单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-08-03	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	发现了单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注脾脏中的CD8 T细胞分化，其他组织中的情况尚不清楚	探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间机制	CD8 T细胞和单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间分辨转录组学	NA	转录组数据	NA
502	2025-08-03	Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk 2025-Aug, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009 PMID:40514331	研究论文	通过整合外显子测序和机器学习方法，识别出MICB和干扰素通路基因作为系统性硬化症(SSc)的风险因素	结合外显子测序(ES)、进化作用-机器学习(EAML)框架、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和表达数量性状位点(eQTL)分析，识别新的蛋白质编码变异和致病通路	研究主要基于高加索人群和欧洲人群，可能限制了结果的普适性	识别系统性硬化症(SSc)的新型蛋白质编码变异和致病通路	2,559例SSc患者和893例对照(高加索人群)，以及9,846例SSc患者和18,333例对照(欧洲人群)	复杂疾病遗传学	系统性硬化症(SSc)	外显子测序(ES)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析	进化作用-机器学习(EAML)	基因组数据、RNA测序数据	初始研究2,559例病例和893例对照，验证阶段9,846例病例和18,333例对照
503	2025-08-03	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Aug, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中根瘤器官发生的分子和细胞机制，特别关注豆科植物亚科	通过比较根瘤和侧根的发育，探讨了导致它们进化分化的调控变化，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具	主要关注豆科植物亚科，可能不适用于所有固氮植物	探索固氮共生中根瘤器官发生的调控机制及其进化历史	豆科植物亚科中的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、高级成像技术、系统基因组学	NA	转录组数据、成像数据	NA
504	2025-08-03	The Critical Role of APOE+ Macrophages in the Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70731 PMID:40736341	研究论文	本研究探讨了APOE+巨噬细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调节功能及其临床意义	通过单细胞转录组分析揭示了APOE+巨噬细胞的独特亚群，并开发了一个与APOE+巨噬细胞相关的风险模型（ARM），该模型在预后预测中表现出最高准确度	NA	阐明APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的作用及其对预后的影响	肺腺癌肿瘤微环境中的APOE+巨噬细胞	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组分析，CellChat分析，多重免疫荧光分析	RSF和Ridge结合的机器学习模型	转录组数据，突变数据，免疫荧光数据	七个公共队列和三个前瞻性免疫治疗队列
505	2025-08-03	Lymph-node-derived stem-like but not tumor-tissue-resident CD8+ T cells fuel anticancer immunity 2025-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02219-2 PMID:40730900	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和遗传小鼠模型，系统分析了肿瘤和肿瘤引流淋巴结中细胞毒性T细胞的异质性和功能	发现淋巴结来源的干细胞样CD8+ T细胞而非肿瘤组织驻留的CD8+ T细胞在抗肿瘤免疫中起关键作用，并揭示了TGFβ在这一过程中的核心调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类癌症中的发现需要进一步验证	阐明不同类型CD8+ T细胞在肿瘤控制和免疫检查点阻断治疗中的相对贡献	肿瘤和肿瘤引流淋巴结中的CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	遗传小鼠模型	基因表达数据	NA
506	2025-08-03	Use of integrated spatial transcriptomics and histopathological analysis in adamantinomatous craniopharyngiomas to identify stromal cells as a new cellular source of leukemia inhibitory factor 2025-Aug-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2025.4.JNS243146 PMID:40749237	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和组织病理学分析，鉴定出基质细胞作为白血病抑制因子（LIF）的新细胞来源，并探讨了其在颅咽管瘤（ACP）中的作用	首次证实了ACP中的LIF主要来源于肿瘤微环境基质细胞，并揭示了LIF/LIFR通过PI3K-AKT信号通路在肿瘤干细胞自我更新中的作用	样本量相对较小（39例ACP），且未进行功能验证实验	探索LIF在ACP中的空间分布、细胞来源及潜在生物学功能，为开发新的ACP治疗方法提供依据	39例颅咽管瘤（ACP）患者样本	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞测序、空间转录组分析、免疫组织化学、免疫荧光分析	NA	转录组数据、影像数据、组织病理学数据	39例ACP肿瘤样本
507	2025-08-03	Dysregulation of Rho-Associated Coiled-Coil Protein Kinase1 Depletes Neural Stem Cell Pool and Impairs Hippocampal Neurogenesis After Traumatic Brain Injury 2025-Aug-01, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70093 PMID:40749978	研究论文	研究创伤性脑损伤（TBI）后海马神经发生障碍的分子机制，特别是ROCK1在神经干细胞（NSCs）池耗竭和认知功能障碍中的作用	首次揭示了ROCK1在TBI后海马神经干细胞池过度激活和神经发生障碍中的关键作用，并提出了ROCK1-AKT信号轴的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TBI后海马神经发生障碍的分子机制及潜在治疗策略	创伤性脑损伤（TBI）小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）	Nestin-GFP报告小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型
508	2025-08-03	Exploring the Genetic Landscape of Psoriatic Arthritis: A Narrative Review of Recent Genomic Studies 2025-Aug-01, The Journal of rheumatology IF:3.6Q2 DOI:10.3899/jrheum.2025-0273 PMID:40750314	review	本文回顾了银屑病关节炎（PsA）基因组学的最新研究进展，重点关注可能具有临床意义的基因组变异	综述了PsA基因组学的最新进展，包括转录谱分析、单细胞测序和空间组学等新兴技术的应用	目前尚无针对PsA管理的基因检测方法	探讨PsA的基因组基础及其在早期诊断和治疗导向中的潜力	银屑病关节炎（PsA）患者及其基因组数据	基因组学	银屑病关节炎	NGS, 单细胞测序, 空间组学	NA	基因组数据	大规模基因组数据集
509	2025-08-03	Epigenetic drift score captures directional methylation variability and links aging to transcriptional, metabolic, and genetic alterations 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280155.124 PMID:40750330	研究论文	本研究通过大规模中国人群队列和欧洲人群队列，首次全面研究了表观遗传漂变的规模及其与衰老的生物学意义	首次开发了表观遗传漂变评分（EDS）来量化个体漂变负担，并揭示了表观遗传漂变与转录变异性、代谢特征和遗传决定因素的关系	研究主要基于中国和欧洲人群，可能无法完全代表其他种族或人群的表观遗传漂变特征	探究表观遗传漂变的规模、生物学意义及其在人类衰老中的作用	中国和欧洲人群的DNA甲基化数据	表观遗传学	衰老相关疾病	850K EPIC阵列、单细胞RNA-seq、GWAS	White's test	DNA甲基化数据、转录组数据、脂质组数据	中国队列3,538人，验证队列中国1,467人，欧洲956人
510	2025-08-03	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the functions of TREM2high macrophages and infarct border dynamics post-myocardial infarction 2025-Aug-01, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05317-9 PMID:40750734	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序技术，探究了心肌梗死后的复杂细胞和分子动态变化	结合多种测序技术和计算工具，揭示了TREM2高表达巨噬细胞的功能及梗死边缘动态变化，强调了TREM2在心肌细胞存活中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析心肌梗死后免疫细胞时空动态变化及其调控网络	小鼠心肌梗死模型和体外培养的心肌细胞与巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, 免疫组化, 免疫荧光	Monocle2, CellPhoneDB, NicheNet, SCENIC	RNA测序数据, 图像数据	小鼠心肌梗死模型和体外细胞培养实验
511	2025-08-03	Single-Cell RNA-Seq Revealed the Immune Microenvironment Reprogramming by Dexmedetomidine Treatment in Ischemic Stroke 2025-Aug-01, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05237-1 PMID:40751033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了右美托咪定在缺血性卒中中通过免疫微环境重编程发挥神经保护作用的机制	首次结合多组学方法（RNA-seq、代谢组学和单细胞RNA-seq）阐明右美托咪定通过HK2介导的小胶质细胞代谢重编程维持免疫微环境稳态的神经保护机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探究右美托咪定在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	大脑中动脉闭塞（MCAO）小鼠模型	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA-seq、RNA-seq、代谢组学	小鼠MCAO模型	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确说明实验动物数量
512	2025-08-03	Dual-expression (primitive enterocyte phenotype and neuroendocrine differentiation) gastric adenocarcinoma: the unique high-aggressive subtype 2025-Aug-01, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04191-6 PMID:40751090	research paper	该研究探讨了具有原始肠上皮细胞表型和神经内分泌分化双重表达的胃腺癌（DEGA）的临床病理特征及其预后	首次明确了DEGA作为一种独特的、高侵袭性的胃腺癌亚型，具有独特的分子特征和临床行为	样本量相对较小（186例），且为单中心研究	揭示DEGA亚型的临床病理特征、分子机制及其对预后的影响	胃腺癌患者（186例GAPEP患者）	肿瘤学	胃癌	免疫组化、单细胞RNA测序、体外实验	NA	临床数据、mRNA表达数据、蛋白质表达数据	186例胃腺癌患者（77例DEGA，109例nDEGA）
513	2025-08-03	Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines 2025-Jul-31, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00803-1 PMID:40738893	研究论文	通过单细胞转录组学揭示乳腺癌细胞系中与CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性	首次在单细胞水平上展示了CDK4/6抑制剂耐药性的生物标志物和通路的显著异质性，并提出了一个潜在的耐药性特征	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限	探究乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性的生物标志物异质性	七种未接触过palbociclib的luminal乳腺癌细胞系及其耐药衍生细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生细胞
514	2025-08-03	Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells 2025-Jul-31, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000 PMID:40748762	研究论文	本文介绍了一种从小鼠肠道中分离高度纯化的隐窝上皮细胞进行单细胞RNA测序的协议，并展示了其在肠道干细胞数据集中的应用	提出了一个优化的单细胞RNA测序协议，并引入了ACDC这一高效的Python包，用于自动化基于图的细胞群体聚类	协议主要针对小鼠空肠优化，虽然可以适应其他肠道区域，但可能需要额外调整	开发并验证一个高效的单细胞RNA测序数据分析流程，用于识别细胞群体	小鼠肠道隐窝上皮细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于图的聚类	基因表达数据	NA
515	2025-08-03	Semaglutide ameliorates retinal vascular permeability destruction in diabetic retinopathy by AnxA2-mediated MMP-9 activation and basement membrane remodeling 2025-Jul-31, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118409 PMID:40749340	research paper	本研究探讨了semaglutide通过AnxA2介导的MMP-9激活和基底膜重塑改善糖尿病视网膜病变中视网膜血管通透性破坏的机制	揭示了semaglutide通过上调内皮AnxA2激活MMP-9降解病理增厚的基底膜并改善视网膜血管通透性破坏的葡萄糖非依赖性血管保护作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究semaglutide在糖尿病视网膜病变中的保护机制	高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型	糖尿病视网膜病变研究	糖尿病视网膜病变	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光和免疫组化	小鼠糖尿病模型	组织病理学、血管通透性、超微结构数据	糖尿病小鼠模型
516	2025-08-03	Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells 2025-Jul-31, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287 PMID:40749611	研究论文	本文研究了异鼠李素通过抑制氧化应激诱导的衰老来缓解肺纤维化的作用机制	发现异鼠李素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老，为肺纤维化治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和BEAS-2B细胞，尚未进行临床试验	探索异鼠李素在肺纤维化治疗中的作用机制	肺泡上皮细胞和肺纤维化组织	生物医学	肺纤维化	网络药理学、蛋白质组学、分子对接、DARTS分析、LC-MS/MS、单细胞测序	小鼠模型和BEAS-2B细胞模型	蛋白质组学数据和单细胞测序数据	未明确提及样本数量，但使用了小鼠模型和BEAS-2B细胞
517	2025-08-03	Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Jul-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03294-5 PMID:40736630	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与胆固醇代谢基因相关的预后特征，用于预测前列腺癌患者的预后	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，构建胆固醇代谢基因相关的预后特征，并探索其生物学、临床和治疗意义	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	构建和验证一个胆固醇代谢基因相关的预后特征，以预测前列腺癌患者的预后	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	RNA测序, 单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	TCGA PRAD数据集及三个外部队列
518	2025-08-03	Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma 2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03518-z PMID:40739271	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了脑出血患者血肿和血液样本中免疫细胞的转录组特征	首次从血肿样本中研究脑出血患者的免疫细胞转录组特征，并揭示了Toll样受体4在脑出血中的作用	样本量较小（4名脑出血患者和3名健康志愿者）	探究脑出血患者血肿和血液中免疫细胞的转录组特征及其在疾病中的作用	脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本	单细胞转录组学	脑出血	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	4名脑出血患者和3名健康志愿者
519	2025-08-03	CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning 2025-Jul-30, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02337-1 PMID:40739511	研究论文	提出了一种名为CanCellCap的多领域学习框架，用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞	结合领域对抗学习和专家混合模型，同时提取不同组织中基因表达谱的共同和特定模式，并通过掩蔽-重建策略适应不同测序平台的数据	未明确提及具体局限性	开发一个鲁棒且准确的框架，用于跨平台、组织类型和癌症类型识别癌细胞	单细胞RNA测序数据中的癌细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多领域学习框架(结合领域对抗学习和Mixture of Experts)	单细胞RNA测序数据	在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的33个基准数据集上进行测试
520	2025-08-03	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Jul-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本文探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病（AD）中对斑块积累的保护作用及其对微胶质细胞反应的影响	研究发现ACAN的缺失会导致斑块沉积增加、斑块球形度降低以及微胶质细胞与斑块关联受损，并通过单细胞空间转录组学鉴定了5xFAD ACAN cKO小鼠中增强的疾病相关微胶质细胞（DAM）表型	研究仅使用了5xFAD小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探索神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病中的作用及其对微胶质细胞反应的影响	5xFAD小鼠模型及其中ACAN基因的条件性敲除（cKO）	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞空间转录组学	5xFAD小鼠模型	基因表达数据	5xFAD ACAN cKO小鼠