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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2026-01-03 |
Decoding epithelial-T cell interactions in colorectal cancer through single-cell and spatial transcriptomics
2025-Nov-28, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04083-w
PMID:41313518
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,解码了结直肠癌中上皮细胞与T细胞之间的相互作用 | 首次结合单细胞和空间转录组学技术,系统揭示了结直肠癌中上皮细胞与T细胞亚群的空间通信网络和共定位模式 | 样本量相对较小(36例患者),且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证 | 解析结直肠癌肿瘤微环境中上皮细胞与T细胞的相互作用机制 | 结直肠癌患者的上皮细胞和T细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Seurat, Harmony, CytoTRACE, Slingshot, CellChat, CellTrek | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 36例结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 742 | 2026-01-03 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Acute Myocardial Infarction Reveals Oxidative Stress-Associated Cardiomyocyte Subpopulations and Candidate Predictive Signatures
2025-Nov-28, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14121435
PMID:41462635
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组数据,揭示了急性心肌梗死患者心肌细胞中氧化应激异质性,并识别出高氧化应激亚群及其核心标志基因 | 首次在人类急性心肌梗死心肌细胞中识别出高氧化应激亚群,该亚群表现出独特的代谢激活-免疫抑制特征和细胞可塑性,并利用机器学习框架鉴定了五个核心预测标志基因 | 研究基于整合数据集,样本量相对有限,且为观察性研究,需要进一步功能验证 | 探究急性心肌梗死后心肌细胞氧化应激异质性及其适应性机制 | 人类心肌细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 机器学习(集成六种算法) | 单细胞转录组数据 | 64,510个心肌细胞,来自五个整合数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 743 | 2026-01-03 |
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Develops a Glutamine Metabolism-Based Prognostic Model and Identifies MSMO1 as a Therapeutic Target in Osteosarcoma
2025-Nov-28, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15121664
PMID:41463320
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序与批量队列数据,开发了一个基于谷氨酰胺代谢的预后模型,并鉴定MSMO1作为骨肉瘤的治疗靶点 | 首次在骨肉瘤中建立了基于谷氨酰胺代谢的患者分层框架,结合单细胞与机器学习分析,开发了外部验证的预后模型,并揭示了MSMO1在代谢信号传导中的关键作用 | 模型的区分能力中等,需要进一步的机制和体内研究验证 | 开发基于谷氨酰胺代谢的骨肉瘤预后模型并识别治疗靶点 | 骨肉瘤患者样本和U2OS细胞系 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 机器学习 | Step-Cox [forward] + Ridge | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及单细胞和批量队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 744 | 2026-01-03 |
Engineering CCR2/IFN-γ overexpression in enucleated mesenchymal stem cells enhances therapy for rheumatoid arthritis
2025-Nov-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09248-5
PMID:41310172
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研究论文 | 本研究通过工程化改造过表达CCR2和IFN-γ的去核人间充质干细胞,增强其对类风湿关节炎的治疗效果 | 开发了保留关键细胞器并具有免疫调节、旁分泌和归巢能力的去核人间充质干细胞,相比传统MSCs显示出更优的关节迁移能力和独特的软骨再生调控特征 | 研究仅在雄性大鼠模型中进行,未涉及雌性动物或更复杂的临床前模型,且长期安全性和潜在免疫原性未充分评估 | 增强间充质干细胞对类风湿关节炎的治疗效果,同时提高安全性 | 人间充质干细胞(特别是脐带来源)及类风湿关节炎雄性大鼠模型 | 细胞治疗与再生医学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、基因工程改造 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 745 | 2026-01-03 |
Exploratory Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Dysregulated Glial Populations and Pathways in Focal Cortical Dysplasia Epilepsy
2025-Nov-27, Biology
DOI:10.3390/biology14121690
PMID:41463463
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,探索了局灶性皮质发育不良癫痫中神经胶质细胞的分子变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示了FCD II型患者皮质组织中神经胶质细胞(小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞)的组成重塑和共享的分子通路失调,特别是发现了RAC1上调和ATP5F1D下调等共同变化 | 样本量较小(仅1例FCD患者和1例对照),属于探索性研究,结论需要更大样本验证 | 探究局灶性皮质发育不良(FCD)导致耐药性癫痫的细胞特异性发病机制 | 局灶性皮质发育不良II型患者的皮质组织及匹配对照 | 单细胞转录组学 | 癫痫(局灶性皮质发育不良相关) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Seurat工作流程(用于细胞聚类、注释和差异表达基因分析) | 单细胞转录组数据 | 2例(1例FCD II型患者,1例匹配对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 746 | 2026-01-03 |
Differential regulation of 5-lipoxygenase and leukotriene-C4-synthase expression by IFNγ, IL-4 and IL-13 in human monocytes and macrophages from patients with atopic dermatitis
2025-Nov-26, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02108-2
PMID:41296013
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外实验,探讨了IFNγ、IL-4和IL-13对特应性皮炎患者单核细胞和巨噬细胞中5-脂氧合酶和白细胞三烯C4合酶表达的差异调控 | 首次在单细胞水平分析特应性皮炎皮损中5-LO/ALOX5和LTC4S mRNA表达,并揭示Th1和Th2细胞因子对这两个酶在单核细胞和巨噬细胞中的相反调控作用 | 研究主要基于体外实验和已有scRNA-seq数据的再分析,缺乏体内功能验证,样本来源包括匿名捐赠者,可能影响结果的一致性 | 探究特应性皮炎中CysLTs生物合成关键酶的表达调控机制,以理解炎症介质在疾病中的作用 | 特应性皮炎患者和健康志愿者的单核细胞、巨噬细胞,以及已发表研究中的皮损scRNA-seq数据 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序, q-PCR, 免疫细胞化学 | NA | RNA测序数据, 基因表达数据, 图像数据 | 特应性皮炎患者、健康志愿者和匿名捐赠者的PBMCs,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 747 | 2026-01-03 |
Influenza virus and Staphylococcus aureus super-infection disrupts spatially coordinated cellular immunity in the mouse lung
2025-Nov-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09268-1
PMID:41276707
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探究了流感病毒与金黄色葡萄球菌超级感染如何破坏小鼠肺部的空间协调细胞免疫 | 首次应用空间转录组学平台(10X Genomics Visium)系统表征超级感染期间免疫细胞的空间协调性,揭示了传统研究无法捕捉的空间背景信息 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本;空间转录组学数据可能受技术分辨率限制 | 探究流感病毒与金黄色葡萄球菌超级感染对肺部免疫细胞空间分布和信号传导的影响 | 小鼠肺部组织 | 空间转录组学 | 肺部感染 | 空间转录组学,免疫荧光染色 | NA | 空间转录组学数据,图像数据 | 未明确指定样本数量,但涉及超级感染、单一流感感染和单一金黄色葡萄球菌感染的比较组 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium 空间转录组学平台 |
| 748 | 2026-01-03 |
Dysfunction and Pathological Origins of Lymphatic Endothelial Cells in Atherosclerosis Revealed by Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16121398
PMID:41465071
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了动脉粥样硬化中淋巴管内皮细胞的功能障碍和病理起源 | 首次在动脉粥样硬化中识别出淋巴管内皮细胞的两个亚群,并揭示了其双相数值响应、免疫调节能力改变以及从成纤维细胞转分化的新路径 | 研究基于ApoE-/-小鼠模型,可能不完全反映人类疾病情况;样本时间点有限,未覆盖更早期或更晚期阶段 | 阐明淋巴管内皮细胞在动脉粥样硬化进展中的表型和功能动态 | ApoE-/-小鼠主动脉细胞中的淋巴管内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | ApoE-/-小鼠主动脉细胞,包括基线、8周(早期疾病)和16周(晚期疾病)三个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 749 | 2026-01-03 |
Early female germline development in Xenopus laevis: Stem cells, nurse cells, and germline cysts
2025-Nov-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2522343122
PMID:41213017
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和高分辨率成像技术,重构了非洲爪蟾早期雌性生殖系发育轨迹,揭示了其与无脊椎动物及小鼠生殖囊泡发育的显著相似性 | 首次在非哺乳类脊椎动物中系统揭示了生殖囊泡的极性结构(类融合体)及其功能,并鉴定出具有神经元特异性和转座子沉默基因表达特征的独特生殖系干细胞群体 | 研究聚焦于非洲爪蟾,其结论在其他两栖类或更高等脊椎动物中的普适性仍需验证,且未深入探究类融合体极性运输的具体分子机制 | 阐明非哺乳类脊椎动物(非洲爪蟾)早期雌性生殖系发育过程中生殖囊泡的结构、极性及功能 | 非洲爪蟾(Xenopus laevis)的雌性生殖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,高分辨率成像 | NA | 单细胞转录组数据,显微图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 750 | 2026-01-03 |
Lung epithelial injury impairs early host immune responses to Mycobacterium tuberculosis
2025-Oct-03, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02106-4
PMID:41042276
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研究论文 | 本研究通过结合萘诱导的肺上皮损伤与结核分枝杆菌感染的小鼠模型,利用单细胞RNA测序技术,揭示了肺上皮完整性在早期宿主免疫应答中的关键作用 | 首次开发了结合肺上皮损伤与结核分枝杆菌感染的小鼠模型,并通过单细胞RNA测序全面绘制了肺细胞景观,揭示了上皮损伤如何导致巨噬细胞从抗菌表型向抗原呈递表型转变 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;体外实验仅初步关联了巨噬细胞转变与上皮细胞改变,需进一步机制验证 | 探究肺上皮损伤如何影响宿主对结核分枝杆菌的早期免疫应答 | 小鼠肺组织细胞,特别是上皮细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量,但涉及小鼠模型和体外实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 751 | 2026-01-03 |
Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.05.25332835
PMID:40894156
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研究论文 | 本研究通过亚细胞分辨率空间转录组学分析活动性幼年特发性关节炎患者的滑膜组织,揭示了免疫细胞与基质细胞的空间互作网络 | 开发了新的空间共定位分析流程,首次在亚细胞分辨率揭示JIA滑膜中NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴等微解剖结构 | 样本量有限,仅针对活动期患者进行分析,缺乏纵向动态观察数据 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子架构与细胞互作机制 | 活动性幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本 | 空间转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 空间转录组测序 | 空间共定位分析流程 | 空间转录组数据 | 活动性JIA患者滑膜组织(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组分析 |
| 752 | 2026-01-03 |
Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.30.667742
PMID:40766582
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等方法,评估了口服大麻二酚对人类外周免疫细胞分布的影响,发现其具有抗炎作用但维持T效应记忆细胞分化 | 首次在人类中结合单细胞RNA测序、细胞因子检测和流式细胞术,系统评估大麻二酚对免疫细胞的混合免疫调节效应,特别是在肾病患者或肾移植受者中的影响 | 样本量较小(23名参与者),且研究为短期暴露(11天),未评估长期效应或临床结局 | 评估大麻二酚在稳态下对人类外周免疫细胞分布的免疫调节作用,特别是对疼痛管理受限的肾病患者或肾移植受者的影响 | 人类外周免疫细胞,包括T细胞和B细胞 | 单细胞研究 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、细胞因子检测、质谱分析 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质水平数据、流式细胞数据 | 23名参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 753 | 2026-01-03 |
Putting AML Differentiation States on the BoneMarrowMap
2025-Jul-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0083
PMID:40294281
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研究论文 | 本文介绍了一种名为'BoneMarrowMap'的新型计算工具,用于将白血病单细胞RNA测序数据集映射到造血分化状态 | 开发了BoneMarrowMap工具,通过大规模单细胞RNA测序再分析,发现了12种与预后和治疗相关的复发性急性髓系白血病分化模式,并解析了患者个体内的白血病克隆结构 | NA | 开发计算工具以映射白血病单细胞RNA测序数据至造血分化状态,并探索急性髓系白血病的分化模式与临床关联 | 白血病单细胞RNA测序数据集,特别是急性髓系白血病样本 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 754 | 2026-01-03 |
Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features
2025-Jul, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00987-2
PMID:40579588
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研究论文 | 本研究通过整合89个B-ALL样本的单细胞转录组测序数据与正常B细胞发育图谱,揭示了B-ALL的发育起源与谱系可塑性及临床特征之间的关联 | 首次系统性地将B-ALL单细胞数据与正常B细胞发育图谱整合,揭示了亚型特异性发育阶段关联,并开发了与不良生存相关的'多能性评分' | 研究样本量相对有限(89例),且主要基于转录组数据,可能需要更多功能验证和更大队列验证 | 探索B细胞急性淋巴细胞白血病的发育起源及其与谱系可塑性、治疗反应的关系 | B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)患者样本(89例)及正常人类B细胞发育过程 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 89个B-ALL样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 755 | 2026-01-03 |
Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661157
PMID:40667113
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研究论文 | 本研究探讨了HSV-2感染期间生殖器疱疹脱落对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像,系统分析了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的局部变化 | 研究样本量有限(232名参与者),且未详细探讨长期免疫后果或与其他性传播感染的交互作用 | 研究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫的影响,特别是病毒脱落期间的免疫细胞动态 | HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 数字病理学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析、空间转录组学 | NA | 组织样本、血液样本、图像数据、转录组数据 | 232名参与者(包括HSV-2血清阳性和阴性个体) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 756 | 2026-01-03 |
Club (Clara) cells in human prostate: A survival guide for conventional histologists/histopathologists
2025-Jan-02, Histology and histopathology
IF:2.5Q2
DOI:10.14670/HH-25-029
PMID:41480713
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综述 | 本文综述了人类前列腺中Club(Clara)细胞的当前知识,包括其形态、功能和在疾病中的表型转换 | 整合了单细胞RNA测序和RNA原位等先进研究方法,构建了正常和病理前列腺的三维细胞图谱,并首次系统探讨了前列腺Cc细胞的抗炎、再生和免疫调节潜力 | 作为综述文章,未提供新的实验数据,且主要基于现有文献和作者原始材料,可能受限于当前研究进展 | 全面总结前列腺Club(Clara)细胞的生物学特性、功能及其在前列腺疾病中的作用 | 人类前列腺中的Club(Clara)细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA原位 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 757 | 2026-01-03 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2025-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中癌症相关化生细胞的相似性 | 首次在幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中鉴定出表达ANPEP/CD13的癌症相关化生细胞亚型 | 未明确说明样本量大小及具体单细胞测序平台细节 | 比较幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎诱导的胃化生细胞特征及其癌症风险 | 小鼠模型和人类参与者(幽门螺杆菌感染及自身免疫性胃炎患者) | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组学,免疫荧光,组织病理学评估 | NA | 转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 758 | 2026-01-03 |
Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6
PMID:39240518
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研究论文 | 本文描述了一种从斑马鱼胚胎眼睛中可重复制备高质量单细胞悬液的方法,用于单细胞RNA测序 | 提供了针对斑马鱼胚胎眼睛组织的标准化单细胞分离和质量控制方法,解决了该领域获取高质量单细胞悬液的技术难题 | 方法主要针对胚胎期斑马鱼眼睛组织,在其他发育阶段或再生组织中的适用性需要进一步验证 | 建立斑马鱼眼睛组织单细胞RNA测序的标准化实验流程 | 斑马鱼胚胎视网膜细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10× Genomics v3.1系统 |
| 759 | 2026-01-03 |
The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006
PMID:39332674
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综述 | 本文综述了肾脏精准医学项目单细胞RNA测序图谱中定义的近端小管细胞状态,并比较了不同研究中的命名和分类方法 | 整合肾脏精准医学项目与其他重要研究的单细胞数据,统一近端小管细胞状态的转录组标记和分类标准 | 主要基于现有文献综述,缺乏新的实验数据验证 | 理解近端小管在健康和疾病状态下的细胞亚型及其在损伤和再生过程中的转录组变化 | 近端小管细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 760 | 2026-01-03 |
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877241299119
PMID:39584353
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,在早期阿尔茨海默病模型中探索了背侧中缝核(DRN)内基因表达的空间差异,并识别出与疾病病理相关的关键基因 | 首次在阿尔茨海默病模型中应用Visium空间基因表达平台,揭示了DRN内不同亚区域对tau病理的敏感性差异,并发现长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau磷酸化调控 | 研究依赖于小鼠模型,可能无法完全模拟人类阿尔茨海默病的复杂性,且空间转录组学技术需要结合其他验证方法以克服其局限性 | 识别与阿尔茨海默病病理中5-羟色胺神经元易感性或抗性相关的遗传成分 | 过表达人类tau蛋白的转基因小鼠(htau小鼠)的背侧中缝核 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,RNAscope,免疫组织化学 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间基因表达平台 |