单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-07-01	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用分层框架和图神经网络的消息传递层，支持跨多种数据类型的细胞注释，并引入加权正负标记	未明确提及方法在低质量数据或极端批次效应下的性能表现	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的挑战	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间转录组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学	图神经网络(GNN)	单细胞测序数据、空间组学数据	涵盖28种组织类型的329种细胞类型、2497个基因标记的人类和植物数据
462	2025-07-01	The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery 2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaae036 PMID:39830802	研究论文	本文提出了一种自适应噪声稳定化方法，用于低秩信号检测和恢复	开发了一种数据驱动的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构	未明确说明方法在极端异方差情况下的性能表现	解决异方差噪声环境下低秩信号检测和恢复的问题	数据矩阵中的低秩信号	机器学习	NA	随机矩阵理论	NA	矩阵数据	应用于单细胞RNA测序和空间转录组数据（具体样本量未说明）
463	2025-07-01	Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56524-3 PMID:39904983	研究论文	本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其通过Mincle受体促进炎症反应的机制	首次发现脓毒症患者Hp的特定岩藻糖基化修饰（Asn207和Asn211）与炎症反应增强相关，并阐明Fu-Hp通过Mincle受体激活炎症信号通路的分子机制	观察性研究设计无法确定因果关系，样本量未明确说明	探究岩藻糖基化Hp在脓毒症炎症反应中的作用机制	脓毒症患者血浆样本和小鼠模型	分子病理学	脓毒症	单细胞RNA测序、蛋白质纯化	NA	血浆蛋白质组数据、单细胞转录组数据	脓毒症患者与健康对照（具体数量未说明）
464	2025-07-01	Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis 2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.12.27.24319708 PMID:40568658	研究论文	本研究通过转录组学分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征	首次定义了肉芽肿性肌炎的独特转录组特征，并发现CHIT1基因表达与疾病活动性高度相关	样本量相对有限（38例GM患者），且仅使用了肌肉活检样本	阐明肉芽肿性肌炎的病理生理学机制	肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检样本	数字病理学	肉芽肿性肌炎	RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学	支持向量机(SVM)	RNA测序数据	722例肌肉活检样本（包含38例GM患者）
465	2025-07-01	Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475 PMID:39923846	研究论文	研究探讨了肝脏窦状隙充血如何通过CXCL9的反向分区影响肝内巨噬细胞的富集，进而导致充血性纤维化和门静脉高压	揭示了CXCL9在肝窦内皮细胞中的反向分区现象及其在充血性肝病中富集肝内巨噬细胞的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究充血性肝病中肝窦微环境变化及其对纤维化和门静脉高压的影响	充血性肝病（CH）和Fontan相关肝病（FALD）患者及小鼠模型	肝脏病理学	肝脏疾病	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA原位杂交（RNAish）	小鼠部分下腔静脉结扎模型（pIVCL）	组织图像、单细胞转录组数据	CH和FALD患者肝组织样本及小鼠模型
466	2025-07-01	Single-cell RNA-seq reveals distinct metabolic "microniches" and close host-symbiont interactions in deep-sea chemosynthetic tubeworm 2024-07-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3053 PMID:39047091	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了深海化学合成管状蠕虫中独特的代谢微环境及其与共生微生物的密切相互作用	首次在深海化学合成管状蠕虫中发现了两种不同的代谢微环境，并阐明了宿主如何通过控制化学合成气体和代谢物的可用性来维持这些微环境	研究仅针对一种深海管状蠕虫，结果可能不适用于其他共生系统	探究深海化学合成管状蠕虫与共生微生物之间的分子相互作用	深海化学合成管状蠕虫及其共生细菌	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及样本数量
467	2025-07-01	Macrophage Dysfunction in Respiratory Disease 2024, Results and problems in cell differentiation DOI:10.1007/978-3-031-65944-7_9 PMID:39406908	research paper	本文探讨了肺部巨噬细胞的起源、表型和功能，以及它们在呼吸系统疾病中的功能障碍	利用谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入理解巨噬细胞在肺部稳态调节中的作用及其在疾病中的变化	未具体说明研究样本量或实验设计的详细限制	研究巨噬细胞功能障碍的机制，以开发针对慢性呼吸系统疾病的靶向治疗	肺部巨噬细胞及其在慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、囊性纤维化和特发性肺纤维化(IPF)等疾病中的表现	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病, 哮喘, 囊性纤维化, 特发性肺纤维化	谱系追踪, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
468	2025-02-17	Comprehensive analysis of cytokine and chemokine gene expression in IgG4-related disease by spatial transcriptomics 2025-Jul, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.12.010 PMID:39952877	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
469	2025-06-30	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Jul-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了早期呼吸道合胞病毒（RSV）感染后镉暴露通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用，并提出了雷帕霉素作为潜在治疗策略	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露后RSV感染引起的肺纤维化中的作用	小鼠模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	小鼠模型	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明具体样本量，但实验持续16周
470	2025-06-30	Amelioration of Liver Fibrosis via In Situ Hepatic Stellate Cell Conversion Through Co-Inhibition of TGF-β and GSK-3 Signalling 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70187 PMID:40575954	研究论文	本研究评估了一种针对肝星状细胞(HSCs)的联合疗法，通过抑制TGF-β和GSK-3信号通路来改善肝纤维化并促进肝脏修复	提出了一种新型小分子鸡尾酒疗法SBCH，不仅能抑制HSC活化和纤维化活性，还能诱导活化的HSCs转化为肝细胞样细胞(ciHeps)，实现肝脏组织修复和功能恢复	研究仅在三种动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索治疗肝纤维化和肝硬化的新型治疗策略	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化动物模型	肝脏疾病治疗	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序、体内示踪技术	NA	分子生物学数据、组织学数据	三种肝纤维化动物模型(CCl4诱导、胆管结扎(BDL)和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)联合二乙基亚硝胺(DEN)诱导)
471	2025-06-30	Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy 2025-Jun-22, Asian Pacific journal of allergy and immunology IF:2.3Q3 DOI:10.12932/AP-011124-1965 PMID:40544372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了鸡蛋过敏儿童在口服免疫治疗（HE-OIT）前后的系统性免疫表型和转录组变化	首次在鸡蛋过敏儿童中揭示了HE-OIT引起的系统性免疫细胞转录组变化及其与治疗效果的关联	样本量较小（仅16名儿童），且缺乏长期随访数据	探究鸡蛋过敏儿童在HE-OIT过程中的系统性免疫变化机制	3-12岁被诊断为鸡蛋过敏的儿童	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16名3-12岁鸡蛋过敏儿童（中位年龄4.5岁）
472	2025-06-30	Single-Cell Analysis of Host Responses in Bovine Milk Somatic Cells (bMSCs) Following HPAIV Bovine H5N1 Influenza Exposure 2025-Jun-03, Viruses DOI:10.3390/v17060811 PMID:40573402	研究论文	通过单细胞RNA测序分析牛乳体细胞对H5N1禽流感病毒暴露的宿主免疫反应	首次在单细胞水平上揭示了牛乳腺对H5N1病毒暴露的免疫反应动态变化，并识别了10个不同的细胞簇	未在单细胞RNA测序数据中观察到病毒读数，免疫反应可能仅由病毒成分暴露引起而非生产性感染	理解牛乳腺对H5N1病毒暴露的宿主免疫反应机制	体外暴露于H5N1病毒的牛乳体细胞(bMSCs)	免疫学	禽流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	NA	RNA测序数据	来自感染奶牛场的H5N1分离株暴露的牛乳体细胞样本
473	2025-06-30	scRepertoire 2: Enhanced and efficient toolkit for single-cell immune profiling 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012760 PMID:40577285	research paper	介绍scRepertoire 2，一个用于分析和可视化单细胞免疫受体数据的R软件包的重大更新	引入了改进的克隆型追踪工作流程、受体多样性指标和新颖的可视化模块，支持纵向和比较研究，并与Seurat和SingleCellExperiment等单细胞分析框架无缝集成	未明确提及具体限制	提升单细胞免疫受体数据分析的深度和广度，支持健康和疾病状态下的免疫动态研究	单细胞免疫受体数据	生物信息学	NA	scAIRR-seq, scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本量
474	2025-06-30	Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice 2025-May-28, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20241235 PMID:40440080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究血管紧张素II诱导的腹主动脉组织中与动脉瘤相关的细胞群	识别了一种由内皮细胞转化的特殊细胞群（恶性ECs），并发现Cxcl12-Cxcr4/Ackr3轴可能在动脉瘤形成中发挥作用	研究仅基于C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证	探究腹主动脉瘤（AAA）形成过程中特定细胞群的作用	C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	14周龄小鼠（1.44和2.16 mg/kg/day剂量组）、20周龄小鼠（21只）、32周龄小鼠（7只）
475	2025-06-30	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何针对生殖器官、分生组织和种子，以及宿主因素如何影响病毒分布	探讨了超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学在解析病毒-宿主相互作用中的新应用，揭示了病毒积累的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子和细胞机制，以改善作物抗性和设计综合疾病管理策略，并探索植物病毒在靶向传递和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其在特定细胞类型、组织或宿主中的感染和复制能力	植物病理学	植物病毒感染	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
476	2025-06-30	Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis 2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18060775 PMID:40573172	research paper	该研究探讨了黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性卒中的机制，并利用多组学和药物-靶点关系分析提供了深入见解	首次结合多组学分析和网络药理学方法，揭示了黄连解毒汤通过调节NLRP3介导的细胞焦亡途径减轻缺血性卒中损伤的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验验证	探究黄连解毒汤治疗缺血性卒中的分子机制	8周龄雄性小鼠	中医药研究	缺血性卒中	多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、网络药理学、分子对接、表面等离子体共振(SPR)、液相色谱-质谱联用(LC-MS)、分子动力学模拟	小鼠缺血性卒中模型	多组学数据、生理指标、组织病理学数据、分子生物学数据	6组小鼠(假手术组、模型组、阳性药物组和低、中、高剂量黄连解毒汤组)
477	2025-06-30	Decoding the resistin-CAP1 pathway in intermediate monocytes mediating liver allograft rejection 2025-May-08, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.04.037 PMID:40345627	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了中间单核细胞通过resistin-CAP1通路在肝移植排斥反应中的关键作用	首次在肝移植中应用空间转录组学技术，发现中间单核细胞通过resistin-CAP1信号轴参与T细胞介导的急性排斥反应，并利用纳米金-siRNA技术靶向该通路有效减轻排斥反应	研究样本量较小（24例大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本），且主要在动物模型中进行验证	探索肝移植排斥反应的新型免疫治疗靶点	大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本	digital pathology	liver transplantation rejection	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, flow cytometry, nanogold-siRNA technology	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	24 rat transplanted liver and peripheral blood mononuclear cell samples
478	2025-06-30	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	研究论文	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率，并证明这些突变通过改变角质形成细胞的微环境促进黑色素瘤细胞增殖	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在癌症发生发展中的作用机制	人类皮肤黑色素瘤组织样本和角质形成细胞	癌症生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及人类黑色素瘤活检组织和细胞共培养实验
479	2025-06-30	Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf280 PMID:40536815	综述	本文全面回顾了细胞间通讯推断领域的工具、资源和未来发展方向	提供了关于细胞间通讯推断的全面报告，并创建了CCC-Catalog作为集中式网络平台	未提及具体工具或资源的性能比较结果	总结细胞间通讯分析的现状，探讨当前限制和未解决问题	细胞间通讯推断的工具和资源	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
480	2025-06-30	Evaluating discrepancies in dimensionality reduction for time-series single-cell RNA-sequencing data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf287 PMID:40576031	research paper	本文评估了时间序列单细胞RNA测序数据降维技术中的差异，并提出了一种基于合成数据的分析方法	提出了一种基于变分自编码器生成的合成时间序列scRNA-seq数据的方法，用于评估不同降维技术在捕捉动态模式时的差异	研究结果未发现任何一种技术始终优于其他技术，且单独使用时可能无法可靠地表示动态模式	评估不同降维技术在时间序列单细胞RNA测序数据中捕捉动态模式时的差异	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 变分自编码器	变分自编码器(VAE)	单细胞RNA测序数据	NA