化为输尿管芽（UB）类器官和功能性集合管细胞的方法	本文首次展示了从hPSCs高效分化为UB类器官和功能性集合管细胞，并展示了其在三维基质中形成分支形态发生的能力	NA	研究旨在开发一种高效的方法，将人类多能干细胞分化为功能性输尿管和集合管上皮细胞，以促进肾脏再生医学	人类多能干细胞（hPSCs）及其分化产物输尿管芽（UB）类器官和集合管细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
8556	2024-09-14	Statistical Power Analysis for Designing Bulk, Single-Cell, and Spatial Transcriptomics Experiments: Review, Tutorial, and Perspectives 2023-01-24, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13020221 PMID:36830591	综述	本文综述了批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学实验设计中的统计功效分析	本文首次系统地讨论了三种基因表达谱技术（批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学）的统计功效分析，并提供了现有工具的综述和建议	目前尚无针对高通量空间转录组学的统计功效分析工具，因此本文仅探讨了影响功效分析的因素	探讨不同基因表达谱技术在实验设计中的统计功效分析	批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和高通量空间转录组学	基因组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	NA
8557	2024-09-14	Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data 2023-Jan-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1 PMID:36747625	研究论文	本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据	MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案	NA	开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据	单细胞转录组数据的标准化和整合	生物信息学	NA	单细胞转录组学	无模型方法	基因表达矩阵	约一百万个细胞
8558	2024-09-14	Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala 2023-01-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.84262 PMID:36661218	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射	开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络	NA	系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能	中央杏仁核中的细胞类型及其投射	神经科学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记	NA	基因表达数据	约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元
8559	2024-09-14	Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells 2023-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276600.122 PMID:36414416	研究论文	本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞	提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法	NA	开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理	循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	6名患者的循环肿瘤细胞
8560	2024-09-14	Single-Cell Transcriptomic Census of Endothelial Changes Induced by Matrix Stiffness and the Association with Atherosclerosis 2022-Nov-17, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202203069 PMID:36816792	研究论文	研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的影响及其与动脉粥样硬化的关联	首次在单细胞分辨率下研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的调控作用，并揭示了新的间充质-内皮反向转化轨迹	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的相互作用	探讨基质硬度对内皮细胞可塑性和动脉粥样硬化进展的影响	人冠状动脉内皮细胞及其在不同基质硬度下的转录特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人冠状动脉内皮细胞在生理和病理基质硬度下的培养样本