单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8381	2024-09-17	Salivary gland organoid culture maintains distinct glandular properties of murine and human major salivary glands 2022-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30934-z PMID:35672412	研究论文	本文介绍了在小鼠和人唾液腺类器官培养中维持特定腺体特性的方法	首次建立了长期的小鼠和人类唾液腺类器官培养，并展示了这些类器官在神经递质刺激下保持腺体功能的能力	未提及具体限制	开发一种实验平台，用于探索组织再生和抗癌治疗时代的精准医学	小鼠和人类唾液腺类器官	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠和人类唾液腺细胞
8382	2024-09-16	Reconstitution of the Multiple Myeloma Microenvironment Following Lymphodepletion with BCMA CAR-T Therapy 2024-Sep-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0352 PMID:39024031	研究论文	研究了BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	揭示了BCMA CAR-T疗法后多发性骨髓瘤微环境的动态变化，并提供了预测治疗反应性的线索	样本量较小，仅涉及七名患者	研究BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个骨髓样本，来自7名患者
8383	2024-09-15	Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057 PMID:39110523	综述	本文综述了空间转录组学数据中细胞成分推断的计算策略和算法	总结了最新的细胞比例估计进展，并展望了该领域的未来方向	当前空间技术无法直接测量细胞信息，只能通过空间点进行特征化	总结和展望空间转录组学数据中细胞成分推断的计算方法	空间转录组学数据中的细胞成分	生物信息学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
8384	2024-09-16	Exploring the relationship between the interleukin family and lung adenocarcinoma through Mendelian randomization and RNA sequencing analysis 2024-Sep-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01325-1 PMID:39264458	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和RNA测序分析探索白细胞介素家族与肺腺癌之间的关系	首次通过孟德尔随机化和RNA测序分析揭示了白细胞介素因子与肺腺癌发生和进展的因果关系	研究主要基于数据集分析，缺乏体内实验验证	揭示白细胞介素因子与肺腺癌之间的关联	白细胞介素因子与肺腺癌	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	多个中心的患者样本
8385	2024-09-16	Cellular origin and clonal evolution of human dedifferentiated liposarcoma 2024-Sep-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52067-1 PMID:39266532	研究论文	研究了人类去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆进化	通过单细胞RNA测序、DNA测序、原位多重免疫荧光和功能实验，揭示了去分化脂肪肉瘤中肿瘤脂肪干细胞的起源及其在克隆进化中的作用	NA	探讨去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆进化机制	去分化脂肪肉瘤中的肿瘤脂肪干细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	脂肪肉瘤	单细胞RNA测序、DNA测序、原位多重免疫荧光	NA	基因组数据	来自原发性去分化脂肪肉瘤肿瘤的配对WD和DD成分
8386	2024-09-16	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-Sep-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本文研究了Maf在B细胞中的表达对反应性浆母细胞和生发中心B细胞扩张的限制作用	首次揭示了Maf在B细胞中作为负调控因子，限制了浆母细胞的增殖和生发中心B细胞的形成	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类B细胞的研究	探讨Maf在B细胞分化和适应性免疫反应中的作用	小鼠B细胞中的Maf表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Maf缺陷小鼠和野生型对照小鼠的脾脏B细胞
8387	2024-09-16	Spatial transcriptomics reveals tumor-derived SPP1 induces fibroblast chemotaxis and activation in the hepatocellular carcinoma microenvironment 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05613-w PMID:39267037	研究论文	研究揭示了肝细胞癌微环境中肿瘤细胞分泌的SPP1诱导成纤维细胞趋化和激活的机制	首次阐明了SPP1-CD44信号轴在肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用中的关键作用	研究主要基于公共数据库的数据和临床样本，缺乏体内外实验的直接验证	探讨肝细胞癌微环境中肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用的机制	肝细胞癌微环境中的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	肝癌	空间转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	分析了10个空间转录组和12个单细胞转录组样本，以及20个肝癌患者的肿瘤组织样本
8388	2024-09-16	Single-cell sequencing of the vermiform appendix during development identifies transcriptional relationships with appendicitis in preschool children 2024-Sep-12, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03611-9 PMID:39267041	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了人类阑尾在发育过程中的转录特征，并探讨了其与学龄前儿童阑尾炎的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了阑尾发育过程中的细胞图谱，并发现了BMP信号通路在阑尾上皮发育中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于学龄前儿童，可能影响结果的普适性	深入了解人类阑尾的发育过程及其与学龄前儿童阑尾炎的关系	人类阑尾在胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的细胞	数字病理学	阑尾炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的阑尾样本
8389	2024-09-16	Multi‑omics identification of a signature based on malignant cell-associated ligand-receptor genes for lung adenocarcinoma 2024-Sep-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12911-5 PMID:39267056	研究论文	本文通过多组学分析，构建了一个基于恶性细胞相关配体-受体基因的肺腺癌预后标志物	本文通过结合10种机器学习算法，开发了一种新的计算框架，用于识别肺腺癌的预后标志物	NA	开发一种新的方法来评估肺腺癌患者的预后，并提供开发更有效免疫疗法的见解	肺腺癌的恶性细胞相关配体-受体基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据、转录组数据、免疫数据	317例免疫治疗患者
8390	2024-09-16	A novel spherical GelMA-HAMA hydrogel encapsulating APET×2 polypeptide and CFIm25-targeting sgRNA for immune microenvironment modulation and nucleus pulposus regeneration in intervertebral discs 2024-Sep-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02783-z PMID:39267105	研究论文	研究开发了一种新型球形GelMA-HAMA水凝胶，用于调节免疫微环境并促进椎间盘髓核再生	首次使用球形GelMA-HAMA水凝胶封装APET×2多肽和CFIm25靶向sgRNA，用于治疗椎间盘退变	NA	探讨CFIm25在椎间盘退变中的作用，并开发新型治疗策略	椎间盘髓核细胞和小鼠模型	生物医学工程	脊柱疾病	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 高通量转录组学	NA	基因表达, 蛋白质表达, 细胞活性, 细胞迁移	小鼠椎间盘髓核细胞
8391	2024-09-16	c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages 2024-Sep-12, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01605-x PMID:39267119	研究论文	本文报道了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为具有吞噬功能巨噬细胞的新方法	首次证明c-Myc单独足以将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞，为癌症免疫治疗提供了新的细胞来源	NA	探索将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞的新方法，以促进基于巨噬细胞的癌症治疗	成纤维细胞、巨噬细胞、CD45+ 髓系细胞复合体（MCC）、诱导巨噬细胞（iMac）	细胞生物学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、荧光素酶报告基因分析、免疫荧光	NA	细胞	白血病、乳腺癌和患者来源的肿瘤异种移植模型
8392	2024-09-16	Glucose deprivation-induced disulfidptosis in human nucleus pulposus cells: a novel pathological mechanism of intervertebral disc degeneration 2024-Sep-12, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00528-4 PMID:39267140	研究论文	研究了葡萄糖剥夺诱导的人椎间盘髓核细胞中的二硫化物死亡，揭示了椎间盘退变的新病理机制	首次揭示了葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的作用，并鉴定了一个新的二硫化物死亡相关细胞亚群	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的病理机制	人椎间盘髓核细胞和椎间盘退变样本	数字病理学	椎间盘退变	RNA测序、单细胞RNA测序、全基因组DNA甲基化	机器学习	基因表达数据	一个正常样本和一个椎间盘退变样本
8393	2024-09-16	Identification of macrophage driver genes in fibrosis caused by different heart diseases based on omics integration 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05624-7 PMID:39267173	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和批量RNA测序分析，探讨了不同心脏病引起的纤维化中巨噬细胞驱动基因的关系	首次通过整合单细胞转录组学和批量RNA测序数据，揭示了四种心脏病中巨噬细胞介导的心肌纤维化的驱动基因，并验证了左心室辅助装置（LVAD）对心衰患者的治疗效果	NA	探讨不同心脏病引起的心肌纤维化中巨噬细胞的遗传病理生理机制	巨噬细胞在心肌纤维化中的作用及其驱动基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、批量RNA测序	NA	转录组数据	四种心脏病（扩张型心肌病、缺血性心肌病、心肌梗死、心衰）的单细胞数据
