单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-05-12	Cytotoxic KLRG1+ IL-7R- effector CD8+ T cells distinguish kidney transplant recipients controlling cytomegalovirus reactivation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1542531 PMID:40028342	研究论文	通过单细胞RNA测序研究肾移植受者中CD8+ T细胞对巨细胞病毒再激活的免疫反应	揭示了CD8+ T细胞在巨细胞病毒初次感染和再激活过程中的不同分化轨迹，并发现CD28lo KLRG1hi IL-7Rlo HLA-DRhi CD8+ T细胞可作为预测巨细胞病毒再激活的生物标志物	样本量较小（8例单细胞RNA测序，62例免疫表型验证），且仅针对肾移植受者	研究肾移植受者中CD8+ T细胞对巨细胞病毒再激活的免疫反应机制	肾移植受者中的CD8+ T细胞	免疫学	巨细胞病毒感染	单细胞RNA测序，免疫表型分析	NA	RNA测序数据，免疫表型数据	8例肾移植受者（单细胞RNA测序），62例肾移植受者（免疫表型验证）
582	2025-05-12	Single-cell dual-omics reveals translational and transcriptional landscapes and regulations in oocytes from ovarian endometriosis patients 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1534648 PMID:40034233	研究论文	通过单细胞双组学技术揭示卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞的翻译和转录景观及其调控机制	首次在GV期卵母细胞中表征了卵巢子宫内膜异位症患者的翻译和转录谱，并发现卵巢子宫内膜异位症显著改变了人类卵母细胞的整体翻译活性	研究仅针对GV期卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	探究卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞质量下降的分子机制	卵巢子宫内膜异位症患者及因输卵管或男性因素不孕的对照者的卵母细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞转录组和翻译组测序	NA	单细胞RNA-seq数据	卵巢子宫内膜异位症患者和对照者的卵母细胞样本
583	2025-05-12	An integrated transcriptomic analysis unveils the regulatory roles of RNA binding proteins during human spermatogenesis 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1522394 PMID:40034235	研究论文	本研究通过整合转录组分析揭示了RNA结合蛋白在人类精子发生中的调控作用	首次全面解析了RNA结合蛋白在睾丸发育和精子发生中的表达动态，并发现其与非梗阻性无精症（NOA）的关联	研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究RNA结合蛋白在睾丸发育和精子发生中的调控机制及其在男性不育中的作用	人类睾丸发育过程中的各种细胞类型及非梗阻性无精症患者	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	基于已发表的单细胞和批量RNA测序数据集
584	2025-05-12	The role of macrophages in liver metastasis: mechanisms and therapeutic prospects 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1542197 PMID:40034694	综述	本文探讨了巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其治疗前景	深入分析了巨噬细胞在肿瘤微环境中的极化机制及其与肿瘤细胞的相互作用，提出了基于单细胞测序技术的潜在治疗靶点	未提及具体实验数据或样本量，理论探讨较多	研究巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	巨噬细胞、肿瘤微环境中的其他免疫细胞、肿瘤细胞	肿瘤生物学	肝癌、结直肠癌、胰腺癌、胃癌、前列腺癌	单细胞测序技术	NA	NA	NA
585	2025-05-12	Deciphering ovarian cancer heterogeneity through spatial transcriptomics, single-cell profiling, and copy number variations 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317115 PMID:40036264	研究论文	通过空间转录组学、单细胞分析和拷贝数变异解析高级别浆液性卵巢癌的异质性	综合分析了单细胞转录组和空间转录组数据，揭示了肿瘤异质性在基因表达、拷贝数变异和单细胞层面的全面视图，并发现MDK-NCL配体-受体对在肿瘤细胞通讯中的关键作用	样本量较小（8名患者），且仅针对高级别浆液性卵巢癌，结果可能不适用于其他类型的卵巢癌	阐明高级别浆液性卵巢癌异质性的复杂机制	高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、拷贝数变异分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、拷贝数变异数据	8名高级别浆液性卵巢癌患者的5个单细胞转录组和8个空间转录组
586	2025-05-12	New hopes and challenges in targeted therapy and immunotherapy for primary central nervous system lymphoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1438001 PMID:40040699	综述	本文综述了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）在靶向治疗和免疫治疗方面的最新进展，探讨了其疗效与挑战，并对未来治疗策略的发展进行了展望	总结了PCNSL的分子病理学进展，识别了新的治疗靶点，并介绍了小分子靶向药物、免疫调节药物、免疫检查点抑制剂和CAR-T细胞疗法等新治疗策略	NA	探讨PCNSL的靶向治疗和免疫治疗的最新进展及其挑战	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者，特别是复发/难治性（R/R）PCNSL患者	NA	原发性中枢神经系统淋巴瘤	基因测序、转录组测序、单细胞测序	NA	NA	NA
