单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8101	2024-10-02	Intraocular Immune Response in Human Uveitis: Time to Look Beyond Animal Models 2024-Oct, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2024.04.026 PMID:38703799	综述	本文综述了当前和未来研究人类葡萄膜炎眼内免疫反应的方法	单细胞RNA测序（scRNAseq）提供了单细胞分辨率，允许无偏差的免疫谱分析，发现新的细胞亚群	当前技术成本高且劳动密集，且受限于眼内液体中细胞产量低	探讨人类葡萄膜炎眼内免疫反应的研究方法	人类葡萄膜炎患者的眼部组织和液体	NA	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	组织、液体	NA
8102	2024-10-02	Single-cell transcriptome analysis reveals the regulatory functions of islet exocrine cells after short-time obesogenic diet 2024-Oct, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-024-03883-4 PMID:38806892	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的调控功能	首次揭示了高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的功能变化及其对胰岛素抵抗的影响	研究仅基于已发表的单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探讨高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的功能及其调控机制	高脂饮食诱导的早期肥胖中的胰岛外分泌细胞亚型	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个细胞簇
8103	2024-10-02	Potential different immune phenotypes of macrophages in oral lichen planus by integrating immunofluorescence double staining and single-cell RNA sequencing 2024-Oct, Journal of dental sciences IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.jds.2024.03.002 PMID:39347036	研究论文	本研究通过免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术，探讨了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的不同免疫表型及其基因特征	结合免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术，首次全面揭示了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的基因特征及其在炎症微环境中的作用	样本量较小，可能影响结果的普适性	研究口腔扁平苔藓中巨噬细胞的表型及其基因特征	口腔扁平苔藓中的巨噬细胞	NA	口腔扁平苔藓	免疫荧光双染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11例口腔扁平苔藓组织样本和5例健康对照
8104	2024-10-02	Apigenin ameliorates lupus nephritis by inhibiting SAT3 signaling in CD8+ T cells 2024-Sep-30, Food & function IF:5.1Q1 DOI:10.1039/d4fo02773f PMID:39283308	研究论文	研究了芹菜素通过抑制CD8+ T细胞中的SAT3信号通路改善狼疮性肾炎的效果	首次揭示了芹菜素通过抑制STAT3/IL-17信号通路减少CD8 T细胞招募巨噬细胞，从而改善狼疮性肾炎	研究仅在MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据上进行，需要进一步在人体临床试验中验证	探讨芹菜素对狼疮性肾炎的治疗效果及其潜在机制	芹菜素对MRL/lpr小鼠和LN患者CD8+ T细胞的影响	NA	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	血液样本	MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据
8105	2024-10-02	Exploring tumor microenvironment in molecular subtyping and prognostic signatures in ovarian cancer and identification of SH2D1A as a key regulator of ovarian cancer carcinogenesis 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38014 PMID:39347397	研究论文	研究探讨了卵巢癌中的肿瘤微环境（TME）在分子分型和预后标志物中的作用，并识别出SH2D1A作为卵巢癌致癌的关键调节因子	首次通过共识聚类和机器学习技术构建了基于TME的卵巢癌预后模型，并发现SH2D1A在卵巢癌中的重要作用	研究主要基于体外实验和公共数据库数据，缺乏临床验证	探讨肿瘤微环境在卵巢癌分子分型和预后中的作用，并识别关键调节因子	卵巢癌肿瘤微环境、SH2D1A基因	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	机器学习模型	RNA序列数据	使用了来自TCGA-OV、GSE26712、GSE102073、ICGC、EMTAB8107、GSE118828、GSE130000和GSE154600等多个数据集的样本
8106	2024-10-02	Full-length single-cell BCR sequencing paired with RNA sequencing reveals convergent responses to pneumococcal vaccination 2024-Sep-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06823-0 PMID:39341987	研究论文	本文介绍了一种从3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长B细胞受体（BCR）可变区序列的方法，并应用于研究肺炎链球菌疫苗接种后的B细胞反应	开发了一种新的方法（B3E-seq），可以从广泛使用的3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长BCR可变区序列	NA	研究肺炎链球菌疫苗接种后B细胞的反应	B细胞受体（BCR）和单细胞RNA测序	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	五只婴儿恒河猴
8107	2024-10-02	Metabolic and Immunological Implications of MME+CAF-Mediated Hypoxia Signaling in Pancreatic Cancer Progression: Therapeutic Insights and Translational Opportunities 2024-Sep-28, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-024-00254-1 PMID:39342097	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，识别了胰腺癌中表达MME的CAF亚群（MMECAF），并探讨了其在胰腺癌进展中的代谢和免疫学作用	首次识别并验证了MMECAF亚群在胰腺癌微环境中的独特作用，并开发了针对MMECAF的抑制剂IOX2，结合化疗和免疫疗法，显示出良好的抗肿瘤效果	研究主要集中在体外和动物实验，尚未进行临床试验验证其疗效	探讨MMECAF在胰腺癌进展中的作用，并开发新的治疗策略	胰腺癌中的MMECAF亚群及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及胰腺癌患者的样本，具体数量未明确提及
8108	2024-10-02	Single-cell transcriptomics reveals e-cigarette vapor-induced airway epithelial remodeling and injury 2024-Sep-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02962-4 PMID:39342154	研究论文	研究揭示了电子烟蒸汽引起的气道上皮重塑和损伤	首次通过单细胞转录组学分析了电子烟蒸汽提取物对人类支气管上皮细胞分化的影响，并发现Notch信号通路在其中的作用	研究仅限于特定的细胞类型和样本，可能无法全面代表所有电子烟使用者的影响	探讨电子烟使用对人类支气管上皮细胞的影响及其潜在机制	健康非吸烟者和慢性阻塞性肺病吸烟者的支气管上皮细胞	单细胞转录组学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序、免疫染色、HE染色、qPCR和ELISA	NA	RNA	健康非吸烟者、吸烟者和电子烟使用者的血清和痰液样本
8109	2024-10-02	Muscle-resident mesenchymal progenitors sense and repair peripheral nerve injury via the GDNF-BDNF axis 2024-Sep-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97662 PMID:39324575	研究论文	研究肌肉驻留间充质前体细胞通过GDNF-BDNF轴感知和修复周围神经损伤的机制	揭示了肌肉驻留间充质前体细胞（FAPs）在周围神经再生中的新作用及其响应神经损伤的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探讨肌肉驻留间充质前体细胞在周围神经损伤修复中的作用及其分子机制	肌肉驻留间充质前体细胞（FAPs）及其在周围神经损伤后的响应和修复作用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
8110	2024-10-02	Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.13.612950 PMID:39345362	研究论文	研究探讨了来自2型糖尿病患者的血浆外泌体如何促进乳腺癌患者来源的类器官的侵袭性	首次在乳腺癌患者来源的类器官中保留了原生肿瘤浸润淋巴细胞，并使用单细胞RNA测序分析了外泌体信号对类器官的影响	NA	研究2型糖尿病患者的血浆外泌体对乳腺癌侵袭性的影响	乳腺癌患者来源的类器官和外泌体	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自2型糖尿病患者和非糖尿病患者的血浆外泌体样本
8111	2024-10-02	Deconvolution from bulk gene expression by leveraging sample-wise and gene-wise similarities and single-cell RNA-Seq data 2024-Sep-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10728-x PMID:39294558	研究论文	提出了一种新的去卷积算法DSSC，通过利用基因间和样本间的相似性以及单细胞RNA-Seq数据，同时推断异质样本的细胞类型特异性基因表达和细胞类型比例	DSSC算法能够同时推断细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达，并且在模拟和实验数据中表现出色	NA	开发更准确的去卷积方法以推断细胞类型丰度和细胞类型特异性基因表达	异质样本的细胞类型特异性基因表达和细胞类型比例	生物信息学	NA	RNA-seq	去卷积算法	基因表达数据	NA
8112	2024-10-02	Anti-CTLA-4 m2a Antibody Exacerbates Cardiac Injury in Experimental Autoimmune Myocarditis Mice By Promoting Ccl5-Neutrophil Infiltration 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400486 PMID:38978328	研究论文	研究探讨了抗CTLA-4 m2a抗体在实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型中加重心脏损伤的机制	首次揭示了抗CTLA-4 m2a抗体通过促进Ccl5-中性粒细胞浸润加重心脏损伤的机制	研究仅限于实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型，尚未在临床患者中验证	阐明抗CTLA-4 m2a抗体在实验性自身免疫性心肌炎小鼠中加重心脏损伤的机制	实验性自身免疫性心肌炎小鼠	心血管疾病	心血管疾病	空间转录组学、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	转录组数据	实验性自身免疫性心肌炎小鼠
8113	2024-10-02	Complement Factor C1q Mediates Vascular Endothelial Dysfunction in STZ-Induced Diabetic Mice 2024-Sep-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0981 PMID:38869460	研究论文	研究探讨了补体因子C1q在STZ诱导的糖尿病小鼠血管内皮功能障碍中的作用	首次揭示了C1qa在糖尿病相关内皮功能障碍中的关键作用，并通过AAV-Tie2-shRNA-C1qa抑制C1qa表达，改善了血管功能	研究仅限于STZ诱导的糖尿病小鼠模型，未探讨其他糖尿病模型或人类样本	比较正常和STZ诱导的糖尿病小鼠主动脉的细胞和分子特性，揭示内皮功能障碍的潜在机制	正常和STZ诱导的糖尿病小鼠的主动脉细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	32,573个细胞
8114	2024-10-02	ASIC1/RIP1 accelerates atherosclerosis via disrupting lipophagy 2024-Sep, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2023.11.004 PMID:37931656	研究论文	研究探讨了ASIC1在动脉粥样硬化中的作用及其通过干扰脂噬机制的潜在机制	揭示了ASIC1与RIP1相互作用抑制脂噬，从而促进动脉粥样硬化的关键作用	NA	研究ASIC1在动脉粥样硬化中的作用及其机制	ASIC1在动脉粥样硬化中的作用及其与RIP1的相互作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	人类动脉粥样硬化病变区域和ApoE-/-小鼠模型
8115	2024-10-02	The Role of Activator Protein-1 Complex in Diabetes-Associated Atherosclerosis: Insights From Single-Cell RNA Sequencing 2024-Sep-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0167 PMID:38905153	研究论文	研究了激活蛋白-1复合物在糖尿病相关动脉粥样硬化中的作用，通过单细胞RNA测序揭示了其在动脉粥样硬化病理中的新靶点	首次通过单细胞RNA测序识别出激活蛋白-1复合物作为糖尿病相关动脉粥样硬化的新靶点，并验证了其抑制剂T-5224在糖尿病Apoe-/-小鼠模型中的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证	探索糖尿病相关动脉粥样硬化的潜在治疗靶点	糖尿病Apoe-/-小鼠模型、人颈动脉内膜切除术标本、人主动脉内皮细胞和THP-1衍生的巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	糖尿病Apoe-/-小鼠模型、人颈动脉内膜切除术标本、人主动脉内皮细胞和THP-1衍生的巨噬细胞
8116	2024-10-02	Pan-cancer integrative analyses dissect the remodeling of endothelial cells in human cancers 2024-Sep, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae231 PMID:39345334	研究论文	本文通过整合575名癌症患者的单细胞RNA测序数据，分析了19种实体肿瘤类型中肿瘤内皮细胞（TECs）的表型多样性	揭示了TECs在泛癌视角下的组成和功能异质性，并发现了两种主要亚型：tip细胞和veins细胞，它们在空间组织模式和功能上表现出显著差异	NA	深入理解肿瘤内皮细胞的异质性及其在抗血管生成疗法和免疫疗法中的作用	肿瘤内皮细胞（TECs）及其在不同癌症类型中的表型多样性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	575名癌症患者
8117	2024-10-02	StableMate: a statistical method to select stable predictors in omics data 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae130 PMID:39345755	研究论文	本文介绍了一种名为StableMate的统计方法，用于在组学数据中选择稳定的预测因子	StableMate通过跨异质数据集的变量选择过程，解决了组学数据复杂性和变异性导致的关联缺乏可重复性和可解释性的问题	NA	开发一种能够在不同环境中选择稳定预测因子的统计方法，以提高生物学关联的可重复性和可解释性	乳腺癌RNA测序数据、结肠癌宏基因组数据和胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	回归分析	回归框架	组学数据	NA
8118	2024-10-02	Arrestin beta-2 deficiency exacerbates periodontal inflammation by mediating activating transcription factor 6 activation and abnormal remodelling of the extracellular matrix 2024-06, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13952 PMID:38267365	研究论文	研究了arrestin beta-2 (ARRB2)在牙周炎进展中的具体作用及其机制	揭示了ARRB2通过抑制ATF6信号通路介导的细胞外基质重塑对牙周组织的保护作用	NA	探讨ARRB2在牙周炎进展中的作用及其机制	牙周炎患者和健康对照者的牙周组织	NA	牙周炎	单细胞RNA测序、实时定量聚合酶链反应、Western blotting、免疫组织化学染色	NA	RNA	NA
8119	2024-10-02	Macrophages Promote Atherosclerosis Development by Inhibiting CD8T Cell Apoptosis 2024, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/2024/1929766 PMID:39345351	研究论文	研究探讨了巨噬细胞通过抑制CD8T细胞凋亡促进动脉粥样硬化发展的机制	首次揭示了巨噬细胞通过C1q-C1qbp轴抑制CD8T细胞凋亡，从而促进动脉粥样硬化发展的机制	研究主要基于小鼠模型，需进一步在人体中验证	探讨巨噬细胞与CD8T细胞相互作用在动脉粥样硬化发展中的作用	巨噬细胞和CD8T细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq, qPCR, 流式细胞术, ChIP-qPCR, 蛋白质印迹, 抗体阻断实验	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	小鼠模型
8120	2024-10-02	HPV-driven heterogeneity in cervical cancer: study on the role of epithelial cells and myofibroblasts in the tumor progression based on single-cell RNA sequencing analysis 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18158 PMID:39346086	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了人乳头瘤病毒（HPV）感染对宫颈癌肿瘤微环境的影响，特别是上皮细胞和肌成纤维细胞在肿瘤进展中的作用	首次系统分析了HPV阳性及阴性宫颈癌样本中单细胞RNA测序数据，揭示了HPV感染对宫颈癌肿瘤微环境的影响及其分子机制	研究样本仅来自Gene Expression Omnibus数据库，可能存在数据偏差；未涉及临床验证	探索HPV感染对宫颈癌肿瘤微环境的影响，为优化宫颈癌的预防筛查和个性化治疗提供新的分子基础	HPV阳性及阴性宫颈癌样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	12,431个细胞