单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8401	2024-09-16	Sensitive cluster-free differential expression testing 2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.08.531744 PMID:36945506	研究论文	本文介绍了一种无聚类的差异表达测试框架miloDE，用于单细胞RNA测序数据	提出了miloDE框架，通过利用单细胞数据的图表示法，将相对同质的相邻细胞分配到重叠的邻域中，从而避免了传统聚类方法的局限性	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中差异表达测试的敏感性和特异性	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括模拟数据和真实数据，真实数据涉及缺乏Tal1的嵌合小鼠胚胎和特发性肺纤维化患者中的巨噬细胞
8402	2024-09-16	A cellular taxonomy of the adult human spinal cord 2023-02-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.007 PMID:36731429	研究论文	本文通过单核RNA测序结合空间转录组学和抗体验证，对成人脊髓进行了细胞分类	首次对成人脊髓进行了详细的细胞分类，并发现了与肌萎缩侧索硬化症（ALS）相关的基因特征	研究主要集中在成人脊髓，未涉及其他年龄段或病理状态	揭示成人脊髓的细胞多样性及其在人类疾病中的作用	成人脊髓中的神经元和胶质细胞	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单核RNA测序、空间转录组学、抗体验证	NA	RNA序列	29个胶质细胞簇和35个神经元簇
8403	2024-09-16	Integrative network-based analysis on multiple Gene Expression Omnibus datasets identifies novel immune molecular markers implicated in non-alcoholic steatohepatitis 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1115890 PMID:37008925	研究论文	本研究通过整合多个GEO数据集，利用网络生物学方法识别与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新型免疫分子标记	首次通过整合多个GEO数据集，利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与NASH相关的免疫响应模块，并验证了关键基因在临床样本和NASH小鼠模型中的表达	研究依赖于公开的GEO数据集，可能存在数据质量和样本代表性的局限性	探索与非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的新基因	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关的基因和免疫分子标记	生物信息学	肝病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	五个独立的GEO数据集
8404	2024-09-16	Host cell maturation modulates parasite invasion and sexual differentiation in Plasmodium berghei 2022-04-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abm7348 PMID:35476438	研究论文	本文研究了宿主细胞成熟对疟原虫入侵和性分化的影响	首次全面分析了宿主细胞成熟状态对疟原虫适应性的关键作用	NA	探讨宿主细胞成熟状态如何影响疟原虫的入侵和性分化	疟原虫在宿主红细胞中的复制和性分化过程	NA	疟疾	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8405	2024-09-16	Whole-animal multiplexed single-cell RNA-seq reveals transcriptional shifts across Clytia medusa cell types 2021-Nov-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abh1683 PMID:34826233	研究论文	本文介绍了水螅水母的整个生物体的转录组细胞图谱，并描述了其组成细胞类型对扰动的响应	本文引入了高分辨率、全生物体、多重单细胞基因组学的工作流程，适用于其他传统或非传统模式生物	NA	研究水螅水母细胞类型对扰动的响应	水螅水母的细胞类型及其对扰动的响应	基因组学	NA	多重单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个水螅水母样本，包括对照和扰动条件
8406	2024-09-16	Macrophages orchestrate the expansion of a proangiogenic perivascular niche during cancer progression 2021-Nov-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abg9518 PMID:34730997	研究论文	研究肿瘤相关巨噬细胞在癌症进展中调控血管周围微环境的作用	首次揭示了Lyve-1阳性巨噬细胞在维持血管周围间充质细胞群体中的关键作用，并阐明了其通过调控血小板衍生生长因子-CC依赖的血管周围间充质细胞扩增，促进血管生成微环境的形成	研究基于自发的小鼠乳腺腺癌模型，结果的临床转化性有待进一步验证	探讨肿瘤相关巨噬细胞在癌症进展中的作用机制	肿瘤相关巨噬细胞及其在血管生成中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自自发小鼠乳腺腺癌模型的肿瘤相关巨噬细胞样本
8407	2024-09-15	Spatial transcriptomics in pancreatic cancer: Advances, prospects and challenges 2024-Nov, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2024.104430 PMID:38942220	综述	本文综述了空间转录组学在胰腺癌研究中的进展、前景和挑战	空间转录组学技术整合了细胞位置和全转录表达信息，提供了对胰腺癌微环境中细胞亚型时空变化的详细观察	空间转录组学技术在胰腺癌中的临床应用场景和技术局限性仍需进一步探索	探讨空间转录组学在胰腺癌研究中的应用及其对肿瘤异质性和免疫微环境的理解	胰腺癌中的肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
8408	2024-09-15	A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma 2024-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371 PMID:39209222	研究论文	本文通过机器学习框架模型构建了与胰腺腺癌相关的硫化物死亡的预后生物标志物	首次将硫化物死亡与胰腺腺癌的机制和免疫浸润模式联系起来，并构建了相关的预后模型	研究样本量较小，仅基于GSE154778 scRNA-seq数据集的16个样本进行分析	探索胰腺腺癌的机制和免疫浸润模式，并构建相关的预后生物标志物	胰腺腺癌患者的硫化物死亡相关基因和免疫浸润模式	数字病理学	胰腺癌	LASSO回归	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据	16个胰腺腺癌样本
8409	2024-09-15	Identification of gene and protein signatures associated with long-term effects of COVID-19 on the immune system after patient recovery by analyzing single-cell multi-omics data using a machine learning approach 2024-Oct-03, Vaccine IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.vaccine.2024.126253 PMID:39182316	研究论文	本文通过分析单细胞多组学数据，使用机器学习方法识别与COVID-19长期免疫效应相关的基因和蛋白质特征	首次结合单细胞多组学数据和多种机器学习算法，系统分析了COVID-19康复患者免疫系统的长期变化	研究样本量较小，且仅限于COVID-19康复患者和健康对照组，未来需扩大样本量和研究范围	探究COVID-19康复患者免疫系统的长期变化及其分子机制	COVID-19康复患者和健康对照组的免疫细胞亚型及其多组学特征	机器学习	COVID-19	单细胞多组学分析	LASSO、MCFS、RF、CATBoost、XGBoost、决策树、k-近邻	单细胞RNA测序、表面蛋白、转录组	COVID-19康复患者和健康对照组，具体数量未明确提及
8410	2024-09-15	Biomarker discovery in hepatocellular carcinoma (HCC) for personalized treatment and enhanced prognosis 2024-Oct, Cytokine & growth factor reviews IF:9.3Q1 DOI:10.1016/j.cytogfr.2024.08.006 PMID:39191624	研究论文	本文探讨了肝细胞癌（HCC）中生物标志物的发现及其在个性化治疗和预后改善中的应用	本文介绍了下一代测序（NGS）、质谱分析和液体活检等先进技术在HCC分子景观研究中的应用，并强调了免疫标志物如PD-L1表达和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在指导免疫治疗中的作用	本文指出生物标志物验证、标准化、临床实践整合和成本相关障碍等挑战	本文旨在通过发现生物标志物来解决HCC诊断和治疗中的挑战，以实现早期检测、精确诊断和个性化治疗	本文主要研究肝细胞癌（HCC）及其相关生物标志物	数字病理学	肝癌	下一代测序（NGS）、质谱分析、液体活检	NA	NA	NA
8411	2024-09-15	Exploring the role of KIR3DL2 on NK cells in hepatocellular carcinoma and its potential prognostic implications 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110637 PMID:39262781	研究论文	本研究探讨了KIR3DL2在肝细胞癌中对自然杀伤细胞的作用及其潜在的预后意义	首次通过单细胞测序分析了原发性和复发性肝细胞癌患者肿瘤及邻近组织中免疫细胞的数量和基因表达谱，揭示了KIR3DL2表达与NK细胞耗竭及预后的关系	研究样本量较小，需要进一步的大规模验证	识别肝细胞癌的预后分子标志物	肝细胞癌患者的肿瘤及邻近组织	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	原发性和复发性肝细胞癌患者的肿瘤及邻近组织样本
8412	2024-09-15	Targeting ALDOA to modulate tumorigenesis and energy metabolism in retinoblastoma 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110725 PMID:39262779	研究论文	本研究旨在阐明醛缩酶A（ALDOA）在视网膜母细胞瘤（RB）中的关键作用，并评估ALDOA抑制剂衣康酸在阻碍RB进展中的潜力	本研究首次揭示了ALDOA在视网膜母细胞瘤中的过度表达及其对细胞活性和代谢的影响，并验证了衣康酸作为ALDOA抑制剂的有效性	本研究主要集中在细胞和组织水平，尚未在临床试验中验证其疗效	阐明ALDOA在视网膜母细胞瘤中的作用并探索新的治疗策略	视网膜母细胞瘤细胞和组织	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种细胞类型，包括锥前体细胞、类视网膜母细胞瘤细胞和视网膜母细胞瘤样细胞，以及视网膜母细胞瘤组织和细胞系
8413	2024-09-15	Genetic association with autoimmune diseases identifies molecular mechanisms of coronary artery disease 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110715 PMID:39262791	研究论文	本研究利用全基因组关联研究（GWAS）数据探讨自身免疫性疾病与冠状动脉疾病（CAD）之间的遗传关联，并识别出潜在的炎症治疗靶点	通过交叉表型关联分析（CPASSOC）和重叠分析识别出多效性SNP，并使用孟德尔随机化（MR）和共定位（COLOC）方法识别因果SNP，进一步通过SNP-基因映射识别出与自身免疫和CAD相关的多效性和因果基因及通路	NA	探讨自身免疫性疾病与冠状动脉疾病之间的遗传关联	自身免疫性疾病与冠状动脉疾病之间的遗传关联	遗传学	心血管疾病	全基因组关联研究（GWAS）	NA	基因数据	NA
8414	2024-09-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Repair Features of Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cells 2024-Sep-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202310-1975OC PMID:38564376	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术揭示人脐带间充质干细胞的修复特征，并探讨其在慢性肺病中的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序技术分析人脐带间充质干细胞的转录组特征，并发现具有祖细胞样转录组的干细胞在实验性支气管肺发育不良中表现出更好的肺保护作用	临床试验结果尚未完全匹配前期研究的潜力，缺乏定义功能性不同干细胞的具体标准	确定并关联单细胞人脐带间充质干细胞的转录组特征与治疗潜力	人脐带间充质干细胞和人类新生儿真皮成纤维细胞	数字病理学	慢性肺病	单细胞RNA测序	NA	转录组	五个足月捐赠者的脐带间充质干细胞和人类新生儿真皮成纤维细胞
8415	2024-09-15	SLC8A1, a novel prognostic biomarker and immunotherapy target in RSA and UCEC based on scRNA-seq and pan-cancer analysis 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36899 PMID:39263055	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和泛癌分析，鉴定了SLC8A1作为RSA和UCEC的新型预后生物标志物和免疫治疗靶点	首次将SLC8A1鉴定为RSA和UCEC的预后生物标志物和免疫治疗靶点	仅限于体外实验，未进行临床试验验证	鉴定RSA和UCEC的预后生物标志物和免疫治疗靶点	RSA和UCEC患者样本	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	RSA蜕膜样本
8416	2024-09-15	PGRMC2 influences the onset of postmenopausal osteoporosis through disulfidptosis in monocytes: Evidence from experimental validation and Mendelian randomization 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36570 PMID:39263088	研究论文	研究探讨了硫化物死亡在单核细胞中的作用及其与绝经后骨质疏松症的关系	首次将PGRMC2与绝经后骨质疏松症的病理机制联系起来，并提供了实验验证和孟德尔随机化分析的支持	研究主要基于实验动物模型和数据库分析，需要进一步的人体临床试验验证	探索PGRMC2在绝经后骨质疏松症发病机制中的作用	单核细胞、骨组织、骨髓间充质干细胞、成骨细胞和脂肪细胞	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序、微阵列分析、Western blotting、免疫组化、孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	使用了去卵巢小鼠模型和来自decode和GWAS数据库的数据
8417	2024-09-15	Dissection of the cell communication interactions in lung adenocarcinoma identified a prognostic model with immunotherapy efficacy assessment and a potential therapeutic candidate gene ITGB1 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36599 PMID:39263115	研究论文	研究揭示了肺腺癌中细胞通讯交互作用，并开发了一种预测免疫治疗效果的预后模型，同时发现ITGB1基因作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序数据分析肺腺癌中的细胞通讯网络，并开发了一种新的预后模型和免疫治疗反应预测模型	NA	解析肺腺癌中的细胞通讯和分子模式，以发现新的生物标志物和免疫治疗反应预测因子	肺腺癌患者的肿瘤微环境中的细胞通讯交互作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NMF算法	基因表达数据	多个肺腺癌患者队列的单细胞RNA测序数据
8418	2024-09-15	Chemically programmed metabolism drives a superior cell fitness for cartilage regeneration 2024-Sep-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4408 PMID:39259800	研究论文	本研究通过药物筛选发现化合物FPH2能显著提高人软骨细胞的适应性和软骨修复能力	首次发现FPH2通过抑制肉毒碱棕榈酰转移酶I和优化代谢稳态来增强软骨细胞的适应性	NA	探索提高软骨细胞适应性和软骨再生的新方法	人软骨细胞和关节软骨	生物医学工程	骨关节炎	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及大鼠动物模型和体外细胞实验
8419	2024-09-15	BCAA-producing Clostridium symbiosum promotes colorectal tumorigenesis through the modulation of host cholesterol metabolism 2024-Sep-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1 DOI:10.1016/j.chom.2024.07.012 PMID:39106870	研究论文	本文研究了Clostridium symbiosum在结直肠癌发生中的作用及其机制	首次发现Clostridium symbiosum通过调节宿主胆固醇代谢促进结直肠癌的发生	NA	探讨Clostridium symbiosum在结直肠癌发生中的作用及其机制	Clostridium symbiosum、结直肠癌患者、小鼠模型	NA	结直肠癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个小鼠模型和结直肠癌患者肿瘤组织
8420	2024-09-15	Targeting ribosome biogenesis as a novel therapeutic approach to overcome EMT-related chemoresistance in breast cancer 2024-Sep-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.89486 PMID:39259576	研究论文	本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和小鼠单细胞RNA测序分析了肿瘤细胞的EMT状态，发现抑制RiBi途径可以有效克服乳腺癌化疗耐药性	首次揭示了RiBi在EMT和MET过程中的关键作用，并证明了RiBi抑制剂与化疗药物联合使用可以显著减少肿瘤细胞的转移	研究主要在小鼠模型中进行，需要在临床试验中进一步验证	探索克服乳腺癌化疗耐药性的新疗法	乳腺癌细胞的EMT和MET过程	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的肿瘤细胞