单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23993 篇文献，本页显示第 22941 - 22960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22941 | 2024-08-09 |
Quantitative assessment of cell population diversity in single-cell landscapes
2018-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.2006687
PMID:30346945
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sc-UniFrac的框架，用于在单细胞转录组景观中统计量化细胞群体的组成多样性 | sc-UniFrac框架能够敏感且稳健地量化模拟和实验数据集中的细胞群体身份和数量 | NA | 开发一种方法来定量和统计地定义跨数据集的细胞群体结构的比例变化 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体多样性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 22942 | 2024-08-09 |
Single cell RNA-seq data clustering using TF-IDF based methods
2018-Aug-13, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-018-4922-4
PMID:30367575
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于TF-IDF变换的单细胞RNA测序数据聚类新方法 | 提出了一种基于TF-IDF变换的单细胞RNA测序数据聚类方法，该方法在文本分析领域已被成功应用 | NA | 开发适用于单细胞RNA测序数据的新型无监督聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | TF-IDF | RNA测序数据 | 数百万个细胞 |
| 22943 | 2024-08-09 |
Assessing Transcriptome Quality in Patch-Seq Datasets
2018, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2018.00363
PMID:30349457
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研究论文 | 本文对五个Patch-seq数据集进行了重新分析，旨在开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的简单标准 | 开发了一种基于标记基因的方法来评分单细胞转录组质量，并提出了质量控制步骤以优化高质量样本的产量 | 技术混杂因素可能限制了Patch-seq衍生单细胞转录组的解释性 | 开发评估Patch-seq衍生的单细胞转录组质量的标准 | 来自小鼠脑切片和人类干细胞衍生的神经元的细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | Patch-seq | NA | 转录组数据 | 五个Patch-seq数据集 |
| 22944 | 2024-08-09 |
CancerSEA: a cancer single-cell state atlas
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky939
PMID:30329142
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研究论文 | 开发了CancerSEA数据库，这是一个专注于探索癌症单细胞水平上不同功能状态的首个专用数据库 | CancerSEA是首个专注于癌症单细胞功能状态的数据库，提供了14种功能状态的详细信息，并允许用户查询特定基因或基因列表在不同癌症中的功能状态关联 | NA | 构建一个专用资源以解码癌症单细胞的功能状态 | 41,900个来自25种癌症类型的单细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 41,900个癌症单细胞 |
| 22945 | 2024-08-09 |
Circulating Glioma Cells Exhibit Stem Cell-like Properties
2018-12-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-0650
PMID:30322863
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研究论文 | 本文报道了胶质母细胞瘤（GBM）来源的循环肿瘤细胞（CTC）具有癌症干细胞（CSC）样表型，并通过自我播种过程促进局部肿瘤发生和复发 | 发现GBM来源的CTC具有CSC样特性，并揭示了Wnt信号通路在CTC中的激活诱导干细胞特性和化学抗性 | NA | 研究GBM来源的CTC的生物学特性及其在肿瘤复发和治疗抵抗中的作用 | 胶质母细胞瘤患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括人类GBM患者样本和转基因小鼠模型 |
| 22946 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Novel Markers of Male Pituitary Stem Cells and Hormone-Producing Cell Types
2018-12-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/en.2018-00750
PMID:30335147
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了雄性小鼠垂体中的干细胞和激素产生细胞类型，并鉴定了新的标记基因 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了垂体中干细胞和激素产生细胞的新标记基因，并通过体内验证展示了其应用价值 | 文章指出，由于转录组注释不完整，某些仅生成3'转录本末端序列的单细胞RNA测序平台可能会产生假阴性结果 | 研究垂体中干细胞和激素产生细胞的调控机制及其标记基因 | 7周龄C57BL/6雄性小鼠的垂体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 约13,663个细胞，来自6个完整的垂体腺 |
| 22947 | 2024-08-09 |
Lung Single-Cell Signaling Interaction Map Reveals Basophil Role in Macrophage Imprinting
2018-11-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.09.009
PMID:30318149
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肺发育过程中的细胞组成和分子特征，并揭示了嗜碱性粒细胞在巨噬细胞印迹中的作用 | 首次通过单细胞层面的全组织信号交互图谱揭示了嗜碱性粒细胞在肺部特定功能中的作用 | NA | 探索肺发育和功能中细胞类型和谱系间的相互作用 | 肺部细胞的组成及其分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 818对配体-受体相互作用 |
| 22948 | 2024-08-09 |
High-Dimensional Analysis Delineates Myeloid and Lymphoid Compartment Remodeling during Successful Immune-Checkpoint Cancer Therapy
2018-11-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.09.030
PMID:30343900
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研究论文 | 本文通过高维分析方法，研究了免疫检查点癌症治疗期间骨髓和淋巴细胞隔室的重组情况 | 本文首次通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，揭示了免疫检查点治疗期间肿瘤浸润细胞的基因表达变化和细胞蛋白质表达的纵向评估 | NA | 研究免疫检查点治疗期间肿瘤微环境的重组情况 | 骨髓和淋巴细胞隔室的重组情况 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq），质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据 | 同基因小鼠肿瘤样本 |
| 22949 | 2024-08-09 |
Single-molecule DNA-mapping and whole-genome sequencing of individual cells
2018-10-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1804194115
PMID:30322920
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研究论文 | 本文开发了一种低成本、可大规模生产的微/纳米流体芯片，用于从单个细胞中提取DNA，并进行基因组结构直接映射和全基因组测序 | 本文引入了一种新的微/纳米流体芯片技术，能够直接从单个分子进行解链-复链（D-R）光学映射，揭示单细胞基因组的结构变异 | D-R映射在检测复杂区域和不同染色体间序列同源性较高的区域时存在挑战 | 阐明组织和肿瘤中的细胞多样性和克隆进化 | 单细胞基因组的异质性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 解链-复链（D-R）光学映射 | NA | 基因组数据 | 17个片段覆盖19.8 Mb的基因组 |
| 22950 | 2024-08-09 |
Holo-Seq: single-cell sequencing of holo-transcriptome
2018-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1553-7
PMID:30333049
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Holo-Seq的单细胞全转录组测序方法，该方法克服了现有单细胞RNA测序技术的预扩增偏差、丢失链来源信息以及无法同时观察小RNA和mRNA双转录组的问题 | Holo-Seq技术具有与批量RNA测序相同的定量准确性和均匀覆盖率，并能同时观察单细胞中的小RNA和mRNA | NA | 开发一种新的单细胞测序技术，以克服现有技术的局限性 | 人类肝细胞癌单细胞的小RNA和mRNA双转录组 | 基因组学 | 肝细胞癌 | 单细胞全转录组测序 | NA | 转录组数据 | 32个单细胞 |
| 22951 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Traced Epidermal and Hair Follicle Stem Cells Reveals Rapid Adaptations during Wound Healing
2018-10-16, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.059
PMID:30332640
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术，追踪并分析了表皮和毛囊干细胞在伤口愈合过程中的转录适应性 | 首次揭示了Lgr5和Lgr6表达的毛囊和表皮干细胞在伤口愈合中的分子反应和功能适应性 | NA | 探讨不同干细胞在伤口愈合中的响应和适应机制 | 表皮和毛囊干细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 22952 | 2024-08-09 |
Single Cell RNA Sequencing Identifies HSPG2 and APLNR as Markers of Endothelial Cell Injury in Systemic Sclerosis Skin
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02191
PMID:30327649
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别与内皮细胞损伤相关的标记物 | 首次通过单细胞RNA测序技术，在系统性硬化症皮肤中识别出与内皮细胞损伤相关的标记物HSPG2和APLNR | 需要进一步的研究来验证这些标记物在系统性硬化症中的具体作用机制 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别与系统性硬化症血管损伤相关的内皮细胞标记物和信号通路 | 系统性硬化症和健康对照皮肤中的内皮细胞 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | t-分布随机邻域嵌入 | RNA | 系统性硬化症和健康对照皮肤中的细胞 |
| 22953 | 2024-08-09 |
Quantifying Waddington's epigenetic landscape: a comparison of single-cell potency measures
2020-Jan-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bby093
PMID:30289442
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研究论文 | 本研究通过九个独立的单细胞RNA-Seq实验，比较了四种不同的单细胞分化潜能模型，评估了它们在区分不同分化潜能细胞方面的能力 | 研究首次展示了将RNA-Seq数据与蛋白质相互作用网络整合可以显著提高单细胞分化潜能估计的鲁棒性和可靠性，并发现了高分化潜能与网络枢纽蛋白过表达之间的正相关关系 | NA | 评估单细胞分化潜能模型的鲁棒性和可靠性 | 单细胞分化潜能模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 九个独立的单细胞RNA-Seq实验 |
| 22954 | 2024-08-09 |
CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky900
PMID:30289549
|
research paper | 本文开发了CellMarker数据库，旨在为人类和小鼠组织中各种细胞类型提供全面准确的细胞标记资源 | 通过手动整理超过10万篇已发表的论文，收集并记录了4124条包含细胞标记信息、组织类型、细胞类型、癌症信息和来源的条目 | NA | 提供一个全面且准确的细胞标记资源，以帮助精确识别和表征细胞，特别是在单细胞水平 | 人类和小鼠组织中的各种细胞类型 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 文本 | 收集了13605个细胞标记，涵盖467种细胞类型在158个人类组织/亚组织中；以及9148个细胞标记，涵盖389种细胞类型在81个小鼠组织/亚组织中 |
| 22955 | 2024-08-09 |
Effective Soil Extraction Method for Cultivating Previously Uncultured Soil Bacteria
2018-12-15, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/AEM.01145-18
PMID:30291118
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研究论文 | 本文介绍了一种基于新土壤提取物（NSE）的新型培养基——密集土壤提取培养基（ISEM），使用80%甲醇，用于高效分离先前未培养的细菌和新分类候选菌株 | 开发了一种新型培养基ISEM，能够分离出49%的先前未培养细菌和55%的新分类候选菌株 | 在维持纯培养物通过传代培养方面仍存在困难 | 通过发现新的表型、生理和功能特性以及未知基因的作用，扩展对先前未培养细菌的知识 | 先前未培养的土壤细菌 | NA | NA | 元基因组学和单细胞测序 | NA | NA | 总共检测了258个分离物 |
| 22956 | 2024-08-09 |
The adult human testis transcriptional cell atlas
2018-12, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-018-0099-2
PMID:30315278
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了约6500个年轻成人睾丸细胞，揭示了成人睾丸转录细胞图谱及其在精子发生中的作用 | 发现了五种微环境/体细胞类型，重建了精子发生的计算模型，并识别出五个离散的转录/发育精子干细胞状态，包括一个新的早期精子干细胞状态 | NA | 研究成人精子发生的平衡机制及其与微环境的相互作用 | 成人睾丸细胞及其在精子发生中的转录和表观遗传特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 转录组数据 | 约6500个睾丸细胞 |
| 22957 | 2024-08-09 |
Role of phospholipid synthesis in the development and differentiation of malaria parasites in the blood
2018-11-09, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.R118.003213
PMID:30287688
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综述 | 本文综述了磷脂合成在疟原虫血液阶段发育和分化中的作用，特别关注了两种磷脂生物合成酶PfPMT和PfPSD的功能及其作为抗疟药物靶点的潜力。 | 利用遗传工程、单细胞RNA-Seq分析和药物筛选等新技术，提供了关于这些酶在寄生虫发育和性分化中重要性的新视角，并识别了新的抗疟药物开发靶点。 | NA | 探讨磷脂合成酶在疟原虫发育和分化中的作用，并评估其作为抗疟药物靶点的可行性。 | 疟原虫的磷脂合成酶PfPMT和PfPSD。 | 生物化学 | 疟疾 | 单细胞RNA-Seq分析 | NA | RNA | NA |
| 22958 | 2024-08-09 |
Kinetics of adult hematopoietic stem cell differentiation in vivo
2018-11-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20180136
PMID:30291161
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研究论文 | 本文通过结合诱导性谱系追踪、流式细胞术和单细胞RNA测序技术，研究了成年造血干细胞在体内的分化动力学 | 揭示了成年造血干细胞在体内快速分化为主要造血谱系和细胞类型的基本动力学差异 | NA | 研究成年造血干细胞在体内的分化动力学 | 成年造血干细胞的分化过程 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 主要包含长期和一些短期造血干细胞 |
| 22959 | 2024-08-09 |
Type 2 innate lymphoid cells in the induction and resolution of tissue inflammation
2018-11, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.12702
PMID:30294962
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综述 | 本文综述了2型先天淋巴细胞（ILC2s）在组织炎症诱导和消退中的作用及其调控机制 | 探讨了ILC2的激活调控机制，包括转录因子和代谢途径，以及外部信号如细胞因子、脂质介质、激素和神经肽的影响 | NA | 理解调控ILC2多样性和功能的组织特异性途径，以开发针对过敏性疾病的潜在疗法 | 2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其在组织炎症中的作用 | NA | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22960 | 2024-08-09 |
RNA Velocity: Molecular Kinetics from Single-Cell RNA-Seq
2018-10-04, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2018.09.026
PMID:30290149
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研究论文 | 本文通过应用RNA转录和剪接的动力学模型，从单细胞RNA测序数据中预测单个细胞的mRNA水平变化 | 提出了一种新的方法来预测单细胞RNA测序数据中的mRNA水平变化 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中的分子动力学 | 单细胞的mRNA水平变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 动力学模型 | RNA测序数据 | NA |