单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4981	2025-01-03	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪	结合了累积CRISPR-Cas9编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，实现了单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼大脑发育，未涉及其他生物或组织	开发一种可扩展的细胞谱系追踪方法，以研究细胞关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞测序	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	数千个斑马鱼大脑细胞
4982	2025-01-03	GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19 PMID:39745651	研究论文	本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系	GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系，无需依赖遗传标记或物理细胞分离，极大地简化并扩展了谱系注释	NA	开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达矩阵	NA
4983	2025-01-03	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的功能和机制	揭示了CCN2在平滑肌细胞转分化中的保护作用，并阐明了其通过调节内质网应激、内吞作用和脂质积累来影响动脉粥样硬化进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞可塑性的功能和机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化模型	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠平滑肌细胞CCN2敲除模型	基因表达数据	人类和小鼠的动脉粥样硬化样本
4984	2025-01-03	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	研究论文	本文探讨了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究总结了主要发现	结合最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术，提供了对阿尔茨海默病和额颞叶痴呆小鼠模型的新见解	没有模型是完美的，这些模型仍存在局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
4985	2025-01-03	Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction 2024-Dec, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07520-6 PMID:37991600	研究论文	本研究探讨了丹参酮IIA通过调节巨噬细胞的能量代谢和表型变化来改善心肌梗死的机制	首次提出丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调节巨噬细胞能量代谢和表型变化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨丹参酮IIA在心肌梗死治疗中的药理作用及其机制	心肌梗死模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	RT-PCR, ELISA, 免疫荧光, JC-1, 钙离子浓度检测, 活性氧检测, 线粒体电子显微镜分析, 单细胞转录组数据挖掘, 细胞转录组测序, 分子对接技术	心肌梗死模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞表型数据	心肌梗死模型中的巨噬细胞
4986	2025-01-03	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.25.586641 PMID:38585851	研究论文	本文探讨了Tcf21在Foxd1+基质祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞向JG细胞分化的关键作用，并通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析了Tcf21的表达动态	Tcf21在已确立的肾素表达细胞中的作用未被充分探讨	研究Tcf21在Foxd1+祖细胞向JG细胞分化中的作用	Foxd1+基质祖细胞和肾小球旁细胞（JG细胞）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因表达数据，染色质可及性数据	2,054个GFP+细胞（基质谱系）
4987	2025-01-03	A cost-effective protocol for single-cell RNA sequencing of human skin 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1393017 PMID:39539550	研究论文	本文介绍了一种成本效益高的人类皮肤单细胞RNA测序（scRNAseq）和流式细胞术分析的新协议	提出了一种无标签样本多重化策略，结合souporcell算法，实现了配对血液和皮肤样本的scRNAseq分析，并提供了同时进行流式细胞术分析的详细步骤	未明确提及具体局限性	开发一种成本效益高的方法，使更多研究者能够进行皮肤样本的scRNAseq和流式细胞术分析	人类皮肤样本	单细胞RNA测序	NA	scRNAseq, 流式细胞术	souporcell算法	RNA序列数据, 流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量
4988	2025-01-03	Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders 2023-09, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-023-00668-9 PMID:37552451	综述	本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展	利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性，为诊断和治疗提供新视角	目前主要关注转录组变化，未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路	探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力	帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
4989	2025-01-02	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	本文探讨了YTHDF1依赖的PIEZO2 mRNA m6A修饰在心脏纤维化中的表观转录调控机制	揭示了YTHDF1通过m6A依赖的调控机制识别PIEZO2并控制心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究心脏纤维化的分子机制，特别是Piezo家族机械敏感离子通道的作用	小鼠心脏成纤维细胞和心脏组织	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, 组织学和生化分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据	小鼠模型
4990	2025-01-02	CHST4 associates with high-abundance immune infiltration in hormone receptor-positive breast cancer 2024-Dec-31, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae190 PMID:39213175	研究论文	本文研究了CHST4在激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）中与高丰度免疫浸润的关联	首次发现CHST4在HR+ BRCA中异常下调，并与淋巴结转移相关，揭示了CHST4在增强免疫细胞浸润中的潜在作用	研究主要基于预测和实验验证，尚未进行大规模的临床验证	探讨CHST4在HR+ BRCA中调控免疫浸润的机制	激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学染色、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、免疫组织化学数据	NA
4991	2025-01-02	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文详细探讨了炎症和机械力诱导的骨重塑过程，特别是牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑机制	通过单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型在炎症和机械力诱导的骨重塑中的角色和相互作用	未明确提及具体的研究限制	研究炎症和机械力如何影响骨重塑，特别是在牙周炎和正畸牙齿移动中的机制	牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑过程	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
4992	2025-01-02	Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights 2024-Dec-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042 PMID:39732334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了克罗恩病中结肠和回肠的异质性，并发现了一种新的上皮细胞亚群DUOX2-epi	发现了表达高水平DUOX2和DUOXA2的上皮细胞亚群DUOX2-epi，并揭示了其在结肠和回肠中通过不同机制触发炎症反应	研究仅限于未接受过治疗的克罗恩病患者，未涵盖其他治疗阶段的患者	理解克罗恩病中不同肠段的发病机制和治疗反应的多样性	克罗恩病患者的结肠和回肠	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但研究对象为未接受过治疗的克罗恩病患者
4993	2025-01-02	Score matching for differential abundance testing of compositional high-throughput sequencing data 2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627006 PMID:39713439	研究论文	本文提出了一种扩展的a-b幂交互模型，用于处理包含协变量信息的稀疏组合计数数据，并结合差异丰度测试方法cosmoDA，以减少相关特征导致的假阳性检测	扩展了a-b幂交互模型以包含协变量信息，并提出了新的差异丰度测试方法cosmoDA，显著降低了相关特征的假发现率	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确表征异质群体中协变量依赖关系的模型，并减少差异丰度测试中的假阳性检测	稀疏组合计数数据，特别是单细胞RNA测序和扩增子测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，扩增子测序	a-b幂交互模型	计数数据	模拟数据和真实数据
4994	2025-01-02	Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625678 PMID:39677749	研究论文	本研究旨在通过阐明性别特异性的牙周病进展机制，改善牙周病的治疗	揭示了中性粒细胞在牙周病性别二态性中的机制作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	改善牙周病的治疗	C57BL/6j小鼠和人类牙周病患者	NA	牙周病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据、临床数据	≥5只小鼠
4995	2025-01-02	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	研究论文	本文提出了一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架——多样本非负空间因子分解（mNSF）	mNSF扩展了单样本空间因子分解（NSF），能够处理多样本数据集，并引入了样本特定的空间相关性建模	在空间对齐可行的情况下，mNSF的性能与基于对齐的方法相当，但在无法对齐的场景中表现更优	开发一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架	多样本空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	多样本
4996	2025-01-02	Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma 2024-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73274-2 PMID:39333272	研究论文	本文通过泛癌分析探讨了ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的角色，并在甲状腺乳头状癌中进行了验证	首次在泛癌范围内系统分析了ATAD2的表达、突变及其与免疫浸润的关系，并在甲状腺乳头状癌中验证了其致癌功能	研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的共同角色，并验证其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能	ATAD2基因及其在多种肿瘤中的表达和突变情况	肿瘤学	甲状腺乳头状癌	单细胞测序、MTT、伤口愈合、transwell、流式细胞术	NA	基因表达数据、突变数据、单细胞测序数据	利用TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的泛癌数据
4997	2025-01-01	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2024-Dec-31, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞分辨率下揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了氧化磷酸化和糖酵解在代谢中的关键作用	样本量较小，仅来自三名捐赠者	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	17,284个细胞，来自三名成釉细胞瘤捐赠者
4998	2025-01-01	Interpretable machine learning-driven biomarker identification and validation for Alzheimer's disease 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80401-6 PMID:39730451	研究论文	本研究结合生物信息学方法和可解释的机器学习，识别并验证了阿尔茨海默病的可靠生物标志物	引入了交互式SHAP面板用于精确决策，并通过可解释的机器学习诊断模型提供了新的生物标志物识别见解，特别是MYH9作为潜在的新生物标志物	RHOQ在AD细胞模型和人脑组织样本中的mRNA表达模式相反，其作用仍需进一步探索	提高阿尔茨海默病的早期检测和诊断准确性，改善干预效果	阿尔茨海默病	机器学习	阿尔茨海默病	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞转录组分析	机器学习算法、SHAP	基因表达数据	GEO数据库中的AD数据集
4999	2025-01-01	Prognostic model based on tumor stemness genes for triple-negative breast cancer 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81503-x PMID:39730613	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，从肿瘤干细胞性的角度分析三阴性乳腺癌，并开发了一个基于7个肿瘤干细胞相关基因的预后模型	首次从肿瘤干细胞性的角度对三阴性乳腺癌进行分析，并开发了一个基于特定亚型标记基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	开发一个基于肿瘤干细胞相关基因的三阴性乳腺癌预后模型	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	NA
5000	2025-01-01	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文提出了一种估计和纠正单细胞RNA测序数据中索引跳跃误分配的方法	开发了一种简单的校正方法，通过量化不同细胞类型中的误分配基因来估计和纠正索引跳跃率	该方法依赖于细胞具有不同的表达谱，可能不适用于所有类型的单细胞RNA测序数据	估计和纠正单细胞RNA测序数据中的索引跳跃误分配	小鼠皮肤细胞的混合群体	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1152个细胞