8394	2024-09-16	Construction and validation of a TAMRGs prognostic signature for gliomas by integrated analysis of scRNA and bulk RNA sequencing data 2024-Sep-11, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2024.149237 PMID:39270996	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建并验证了一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一种新的预后模型，并验证了其在胶质瘤患者中的预后价值	NA	构建并验证一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	胶质瘤患者的预后预测	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和批量RNA测序	LASSO回归和多变量Cox回归分析	RNA测序数据	三个内部胶质瘤组织样本和TCGA-GTEx数据集
8395	2024-09-16	Mechanical stimuli-induced CCL2 restores adult mouse cells to regenerate hair follicles 2023-Jun-13, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2023.03.002 PMID:37020681	研究论文	研究机械刺激如何通过CCL2介导的微环境调控机制促进成年小鼠毛囊再生	首次揭示了机械刺激通过CCL2介导的化学信号通路促进毛囊再生的机制	NA	探讨机械刺激诱导毛囊再生的机制	成年小鼠的皮肤细胞和毛囊	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及多个时间点的皮肤细胞样本和毛囊移植实验
8396	2024-09-16	Age or lifestyle-induced accumulation of genotoxicity is associated with a length-dependent decrease in gene expression 2023-Apr-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106368 PMID:37013186	研究论文	研究探讨了基因长度与基因表达在衰老过程中的关系	发现了基因长度依赖的基因表达下降与衰老相关的普遍现象，并揭示了紫外线辐射和吸烟暴露对基因表达的影响	研究主要基于小鼠和人类的数据，可能需要更多物种和数据来验证结论	探讨DNA损伤积累与基因表达变化在衰老中的作用	基因长度与基因表达的关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类的多个组织和细胞类型
8397	2024-09-16	Clinical, genetic, epidemiologic, evolutionary, and functional delineation of TSPEAR-related autosomal recessive ectodermal dysplasia 14 2023-04-13, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2023.100186 PMID:37009414	研究论文	本文详细描述了TSPEAR相关常染色体隐性外胚层发育不良14型的临床特征、遗传变异、流行病学、进化历史和功能机制	首次结合AlphaFold预测结构分析和单细胞RNA测序数据，揭示了TSPEAR蛋白在牙釉质结中的作用及其与wnt10a的相互作用	研究主要基于基因数据和模型动物，缺乏直接的人体功能验证	探讨TSPEAR在胚层发育中的作用及其相关疾病的机制	TSPEAR基因及其相关的外胚层发育不良14型	遗传学	外胚层发育不良	AlphaFold结构预测、单细胞RNA测序、基因组数据分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	100000个基因组项目数据、多个群体的创始变异分析
8398	2024-09-16	Unraveling Psychiatric Disorders through Neural Single-Cell Transcriptomics Approaches 2023-03-22, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14030771 PMID:36981041	综述	本文综述了通过单细胞和单核转录组技术揭示精神障碍分子和细胞异质性的最新进展	强调了非神经元细胞在精神障碍病理中的重要作用	NA	更新当前关于大脑转录组的发现，并探讨在抑郁症、压力、神经退行性疾病、精神分裂症、阿片类药物使用障碍以及酒精和精神兴奋剂滥用中识别的转录组改变的分子研究	人类和动物模型中的精神障碍	数字病理学	精神疾病	单细胞和单核转录组技术	NA	转录组数据	NA
8399	2024-09-16	The cell type composition of the adult mouse brain revealed by single cell and spatial genomics 2023-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.06.531307 PMID:36945580	研究论文	本文通过结合单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱	首次全面揭示了成年小鼠大脑中各神经解剖结构的细胞类型组成，并开发了一个用于遗传访问每种细胞类型的框架	NA	构建成年小鼠大脑中每个神经解剖结构的细胞类型图谱	成年小鼠大脑中的细胞类型及其在神经解剖结构中的位置	数字病理学	NA	单核RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	整个小鼠大脑
8400	2024-09-16	Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics 2023-03-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12060862 PMID:36980203	综述	本文综述了通过单细胞转录组学揭示胆管癌肿瘤生态系统的异质性	利用单细胞RNA测序技术详细描述了肿瘤内基质和恶性细胞的异质性，提供了肿瘤和基质细胞（包括浸润性免疫细胞）的表型和功能多样性的新视角	讨论了当前研究中的局限性，并提出了未来的研究方向和潜在的临床应用	探讨胆管癌肿瘤生态系统中细胞成分的异质性及其相互作用	胆管癌肿瘤生态系统中的细胞异质性及其相互作用	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA