单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31365 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-09-23 |
Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658650
PMID:40661601
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研究论文 | 提出MERLIN+P+TFA新方法，通过稳健的转录因子活性估计和模型指导的实验验证重构基因调控网络 | 采用先验知识引导的稀疏正则化方法，在酵母和哺乳动物系统中显著提升批量与单细胞数据的GRN推断质量 | 需要生成特定背景的金标准数据以更准确评估网络推断效果 | 开发能准确重构基因组尺度基因调控网络的计算方法 | 酵母和哺乳动物系统（包括小鼠胚胎干细胞）的基因表达数据 | 系统生物学 | NA | scRNA-seq、基因调控网络推断 | MERLIN+P+TFA（基于正则化模型的算法） | 基因表达数据（批量和单细胞） | 实验验证了58个小鼠胚胎干细胞状态关键调控因子 |
| 242 | 2025-09-23 |
Monocyte-Derived Macrophages-Synovial Fibroblasts Crosstalk Unravels Oncostatin Signaling Network as a Driver of Synovitis in Osteoarthritis
2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43299
PMID:40621694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示骨关节炎中巨噬细胞亚群与滑膜成纤维细胞通过Oncostatin M信号通路驱动滑膜炎的机制 | 首次系统解析骨关节炎滑膜中巨噬细胞亚群的异质性、起源命运及其与基质细胞的通讯网络，发现OSM/OSMR信号轴是关键驱动通路 | 研究样本量有限（4例OA患者），主要基于小鼠模型发现需进一步临床验证 | 探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、起源及其与滑膜微环境的相互作用机制 | 小鼠胶原酶诱导骨关节炎模型和OA患者的滑膜细胞、CD14+巨噬细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传命运图谱、成像质谱流式技术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 小鼠CiOA模型+4例OA患者样本 |
| 243 | 2025-09-23 |
Statistical significance of clustering for count data
2025-Jul-03, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf120
PMID:40971569
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研究论文 | 提出了一种用于评估计数数据聚类显著性的新方法SigClust-DEV | 开发了专门针对计数数据的聚类显著性评估方法，解决了现有方法在离散数据上统计效能不足的问题 | 方法主要针对计数数据设计，在其他数据类型上的适用性需要进一步验证 | 开发适用于计数数据的聚类显著性评估方法 | 基因组学计数数据和癌症患者电子健康记录 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | SigClust-DEV | 计数数据 | 通过模拟实验和真实数据集（Hydra单细胞RNA测序数据和癌症患者EHR数据）验证 |
| 244 | 2025-09-23 |
Linking Skin and Joint Inflammation in Psoriatic Arthritis through Shared CD8+ T Cell Clones
2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43286
PMID:40528683
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示银屑病关节炎患者皮肤与关节中CD8+ T细胞克隆的共享机制 | 首次在单细胞水平证实皮肤与关节炎症通过共享CD8+ T细胞克隆相互关联 | 样本量较小（仅6例皮肤样本），空间转录组数据有限 | 验证银屑病关节炎中皮肤与关节炎症通过CD8+ T细胞表型和克隆性相互关联的假说 | 银屑病关节炎患者的皮肤组织、滑膜组织和滑液样本 | 免疫学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、T细胞受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 6例皮肤样本（配对的5例滑膜组织样本和/或5例滑液样本），1例配对皮肤-滑膜活检样本，4例非配对活检样本 |
| 245 | 2025-09-23 |
New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis
2025-06, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04014-2
PMID:40128328
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研究论文 | 本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨产前PFOS暴露对大鼠后代肺发育的影响 | 首次结合单细胞RNA测序技术系统揭示PFOS对肺细胞组成和免疫应答的调控机制，发现Fam111a上调和Stk35下调等新型分子标志物 | 研究仅限于大鼠模型，未验证人类相关性；剂量设置虽覆盖环境暴露水平，但长期效应仍需进一步观察 | 阐明PFOS暴露对肺发育的细胞分子机制及长期健康风险 | 妊娠期大鼠及其后代幼鼠的肺组织 | 毒理学 | 肺发育异常 | 单细胞RNA测序、肺功能检测、形态学分析 | 动物模型 | 基因表达数据、生理指标数据、形态学数据 | 妊娠大鼠按0/0.01/0.1/1mg/kg/day四个剂量组暴露，在出生后0/4/14/21/60天五个时间点检测 |
| 246 | 2025-09-23 |
Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653262
PMID:40661452
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研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病中微观和宏观转录状态的演化规律 | 首次结合状态转换理论揭示单细胞水平连续转录微状态如何聚合形成临床相关的宏观疾病表型 | 研究主要聚焦慢性髓系白血病模型，在其他癌症类型的普适性需进一步验证 | 解析单细胞与批量转录组数据在疾病状态识别中的信息差异 | 慢性髓系白血病（CML）的细胞群体 | 单细胞基因组学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 状态转换理论模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 |
| 247 | 2025-09-23 |
INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651831
PMID:40654897
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研究论文 | 开发INLAomics框架，用于整合空间转录组和蛋白质组数据，在保留空间背景的同时提升可解释性和计算效率 | 提出首个基于多元分层贝叶斯框架的空间多组学整合方法，通过组织学特征和潜在空间因子建模蛋白质表达 | 未明确说明方法在处理超大规模数据集时的具体性能上限 | 开发可扩展且可解释的空间多组学数据整合方法 | 空间转录组数据和抗体蛋白质组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学、抗体蛋白质组学、贝叶斯统计 | 分层贝叶斯模型 | 空间多组学数据 | 多个不同数据集（具体样本数量未说明） |
| 248 | 2025-09-23 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 通过时空组学分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的分子机制 | 首次整合单细胞核基因组学和空间转录组学技术，在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类大脑中验证 | 阐明热量限制延缓大脑衰老的精确分子和细胞机制 | 小鼠大脑组织 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、空间转录组数据 | 36个小鼠大脑的50万个细胞，12个老年小鼠脑切片 |
| 249 | 2025-09-23 |
Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy
2025-May, Clinical kidney journal
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/ckj/sfaf139
PMID:40416397
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征 | 首次应用空间转录组学技术对C3G进行亚结构特异性基因表达谱分析，并发现补体C3与细胞外基质通过CD11c的潜在相互作用机制 | 样本量较小（仅3例C3G病例），且为回顾性研究设计 | 探究C3肾小球病的亚结构特异性转录组特征及其病理机制 | 人类肾脏活检组织样本（C3G患者、供体对照和其他肾小球肾炎疾病对照） | 空间转录组学 | 肾脏疾病/C3肾小球病 | 空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）、体外细胞共培养验证 | NA | 空间转录组数据、基因表达数据 | 3例C3G病例、7例供体对照、41例其他肾小球肾炎疾病对照 |
| 250 | 2025-09-23 |
CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.12.632553
PMID:39868198
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研究论文 | 提出CellSP计算框架，用于识别和可视化亚细胞空间转录组数据中的功能模块 | 首次提出'基因-细胞模块'概念，能够识别跨细胞一致的亚细胞mRNA空间分布模式 | NA | 开发亚细胞空间转录组数据的模式识别和可视化工具 | 小鼠脑组织、肾癌与健康样本、阿尔茨海默病模型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病、肾癌 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | 多种组织类型和技术平台的数据集 |
| 251 | 2025-09-23 |
High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples
2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.02.646189
PMID:40291712
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研究论文 | 提出DeepDETAILS深度学习框架，通过跨模态解卷积从批量测序数据重构细胞类型特异性基因组信号 | 首次实现基于scATAC-seq参考库对其他批量组学数据进行碱基对精度的跨模态解卷积 | 依赖scATAC-seq参考数据的质量和可用性 | 开发高分辨率细胞类型特异性转录调控过程重建方法 | 人类组织样本和细胞类型 | 计算生物学 | 原发性硬化性胆管炎 | scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq | 深度学习框架 | 基因组测序数据 | 39种人类组织和86种细胞类型 |
| 252 | 2025-09-23 |
Inhibition of bone morphogenetic protein 4 alleviates angiotensin II-induced abdominal aortic aneurysm by reducing inflammation and endothelial-mesenchymal transition
2025-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示BMP4在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中通过调控内皮-间质转化和炎症促进疾病进展的机制 | 首次发现BMP4在AAA进展中的关键作用，通过单细胞测序识别三种内皮细胞亚型及其动态变化 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究腹主动脉瘤的发病机制及BMP4在其中的调控作用 | 血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型和小鼠主动脉内皮细胞 | 血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(10x)、伪时间轨迹分析、蛋白质相互作用分析、免疫共沉淀 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质相互作用数据 | 血管紧张素II诱导的AAA小鼠模型及体外细胞实验 |
| 253 | 2025-09-23 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease
2025-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和遗传关联数据，识别与血管疾病相关的细胞状态 | 开发新计算方法整合单核RNA测序数据与GWAS数据，首次揭示血管平滑肌细胞表型连续体与血管疾病的关联 | 样本量有限（正常n=7，动脉瘤n=9，动脉粥样硬化n=2），仅关注胸主动脉组织 | 鉴定导致早期血管功能障碍的特定血管亚群和中间细胞状态 | 人类升主动脉组织中的内皮细胞、血管平滑肌细胞和成纤维细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、全基因组关联研究（GWAS）、RNA轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据、遗传关联数据 | 18例人类主动脉样本（7例正常，9例动脉瘤，2例动脉粥样硬化） |
| 254 | 2025-09-23 |
Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout
2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.29.626110
PMID:39651204
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研究论文 | 通过空间转录组学方法研究盐皮质激素受体敲除后海马CA2区神经元的分子表型变化 | 首次揭示MR缺失导致CA2神经元获得CA1样分子表型，证明MR控制CA2神经元发育状态 | NA | 探究盐皮质激素受体敲除对海马CA2区神经元命运/状态的影响 | 小鼠海马CA2区神经元 | 神经科学 | NA | 空间转录组学、条件性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 255 | 2025-09-23 |
Deciphering the landscape of transcriptional heterogeneity across cancer
2023-09-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.07.008
PMID:37595585
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研究论文 | 通过整合77项研究和24种癌症类型的单细胞RNA测序数据，揭示癌症转录异质性的重复性基因表达模式 | 首次大规模整合跨癌症类型的单细胞转录组数据，系统识别解释转录异质性的重复性模式 | NA | 解析癌症转录异质性景观并探索其功能意义 | 24种癌症类型的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 整合77项研究的多癌症数据集 |
| 256 | 2025-09-23 |
Deterministic evolution and stringent selection during preneoplasia
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06102-8
PMID:37258665
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研究论文 | 通过人类胃类器官模型研究TP53双等位基因失活引发的癌前病变演化规律 | 建立首个模拟人类胃癌早期演化的实验模型，揭示癌前病变中存在确定性演化路径和严格选择压力 | 研究基于类器官模型，与体内真实肿瘤微环境存在差异 | 探索人类肿瘤发生最早期的演化规律和恶性转化机制 | TP53缺陷型人类胃类器官 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序、高通量谱系追踪、细胞条形码技术 | 类器官模型 | 基因组测序数据、转录组数据 | 多个克隆来源的类器官培养物进行长达2年的实验演化 |
| 257 | 2025-09-23 |
Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06130-4
PMID:37258682
|
研究论文 | 通过整合77项研究的单细胞RNA测序数据，系统分析24种肿瘤类型中转录组瘤内异质性的共性模式 | 首次大规模整合跨肿瘤类型的单细胞转录组数据，识别出41个保守的元程序并归纳为11个瘤内异质性标志 | 回顾性研究，依赖于已有数据集的整合分析 | 系统揭示跨肿瘤类型的转录组瘤内异质性共性特征 | 1,163个肿瘤样本（涵盖24种肿瘤类型）的恶性细胞和非恶性细胞 | 癌症基因组学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 1,163个肿瘤样本（整合自77项研究） |
| 258 | 2025-09-23 |
Systems vaccinology of the BNT162b2 mRNA vaccine in humans
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03791-x
PMID:34252919
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研究论文 | 采用系统疫苗学方法研究BNT162b2 mRNA疫苗在人体内诱导的先天和适应性免疫反应 | 首次系统描绘mRNA疫苗的免疫激活机制，发现加强免疫可显著增强先天免疫反应 | 样本量有限（56名健康志愿者），未涵盖特殊人群 | 解析mRNA疫苗的免疫作用机制 | 健康志愿者接种BNT162b2疫苗后的免疫反应 | 免疫学 | COVID-19 | 系统疫苗学、单细胞转录组学 | NA | 免疫细胞数据、转录组数据 | 56名健康志愿者 |
| 259 | 2025-09-22 |
Repopulation of microglia and its implications for CNS disorders: Insights from the single-cell era
2025-Oct-15, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107066
PMID:40865648
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综述 | 本文全面总结了小胶质细胞的起源、发育、再殖和异质性研究，并强调单细胞时代下小胶质细胞再殖对中枢神经系统疾病的治疗意义 | 结合单细胞测序技术揭示小胶质细胞在发育、稳态和病理状态下的细胞命运与异质性，并探讨再殖小胶质细胞的新型治疗价值 | NA | 增强对小胶质细胞再殖的理解并为新治疗策略提供见解 | 小胶质细胞 | 神经科学 | 中枢神经系统疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 260 | 2025-09-22 |
Single-cell transcriptomics reveals hypoxia-driven iCAF_PLAU is associated with stemness and immunosuppression in anorectal malignant melanoma
2025-Oct, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02273-5
PMID:40613916
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示缺氧驱动的iCAF_PLAU在肛管恶性黑色素瘤中与干性和免疫抑制相关 | 首次在ARMM中发现独特的iCAF_PLAU成纤维细胞亚群，并阐明其通过WNT5A_FZD3_LRP6和NRG1_ERBB3途径增强癌细胞干性，以及通过CCL2-CCR1轴介导免疫抑制的新机制 | 样本量较小（仅3例患者），需更大队列验证 | 解析肛管恶性黑色素瘤的肿瘤微环境特征及其治疗抵抗机制 | 肛管恶性黑色素瘤患者肿瘤组织和血液样本 | 数字病理学 | 肛管恶性黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据，基因表达数据 | 3例ARMM患者肿瘤和血液样本，结合GEO数据库皮肤黑色素瘤数据集 |