单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 28581 - 28600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 28581 | 2024-08-09 |
Uncovering cellular networks in branching morphogenesis using single-cell transcriptomics
2021, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2020.09.004
PMID:33820623
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术研究分支形态发生中的细胞网络 | 介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分支器官研究中的应用进展，特别是在空间转录组学、分化轨迹的计算重建以及与谱系追踪的整合方面的进展 | 讨论了应用这些技术研究分支器官的可能性和局限性 | 探讨单细胞RNA测序在哺乳动物器官分支形态发生和分化研究中的应用 | 重点研究了肺、肾和乳腺等分支器官 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28582 | 2024-08-09 |
Single Cell Transcriptome Data Analysis Defines the Heterogeneity of Peripheral Nerve Cells in Homeostasis and Regeneration
2021, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2021.624826
PMID:33828460
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研究论文 | 本研究通过重新分析已发表的单细胞RNA测序数据集，重新定义了完整和受伤小鼠周围神经细胞的异质性 | 本研究首次发现并分类了周围神经中的多种细胞类型，包括未被报道的中性粒细胞集群，并揭示了细胞间潜在的通信信号 | NA | 旨在更准确地定义选定组织中细胞类型的异质性 | 完整和受伤的小鼠周围神经细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28583 | 2024-08-09 |
Insights Into Human Intrahepatic NK Cell Function From Single Cell RNA Sequencing Datasets
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.649311
PMID:33828559
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综述 | 本文通过单细胞RNA测序数据探讨了人肝内NK细胞的新功能 | 利用单细胞RNA测序技术详细分析了肝内NK细胞的转录组特征，并识别了与肝内NK细胞群相关的上调和下调基因 | 需要验证这些受体在肝内NK细胞上的表达及其在人肝脏中的细胞间相互作用 | 探索人肝内NK细胞的多样性和潜在功能 | 人肝内NK细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28584 | 2024-08-09 |
Evaluating the Reproducibility of Single-Cell Gene Regulatory Network Inference Algorithms
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.617282
PMID:33828580
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研究论文 | 本文评估了六种单细胞基因调控网络推断算法的可重复性 | 首次基于真实数据评估单细胞网络推断算法的可重复性，并考虑了网络中多达100,000个链接 | 研究仅限于三种生物条件下的数据，且依赖于特定的算法和数据集 | 评估单细胞基因调控网络推断算法的可重复性 | 六种单细胞网络推断算法在三种生物条件下的表现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | 涉及人类视网膜、结直肠癌中的T细胞和人类造血系统三种生物条件的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 28585 | 2024-08-09 |
Prognostic Implication of the Expression Level of PECAM-1 in Non-small Cell Lung Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.587744
PMID:33828969
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中PECAM-1的表达水平及其对预后的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和免疫组织化学实验验证PECAM-1在非小细胞肺癌中的表达与患者生存率的关系 | 样本量较小，仅包括30例术后肺癌患者 | 探讨非小细胞肺癌中PECAM-1表达水平对患者预后的影响 | 非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 30例术后肺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 28586 | 2024-08-09 |
A Comparison for Dimensionality Reduction Methods of Single-Cell RNA-seq Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.646936
PMID:33833778
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研究论文 | 本文比较了10种降维方法在单细胞RNA测序数据中的稳定性、准确性和计算成本 | 开发了一种策略来评估降维方法的性能，并提供了用户建议 | 需要根据具体情况设置非线性模型和神经网络降维方法的超参数 | 评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据的降维方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | t-SNE, UMAP | 测序数据 | 30个模拟数据集和5个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 28587 | 2024-08-09 |
Using RNentropy to Detect Significant Variation in Gene Expression Across Multiple RNA-Seq or Single-Cell RNA-Seq Samples
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_6
PMID:33835439
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于信息论的方法RNentropy，用于检测RNA-Seq数据中跨多个样本和条件的基因表达显著变化 | RNentropy方法能够克服现有方法仅限于成对比较的限制，适用于任意数量样本和条件的基因表达显著变化检测 | NA | 开发一种新的方法来检测跨多个样本和条件的基因表达显著变化 | RNA-Seq数据中的基因表达变化 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 多个样本和条件 | NA | NA | NA | NA |
| 28588 | 2024-08-09 |
Computational Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_16
PMID:33835449
|
研究论文 | 本文介绍了单细胞RNA测序数据集的聚类和标记物检测步骤 | NA | NA | 研究单细胞RNA测序数据的分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28589 | 2024-08-09 |
Normalization of Single-Cell RNA-Seq Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_17
PMID:33835450
|
研究论文 | 本文介绍了如何使用R/Bioconductor计算单细胞RNA-seq数据的归一化因子，并比较了几种归一化方法 | 提出了使用数据驱动的方法来评估和选择最佳的归一化方法 | 未提及 | 探讨单细胞RNA-seq数据归一化的方法及其对结果的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 28590 | 2024-08-09 |
Dimensionality Reduction of Single-Cell RNA-Seq Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_18
PMID:33835451
|
研究论文 | 本文描述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中典型的降维工作流程，特别强调了主成分分析、t分布随机邻域嵌入和均匀流形近似与投影的作用 | 本文强调了在处理包含数百万细胞的大型数据集时的计算效率 | NA | 探讨单细胞RNA测序数据分析中的降维方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 主成分分析、t分布随机邻域嵌入、均匀流形近似与投影 | 基因表达数据 | 数百万细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28591 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step Overview
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1307-8_19
PMID:33835452
|
综述 | 本文提供了一个逐步指南，概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的整个标准工作流程，包括读取映射、质量控制、基因表达定量、归一化、特征选择、降维和细胞聚类等步骤 | 本文提出了四个易于新用户使用的scRNA-seq分析流程，并提供了当前可用的单细胞技术概述 | 尽管有大量的分析方法，但缺乏一个通用的标准化流程 | 旨在帮助新手克服进入单细胞RNA测序分析领域的障碍，并扩展单细胞方法在基础科学中的研究潜力 | 单细胞RNA测序数据分析流程和技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28592 | 2024-08-09 |
Correction to: Single-Cell RNA Sequencing of the Adult Mammalian Heart - State of the Art and Future Perspectives
2021-Dec, Current heart failure reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s11897-021-00507-0
PMID:33797708
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28593 | 2024-08-09 |
Fast identification of differential distributions in single-cell RNA-sequencing data with waddR
2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab226
PMID:33792651
|
research paper | 本文提出了一种基于2-Wasserstein距离的快速差异分布检测方法，用于单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异识别 | 该方法能够检测任意类型的分布差异，并通过分解2-Wasserstein距离来解释差异的来源，包括均值、方差和形状的变化 | NA | 开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的复杂分布差异 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异 | bioinformatics | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28594 | 2024-08-09 |
Transcriptome Regulation by Oncogenic ALK Pathway in Mammalian Cortical Development Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2021-07-05, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991)
DOI:10.1093/cercor/bhab058
PMID:33791755
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了致癌ALK通路在哺乳动物大脑皮质发育中的转录组调控作用 | 首次揭示了ALK在哺乳动物大脑发育中的作用，并识别了由ALK调控的不同发育阶段的不同表达基因（DEGs） | NA | 探讨致癌ALK通路在神经发育中的关键作用及其对细胞类型特异性转录组的调控 | ALK在哺乳动物大脑发育中的作用及其对神经细胞的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用人脑类器官进行scRNA-seq分析 | NA | NA | NA | NA |
| 28595 | 2024-08-09 |
Human Primary Airway Basal Cells Display a Continuum of Molecular Phases from Health to Disease in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2021-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2020-0464OC
PMID:33789072
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研究论文 | 本研究优化了基于流式细胞术的细胞分选协议，用于分离人类气道基底细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了从健康到慢性阻塞性肺病（COPD）不同阶段的基底细胞分子特征。 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了健康与COPD患者气道基底细胞的分子连续性，并识别了可能指示COPD的上调基因。 | 研究主要集中在COPD晚期阶段，可能需要进一步研究其他疾病阶段以获得更全面的理解。 | 揭示气道基底细胞在COPD和其他肺部疾病中的作用，并发现新的治疗靶点。 | 人类气道基底细胞及其在健康和COPD中的分子特征。 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自健康捐赠者和COPD IV期患者的气道基底细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 28596 | 2024-08-09 |
Modelling hereditary diffuse gastric cancer initiation using transgenic mouse-derived gastric organoids and single-cell sequencing
2021-07, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5675
PMID:33797756
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研究论文 | 本研究利用转基因小鼠衍生的胃类器官和单细胞测序技术，模拟遗传性弥漫性胃癌（HDGC）的初始阶段。 | 首次通过单细胞RNA测序探索了HDGC小鼠类器官模型中的转录组景观，揭示了CDH1缺失在早期肿瘤发生中的影响。 | NA | 研究CDH1基因缺失如何启动遗传性弥漫性胃癌的机制。 | 遗传性弥漫性胃癌（HDGC）的初始阶段。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28597 | 2024-08-09 |
Single-cell data clustering based on sparse optimization and low-rank matrix factorization
2021-06-17, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkab098
PMID:33787873
|
研究论文 | 本文提出了一种基于稀疏优化和低秩矩阵分解的单细胞RNA测序数据聚类新算法scSO | scSO算法能够准确预测细胞聚类数量，并正确分类大多数细胞 | NA | 开发一种有效的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏优化和低秩矩阵分解 | 基因表达数据 | 多个基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 28598 | 2024-08-09 |
Somatic mutations in lymphocytes in patients with immune-mediated aplastic anemia
2021-05, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-021-01231-3
PMID:33785863
|
研究论文 | 研究了免疫介导性再生障碍性贫血（AA）患者淋巴细胞中的体细胞突变情况 | 首次详细描述了非白血病T细胞中的体细胞突变及其在AA发病机制中的作用 | 样本量相对较小，需要进一步的大规模研究来验证结果 | 探讨体细胞突变在免疫介导性再生障碍性贫血发病机制中的作用 | AA患者的CD4+和CD8+ T细胞 | NA | 再生障碍性贫血 | 定制的2533基因面板测序、T细胞受体beta测序、单细胞测序 | NA | 基因序列 | 24名AA患者和20名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 28599 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics trajectory and molecular convergence of clinically relevant mutations in Brugada syndrome
2021-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00061.2021
PMID:33797273
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了Brugada综合征中临床相关突变的分子汇聚及其与心脏发育细胞类型的关联 | 首次通过单细胞转录组学分析，揭示了Brugada综合征中临床相关突变在离子运输域的富集，并识别了与该综合征病因相关的心脏发育细胞类型 | NA | 评估Brugada综合征中临床相关突变的分子汇聚，并识别与该综合征病因相关的心脏发育细胞类型 | Brugada综合征中的临床相关突变及其在心脏发育中的影响 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 733个突变，涉及16个与Brugada综合征相关的钠、钙、钾通道及调控和结构基因 | NA | NA | NA | NA |
| 28600 | 2024-08-09 |
Independence of chromatin conformation and gene regulation during Drosophila dorsoventral patterning
2021-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00799-x
PMID:33795866
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研究论文 | 本文研究了果蝇胚胎背腹模式形成过程中染色质结构与基因调控的独立性 | 提供了染色质组织与背腹基因表达独立性的证据，并发现组织特异性染色质状态和基因表达下，染色质组织在组织间基本保持不变 | 未明确说明基因表达和染色质状态是否驱动染色质组织，或染色质组织变化是否促进细胞类型特异性基因表达激活 | 探究染色质组织与基因调控之间的关系 | 果蝇胚胎的背腹模式形成 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 未明确说明具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |