单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2901	2025-06-26	Ectopic expression of GDF15 in cancer-associated fibroblasts enhances melanoma immunosuppression via the GFRAL/RET cascade 2025-Jun-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011036 PMID:40555562	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞(CAFs)通过GDF15/GFRAL/RET级联反应促进黑色素瘤免疫抑制微环境的机制	首次发现CAFs中GDF15的异位表达通过GFRAL/RET信号轴诱导巨噬细胞M2极化和肿瘤干细胞性增加	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他癌症类型中的类似机制尚未验证	阐明CAFs在黑色素瘤免疫微环境中的关键作用机制	黑色素瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、分子动力学模拟、流式细胞术、基因敲除小鼠模型	Cre-loxP系统小鼠模型	RNA-seq数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本数量，但使用了多种实验模型包括细胞系和小鼠模型
2902	2025-06-26	Deciphering the role of IGF2BP2 and PRMT5 in gallbladder cancer progression: insights from multi-omics analysis 2025-Jun-24, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03062-w PMID:40555776	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP2和PRMT5在胆囊癌进展中的作用	首次揭示了IGF2BP2通过m6A修饰稳定PRMT5表达，进而调控AKT/mTOR通路和脂质代谢重编程的分子机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行临床验证	阐明驱动胆囊癌进展的分子机制并寻找新的治疗靶点	胆囊癌细胞和人类化小鼠模型	癌症生物学	胆囊癌	单细胞转录组学、高通量测序、蛋白质组学	人类化小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本数量
2903	2025-06-26	A novel mesothelioma molecular classification based on malignant cell differentiation 2025-Jun-24, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03816-9 PMID:40555979	研究论文	该研究基于恶性细胞分化状态，提出了一种新的间皮瘤分子分类系统	首次基于肿瘤细胞分化状态对间皮瘤进行分子分类，并构建了预后预测模型	研究样本可能不足以代表所有间皮瘤亚型	开发间皮瘤的分子分类系统以改善患者管理	间皮瘤肿瘤细胞	数字病理学	间皮瘤	单细胞RNA测序、多组学分析	预测模型	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据
2904	2025-06-26	scGANSL: Graph Attention Network with Subspace Learning for scRNA-seq Data Clustering 2025-Jun-23, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c00731 PMID:40468846	研究论文	本文提出了一种名为scGANSL的新聚类方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析	结合了多视图共享图自编码器、ZINB模型和图注意力机制，以更有效地学习潜在表示并提高聚类性能	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决scRNA-seq数据聚类中的高维度和噪声问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, PCA, ZINB模型	图注意力网络（GAT）, 自编码器	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（未明确数量）
2905	2025-06-26	Breaking ground: Resolving root growth on soil at the cellular level 2025-Jun-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.002 PMID:40555175	research paper	研究土壤环境如何通过单细胞转录组学影响水稻根细胞形态	揭示了脱落酸信号传导如何诱导细胞壁修饰以响应土壤压实	NA	探究土壤环境对水稻根细胞形态的影响机制	水稻根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2906	2025-06-26	CD51 Promotes Gastric Cancer Stemness via Blocking Numb-Mediated Notch1 Degradation 2025-Jun-22, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217886 PMID:40555320	研究论文	本研究揭示了CD51通过阻止Numb介导的Notch1降解促进胃癌干性，为胃癌治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次发现CD51作为胃癌干性和恶性进展的关键调控因子，并揭示了其通过干扰Numb介导的Notch1降解来激活Notch信号通路的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索胃癌干细胞(CSC)驱动转移、复发和化疗耐药的分子机制，并寻找新的治疗靶点	胃癌组织和癌细胞	肿瘤生物学	胃癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序、功能实验、患者来源的类器官和异种移植模型	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的胃癌组织样本、患者来源的类器官和异种移植模型
2907	2025-06-26	Protocol to identify proteins as regulators of gene expression noise 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103763 PMID:40220303	研究论文	本文提出了一种识别基因表达噪声调控蛋白的协议	该协议结合单细胞RNA测序和LC-MS/MS技术，整合已知调控因子-靶标相互作用数据，用于识别新的噪声调控蛋白候选物	协议的应用范围限于可培养的细胞系	识别调控基因表达噪声的蛋白质	细胞系中的蛋白质	分子生物学	NA	单细胞RNA测序, LC-MS/MS	NA	RNA测序数据, 质谱数据	适用于任何细胞系
2908	2025-06-26	Protocol for characterizing craniopharyngioma subtypes and their microenvironments using single-cell RNA sequencing and immunohistochemistry 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103760 PMID:40238632	研究论文	本文提出了一种全面的单细胞RNA测序和免疫组化方案，用于分析颅咽管瘤亚型及其肿瘤微环境	使用单细胞分辨率技术详细描述颅咽管瘤亚型的细胞组成、免疫细胞网络和分子特征	未提及样本量或实验结果的统计显著性	开发一种分析颅咽管瘤亚型及其微环境的综合方案	颅咽管瘤组织及其微环境	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 免疫组化图像	NA
2909	2025-06-26	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种制备新鲜冷冻大豆组织用于空间转录组学的方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的组织制备难题，提出了专门针对大豆组织的解决方案	方案仅针对大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	开发适用于植物组织的空间转录组学样本制备方法	大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
2910	2025-06-26	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推断单细胞基因表达轨迹的方法	通过计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和反卷积）推断单细胞基因表达轨迹，用于研究异质性刺激响应	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能受数据质量和时间点密度的影响	开发一种计算协议以推断单细胞基因表达轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2911	2025-06-26	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文提出了一种定制化的流程，用于通过流式细胞术和单细胞转录组学分离和表征人类玻璃体中的免疫细胞浸润	开发了一种新的手术修改和样本收集方法，以最大化从人类玻璃体样本中获取免疫细胞的产量	未提及样本量大小或具体实验结果	优化人类玻璃体免疫细胞浸润的分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
2912	2025-06-26	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞水平结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型	开发了TARGET-seq+，提高了单细胞RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型的灵敏度	未提及具体的局限性	优化单细胞水平的RNA测序、蛋白表达分析和基因分型技术，以研究体细胞突变在癌前和癌组织中的影响	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA序列数据、蛋白表达数据、基因型数据	未提及具体样本数量
2913	2025-06-26	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	本文提出了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	开发了一个无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决复杂空间转录组数据分析中的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
2914	2025-06-26	Distinct transcriptomic signatures in pulmonary tissue resident and vascular resident-like T cells in nonhuman primates 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112745 PMID:40546965	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了恒河猴肺血管相关（ivs+）CD8 T细胞与间质（ivs-）T细胞的转录组特征差异	研究发现ivs+ T细胞并非被动的血液污染物，而是一个独特的、具有细胞毒性效应功能的'类驻留'群体，丰富了我们对血管内免疫的理解	研究样本仅限于非人灵长类动物（恒河猴），人类相关性的验证需要进一步研究	探索肺血管相关和间质T细胞的转录组特征差异及其在免疫监视中的作用	恒河猴肺血管相关（ivs+）和间质（ivs-）CD8 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、血管内染色（ivs）	NA	转录组数据、流式细胞数据	恒河猴样本（具体数量未明确说明）
2915	2025-06-26	Regulation of cGAS-STING pathway with inhalable nanozyme in acute lung injury 2025-Jun-20, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123521 PMID:40554963	research paper	该研究通过吸入式纳米酶调控cGAS-STING通路，缓解急性肺损伤	首次发现CAL纳米片能结合受损DNA并有效抑制cGAS-STING通路介导的炎症反应	研究尚未进行临床试验验证其临床效果	开发针对急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征的新型治疗方法	急性肺损伤(ALI)和急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	生物医学工程	急性肺损伤	转录组分析结合单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
2916	2025-06-26	Spatial Transcriptomics in Thyroid Cancer: Applications, Limitations, and Future Perspectives 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120936 PMID:40558562	review	本文综述了空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用、局限性及未来展望	利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌肿瘤微环境的异质性、肿瘤进化及细胞间相互作用	技术限制包括分辨率低、测序深度不足、需要高质量样本及复杂的数据处理过程	探讨空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用及其对个性化治疗的推动作用	甲状腺癌样本及其肿瘤微环境	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data with spatial context	NA
2917	2025-06-26	Muscle Spatial Transcriptomic Reveals Heterogeneous Profiles in Juvenile Dermatomyositis and Persistence of Abnormal Signature After Remission 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120939 PMID:40558566	研究论文	本研究旨在探究青少年皮肌炎（JDM）患者治疗前后肌肉分子特征的空间异质性	首次在JDM肌肉中识别出空间分布的病理特征，并发现这些特征在缓解期后仍持续存在	样本量较小，仅分析了4例JDM肌肉活检	理解JDM患者肌肉病理生理学特征及预测复发的生物标志物	青少年皮肌炎（JDM）患者的肌肉组织	空间转录组学	青少年皮肌炎	空间转录组学分析、标准化形态计量学	无监督参考自由反卷积	空间转录组数据	4例JDM肌肉活检（2例不同临床严重度，2例治疗前后对比）
2918	2025-06-26	Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500019122 PMID:40498460	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中癌细胞表达的胶原蛋白如何通过形成物理屏障导致获得性免疫治疗耐药性	揭示了肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障的固有机制，提出通过破坏这些屏障或敲除相关基因可恢复肿瘤对免疫治疗的敏感性	研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官，临床转化效果需进一步验证	探究非小细胞肺癌获得性免疫治疗耐药性的肿瘤细胞固有机制	非小细胞肺癌小鼠模型和肿瘤类器官	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、电子显微镜检测	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、显微图像	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和肿瘤类器官
2919	2025-06-26	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	本研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过CCL2或LPS局部注射可诱导雌鹿长角	分子调控网络的具体机制仍需进一步探索	解析雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿的鹿原基骨膜(AP)组织	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织学数据	梅花鹿和裸鼠移植模型
2920	2025-06-26	Integrated Multiomics Analysis and Machine Learning Approaches in Bladder Cancer: Unveiling the Impact of Immunogenic Cell Death and Its Key Gene SLC2A3 on Prognosis and Personalized Treatment Strategies 2025-Jun-17, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c01496 PMID:40547707	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，揭示了免疫原性细胞死亡（ICD）及其关键基因SLC2A3在膀胱癌预后和个性化治疗策略中的影响	首次基于ICD建立风险特征，并通过机器学习算法识别SLC2A3作为关键基因，探索其在精准治疗中的潜在价值	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏外部验证队列	探索ICD相关基因在膀胱癌预后和个性化治疗中的作用	膀胱癌患者样本和正常样本	生物信息学	膀胱癌	多组学分析、机器学习算法	组合机器学习算法（101种）和个体机器学习算法（10种）	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌和正常样本