587	2025-05-12	Integration of bulk RNA-seq and scRNA-seq reveals transcriptomic signatures associated with deep vein thrombosis 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1551879 PMID:40342960	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，揭示了与深静脉血栓形成(DVT)相关的转录组特征，并识别了潜在的遗传标记	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术，识别了DVT相关的8个高度特征性基因，并验证了CXCR4作为潜在遗传标记的作用	样本量相对较小(内部测试集11例患者+6例对照，外部测试集12例患者+6例对照)，需要更大规模研究验证	识别和验证与深静脉血栓形成(DVT)相关的最具特征性的基因	DVT患者和对照组的全血样本	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习算法, 免疫荧光	WGCNA, 机器学习算法	RNA-seq数据	内部测试集17例(11患者+6对照)，外部测试集18例(12患者+6对照)，scRNA-seq 6例(3患者+3对照)
588	2025-05-12	Decoding immune cell interactions during cardiac allograft vasculopathy: insights derived from bioinformatic strategies 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1568528 PMID:40342971	review	本文综述了单细胞和多组学方法在心脏同种异体移植血管病变（CAV）研究中的应用，总结了最新发现并讨论了其对理解CAV发病机制的意义	总结了单细胞RNA测序等先进技术在揭示CAV中免疫-内皮-基质相互作用方面的突破性发现	目前将这些技术应用于CAV的研究仍然较少，限制了这些发现向临床实践的转化	理解心脏移植后慢性同种异体移植血管病变（CAV）的发病机制	心脏移植受者的血管病变	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
589	2025-05-12	PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410 PMID:40343206	research paper	研究通过scRNA-seq发现PDGF(+)间充质亚群具有增强的血管生成特征，并通过过表达PDGF-BB的DPSCs改善牙髓再生中的血管生成	通过scRNA-seq识别PDGF(+)亚群并验证其与血管的关联，以及通过基因工程增强DPSCs的血管生成能力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	改善牙髓再生中的血管生成问题	牙髓干细胞（DPSCs）和PDGF(+)间充质亚群	digital pathology	dental disease	scRNA-seq, 多重免疫组化, 慢病毒载体转染	NA	RNA-seq数据, 免疫组化图像	人类牙髓样本和大鼠肾囊移植模型
590	2025-05-12	Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322864 PMID:40343915	研究论文	本研究利用转录组范围关联研究（TWAS）探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病（ILI）中免疫细胞特异性基因表达的关系	首次结合GWAS数据和scRNA-seq数据，通过TWAS方法揭示了上呼吸道菌群与免疫细胞基因表达的关联，并识别了影响ILI进展的关键免疫细胞类型和通路	研究样本量相对有限（1195例GWAS数据），且仅关注了严重ILI患者	探究上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI的疾病进展	上呼吸道菌群和免疫细胞（如CD4+T效应记忆细胞、cDCs、NK细胞等）	基因组学与免疫学	呼吸道疾病	GWAS、scRNA-seq、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION	TWAS	基因组数据和单细胞转录组数据	1195例严重ILI相关的GWAS数据
591	2025-05-12	scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322538 PMID:40343927	研究论文	通过scRNA-seq和scATAC-seq分析，研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用	结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用	C57BL/6小鼠的肺组织样本	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	COPD小鼠模型	单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠肺组织样本
592	2025-05-12	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组学数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	随机两阶段主成分分析（PCA）	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium）
593	2025-05-12	scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf072 PMID:40036721	研究论文	介绍了一个名为scMitoMut的R包，用于在单细胞水平准确识别与线粒体谱系相关的突变	利用基于beta-二项分布的统计方法为每个突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的敏感性和精确度	未提及具体的局限性	开发一个高效的工具，用于单细胞测序中线粒体DNA突变的检测，以促进细胞谱系追踪	线粒体DNA（mtDNA）	生物信息学	结直肠癌	单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序	NA	单细胞测序数据	混合细胞系群体、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞
594	2025-05-12	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（ApoE）是生长板静息区软骨细胞的新标记物	首次发现ApoE作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏特异性标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的特异性标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	分子生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	ApoE-mCherry敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类生长板样本
595	2025-05-12	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像预测空间转录组学数据	引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并采用Cross-WSI Transformer模块高效捕获跨WSI的斑点关系	未明确提及具体局限性	开发一种更准确预测空间转录组学数据的深度学习方法	结直肠癌组织学图像和空间转录组学数据	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	内部和外部数据集（具体数量未提及）
596	2025-05-12	HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122 PMID:40039180	research paper	提出了一种利用超维计算提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类准确性的新方法	首次将超维计算应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型分类，提高了分类准确性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性	单细胞RNA测序数据	genomics	NA	scRNA-seq, 超维计算	QuantHD	基因表达数据	多个数据集（具体数量未提及）
597	2025-05-12	Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267 PMID:38443061	研究论文	通过遗传和转录组学研究结肠憩室病的遗传和细胞决定因素及其与其他胃肠道疾病的关系	首次整合DNA和RNA测序数据，结合单细胞RNA-seq和全基因组关联研究，揭示了结肠憩室病的遗传和转录组学特征	研究样本量相对较小，且仅针对特定人群	揭示结肠憩室病的遗传和细胞机制及其与其他胃肠道疾病的关联	404例结肠憩室病患者（172例）和对照者（232例）的结肠组织	遗传学与转录组学	结肠憩室病	DNA测序、RNA测序、单细胞RNA-seq、全基因组关联研究（GWAS）、孟德尔随机化（MR）	多基因风险评分（PRS）	遗传数据、转录组数据	404例（172例憩室病患者，232例对照）
598	2025-05-12	Vascular mechanisms of post-COVID-19 conditions: Rho-kinase is a novel target for therapy 2023-06-02, European heart journal. Cardiovascular pharmacotherapy DOI:10.1093/ehjcvp/pvad025 PMID:37019821	research paper	该研究探讨了COVID-19后遗症（长期COVID）中的血管功能障碍机制，并提出Rho激酶作为新的治疗靶点	研究发现Rho激酶激活是COVID-19后遗症患者血管纤维化和肌球蛋白轻链磷酸化的关键机制，并提出了fasudil作为潜在治疗药物	研究样本量较小（37例患者），且仅针对住院后康复的COVID-19患者	探究COVID-19后遗症中血管功能障碍的机制并寻找潜在治疗靶点	COVID-19康复患者（27例）和风险因素匹配的对照组（10例）	心血管疾病研究	COVID-19后遗症	wire myography, histopathology, immunohistochemistry, spatial transcriptomics	NA	生物标志物、影像学数据、组织活检	37例（27例COVID-19康复患者和10例对照组）
599	2025-05-11	Novel therapeutic targets uncovered by genome-wide integrative analysis in bronchopulmonary dysplasia 2025-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians DOI:10.1080/14767058.2025.2469837 PMID:39988826	研究论文	通过整合基因组关联研究、单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了支气管肺发育不良的遗传机制和潜在治疗靶点	首次整合GWAS、scRNA-seq和MR分析，识别出与BPD相关的关键基因和药物相互作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源可能有限	识别BPD的基因表达失调并探索相关分子通路	支气管肺发育不良(BPD)患者	基因组学	支气管肺发育不良	GWAS, scRNA-seq, MR	NA	基因组数据、转录组数据	NA
600	2025-05-11	The Role of Autophagy and Cell Communication in COPD Progression: Insights from Bioinformatics and scRNA-seq 2025-Dec, COPD IF:2.2Q3 DOI:10.1080/15412555.2024.2444663 PMID:39991824	research paper	研究通过生物信息学和单细胞RNA测序技术探讨自噬和细胞通讯在慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的作用	利用生物信息学工具识别吸烟激活的自噬相关基因，并通过scRNA-seq数据分析细胞通讯模式，揭示COPD的免疫景观	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨自噬和细胞通讯在COPD进展中的作用	COPD患者中的自噬相关基因和细胞通讯模式	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA