本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
541 | 2025-10-05 |
scKAN: interpretable single-cell analysis for cell-type-specific gene discovery and drug repurposing via Kolmogorov-Arnold networks
2025-Sep-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03779-0
PMID:40993718
|
研究论文 | 提出了一种基于Kolmogorov-Arnold网络的可解释单细胞分析框架scKAN,用于细胞类型注释和细胞类型特异性基因发现 | 使用Kolmogorov-Arnold网络的可学习激活曲线来建模基因-细胞关系,相比典型的注意力机制聚合加权方案,提供了更直接的可视化和解释方法 | NA | 开发可解释的单细胞RNA测序分析方法,连接分子洞察与治疗应用 | 单细胞RNA测序数据 | 单细胞分析 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序,分子动力学模拟 | Kolmogorov-Arnold网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
542 | 2025-10-05 |
SH3BP5-driven metabolic-immune crosstalk in DLBCL: a prognostic biomarker and therapeutic target for reshaping immunosuppressive microenvironment
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06951-z
PMID:40993727
|
研究论文 | 本研究探讨SH3BP5在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后价值和治疗靶点潜力 | 首次揭示SH3BP5通过代谢-免疫串扰重塑免疫抑制微环境的机制 | 需要更大临床队列和功能模型验证结果 | 探索DLBCL新型生物标志物和治疗策略 | 弥漫大B细胞淋巴瘤(特别是ABC亚型)患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,转录组学,蛋白质组学,功能体外实验 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,临床数据,单细胞测序数据 | 多个数据集和验证队列的DLBCL样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
543 | 2025-10-05 |
Integrative single-cell and machine learning approach to characterize immunogenic cell death and tumor microenvironment in LUAD
2025-Sep-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06889-2
PMID:40993741
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法,表征肺腺癌中免疫原性细胞死亡和肿瘤微环境的特征 | 首次在单细胞水平量化ICD活性,开发了基于11个核心基因的ICDRS预后模型,并在六个外部队列中验证其优于112个已发表签名 | 未明确说明样本来源和具体数量,功能验证仅限于SLC2A1基因 | 探索免疫原性细胞死亡在肺腺癌进展和免疫治疗反应中的具体作用 | 肺腺癌组织和细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, CCK-8, Transwell, 集落形成, 异种移植 | CoxBoost + SuperPC | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
544 | 2025-10-05 |
Cell-cell communication dysregulation in tuberous sclerosis complex cortical tubers and focal cortical dysplasia
2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02113-w
PMID:40993764
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结节性硬化症皮质结节和局灶性皮质发育不良中的细胞间通讯失调机制 | 首次在mTORopathies中系统揭示细胞类型特异性转录改变和细胞间通讯网络紊乱,特别是发现NRXN-NLGN信号通路在谷氨酸能和GABA能神经元中的异常 | 样本量相对有限,未涵盖所有类型的皮质发育畸形 | 研究mTORopathies中细胞类型特异性转录改变和细胞间通讯网络紊乱对皮质网络功能障碍的影响 | 结节性硬化症皮质结节、MTOR_FCD和DEPDC5_FCD等皮质发育畸形样本 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含对照组和病理样本的33个转录 distinct细胞簇 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
545 | 2025-10-05 |
A mouse model of stereotactic radiosurgery-induced neuroinflammation and blood-brain barrier compromise
2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02112-x
PMID:40993780
|
研究论文 | 建立小鼠立体定向放射外科模型,研究放射诱导的神经血管单元应激反应和血脑屏障损伤机制 | 首次使用15-60 Gy剂量范围建立小鼠SRS模型,结合组织学和空间转录组学分析神经血管单元各组分对放射的协调应激反应 | 研究仅限于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 阐明立体定向放射外科对神经血管单元的影响机制 | 小鼠神经血管单元细胞(小胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞) | 空间转录组学 | 放射坏死 | 空间转录组学,组织学分析 | 动物模型 | 转录组数据,组织图像 | 小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
546 | 2025-10-05 |
Unveiling the mechanisms of yanhusuo's therapeutic effects in neuropathic pain through network pharmacology, single-cell RNA sequencing, and molecular docking
2025-Sep-24, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00551-z
PMID:40993792
|
研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子对接技术,系统揭示延胡索治疗神经病理性疼痛的多靶点多通路作用机制 | 首次将网络药理学、单细胞测序和分子对接技术整合应用于中药延胡索的神经病理性疼痛治疗机制研究 | 研究主要基于计算预测和体外实验,需要进一步的体内实验验证 | 阐明延胡索治疗神经病理性疼痛的分子机制 | 神经病理性疼痛患者和延胡索活性成分 | 生物信息学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序,网络药理学,分子对接 | 无监督聚类,蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 基因表达数据,化合物结构数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
547 | 2025-10-05 |
JMJD6-driven epigenetic activation of COL4A2 reprograms glioblastoma vascularization via integrin α1β1-dependent PI3K/MAPK signaling
2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02114-9
PMID:40993804
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现JMJD6驱动的COL4A2通过整合素α1β1激活PI3K/MAPK信号通路,促进胶质母细胞瘤血管生成 | 首次揭示JMJD6介导的COL4A2表观遗传激活通过整合素α1β1受体促进胶质母细胞瘤血管生成的新机制 | NA | 探索胶质母细胞瘤血管生成的分子机制并寻找新的抗血管生成治疗靶点 | 胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关内皮细胞 | 表观遗传学、肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
548 | 2025-10-05 |
Comprehensive profiling of immune cell infiltration and biomarker identification in intervertebral disc degeneration
2025-Sep-24, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-06250-9
PMID:40993805
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析和单细胞RNA测序技术,系统描绘了椎间盘退变中的免疫细胞浸润动态并识别了关键生物标志物 | 首次结合CIBERSORT反卷积分析、WGCNA网络分析和单细胞RNA测序,系统揭示了椎间盘退变中免疫细胞浸润的动态变化特征 | 研究主要基于大鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 阐明椎间盘退变过程中的免疫细胞浸润特征并识别治疗靶点 | 椎间盘退变大鼠模型和体外培养的髓核细胞 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,蛋白质印迹,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据,蛋白质表达数据 | 大鼠椎间盘退变模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
549 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the ameliorative effects of Kai-Xin-San on depression via regulating neuroplasticity and inflammation in the hypothalamus of rats
2025-Sep-24, Neuroscience
IF:2.9Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示开心散通过调节下丘脑神经可塑性和炎症改善大鼠抑郁的分子机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统阐明开心散通过抑制前炎症反应、恢复星形胶质细胞线粒体代谢和重塑神经-星形胶质细胞相互作用网络来增强突触可塑性的抗抑郁机制 | 研究仅针对大鼠下丘脑区域,未涉及其他脑区;样本数量相对有限 | 探究开心散改善抑郁症状的分子机制 | 慢性不可预见性温和应激诱导的抑郁模型大鼠 | 单细胞转录组学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序, 行为学测试, 分子生物学实验 | NA | 单细胞转录组数据, 行为数据, 蛋白质表达数据 | 45,482个下丘脑细胞,来自对照组、CUMS诱导组、开心散治疗组和氟西汀治疗组大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
550 | 2025-10-05 |
Loss of RPL22 Expression Identifies a Transcriptional Subset of MLH1 Deficient Endometrial Cancers with Lower Numbers of Tumor-Associated Lymphocytes
2025-Sep-24, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100899
PMID:41005533
|
研究论文 | 本研究通过免疫组化和空间转录组学技术,发现RPL22表达缺失可识别MLH1缺陷型子宫内膜癌中免疫活性较低的亚型 | 首次证明RPL22缺失可作为MLH1缺陷型子宫内膜癌中免疫低活性亚型的生物标志物 | 未发现RPL22表达与肿瘤突变负荷或PD-L1表达相关 | 探索RPL22突变在MSI-high子宫内膜癌中的临床意义 | 子宫内膜癌组织和细胞系 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组化, 数字空间转录组学, 基因敲低 | NA | 图像, 转录组数据 | 子宫内膜癌队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
551 | 2025-10-05 |
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-Sep-24, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007
PMID:41005549
|
综述 | 探讨脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的双重作用及其分子机制 | 系统比较了脂质负载巨噬细胞在不同疾病环境中的共同和独特功能特征 | NA | 阐明脂质负载巨噬细胞在炎症、动脉粥样硬化和癌症中的生物学作用 | 脂质负载巨噬细胞 | NA | 动脉粥样硬化,癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
552 | 2025-10-05 |
Integrating multi-omic Mendelian randomization, microarray, single-cell RNA sequencing, and spatial RNA sequencing to identify potential therapeutic targets for vitiligo
2025-Sep-24, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.09.015
PMID:41005615
|
研究论文 | 通过多组学孟德尔随机化分析结合单细胞和空间转录组测序,鉴定CTSS作为白癜风潜在治疗靶点 | 首次整合多组学孟德尔随机化、微阵列、单细胞RNA测序和空间RNA测序技术系统研究白癜风发病机制 | NA | 鉴定白癜风潜在治疗靶点 | 白癜风患者黑色素细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 白癜风 | 多组学孟德尔随机化, 微阵列, 单细胞RNA测序, 空间RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | 4,479个可药物化基因的QTL数据结合GWAS数据 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | NA |
553 | 2025-10-05 |
MMP13- and COL11A1-expressing cancer-associated fibroblasts: key drivers of esophageal squamous cell carcinoma progression and prognostic indicators
2025-Sep-24, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104247
PMID:41005711
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了食管鳞状细胞癌中三种癌症相关成纤维细胞亚型,并发现其中MMP13和COL11A1两种亚型是疾病进展的关键驱动因素和预后指标 | 首次报道了癌症相关成纤维细胞与食管鳞状细胞癌病理分期进展的关联,并识别了三种具有不同特性的癌症相关成纤维细胞亚型 | 研究主要关注晚期食管鳞状细胞癌患者,未涵盖早期阶段;样本量相对有限 | 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌进展中的作用及其预后价值 | 食管鳞状细胞癌患者的手术切除标本 | 单细胞测序分析 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, RNA原位杂交 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织标本 | 晚期食管鳞状细胞癌患者手术切除标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
554 | 2025-10-05 |
Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116159
PMID:40864551
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞共培养中的宿主-病毒转录相互作用 | 发现存在预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群,且解除天然免疫抑制反而增强狂犬病毒转录 | 使用体外共培养模型,可能与体内真实情况存在差异 | 研究病毒-宿主细胞相互作用和天然免疫拮抗如何影响神经嗜性病毒感染动态 | 人类脑细胞共培养体系 | 单细胞基因组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类脑细胞共培养样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
555 | 2025-10-05 |
CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184
PMID:40886314
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定CD226作为结核病中效应CD8+T细胞的标志物,并证明其参与识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的共刺激过程 | 首次发现CD226是区分效应性和功能失调性CD8+T细胞谱系的最显著差异表达基因,并证实CD226对CD8+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究慢性感染对肺实质CD8+T细胞多样性的影响及CD226在识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的作用 | C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 感染6周和41周的C57BL/6J小鼠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
556 | 2025-10-05 |
Next-gen tools in cancer neuroscience
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116258
PMID:40934086
|
综述 | 本文综述了推动癌症神经科学领域发展的新一代技术工具 | 整合了单细胞转录组学、空间转录组学、光遗传学、化学遗传学等多种前沿技术来研究神经系统与癌症的相互作用 | NA | 探讨连接肿瘤学与神经科学的关键技术 | 神经系统与癌症相互作用的组成部分 | 癌症神经科学 | 癌症 | 单细胞转录组学,空间转录组学,光遗传学,化学遗传学,工程病毒,神经元活动可视化 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
557 | 2025-10-05 |
Innate Immune-Cloaked Microgel-Coated Mesenchymal Stromal Cells Reverse Persistent Pulmonary Fibrosis via Reparative Macrophages
2025-Sep-23, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202504590
PMID:40984773
|
研究论文 | 本研究开发了一种先天免疫伪装微凝胶包被的间充质基质细胞,通过修复性巨噬细胞逆转持续性肺纤维化 | 首次将先天免疫检查点材料策略与微凝胶包被技术结合,使治疗细胞能逃逸组织驻留巨噬细胞的清除 | NA | 开发治疗复杂慢性疾病(如纤维化)的新型细胞治疗策略 | 间充质基质细胞、组织驻留巨噬细胞、肺纤维化模型 | 细胞治疗 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
558 | 2025-10-05 |
Tertiary lymphoid structures in Merkel cell carcinoma facilitate naïve and central memory T-cell infiltration linked to immunotherapy response
2025-Sep-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012224
PMID:40992783
|
研究论文 | 本研究探讨默克尔细胞癌中三级淋巴结构对T细胞浸润和免疫治疗反应的影响机制 | 首次系统揭示三级淋巴结构通过高内皮小静脉促进初始和中央记忆T细胞浸润的详细机制,并发现TCR克隆多样性与病毒抗原反应性的关联 | 样本量较小(27例患者),部分分析仅在选定病例中进行空间转录组学 | 阐明三级淋巴结构在默克尔细胞癌免疫微环境中的作用机制 | 27例默克尔细胞癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 默克尔细胞癌 | 转录组分析、多重免疫可视化分析、T细胞受体克隆分型、空间转录组学 | 加权基因共表达网络分析 | RNA测序数据、免疫组织化学数据、空间转录组数据 | 27例默克尔细胞癌患者 | NA | 空间转录组学、RNA测序、V(D)J测序 | NA | NA |
559 | 2025-10-05 |
Spatial regulation of CD8+ T cells at the HLA-E-NKG2A axis drives HIV persistence in lymph node B cell follicles
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116181
PMID:40849901
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和高维组织细胞计量技术揭示了HIV在淋巴结B细胞滤泡中持续存在的免疫调控机制 | 首次发现HLA-E-NKG2A轴在调节滤泡CD8+T细胞功能中的关键作用,揭示了HIV免疫逃避的新机制 | 研究样本仅限于HIV感染者,缺乏健康对照组比较 | 探究淋巴结B细胞滤泡中HIV持续存在的免疫调控机制 | HIV感染者的淋巴结组织样本 | 数字病理学 | HIV感染 | 空间转录组学,高维组织细胞计量,荧光激活细胞分选 | NA | 空间转录组数据,组织图像,流式细胞数据 | 不同抗逆转录病毒治疗阶段的HIV感染者淋巴结样本 | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | NA | NA |
560 | 2025-10-05 |
Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193
PMID:40875292
|
研究论文 | 本研究通过构建NF-κB活性升高实验模型,解析其在造血衰老表型中的特异性作用机制 | 首次明确区分NF-κB在造血干细胞自主功能与骨髓微环境中的不同作用,并建立单细胞RNA测序标记框架进行跨物种验证 | 实验模型为人工构建的NF-κB活性升高模型,可能与自然衰老过程存在差异 | 阐明炎症信号通路NF-κB在造血衰老过程中的具体作用机制 | 造血干细胞和骨髓微环境 | 单细胞生物学 | 造血系统衰老 | 单细胞RNA测序 | IκB缺陷小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |