单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23521 篇文献，本页显示第 22921 - 22940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22921 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Human Pancreas Reveals Transcriptional Signatures of Aging and Somatic Mutation Patterns
2017-Oct-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2017.09.004
PMID:28965763
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了人类胰腺细胞在衰老过程中的转录特征和体细胞突变模式 | 本文首次在健康衰老的内分泌细胞中发现了新的突变特征，并展示了使用单细胞RNA测序数据研究衰老过程中遗传和转录过程的可行性 | NA | 研究人类胰腺细胞在衰老过程中的转录特征和体细胞突变模式 | 人类胰腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2,544个人类胰腺细胞，来自8个跨越60年生命周期的捐赠者 |
| 22922 | 2024-08-09 |
Chromatin and Single-Cell RNA-Seq Profiling Reveal Dynamic Signaling and Metabolic Transitions during Human Spermatogonial Stem Cell Development
2017-10-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2017.09.003
PMID:28985528
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研究论文 | 研究通过分析人类精原干细胞（hSSCs）的DNA甲基化和开放染色质（ATAC-seq）以及单细胞RNA转录组（RNA-seq），揭示了hSSCs在自我更新和分化过程中的动态信号和代谢转变。 | 首次通过单细胞RNA测序和染色质分析，揭示了hSSCs在分化过程中的四个细胞/发育状态，并识别了伴随从静止到增殖和分化的关键分子途径。 | NA | 理解人类精原干细胞如何在自我更新和分化之间取得平衡 | 人类精原干细胞（hSSCs）及其分化过程中的动态信号和代谢转变 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq, RNA-seq | NA | DNA甲基化数据, 开放染色质数据, 单细胞RNA转录组数据 | SSEA4 hSSCs和分化中的c-KIT精原细胞 |
| 22923 | 2024-08-09 |
SAIC: an iterative clustering approach for analysis of single cell RNA-seq data
2017-Oct-03, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-017-4019-5
PMID:28984204
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAIC的新算法，用于通过迭代聚类方法分析单细胞RNA-seq数据，以识别最佳的特征基因集来区分不同的细胞群 | SAIC算法通过迭代聚类方法进行全面搜索，以找到最佳参数，从而识别出能最好地区分细胞群的特征基因集 | NA | 开发一种有效的算法，用于识别根据表达模式将单细胞分离成不同群组的最优基因子集 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 迭代聚类算法 | 基因表达数据 | 两个已发表的单细胞RNA-seq数据集 |
| 22924 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations
2017-09-29, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4437
PMID:28960196
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22925 | 2024-08-09 |
Using neural networks for reducing the dimensions of single-cell RNA-Seq data
2017-Sep-29, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkx681
PMID:28973464
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研究论文 | 本文开发并测试了一种基于神经网络的方法，用于分析和检索单细胞RNA-Seq数据，以解决单细胞表达数据聚类、细胞群识别和细胞状态或功能推断等问题 | 本文提出的神经网络方法在细胞分组和细胞类型或状态推断方面优于先前的方法，并能处理大规模的单细胞数据库查询 | NA | 解决单细胞RNA-Seq数据分析中的计算挑战 | 单细胞RNA-Seq数据 | 机器学习 | NA | scRNA-Seq | 神经网络 (NN) | 表达数据 | 数万个单细胞样本 |
| 22926 | 2024-08-09 |
Sweepstake evolution revealed by population-genetic analysis of copy-number alterations in single genomes of breast cancer
2017-Sep, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.171060
PMID:28989791
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，对乳腺癌中单细胞基因组DNA拷贝数变异进行量化分析，揭示了乳腺癌细胞的遗传多样性和进化机制 | 开发了一种结合分子进化理论的生物信息学框架，用于分析单细胞水平的拷贝数丢失，并采用多重合并共祖模型进行参数估计 | 需要进一步发展基于群体遗传学的生物信息学方法，以更精确地分析单细胞测序数据 | 揭示乳腺癌细胞的遗传多样性和进化机制 | 乳腺癌中单细胞基因组的DNA拷贝数变异 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | 多重合并共祖模型 | 基因组数据 | 多个乳腺癌单细胞样本 |
| 22927 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing to quantify genomic integrity in cancer
2018-01, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2017.09.016
PMID:28951245
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综述 | 本文综述了单细胞DNA测序（sc-seq）技术在癌症诊断、预后和治疗中的最新进展及其对改善癌症患者护理的潜在贡献 | sc-seq技术使得能够研究来自原发肿瘤、转移瘤和循环肿瘤细胞的单个癌细胞基因组，揭示了其他方法无法检测到的肿瘤间和肿瘤内异质性 | NA | 探讨sc-seq技术在癌症诊断和治疗中的应用及未来展望 | 单细胞DNA测序技术及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞DNA测序（sc-seq） | NA | 基因组数据 | NA |
| 22928 | 2024-08-09 |
Developmental biology: Single-cell RNA sequencing identifies novel kidney cell types in zebrafish
2017-11, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/nrneph.2017.137
PMID:28944777
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22929 | 2024-08-09 |
A short review of variants calling for single-cell-sequencing data with applications
2017-11, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2017.09.018
PMID:28951246
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综述 | 本文综述了单细胞测序数据中变异检测的方法及其应用 | 介绍了两种流行的基因组扩增方法并比较了它们的能力，以及几种用于单核苷酸多态性和拷贝数变异检测的流行模型 | 单细胞测序需要额外的基因组扩增步骤，这会产生大量偏差，对使用批量细胞测序方法提出了挑战 | 旨在为开发专门的分析方法以及使用现有工具提供指导 | 单细胞测序数据中的变异检测 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 22930 | 2024-08-09 |
Single-cell analyses to tailor treatments
2017-Sep-20, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aan4730
PMID:28931656
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序在个性化医疗中的应用，特别是在癌症等人类疾病的细胞、通路和基因特征分析中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术，为个性化医疗提供更精细的细胞和基因层面的分析方法 | NA | 探索单细胞RNA测序在个性化医疗中的应用 | 单细胞RNA测序技术在癌症等人类疾病中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 22931 | 2024-08-09 |
Targeted reconstruction of T cell receptor sequence from single cell RNA-seq links CDR3 length to T cell differentiation state
2017-Sep-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkx615
PMID:28934479
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TRAPeS的公开可用工具，该工具能够从短读长单细胞RNA测序库中高效提取T细胞受体序列信息，并应用于研究人类和小鼠中CD8+ T细胞反应的异质性 | TRAPeS工具提高了从单细胞RNA测序数据中推断T细胞受体序列的敏感性，且适用于短读长测序 | 当前方法在敏感性和需要长读长测序方面存在限制，增加了成本并减少了可分析的细胞数量 | 研究T细胞受体差异如何影响T细胞状态的异质性 | CD8+ T细胞对黄热病毒的反应 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和小鼠的CD8+ T细胞 |
| 22932 | 2024-08-09 |
APE1/Ref-1 knockdown in pancreatic ductal adenocarcinoma - characterizing gene expression changes and identifying novel pathways using single-cell RNA sequencing
2017-12, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12138
PMID:28922540
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胰腺导管腺癌中APE1/Ref-1敲低后的基因表达变化，并识别了新的相关通路 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究APE1/Ref-1敲低后的基因表达变化，并发现多个与APE1相关的新通路 | 研究主要集中在细胞系中，未来需在临床样本中验证这些发现 | 探究APE1/Ref-1在胰腺导管腺癌中的基因表达调控作用及新通路 | 胰腺导管腺癌细胞中的APE1/Ref-1蛋白 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个胰腺癌细胞系 |
| 22933 | 2024-08-09 |
Disturbed Placental Imprinting in Preeclampsia Leads to Altered Expression of DLX5, a Human-Specific Early Trophoblast Marker
2017-Nov-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了子痫前期中胎盘印记紊乱对DLX5表达的影响，并揭示了DLX5在人类特异性滋养层细胞分化中的作用。 | 首次揭示了子痫前期中胎盘印记紊乱与DLX5表达上调的关联，并建立了体外入侵-分化滋养层细胞模型。 | 研究主要基于体外模型和基因表达分析，缺乏直接的临床干预验证。 | 探究子痫前期中胎盘印记紊乱是否导致DLX5表达改变，并分析其对滋养层细胞功能的影响。 | 子痫前期患者的胎盘样本及健康对照组的胎盘样本。 | 数字病理学 | 妊娠疾病 | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 多个胎盘样本 |
| 22934 | 2024-08-09 |
SiFit: inferring tumor trees from single-cell sequencing data under finite-sites models
2017-09-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1311-2
PMID:28927434
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研究论文 | 本文提出了一种基于有限位点模型的统计推断方法SiFit，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤进化树 | SiFit方法采用了有限位点模型，相较于传统的无限位点假设，能更好地处理染色体缺失和杂合性丢失等问题 | NA | 开发一种新的统计推断方法，以从单细胞测序数据中更准确地推断肿瘤进化树 | 单细胞测序数据中的肿瘤进化树 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | 有限位点模型 | 数据集 | 两个结直肠癌患者的合成和实验数据集 |
| 22935 | 2024-08-09 |
Splatter: simulation of single-cell RNA sequencing data
2017-09-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1305-0
PMID:28899397
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研究论文 | 本文介绍了Splatter Bioconductor包，用于简单、可重复且有良好文档记录的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据模拟 | Splatter包提供了多种模拟方法的接口，包括基于伽马-泊松分布的Splat模拟方法 | NA | 开发一种简单、可重复且有良好文档记录的scRNA-seq数据模拟工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 伽马-泊松分布 | 文本 | NA |
| 22936 | 2024-08-09 |
Lessons from single-cell transcriptome analysis of oxygen-sensing cells
2018-05, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-017-2682-0
PMID:28887696
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在氧感应细胞转录组分析中的应用 | 单细胞RNA测序技术为小而异质性的组织如氧感应细胞提供了革命性的无偏见方法，用于识别关键分子 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术如何增进对氧感应细胞的理解 | 氧感应细胞及其在颈动脉体和嗅觉系统中的机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 22937 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptome analysis of muscle satellite cells reveals widespread transcriptional heterogeneity
2017-Dec-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2017.09.014
PMID:28893664
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析肌肉卫星细胞的转录组，揭示了广泛的转录异质性 | 本研究首次利用单细胞RNA测序技术揭示了肌肉卫星细胞在多个层面的转录异质性，并提出了基因表达“指纹”可能与功能多样性相关的假设 | 目前对肌肉卫星细胞异质性的自然和范围的理解尚不完整 | 探索肌肉卫星细胞的转录异质性及其对功能多样性的影响 | 肌肉卫星细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新鲜分离的肌肉卫星细胞 |
| 22938 | 2024-08-09 |
Dissecting hematopoietic and renal cell heterogeneity in adult zebrafish at single-cell resolution using RNA sequencing
2017-Oct-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20170976
PMID:28878000
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研究论文 | 本研究利用大规模并行单细胞RNA测序技术，解析成年斑马鱼肾脏骨髓中的细胞异质性，构建了一个全面的分子图谱。 | 本研究首次提供了成年斑马鱼肾脏和骨髓细胞的全面单细胞转录组分析，并发现了新的细胞类型，如两种自然杀伤免疫细胞、红细胞前体造血干细胞和祖细胞、粘蛋白分泌的肾细胞以及肾干细胞/祖细胞。 | NA | 研究目的是定义斑马鱼肾脏骨髓中的细胞异质性，并构建一个全面的分子图谱。 | 研究对象包括斑马鱼的肾脏和骨髓细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年斑马鱼的肾脏和骨髓细胞 |
| 22939 | 2024-08-09 |
Profiling of Single-Cell Transcriptomes
2017-Sep-08, Current protocols in mouse biology
DOI:10.1002/cpmo.30
PMID:28884792
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研究论文 | 本文介绍了一种改进的Smart-seq2方法，用于同时分析数百个单细胞的转录组，无需商业试剂盒或特殊设备 | 提出了一个无需商业试剂盒或特殊单细胞捕获/文库制备工具的改进Smart-seq2方法，并引入了自动化单细胞分析管道（ASAP） | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序技术，以解析复杂生物系统的细胞异质性 | 单细胞转录组 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数百个单细胞 |
| 22940 | 2024-08-09 |
Early X chromosome inactivation during human preimplantation development revealed by single-cell RNA-sequencing
2017-09-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-017-11044-z
PMID:28883481
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据，研究了人类胚胎植入前发育过程中X染色体失活的现象 | 首次在人类胚胎植入前发育阶段展示了X染色体失活的过程，并反驳了之前的X表达抑制假说 | NA | 探讨人类胚胎植入前发育过程中X染色体失活的过程及其机制 | 人类胚胎植入前发育过程中的X染色体失活 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |