单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8201	2024-09-30	Ketamine ameliorates post-traumatic social avoidance by erasing the traumatic memory encoded in VTA-innervated BLA engram cells 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.06.026 PMID:39032491	研究论文	研究探讨了氯胺酮通过消除中脑腹侧被盖区（VTA）投射到基底外侧杏仁核（BLA）的记忆细胞中的创伤记忆，减轻创伤后社交回避的作用	首次揭示了氯胺酮在记忆再巩固窗口期内通过减少BLA记忆细胞的活性和数量，有效缓解创伤后社交回避，并发现多巴胺D2受体在这一过程中的关键作用	研究仅在急性社会挫败应激（SDS）小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨氯胺酮在创伤后应激障碍（PTSD）治疗中的作用机制	创伤后社交回避及相关的记忆细胞	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
8202	2024-09-30	Single-cell dissection of the human blood-brain barrier and glioma blood-tumor barrier 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.07.026 PMID:39191260	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术分析了人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	首次通过单细胞RNA测序构建了人脑血脑屏障的分子图谱，并揭示了胶质母细胞瘤中血脑屏障的异常特征	研究样本仅限于13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织	探究人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征，并研究其在胶质母细胞瘤中的异常变化	人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	数字病理学	脑肿瘤	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织，共103,230个细胞
8203	2024-09-30	The cell rejuvenation atlas: leveraging network biology to identify master regulators of rejuvenation strategies 2024-Sep-09, Aging DOI:10.18632/aging.206105 PMID:39264584	研究论文	开发了一个细胞再生图谱，利用网络生物学方法识别再生策略的主调控因子	提出了SINGULAR系统，通过单细胞RNA测序和网络生物学方法，系统分析多种再生策略在多个器官中的效果	目前仅限于分析已知的再生策略，未来需要验证和扩展到更多策略	解决当前再生策略效果有限且机制不明的问题，设计更全面的细胞再生策略	多种器官的细胞再生策略及其分子机制	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络生物学	基因表达数据	多个器官的单细胞样本
8204	2024-09-30	Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: A single-cell analysis in rhesus macaques 2024-Sep, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012168 PMID:39283947	研究论文	研究了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的单细胞RNA测序分析	首次在急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中进行了单细胞RNA测序，揭示了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞的不同亚群及其在感染期间的动态变化	样本量较小，仅包括三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组	探讨急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其与神经退行性疾病的潜在关联	急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中的微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组
8205	2024-09-30	Single-cell resolution profiling of the immune microenvironment in primary and metastatic nasopharyngeal carcinoma 2024-Aug-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05900-5 PMID:39158776	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对原发性和转移性鼻咽癌的免疫微环境进行了高分辨率分析	首次在单细胞水平上详细描述了鼻咽癌转移的进化动态及其对肿瘤微环境的影响	NA	研究鼻咽癌转移的进化路径及其免疫微环境的动态变化	原发性和转移性鼻咽癌患者的肿瘤样本及外周血单个核细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	24例原发性鼻咽癌、7例外周血单个核细胞鼻咽癌和7例转移性鼻咽癌患者的样本，共292,298个细胞
8206	2024-09-30	Consensus clustering and development of a risk signature based on trajectory differential genes of cancer-associated fibroblast subpopulations in colorectal cancer 2024-Aug-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05906-z PMID:39120743	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的轨迹差异，并通过共识聚类和机器学习构建了风险特征	首次基于癌症相关成纤维细胞亚群的轨迹差异基因进行共识聚类，并开发了高风险特征签名	研究主要基于批量和单细胞测序数据，未涵盖所有可能的成纤维细胞亚群	探讨癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的作用，并开发新的预后标志物	结直肠癌患者的癌症相关成纤维细胞亚群及其轨迹差异基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	机器学习	基因数据	NA
8207	2024-09-30	Microglial heterogeneity in the ischemic stroke mouse brain of both sexes 2024-Aug-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01368-7 PMID:39095897	研究论文	研究探讨了永久性脑卒中对小鼠大脑中微胶质细胞的影响及其异质性	首次通过单细胞RNA测序分析了脑卒中后微胶质细胞的异质性，并发现了与脑卒中相关的七个潜在微胶质细胞簇	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床环境中验证	解析永久性脑卒中对微胶质细胞的影响，探索潜在的治疗靶点	小鼠大脑中的微胶质细胞	数字病理学	脑卒中	单细胞RNA测序	NA	RNA	年轻雄性和雌性小鼠
8208	2024-09-30	Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02235-4 PMID:38528186	研究论文	本文展示了大型语言模型GPT-4在单细胞RNA测序分析中利用标记基因信息准确注释细胞类型的能力	GPT-4能够生成与手动注释高度一致的细胞类型注释，显著减少了细胞类型注释所需的努力和专业知识	NA	评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	GPT-4	文本	数百种组织和细胞类型
8209	2024-09-30	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	综述	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用	介绍了新兴技术如bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、单核RNA-seq和空间转录组学在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用	存在成本高、细胞大小限制、样本差异和复杂分析过程等挑战	探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和心脏疾病治疗	心肌细胞与生物材料的相互作用	再生医学	心血管疾病	RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA
8210	2024-09-30	Cryopreservation of cerebrospinal fluid cells preserves the transcriptional landscape for single-cell analysis 2024-Mar-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03047-1 PMID:38521932	研究论文	研究探讨了不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	首次比较了三种不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响，发现冷冻保存方法对细胞类型比例、细胞应激标志物和整体基因表达的影响较小	研究样本量较小，仅涉及三种冷冻保存方法，且样本来自单一来源	评估不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	脑脊液细胞的冷冻保存方法及其对单细胞RNA测序结果的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	来自三种不同冷冻保存方法的脑脊液样本，每种方法各一份
8211	2024-09-30	Deep learning-based multimodal spatial transcriptomics analysis for cancer 2024, Advances in cancer research DOI:10.1016/bs.acr.2024.08.001 PMID:39271260	研究论文	本文探讨了深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的整合应用	本文创新性地将深度学习与多模态空间转录组学结合，用于癌症诊断、治疗规划和精准医学	NA	本文旨在探讨深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的应用	本文研究对象为癌症诊断、治疗规划和精准医学	机器学习	NA	深度学习	卷积神经网络	多模态数据	NA
8212	2024-09-30	Single-nuclei transcriptome analysis of channel catfish spleen provides insight into the immunome of an aquaculture-relevant species 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309397 PMID:39325796	研究论文	本文通过单核RNA测序技术分析了养殖相关物种——通道鲶鱼脾脏的转录组，揭示了其免疫系统的细胞组成和基因表达特征	首次对通道鲶鱼脾脏进行单核RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其基因表达特征	研究仅限于通道鲶鱼脾脏，未涉及其他组织或物种	深入研究通道鲶鱼的免疫系统，特别是脾脏的免疫细胞组成和基因表达	通道鲶鱼脾脏的免疫细胞及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从8,157个细胞中生成了278,717,872条reads，整合数据包括19,613个细胞和20,121个基因
8213	2024-09-30	Specific cell subclusters of dental pulp stem cells respond to distinct pathogens through the ROS pathway 2024, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2024.1452124 PMID:39328360	研究论文	研究分析了牙髓干细胞在受到口腔真菌和细菌感染时的细胞和分子特性	发现了一个特定的牙髓干细胞亚群对不同病原体感染有特异性反应，并通过ROS途径激活MAPK和NF-κB通路引发免疫反应	NA	研究牙髓干细胞在不同病原体感染下的反应机制	牙髓干细胞及其在真菌和细菌感染下的反应	NA	NA	单细胞mRNA测序	NA	mRNA	6名健康受试者的阻生第三磨牙中的牙髓干细胞
8214	2024-09-30	Monocytes as an early risk factor for acute graft-versus-host disease after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1433091 PMID:39328417	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病（aGVHD）的早期风险因素	首次发现移植后第21天外周血单核细胞的显著增加和激活与aGVHD的发生密切相关	研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本以确认结果的普遍性	识别异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病的潜在生物标志物，以预防和治疗该疾病	异基因造血干细胞移植后发生或未发生急性移植物抗宿主病的患者	NA	血液系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及发生和未发生急性移植物抗宿主病的患者样本
8215	2024-09-30	CD28/PD1 co-expression: dual impact on CD8+ T cells in peripheral blood and tumor tissue, and its significance in NSCLC patients' survival and ICB response 2023-Oct-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02846-3 PMID:37898752	研究论文	研究探讨了CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响	首次通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术分析了CD8+ T细胞在不同组织中的功能状态和转录特征，揭示了CD28在免疫检查点抑制剂反应中的关键作用	研究样本仅限于治疗前的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有患者的情况	探讨CD28和PD1在CD8+ T细胞中的共表达及其对非小细胞肺癌患者生存和免疫检查点抑制剂反应的影响	CD8+ T细胞在周围血液、肿瘤组织和非肿瘤组织中的功能状态和转录特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	RNA	治疗前的非小细胞肺癌患者
8216	2024-09-30	Mitochondrial dysfunction promotes the transition of precursor to terminally exhausted T cells through HIF-1α-mediated glycolytic reprogramming 2023-10-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42634-3 PMID:37891230	研究论文	研究线粒体功能障碍如何通过HIF-1α介导的糖酵解重编程促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变	揭示了线粒体功能障碍是T细胞功能耗竭的细胞内在触发因素，并通过HIF-1α介导的代谢重编程机制促进前体T细胞向终末耗竭T细胞的转变	NA	探讨线粒体功能障碍在T细胞耗竭中的作用及其分子机制	前体T细胞（Tpex）和终末耗竭T细胞	免疫学	癌症	基因缺陷小鼠模型、单细胞转录组学和代谢组分析	NA	转录组数据、代谢数据	基因缺陷小鼠
8217	2024-09-30	stVAE deconvolves cell-type composition in large-scale cellular resolution spatial transcriptomics 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad642 PMID:37862237	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器框架的方法stVAE，用于解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成	stVAE能够准确识别细胞类型及其在空间转录组数据中的相对比例，有助于理解细胞群体的异质性及其在组织中的相互作用	NA	开发一种新的方法来解析大规模细胞分辨率空间转录组数据的细胞类型组成	细胞分辨率空间转录组数据中的细胞类型组成	生物信息学	NA	空间转录组技术	变分自编码器	转录组数据	五个数据集，涵盖三种不同的生物组织
8218	2024-09-30	LPS-induced acute neuroinflammation, involving interleukin-1 beta signaling, leads to proteomic, cellular, and network-level changes in the prefrontal cortex of mice 2023-Mar, Brain, behavior, & immunity - health DOI:10.1016/j.bbih.2023.100594 PMID:36713475	研究论文	研究了外周感染诱导的神经炎症对小鼠前额叶皮层电生理和蛋白质组学的影响	首次比较了IL-1β对前额叶皮层锥体细胞和中间神经元的电生理效应，并发现了LPS处理后前额叶皮层电生理和分子水平的显著变化	NA	探讨外周感染诱导的急性系统性炎症对前额叶皮层认知功能的影响	小鼠前额叶皮层的电生理和蛋白质组学变化	神经科学	NA	电生理记录、2-D差异凝胶电泳、质谱分析	NA	电生理数据、蛋白质组数据	雄性小鼠
8219	2024-09-30	Reconstruction of the tumor spatial microenvironment along the malignant-boundary-nonmalignant axis 2023-02-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36560-7 PMID:36806082	研究论文	开发了一种名为Cottrazm的工具，结合空间转录组学、苏木精和伊红染色图像以及单细胞转录组学，用于描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱	首次将空间转录组学与病理学图像和单细胞转录组学结合，以描绘肿瘤边界并重建细胞类型特异性基因表达谱	NA	揭示肿瘤空间微环境的结构和功能特征	肿瘤边界及其与恶性细胞和非恶性细胞的相互作用	数字病理学	肿瘤	空间转录组学、苏木精和伊红染色、单细胞转录组学	NA	图像、基因表达数据	NA
8220	2024-09-30	CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.09.527751 PMID:36798324	研究论文	本文介绍了CPA-Perturb-seq方法，用于多重单细胞分析替代多聚腺苷酸化调控因子	开发了一种新的统计框架，用于识别扰动依赖的内含子和串联多聚腺苷酸化的变化，并训练了一个多任务深度神经网络来预测扰动响应	NA	更好地理解CPA调控机制如何影响多聚腺苷酸位点的选择	42个已知的CPA调控因子及其对多聚腺苷酸位点使用的影响	基因调控	NA	单细胞RNA测序	多任务深度神经网络	RNA序列	42个已知的CPA调控因子