本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6941 | 2025-10-06 |
The activation trajectory of plasmacytoid dendritic cells in vivo during a viral infection
2020-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-0731-4
PMID:32690951
|
研究论文 | 通过多技术联用揭示浆细胞样树突状细胞在病毒感染过程中的体内激活轨迹 | 首次证明同一pDC可顺序执行干扰素产生和T细胞激活功能,并发现其受时空精密调控的新机制 | 研究仅限于小鼠巨细胞病毒感染模型,未验证其他病毒或人类系统 | 解析浆细胞样树突状细胞在病毒感染过程中的体内功能分化机制 | 小鼠浆细胞样树突状细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,共聚焦显微镜,CD4 T细胞激活试验 | Ifnb1报告基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据,流式数据,显微图像 | 病毒感染动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6942 | 2025-10-06 |
The transcription factor Hhex cooperates with the corepressor Tle3 to promote memory B cell development
2020-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-0713-6
PMID:32601467
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9筛选发现转录因子Hhex与共抑制因子Tle3协同调控记忆B细胞分化 | 首次发现Hhex-Tle3复合物在记忆B细胞分化中的关键作用,并揭示其通过调控Bcl-6/Bcl-2通路的新机制 | NA | 探索记忆B细胞分化过程中的关键转录调控因子 | 生发中心B细胞和记忆B细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6943 | 2025-10-06 |
Fgfr3 Is a Positive Regulator of Osteoblast Expansion and Differentiation During Zebrafish Skull Vault Development
2020-09, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4042
PMID:32379366
|
研究论文 | 本研究通过构建fgfr3功能缺失斑马鱼模型,揭示了Fgfr3在颅骨发育过程中对成骨细胞扩增和分化的正向调控作用 | 首次构建了fgfr3功能缺失斑马鱼模型,并结合活体成像和单细胞RNA测序技术分析成骨细胞谱系 | 研究仅限于斑马鱼模型,在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 探究FGFR3在颅骨穹隆发育中的具体作用机制 | 斑马鱼颅骨发育过程中的成骨细胞 | 发育生物学 | 颅骨发育缺陷 | 单细胞RNA测序,活体成像 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因表达数据,影像数据 | fgfr3突变斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6944 | 2025-10-06 |
The Long Journey from Diagnosis to Therapy
2020-08-31, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
|
自传体评论 | 作者回顾了40年来从孟德尔疾病诊断到单基因疾病治疗的个人科学历程 | 通过个人经历展示了遗传学领域从基础诊断到精准治疗的演变历程 | 基于个人视角,缺乏系统性数据支持 | 回顾人类遗传学发展历程并展望未来方向 | 杜氏肌营养不良症及其他遗传疾病 | 遗传学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞测序,体细胞CRISPR编辑 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6945 | 2025-10-06 |
Ageing compromises mouse thymus function and remodels epithelial cell differentiation
2020-08-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.56221
PMID:32840480
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠衰老过程中胸腺功能衰退的细胞机制,发现前体细胞是衰老的主要靶标 | 首次结合单细胞RNA测序和谱系追踪技术,揭示胸腺上皮前体细胞在衰老过程中的特异性变化机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究衰老过程中胸腺功能衰退的分子和细胞机制 | 小鼠胸腺组织和胸腺上皮细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA-seq, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6946 | 2025-10-06 |
OscoNet: inferring oscillatory gene networks
2020-Aug-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03561-y
PMID:32838730
|
研究论文 | 提出OscoNet方法,用于从单细胞RNA测序数据中推断振荡基因网络 | 改进了Oscope的优化方案,提供了经过良好校准的非参数假设检验来选择振荡基因 | 仅基于单细胞RNA测序数据,缺乏时间序列信息 | 开发从快照单细胞数据中检测振荡基因网络的稳健方法 | 振荡基因及其网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非参数假设检验 | 基因表达数据 | 三个真实数据集和合成数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6947 | 2025-10-06 |
Human Lung Conventional Dendritic Cells Orchestrate Lymphoid Neogenesis during Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2020-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.201906-1123OC
PMID:32255375
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类肺髓样细胞的异质性,并发现慢性阻塞性肺疾病中常规树突状细胞2型通过OX40L-OX40轴诱导T滤泡辅助样细胞,参与三级淋巴器官形成 | 首次在COPD患者中发现cDC2细胞具有独特的迁移特征,并通过OX40L-OX40信号轴诱导Tfh样细胞,揭示了其在三级淋巴器官形成中的新机制 | 研究样本量有限,主要聚焦晚期COPD患者,机制研究仍需进一步验证 | 探究肺树突状细胞在慢性阻塞性肺疾病中诱导T滤泡辅助细胞及三级淋巴器官形成的机制 | 人类肺组织样本,包括对照组和COPD患者的髓样细胞和T细胞 | 单细胞生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选,成像分析 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据,组织成像数据 | 对照组和GOLD IV期COPD患者肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6948 | 2025-10-06 |
Knowledge-primed neural networks enable biologically interpretable deep learning on single-cell sequencing data
2020-08-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02100-5
PMID:32746932
|
研究论文 | 提出了一种基于生物网络的知识引导神经网络方法,在单细胞测序数据上实现可解释的深度学习 | 将深度学习与生物网络结合,使网络节点对应分子实体,边对应调控相互作用,提供了生物学机制解释 | NA | 开发可解释的深度学习方法,在保持预测性能的同时提供生物学机制洞察 | 癌症和免疫细胞的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 知识引导神经网络(KPNN) | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6949 | 2025-10-06 |
Chronic myelomonocytic leukaemia stem cell transcriptomes anticipate disease morphology and outcome
2020-Aug, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2020.102904
PMID:32763828
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析慢性粒单核细胞白血病干细胞转录组特征及其与疾病形态和预后的关系 | 首次在单细胞水平揭示CMML干细胞转录组异质性,发现干细胞转录组特征可预测疾病形态和临床结局 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究慢性粒单核细胞白血病干细胞转录组特征及其临床意义 | 慢性粒单核细胞白血病患者和健康对照的Lin-CD34+CD38-干细胞 | 单细胞转录组学 | 慢性粒单核细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6826个Lin-CD34+CD38-干细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的超高通量10x平台 |
6950 | 2025-10-06 |
Alveolar wars: The rise of in vitro models to understand human lung alveolar maintenance, regeneration, and disease
2020-08, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.19-0433
PMID:32272001
|
综述 | 本文综述了体外人类肺泡模型在理解肺泡维持、再生和疾病机制方面的应用与发展 | 系统总结了当前单细胞RNA测序技术在揭示人类肺泡细胞异质性和疾病特异性细胞类型方面的突破,以及多种体外模型(类器官、器官芯片等)在模拟人类肺泡生物学中的创新应用 | 现有体外系统仍存在局限性,如无法完全重现体内环境的复杂性,需要进一步改进以更好地模拟人类肺泡的完整功能 | 开发更接近人类肺部的相关模型,以研究肺泡在稳态、损伤修复和疾病状态下的生物学机制 | 人类肺泡细胞、肺泡类器官、器官芯片系统和离体肺切片 | 生物医学工程 | 肺疾病(特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺疾病、支气管肺发育不良) | 单细胞RNA测序,类器官培养,器官芯片技术,离体肺切片 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6951 | 2025-10-06 |
Advances and challenges in epigenomic single-cell sequencing applications
2020-08, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2020.01.013
PMID:32304986
|
综述 | 本文探讨表观基因组单细胞测序技术的进展与挑战 | 强调多模态单细胞测序技术在克服数据整合局限性的潜力 | 未提及具体技术实施细节和验证数据 | 分析单细胞测序技术在表观基因组研究中的应用前景 | 多细胞生理和病理生物学过程 | 表观基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
6952 | 2025-10-06 |
Distinct synovial tissue macrophage subsets regulate inflammation and remission in rheumatoid arthritis
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0939-8
PMID:32601335
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示类风湿关节炎中不同滑膜组织巨噬细胞亚群在炎症和缓解期的调控作用 | 首次在类风湿关节炎中鉴定出具有独特缓解期转录组特征的两个滑膜组织巨噬细胞亚群(MerTKTREM2和MerTKLYVE1) | 样本量相对有限,需要进一步验证这些发现 | 研究类风湿关节炎药物自由缓解期的免疫调节机制 | 滑膜组织巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞转录组学,流式细胞分选,空间分析,功能分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 32,000个滑膜组织巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6953 | 2025-10-06 |
Heterotypic cell-cell communication regulates glandular stem cell multipotency
2020-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2632-y
PMID:32848220
|
研究论文 | 本研究揭示腺上皮中腔细胞通过分泌TNF限制基底干细胞多能性的细胞间通讯机制 | 首次发现腔细胞通过TNF信号通路在生理条件下限制基底干细胞多能性,并鉴定出胚胎发育相关的混合分化程序 | 研究主要基于小鼠模型和类器官,人类组织中的验证尚需进一步研究 | 探究腺上皮干细胞多能性调控的细胞通讯机制 | 乳腺和前列腺腺上皮的基底细胞与腔细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 类器官培养 | NA | 基因表达数据 | 小鼠体内模型和体外类器官模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6954 | 2025-10-06 |
Mechanisms of stretch-mediated skin expansion at single-cell resolution
2020-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2555-7
PMID:32728211
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率分析揭示了皮肤在拉伸作用下扩张的细胞机制 | 首次在单细胞分辨率下研究体内机械力对表皮细胞行为的影响,结合克隆分析、定量建模和单细胞RNA测序的多学科方法 | 研究主要基于小鼠模型,人类皮肤的响应机制可能有所不同 | 阐明机械拉伸如何调控皮肤表皮细胞行为和组织扩张的分子机制 | 小鼠皮肤表皮细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质分析, 克隆分析, 定量建模 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6955 | 2025-10-06 |
Single-cell technologies in hepatology: new insights into liver biology and disease pathogenesis
2020-08, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-020-0304-x
PMID:32483353
|
综述 | 本文综述单细胞技术在肝病研究中的应用及其对肝脏生物学和疾病发病机制的新见解 | 系统总结单细胞转录组技术在揭示肝脏细胞异质性、代谢分区和疾病发病机制中的创新应用 | NA | 探讨单细胞技术在肝病研究中的应用价值和发展前景 | 肝脏细胞(肝细胞、内皮细胞、肝星状细胞、巨噬细胞、间充质细胞等) | 单细胞组学 | 肝病(肝纤维化、肝癌等) | 单细胞转录组技术、空间转录组学、多组学方法 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
6956 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics identifies spatially dysregulated expression of GRM3 and USP47 in amyotrophic lateral sclerosis
2020-08, Neuropathology and applied neurobiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1111/nan.12597
PMID:31925813
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术识别了肌萎缩侧索硬化症中GRM3和USP47基因的空间表达失调 | 首次在携带C9orf72六核苷酸重复扩展的ALS患者尸检皮质组织中应用空间转录组学技术,并识别出跨sALS、SOD1和C9orf72病例共同失调的GRM3和USP47转录本 | 研究样本量有限,主要基于尸检脑组织,可能受到死后组织变化的影响 | 识别可能导致ALS中不同细胞类型和脑区域差异易感性的失调转录本 | 人类尸检脑组织和脊髓组织,包括C9orf72、散发性ALS和SOD1 ALS病例 | 空间转录组学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 空间转录组学,BaseScope原位杂交技术 | NA | 空间转录组数据,原位杂交数据 | 多个尸检脑区域和脊髓组织样本,包括C9orf72、散发性ALS和SOD1 ALS病例队列 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间分辨率达100微米的空间转录组学技术 |
6957 | 2025-10-06 |
Prototypical pacemaker neurons interact with the resident microbiota
2020-07-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1920469117
PMID:32647059
|
研究论文 | 本研究在基础后生动物中鉴定并功能表征了表达ANO/SCN/TRPM离子通道的起搏神经元,揭示了这些神经元通过免疫相关基因与微生物环境相互作用的机制 | 发现原始起搏神经元表达丰富的免疫相关基因,提出了起搏细胞进化起源的新模型——利用先天免疫成分与微生物环境相互作用 | 研究仅针对基础后生动物模型,在更高等生物中的适用性需要进一步验证 | 探究起搏神经元的进化起源及其与微生物的相互作用机制 | 基础后生动物中的起搏神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学,免疫化学,功能实验 | NA | 基因表达数据,免疫染色数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6958 | 2025-10-06 |
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
2020-07-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.05.039
PMID:32579974
|
研究论文 | 通过多模态分析揭示人类皮肤鳞状细胞癌的细胞组成、空间结构和细胞间通讯网络 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和多重离子束成像技术,发现肿瘤特异性角质形成细胞(TSK)群体及其在纤维血管微环境中的定位 | 研究样本数量有限,主要关注皮肤鳞状细胞癌,结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 解析皮肤鳞状细胞癌的细胞组成、空间结构和细胞间相互作用网络 | 人类皮肤鳞状细胞癌组织及匹配的正常皮肤组织 | 空间转录组学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重离子束成像,CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据,空间定位数据,成像数据 | 一系列人类cSCC和匹配正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重离子束成像 | NA | NA |
6959 | 2025-10-06 |
A Single-Cell Transcriptomics CRISPR-Activation Screen Identifies Epigenetic Regulators of the Zygotic Genome Activation Program
2020-07-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.06.004
PMID:32634384
|
研究论文 | 本研究结合单细胞转录组学和CRISPR激活技术筛选调控合子基因组激活程序的表观遗传因子 | 首次将CRISPR激活筛选与单细胞转录组学结合,在小鼠胚胎干细胞中系统鉴定ZGA调控因子 | 使用胚胎干细胞作为早期胚胎的体外替代模型,可能与真实胚胎环境存在差异 | 鉴定调控合子基因组激活程序的表观遗传调控因子 | 小鼠胚胎干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR激活 | MOFA+ | 单细胞转录组数据 | 约200,000个单细胞转录组,包含230个CRISPRa扰动 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6960 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses identify dysfunctional CD16+ CD8 T cells in smokers
2020-07-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2020.100054
PMID:33163982
|
研究论文 | 通过单细胞分析识别吸烟者中功能失调的CD16+ CD8 T细胞 | 首次在吸烟者中发现并表征了表达CD16的NK样CD8 T细胞亚群,揭示了吸烟与免疫衰老和T细胞衰老的关联 | 研究样本仅来自外周血,未涉及组织特异性免疫反应 | 识别受吸烟影响的免疫细胞并研究吸烟对免疫系统的影响 | 吸烟者和非吸烟者的外周血免疫细胞 | 单细胞生物学 | 慢性疾病 | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术,假时间分析,DNA甲基化分析 | 假时间分析模型,DNA甲基化模型 | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,表观遗传数据 | 吸烟者和非吸烟者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |