单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8421	2024-09-15	Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq reveals ubiquitin promotes pulmonary fibrosis in chronic pulmonary diseases 2024-09-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-70659-1 PMID:39261509	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了泛素在慢性肺部疾病中的肺纤维化病理机制	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了泛素在慢性肺部疾病中的异常表达及其与肺纤维化的关系	在独立的小鼠单细胞图谱中未能验证泛素化增强的现象，表明模型需要优化	阐明慢性肺部疾病的病理机制并推动药物开发	慢性阻塞性肺病（COPD）、间质性肺病（ILD）和特发性肺纤维化（IPF）	数字病理学	慢性呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（bulk RNA-Seq）	NA	RNA测序数据	人类和小鼠的单细胞转录组数据，以及COVID-19、ILD和IPF的批量RNA数据
8422	2024-09-15	A natural language processing system for the efficient extraction of cell markers 2024-09-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72204-6 PMID:39261578	研究论文	介绍了一种用于从文献中高效提取细胞标记的自然语言处理系统MarkerGeneBERT	开发了MarkerGeneBERT系统，能够从单细胞测序相关研究中提取物种、组织、细胞类型和细胞标记基因的关键信息，并展示了其在细胞标记数据库补充和单细胞RNA测序数据注释中的应用	系统在完整性和准确性方面仍有提升空间，分别为76%和75%	加速和增强单细胞RNA测序数据的注释和解释	单细胞RNA测序研究中的细胞标记提取	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	BERT	文本	3702篇单细胞测序相关研究文章，涵盖7901个细胞标记和1606种细胞类型，以及8223个细胞标记和1674种细胞类型
8423	2024-09-15	Integrative genomics unveils basement membrane-related diagnostic markers and therapeutic targets in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Sep-11, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00529-3 PMID:39256753	研究论文	本研究通过综合基因组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌中与基底膜相关的诊断标志物和治疗靶点	首次系统性地分析了基底膜相关基因在食管鳞状细胞癌诊断中的作用，并发现了七个关键的基底膜相关基因作为潜在的诊断标志物和治疗靶点	研究主要基于数据库中的基因表达数据，缺乏临床样本的直接验证	评估基底膜完整性在食管鳞状细胞癌中的诊断和治疗潜力	食管鳞状细胞癌及其基底膜相关基因	基因组学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO、RF、SVM-RFE	基因表达数据	使用Gene Expression Omnibus (GEO) 和 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库中的数据
8424	2024-09-15	Spatial resolved transcriptomics reveals distinct cross-talk between cancer cells and tumor-associated macrophages in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Sep-11, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00648-z PMID:39256888	研究论文	本文通过空间转录组学技术揭示了肝内胆管癌中癌细胞与肿瘤相关巨噬细胞之间的相互作用	首次在空间分辨率上全面描述了肝内胆管癌中肿瘤相关巨噬细胞与恶性亚克隆之间的相互作用	NA	研究肝内胆管癌中肿瘤微环境内细胞成分的空间结构及其基因表达的病理变化和细胞异质性	肝内胆管癌中的肿瘤相关巨噬细胞与恶性亚克隆	数字病理学	肝内胆管癌	空间转录组学 (ST) 和数字空间分析 (DSP)	NA	组织切片	来自肝内胆管癌患者的肿瘤组织切片
8425	2024-09-15	Deciphering the impact of aggregated autophagy-related genes TUBA1B and HSP90AA1 on colorectal cancer evolution: a single-cell sequencing study of the tumor microenvironment 2024-Sep-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01322-4 PMID:39259234	研究论文	研究聚合自噬相关基因TUBA1B和HSP90AA1对结直肠癌演化的影响，使用单细胞测序技术分析肿瘤微环境	首次探讨聚合自噬相关过程如何增强肿瘤微环境并削弱免疫功能	NA	研究聚合自噬与结直肠癌的关系，解释肿瘤微环境的异质性，探索个性化治疗的可能性	结直肠癌的肿瘤微环境中的不同亚群及其自噬水平	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	细胞	Caco-2和Colo-205细胞系
8426	2024-09-15	A new exploration: characterization of the differentiation trajectory of prostate cancer cells 2024-Sep-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01303-7 PMID:39259257	研究论文	本研究利用单细胞数据分析了前列腺癌肿瘤细胞及其相关上皮细胞的异质性，特别关注了正常组织中上皮细胞的分化状态	通过亚型配对分析，发现肿瘤相关上皮细胞亚群的特征与原始的普遍特征不一致，揭示了YY1、NKX3-1、EHF和ATF3在肿瘤相关上皮细胞中的转录活性差异	这是一项初步的探索性研究，存在一些不足和局限性	深入研究前列腺癌的基因表达模式，以理解其形成和发展	前列腺癌肿瘤细胞及其相关上皮细胞的分化轨迹	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞数据	使用来自GEO数据库的单细胞数据
