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当前共找到 38047 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-03-30 |
Isolation of Pericytes from Mouse Cortical Tissue Using FACS for Single-cell Sequencing
2026-01-30, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69749
PMID:41697880
|
研究论文 | 本文建立了一种优化的FACS方法，用于从小鼠皮层组织中分离周细胞，适用于单细胞RNA测序 | 在已建立的CD13/CD31分选策略基础上，引入了20% BSA溶液重悬细胞的关键步骤，以最小化应激和聚集，从而最大化测序所需的细胞活力和RNA质量 | NA | 研究周细胞的异质性，并阐明其在神经血管疾病中的机制 | 小鼠大脑周细胞 | 单细胞测序 | 神经血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 3只成年C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 462 | 2026-03-30 |
Molecular and Chromatin Accessibility Programs Underlying Epithelial Injury and Impaired Regeneration in Neonatal Necrotizing Enterocolitis
2026-Jan-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101730
PMID:41571092
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研究论文 | 本研究通过整合多组学方法，揭示了新生儿坏死性小肠结肠炎中上皮损伤和再生障碍的分子与染色质可及性机制 | 首次在实验性NEC中构建了全面的多组学图谱，并识别出Ezh2作为LGR5+肠道干细胞身份和再生的关键调控因子 | 研究基于小鼠模型，结果在人类NEC中的直接适用性尚需进一步验证 | 阐明NEC中上皮再生缺陷的机制，以识别治疗靶点恢复上皮再生 | 新生小鼠的小肠组织，特别是上皮细胞 | 数字病理学 | 新生儿坏死性小肠结肠炎 | bulk RNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, MERFISH | NA | 转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 463 | 2026-03-30 |
AUTOENCODIX: a generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond
2026-01, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00916-4
PMID:41366150
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研究论文 | 本文介绍了AUTOENCODIX，一个用于训练和评估自编码器的开源框架，旨在标准化和灵活处理生物表示学习任务 | 提出一个标准化、灵活且可比较的自编码器框架，支持基于本体和跨模态的自编码器，增强了表示学习的可解释性和数据模态转换能力 | 未明确说明框架在特定数据集或应用场景中的性能限制或潜在偏差 | 开发一个通用框架以标准化自编码器的训练和评估，促进生物表示学习的研究 | 自编码器架构及其在生物数据表示学习中的应用 | 机器学习 | NA | 自编码器深度学习 | 自编码器（包括基于本体和跨模态的自编码器） | 多模态数据（包括基因组、单细胞测序和成像数据） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 464 | 2026-03-30 |
Microbiota shape the colon epithelium controlling inter-crypt absorptive goblet cells via butyrate-GP R109A signalling
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2573045
PMID:41208257
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等方法，揭示了肠道微生物通过丁酸-GPR109A信号通路调控结肠上皮中具有吸收和分泌特征的非常规杯状细胞，从而影响结肠上皮细胞组成和功能 | 首次发现微生物通过丁酸及其受体GPR109A调控结肠隐窝间吸收性杯状细胞，揭示了微生物驱动上皮可塑性的新机制 | NA | 探究微生物来源信号如何影响结肠上皮细胞身份和功能 | 结肠上皮细胞，特别是非常规隐窝间杯状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学，抗生素介导的微生物耗竭，无菌小鼠，小鼠定植实验 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 465 | 2026-03-30 |
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08316-2
PMID:41365858
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研究论文 | 本文探讨了RAB25通过协调胃上皮细胞分泌转化生长因子-α来调控胃小凹细胞命运决定的作用 | 首次揭示RAB25在胃环境中通过调节TGFA分泌来维持正常谱系决定的生理功能，并关联到人类Ménétrier's疾病 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类疾病关联性证据尚有限 | 探究胃中EGFR配体来源及其调控机制，以理解谱系决定的分子基础 | 胃上皮细胞、小鼠模型、人类Ménétrier's疾病样本 | 单细胞生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序、小鼠原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织样本 | 未明确指定样本数量，涉及小鼠模型和人类疾病样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 466 | 2026-03-30 |
Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach
2025-Dec-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793
PMID:40691053
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学、DNA甲基化分析和单细胞RNA测序，揭示了胃不完全性肠化生的分子特征及其与胃癌的关联 | 首次利用空间转录组学结合定制谱系富集面板，揭示了不完全性肠化生的混合谱系特征及其起源于深部胃窦腺细胞，并建立了亚型特异性类器官模型进行表观遗传分析 | 研究样本可能有限，且类器官模型可能无法完全模拟体内微环境，空间转录组学技术分辨率有待进一步提高 | 阐明不完全性肠化生的分子身份、分化潜能和致癌相关性，以确定其作为胃癌前病变的作用 | 胃肠化生组织、胃癌组织以及亚型特异性肠化生类器官模型 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学、DNA甲基化分析、染色质可及性分析、单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 转录组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量，但涉及胃肠化生和胃癌组织样本及类器官模型 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 使用定制谱系富集面板进行空间转录组学分析 |
| 467 | 2026-03-30 |
Integration of elemental imaging and spatial transcriptomic profiling for proof-of-concept metals-based pathway analysis of colon tumor microenvironment
2025-Oct-14, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034
PMID:41042257
|
研究论文 | 本研究通过整合元素成像和空间转录组学，对结直肠癌肿瘤微环境中的金属依赖性信号通路进行了概念验证分析 | 首次将元素成像与空间转录组学整合，实现了组织范围内金属-基因相互作用的全面探索，突破了传统孤立研究金属或基因的局限 | 本研究仅为单样本概念验证，样本量有限，未来需要扩大患者队列进行验证 | 探索肿瘤微环境中金属丰度、转运机制、细胞分布与肿瘤进展相关生物通路（如代谢、胶原重塑）之间的复杂相互作用 | 结直肠癌肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 元素成像、空间转录组学、基因表达相关性分析 | 空间多模态工作流程 | 图像、基因表达数据、细胞组成数据、组织病理学特征 | 单一样本（结直肠癌肿瘤） | NA | 空间转录组学、元素成像 | NA | NA |
| 468 | 2026-03-30 |
Conditional Ablation of PKCλ/ι in CD4+ T Cells Ameliorates Hepatic Fibrosis in Schistosoma japonicum-Infected Mice via T Follicular Helper (Tfh) Cell Suppression Coupled with Increased Follicular Regulatory T (Tfr) and Regulatory B (Breg) Cell Activities
2025-10-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15101430
PMID:41154658
|
研究论文 | 本研究通过构建CD4+ T细胞特异性PKCλ/ι条件性敲除小鼠模型，探讨了PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的作用机制 | 首次在CD4+ T细胞中条件性敲除PKCλ/ι，揭示了其通过调控Tfh/Tfr细胞平衡和Breg细胞功能来减轻肝纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证；单细胞测序样本量有限；具体信号通路细节有待进一步阐明 | 探究PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的免疫调节作用 | 感染日本血吸虫的小鼠模型，重点关注CD4+ T细胞、Tfh细胞、Tfr细胞和Breg细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，RT-qPCR，ELISA，转录组分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据，流式细胞数据，基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 469 | 2026-03-30 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-08-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
|
研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA-seq数据集，对卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的分化进行了全面的转录组分析 | 整合了七个多中心卵巢癌单细胞RNA-seq数据集，构建了强大的元数据资源，并利用BayesPrism算法从TCGA批量RNA-seq数据中量化Tregs，对患者进行分层 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本来源为回顾性数据集，需要前瞻性研究进一步验证 | 研究卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞，特别是调节性T细胞（Tregs）的分化、功能及其对预后的影响 | 卵巢癌患者肿瘤组织中的CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | BayesPrism算法 | 转录组数据 | OCSCDs数据集包含7个数据集，总计137,648个单细胞；使用了TCGA数据集和5个独立的批量RNA-seq队列进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 470 | 2026-03-30 |
The kinase ERK plays a conserved dominant role in the heterogeneity of epithelial-mesenchymal transition in pancreatic cancer cells
2025-Aug-12, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.ads7002
PMID:40794842
|
研究论文 | 本研究通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息分析，揭示了ERK激酶在胰腺癌细胞上皮-间质转化异质性中的主导作用 | 首次在信号蛋白水平上研究EMT异质性，使用互信息分析揭示ERK在多种生长因子和化疗药物响应中的决定性作用，克服了群体水平研究和单细胞转录组学的局限性 | 研究主要聚焦于胰腺癌细胞，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证；分析方法依赖于蛋白质测量，可能受技术灵敏度限制 | 探究胰腺癌细胞上皮-间质转化异质性的信号通路机制，以识别促进化疗反应的药物组合靶点 | 胰腺癌细胞和肿瘤 | 细胞信号转导 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像，互信息分析 | 互信息分析模型 | 蛋白质成像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 471 | 2026-03-30 |
Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks
2025-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00809-6
PMID:40425827
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研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通讯推断工具STCase，利用多视图图神经网络识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异性通讯事件 | 提出首个考虑生态位异质性的单细胞/斑点水平细胞间通讯推断方法，通过可解释的多视图图神经网络和CCC感知注意力机制 | NA | 开发能够捕捉生态位特异性细胞间通讯的计算工具 | 人类支气管腺体和口腔鳞状细胞癌组织 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 多视图图神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 472 | 2026-03-30 |
Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics
2025-04, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00765-7
PMID:39875699
|
研究论文 | 本研究提出了一个计算集成遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观，并开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平上的基因型-表型关系流形 | 整合单细胞RNA测序等高通量基因分型方法与语言模型等先进学习方法，构建了一个用于分析基因型-表型动态关系的多模态基础模型，能够以更高分辨率解析细胞异质性 | NA | 解析复杂基因表达模式如何产生复杂表型这一生物学基本问题，探索基因表达与表型表现之间的动态相互作用 | 人类转录组学数据，特别是内皮细胞中的von Willebrand因子（VWF）基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 语言模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 473 | 2026-03-30 |
Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data
2024-03, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00597-5
PMID:38438786
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCORPION的工具，用于从单细胞/核RNA测序数据重建可比较的基因调控网络，以支持群体水平的比较 | SCORPION利用消息传递算法和相同基线先验，克服了数据稀疏性和细胞异质性，在合成数据上优于12种现有基因调控网络重建技术，并能准确识别野生型和转录因子扰动细胞间的调控网络差异 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种工具，用于从单细胞转录组学数据重建可比较的基因调控网络，以进行群体水平的比较 | 单细胞/核RNA测序数据，特别是来自结直肠癌和相邻健康组织的200,436个细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 消息传递算法 | 单细胞转录组学数据 | 200,436个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 474 | 2026-03-30 |
Extracting, filtering and simulating cellular barcodes using CellBarcode tools
2024-02, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00595-7
PMID:38374363
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研究论文 | 本文介绍了CellBarcode工具包及其条形码模拟套件CellBarcodeSim，用于从批量或单细胞测序数据中高效、灵活地提取和过滤多种条形码类型 | 开发了支持多种条形码类型和分析策略的通用工具，并提供了条形码模拟功能以优化识别过程 | 未明确提及具体的技术限制或性能边界 | 提高DNA细胞条形码识别的准确性和可重复性 | DNA细胞条形码 | 生物信息学 | NA | PCR和测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞测序, 批量测序 | NA | NA |
| 475 | 2026-03-30 |
ΔNp63 Regulates Homeostasis, Stemness, and Suppression of Inflammation in the Adult Epidermis
2024-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.07.005
PMID:37543242
|
研究论文 | 本研究揭示了ΔNp63在成年表皮中调控角质形成细胞增殖、自我维持及抑制炎症的关键作用 | 首次阐明ΔNp63在成年表皮稳态中的核心调控功能，发现其缺失会引发银屑病样炎症反应，并鉴定出下游关键效应通路 | 研究主要依赖基因敲除模型，人类表皮中的验证尚不充分；单细胞测序样本量有限 | 探究ΔNp63转录因子在成年表皮稳态维持中的分子机制 | 小鼠表皮角质形成细胞 | 单细胞组学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除动物模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 476 | 2026-03-30 |
Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
2022-09, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00298-x
PMID:38177468
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为HUNTRESS的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | HUNTRESS方法在运行时间上具有线性与二次方的优势，且在合理条件下能高概率计算肿瘤的真实进展历史 | NA | 开发一种快速且准确的算法来推断肿瘤内异质性 | 单细胞测序数据中的基因型矩阵 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因型矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 477 | 2026-03-30 |
Proteolysis targeting chimeras (PROTACs) are emerging therapeutics for hematologic malignancies
2020-07-27, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-020-00924-z
PMID:32718354
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综述 | 本文综述了蛋白水解靶向嵌合体（PROTACs）作为新兴疗法在血液恶性肿瘤治疗中的应用潜力 | 提出利用人类全组织单细胞RNA测序数据识别造血细胞类型特异性E3连接酶，以开发肿瘤特异性PROTACs，提高治疗安全性 | NA | 总结PROTACs在血液恶性肿瘤治疗中的潜力，并讨论提高其临床安全性的策略 | 蛋白水解靶向嵌合体（PROTACs）及其在血液恶性肿瘤中的应用 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2026-03-29 |
Tubulointerstitial inflammation in glomerular diseases: mechanistic pathways, prognostic value, and translational therapeutic targets
2026-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2026.2646426
PMID:41876962
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综述 | 本文系统综述了肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病机制、预后意义及其作为转化治疗靶点的潜力 | 倡导从以肾小球为中心的框架转向肾小球-间质系统的视角，并强调了AI增强数字病理学、空间转录组学等新兴技术在精细表征间质免疫-纤维化微环境中的应用 | 指出肾小管间质炎症的独立预后意义在不同疾病和人群中仍不一致，且方法学上的差异（如定义、评分系统和协变量调整）是造成这些不一致的主要原因 | 阐明肾小球疾病中肾小管间质炎症的致病通路、预后价值及作为转化治疗靶点的潜力 | 肾小球疾病中的肾小管间质炎症 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学，成像技术 | NA | 病理图像，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 479 | 2026-03-29 |
Construction of TLS-related gene signature for predicting prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000925
PMID:41894176
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研究论文 | 本研究构建了三级淋巴结构相关基因特征（TLSRS），用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次开发了基于三级淋巴结构相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型，并利用单细胞、空间转录组学等技术验证了基因与TLS的关联 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性临床验证；基因特征的普适性需在更多独立队列中验证 | 预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应，推动精准医疗发展 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 差异基因表达分析、加权相关网络分析、LASSO回归、GSEA、单细胞RNA-seq、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | 未明确指定样本数量，涉及肝细胞癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 480 | 2026-03-29 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Chemotherapy-Induced Changes in Osteosarcoma With a Pyroptosis-Related Gene-Based Prognostic Model
2026-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71110
PMID:41896410
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析化疗诱导的骨肉瘤变化，并基于焦亡相关基因构建了一个预后模型Pyroscore | 首次在单细胞水平上系统分析化疗对骨肉瘤细胞亚群和肿瘤微环境的影响，并开发了基于焦亡相关基因的预后模型Pyroscore，该模型整合了101种机器学习算法进行验证 | 研究未明确说明样本来源和数量细节，且模型验证可能受限于现有数据集 | 探究化疗对骨肉瘤细胞亚群和分子通路的影响，并开发预后模型以改善患者治疗策略 | 骨肉瘤细胞及其微环境中的各种细胞亚群 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法（包括BAK1、CASP1、CASP5、CASP6等基因的整合模型） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |