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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2801 | 2025-10-06 |
Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics
2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.611566
PMID:39314329
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和免疫组化技术揭示了阿尔茨海默病患者大脑中淀粉样斑块与周围胶质细胞相互作用的分子机制 | 首次结合空间转录组学和免疫组化技术系统解析人类AD大脑中斑块-胶质细胞微环境的转录组特征 | 研究样本为死后脑组织,无法观察疾病动态过程;样本量相对有限 | 探究阿尔茨海默病患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用机制 | 21名个体的78个死后脑切片,共258,987个空间转录组位点 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,免疫组化,iPSC衍生微胶质细胞模型 | NA | 空间转录组数据,免疫组化图像 | 21名个体的78个脑切片,258,987个ST位点 | NA | 空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
2802 | 2025-10-06 |
PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions
2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610564
PMID:39257799
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研究论文 | 开发用于空间转录组学实验中差异表达基因检测统计功效估计的工具PoweREST | 首个专门针对空间转录组学数据差异表达基因检测的统计功效计算工具 | 目前仅支持10X Genomics Visium数据,尚未扩展到其他空间转录组技术平台 | 解决空间转录组学实验中统计功效计算缺失的问题 | 空间转录组学数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计功效计算模型 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium空间转录组技术 |
2803 | 2025-10-06 |
Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609013
PMID:39229208
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研究论文 | 本研究揭示迷走神经TRPV1+感觉神经元通过调控髓系细胞动态和免疫病理来保护宿主免受甲型流感病毒感染 | 首次发现迷走神经TRPV1+伤害性感受器通过调控髓系细胞反应而非直接影响病毒载量来促进流感病毒感染后的生存 | 未明确TRPV1神经元调控髓系细胞反应的具体分子机制 | 探究迷走神经TRPV1+感觉神经元在肺部抗病毒防御中的作用机制 | 小鼠模型和甲型流感病毒(IAV) | 免疫学 | 流感病毒感染 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2804 | 2025-10-06 |
The Extracellular Niche and Tumor Microenvironment Enhance KRAS Inhibitor Efficacy in Pancreatic Cancer
2024-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2504
PMID:38294344
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研究论文 | 本研究评估KRASG12D抑制剂MRTX1133在胰腺癌治疗中的疗效,并发现细胞外微环境和肿瘤微环境可增强其治疗效果 | 发现ITGB1可作为增强KRAS抑制剂疗效的靶点,揭示3D培养和体内模型中疗效更佳,首次证明KRAS抑制通过调节免疫微环境引发肿瘤消退 | 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证 | 评估KRAS抑制剂在胰腺癌治疗中的疗效及作用机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞系、患者来源异种移植模型、同系肿瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | CRISPR-Cas9筛选、数字空间分析、单细胞测序、多光谱成像 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、单细胞测序数据 | PDAC细胞系面板、患者来源异种移植模型、同系肿瘤模型 | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
2805 | 2025-10-06 |
Osteosarcoma Cells Secrete CXCL14 That Activates Integrin α11β1 on Fibroblasts to Form a Lung Metastatic Niche
2024-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1307
PMID:38295227
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤细胞通过分泌CXCL14激活成纤维细胞整合素α11β1形成肺转移生态位的机制 | 首次发现CXCL14通过激活成纤维细胞整合素α11β1促进肺转移生态位形成,并证明靶向该轴可抑制转移 | 研究主要关注初治骨肉瘤样本,未涉及治疗后或复发样本 | 探究骨肉瘤肺转移生态位的形成机制及潜在治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、成纤维细胞、肺转移生态位 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2806 | 2025-10-06 |
Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate
2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery
IF:1.0Q3
DOI:10.1097/SCS.0000000000009782
PMID:38049149
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示全反式维甲酸诱导腭裂中巨噬细胞的激活机制 | 首次在单细胞水平系统描绘atRA诱导腭裂的细胞图谱,发现髓系细胞特别是M1样巨噬细胞的显著激活 | 研究仅针对小鼠胚胎第16.5天的腭组织,未涵盖其他发育阶段 | 探究atRA诱导腭裂的细胞分子机制 | 小鼠胚胎腭组织 | 单细胞转录组学 | 腭裂 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | atRA暴露组和正常组小鼠胚胎腭组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2807 | 2025-10-06 |
Single-cell eQTL Mapping Reveals Cell Subtype-specific Genetic Control and Mechanism in Malignant Transformation of Colorectal Cancer
2025-Aug-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1561
PMID:40029140
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研究论文 | 通过单细胞eQTL图谱揭示结直肠癌恶性转化过程中细胞亚型特异性遗传调控机制 | 构建首个结直肠癌单细胞eQTL图谱,发现76%的sc-eQTL具有细胞类型特异性,且通过多基因风险评分显著改善结直肠癌风险预测 | NA | 解析结直肠癌恶性转化过程中的细胞亚型特异性遗传调控机制 | 142个多阶段结直肠癌样本 | 单细胞基因组学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,单细胞多组学数据 | 751,531个单细胞转录组,142个多阶段样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
2808 | 2025-10-06 |
Unraveling Liver Cirrhosis: Bridging Pathophysiology to Innovative Therapeutics
2025-Aug-03, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.70037
PMID:40754005
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综述 | 本文综述了肝硬化的病理生理机制及创新治疗策略的最新研究进展 | 整合了单细胞转录组学、空间生物学和人工智能等前沿技术对肝硬化异质性的新认识,并探讨了微生物组调节、抗纤维化药物和再生医学等创新疗法 | 作为综述文章,未报告原始研究数据,主要基于现有文献进行整合分析 | 探讨肝硬化的病理生理机制并评估创新治疗策略 | 肝硬化及其相关病理过程 | 医学研究 | 肝硬化 | 单细胞转录组学、空间生物学、弹性成像、液体活检、人工智能建模 | 计算模型 | 文本综述 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
2809 | 2025-10-06 |
Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia
2025-Aug, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009
PMID:40517485
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现BHLHE40和NDRG1是调控先兆子痫中滋养细胞衰老的关键分子 | 首次通过整合单细胞RNA测序、ChIP检测和转录组数据分析,揭示BHLHE40和NDRG1在滋养细胞衰老中的关键调控作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验验证,需要进一步在体功能验证 | 探索先兆子痫中滋养细胞衰老的分子机制和关键调控靶点 | 先兆子痫患者胎盘组织、LPS诱导的先兆子痫大鼠模型和体外培养的滋养细胞 | 单细胞测序分析 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序, ChIP检测, 转录组测序, WGCNA分析 | 列线图模型 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)和实验验证样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
2810 | 2025-10-06 |
Single-Cell Omics Analysis Reveals Immunological Dysregulation in COVID-19 and HIV: Identifying a Shared Abnormality of B Cell Activation via the Unfolded Protein Response and Diagnostic Biomarkers Using Machine Learning Algorithms
2025-Aug, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70538
PMID:40757697
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示COVID-19和HIV患者B细胞中未折叠蛋白反应通路的异常激活,并开发机器学习诊断模型 | 首次在单细胞水平发现COVID-19和HIV共享的B细胞未折叠蛋白反应通路异常激活机制 | 分子机制仍需进一步深入研究 | 探究COVID-19和HIV共存时疾病加重的分子机制 | COVID-19和HIV感染患者的外周血细胞 | 单细胞组学 | COVID-19, HIV | 单细胞转录组测序 | 机器学习诊断模型 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2811 | 2025-10-06 |
Preliminary Study on GZMA- and GSDMB-Associated Pyroptosis and CD8+ T Cell-Mediated Immune Evasion in Skin Cutaneous Melanoma
2025-Jul-31, Current topics in medicinal chemistry
IF:2.9Q3
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研究论文 | 本研究探讨皮肤黑色素瘤中GZMA和GSDMB相关焦亡及CD8+ T细胞介导的免疫逃逸机制 | 首次在单细胞水平揭示CD8+ T细胞通过GZMA蛋白与黑色素瘤细胞相互作用促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 未检测到显著焦亡相关差异表达基因,焦亡通路在肿瘤组未被激活 | 基于焦亡特征揭示皮肤黑色素瘤的发病机制 | 皮肤黑色素瘤患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR, CCK-8, 伤口愈合实验, Transwell实验 | 差异表达分析, 基因集富集分析, 细胞通讯分析 | 基因表达数据, 临床信息 | TCGA和GEO数据库中的SKCM患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2812 | 2025-10-06 |
Traditional medicine Kuanxiong Aerosol alleviates atherosclerotic plaque inflammation by mitigating CX3CR1+ macrophage apoptosis via the cGAS-STING pathway
2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157120
PMID:40753933
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研究论文 | 本研究探讨宽胸气雾剂通过cGAS-STING通路减轻CX3CR1+巨噬细胞凋亡,从而缓解动脉粥样硬化斑块炎症的作用机制 | 首次揭示宽胸气雾剂对巨噬细胞亚群的调控作用及其抗凋亡功能 | NA | 探索宽胸气雾剂治疗动脉粥样硬化的潜力及其作用机制 | ApoE-/-小鼠模型 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,超高效液相色谱-高分辨质谱,生物信息学分析,分子对接 | NA | 基因表达数据,质谱数据,组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2813 | 2025-10-06 |
Analyses of Nogo-Family Genes in Mouse and Human Microglia Omics Datasets Identify LINGO1 as a Candidate Drug Target in Alzheimer's Disease
2025-Jul-30, Current neuropharmacology
IF:4.8Q1
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研究论文 | 通过分析小鼠和人类小胶质细胞组学数据,探索Nogo家族基因表达模式并鉴定LINGO1作为阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 首次发现LINGO1在人类AD小胶质细胞中高度富集,并系统分析了Nogo信号系统在小胶质细胞中的表达特征 | 研究主要基于公开数据集,需要进一步实验验证功能机制 | 探索Nogo家族基因在小胶质细胞中的表达模式及其在阿尔茨海默病中的作用 | 小鼠和人类小胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序,RNA-seq,RiboTag翻译谱分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 整合21个人类脑细胞单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | CZ CellxGene Discover | 用于整合分析21个单细胞测序数据集的工具平台 |
2814 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics: Technical Advances, Applications and Challenges in Cancer Drug Discovery
2025-Jul-30, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
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综述 | 本文全面概述单细胞RNA测序技术在癌症药物发现中的技术进展、应用与挑战 | 重点强调单细胞转录组学在解析肿瘤异质性和识别药物靶点方面的创新应用 | 讨论了单细胞RNA测序技术当前面临的技术挑战 | 促进读者对单细胞测序的理解,启发肿瘤药物开发新思路 | 癌症药物发现过程 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2815 | 2025-10-06 |
Renin Cells Drive Kidney Neurovascular Development and Arterial Remodeling when Renin Activity is Deficient
2025-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.08.663706
PMID:40672316
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研究论文 | 本研究通过新型超亮肾素细胞特异性报告小鼠模型,揭示了肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的关键作用 | 开发了超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠模型,首次实现了对稀有肾素细胞(仅占肾脏细胞0.01%)与神经纤维相互作用的3D可视化 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的功能机制 | 肾素细胞、肾脏神经纤维、动脉血管 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 高分辨率3D成像 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 影像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2816 | 2025-10-06 |
Comparative ScRNA-Seq Profiling of Antigen-Specific CD4+ T cells in Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy Reveals Intersecting Signatures of Rejection and Tolerance
2025-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.06.663404
PMID:40672265
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较半同种异体移植和妊娠中抗原特异性CD4+ T细胞的转录特征,揭示排斥和耐受的交叉特征 | 首次系统比较移植和妊娠模型中供体特异性CD4+ T细胞的单细胞转录组特征,发现排斥和成功妊娠中激活的滤泡和非滤泡效应表型存在显著重叠 | 研究基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步研究 | 探究移植和妊娠免疫中抗原特异性CD4+ T细胞在排斥和耐受状态下的转录特征 | 供体特异性CD4+ T细胞(包括常规T细胞和调节性T细胞) | 免疫学 | 移植免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(包括naïve或父系皮肤致敏妊娠模型、同种异体心脏移植模型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2817 | 2025-10-06 |
Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level
2025-Jul, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15239
PMID:39737843
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性 | 首次在单细胞水平揭示成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性,发现线粒体编程和糖酵解的变异是肿瘤细胞代谢特征的主要贡献者 | 仅分析了3例患者样本,样本量较小;研究主要基于计算分析框架 | 表征成釉细胞瘤在单细胞分辨率下的代谢异质性 | 成釉细胞瘤肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 成釉细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析 | 单细胞转录组数据 | 3例AB供体的17,284个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2818 | 2025-10-06 |
CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study
2025-Jul, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15266
PMID:39962879
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色揭示了口腔扁平苔藓中CCL19+成纤维细胞通过促进三级淋巴结构形成加剧疾病严重性的机制 | 首次在口腔扁平苔藓中发现CCL19+成纤维细胞在三级淋巴结构形成中的关键作用,并阐明其通过淋巴毒素激活促进T细胞趋化的机制 | 回顾性研究设计,样本量有限 | 阐明口腔扁平苔藓中适应性免疫的启动机制,特别关注诱导性三级淋巴结构和基质-免疫微环境的作用 | 口腔扁平苔藓患者 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 口腔扁平苔藓患者回顾性临床数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2819 | 2025-10-06 |
Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G(r): A Scalable Alternative to Permutations
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.11.659088
PMID:40666920
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研究论文 | 提出一种无需排列检验即可计算最近邻G(r)函数完全空间随机性的解析解方法 | 提供了最近邻G(r)函数样本特异性完全空间随机性的均值和方差的闭式解析解 | NA | 开发快速可重复的空间分析方法,避免计算昂贵的排列检验 | 空间点模式分析中的最近邻分布 | 空间分析 | 肾细胞癌 | 多重免疫荧光,空间分析 | 解析解方法 | 空间点数据,图像数据 | 模拟样本30个点,真实透明细胞肾细胞癌样本 | NA | 多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | NA |
2820 | 2025-10-06 |
Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.12.659348
PMID:40667206
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术研究非人灵长类动物结核病肉芽肿中巨噬细胞的空间分布和功能多样性 | 首次在早期结核病非人灵长类模型中揭示巨噬细胞在肉芽肿内的空间特异性分布模式及其与结核分枝杆菌感染的关联 | 研究仅限于早期结核病阶段和非人灵长类动物模型,结果可能不完全适用于人类疾病进展 | 探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其空间分布特征 | 非人灵长类动物肺组织和结核病肉芽肿中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 非人灵长类动物肺组织和肉芽肿样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |