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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2861 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice
2025-Sep, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70035
PMID:40415727
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示HDAC抑制剂通过调节小胶质细胞动态发挥抗缺血性脑卒中保护作用 | 首次结合空间转录组学和3D形态重建技术,阐明HDAC抑制剂对小胶质细胞表型和空间分布的调控机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究HDAC抑制剂调控小胶质细胞在缺血性脑卒中中的保护机制 | 小鼠缺血性脑卒中模型中的小胶质细胞 | 空间转录组学 | 缺血性脑卒中 | 空间转录组学,3D形态重建 | NA | 空间转录组数据,形态学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2862 | 2025-10-06 |
Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion
2025-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383
PMID:40614878
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综述 | 本文综述了胶质母细胞瘤中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响 | 聚焦于灌注作为胶质母细胞瘤空间异质性的关键决定因素,系统阐述了其对肿瘤微环境和治疗抵抗的影响机制 | 作为综述文章,主要基于现有文献分析,缺乏原始实验数据验证 | 探讨灌注驱动的差异如何影响胶质母细胞瘤的瘤内异质性,特别关注免疫调节和治疗抵抗方面 | 胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境,包括癌细胞、免疫细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
2863 | 2025-10-06 |
Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis
2025-Aug, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007
PMID:40280274
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析和机器学习框架开发了基于鼻液和血清蛋白质表达的无创诊断模型,用于2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的诊断 | 首次结合蛋白质组学与机器学习方法,基于鼻液和血清样本开发了2型鼻息肉的无创诊断模型,并识别出关键生物标志物 | 样本量相对有限(82例患者),需要更大规模的研究验证模型的普适性 | 系统评估鼻液和血清中蛋白质表达对2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的预测价值 | 82例慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 邻近延伸分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量聚合酶链反应 | 机器学习(LASSO回归) | 蛋白质表达数据、RNA测序数据 | 82例患者 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析 | NA | NA |
2864 | 2025-10-06 |
CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β
2025-Aug, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-025-01299-2
PMID:40461701
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制 | 首次发现单核细胞通过细胞间接触和膜结合TGF-β依赖的方式促进记忆CD8 T细胞分化,揭示了CD8 T细胞命运决定的空间机制 | 研究主要聚焦于急性感染模型中的脾脏环境,其他组织或慢性感染中的机制尚不明确 | 探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间决定因素 | CD8 T细胞、单核细胞、树突状细胞 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
2865 | 2025-10-06 |
Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk
2025-Aug, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009
PMID:40514331
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研究论文 | 通过整合外显子组测序和机器学习方法,识别出MICB和干扰素通路基因是系统性硬化症的风险因素 | 开发了进化行动-机器学习框架,整合多种基因组学数据识别新的蛋白质编码变异和致病通路 | 研究主要基于高加索人群,需要在其他人群中验证 | 识别系统性硬化症的新的遗传风险因素和致病机制 | 系统性硬化症患者和健康对照 | 机器学习 | 系统性硬化症 | 外显子组测序, 单细胞RNA测序, 表达数量性状位点分析 | 机器学习 | 基因组数据, 转录组数据 | 发现队列2,559例患者和893例对照,验证队列9,846例患者和18,333例对照 | NA | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2866 | 2025-10-06 |
From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis
2025-Aug, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755
PMID:40582138
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综述 | 本文综述了固氮植物根瘤器官发生的分子调控机制及其与侧根发育的进化关系 | 通过比较根瘤与侧根发育的调控网络,揭示器官特异性进化的分子基础,并整合单细胞转录组等新兴技术 | 主要聚焦于豆科植物蝶形花亚科,可能不适用于其他固氮植物类群 | 探索固氮共生中根瘤器官发生的调控机制及其进化起源 | 固氮植物根瘤器官发育过程 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学 | NA | 基因表达数据、成像数据、进化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
2867 | 2025-10-06 |
The Critical Role of APOE+ Macrophages in the Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinoma
2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70731
PMID:40736341
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的关键作用,并开发了相关的风险预测模型 | 首次系统阐明APOE+巨噬细胞通过MIF信号通路塑造免疫抑制微环境的机制,并开发了具有最高预后准确度的风险模型 | NA | 阐明APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的免疫调节功能及临床意义 | 肺腺癌肿瘤微环境中的APOE+巨噬细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞转录组测序, 多重免疫荧光分析, 机器学习 | RSF, Ridge | 单细胞转录组数据, 突变谱数据, 免疫组化数据 | 7个公共队列和3个前瞻性免疫治疗队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2868 | 2025-10-06 |
Lymph-node-derived stem-like but not tumor-tissue-resident CD8+ T cells fuel anticancer immunity
2025-Aug, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02219-2
PMID:40730900
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和遗传小鼠模型系统解析了肿瘤和引流淋巴结中CD8+ T细胞的异质性与功能 | 发现淋巴结来源的干细胞样CD8+ T细胞而非肿瘤组织驻留细胞驱动抗肿瘤免疫,并揭示TGFβ在限制干细胞样T细胞丰度中的核心作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类癌症中的发现需要进一步验证 | 阐明不同类型CD8+ T细胞在肿瘤控制和免疫检查点阻断治疗中的相对贡献 | 肿瘤和肿瘤引流淋巴结中的细胞毒性T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2869 | 2025-10-06 |
Use of integrated spatial transcriptomics and histopathological analysis in adamantinomatous craniopharyngiomas to identify stromal cells as a new cellular source of leukemia inhibitory factor
2025-Aug-01, Journal of neurosurgery
IF:3.5Q1
DOI:10.3171/2025.4.JNS243146
PMID:40749237
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和组织病理学分析,首次确认颅咽管瘤中白血病抑制因子的细胞来源为肿瘤微环境中的基质细胞 | 首次发现颅咽管瘤中LIF主要来源于肿瘤微环境基质细胞,而非传统认知的上皮细胞 | 样本量相对有限(39例),需要更大规模研究验证 | 探究颅咽管瘤中LIF的空间分布、细胞来源及其生物学功能 | 39例颅咽管瘤患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 颅咽管瘤 | 单细胞测序,空间转录组分析,免疫组织化学,免疫荧光分析 | NA | 转录组数据,组织图像,临床数据 | 39例颅咽管瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
2870 | 2025-10-06 |
Dysregulation of Rho-Associated Coiled-Coil Protein Kinase1 Depletes Neural Stem Cell Pool and Impairs Hippocampal Neurogenesis After Traumatic Brain Injury
2025-Aug-01, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70093
PMID:40749978
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了创伤性脑损伤后海马神经干细胞池耗竭的分子机制,发现ROCK1信号通路异常是导致神经发生受损的关键因素 | 首次发现ROCK1在创伤性脑损伤后神经干细胞池动态变化中的关键调控作用,并阐明ROCK1-AKT信号轴在成人海马神经发生中的单向调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化需要进一步验证 | 探究创伤性脑损伤后海马神经发生受损的分子机制 | 小鼠海马神经干细胞 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲除,药理学抑制 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2871 | 2025-10-06 |
Exploring the Genetic Landscape of Psoriatic Arthritis: A Narrative Review of Recent Genomic Studies
2025-Aug-01, The Journal of rheumatology
IF:3.6Q2
DOI:10.3899/jrheum.2025-0273
PMID:40750314
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综述 | 本文综述了银屑病关节炎基因组学领域的最新研究进展 | 聚焦于可能具有临床意义的基因组变异,探讨单细胞测序和空间组学等新兴技术在银屑病关节炎研究中的应用 | 目前尚无用于银屑病关节炎管理的基因检测方法 | 推进银屑病关节炎的分层、预后和药物基因组学研究 | 银屑病关节炎患者 | 基因组学 | 银屑病关节炎 | NGS, 单细胞测序, 空间组学, 转录谱分析 | NA | 基因组数据 | 大规模基因组数据集 | NA | 单细胞测序, 空间组学 | NA | NA |
2872 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the functions of TREM2high macrophages and infarct border dynamics post-myocardial infarction
2025-Aug-01, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05317-9
PMID:40750734
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA测序技术,研究心肌梗死后TREM2高表达巨噬细胞的功能和梗死边界区动态变化 | 首次整合单细胞和空间转录组学揭示TREM2高表达巨噬细胞在心肌梗死修复中的关键作用及时空动态 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究心肌梗死后细胞和分子动态变化机制 | 心肌梗死小鼠模型、AC16心肌细胞、THP-1来源的M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫组化, 免疫荧光, 流式细胞术 | Milo, Monocle2, CellPhoneDB, NicheNet, SCENIC | 基因表达数据, 空间定位数据, 图像数据 | 小鼠心肌梗死和缺血再灌注模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
2873 | 2025-08-03 |
Correction: Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Aug-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11923-0
PMID:40750841
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2874 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Revealed the Immune Microenvironment Reprogramming by Dexmedetomidine Treatment in Ischemic Stroke
2025-Aug-01, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05237-1
PMID:40751033
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示右美托咪定通过HK2介导的小胶质细胞代谢重编程维持免疫微环境稳态,从而保护脑缺血再灌注损伤 | 首次结合单细胞RNA测序、转录组学和代谢组学多组学方法,发现右美托咪定通过HK2调控小胶质细胞代谢重编程的神经保护新机制 | 研究主要基于小鼠MCAO模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究右美托咪定在缺血性脑卒中中的神经保护作用机制 | 大脑中动脉闭塞模型小鼠和氧糖剥夺模型 | 单细胞组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA-seq, RNA-seq, 代谢组学, 多组学整合分析 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据, 转录组数据 | MCAO模型小鼠实验组和PBS对照组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2875 | 2025-10-06 |
Dual-expression (primitive enterocyte phenotype and neuroendocrine differentiation) gastric adenocarcinoma: the unique high-aggressive subtype
2025-Aug-01, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04191-6
PMID:40751090
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研究论文 | 本研究识别并表征了胃腺癌中同时表达原始肠上皮细胞表型和神经内分泌分化的独特高侵袭性亚型 | 首次系统描述了胃腺癌中双重表达亚型的临床病理特征,发现其具有独特的侵袭行为和分子特征 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 阐明双重表达胃腺癌亚型的临床病理特征和分子特性 | 胃腺癌患者组织样本和胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | 免疫组织化学,单细胞RNA测序,体外实验 | NA | 组织样本,细胞系,测序数据 | 186例GAPEP患者(77例DEGA,109例nDEGA) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2876 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines
2025-Jul-31, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00803-1
PMID:40738893
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性 | 首次在单细胞水平揭示CDK4/6抑制剂耐药标志物存在显著的细胞系内和细胞系间异质性,并在临床试验中验证了这一发现 | 研究基于细胞系模型,需要在更多临床样本中进一步验证 | 探究CDK4/6抑制剂耐药机制及生物标志物异质性 | 七种luminal乳腺癌细胞系及其palbociclib耐药衍生物,FELINE临床试验样本 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生物,FELINE临床试验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2877 | 2025-10-06 |
Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells
2025-Jul-31, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287
PMID:40749611
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研究论文 | 本研究揭示异丹叶大黄素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老,从而缓解肺纤维化 | 首次发现异丹叶大黄素通过上调PRDX2表达抑制氧化应激诱导的细胞衰老,为肺纤维化治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型和细胞系,尚未进行临床试验验证 | 探究异丹叶大黄素治疗特发性肺纤维化的分子机制 | 肺泡上皮细胞和肺纤维化组织 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 网络药理学,蛋白质组学,分子对接,DARTS检测,LC-MS/MS,单细胞测序 | NA | 蛋白质组数据,单细胞测序数据 | 博来霉素诱导的小鼠模型和TGF-β处理的BEAS-2B细胞 | NA | 单细胞测序,蛋白质组学 | NA | NA |
2878 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2025-Jul-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03294-5
PMID:40736630
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研究论文 | 本研究构建并验证了基于胆固醇代谢基因的前列腺癌预后特征模型 | 整合单细胞和bulk RNA测序数据构建胆固醇代谢基因预后特征,并探索其与生物学通路、免疫景观和药物敏感性的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 构建胆固醇代谢基因相关的预后特征以预测前列腺癌患者预后 | 前列腺腺癌患者 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | TCGA前列腺癌数据集和三个外部验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
2879 | 2025-10-06 |
Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma
2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03518-z
PMID:40739271
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术全面解析脑出血患者血肿和血液样本中的免疫细胞景观 | 首次从脑出血患者血肿样本中获取免疫细胞进行单细胞转录组分析,揭示了Toll样受体4在免疫炎症和代谢中的作用 | 样本量较小(4名患者和3名健康对照),需要更大规模研究验证发现 | 研究脑出血患者免疫细胞的转录特征和动态炎症过程 | 脑出血患者的血肿和血液样本,以及健康志愿者的血液样本 | 单细胞组学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序 | 细胞轨迹推断,细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 4名脑出血患者和3名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2880 | 2025-10-06 |
CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning
2025-Jul-30, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02337-1
PMID:40739511
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研究论文 | 提出一种基于多领域学习的CanCellCap框架,用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞 | 整合领域对抗学习和专家混合模型,能够同时提取不同组织中癌细胞和正常细胞的通用和特异性基因表达模式,并通过掩码重建策略适应不同测序平台 | NA | 开发一个能够在不同组织、癌症类型和测序平台上稳健识别癌细胞的通用框架 | 单细胞RNA测序数据中的癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 多领域学习框架,包含领域对抗学习和专家混合模型 | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的基准数据集上进行评估 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |