单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31365 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-09-24 |
Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno
2023-12-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1023
PMID:37941153
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研究论文 | 提出一种名为SpatialAnno的空间转录组数据细胞/区域类型注释方法 | 通过因子模型估计非标记基因的低维嵌入，并利用Potts模型促进相邻位点的空间平滑性，无需参考数据集即可有效利用大量非标记基因和标记基因的定性信息 | NA | 开发空间转录组数据的细胞/区域类型分类方法 | 空间转录组数据中的细胞/位点 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序（10x Visium, ST, Slide-seqV1/2, seqFISH） | 因子模型, Potts模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和4个真实空间转录组数据集 |
| 202 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of the human heart
2023-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01918-1
PMID:37568021
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2025-09-24 |
p53 governs an AT1 differentiation programme in lung cancer suppression
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06253-8
PMID:37468633
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研究论文 | 本研究揭示p53通过调控肺泡1型细胞分化程序抑制肺腺癌发展的新机制 | 首次发现p53通过促进AT1细胞分化来抑制肺癌，并阐明其在肺泡损伤修复中的核心作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究p53抑制肺腺癌发展的分子机制 | 肺腺癌小鼠模型及肺泡上皮细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | RNA测序、ATAC测序、单细胞转录组分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组学数据、转录组数据 | Trp53野生型、缺失型和超态等位基因小鼠模型 |
| 204 | 2025-09-24 |
An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05769-3
PMID:37468583
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研究论文 | 通过多组学技术构建人类健康与损伤肾脏的高分辨率细胞图谱 | 首次整合单细胞/单核测序与空间成像技术，揭示51种主要细胞类型（含罕见新群体）及28种损伤相关细胞状态 | 样本量有限（93例），空间分辨率受技术限制 | 解析肾脏疾病中细胞类型、状态及组织微环境的分子特征 | 人类肾脏组织（45例健康供体+48例患者） | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞/单核测序、空间转录组、3D成像 | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组数据、成像数据 | 93例样本（>40万个细胞/核，120万个微环境分析） |
| 205 | 2025-09-24 |
Spatially resolved multiomics of human cardiac niches
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06311-1
PMID:37438528
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研究论文 | 结合单细胞和空间转录组学数据绘制人类心脏八个区域的细胞微环境图谱 | 首次整合知识驱动和无监督结构注释揭示心脏传导系统的独特分子特征及窦房节分区化结构 | 研究仅聚焦人类心脏特定区域，未验证其他物种或病理状态 | 解析人类心脏微环境的细胞组成和功能特征 | 人类心脏八个解剖区域的组织样本 | 空间多组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、空间转录组学 | CellPhoneDB.org模块、drug2cell预测工具 | 单细胞RNA测序数据、空间基因表达数据 | 人类心脏八个区域的样本（具体数量未明确说明） |
| 206 | 2025-09-24 |
Heritable transcriptional defects from aberrations of nuclear architecture
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06157-7
PMID:37286600
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研究论文 | 本研究揭示了核结构异常（微核和染色体桥）如何导致可遗传的转录抑制 | 首次将核结构异常与可遗传的转录缺陷联系起来，并发现DNA损伤的长期存在是潜在机制 | 表观遗传变化的异质性渗透机制尚未完全阐明 | 探究癌症中表观遗传变异的产生机制 | 癌细胞中的微核和染色体桥 | 细胞生物学 | 癌症 | 长期活细胞成像、单细胞RNA测序（Look-Seq2） | NA | 基因组数据、转录组数据、影像数据 | NA |
| 207 | 2025-09-24 |
Ultraviolet radiation shapes dendritic cell leukaemia transformation in the skin
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06156-8
PMID:37286599
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研究论文 | 本研究揭示了紫外线辐射如何影响树突状细胞白血病在皮肤中的转化过程 | 首次证明紫外线辐射可通过诱导克隆扩增突变促进BPDCN皮肤肿瘤发展，并发现TET2功能缺失突变对浆细胞样树突状细胞的紫外线抵抗作用 | 研究主要聚焦于BPDCN这一特殊白血病类型，其结论在其他白血病类型中的普适性有待验证 | 探索组织特异性环境暴露如何影响恶性前克隆向播散性癌症的演化 | 母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤（BPDCN）患者样本 | 肿瘤生物学 | 白血病 | 肿瘤系统基因组学、单细胞转录组学、基因分型 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，但包含BPDCN皮肤肿瘤和骨髓样本 |
| 208 | 2025-09-24 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
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研究论文 | 开发了一种用于结核分枝杆菌感染小鼠肺组织的多模态单细胞RNA测序方案 | 首次实现同时获取感染细胞的转录组、表面标志物表达和细菌表型信息的多模态单细胞测序技术 | NA | 阐明不同免疫细胞在控制或促进结核分枝杆菌感染中的作用机制 | 结核分枝杆菌感染的小鼠肺巨噬细胞 | 单细胞测序技术 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CITE-seq抗体染色 | NA | 单细胞转录组数据、表面蛋白表达数据 | 适用于小鼠、非人灵长类和人类感染组织样本 |
| 209 | 2025-09-24 |
Guidelines for bioinformatics of single-cell sequencing data analysis in Alzheimer's disease: review, recommendation, implementation and application
2022-03-02, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-022-00517-z
PMID:35236372
|
综述 | 本文系统综述了单细胞测序数据分析的生物信息学方法及其在阿尔茨海默病研究中的应用，并提供了具体的工作流程指南 | 首次系统总结了14个主要分析方向的单细胞测序数据分析方法，并针对每个方向提供了实施工作流程和应用案例 | 主要基于现有技术和方法进行综述，未来技术发展可能需要更新指南 | 为阿尔茨海默病的单细胞测序数据分析提供生物信息学指南和标准化工作流程 | 阿尔茨海默病患者和小鼠模型的单细胞测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因组测序数据 | 应用到一个大型单核RNA测序数据集 |
| 210 | 2025-09-23 |
Blood Single-Cell Transcriptomic and Proteomic Signatures of Paradoxical Eczema in Patients with Psoriasis Treated with Biologics
2025-Oct, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.02.153
PMID:40157420
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研究论文 | 通过单细胞转录组和蛋白质组技术研究银屑病患者接受生物制剂治疗后出现矛盾性湿疹的分子特征 | 首次在单细胞水平揭示矛盾性湿疹的炎症特征，并发现其与趋化因子和TNF通路基因遗传易感性的独立关联 | 样本来源和规模可能限制结论的普适性，机制验证需要进一步实验 | 探究生物制剂治疗银屑病过程中出现矛盾性湿疹的发病机制 | 接受TNF和IL-17/23轴靶向生物制剂治疗的银屑病患者 | 生物医学 | 银屑病/湿疹 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、基因型数据 | 包含矛盾性湿疹病例组和匹配银屑病对照组的队列样本 |
| 211 | 2025-06-20 |
Spatial Transcriptomics of Hirschsprung Disease Resection Margins Marks Differential Gene Expression in Myenteric Plexus
2025-Oct, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012
PMID:40532828
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2025-09-23 |
Targeting ribosomes reprograms the tumour microenvironment and augments cancer immunotherapy
2025-Oct, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03109-y
PMID:40646287
|
研究论文 | 本研究通过靶向核糖体生物合成重塑肿瘤微环境并增强癌症免疫治疗效果 | 首次揭示核糖体生物合成阻断对肿瘤微环境中免疫细胞的调控作用，发现对免疫治疗敏感的关键免疫细胞亚群 | NA | 探索核糖体生物合成阻断对肿瘤免疫微环境的重编程作用及其增强免疫治疗的机制 | 免疫活性体内模型、人类单细胞RNA测序数据、临床样本 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、核糖体靶向治疗 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | NA |
| 213 | 2025-09-23 |
Harnessing Machine Learning and Multiomics to Construct a Tumor-Specific T Cell Signature for Prognostic Assessment and Precision Medicine in Lung Adenocarcinoma
2025-Sep-22, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-18330-5
PMID:40976828
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研究论文 | 本研究通过机器学习和多组学方法构建了肺腺癌特异性T细胞相关基因预后标志物 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，开发了新型T细胞相关基因预后指标（TRGPI） | NA | 开发肺腺癌预后评估和精准医疗的生物标志物 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、加权基因共表达网络分析 | RSF + Ridge机器学习框架 | 转录组数据、临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本 |
| 214 | 2025-09-23 |
Polyethylene terephthalate microplastics exposure enhances the risk of ulcerative colitis: insights from multi-omics integration, machine learning, and molecular docking reveal intestinal toxicity mechanisms
2025-Sep-22, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003476
PMID:40981471
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研究论文 | 通过多组学整合与机器学习方法揭示PET微塑料暴露通过调控关键基因表达加剧溃疡性结肠炎风险的分子机制 | 首次整合多组学数据与机器学习算法系统筛选PET微塑料诱导溃疡性结肠炎的关键靶基因，并结合单细胞测序与分子对接验证毒性机制 | 研究主要基于公共数据库和动物模型，人类临床验证尚待完善 | 探究PET微塑料暴露与溃疡性结肠炎发病风险的分子关联机制 | PET微塑料、溃疡性结肠炎相关基因靶点、DSS诱导的小鼠模型 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 多组学整合分析、机器学习算法、单细胞测序、分子对接、Western blot | 三种机器学习算法筛选+八种算法验证（SHAP分析）、风险预测列线图模型 | 基因组数据、蛋白质表达数据、分子对接数据 | 公共数据库数据+DSS诱导的小鼠肠道组织样本 |
| 215 | 2025-09-23 |
DiSTect: a Bayesian model for disease-associated gene discovery and prediction in spatial transcriptomics
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf530
PMID:40981505
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研究论文 | 提出一种名为DiSTect的贝叶斯模型，用于在空间转录组学数据中发现和预测疾病相关基因 | 通过自回归项整合组织点的空间相关性，采用分层结构分析多个相关样本，并针对不同规模数据集开发两种计算框架 | NA | 开发能够识别疾病指示基因的统计模型 | HER2+乳腺癌和阿尔茨海默病的空间转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 贝叶斯收缩模型 | 空间基因表达数据 | NA |
| 216 | 2025-09-23 |
CLUEY enables knowledge-guided clustering and cell type detection from sinlge-cell omics data
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf528
PMID:40981522
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研究论文 | 提出CLUEY知识引导框架，用于单细胞组学数据的细胞类型检测和聚类分析 | 将先验生物学知识整合到聚类过程中，为最佳聚类数量提供指导 | NA | 解决单细胞组学数据聚类分析中的主观性问题 | 单细胞组学数据（scRNA-seq、scATAC-seq等） | 生物信息学 | NA | 单细胞组学技术（scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq、SHARE-seq） | 知识引导聚类框架 | 单细胞组学数据 | NA |
| 217 | 2025-09-23 |
HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics
2025-Sep-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251377097
PMID:40982255
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研究论文 | 提出一种基于双曲流形学习的深度几何学习框架HyperDiffuseNet，用于空间转录组数据降维 | 首次将双曲潜在空间与变分自编码器结合，通过图卷积网络学习多尺度空间依赖关系，并在闵可夫斯基空间中进行线性混合扩散信息 | 论文未明确说明方法计算复杂度及在大规模数据集上的可扩展性 | 解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构的降维表示问题 | 空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组技术 | 变分自编码器、图卷积网络、双曲流形学习 | 空间转录组数据 | 多个空间转录组数据集（未指定具体样本数量） |
| 218 | 2025-09-23 |
Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy
2025-Sep-19, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00306-2
PMID:40971094
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境，发现CD8效应T细胞的活化可作为免疫治疗疗效的预测生物标志物 | 首次将CD8Teff细胞活化和CXCL13信号识别为TNBC免疫治疗响应的关键预测因子，并开发了基于病理图像的人工智能识别模型 | 样本量相对有限，需要更大规模的前瞻性研究验证生物标志物的临床适用性 | 探索三阴性乳腺癌免疫微环境特征并开发免疫治疗疗效预测生物标志物 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析 | 人工智能模型（具体类型未明确说明） | 单细胞RNA测序数据、病理图像数据 | 包含训练队列和验证队列（具体样本数未明确说明） |
| 219 | 2025-09-23 |
A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication
2025-Sep-19, Mathematical biosciences
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.mbs.2025.109537
PMID:40976482
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研究论文 | 提出一个考虑细胞间通讯的动态模型，扩展了Waddington的发育景观概念 | 首次将细胞间通讯机制整合到Waddington景观的数学模型中，通过耦合偏微分方程和常微分方程系统描述细胞状态 | 模型验证仅基于单细胞转录组数据，需要更多实验数据支持 | 建立能够准确描述细胞发育和成熟过程的数学模型 | 细胞发育过程、细胞间通讯机制 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学分析、微分方程建模 | 耦合偏微分方程-常微分方程系统 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 220 | 2025-09-23 |
Epac1 deletion attenuates Müller glial pathological activation and mitigates retinal neurodegeneration in ischemia-induced retinopathy
2025-Sep-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.09.031
PMID:40976555
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研究论文 | 本研究通过基因敲除技术探讨Epac1在缺血性视网膜病变中对Müller胶质细胞病理激活和视网膜神经变性的调控作用 | 首次揭示Epac1通过调节Müller细胞中VEGF信号通路促进视网膜神经变性的新机制 | 研究仅限于小鼠OIR模型，尚未在人类疾病中得到验证 | 探究Epac1在缺血性视网膜病变中的作用及其分子机制 | 氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型和原代Müller细胞 | 眼科疾病研究 | 缺血性视网膜病变（包括早产儿视网膜病变和增殖性糖尿病视网膜病变） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、qPCR、Western blot、邻近连接分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织形态学数据 | 使用小鼠OIR模型进行研究，具体样本数量未明确说明 |