单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-07-02	Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma and ganglioglioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations 2025-Jun-30, Brain pathology (Zurich, Switzerland) DOI:10.1111/bpa.70023 PMID:40588233	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析，研究儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境及其与BRAF突变的关系	首次利用多组学方法揭示儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境异质性，并发现KIAA1549-BRAF肿瘤比BRAF V600E肿瘤更具免疫原性	需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制	探索儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境特征及其对免疫治疗的影响	儿童低级别胶质瘤（pLGG）中的毛细胞星形细胞瘤（PA）和神经节胶质瘤（GG）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、细胞因子分析	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、细胞因子数据	未明确说明样本数量，但包括PA和GG两种肿瘤类型
302	2025-07-02	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Jun-30, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	介绍了一种名为LaGrACE的新方法，用于结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调	提出LaGrACE方法，能够结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调，并在单细胞分辨率下有效识别药物反应信号	未明确提及具体局限性	估计基因程序的失调，以增强对疾病亚群潜在分子机制的发现	基因表达程序及其调控网络	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病(COPD)	RNA-seq	LaGrACE	组学数据、临床数据	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）、单细胞RNA-seq药物扰动数据集
303	2025-07-02	Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning 2025-Jun-30, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10145-9 PMID:40588645	研究论文	通过综合生物信息学分析和机器学习方法，探索克罗恩病和缺血性中风之间的共享诊断基因和机制	首次使用综合生物信息学和机器学习方法识别克罗恩病和缺血性中风的共享诊断基因，并揭示TLR介导的炎症反应在两者共病中的关键作用	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源和数量可能限制结论的普适性	探索克罗恩病和缺血性中风共病的共享机制和诊断标志物	克罗恩病和缺血性中风患者的基因表达数据	生物信息学	克罗恩病和缺血性中风	WGCNA、机器学习算法、单细胞RNA测序、CIBERSORT、Mendelian随机化、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
304	2025-07-02	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Jun-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	research paper	介绍了一种名为FemXpress的计算工具，用于在女性单细胞RNA测序数据中基于X染色体失活（XCI）的起源对细胞进行分类	FemXpress无需父母基因组信息即可稳健地对单细胞样本中的XCI起源进行分类，并能识别逃逸XCI的基因	NA	开发一种计算工具，用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性	女性单细胞RNA测序数据，特别是X染色体失活的异质性	computational biology	NA	scRNA-Seq	NA	RNA sequencing data	多个组织的食蟹猴单细胞RNA测序数据，以及胚胎和结肠肿瘤的scRNA-Seq数据集
305	2025-07-02	Immune mechanisms and signatures in lethal and non-lethal sepsis revealed by single-cell transcriptomics 2025-Jun-28, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf140 PMID:40580488	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了致命和非致命败血症中的免疫机制和特征	利用单细胞RNA测序技术，发现了败血症中单核细胞亚群Mono2的动态变化及其与疾病严重程度的相关性，并验证了多个基因标记在患者诊断中的潜在应用	研究基于小鼠模型，虽然验证了患者数据，但临床转化仍需进一步研究	探索败血症的免疫机制和分子特征，以改善诊断和治疗策略	小鼠模型中的外周血单个核细胞及公开的患者数据	单细胞转录组学	败血症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型及公开的患者数据
306	2025-07-02	Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress 2025-Jun-28, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03088-9 PMID:40581656	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交压力易感性中的重要作用	首次发现Sox6中间神经元在雌性小鼠慢性社交压力易感性中的富集现象及其与抑郁样行为的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究女性抑郁症的细胞和分子机制	雌性小鼠前额叶皮层的细胞类型	神经科学	抑郁症	单核RNA测序(snRNA-Seq)，加权基因共表达网络分析(WGCNA)	慢性社交挫败压力(CSDS)小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用雌性小鼠前额叶皮层细胞
307	2025-07-02	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种加速斜向随机生存森林模型，在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅限于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断（ICB）疗效的决定因素，并开发预测ICB耐药的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本和Lewis肺癌细胞	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序、非负矩阵分解	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞RNA测序数据	156例NSCLC患者样本
308	2025-07-02	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Jun-28, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中器官发生的调控机制，特别是豆科植物根瘤的发育过程	探讨了根瘤与侧根在发育过程中的相似性与进化分歧，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具的应用	主要关注豆科植物（Papilionoideae 分支），可能不适用于其他固氮植物	理解固氮共生中器官发生的分子和细胞机制	豆科植物的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学	NA	基因表达数据、成像数据	NA
309	2025-07-02	Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features 2025-Jun-27, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00987-2 PMID:40579588	研究论文	本研究通过整合89个B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）样本的单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据与正常人类B细胞发育的单细胞图谱，探讨了B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	揭示了B-ALL亚型中多能祖细胞的富集及其与谱系可塑性的关联，并开发了一个与较差生存率独立相关的'多能性评分'	研究样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未涉及所有已知的B-ALL亚型	探讨B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞转录组学	B细胞急性淋巴细胞白血病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
310	2025-07-02	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Jun-27, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，揭示了胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性及其重要作用	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，首次识别出胃峡部干细胞在胃癌中的三种状态，并重构了胃癌细胞的谱系轨迹	样本量有限，未涉及胃癌不同亚型的比较分析	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	未明确说明样本数量
311	2025-07-02	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Jun-27, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一个用于卵巢癌预后预测的AI衍生预后指数（AIDPI）模型，并探讨了其治疗意义	利用多数据集分析和机器学习算法构建AIDPI模型，首次将MFAP4基因鉴定为卵巢癌的潜在治疗靶点	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证	开发高精度的卵巢癌预后预测工具并探索其治疗应用	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（bulk和single-cell），DNA甲基化分析	机器学习集成模型	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多中心数据集
312	2025-07-02	Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity 2025-Jun-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908 PMID:40581928	研究论文	探讨淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫交互受podoplanin活性调控的机制	首次直接测试了PDPN信号在成体淋巴节点FRCs中的需求，并揭示了PDPN缺失如何影响炎症信号和基质-免疫细胞交互	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	研究淋巴节点中成纤维细胞与免疫细胞交互的分子机制	淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及免疫细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件性体内缺失模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
313	2025-07-02	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病相关牙周炎症中免疫细胞群体的变化，特别是γ T细胞在糖尿病增强的牙周破坏中的核心作用	首次发现γ T细胞作为糖尿病增强牙周破坏的中央介质，并验证了IL-17A产生的γ T细胞在糖尿病小鼠和人类样本中的显著扩张	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能需要在更大规模的人类研究中进一步验证	探究糖尿病与牙周疾病之间破坏性协同作用的机制	糖尿病牙周组织中的免疫细胞群体	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNAseq), 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	糖尿病小鼠和人类糖尿病牙周标本
314	2025-07-02	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌(OSCC)干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为响应巨噬细胞-OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探索调控OSCC癌症干细胞特性的肿瘤-免疫细胞相互作用的关键信号轴	口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞和巨噬细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
315	2025-07-02	Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker 2025-Jun-27, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024 PMID:40582697	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并鉴定出ABHD17C作为一种新型生物标志物	首次在单细胞水平上描绘了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并发现ABHD17C作为C4上皮亚型的关键标志物	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤细胞中蛋白质棕榈酰化的异质性及其在肿瘤进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但分析了23种棕榈酰转移酶和7种去棕榈酰转移酶
316	2025-07-02	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	研究论文	该研究揭示了黑色素瘤起始过程中的最小通路，特别是在仅携带Braf突变的小鼠中观察到的肿瘤发生机制	发现仅Braf突变即可引发黑色素瘤，并鉴定出一种类似神经嵴的细胞类型作为恶性细胞的前体	未能找到解释大多数肿瘤发生的de novo突变或结构变异	探索黑色素瘤起始的遗传机制和细胞起源	小鼠模型中的黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
317	2025-07-02	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jun-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907 PMID:40580476	研究论文	研究通过一项为期3年的研究，调查了78名未报告有症状感染的个体中，重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响	揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的稳定性和多样性，以及无症状感染对T细胞表型的影响	样本量较小（78人），且仅针对未报告症状感染的个体，可能无法代表更广泛人群	探讨重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名未报告有症状感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	78名未报告有症状感染的个体
318	2025-07-02	Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning 2025-Jun-26, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457 PMID:40580873	研究论文	通过单细胞转录组学和深度学习，识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略	开发了一个基于巨噬细胞分化的分类器（MMDCSS），并发现非那雄胺作为ZBTB20调节剂能够逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化	研究样本量较小（24名TNBC患者），且未涉及临床试验	探索三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的调控机制及其治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤微环境（TME）中的巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、伪时间轨迹映射	深度学习	转录组数据	24名TNBC患者
319	2025-07-02	Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos 2025-Jun-26, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014 PMID:40581241	研究论文	通过分析人类胚胎单细胞RNA测序数据，研究外胚层细胞特化和分化过程中的动态信号通路	揭示了BMP、WNT、FGF、LIF和TGFβ等多条信号通路在外胚层发育中的作用，并提出了内细胞团和外胚层可能作为信号枢纽协调关键细胞间通讯事件的新观点	需要进一步的蛋白质水平和功能验证	探究人类胚胎早期发育过程中外胚层细胞特化和分化的调控机制	人类早期胚胎的外胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涵盖植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的人类胚胎样本
320	2025-07-02	Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway 2025-Jun-26, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964 PMID:40581265	研究论文	本研究探讨了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的机制	首次揭示了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过靶向抑制CREBRF激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的分子机制	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明CAF外泌体miRNA调控骨肉瘤进展的分子机制	骨肉瘤患者血清和组织样本、小鼠模型	肿瘤生物学	骨肉瘤	小RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	皮下骨肉瘤小鼠模型	RNA测序数据、qRT-PCR数据、单细胞RNA测序数据	骨肉瘤患者血清和组织样本（具体数量未明确）、小鼠模型