单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-08	Identification of CXCL13 as a Promising Biomarker for Immune Checkpoint Blockade Therapy and PARP Inhibitor Therapy in Ovarian Cancer 2025-Jun, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01207-5 PMID:38856873	research paper	该研究识别了CXCL13作为卵巢癌免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的潜在生物标志物	发现CXCL13在HRD肿瘤中显著上调，并作为反映HRD状态的生物标志物，为卵巢癌ICB治疗提供了新的预后生物标志物视角	研究依赖于公共数据库和独立队列的验证，可能需要更多实验数据进一步确认CXCL13的临床应用价值	探索卵巢癌中免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的生物标志物	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	基因组测序、免疫组化、单细胞测序	NA	基因组数据、临床数据、单细胞测序数据	来自TCGA、ICGC、GEO等公共数据库的数据，以及独立验证队列
782	2025-05-08	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Jun, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	揭示了PDE5A在血管平滑肌细胞中的特异性作用及其通过cGMP/PKG信号通路调节主动脉平滑肌松弛的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的具体作用机制	人类和小鼠的主动脉组织及血管平滑肌细胞	血管病理学	主动脉瘤和夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组织化学染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠的主动脉组织样本
783	2025-05-08	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	研究论文	研究探讨了使用anakinra预防性治疗在淋巴瘤患者接受CAR-T细胞疗法时对细胞因子释放综合征（CRS）和神经毒性（NT）的影响	首次在预防性使用anakinra的背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了突破性CRS和NT的分子免疫信号机制，特别是IFN-γ通路的关键作用	每日一次的anakinra预防性治疗在大多数患者中不足以预防需要住院治疗的毒性反应	探索预防CAR-T细胞疗法相关毒性的策略，以实现门诊治疗和管理	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T治疗的患者
784	2025-05-08	Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112 PMID:40275457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了核IL-1α在猪肌肉内脂肪前体细胞中触发细胞焦亡的新机制	首次发现核IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS途径调控猪肌肉内脂肪前体细胞的焦亡过程	研究仅针对猪模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	探究核IL-1α在脂肪生成分化中的功能及其对猪肉品质的影响	猪肌肉内脂肪前体细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
785	2025-05-08	Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal Unique Subpopulations of Infiltrating Macrophages and Dendritic Cells Following AKI 2025-May-07, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00059.2025 PMID:40331777	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了急性肾损伤后浸润巨噬细胞和树突状细胞的独特亚群	结合scRNAseq、空间转录组学和CITE测序技术，首次揭示了缺血性急性肾损伤中KIMs和KDCs的时空和转录特征	研究仅关注缺血性急性肾损伤，未涉及其他类型的肾损伤	研究急性肾损伤中浸润巨噬细胞和树突状细胞的动态变化及其在肾脏疾病中的作用	肾脏浸润巨噬细胞（KIMs）和肾脏树突状细胞（KDCs）	数字病理学	急性肾损伤	scRNAseq, 空间转录组学, CITE测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
786	2025-05-08	ABCC3 Is a Differential Marker of CYP11B2-Negative Zona Glomerulosa Cells in Human Adrenal Cortex 2025-May-07, Endocrine pathology IF:11.3Q1 DOI:10.1007/s12022-025-09862-3 PMID:40332623	research paper	该研究探讨了ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症背景下，与CYP11B2的关系	发现ABCC3作为CYP11B2阴性ZG细胞的新标记物，为区分正常肾上腺分区和醛固酮生成病变提供了新的组织病理学工具	研究主要关注ABCC3在特定肾上腺病变中的表达模式，未涉及其在其他疾病或组织中的潜在作用	研究ABCC3在人肾上腺皮质中的表达和功能，特别是在原发性醛固酮增多症中的作用	人肾上腺皮质细胞、醛固酮生成腺瘤(APAs)、皮质醇生成腺瘤和非功能性腺瘤	分子生物学	原发性醛固酮增多症	空间转录组学、免疫荧光共定位	NA	mRNA/蛋白质表达数据	多种肾上腺腺瘤样本（APAs、皮质醇生成腺瘤、非功能性腺瘤）及相邻肾上腺皮质组织
787	2025-05-08	Single-cell analysis reveals the implication of vascular endothelial cell-intrinsic ANGPT2 in human intracranial aneurysm 2025-May-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae186 PMID:39187926	research paper	通过单细胞RNA测序揭示血管内皮细胞内在的ANGPT2在人颅内动脉瘤中的意义	首次通过单细胞RNA测序全面分析颅内动脉瘤的细胞组成和血管内皮细胞的转录组变化，并发现ANGPT2在动脉瘤形成中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索颅内动脉瘤的发病机制和潜在治疗靶点	人颅内动脉瘤和对照动脉组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	zebrafish model	RNA sequencing data	43,462个细胞的转录组数据
788	2025-05-08	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤（AAA）的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2确定为AAA的因果效应蛋白，并通过多组学分析和实验验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需要在人类临床试验中进一步验证	寻找AAA的新型生物标志物和治疗靶点以改善疾病管理	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序（bulk和单细胞/单核）、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、转录组数据	未明确说明人类样本量，使用载脂蛋白E缺陷小鼠进行实验验证
789	2025-05-08	Characterization of the Recombination Activity in the Pituitary and Ovary of Prop1-iCre Knockin Mice 2025-May-06, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00049.2025 PMID:40327412	research paper	本研究描述了Prop1-iCre敲入小鼠在垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞中的重组活性	通过CRISPR/Cas9系统引入IRES-Cre盒，实现了Prop1和Cre重组酶的双顺反子表达，并验证了其在垂体内分泌细胞中的特异性重组活性	Prop1-iCre小鼠在卵巢颗粒细胞中也表现出重组活性，这可能影响数据解释	研究Prop1-iCre敲入小鼠的重组活性，为垂体生物学研究提供工具	Prop1-iCre敲入小鼠的垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞	分子生物学	NA	CRISPR/Cas9系统，单细胞RNA测序	Prop1-iCre敲入小鼠模型	基因表达数据	Prop1-iCre小鼠及其与Rosa-tdTomato报告小鼠的杂交后代
790	2025-05-08	scACCorDiON: A clustering approach for explainable patient level cell-cell communication graph analysis 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf288 PMID:40327499	研究论文	提出了一种名为scACCorDiON的聚类方法，用于分析患者水平的细胞间通讯图	使用最优传输算法探索马尔可夫链上的节点距离，作为有向加权图之间的基础度量，优于使用无向图的竞争方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够分析大规模患者队列中单细胞数据样本特异性细胞间通讯事件的计算方法	胰腺腺癌患者的单细胞RNAseq数据集	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	最优传输算法	单细胞RNAseq数据	未明确提及具体样本数量
791	2025-05-08	Oncostatin-M: a novel leukocyte-derived factor facilitating the ovulatory process in the human ovary 2025-May-06, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf076 PMID:40327872	研究论文	研究白细胞衍生的Oncostatin-M (OSM)在人类优势卵泡排卵过程中的调控作用	首次揭示白细胞衍生的OSM通过激活关键信号通路调控人类排卵前颗粒细胞的功能，影响类固醇生成、前列腺素合成和组织重塑	研究使用体外培养的人类颗粒/黄体细胞(hGLCs)，可能无法完全模拟体内排卵动态，且结果仅适用于人类样本，需要在其他哺乳动物物种中验证	探究白细胞衍生的OSM在人类排卵过程中的调控机制	人类优势卵泡和体外受精(IVF)患者的卵泡抽吸物	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、免疫组化、Western blotting、RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	自然周期女性优势卵泡(n=19)和IVF患者卵泡抽吸物(n=12)
792	2025-05-08	Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease 2025-May-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02146-2 PMID:40328997	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了乳糜泻（CD）患者小肠中免疫-上皮-基质网络的细胞生态系统	首次在CD中展示了上皮细胞向祖细胞状态的转变、干扰素驱动的转录反应以及分泌和肠内分泌细胞群的扰动，并发现了治疗后的持续免疫-上皮'疤痕'	样本量相对较小（35名参与者进行单细胞转录组学，20名进行空间转录组学），且仅针对乳糜泻患者	揭示乳糜泻中小肠损伤的免疫-上皮-基质相互作用机制	乳糜泻患者的肠道活检样本	单细胞转录组学	乳糜泻	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	86,442个免疫、实质和上皮细胞（35名参与者），空间转录组学（20名参与者）
793	2025-05-08	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过多模态方法研究肠道隐窝组织中干细胞的动态变化	整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示隐窝底部干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	NA	解析肠道隐窝组织中干细胞的动态变化及其在维持肠道上皮稳态中的作用	肠道隐窝底部的Lgr5阳性干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	single-cell RNA sequencing data	NA
794	2025-05-08	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-05, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	本文探讨了不同情境下小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞转录状态的多样性，并探讨了非稳态条件下特定情境特征的诱导	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	探讨小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义，以推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
795	2025-05-08	The immunosuppressive role of VSIG4 in colorectal cancer and its interaction with the tumor microenvironment 2025-May-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02411-8 PMID:40317372	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了VSIG4在结直肠癌免疫微环境中的关键作用及其与肿瘤微环境的相互作用	首次证明VSIG4、CYBBC3AR1和FCGR1A在结直肠癌免疫微环境中起关键作用，特别是VSIG4在巨噬细胞活性和CD8+T细胞免疫耗竭中的免疫调节功能	未提及具体样本量限制或实验设计的潜在缺陷	探究结直肠癌免疫微环境中的关键基因及其作用机制	结直肠癌患者数据及巨噬细胞亚群	癌症免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、PCR、非负矩阵分解(NMF)、LASSO和随机森林模型	LASSO、随机森林	基因表达数据、单细胞转录组数据	TCGA-COAD数据集和GEO数据库中的结直肠癌患者数据（具体数量未说明）
796	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing reveals a fibroblast gene signature that promotes T-cell infiltration in muscle-invasive bladder cancer 2025-May-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08094-9 PMID:40319103	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了促进T细胞浸润的成纤维细胞基因特征在肌层浸润性膀胱癌中的作用	发现了两种干扰素响应的成纤维细胞群在MIBC肿瘤微环境中的主导作用，并揭示了Tex细胞与CAFs之间的双向作用机制	样本量较小（19个组织样本来自12名患者）	探究肌层浸润性膀胱癌中肿瘤微环境的复杂相互作用机制	肌层浸润性膀胱癌患者的组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	19个组织样本（来自12名患者：7例MIBC，3例NMIBC，9例正常组织）
797	2025-05-08	FMO2+ cancer-associated fibroblasts sensitize anti-PD-1 therapy in patients with hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011648 PMID:40316306	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和转录组分析，发现了一种特定的FMO2+癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，能够提高肝细胞癌（HCC）患者对PD-1抑制剂的治疗反应	首次鉴定出FMO2+ CAF亚群，并揭示了其通过CCL19-CCR7轴促进三级淋巴结构形成和免疫细胞浸润的机制，为HCC免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探索肝细胞癌免疫治疗反应异质性的分子机制	肝细胞癌患者和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、时间飞行质谱流式细胞术	小鼠原位HCC模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	不同PD-1治疗反应的HCC患者样本和小鼠模型
798	2025-05-08	Combination of HDAC inhibition and cytokine enhances therapeutic HPV vaccine therapy 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011074 PMID:40316302	research paper	研究评估了HPV疫苗PDS0101与免疫细胞因子NHS-IL12及Entinostat或αPD-1联合治疗HPV16+癌症的疗效	首次将HPV疫苗PDS0101与NHS-IL12及Entinostat联合用于治疗HPV16+癌症，并展示了优于αPD-1组合的疗效	研究仅在αPD-1耐药的HPV16+癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	开发针对HPV16相关恶性肿瘤的新型联合疗法	HPV16+癌症小鼠模型（TC-1和mEER肿瘤）	肿瘤免疫治疗	HPV相关恶性肿瘤	流式细胞术、多重免疫荧光、细胞因子评估、单细胞RNA测序（TCR富集）	NA	细胞表型数据、转录组数据	HPV16+癌症小鼠模型
799	2025-05-08	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	研究伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次发现伊布地司特通过抑制PDE和激活mTOR通路保护视网膜双极细胞，并揭示了双极细胞与Müller胶质细胞之间的旁分泌信号通路在神经保护中的作用	研究仅使用鸡的视网膜损伤模型，未在哺乳动物或人类中进行验证，且mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡	探究伊布地司特对视网膜神经元的保护机制及其潜在临床应用价值	鸡视网膜神经元（特别是双极细胞）和Müller胶质细胞	神经保护	视网膜损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）、视网膜电图	兴奋性毒性视网膜损伤模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用鸡视网膜模型
800	2025-05-08	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-May, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组学，揭示了宿主细胞群与肠道微生物组之间的关联	开发了计算框架scBPS，首次系统地整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，识别与肠道微生物相关的宿主组织和细胞类型	研究依赖于现有的GWAS和单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探索宿主遗传、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物组和254种宿主细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序、微生物GWAS	scBPS	单细胞RNA测序数据、GWAS数据	207种微生物分类群和254种宿主细胞类型