单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26361	2024-08-09	Genetic and scRNA-seq Analysis Reveals Distinct Cell Populations that Contribute to Salivary Gland Development and Maintenance 2018-09-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-32343-z PMID:30232460	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和体内遗传谱系追踪技术，详细描绘了小鼠下颌下腺在胚胎发育和成年期的基底和肌上皮细胞群体的细胞命运轨迹和分支点	本研究揭示了p63和α-平滑肌肌动蛋白（SMA）作为基底和肌上皮细胞谱系的可靠标记，并展示了这两种细胞类型在形态发生和成年期维持不同细胞谱系的独特命运	NA	研究下颌下腺发育和维持中不同细胞群体的动态和复杂性，并探讨其在干细胞和祖细胞层次中的分化潜能	小鼠下颌下腺的基底和肌上皮细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26362	2024-08-09	Aging alters the epigenetic asymmetry of HSC division 2018-09, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2003389 PMID:30235201	研究论文	研究揭示了随着年龄增长，造血干细胞（HSCs）分裂的表观遗传不对称性变化及其机制	通过综合分析单细胞3D共聚焦成像、单细胞移植、单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），展示了HSC分裂结果与分裂前极性状态的强关联	NA	探讨年龄对造血干细胞分裂表观遗传不对称性的影响	造血干细胞（HSCs）的分裂极性和表观遗传调控	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	数学模型	单细胞数据	NA
26363	2024-08-09	Experimental Considerations for Single-Cell RNA Sequencing Approaches 2018, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2018.00108 PMID:30234113	研究论文	本文详细介绍了单细胞RNA测序（scRNAseq）的实验步骤和关键挑战	单细胞RNA测序技术使得科学家能够深入研究先前未探索的稀有细胞类型	由于scRNAseq的高灵敏度，实验设置和执行需要特别注意	探讨单细胞RNA测序技术的实验考虑和挑战	单细胞RNA测序的实验流程和数据分析	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
26364	2024-08-09	Single-Cell mRNA Sequencing of the Mouse Brain Vasculature 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-8712-2_21 PMID:30242769	研究论文	本文描述了一种使用单细胞转录组学分析小鼠大脑血管的方法	本文采用了荧光激活细胞分选（FACS）和Smart-Seq2单细胞文库构建方法，以及详细的质量控制步骤	单细胞测序技术成本较高	研究小鼠大脑血管的单细胞转录组	小鼠大脑血管细胞	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序	NA	mRNA	384孔格式细胞
26365	2024-08-09	Phylogeny and physiology of candidate phylum BRC1 inferred from the first complete metagenome-assembled genome obtained from deep subsurface aquifer 2019-Jan, Systematic and applied microbiology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.syapm.2018.08.013 PMID:30201528	研究论文	本文通过从深层地下热含水层微生物群落的宏基因组中重建BRC1细菌BY40的完整基因组，进行了代谢重建和与现有基因组数据的比较分析	首次从深层地下含水层获得了候选门BRC1的完整宏基因组组装基因组，并提出了新的分类建议	NA	研究候选细菌门BRC1的系统发育和生理特性	候选细菌门BRC1及其成员BY40的基因组和代谢途径	微生物学	NA	宏基因组学	NA	基因组数据	单个细菌BY40的3.3Mb基因组
26366	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals diverse intratumoral heterogeneities and gene signatures of two types of esophageal cancers 2018-12-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2018.09.017 PMID:30223068	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了368个来自三种食管鳞状细胞癌（ESCC）和两种食管腺癌（EAC）的单细胞，揭示了这两种癌症在细胞转录组层面的差异和肿瘤内细胞异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细区分了ESCC和EAC的细胞类型和状态，并发现了NOTCH信号通路在ESCC中的特异性激活	NA	揭示食管鳞状细胞癌和食管腺癌的细胞转录组差异及其对治疗策略的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）和食管腺癌（EAC）的单细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	368个单细胞
26367	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals distinct inflammation-induced microglia signatures 2018-11, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.201846171 PMID:30206190	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和多色流式细胞术，全面分析了脂多糖（LPS）注射小鼠大脑中微胶质细胞的转录组特征	本文首次揭示了在炎症条件下微胶质细胞的独特激活特征，这些特征与神经退行性疾病相关的特征有显著差异	NA	研究微胶质细胞在神经炎症过程中的作用及其在中枢神经系统疾病中的潜在应用	微胶质细胞在脂多糖注射小鼠大脑中的转录组特征	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	脂多糖注射的小鼠大脑样本
26368	2024-08-09	Single Cell and Open Chromatin Analysis Reveals Molecular Origin of Epidermal Cells of the Skin 2018-10-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.08.010 PMID:30220568	研究论文	本文研究了转录因子ΔNp63在表皮细胞命运指定过程中对Krt8+前体细胞转录组和开放染色质区域的深刻影响	揭示了ΔNp63依赖和非依赖的程序如何调控表皮细胞系的形成，以及ΔNp63如何通过直接上调Wnt配体、Frizzled受体和转录因子来促进Wnt信号传导	NA	探讨胚胎前体细胞如何协调细胞命运指定并建立转录和信号传导能力	表皮细胞的分子起源	发育生物学	NA	ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	转录组, 开放染色质区域	Krt8+前体细胞
26369	2024-08-09	A post-ingestive amino acid sensor promotes food consumption in Drosophila 2018-10, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-018-0084-9 PMID:30209352	研究论文	研究通过定量喂食实验，发现特定氨基酸能快速促进果蝇的食物摄入，并揭示了DH44神经元作为氨基酸感应器通过CG13248转运蛋白增强食物摄入的机制。	首次发现DH44神经元作为氨基酸感应器，并通过CG13248转运蛋白介导氨基酸对食物摄入的促进作用。	NA	探讨动物如何评估潜在蛋白质来源并确保膳食氨基酸摄入，以维持蛋白质稳态。	果蝇Drosophila melanogaster的食物摄入行为及其背后的神经机制。	NA	NA	钙成像	NA	图像	涉及三种氨基酸（L-谷氨酸、L-丙氨酸和L-天冬氨酸）及其D-对映体和其他17种天然L-氨基酸的组合。
26370	2024-08-09	Aligning Single-Cell Developmental and Reprogramming Trajectories Identifies Molecular Determinants of Myogenic Reprogramming Outcome 2018-09-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.07.006 PMID:30195438	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析MYOD介导的人类成纤维细胞向肌管的重新编程过程，并引入了一种新的分析技术——轨迹对齐，以揭示重新编程过程中的分子决定因素	引入了一种新的分析技术——轨迹对齐，该技术能够定量比较两种生物过程中的基因表达动力学	大多数重新编程系统效率低下，仅能将部分细胞转化为所需状态	研究MYOD介导的人类成纤维细胞向肌管的重新编程过程，并揭示其中的分子决定因素	人类成纤维细胞和肌管	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
26371	2024-08-09	Neuronal heterogeneity and stereotyped connectivity in the auditory afferent system 2018-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06033-3 PMID:30209249	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了耳蜗螺旋神经节（SG）神经元的四种类型，包括三种新型I型神经元亚类和II型神经元，并提供了一个全面的遗传框架来定义它们的潜在突触通信模式。	本研究首次识别了耳蜗螺旋神经节神经元的四种类型，并揭示了这些神经元在听觉感知中的潜在功能。	NA	揭示耳蜗螺旋神经节神经元的细胞和分子复杂性，以及它们在听觉感知中的功能。	耳蜗螺旋神经节神经元的类型和其突触连接模式。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种类型及亚类的耳蜗螺旋神经节神经元
26372	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of adult mouse testes 2018-09-11, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2018.192 PMID:30204153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年小鼠睾丸中的精子发生过程	首次使用单细胞RNA测序技术对成年小鼠睾丸中的所有精子发生阶段进行全面分析	仅限于8周龄的C57Bl/6J小鼠，可能不适用于其他品种或年龄的小鼠	揭示成年小鼠睾丸中精子发生的分子机制	成年小鼠睾丸中的精子发生细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	2500个细胞，来自两只8周龄的C57Bl/6J小鼠
26373	2024-08-09	Deciphering the differentiation trajectory from hematopoietic stem cells to mast cells 2018-09-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018019539 PMID:30206100	综述	本文通过整合早期细胞培养实验结果与单细胞转录组学数据，提出了一种造血分化景观模型，并重点讨论了肥大细胞的分化过程	引入高通量单细胞RNA测序技术，对传统的基于树模型的造血分化过程提出了质疑，并提出了新的分化景观模型	NA	探讨从造血干细胞到肥大细胞的分化轨迹	造血干细胞、肥大细胞及造血分化过程	NA	血液系统肿瘤系统性肥大细胞增多症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26374	2024-08-09	GraphDDP: a graph-embedding approach to detect differentiation pathways in single-cell-data using prior class knowledge 2018-09-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05988-7 PMID:30206223	研究论文	本文介绍了一种名为GraphDDP的图嵌入方法，用于结合先验类别知识在单细胞数据中检测分化途径	GraphDDP通过结合聚类信息和密度梯度强调分化轨迹，提供了一种直观的方法来识别其他方法难以检测的分化途径	NA	开发一种新的方法来更好地理解和可视化单细胞数据中的细胞分化过程	肠道上皮细胞和髓系祖细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图嵌入	单细胞表达谱	具体样本数量未在摘要中提及
26375	2024-08-09	Generation and assembly of human brain region-specific three-dimensional cultures 2018-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0032-7 PMID:30202107	研究论文	本文描述了如何从人类多能干细胞（hPSCs）生成和组装特定脑区的三维（3D）模型，即脑区特异性类器官	本文介绍了生成和组装特定脑区类器官的方法，这些类器官能够模拟体内神经元的相互作用，并可用于多种实验研究	NA	研究人类脑发育，并为健康个体和患者提供对神经系统的深入理解	人类多能干细胞（hPSCs）生成的特定脑区类器官	数字病理学	NA	NA	NA	细胞	NA
26376	2024-08-09	Estimating the frequency of multiplets in single-cell RNA sequencing from cell-mixing experiments 2018, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.5578 PMID:30202659	研究论文	本文通过细胞混合实验估计单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率	首次推导出在细胞类型不均匀混合情况下，从观察到的纯和混合转录组数量中解析计算多细胞频率的方程	NA	研究单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率	单细胞RNA测序中的多细胞转录组频率	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及两种不同类型的细胞混合
26377	2024-08-09	Intra-host Symbiont Diversity and Extended Symbiont Maintenance in Photosymbiotic Acantharea (Clade F) 2018, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2018.01998 PMID:30210473	研究论文	本研究使用单细胞测序方法和高级荧光显微镜技术，探讨了光合共生原生生物中宿主-共生体动态关系，特别是在寡营养亚热带环流中的F类棘球藻。	首次展示了F类棘球藻同时宿主多个来自不同属的甲藻，并发现宿主内共生体群落组成与外部自由生活的共生体群落不同，表明这些棘球藻能长期维持共生体。	NA	研究光合共生原生生物中的宿主-共生体动态关系及其是否为互惠共生。	F类棘球藻及其共生体。	NA	NA	单细胞测序方法，荧光共聚焦显微镜	NA	18S rRNA基因序列	单个棘球藻宿主及环境样本
26378	2024-08-09	A novel role for Lyl1 in primitive erythropoiesis 2018-10-11, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.162990 PMID:30185409	研究论文	本研究探讨了Lyl1在原始红细胞生成中的作用	首次证明Lyl1在维持原始红细胞生成中的功能	NA	确定Lyl1是否能在原始红细胞生成中发挥作用	Lyl1基因敲除小鼠和表达Cre重组酶的小鼠	NA	NA	单细胞RNA测序, ChIP-seq	NA	基因表达数据	胚胎样本, 人类红白血病细胞系
26379	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Sequential Cell Fate Transition during Human Spermatogenesis 2018-10-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.08.007 PMID:30174296	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了人类精子发生过程中的细胞命运转换顺序	首次建立了人类精子发生过程中细胞分化的层次模型，并鉴定了多个阶段特异性的标记基因	NA	揭示人类精子发生过程中的细胞发育景观	人类睾丸细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次模型	RNA测序数据	2,854个正常精子发生供体的睾丸细胞和174个非阻塞性无精子症（NOA）供体的睾丸细胞
26380	2024-08-09	MEG3 is increased in idiopathic pulmonary fibrosis and regulates epithelial cell differentiation 2018-09-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.122490 PMID:30185671	研究论文	本文研究了MEG3在特发性肺纤维化（IPF）中的表达及其对肺上皮细胞分化的影响	首次揭示了MEG3在IPF肺组织中的高表达及其与气道上皮基因表达模式的关联，以及MEG3对肺上皮细胞分化的调控作用	NA	探讨MEG3在特发性肺纤维化中的作用及其对肺上皮细胞分化的影响	特发性肺纤维化患者的肺组织和肺上皮细胞	数字病理学	肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IPF肺组织中的肺上皮细胞