单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-05-18	Development and validation of tryptophan metabolism-related risk model and molecular subtypes for predicting postoperative biochemical recurrence in prostate cancer 2025-Apr-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-39 PMID:40376539	研究论文	本研究开发并验证了基于色氨酸代谢的风险模型和分子亚型，用于预测前列腺癌患者术后生化复发	首次将色氨酸代谢相关基因与前列腺癌术后生化复发风险预测相结合，并构建了分子亚型分类	研究主要基于TCGA数据库，需要更多外部数据验证模型的普适性	开发前列腺癌术后生化复发的预测工具	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	差异表达分析、单变量Cox分析、LASSO回归、免疫组化、单细胞测序	多变量Cox回归模型、共识聚类	基因表达数据	TCGA-PRAD数据集中的421例前列腺癌患者
482	2025-05-18	Cold-Induced DHRS4 Promotes Thermogenesis via Enhanced Fatty Acid β-Oxidation in Porcine Subcutaneous Adipocytes 2025-Apr-22, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15091190 PMID:40362005	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了猪皮下脂肪组织在冷暴露下通过上调DHRS4表达促进脂肪酸β氧化和产热能力的机制	首次在缺乏经典棕色脂肪组织的大型哺乳动物（猪）中，发现冷诱导的DHRS4通过表观遗传调控促进脂肪酸β氧化和产热能力的新机制	研究仅关注了皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪库或组织的适应性反应	探究大型哺乳动物（特别是猪）在冷暴露下脂肪组织适应性代谢重编程的表观遗传机制	猪皮下脂肪组织（subWAT）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，批量转录组分析	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用猪冷暴露模型
483	2025-05-18	Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip 2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788 PMID:40154730	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序的整合分析，揭示了人类发育性髋关节发育不良（DDH）的转录和表观遗传调控特征	发现了DDH软骨中七种分子上不同的软骨细胞群体，包括一种具有独特分子特征的新型炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹	NA	了解DDH发展过程中涉及的特定软骨细胞组成，识别DDH预测的有效生物标志物，并阐明驱动DDH进展的基因调控元件	人类发育性髋关节发育不良（DDH）	表观遗传学	髋关节发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），免疫组织化学检测	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA
484	2025-05-18	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了接受化疗和免疫检查点阻断治疗的转移性三阴性乳腺癌患者的免疫特征	研究发现晚期功能障碍的CD8 T细胞克隆扩增与治疗反应相关，并提出了基线克隆扩增作为潜在反应预测因子	样本量较小(27例患者)，且仅针对三阴性乳腺癌	探索肿瘤免疫特征如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27例患者的40份活检样本
485	2025-05-18	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	引入了改进的计算框架Mixscale以解决扰动效率中的细胞变异问题，并优化了统计方法来学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	预测因果调控关系并增强对信号调节因子及其靶标的理解	信号调节因子及其靶标	功能基因组学	NA	Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序	Mixscale	单细胞测序数据	超过1,500个扰动，分布在六种细胞系和五种生物信号环境中
486	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了瘦素缺陷大鼠在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）过程中巨噬细胞的动态变化	首次在大鼠模型中详细描述了MASH期间肝巨噬细胞的动态变化，包括M1到M2的独特转变及Cd163的表达特征	研究仅基于瘦素缺陷大鼠模型，结果可能不适用于其他MASH模型或人类疾病	探究大鼠MASH模型中肝巨噬细胞的动态变化及其在疾病发展中的作用	瘦素缺陷大鼠的肝组织	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	16周龄瘦素缺陷大鼠的肝组织
487	2025-05-18	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者的免疫基因表达差异，并鉴定出43个差异表达基因	样本量较小，仅包括一名特纳综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者之间免疫基因表达的差异	特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	特纳综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名特纳综合征患者、1名健康女性、1名Graves病患者）
488	2025-05-18	Temporal evolution of fibroblast responses following salivary gland ductal ligation injury 2025, Frontiers in dental medicine IF:1.5Q3 DOI:10.3389/fdmed.2025.1581376 PMID:40375832	research paper	研究唾液腺导管结扎损伤后成纤维细胞反应的时序演变	通过单细胞RNA测序和通路分析，识别了三种独特的成纤维细胞群，并确定了主要的损伤响应纤维化细胞类型	研究仅关注了7天内的反应，未涉及长期纤维化机制	理解成纤维细胞在损伤早期和后期的反应，以促进开发减少纤维化和促进腺体再生的治疗方法	唾液腺中的成纤维细胞	生物医学研究	Sjögren's Disease	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
489	2025-05-18	Integrative single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing reveals the characteristics of glutathione metabolism and protective role of GSTA4 gene in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571431 PMID:40375987	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了胰腺癌中谷胱甘肽代谢的特征以及GSTA4基因的保护作用	首次在胰腺癌中系统分析了谷胱甘肽代谢相关基因的预后意义，并实验验证了GSTA4基因的肿瘤抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验	探究谷胱甘肽代谢相关基因在胰腺癌中的预后意义并识别关键分子靶点	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq data	930例胰腺癌患者样本
490	2025-05-18	Integrating single-cell sequencing and transcriptome analysis to unravel the mechanistic role of sialylation-related genes in sepsis-induced acute respiratory distress syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528769 PMID:40375981	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的机制作用	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据与转录组分析相结合，揭示了CD19和GPR65作为关键基因在脓毒症诱导的ARDS中的作用，并确定了CD14单核细胞（CD14Mono）为关键细胞类型	研究依赖于公开数据集和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	探讨唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的ARDS中的分子机制	脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习	列线图模型（nomogram model）	基因表达数据	三个公开数据集（GSE32707、GSE66890、GSE151263）及临床样本
491	2025-05-18	Integrative multi-omics and Mendelian randomization analysis reveal SPP1+ tumor-associated macrophage-driven prognostic signature for hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1594610 PMID:40376263	研究论文	本研究通过整合多组学和孟德尔随机化分析，揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞驱动的肝细胞癌预后特征	首次构建了基于SPP1+ TAMs相关基因的风险评分模型(STRS)，用于预测肝细胞癌患者的总体生存率	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的预后意义并构建预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、LASSO回归	STRS风险评分模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌患者队列
492	2025-05-18	Tumor-microenvironment and molecular biology of classic Hodgkin lymphoma in children, adolescents, and young adults 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1515250 PMID:40376590	综述	本文综述了儿童、青少年和年轻成人经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的肿瘤微环境（TME）和分子生物学特性，强调了近期在cHL生物学理解、年龄差异和生物标志物开发方面的突破	利用单细胞测序和多路空间成像技术揭示了TME组成和功能的年龄相关差异，并开发了年龄特异性预后指标	NA	解析cHL的肿瘤微环境及其年龄相关差异，以促进生物标志物驱动的靶向治疗开发	儿童、青少年和年轻成人（AYAs）的经典霍奇金淋巴瘤（cHL）	肿瘤生物学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞测序、多路空间成像	NA	分子生物学数据、成像数据	NA
493	2025-05-18	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	使用BARseq高通量原位测序技术研究小鼠大脑皮层神经元转录组特征及其发育依赖关系	首次利用BARseq技术在单细胞分辨率下揭示大脑皮层区域的转录组特征及其与连接性的模块化组织关系，并探索外周输入对皮层区域转录组特征的影响	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚不明确	探究大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑半球中的4,194,658个皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	9个小鼠前脑半球中的10.3百万个细胞（含4,194,658个皮层神经元）
494	2025-05-18	Identifying Fibrogenic Cells Following Salivary Gland Obstructive Injury 2023-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.09.531751 PMID:36945483	research paper	研究通过实验诱导小鼠颌下唾液腺纤维化反应，探讨了Gli1信号在纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维化相关的基质细胞亚群，并揭示了Gli1信号在唾液腺纤维化中的有限作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号的作用较小，可能忽略了其他重要信号通路	探讨唾液腺梗阻性损伤后纤维化反应的细胞和信号机制	雌性小鼠的颌下唾液腺	分子生物学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
495	2025-05-18	Identifying fibrogenic cells following salivary gland obstructive injury 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1190386 PMID:37287453	研究论文	本研究探讨了唾液腺梗阻性损伤后纤维化细胞的识别及其在纤维化过程中的作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了Gli1和PDGFRα基质细胞在唾液腺纤维化中的作用，并发现这些细胞对机械损伤诱导的纤维化变化贡献较小	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号和Gli1细胞对纤维化的贡献较小，可能需要探索其他信号通路	识别唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化的基质细胞和信号通路	雌性小鼠颌下唾液腺	细胞生物学	唾液腺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 导管结扎手术	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
496	2025-05-17	Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2477287 PMID:40179028	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了喉癌中T细胞的分子特征	首次在单细胞分辨率下阐明了喉癌中T细胞相关分子的临床相关性，并开发了TCRG分类器用于预后预测和免疫治疗反应评估	样本量较小（仅3例喉癌组织），需要更大规模的研究验证	探究喉癌中T细胞相关分子的临床意义及其在肿瘤微环境中的作用	喉癌组织及匹配的邻近正常组织中的T细胞	digital pathology	laryngeal cancer	10X single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	multiple machine learning approaches	RNA-seq data	3例喉癌组织及匹配的邻近正常组织
497	2025-05-17	CD8+ T cells in breast cancer tumors and draining lymph nodes: PD-1 levels, effector functions and prognostic relevance 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502354 PMID:40351118	研究论文	研究评估了乳腺癌患者中表达不同PD-1水平的CD8 T细胞的功能状态及其在不同组织中的分布	首次在乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结中详细描述了CD8 T细胞的耗竭阶段和功能状态	研究主要针对luminal型乳腺癌患者，结果可能不适用于其他亚型	评估CD8 T细胞在乳腺癌免疫反应中的作用及其预后相关性	乳腺癌患者的CD8 T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	TCR-β测序、scRNA-seq	NA	基因表达数据、测序数据	乳腺癌患者的肿瘤、肿瘤旁组织和肿瘤引流淋巴结样本
498	2025-05-17	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Jul-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和单细胞转录组学探讨高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的机制	研究主要基于遗传关联分析和动物模型，需要进一步临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因集富集分析(GSEA)	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
499	2025-05-17	Ferroptosis and low-grade Glioma: The breakthrough potential of NUAK2 2025-Jul, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究通过整合多组学数据，探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的关键作用	首次全面分析了FRGs在LGG中的预后价值，并确定了NUAK2基因作为肿瘤进展和免疫逃逸的关键驱动因子	需要在更大的队列中验证NUAK2的作用，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的临床应用	探讨铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和肿瘤微环境调控中的作用	低级别胶质瘤（LGG）患者	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据
500	2025-05-17	E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662 PMID:40300357	研究论文	本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减少肝脏炎症的机制	揭示了TRIM38通过与HSPA5相互作用并促进其K63依赖性泛素化稳定，从而调控巨噬细胞极化并减轻肝脏脂肪变性的新机制	TRIM38在肝脏发病机制中的具体作用仍不完全清楚	探究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用，寻找控制炎症的关键靶点	巨噬细胞极化、肝脏炎症	分子生物学	代谢功能障碍相关性脂肪性肝病(MASLD)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASLD患者的肝脏巨噬细胞