单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 26301 - 26320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26301 | 2024-08-09 |
An assessment of prognostic immunity markers in breast cancer
2018, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-018-0088-0
PMID:30393759
|
研究论文 | 本文评估了肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和免疫基因标记在乳腺癌中的预后价值，并构建了一个包含72个基因的免疫评分面板，用于预测乳腺癌的复发风险。 | 首次将17个免疫基因与TIL的活性状态关联，并构建了一个包含72个基因的免疫评分面板，用于预测乳腺癌的复发风险。 | NA | 评估免疫基因在乳腺癌中的预后价值，并开发一个用于预测乳腺癌复发风险的基因评分模型。 | 乳腺癌患者中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和免疫基因表达。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 包括1951名患者的Affymetrix基因表达数据，以及来自Illumina beads array数据METABRIC的1997名患者和TCGA的996名患者的全转录组mRNA-seq数据。 |
| 26302 | 2024-08-09 |
A Single-Cell Sequencing Guide for Immunologists
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02425
PMID:30405621
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研究论文 | 本文比较了四种常用的单细胞测序平台在免疫学领域的优势和局限性 | 探讨了不同单细胞测序平台的数据集成方法以及如何使用无偏见的生物信息学方法识别未知单细胞群体 | 未具体说明每种平台的具体局限性 | 帮助免疫学家选择最适合其生物学问题的单细胞测序协议/平台 | 四种常用的单细胞测序平台 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 (scRNA-seq) | NA | 数据集 | 未具体说明样本数量 |
| 26303 | 2024-08-09 |
ArrayExpress update - from bulk to single-cell expression data
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky964
PMID:30357387
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研究论文 | 本文更新了ArrayExpress数据库，从批量表达数据扩展到单细胞表达数据 | 引入了新的提交工具Annotare，收集必要的元数据以解释实验，并开发了BioStudies数据库以整合不同检测模式的多组学实验数据 | NA | 更新和扩展ArrayExpress数据库，以适应基于测序技术特别是RNA-seq实验的增加以及单细胞研究的显著增长 | 功能基因组学数据，特别是基于RNA-seq的单细胞表达数据 | 功能基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 26304 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals the platinum resistance gene COX7B and the surrogate marker CD63
2018-12, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.1828
PMID:30367559
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了与铂类化疗耐药相关的基因COX7B和替代标记物CD63 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了COX7B基因与铂类化疗耐药性的关联，并发现了CD63作为替代标记物 | 研究主要集中在尿膀胱癌样本上，可能需要进一步验证其他类型癌症中的适用性 | 探索铂类化疗耐药性的分子机制及其潜在的治疗靶点 | 铂类化疗耐药性的基因和标记物 | 数字病理学 | 尿膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个癌症患者的肿瘤样本 |
| 26305 | 2024-08-09 |
Electrical Lysis and RNA Extraction from Single Cells Fixed by Dithiobis(succinimidyl propionate)
2018-11-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.8b02338
PMID:30350601
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research paper | 本文介绍了一种微流控方法，用于从单个固定细胞中进行电击穿和RNA提取，利用可逆交联剂二硫双(琥珀酰亚胺基丙酸酯)(DSP) | 提出了一种新的微流控系统，该系统能够在芯片上完成单个DSP固定细胞的捕获、DSP分子的反向交联、质膜的电击穿以及利用等速电泳辅助的核酸提取进行细胞质RNA的提取 | NA | 开发一种高效的微流控方法，用于从单个固定细胞中进行电击穿和RNA提取 | K562白血病细胞 | digital pathology | 白血病 | 微流控技术 | NA | RNA | 单个细胞 |
| 26306 | 2024-08-09 |
Antigen discovery and specification of immunodominance hierarchies for MHCII-restricted epitopes
2018-11, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0203-7
PMID:30349087
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研究论文 | 本文开发了一种定量蛋白质组学方法，用于无偏倚地识别主要组织相容性复合体II类（MHCII）相关的肽表位及其抗原性的生化特征，并基于此数据训练了一个深度神经网络模型，用于大规模预测免疫优势MHCII限制性表位。 | 开发了一种新的定量蛋白质组学方法和深度神经网络模型（BOTA预测器），用于准确预测免疫优势CD4 T细胞表位。 | NA | 解决在传染病、自身免疫和免疫肿瘤学背景下识别免疫优势T细胞表位的挑战。 | MHCII限制性表位及其免疫优势层次。 | 免疫学 | NA | 定量蛋白质组学 | 深度神经网络 | DNA编码的肽-MHCII库 | NA |
| 26307 | 2024-08-09 |
Somatic mosaicism and neurodevelopmental disease
2018-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-018-0257-3
PMID:30349109
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研究论文 | 本文探讨了体细胞嵌合现象及其在神经发育疾病中的作用 | 文章强调了体细胞新突变在神经发育疾病中的重要性，并利用新一代测序和单细胞测序技术展示了体细胞突变对正常和异常人类大脑发育的贡献 | NA | 研究体细胞突变在神经发育疾病中的作用及其对诊断和治疗的意义 | 体细胞突变及其在神经发育疾病中的影响 | 遗传学 | 神经发育疾病 | 下一代测序, 单细胞测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 26308 | 2024-08-09 |
Barcoded solid-phase RNA capture for Spatial Transcriptomics profiling in mammalian tissue sections
2018-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-018-0045-2
PMID:30353172
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研究论文 | 本文介绍了一种结合组织学染色和空间分辨RNA测序数据的技术，用于在哺乳动物组织切片中进行空间转录组分析 | 该方法结合了传统空间分辨技术的优势和RNA测序的高通量特性，无需特殊仪器，适用于任何具备冷冻切片机、显微镜和下一代测序设备的实验室 | 数据处理时间取决于测序深度，可能需要几个小时 | 开发一种新的空间转录组技术，以提高基因表达分析的通量和空间分辨率 | 哺乳动物组织切片中的基因表达 | 分子生物学 | NA | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 26309 | 2024-08-09 |
Preparation of plant tissue to enable Spatial Transcriptomics profiling using barcoded microarrays
2018-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-018-0046-1
PMID:30353173
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研究论文 | 本文介绍了一种使用条形码寡核苷酸dT微阵列进行空间转录组学分析的植物组织准备方法 | 该方法是对现有哺乳动物组织空间全局基因表达分析协议的适应性调整，使其适用于植物材料 | 该协议主要关注植物组织的准备和处理，后续阶段的处理未包含在内 | 旨在阐明植物生长过程中涉及的复杂过程的空间基因表达模式 | 研究对象包括拟南芥的花序、杨树的发育和休眠叶芽以及云杉的雌性球果 | 空间转录组学 | NA | 条形码寡核苷酸dT微阵列 | NA | 基因表达数据 | 涉及拟南芥、杨树和云杉等多种植物组织类型 |
| 26310 | 2024-08-09 |
Following hearts, one cell at a time: recent applications of single-cell RNA sequencing to the understanding of heart disease
2018-10-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06894-8
PMID:30375391
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评论 | 本文探讨了单细胞转录组学方法如何揭示心脏疾病中复杂的细胞机制和基因共表达网络 | 利用单细胞RNA测序技术揭示心脏疾病中的细胞异质性和基因调控网络 | NA | 探索单细胞转录组学在理解心脏疾病中的应用 | 心脏疾病中的细胞类型和基因调控网络 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26311 | 2024-08-09 |
Transcriptome Analysis Reveals Nonfoamy Rather Than Foamy Plaque Macrophages Are Proinflammatory in Atherosclerotic Murine Models
2018-10-26, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.312804
PMID:30359200
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了在动脉粥样硬化小鼠模型中，非泡沫斑块巨噬细胞比泡沫斑块巨噬细胞更具促炎性 | 开发了一种基于脂质染色的流式细胞术方法，用于分析动脉粥样硬化主动脉中的脂质负荷泡沫细胞 | NA | 旨在研究动脉粥样硬化内膜中泡沫和非泡沫巨噬细胞的转录组特征 | 动脉粥样硬化内膜中的泡沫和非泡沫巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自动脉粥样硬化小鼠主动脉的CD45+白细胞 |
| 26312 | 2024-08-09 |
More Than the Sum of Its Parts: Single-Cell Transcriptomics Reveals Epidermal Cell States
2018-10-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.041
PMID:30355488
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research paper | 本文通过大规模的单细胞转录组学分析，揭示了人类表皮细胞状态及其异质性 | 利用单细胞转录组学技术，对92,889个来自正常和炎症皮肤的表皮细胞进行分析，提供了对人类表皮细胞状态和分化的深入理解 | NA | 研究人类表皮细胞状态及其分化 | 人类表皮细胞 | digital pathology | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 92,889个单细胞 |
| 26313 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations
2018-10-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06318-7
PMID:30348985
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术绘制了人类肝脏的细胞景观图，并识别了多种肝内细胞类型 | 首次提供了人类肝脏中8444个实质和非实质细胞的转录组图谱，并详细描述了肝内单核细胞/巨噬细胞的特定亚群 | NA | 揭示人类肝脏的细胞组成及其免疫微环境 | 人类肝脏中的细胞类型及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五个新鲜的人类肝脏组织样本 |
| 26314 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing of the Mammalian Heart
2018-10-12, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.313531
PMID:30355162
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26315 | 2024-08-09 |
Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing
2018-10-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/58413
PMID:30371670
|
research paper | 本文介绍了一种高通量协议，用于快速分离脊髓样本中的细胞核，以便进行下游的单核RNA测序（snRNA-Seq） | 提出了一种单核RNA测序方法，该方法可以准确识别细胞类型，允许研究冷冻或难以分离的组织，并减少因分离引起的转录变化 | NA | 开发一种新的方法来研究脊髓组织的转录组，特别是在异质性组织中 | 成人脊髓样本中的细胞核 | digital pathology | NA | 单核RNA测序（snRNA-Seq） | NA | RNA | NA |
| 26316 | 2024-08-09 |
Quantitative assessment of cell population diversity in single-cell landscapes
2018-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.2006687
PMID:30346945
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sc-UniFrac的框架，用于在单细胞转录组景观中统计量化细胞群体的组成多样性 | sc-UniFrac框架能够敏感且稳健地量化模拟和实验数据集中的细胞群体身份和数量 | NA | 开发一种方法来定量和统计地定义跨数据集的细胞群体结构的比例变化 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体多样性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 26317 | 2024-08-09 |
Single cell RNA-seq data clustering using TF-IDF based methods
2018-Aug-13, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-018-4922-4
PMID:30367575
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研究论文 | 本文介绍了一种基于TF-IDF变换的单细胞RNA测序数据聚类新方法 | 提出了一种基于TF-IDF变换的单细胞RNA测序数据聚类方法，该方法在文本分析领域已被成功应用 | NA | 开发适用于单细胞RNA测序数据的新型无监督聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | TF-IDF | RNA测序数据 | 数百万个细胞 |
| 26318 | 2024-08-09 |
Assessing Transcriptome Quality in Patch-Seq Datasets
2018, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2018.00363
PMID:30349457
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研究论文 | 本文对五个Patch-seq数据集进行了重新分析，旨在开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的简单标准 | 开发了一种基于标记基因的方法来评分单细胞转录组质量，并提出了质量控制步骤以优化高质量样本的产量 | 技术混杂因素可能限制了Patch-seq衍生单细胞转录组的解释性 | 开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的标准 | 来自小鼠脑切片和人类干细胞衍生的神经元的细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | Patch-seq | NA | 转录组数据 | 五个Patch-seq数据集 |
| 26319 | 2024-08-09 |
CancerSEA: a cancer single-cell state atlas
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky939
PMID:30329142
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研究论文 | 开发了CancerSEA数据库，这是一个专注于探索癌症单细胞水平上不同功能状态的首个专用数据库 | CancerSEA是首个专注于癌症单细胞功能状态的数据库，提供了14种功能状态的详细信息，并允许用户查询特定基因或基因列表在不同癌症中的功能状态关联 | NA | 构建一个专用资源以解码癌症单细胞的功能状态 | 41,900个来自25种癌症类型的单细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 41,900个癌症单细胞 |
| 26320 | 2024-08-09 |
Circulating Glioma Cells Exhibit Stem Cell-like Properties
2018-12-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-0650
PMID:30322863
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研究论文 | 本文报道了胶质母细胞瘤（GBM）来源的循环肿瘤细胞（CTC）具有癌症干细胞（CSC）样表型，并通过自我播种过程促进局部肿瘤发生和复发 | 发现GBM来源的CTC具有CSC样特性，并揭示了Wnt信号通路在CTC中的激活诱导干细胞特性和化学抗性 | NA | 研究GBM来源的CTC的生物学特性及其在肿瘤复发和治疗抵抗中的作用 | 胶质母细胞瘤患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括人类GBM患者样本和转基因小鼠模型 |