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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2881 - 2900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2881 | 2025-10-06 |
Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells
2025-Jul-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v16.i7.108666
PMID:40741189
|
研究论文 | 本研究探讨氯化硝基苯胺通过靶向KIF20A抑制结直肠癌细胞的抗肿瘤机制 | 首次揭示氯化硝基苯胺与KIF20A的高亲和力结合及其在结直肠癌治疗中的潜在作用机制 | 需要进一步通过KIF20A敲除实验验证NC的结合特异性和机制作用 | 研究KIF20A在结直肠癌细胞中的表达特征及其作为NC潜在靶基因的作用 | 结直肠癌细胞系（HCT116等）和416例临床组织样本（208例癌组织+208例对照组织） | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,mRNA表达谱分析,免疫组织化学染色,CRISPR基因编辑,分子对接,RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床样本数据 | 416例临床组织样本（208对癌与癌旁组织）和多种结直肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,RNA测序 | NA | NA |
| 2882 | 2025-10-06 |
Integration of Untargeted Metabolomics, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing, and Molecular Dynamics Simulation Reveals GOT1, CYP1A2, and CA2 as Potential Targets of Huang Qin Decoction Preventing Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Jul-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18071052
PMID:40732339
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研究论文 | 本研究通过整合非靶向代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，揭示了黄芩汤预防结直肠癌肝转移的潜在作用靶点GOT1、CYP1A2和CA2 | 首次整合多种组学技术和计算方法系统阐明黄芩汤治疗结直肠癌肝转移的多靶点作用机制 | 研究主要基于计算预测和体外实验，需要进一步的体内实验验证 | 探究黄芩汤预防结直肠癌肝转移的活性成分、作用靶点和分子机制 | 结直肠癌肝转移小鼠模型和结直肠癌细胞 | 计算生物学 | 结直肠癌 | 非靶向代谢组学, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子动力学模拟, 原子力显微镜 | 分子对接, 分子动力学模拟 | 代谢组数据, 单细胞转录组数据, 分子结构数据 | 小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2883 | 2025-10-06 |
A Novel Hypoxia-Immune Signature for Gastric Cancer Prognosis and Immunotherapy: Insights from Bulk and Single-Cell RNA-Seq
2025-Jul-16, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47070552
PMID:40729021
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研究论文 | 开发了一个基于缺氧和免疫相关基因的胃癌预后特征，并探索其与免疫治疗反应的关系 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据构建胃癌缺氧-免疫特征，识别了5个关键基因并在单细胞水平验证了其表达模式 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 开发胃癌预后评估和免疫治疗指导的基因特征 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Cox回归分析 | 转录组数据 | TCGA-STAD队列和独立验证队列GSE84437 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2884 | 2025-10-06 |
DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.05.662121
PMID:40672156
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研究论文 | 提出一种双图注意力网络DGAT，用于从空间转录组数据推断空间蛋白质表达景观 | 首次构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异质图，通过图注意力网络学习RNA-蛋白质关系 | 依赖空间CITE-seq数据集进行训练，在缺乏此类数据的组织中应用受限 | 从仅含转录组的空间数据推断蛋白质表达水平 | 扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤组织样本 | 计算生物学 | 多种癌症 | 深度学习，图注意力网络 | DGAT（双图注意力网络） | 空间转录组数据，蛋白质表达数据 | 公共和内部数据集，包含多种组织类型 | NA | 空间转录组，CITE-seq | NA | NA |
| 2885 | 2025-10-06 |
A New Tool to Decrease Interobserver Variability in Biomarker Annotation in Solid Tumor Tissue for Spatial Transcriptomic Analysis
2025-Jul-09, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47070531
PMID:40728999
|
研究论文 | 开发了一种基于MATLAB的新工具，用于减少空间转录组分析中生物标志物注释的观察者间变异性 | 开发了首个能够对多细胞斑点进行自动图像分析的工具，通过研究者定义的参数标准减少人工注释的变异性 | 研究仅针对γH2AX标志物在胶质母细胞瘤组织中的应用，未验证其他生物标志物或肿瘤类型 | 解决空间转录组与免疫荧光数据整合中的观察者间变异性问题 | 辐照处理的胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫荧光, 空间转录组学, 图像分析 | 基于MATLAB的图像分析工具 | 图像, 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学, 免疫荧光 | NA | NA |
| 2886 | 2025-10-06 |
Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes
2025-Jul-07, ArXiv
PMID:40671942
|
研究论文 | 提出Spatia多尺度生成与预测模型，用于整合细胞形态、基因表达和空间背景的空间转录组学分析 | 首个能够融合细胞形态、基因表达和空间背景的多尺度生成模型，通过交叉注意力和transformer模块实现单细胞到组织水平的空间依赖建模 | 模型在49名捐赠者、17种组织类型和12种疾病状态的数据集上验证，但未提及外部验证或临床应用效果 | 学习统一的空间感知表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景 | 空间转录组学数据中的细胞、生态位和组织 | 数字病理学 | 多种疾病 | 空间转录组学 | Transformer, 扩散模型, 交叉注意力 | 图像, 基因表达数据 | 1700万细胞-基因对、100万生态位-基因对、1万组织-基因对，来自49名捐赠者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2887 | 2025-10-06 |
Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice
2025-Jul, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364
PMID:40513949
|
研究论文 | 本研究探讨EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用 | 首次揭示EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的具体功能机制，包括对精原细胞分化和减数分裂进程的调控 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究EXOSC10核糖核酸酶在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制 | 小鼠雄性生殖细胞 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序，条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2888 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment
2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70061
PMID:40579885
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组技术分析人类烧伤创面微环境，揭示不同烧伤深度区域的基因表达差异 | 首次将空间转录组技术应用于烧伤组织分析，能够在保留空间位置信息的同时识别不同烧伤深度区域的独特基因表达模式 | 提供了该技术在烧伤组织应用中存在的局限性，为未来研究提供指导 | 探索人类烧伤创面微环境的分子特征和空间异质性 | 人类烧伤组织样本 | 空间转录组学 | 烧伤 | 空间转录组学，RNA测序 | NA | 空间基因表达数据，组织图像 | NA | NA | 空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2889 | 2025-10-06 |
Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Jul-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11747-y
PMID:40597567
|
研究论文 | 提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA | 开发了无偏识别高相互作用基因的方法，可应用于多种转录组数据，克服现有方法基于强基线假设的局限性 | NA | 研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用 | 乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 共表达分析 | WGCNA | bulk转录组、单细胞转录组、空间转录组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2890 | 2025-10-06 |
cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399
PMID:40658464
|
研究论文 | 提出一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达 | 使用基于核的评分检验，利用单细胞数据的完整概率分布模式检测差异表达，能够识别传统方法忽略的多模态特征变化 | NA | 开发稳健的差异表达分析方法，检测单细胞数据中更细微的表达变化 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱流式细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | 基于核的评分检验 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 2891 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011505
PMID:40694594
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基底上皮细胞的基因调控网络 | 首次在P4HA1敲除小鼠乳腺中应用单细胞网络推断方法结合SCENIC流程构建基因调控网络 | 单细胞数据固有的技术挑战 | 研究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其与乳腺癌的关联 | 对照组和P4HA1敲除小鼠的乳腺基底上皮细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | SCENIC | 单细胞转录组数据 | 两组小鼠（对照组5Ht和P4HA1敲除组6Ho） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2892 | 2025-10-06 |
Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges
2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18070961
PMID:40732251
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综述 | 本文系统分析乳腺癌休眠研究现状，整合研究空白并提出转化医学优先方向 | 提出整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的研究框架，强调巨噬细胞靶向治疗和休眠特异性临床试验 | 现有研究数据存在矛盾，模型系统不完善，缺乏可靠生物标志物 | 解析乳腺癌休眠机制并推动临床转化研究 | 播散性肿瘤细胞（DTCs）和肿瘤微环境 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算分析 | 人源化长期模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2893 | 2025-10-06 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
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研究论文 | 本研究揭示了THRSP+肝细胞通过MIF介导与CD74+脂质相关巨噬细胞在肝脏门静脉区的相互作用驱动MASH进展的机制 | 首次发现THRSP通过促进肝内新生脂肪生成和抑制FASN泛素化来驱动MASH进展，并阐明MIF介导的肝细胞与巨噬细胞空间串扰机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究 | 探究代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)进展的空间分区机制 | MASH小鼠模型和MASH患者肝脏组织 | 空间转录组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 空间转录组学, CellPhoneDB分析, 基因过表达/敲除实验 | NA | 空间转录组数据, 基因表达数据 | MASH小鼠和患者肝脏样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2894 | 2025-10-06 |
MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT
2025-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60295-2
PMID:40450001
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研究论文 | 开发用于单细胞RNA测序分析的MACanalyzeR工具，揭示PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织产热扩张中的作用 | 开发了专门用于单核细胞/巨噬细胞代谢谱分析的scRNAseq工具MACanalyzeR，并首次发现Pparg脂质相关巨噬细胞通过分泌GDF15调节棕色脂肪组织稳态 | 研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性动物或人类样本 | 探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能和代谢调节中的作用机制 | 肥胖雄性小鼠模型（db/db和高脂饮食喂养小鼠）的棕色脂肪组织 | 单细胞转录组学 | 肥胖代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两种肥胖小鼠模型（db/db和高脂饮食喂养小鼠） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2895 | 2025-10-06 |
High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.09.642133
PMID:40161839
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研究论文 | 通过CRISPRi筛选和单细胞RNA测序系统研究阿尔茨海默病GWAS变异如何调控人类小胶质细胞炎症反应 | 首次将CRISPRi筛选与单细胞RNA测序结合，系统鉴定AD遗传风险因子对小胶质细胞炎症状态的调控功能 | 研究主要基于hiPSC衍生的小胶质细胞模型，可能无法完全反映体内真实情况 | 系统研究阿尔茨海默病GWAS变异对人类小胶质细胞炎症反应的遗传调控机制 | hiPSC衍生的小胶质细胞和119个AD GWAS风险位点 | 功能基因组学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR抑制筛选, CROP-seq, 单细胞RNA测序 | CRISPRi, 单细胞转录组分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 119个AD GWAS风险位点的功能筛选 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2896 | 2025-10-06 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
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研究论文 | 本研究通过食蟹猴模型揭示慢性酒精摄入增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力 | 首次在灵长类动物模型中证实慢性酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究仅使用食蟹猴模型，尚未在人类中验证；样本规模有限 | 探究慢性酒精摄入如何影响造血干细胞和祖细胞向破骨细胞的分化能力 | 食蟹猴的造血干细胞和祖细胞及其分化的破骨细胞前体 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序，光谱流式细胞术，TRAP染色 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 食蟹猴模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2897 | 2025-10-06 |
Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1611951
PMID:40741331
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研究论文 | 通过空间转录组学分析肝细胞癌肿瘤巢中心与边缘区域肿瘤细胞的转录组和基因组特征差异 | 首次在空间维度系统比较肝细胞癌肿瘤巢中心与边缘区域的转录组异质性和拷贝数变异特征 | 样本量较小（8例患者，19个样本），仅基于空间转录组数据 | 探究肝细胞癌肿瘤巢空间异质性的生物学特征 | 肝细胞癌患者的肿瘤巢和肝纤维化结节 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学，拷贝数变异分析，基因本体富集分析 | inferCNV | 空间转录组数据，病理组织切片 | 8例肝细胞癌患者的19个空间转录组样本，包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2898 | 2025-10-06 |
Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1499121
PMID:40741411
|
研究论文 | 通过生物信息学分析STC1表达与胃癌免疫浸润的关系 | 首次系统评估STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润和T细胞耗竭的关联 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证 | 评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力 | 胃癌组织和癌旁组织 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序, ssGSEA, TIMER, GSEA | Cox回归分析 | 基因表达数据 | TCGA-STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2899 | 2025-10-06 |
Identification of CTSC-driven progression in ESCC by single-cell sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1585139
PMID:40740774
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研究论文 | 通过单细胞测序和实验验证识别CTSC在食管鳞癌进展中的驱动作用 | 整合三个单细胞数据集揭示食管鳞癌恶性细胞亚型与凋亡途径的关联，首次发现CTSC基因表达与免疫治疗耐药性相关 | 样本量相对有限（18个样本），需要在更大队列中验证CTSC的预后价值 | 研究食管鳞癌肿瘤微环境并构建基于凋亡相关基因的风险特征模型 | 食管鳞癌患者组织样本和细胞系 | 数字病理学 | 食管鳞癌 | 单细胞测序, 免疫组化, 体外实验, 体内实验 | COX回归风险模型, 伪时间分析 | 单细胞RNA测序数据, 免疫组化图像, 实验数据 | 18个样本共92,714个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2900 | 2025-10-06 |
Identification of a stromal immunosuppressive barrier orchestrated by SPP1+/C1QC+ macrophages and CD8+ exhausted T cells driving gastric cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618591
PMID:40740771
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，揭示了胃癌中由SPP1+/C1QC+巨噬细胞和CD8+耗竭T细胞主导的基质免疫抑制屏障 | 首次在胃癌中发现由特定巨噬细胞亚群和耗竭T细胞协同形成的免疫抑制屏障网络，并揭示了MIF信号轴在其中起关键作用 | 研究队列规模有限，需要更大样本验证；机制研究仍需进一步实验证实 | 探索胃癌免疫治疗抵抗的细胞相互作用网络和分子机制 | 胃癌患者免疫细胞及其相互作用网络 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,免疫荧光 | 无监督聚类分析 | 基因表达数据,空间分布数据 | NFHGC队列（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |