单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 23061 - 23080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23061 | 2024-08-08 |
Clustering spatial transcriptomics data
2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab704
PMID:34623423
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研究论文 | 本文开发了一种名为FICT的新方法，该方法结合了基因表达和邻域信息来分配细胞类型，以充分利用空间转录组数据并提高识别新型亚型的能力 | FICT方法的创新之处在于它同时考虑了基因表达和细胞邻域信息，从而提高了细胞类型和亚型的识别准确性 | NA | 开发一种新的方法来更有效地分析空间转录组数据，并提高细胞类型和亚型的识别能力 | 空间转录组数据中的细胞类型和亚型 | 生物信息学 | NA | 荧光原位杂交（FISH） | 概率函数 | 空间转录组数据 | 模拟数据和多个真实空间转录组数据 |
| 23062 | 2024-08-08 |
Alignment of single-cell trajectories by tuMap enables high-resolution quantitative comparison of cancer samples
2022-01-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2021.09.003
PMID:34624253
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研究论文 | 本文介绍了一种名为tuMap的算法，该算法利用高维单细胞数据对具有内在发育结构的癌症样本进行对齐，以实现与健康发育的比较 | tuMap算法能够生成tuMap伪时间轴，允许对癌症样本进行系统性和有意义的比较，并揭示与临床相关的关联 | NA | 开发一种算法以实现高分辨率的癌症样本定量比较 | 急性淋巴细胞白血病和骨髓性白血病的单细胞数据 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 23063 | 2024-08-08 |
scMRA: a robust deep learning method to annotate scRNA-seq data with multiple reference datasets
2022-01-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab700
PMID:34623390
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMRA的深度学习方法，用于使用多个参考数据集注释单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | scMRA通过构建知识图谱和使用图形卷积网络作为判别器，能够有效地从多个参考数据集中转移知识到未标记的目标域，并能去除批次效应 | NA | 开发一种有效且高效的细胞类型识别方法，以整合积累的scRNA-seq数据，实现细胞类型和状态的共同本体 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图形卷积网络 | scRNA-seq数据 | 多个数据集 |
| 23064 | 2024-08-08 |
CeDR Atlas: a knowledgebase of cellular drug response
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab897
PMID:34634794
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研究论文 | 本文介绍了CeDR Atlas，一个报告细胞药物反应计算推断的知识库，涵盖多种组织中的数百种细胞类型 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和Connectivity Map资源（CMap）的高通量药物诱导基因表达分析，实现了细胞分辨率的药物反应精细映射 | NA | 研究不同细胞类型对药物反应的差异，以改善组合治疗、药物抗性和副作用的设计 | 人类、小鼠和细胞系的单细胞数据对象 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过582个单细胞数据对象，包括约140种表型和1250种组织-细胞组合类型 |
| 23065 | 2024-08-08 |
SMILE: mutual information learning for integration of single-cell omics data
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab706
PMID:34623402
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研究论文 | 本文介绍了一种无监督深度学习算法SMILE，通过最大化互信息来学习单细胞数据的判别表示，用于整合多源单细胞转录组数据 | SMILE算法能够成功整合多源单细胞转录组数据，消除批次效应，并将来自不同组织的相似细胞类型投影到共享空间中 | NA | 开发一种新的算法来整合不同来源、类型和特征的单细胞组学数据 | 单细胞组学数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习算法 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 23066 | 2024-08-08 |
Joint-Tissue Integrative Analysis Identified Hundreds of Schizophrenia Risk Genes
2022-Jan, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-021-02572-x
PMID:34628600
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研究论文 | 本研究利用多组织基因表达数据和全基因组关联研究数据，通过转录组范围的关联研究（TWAS）和孟德尔随机化分析，识别了与精神分裂症遗传风险相关的144个基因 | 本研究首次发现这些基因在产前和产后脑组织中的表达趋势截然相反，并在中孕期胎儿脑部的单细胞RNA测序数据中揭示了这些基因在谷氨酸能兴奋性神经元和循环前体细胞中的富集 | 需要进一步使用先进的算法在大量脑组织和单细胞中以及不同发育阶段进行研究，以表征精神分裂症发病机制的转录组特征 | 识别与精神分裂症遗传风险相关的基因，并探讨其在疾病发病机制中的作用 | 精神分裂症风险基因及其在脑发育中的表达模式 | 基因组学 | 精神分裂症 | 全基因组关联研究（GWAS），转录组范围的关联研究（TWAS），孟德尔随机化（MR）分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23067 | 2024-08-08 |
3D tumor angiogenesis models: recent advances and challenges
2021-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-021-03814-0
PMID:34613483
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综述 | 本文综述了3D肿瘤血管生成模型的最新进展和面临的挑战 | 介绍了基于组织工程的肿瘤模型、血管类器官模型和器官芯片等新型3D肿瘤血管模型系统 | 现有模型多依赖于正常内皮细胞，与具有独特（表观）遗传和代谢特征的肿瘤内皮细胞有显著差异 | 旨在改进肿瘤血管模型系统，以促进个性化医疗的发展 | 肿瘤血管生成机制及其临床应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 23068 | 2024-08-08 |
Transcriptional and functional divergence in lateral hypothalamic glutamate neurons projecting to the lateral habenula and ventral tegmental area
2021-12-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2021.09.020
PMID:34624220
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研究论文 | 本研究通过病毒示踪、单细胞测序、电生理学和体内钙成像技术，系统比较了投射到外侧缰核和腹侧被盖区的外侧下丘脑谷氨酸能神经元的功能差异 | 揭示了外侧下丘脑神经元在投射到不同脑区的功能异质性，表明奖励和厌恶在不同的传出通路中被不同处理 | NA | 解析外侧下丘脑特定神经元群的功能 | 外侧下丘脑谷氨酸能神经元投射到外侧缰核和腹侧被盖区的功能差异 | 神经科学 | NA | 病毒示踪、单细胞测序、电生理学、体内钙成像 | NA | 神经元活动数据 | NA |
| 23069 | 2024-08-08 |
Significance of intratumoral infiltration of B cells in cancer immunotherapy: From a single cell perspective
2021-12, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2021.188632
PMID:34626740
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综述 | 本文综述了肿瘤内浸润B细胞在癌症免疫治疗中的作用，特别是从单细胞RNA测序的角度探讨其亚群、分化轨迹及与肿瘤微环境中的其他细胞的相互作用 | 利用单细胞RNA测序技术，高分辨率动态监测肿瘤微环境在免疫治疗中的变化，揭示B细胞在抗肿瘤免疫中的独特功能 | NA | 探讨肿瘤内浸润B细胞在癌症免疫治疗中的潜在临床应用价值，作为生物标志物和治疗靶点 | 肿瘤内浸润B细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 免疫学 | 恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | NA |
| 23070 | 2024-08-08 |
Curc-mPEG454, a PEGylated curcumin derivative, as a multi-target anti-fibrotic prodrug
2021-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2021.108166
PMID:34628270
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研究论文 | 本研究评估了PEG化姜黄素衍生物Curc-mPEG454在四氯化碳诱导的大鼠肝纤维化模型中的抗纤维化效果及其机制 | Curc-mPEG454不仅提高了姜黄素的血液浓度，还保留了其抗炎活性，并通过调节多种信号通路有效抑制了纤维化相关细胞的扩张 | NA | 评估Curc-mPEG454的抗纤维化效果并探索其作用机制 | Curc-mPEG454在四氯化碳诱导的大鼠肝纤维化模型中的作用 | NA | 肝纤维化 | RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 使用50 mg/kg和100 mg/kg Curc-mPEG454处理的大鼠 |
| 23071 | 2024-08-08 |
Tumor-propagating side population cells are a dynamic subpopulation in undifferentiated pleomorphic sarcoma
2021-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.148768
PMID:34618689
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研究论文 | 本研究利用未分化多形性肉瘤（UPS）的小鼠模型，追踪了肉瘤侧群（SP）细胞与非SP细胞之间的谱系关系，并探讨了SP细胞的肿瘤传播潜力及其在肿瘤生长和自我更新中的作用。 | 首次证明了肉瘤中的肿瘤传播细胞（TPCs）的表型是动态的，非SP细胞可以转化为具有增强肿瘤传播潜力的SP细胞。 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人类肉瘤中验证这些发现。 | 探讨肉瘤中肿瘤传播细胞的动态特性及其对肿瘤生长和自我更新的影响。 | 未分化多形性肉瘤（UPS）中的侧群（SP）细胞和非SP细胞。 | 数字病理学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 小鼠模型中的SP细胞和非SP细胞 |
| 23072 | 2024-08-08 |
Human nasal wash RNA-Seq reveals distinct cell-specific innate immune responses in influenza versus SARS-CoV-2
2021-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152288
PMID:34618691
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人鼻洗液细胞在流感与SARS-CoV-2感染中的先天免疫反应差异 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了流感与SARS-CoV-2感染在鼻腔上皮细胞和免疫细胞中的不同反应 | 研究样本仅限于成人，且未涵盖所有可能的细胞类型和亚型 | 探讨流感与SARS-CoV-2感染在鼻腔上皮细胞和免疫细胞中的先天免疫反应差异 | 人鼻洗液细胞在流感与SARS-CoV-2感染中的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成人鼻洗液细胞样本 |
| 23073 | 2024-08-08 |
Cell cycle heterogeneity directs spontaneous 2C state entry and exit in mouse embryonic stem cells
2021-11-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.09.003
PMID:34624246
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研究论文 | 本文研究了小鼠胚胎干细胞中自发进入和退出二细胞样状态的过程 | 揭示了细胞周期在调节核仁和核周异染色质组装中通过影响2C基因Dux表达，从而介导二细胞样状态与多能状态之间双向过渡的机制 | NA | 理解小鼠胚胎干细胞中二细胞样状态与多能状态之间的双向过渡机制 | 小鼠胚胎干细胞中的二细胞样细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 少量二细胞样细胞 |
| 23074 | 2024-08-08 |
CTRP4 ablation impairs associative learning and memory
2021-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202100733RR
PMID:34610176
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研究论文 | 本研究探讨了C1q/TNF相关蛋白4（CTRP4）在中枢神经系统中的功能，特别是其在海马依赖的联想学习和记忆中的作用。 | 首次揭示了CTRP4在海马依赖的联想学习和记忆中的作用，并发现这种作用具有性别依赖性。 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于其他物种。 | 揭示CTRP4在中枢神经系统中的额外功能，特别是其在联想学习和记忆中的作用。 | Ctrp4敲除（KO）小鼠的行为和基因表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Ctrp4 KO小鼠和野生型（WT）同窝小鼠 |
| 23075 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals androgen receptor regulates the ER-to-Golgi trafficking pathway with CREB3L2 to drive prostate cancer progression
2021-11, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-021-02026-7
PMID:34611310
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析揭示了雄激素受体通过调节ER-to-Golgi运输途径中的CREB3L2基因，促进前列腺癌进展的机制 | 本研究首次揭示了雄激素受体在前列腺癌中通过调节ER-to-Golgi运输途径的关键作用，并发现小分子抑制剂增强抗雄激素治疗的效果 | NA | 探究雄激素受体在前列腺癌进展中的作用机制 | 前列腺癌中的雄激素受体及其调控的ER-to-Golgi运输途径 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23076 | 2024-08-08 |
Neutrophil extracellular traps impair regeneration
2021-11, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.16896
PMID:34623736
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研究论文 | 研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在伤口诱导的毛囊新生（WIHN）中的作用，发现成熟中性粒细胞及其产生的NETs抑制了WIHN过程 | 发现中性粒细胞外陷阱（NETs）释放的核剪接体U1双链RNA可能调节WIHN，但实际抑制了再生过程 | 研究未明确伤口相关双链RNA的来源 | 探究纤维化问题的解决方法，通过研究伤口诱导的毛囊新生（WIHN）作为非纤维化愈合模型 | 中性粒细胞外陷阱（NETs）在伤口愈合中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Tlr3-/-小鼠的伤口床 |
| 23077 | 2024-08-08 |
Role of HRTPT in kidney proximal epithelial cell regeneration: Integrative differential expression and pathway analyses using microarray and scRNA-seq
2021-11, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.16976
PMID:34626063
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研究论文 | 本研究通过微阵列和单细胞RNA测序分析，探讨了HRTPT细胞在肾近端上皮细胞再生中的作用及其基因表达差异 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了HRTPT细胞中与CD133相关的独特基因簇，并与其他人类肾源细胞系进行了比较 | NA | 进一步表征和理解HRTPT细胞中的全局基因表达差异、上调途径和基因相互作用 | HRTPT细胞和HREC24T细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 微阵列分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了HRTPT和HREC24T细胞系进行分析 |
| 23078 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing: the technological revolution behind a new wave of multiomic studies in basic and cancer research
2021-11, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.2144/btn-2021-0088
PMID:34636653
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research paper | 本文介绍了单细胞测序技术及其在多组学研究中的应用，特别是在基础研究和癌症研究领域的新进展 | 本文介绍了新的单细胞技术和多组学方法的应用，这些技术正在推动癌症研究的新领域 | NA | 推动癌症研究的新领域 | 单细胞技术和多组学方法 | digital pathology | cancer | single-cell sequencing | NA | multiomic data | NA |
| 23079 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals the importance of CXCL13/CXCR5 axis biology in lymphocyte-rich classic Hodgkin lymphoma
2021-10-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2105822118
PMID:34615710
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光技术，研究了淋巴细胞丰富的经典霍奇金淋巴瘤（LR-CHL）的肿瘤微环境（TME），并探讨了CXCL13/CXCR5轴及其在LR-CHL中的病理重要性。 | 首次在单细胞分辨率下对LR-CHL的肿瘤微环境进行表征，并发现CXCL13/CXCR5轴和PD-1CXCL13 T细胞在LR-CHL中的独特作用。 | 研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据。 | 探讨LR-CHL中CXCL13/CXCR5轴的生物学重要性及其作为治疗靶点的潜力。 | 淋巴细胞丰富的经典霍奇金淋巴瘤（LR-CHL）及其肿瘤微环境。 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 8个LR-CHL细胞悬液样本，20个混合细胞性（MC）和结节性硬化（NS）亚型样本，以及5个反应性淋巴结对照样本。 |
| 23080 | 2024-08-08 |
A short review on lymphatic endothelial cell heterogeneity
2021-Oct-11, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-021-00183-6
PMID:34635187
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综述 | 本文综述了淋巴内皮细胞的异质性，基于单细胞RNA测序研究，探讨了其在不同物种中的基因表达模式及其潜在的适应性 | 揭示了淋巴内皮细胞在不同物种中的保守基因表达模式及其特有的基因集 | 尚未明确这种异质性对外部环境的适应程度，以及调控淋巴内皮细胞不同亚群的转录和调节途径 | 探讨淋巴内皮细胞的异质性及其基因表达模式 | 淋巴内皮细胞及其基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类样本 |