单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-04	Validation of an organ mapping antibody panel for cyclical immunofluorescence microscopy on normal human kidneys 2024-Jul-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00426.2023 PMID:38721662	研究论文	本文通过标准化方法验证了一组抗体，用于在人类肾脏中通过免疫荧光显微镜识别18种主要细胞类型和5种细胞外基质区室	开发了一种用于二维和三维循环免疫荧光(CyCIF)的器官映射抗体面板，提供了比标准荧光显微镜更详细的组织分割和体积评估方法	NA	解决抗体验证标准化不足导致的人类研究不可重复性问题	正常人肾脏组织	数字病理学	NA	循环免疫荧光显微镜(CyCIF)	NA	图像	NA
182	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的耗时和易错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
183	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	research paper	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	TACIT算法在无需训练数据的情况下，通过无偏阈值和专注于相关标记的方法，提高了细胞类型和状态识别的准确性和可扩展性	虽然TACIT在多个数据集中表现优异，但其在更广泛的组织类型和疾病模型中的通用性尚未验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易出错问题	细胞类型和状态	spatial biology	inflammatory gland diseases	spatial transcriptomics and proteomics	unsupervised algorithm	multiomic assays	5,000,000 cells; 51 cell types from three niches (brain, intestine, gland)
184	2025-07-04	Targeting ARNT attenuates chemoresistance through destabilizing p38α-MAPK signaling in glioblastoma 2024-05-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06735-1 PMID:38806469	研究论文	本研究探讨了芳烃受体核转位子（ARNT）在胶质母细胞瘤（GBM）发病机制中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	揭示了ARNT通过激活p38 MAPK信号通路促进GBM化疗耐药的新机制，并发现通过干扰ARNT/p38α蛋白相互作用可恢复替莫唑胺敏感性	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏体内实验验证	探究ARNT在GBM发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	慢病毒shRNA沉默、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共数据集中的GBM组织样本和体外培养的GBM细胞系
185	2025-07-04	Cannabidiol protects against acute aortic dissection by inhibiting macrophage infiltration and PMAIP1-induced vascular smooth muscle cell apoptosis 2024-04, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.02.006 PMID:38387723	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性主动脉夹层（AAD）中的治疗作用及其机制	揭示了CBD通过抑制巨噬细胞浸润和PMAIP1诱导的血管平滑肌细胞凋亡来保护AAD的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的直接证据尚不充分	探索CBD对AAD的治疗效果及其分子机制	小鼠AAD模型和人类主动脉血管平滑肌细胞（HAVSMCs）	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠AAD模型	RNA测序数据、病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类AAD样本
186	2025-07-04	Quantification of spatial pharmacogene expression heterogeneity in breast tumors 2023-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.1686 PMID:35906899	研究论文	本研究利用Visium空间转录组学平台分析了六例乳腺癌组织中286个药物基因的空间表达异质性	首次在乳腺癌组织中系统量化药物基因的空间表达异质性，并鉴定出与活性氧处理和解毒机制相关的高异质性基因	样本量较小（仅6例乳腺癌组织），且未进行化疗处理样本的对照研究	探究乳腺癌肿瘤区域内药物基因的空间表达异质性及其对化疗耐药性的潜在影响	乳腺癌组织中的药物基因表达	数字病理学	乳腺癌	Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	6例乳腺癌组织（4例来自生物样本库，2例来自10× Genomics数据库）
187	2025-07-03	Gut microbial Nordihydroguaiaretic acid suppresses macrophage pyroptosis to regulate epithelial homeostasis and inflammation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2518338 PMID:40596758	研究论文	该研究探讨了衰老相关的肠道菌群失调对结肠炎发展的影响，并发现肠道微生物代谢物NDGA通过抑制巨噬细胞焦亡来调节肠道炎症	揭示了肠道微生物代谢物NDGA通过GSDMD/NR4A1/NLRP3轴抑制巨噬细胞焦亡的新机制，为老年相关IBD提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究衰老相关肠道菌群失调如何加剧炎症性肠病(IBD)	野生型和IL-10缺陷小鼠、IBD患者和老年人样本	肠道微生物组学	炎症性肠病(IBD)	粪便微生物移植(FMT)、16S rDNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠结肠炎模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	小鼠实验和人类观察性研究(具体数量未明确说明)
188	2025-07-03	Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells 2025-Aug, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70028 PMID:40222951	研究论文	本研究评估了羟氯喹（HCQ）通过抑制先天免疫系统中的CXCL16和CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效	揭示了HCQ通过抑制YY1转录因子下调CXCL16表达，从而减少Th17和NKT细胞的趋化作用，改善心肌炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估HCQ治疗心肌炎的疗效及其作用机制	实验性自身免疫性心肌炎（EAM）小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting	小鼠EAM模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确提及具体样本数量，使用EAM小鼠模型
189	2025-07-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-Aug, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭	首次使用单细胞RNA测序技术揭示口腔扁平苔藓中T细胞的组成和异质性，并发现CD8+耗竭T细胞的增加	样本量较小（仅3名患者和3名健康个体），且动物模型可能无法完全模拟人类疾病	研究口腔扁平苔藓的发病机制，特别是T细胞在其中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型	单细胞测序	口腔扁平苔藓	scRNA-seq, RT-qPCR, HE染色, 免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 组织病理学数据	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的口腔黏膜组织
190	2025-07-03	Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112023 PMID:40585359	研究论文	该研究通过机器学习整合开发了一个基于缺氧微环境的特征，用于改善胶质瘤的预后	首次利用单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个11基因特征来预测临床结果	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	研究缺氧微环境在胶质瘤中的临床意义并开发预后工具	胶质瘤患者	机器学习	胶质瘤	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	六个队列的胶质瘤患者样本
191	2025-07-03	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal a Tumor-Associated Macrophage Subpopulation that Mediates Prostate Cancer Progression and Metastasis 2025-Jul-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0791 PMID:40105746	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示了一种与前列腺癌进展和转移相关的肿瘤相关巨噬细胞亚群	发现并定义了一种新的肿瘤相关巨噬细胞亚群（SPP1+/TREM2+ TAMs），该亚群在前列腺癌转移中显著富集，并与患者无进展生存期相关	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床验证	探究肿瘤相关巨噬细胞在前列腺癌进展和转移中的作用	前列腺癌患者样本和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	转录组数据、空间数据、免疫荧光数据	人类患者样本和小鼠模型
192	2025-07-03	Examination of an iPSC model of human eye development reveals progressive emergence of critical embryonic cell types 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06602-9 PMID:40596144	研究论文	本研究通过多时间点形态学和转录组学分析，探讨了人类iPSC衍生的2D模型在模拟早期全眼发育过程中的表现	提出了一个自我形成的自主多区（SEAM）眼细胞模型，能够模拟人类全眼早期发育的多个阶段，并识别了关键眼细胞类型的动态转录组变化	研究仅基于2D模型，可能无法完全模拟体内三维眼发育的复杂性	建立人类iPSC衍生的眼发育模型，以促进对遗传变异影响人类眼发育的机制研究	人类iPSC衍生的SEAM眼细胞模型	发育生物学	眼发育异常	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	iPSC衍生的2D模型	转录组数据	多个时间点（第0、14和28天）的样本分析
193	2025-07-03	BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis 2025-Jul-02, International forum of allergy & rhinology IF:7.2Q1 DOI:10.1002/alr.23628 PMID:40600933	研究论文	本研究探讨了脑源性神经营养因子（BDNF）在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中作为嗜酸性炎症关键介质的作用	首次将BDNF定位为CRSwNP中上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用的关键调控因子，并揭示了其通过Th2通路和JAK/STAT信号传导促进炎症的机制	样本量相对较小（23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物），且主要关注嗜酸性CRSwNP亚型	阐明BDNF在CRSwNP发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者（特别是嗜酸性亚型）的鼻黏膜组织和鼻腔分泌物	免疫病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）	Bulk-RNA测序、ELISA、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、流式细胞术、transwell实验	NA	转录组数据、蛋白质定量数据、细胞实验数据	23个鼻黏膜样本和95个鼻腔分泌物样本
194	2025-07-03	Exploring the interconnection between PANoptosis and chronic inflammatory diseases: identifying key targets and therapeutic strategies for periodontitis and ulcerative colitis 2025-Jul-02, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04320-7 PMID:40600991	研究论文	本研究探讨了PANoptosis与慢性炎症性疾病（如牙周炎和溃疡性结肠炎）之间的关联，并识别了关键靶点和治疗策略	首次将PANoptosis与牙周炎和溃疡性结肠炎联系起来，识别了BAG3、LYN和APOE等核心基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索PANoptosis在慢性炎症性疾病中的作用机制并识别潜在治疗靶点	牙周炎(PD)和溃疡性结肠炎(UC)	生物医学	牙周炎, 溃疡性结肠炎	差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, GO和KEGG富集分析, LASSO和SVM-RFE算法, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟	DSS诱导的UC小鼠模型	基因表达数据	GSE16134(PD)和GSE87466(UC)数据集, 实验小鼠模型
195	2025-07-03	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	综述	本文综述了骨质疏松症管理中基因表达和激素调控的最新发现，包括单细胞RNA测序和长链非编码RNA等新方法	介绍了骨质疏松症治疗中的最新方法，如单细胞RNA测序、长链非编码RNA研究，以及基于遗传和激素变异的个性化治疗策略	需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医疗中	探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗突破	骨质疏松症的基因表达和激素信号传导	医学研究	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
196	2025-07-03	Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA PMID:40392631	研究论文	比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果	首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异	研究仅基于四个BALF样本，样本量较小	解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题	人类BALF细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四个BALF样本
197	2025-07-03	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在治疗靶点作用	结合了多组学分析、深度学习驱动的QSAR建模和基于transformer的深度学习方法SELFormer，首次预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的治疗靶点	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索胰腺癌中TNFRSF10A/TRAILR1的潜在治疗靶点作用	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境中的癌细胞	数字病理学	胰腺癌	多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析）、QSAR建模、分子动力学模拟	transformer-based deep learning (SELFormer), QSAR	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据	NA
198	2025-07-03	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型的mIF-RISH结合方法和Xenium原位平台进行单细胞空间转录组学分析，首次在SV ALI患者肝脏样本中定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一例严重SV ALI患者的肝脏样本，样本量较小	阐明SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SV ALI)的免疫病理机制	SV ALI患者的肝脏移植样本中的T细胞克隆	空间多组学	肝损伤	T细胞受体测序、多重免疫荧光(mIF)、RNA原位杂交(RISH)、Xenium原位单细胞空间转录组学	NA	空间多组学数据(蛋白质组+转录组)	1例SV ALI患者的肝脏移植样本
199	2025-07-03	Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma 2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16985 PMID:40296254	研究论文	通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数	首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型及预后评分系统，并验证了TIMP1作为关键调节因子的作用	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公共数据库	探究结肠腺癌中胞葬作用相关基因的分子特征及其临床意义	结肠腺癌患者的多组学数据及体外功能实验	生物信息学	结肠腺癌	单细胞测序、多组学整合分析、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	多组学数据（基因表达、单细胞测序等）	162个胞葬作用相关基因，22个在结肠腺癌中异常表达的基因
200	2025-07-03	Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae 2025-Jul-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/eraf245 PMID:40590299	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能	首次利用单核RNA测序技术研究Brassicaceae科C3-C4中间型植物的细胞特异性表达模式，揭示了与光呼吸反应相关的基因表达变化	研究仅限于Brassicaceae科中的一个物种，结果可能不具有广泛代表性	探究C3-C4中间型植物中细胞特异性如何影响相互关联的代谢途径	Moricandia arvensis（具有C3-C4中间型特征的Brassicaceae植物）和拟南芥（C3植物）	植物分子生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 电子显微镜免疫金标记	NA	RNA测序数据, 显微镜图像	Moricandia arvensis和拟南芥的叶片组织