8427	2024-09-15	Expression and biological significance of topoisomerase II α (TOP2A) in oral squamous cell carcinoma 2024-Sep-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01295-4 PMID:39254737	研究论文	研究了拓扑异构酶IIα（TOP2A）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的表达及其生物学意义	首次系统分析了TOP2A在OSCC中的表达及其与OSCC细胞增殖的关系	样本量相对较小，且仅限于口腔鳞状细胞癌	探讨TOP2A在口腔鳞状细胞癌中的表达及其生物学意义	口腔鳞状细胞癌组织和正常口腔组织	NA	口腔癌	免疫组织化学染色分析、高通量测序、基因微阵列分析、CRISPR筛选、单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA	20名OSCC患者组织样本，1240个OSCC样本和428个非OSCC口腔组织样本
8428	2024-09-15	A spatiotemporal comparative analysis on tumor immune microenvironment characteristics between neoadjuvant chemotherapy and preoperative immunotherapy for ESCC 2024-Sep-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06986-y PMID:39256364	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，从时间和空间维度分析了食管鳞状细胞癌（ESCC）在术前化疗和免疫治疗后的肿瘤免疫微环境特征	首次系统地比较了术前化疗和免疫治疗对ESCC免疫微环境的影响，并发现了CD52和ID3作为潜在的ESCC生物标志物	研究仅限于ESCC患者，且样本量未明确提及	探讨术前化疗和免疫治疗对食管鳞状细胞癌免疫微环境的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
8429	2024-09-15	Full-length target sequences of GeoMx digital spatial profiling probes reveal that gene-promiscuity predicts probe sensitivity to EDTA tissue decalcification 2024-09-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72335-w PMID:39256467	研究论文	研究了GeoMx数字空间分析探针对EDTA组织脱钙作用的敏感性与探针基因杂合性的关系	揭示了探针基因杂合性是影响探针对EDTA脱钙敏感性的重要因素	NA	探讨GeoMx数字空间分析探针对EDTA组织脱钙作用的敏感性及其影响因素	GeoMx数字空间分析探针及其对EDTA脱钙作用的敏感性	数字病理学	NA	数字空间分析	NA	转录组数据	NA
8430	2024-09-15	Identification of neutrophil extracellular trap-related biomarkers in non-alcoholic fatty liver disease through machine learning and single-cell analysis 2024-09-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72151-2 PMID:39256536	研究论文	通过机器学习和单细胞分析识别非酒精性脂肪肝病中与中性粒细胞外陷阱相关的生物标志物	本研究利用AddModuleScore、ssGSEA和WGCNA等技术，结合随机森林、支持向量机、最小绝对收缩和选择算子等算法，识别了与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的关键基因，并构建了预测模型	研究主要基于单细胞和批量转录组数据，未来需要更多临床验证和跨平台验证	探索非酒精性脂肪肝病中中性粒细胞外陷阱相关基因的分子特征，并识别潜在的生物标志物	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因	机器学习	肝病	AddModuleScore, ssGSEA, WGCNA, scRNA-seq	随机森林, 支持向量机, 最小绝对收缩和选择算子	基因表达数据	116个与NETs相关的基因
8431	2024-09-15	Characteristics and transcriptional regulators of spontaneous epithelial-mesenchymal transition in genetically unperturbed patient-derived non-spindled breast carcinoma 2024-Sep-10, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-024-01888-5 PMID:39256881	研究论文	研究了在遗传未扰动的非纺锤形乳腺癌中自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子	首次探讨了在非纺锤形乳腺癌中自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子，发现ZEB1和ZEB2在EMT过程中的关键作用	研究仅限于非纺锤形乳腺癌，未涵盖其他类型的癌症	探讨自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子	非纺锤形乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	RNA测序 (RNA-seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 原位RNA测序	NA	RNA	NA
8432	2024-08-07	Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02326-2 PMID:38977827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8433	2024-09-15	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	研究了人类肠道肠内分泌细胞中G蛋白信号调节因子（RGS）的表达及其在肥胖和健康状态下对饱腹激素分泌的潜在作用	首次揭示了RGS在人类肠内分泌细胞中的表达谱及其在肥胖状态下的变化，并提出了RGS蛋白作为肠道肠内分泌细胞分泌GLP-1和PYY的调节因子的可能性	研究样本量有限，且主要集中在肠道组织，未来需要更大规模的研究来验证这些发现	探讨RGS在人类肠内分泌细胞中的表达及其在肥胖和健康状态下对饱腹激素分泌的影响	人类肠道肠内分泌细胞中的RGS表达及其在肥胖和健康状态下的变化	NA	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	61名患者（其中42名肥胖，19名健康）的肠道组织和部分患者的餐后血浆
8434	2024-09-15	Lymphotoxin-β promotes breast cancer bone metastasis colonization and osteolytic outgrowth 2024-Sep, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01478-9 PMID:39147874	研究论文	研究探讨了淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的作用及其分子机制	首次揭示了淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	NA	研究淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的分子机制及其治疗潜力	乳腺癌骨转移中的肿瘤细胞和骨微环境	NA	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个乳腺癌模型中的肿瘤细胞和骨微环境样本
8435	2024-09-15	Loss-of-function variants in RNA binding motif protein X-linked induce neuronal defects contributing to amyotrophic lateral sclerosis pathogenesis 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.712 PMID:39263607	研究论文	研究探讨了m6A相关基因的遗传缺陷在肌萎缩侧索硬化症（ALS）发病机制中的作用	揭示了RNA结合基序蛋白X-linked（RBMX）变异在ALS患者中的显著富集，并发现这些变异与不良临床结果显著相关	研究样本仅包括508名ALS患者和1660名匹配的对照组，样本量有限	探索m6A相关基因的遗传缺陷在ALS发病机制中的作用	m6A相关基因的突变情况及其在ALS中的作用	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	全外显子测序	NA	基因数据	508名ALS患者和1660名匹配的对照组
8436	2024-09-15	Adenoid cystic carcinoma: insights from molecular characterization and therapeutic advances 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.734 PMID:39263605	综述	本文综述了腺样囊性癌（ACC）的病理和分子特征，并探讨了基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的最新治疗进展	利用单细胞RNA测序揭示了ACC的异质性和亚群多样性，为个性化治疗提供了新视角	NA	探讨腺样囊性癌的分子特征和治疗进展	腺样囊性癌	NA	唾液腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
8437	2024-09-15	Identifying epithelial-mesenchymal transition-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of hepatocellular carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data 2024-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-521 PMID:39262476	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种用于肝细胞癌（HCC）预后预测的新型模型	本研究的创新点在于结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，开发了一种新的肝细胞癌预后预测模型，并揭示了与上皮-间质转化（EMT）相关的基因在HCC进展中的临床意义	本研究的局限性在于仅基于特定的基因表达数据构建模型，未考虑其他可能影响预后的因素	本研究旨在通过整合单细胞和批量RNA测序数据，发现新的肝细胞癌预后生物标志物，并提高预后预测的准确性	本研究的研究对象是肝细胞癌（HCC）患者及其预后相关的基因和临床特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox比例风险模型	基因表达数据	NA
8438	2024-09-15	Upregulation of CKS2 in immunosuppressive cells is associated with metastasis and poor prognosis in prostate cancer: a single-cell RNA-sequencing analysis 2024-Aug-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-2100 PMID:39262475	研究论文	研究探讨了免疫抑制细胞中CKS2的上调与前列腺癌转移和预后不良的关系	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了CKS2在免疫抑制细胞中的上调与前列腺癌转移和预后不良的关联	研究主要基于GEO数据库的数据，可能存在数据偏差	探究免疫抑制环境如何促进前列腺癌转移并恶化患者预后	前列腺癌患者的免疫抑制细胞和CKS2基因	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8439	2024-09-15	Identifying novel risk genes in intracranial aneurysm by integrating human proteomes and genetics 2024-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae111 PMID:39084678	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传数据，识别颅内动脉瘤的新风险基因	采用多维高通量数据整合蛋白质组关联研究、转录组关联研究、孟德尔随机化分析和贝叶斯共定位分析，优先筛选出可能增加颅内动脉瘤风险的基因	未发现具有顺式调控血浆蛋白水平的显著基因与颅内动脉瘤相关	识别颅内动脉瘤的新风险基因	颅内动脉瘤的风险基因	生物信息学	脑血管疾病	全基因组关联研究 (GWAS), 蛋白质组关联研究 (PWAS), 转录组关联研究 (TWAS), 孟德尔随机化 (MR), 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 基因集富集分析 (GSEA)	NA	蛋白质组数据, 转录组数据, 基因组数据	NA
8440	2024-09-15	Dissection of triple-negative breast cancer microenvironment and identification of potential therapeutic drugs using single-cell RNA sequencing analysis 2024-Aug, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.100975 PMID:39263352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了三阴性乳腺癌的微环境特征，并识别出潜在的治疗药物	首次在单细胞分辨率下解析了三阴性乳腺癌的微环境，并发现了与肿瘤细胞增殖相关的关键细胞亚群和潜在治疗靶点	研究结果主要基于体外实验和动物模型，需要在临床试验中进一步验证	揭示三阴性乳腺癌的微环境特征，并寻找潜在的治疗药物	三阴性乳腺癌的肿瘤微环境和潜在治疗靶点	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括肿瘤和健康乳腺组织样本