单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5001	2025-01-01	Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628399 PMID:39713285	研究论文	本文揭示了Sp140L作为一种新型的疱疹病毒限制因子，其在病毒DNA感知和转录抑制中的作用	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在病毒DNA感知和转录抑制中的作用	研究主要聚焦于EBV病毒，对其他DNA病毒的适用性尚需进一步验证	研究疱疹病毒如何绕过宿主DNA感知机制以建立感染	EBV病毒感染的B细胞	分子生物学	疱疹病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EBNA-LP敲除的B细胞
5002	2025-01-01	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02019-8 PMID:39627432	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了外周血中细胞类型特异性剪接调控与自身免疫和炎症疾病的关系	首次在亚洲免疫多样性图谱中，揭示了细胞类型特异性、性别偏向性和祖先偏向性的剪接差异，并发现了与自身免疫和炎症疾病遗传性相关的cis-sQTL效应	研究样本主要来自健康捐赠者，未涉及疾病患者，可能限制了结果的广泛适用性	探讨剪接调控在复杂疾病中的作用，特别是在不同遗传背景下的细胞类型特异性差异	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞	生物信息学	自身免疫和炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞
5003	2025-01-01	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-Sep-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探讨了二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的作用及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡相关基因与缺血性卒中的免疫病理特征联系起来，并开发了预测缺血性卒中风险的可靠模型	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的机制作用及其与免疫病理特征的相关性	缺血性卒中患者的外周血样本	机器学习	缺血性卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）	预测模型（nomogram模型）	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
5004	2025-01-01	Functional cure and long-term survival in multiple myeloma: how to challenge the previously impossible 2024-08-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283058 PMID:38356448	综述	本文探讨了多发性骨髓瘤（MM）的功能性治愈和长期生存的可能性	提出了功能性治愈的概念，并讨论了通过新型诊断和治疗手段实现长期疾病控制的可能性	尽管功能性治愈的概念提出，但实际治愈仍难以实现，且长期疗效仍需进一步验证	探讨多发性骨髓瘤的功能性治愈和长期生存策略	多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞测序	NA	NA	NA
5005	2025-01-01	The expression of immune related genes and potential regulatory mechanisms in schizophrenia 2024-05, Schizophrenia research IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.schres.2023.11.007 PMID:37993327	研究论文	本研究通过单细胞转录组和批量RNA数据分析，探讨了免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了精神分裂症组织中细胞组成的显著差异及免疫相关基因的异常表达	未涉及实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探讨免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	精神分裂症患者的脑组织	生物信息学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5006	2025-01-01	Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03428-0 PMID:37010552	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并构建了一个基于CAF的风险模型，用于预测NSCLC患者的预后和免疫治疗反应	首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于CAF的风险模型，并验证了其在NSCLC患者预后和免疫治疗反应中的预测价值	研究结果主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究来验证其临床应用的可靠性	探索CAF在NSCLC中的临床意义和生物学功能，并构建一个基于CAF的风险模型用于预测患者的预后和免疫治疗反应	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	RNA测序，单细胞RNA测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据	四个独立的NSCLC队列
5007	2025-01-01	CiTSA: a comprehensive platform provides experimentally supported signatures of cancer immunotherapy and analysis tools based on bulk and scRNA-seq data 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03414-6 PMID:36912931	研究论文	本文介绍了一个名为CiTSA的综合平台，该平台提供了基于实验支持的癌症免疫治疗签名和分析工具，支持批量RNA测序和单细胞RNA测序数据	首次提供了一个实验支持的癌症免疫治疗签名基准数据集，并开发了CiTSA平台，集成了878个条目，涵盖412个签名和30种癌症类型	未提及具体的研究局限性	为研究人员提供一个全面的资源，以发现和分析癌症免疫治疗的签名，并进一步探索其机制	癌症免疫治疗的签名，包括基因、细胞和免疫治疗之间的关联	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	878个条目，涵盖30种癌症类型
5008	2024-12-31	Selenium promotes neural development through the regulation of GPX4 and SEPP1 in an iPSC-derived neuronal model 2025-May, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.123011 PMID:39708777	研究论文	本研究探讨了硒通过调控GPX4和SEPP1在iPSC衍生的神经元模型中对神经发育的促进作用	首次使用高生物利用度的硒纳米颗粒（SeNPs@LNT）在iPSC衍生的神经元模型中干预不同阶段的神经发育，并揭示了其通过激活PI3K/Akt/Nrf2信号通路调控硒蛋白的机制	研究主要基于体外模型，未在体内验证硒纳米颗粒的作用	探讨硒蛋白在不同神经元发育阶段的具体作用和机制	iPSC衍生的神经元模型	神经科学	自闭症谱系障碍（ASD）	单细胞RNA测序	iPSC-iNeuron模型	基因表达数据	NA
5009	2024-12-31	Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012 PMID:39097166	综述	本文综述了当前可用的空间转录组学（ST）技术及其在肾脏疾病中的应用	通过整合形态学和分子生物学，ST技术提供了理解组织生物学和疾病的潜力，并可能提供有意义的临床见解	讨论了这些新兴技术的挑战和前景，但未具体说明其局限性	提高对组织生物学和疾病的理解，并探索其在肾脏疾病中的潜在医学应用	肾脏疾病	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（ST）	NA	分子和形态学数据	NA
5010	2024-12-31	Tumor-derived CCL15 regulates RNA m6A methylation in cancer-associated fibroblasts to promote hepatocellular carcinoma growth 2024-Dec-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217420 PMID:39734010	研究论文	本文揭示了CCL15在肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用，通过调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的RNA m6A甲基化促进HCC生长	首次发现CCL15通过STAT3通路诱导CAFs中FTO的表达，进而调控CEBPA mRNA的m6A甲基化，揭示了CCL15在HCC细胞与CAFs之间的新型调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨CCL15在HCC生长中的具体作用和机制	肝细胞癌（HCC）细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、共培养实验、类器官模型、异种移植模型、m6A测序、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	NA
5011	2024-12-31	Targeting UBE2T suppresses breast cancer stemness through CBX6-mediated transcriptional repression of SOX2 and NANOG 2024-Dec-21, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217409 PMID:39716485	研究论文	本文揭示了UBE2T通过CBX6介导的转录抑制调控乳腺癌干细胞（BCSC）干性的机制，并提出了潜在的治疗策略	首次发现UBE2T通过TRIM25介导的CBX6泛素化降解调控SOX2和NANOG的转录，从而影响BCSC干性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究UBE2T在乳腺癌干细胞干性调控中的作用及其潜在治疗策略	乳腺癌干细胞（BCSCs）	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），干性指数分析	NA	基因表达数据	NA
5012	2024-12-31	Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.31.606032 PMID:39372781	研究论文	本文利用成像空间转录组学技术，研究了转基因α-突触核蛋白病模型中分子模式对病理的脆弱性	首次结合成像空间转录组学和免疫荧光技术，在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型，并揭示了其转录基础	研究仅限于转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况	探讨帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理的分子机制	转基因人α-突触核蛋白过表达小鼠的皮质和海马神经元	数字病理学	帕金森病	成像空间转录组学（IST）、免疫荧光	转基因小鼠模型	图像、转录组数据	NA
5013	2024-12-31	Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627436 PMID:39713353	研究论文	本文提出了一种基于人类数据和真实世界证据的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	创新点在于结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，发现了针对神经元和胶质细胞的潜在联合疗法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的联合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
5014	2024-12-31	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	本文介绍了一种名为DBiTplus的多模态空间组学方法，结合了基于测序的空间转录组学和基于图像的空间蛋白质分析，以在同一组织切片上实现单细胞分辨率的细胞分型和基因组尺度的生物通路研究	DBiTplus方法首次在同一组织切片上整合了测序和成像技术，实现了单细胞分辨率的空间转录组和蛋白质组分析	在应用DBiTplus方法时，小鼠胚胎的蛋白质标记物有限，可能影响分析的全面性	研究目的是通过整合空间转录组学和蛋白质组学，深入理解异质性细胞过程并连接细胞类型与功能	研究对象包括小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织	数字病理学	淋巴瘤	DBiT-seq, CODEX	NA	图像, 测序数据	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织
5015	2024-12-31	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2024-Dec-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1 PMID:39711554	研究论文	本文研究了淋巴结中淋巴管内皮细胞（LEC）如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	通过单细胞测序和空间转录组学，确定了LEC亚群和树突状细胞在免疫后多个时间点的抗原水平，并发现了一种独特的转录程序，可以预测不同疾病状态和生物体中的抗原存档能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究LEC如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	淋巴结中的淋巴管内皮细胞（LEC）和树突状细胞	生物信息学	NA	单细胞测序，空间转录组学	机器学习	基因表达数据	小鼠和人类独立数据集
5016	2024-12-31	Single-cell RNA sequencing offers opportunities to explore the depth of physiology, adaptation, and biochemistry in non-model organisms exposed to pollution 2024-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics DOI:10.1016/j.cbd.2024.101339 PMID:39393164	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示非模式生物对环境污染反应的分子机制中的潜力	主要基于已发表文献的分析，缺乏新的实验数据	探讨单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	非模式生物	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	NA
5017	2024-12-31	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	研究论文	本文研究了COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损现象	发现了一种位于扩大的远端肺泡囊中的肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，称为asATII细胞	未提及具体的研究局限性	探讨COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损的潜在驱动因素	COPD患者和小鼠模型中的肺泡II型细胞和气道俱乐部细胞	NA	COPD	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
5018	2024-12-31	Differential Response to Cisplatin between Co-cultured Cells and Pure Cultured Cells Based on Single-cell RNA Sequencing of Three-dimensional-cultured Breast Cancer Cells 2024-Nov-29, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2912406 PMID:39735986	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了三维培养的乳腺癌细胞在共培养和纯培养条件下对顺铂的不同反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析三维共培养的乳腺癌细胞对顺铂的反应，揭示了共培养模型与纯培养模型在药物反应上的差异	研究仅针对MCF-7细胞，未涉及其他类型的乳腺癌细胞，且实验时间较短，可能无法完全反映长期药物反应	开发一种实验方法，用于直接共培养三维乳腺癌细胞，并研究其对顺铂的反应	MCF-7细胞、人乳腺成纤维细胞和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	三维细胞共培养模型	RNA测序数据	四组细胞培养：未处理的MCF-7细胞组、MCF-7细胞加顺铂组、未处理的共培养组、共培养加顺铂组
5019	2024-12-31	Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation 2024-Nov-01, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1227/neu.0000000000002986 PMID:38747605	研究论文	本研究探讨了使用腔内组织采样（ETS）对Galen静脉畸形（VOGM）进行原位分析的可行性，并可能推动对VOGM遗传学、发病机制和维持的理解	首次使用ETS技术对VOGM病变进行原位分析，并结合单细胞RNA测序技术，揭示了VOGM内皮细胞的转录结构	样本量较小，仅包含6名患者，且未明确ETS技术的长期安全性和有效性	开发VOGM的分子遗传学分类方案，并为个性化药物或基因治疗提供依据	Galen静脉畸形（VOGM）患者及其家族	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因数据	6名患者，进行了10次ETS操作
5020	2024-12-31	Osteostaticytes: A novel osteoclast subset couples bone resorption and bone formation 2024-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.06.010 PMID:39027343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨愈合过程中骨重塑的细胞和分子机制，并发现了一种新的破骨细胞亚群——骨稳态细胞（OSCs）	首次发现并命名了骨稳态细胞（OSCs），揭示了其在骨重塑中的关键作用，特别是在骨吸收和骨形成之间的逆转阶段	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证，且对OSCs的具体功能机制仍需进一步探索	阐明骨髓炎后骨愈合的细胞和分子机制，特别是骨重塑过程中的逆转阶段	人类皮质骨、小鼠胫骨骨折模型、骨髓炎相关胫骨骨折模型	数字病理	骨髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、实时PCR、免疫荧光染色、基因集富集分析（GSEA）、CellChat、transwell实验、共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	人类皮质骨样本、小鼠胫骨骨折模型