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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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381 | 2025-10-06 |
Heterogeneity of Tertiary Lymphoid Structures and Plasma Cells in PDAC with and Without Lymph Node Metastasis
2025-Sep-09, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17182949
PMID:41008793
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研究论文 | 本研究通过多色免疫荧光和AI病理图像分析探讨PDAC中三级淋巴结构与浆细胞的异质性及其与淋巴结转移的关系 | 发现N0 PDAC中存在IgG浆细胞相关免疫热点,并首次提出IgG浆细胞与最近IgG肿瘤细胞间的距离可作为新的预后生物标志物 | 三级淋巴结构形成机制及其对抗肿瘤体液免疫应答的具体贡献仍需进一步研究 | 探究PDAC中三级淋巴结构和浆细胞的异质性及其在淋巴结转移中的作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者组织样本,包括无淋巴结转移(N0)和有淋巴结转移(N1/2)两组 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多色免疫荧光(mIF)染色、AI病理图像分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCGA数据库分析 | AI图像分析软件 | 病理图像、单细胞测序数据、基因组数据 | 利用三个scRNA-seq数据集和TCGA-PAAD数据库,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
382 | 2025-10-06 |
Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development
2025-Sep, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05307-x
PMID:40392427
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育中关键转录因子的作用 | 首次在单细胞分辨率下识别出肾脏祖细胞中的关键转录因子及其在分化为肾小管上皮细胞和足细胞中的作用 | 需要进一步研究验证这些发现及其治疗潜力 | 探索肾脏发育过程中肾脏祖细胞分化的分子机制 | 胚胎肾脏发育过程中的肾脏祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
383 | 2025-10-06 |
Immune mechanisms and signatures in lethal and non-lethal sepsis revealed by single-cell transcriptomics
2025-Sep-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf140
PMID:40580488
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示致死性和非致死性脓毒症的免疫机制和特征 | 利用遗传同质性小鼠模型首次系统比较致死性和非致死性脓毒症的单细胞转录组动态变化,发现Mono2单核细胞亚群的关键作用及其与疾病预后的关联 | 研究基于小鼠模型,需在人类患者中进一步验证;样本量相对有限 | 揭示脓毒症的免疫机制并鉴定诊断和预后相关的生物标志物 | 近交系小鼠的外周血单核细胞和公开的人类患者数据 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型和公开人类患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
384 | 2025-10-06 |
CX3CR1-TLR4 Axis as a Shared Neuroimmune Target in COVID-19 and Epilepsy: Integrative Transcriptomics and Gabapentin Repositioning
2025-Aug-31, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092133
PMID:41007696
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析发现COVID-19和癫痫存在共享的CX3CR1-TLR4-NF-κB炎症轴,并提出加巴喷丁作为潜在的双重作用免疫调节剂 | 首次揭示COVID-19和癫痫之间的共享免疫基因组机制,发现CX3CR1-TLR4轴作为共同神经免疫靶点,并提出加巴喷丁具有超越癫痫控制的免疫调节作用 | 研究基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证机制 | 探索COVID-19和癫痫的共享免疫炎症转录组特征,并识别潜在的药物重定位治疗方案 | COVID-19患者的外周血单核细胞和颞叶癫痫伴海马硬化患者的脑组织 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq、GO/KEGG富集分析、PPI网络分析、LINCS L1000数据库 | NA | 转录组数据 | 来自GSE149689和GSE256068公共数据库的样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
385 | 2025-10-06 |
Bulk and Single-Cell Transcriptomes Reveal Exhausted Signature in Prognosis of Hepatocellular Carcinoma
2025-Aug-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091034
PMID:41009979
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,揭示了肝细胞癌中T细胞耗竭特征的预后价值 | 首次结合单细胞和批量转录组数据系统分析肝细胞癌中的T细胞耗竭特征,并构建了26基因预后标志物 | NA | 研究肝细胞癌中T细胞耗竭相关的转录特征及其预后意义 | 肝细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(RNA-seq) | LASSO回归分析, Cox回归分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
386 | 2025-10-06 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-Aug-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
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研究论文 | 通过转录组分析揭示卵巢癌中CD4+ T细胞和调节性T细胞的分化特征 | 整合七个多中心单细胞RNA-seq数据集构建元数据资源,首次在卵巢癌中描绘CD4+ T细胞分化的两种终末状态 | NA | 研究卵巢癌肿瘤浸润T细胞的生物学特征及其在免疫治疗中的潜在价值 | 卵巢癌患者的肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、BayesPrism算法 | NA | 转录组数据 | 七个数据集共137,648个单细胞,五个独立批量RNA-seq队列 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
387 | 2025-10-06 |
Diagnosis of Periodontitis via Neutrophil Degranulation Signatures Identified by Integrated scRNA-Seq and Deep Learning
2025-Aug-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091005
PMID:41009952
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和深度学习技术,识别了与牙周炎中性粒细胞脱颗粒相关的关键生物标志物,并建立了诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序、分层加权基因共表达网络分析和深度学习算法,识别牙周炎中致病性中性粒细胞亚群及其脱颗粒特征 | NA | 建立牙周炎的早期诊断和精准干预模型 | 人牙龈组织和中性粒细胞亚群 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分层加权基因共表达网络分析(hdWGCNA) | 卷积神经网络(CNN)、机器学习 | 基因表达数据、免疫细胞谱数据 | 多个队列的牙龈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | NA | NA |
388 | 2025-10-06 |
Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.648995
PMID:40313919
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研究论文 | 本研究通过分析HIV感染者黑色素瘤的临床特征和免疫微环境,揭示其预后较差的免疫学机制 | 首次结合大规模电子健康记录分析与空间免疫转录组学,系统揭示HIV感染者黑色素瘤免疫微环境的独特特征 | 样本量相对有限(空间转录组学n=11,多重免疫荧光n=29),需要更大规模研究验证 | 探究HIV感染者黑色素瘤临床预后较差的免疫学基础 | HIV感染者和非HIV感染者的黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间免疫转录组学、多重免疫荧光 | NA | 电子健康记录、基因表达数据、免疫组织化学数据 | 电子健康记录:1,019例HIV感染者,373,121例非HIV感染者;空间转录组学:11例样本;多重免疫荧光:29例样本(15例HIV感染者,14例非感染者) | NA | 空间转录组学,多重免疫荧光 | NA | 72个免疫相关基因的空间转录组学分析 |
389 | 2025-10-06 |
Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation
2025-Aug-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092049
PMID:41007615
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研究论文 | 本研究探讨糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎发展的影响及视网膜小胶质细胞活化状态 | 首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中揭示小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变机制 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类糖尿病的转化需要进一步验证 | 研究糖尿病环境对自身免疫性疾病发展和免疫细胞功能的影响 | 野生型和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠 | 免疫学研究 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫组织化学、眼底检查、光学相干断层扫描 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据、影像数据 | 野生型和糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
390 | 2025-10-06 |
Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization
2025-Jul-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888
PMID:40412393
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性 | 首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型,并发现骨转移原型与组织来源相关性较弱 | 样本量相对有限(42例骨转移样本),需要更大规模研究验证 | 研究不同癌症类型骨转移生态系统的异质性和趋同机制 | 8种癌症类型的42例骨转移样本 | 单细胞组学 | 骨转移癌 | 单细胞RNA测序,免疫组化,生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织切片图像,批量RNA测序数据 | 42例骨转移样本(单细胞测序),158例骨转移样本(验证分析) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录omics | NA | NA |
391 | 2025-10-06 |
[Application progress of single-cell RNA sequencing technology in breast development and related diseases]
2025-Jun-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺发育及相关疾病研究中的应用进展 | 利用高分辨率的scRNA-seq技术解析乳腺细胞异质性,构建高精度细胞图谱并揭示细胞命运决定的转录调控网络 | NA | 揭示乳腺发育及相关疾病的分子机制 | 乳腺细胞亚群及其在生理发育和病理进程中的调控机制 | 单细胞测序技术 | 乳腺癌、巨乳症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间组学 | NA | 单细胞转录组数据、多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | NA |
392 | 2025-10-06 |
Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction
2025-Jun-10, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004
PMID:40449485
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研究论文 | 本研究通过筛选单克隆抗体库并分析Fc变体,揭示了抗体Fab和Fc区域在结核分枝杆菌限制中的协同作用机制 | 首次通过Fc变体分析证实Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的作用,并利用单细胞转录组学发现中性粒细胞早期激活是抗体介导限制的关键特征 | 研究主要在小鼠模型中进行,人类临床应用的转化潜力仍需验证 | 探究抗体介导结核分枝杆菌限制的分子机制 | 结核分枝杆菌和特异性单克隆抗体 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组学、单克隆抗体筛选、Fc变体工程 | NA | 基因表达数据、体内感染实验数据 | 小鼠模型及单克隆抗体库 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
393 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex
2025-May, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01933-2
PMID:40259073
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研究论文 | 通过整合分析人类皮层发育和成年的单细胞转录组图谱,揭示了驱动皮层细胞亚型特化的基因共表达网络模块 | 首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络,识别出具有细胞亚型特异性的发育元模块,并通过人皮层嵌合体实验验证FEZF2和TSHZ3在深层神经元特化中的功能 | 研究主要基于已有数据集的分析,实验验证仅限于特定模块 | 解析人类大脑皮层发育过程中细胞亚型特化的分子机制 | 人类皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组测序,基因共表达网络分析 | 基因共表达网络 | 单细胞RNA测序数据 | 发育期7个数据集,成年期16个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
394 | 2025-10-05 |
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646238
PMID:40236180
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研究论文 | 提出了一种名为L loki的新型框架,用于整合不同平台的空间转录组数据 | 无需共享基因面板即可整合基于成像的空间转录组数据,通过最优传输引导的特征传播和批量对齐实现跨平台整合 | NA | 解决跨平台空间转录组数据整合的挑战 | 小鼠脑样本和卵巢癌数据集 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | scGPT,图神经网络 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 五个不同技术的小鼠脑样本和五个卵巢癌数据集 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
395 | 2025-10-05 |
Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer
2025-Apr-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002
PMID:40157359
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研究论文 | 本研究揭示了三阴性乳腺癌细胞通过释放含花生四烯酸的细胞外囊泡重编程中性粒细胞,导致免疫抑制和治疗抵抗的机制 | 首次发现肿瘤细胞脂质积累通过细胞外囊泡介导的中性粒细胞重编程促进免疫抑制和治疗抵抗 | 人类患者数据仅为相关性分析,需要进一步验证机制 | 探究三阴性乳腺癌获得性免疫治疗抵抗的机制 | 三阴性乳腺癌细胞和中性粒细胞 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
396 | 2025-10-05 |
Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis
2025-Apr, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00321-x
PMID:40025269
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研究论文 | 本研究探讨了Annexin A1在重症急性胰腺炎中调节炎症免疫反应及减轻胰腺和胰腺外损伤的作用 | 首次系统揭示Anxa1在髓系细胞中的动态表达调控及其在重症急性胰腺炎中的保护机制,并证明其衍生肽Ac2-26的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 阐明Annexin A1在急性胰腺炎炎症免疫反应中的调控作用 | 髓系细胞、胰腺组织及肺肝肾等胰腺外器官 | 病理生理学 | 急性胰腺炎 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析 | 动物模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种动物模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
397 | 2025-10-05 |
Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.23.639515
PMID:40060660
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研究论文 | 本研究揭示了人类记忆CD4+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的机制及其在结核病免疫中的作用 | 首次在潜伏性结核感染者中量化T细胞对感染巨噬细胞的识别,并通过TCR测序和单细胞转录组学揭示了特异性T细胞克隆的特征 | 研究仅针对潜伏性结核感染者,未涉及活动性结核病患者;使用单核细胞来源的巨噬细胞模型可能不完全反映体内情况 | 探究记忆CD4+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的机制及其在结核病免疫保护中的作用 | 潜伏性结核感染者的单核细胞来源巨噬细胞和自体记忆CD4+T细胞 | 免疫学 | 结核病 | T细胞受体测序,单细胞转录组学 | NA | 基因组测序数据,转录组数据 | 潜伏性结核感染者的免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
398 | 2025-10-05 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2025-Jan-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1
PMID:39877088
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研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本比较三种成像型单细胞分辨率空间转录组学平台的性能 | 首次系统比较CosMx、MERFISH和Xenium平台在FFPE样本中的表现,并进行像素级手动评估 | 仅使用肺腺癌和胸膜间皮瘤两种肿瘤类型,样本类型有限 | 评估商业空间转录组平台在肿瘤空间生物学研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学,RNA测序,多重免疫荧光,HE染色 | NA | 空间转录组数据,图像数据,测序数据 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤组织芯片样本 | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 单细胞空间转录组学,空间多组学 | Xenium, MERFISH, CosMx, GeoMx Digital Spatial Profiler | 单细胞分辨率空间转录组平台,包括单模态和多模态版本 |
399 | 2025-10-06 |
Identification of prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma based on the m6A RNA modification
2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology
IF:3.0Q2
DOI:10.1177/03946320251370847
PMID:41013996
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研究论文 | 本研究通过分析m6A RNA修饰识别肝细胞癌的预后生物标志物 | 基于m6A调节因子的转录谱识别了四种肝细胞癌分子亚型,并建立了稳健的风险预测模型 | NA | 识别肝细胞癌的预后生物标志物 | 肝细胞癌患者数据和肝癌细胞系(Huh7、Hep 3B、Hep G2)及正常肝细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR | 风险模型 | RNA测序数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA-LIHC和ICGC-LIRI-JP数据库的样本及三种肝癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
400 | 2025-10-05 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628390
PMID:39763763
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研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较三种成像型单细胞空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台在单细胞分辨率下的表现差异 | 研究仅针对特定肿瘤类型(肺腺癌和胸膜间皮瘤),样本量有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 免疫荧光, RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 组织微阵列中的连续5微米切片样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单细胞空间转录组学, 多重免疫荧光, 数字空间分析 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | 单细胞分辨率空间转录组学平台(包括单模态和多模态) |