单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 23993 篇文献，本页显示第 22901 - 22920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22901 | 2024-08-09 |
Computational enhancement of single-cell sequences for inferring tumor evolution
2018-09-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty571
PMID:30423071
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研究论文 | 本文评估了五种方法（OncoNEM, SCG, SCITE, SiFit 和 BEAM）在计算机模拟数据集上的鲁棒性表现，其中 BEAM 是一种利用单细胞数据中内在进化信息的贝叶斯进化感知方法 | 提出了一种新的方法 BEAM，该方法利用单细胞数据中的内在进化信息在分子系统发育框架中提高单细胞序列的质量 | 大多数方法在填补缺失碱基方面具有高准确性，但有效检测和纠正假阳性和假阴性仍然是一个挑战，尤其是在小数据集上 | 评估现有方法和新方法在单细胞序列数据中提高数据质量和生物学推断能力的性能 | 单细胞序列数据中的缺失碱基和错误碱基指定 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 贝叶斯方法 | 序列数据 | 小数据集和大样本量数据集 |
| 22902 | 2024-08-09 |
The Development of an Effective Bacterial Single-Cell Lysis Method Suitable for Whole Genome Amplification in Microfluidic Platforms
2018-Jul-25, Micromachines
IF:3.0Q2
DOI:10.3390/mi9080367
PMID:30424300
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研究论文 | 本文介绍了一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法 | 提出了一种基于热化学裂解的新协议，能够从革兰氏阳性和革兰氏阴性菌中提取基因组DNA，且不干扰扩增化学 | NA | 开发一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法 | 革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的单细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组DNA | 革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的单细胞，成功率为100% |
| 22903 | 2024-08-09 |
Characterization of sensory neuronal subtypes innervating mouse tongue
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0207069
PMID:30408082
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研究论文 | 本研究基于先前在背根神经节（DRG）神经元中描述的神经元亚型分类，鉴定并表征了支配小鼠舌头的三叉神经节（TG）传入神经元的分子和功能组织 | 本研究首次详细描述了支配小鼠舌头的感觉神经元的亚型，并发现了TG和DRG神经元之间的一些差异 | 需要对所有TG以及DRG神经元进行基于组织类型的单细胞测序以进一步研究 | 鉴定和表征支配小鼠舌头的感觉神经元亚型 | 小鼠舌头的感觉神经元 | NA | NA | 免疫组织化学，单细胞PCR | NA | NA | NA |
| 22904 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression
2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955
PMID:30385653
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术分析了胰腺癌前病变在从非侵袭性病变到侵袭性癌症进展过程中的上皮和微环境异质性变化 | 通过单细胞转录组学技术，首次详细揭示了胰腺癌前病变在早期癌变过程中的上皮和微环境异质性变化 | NA | 旨在早期检测胰腺导管腺癌（PDAC）并阐明其前病变分子相关性 | 胰腺导管腺癌的前病变，特别是导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 5,403个细胞，来自2个低级别IPMNs、2个高级别IPMNs和2个PDACs |
| 22905 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq analysis identifies a noncoding interleukin 4 (IL-4) RNA that post-transcriptionally up-regulates IL-4 production in T helper cells
2019-01-04, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA118.004111
PMID:30404921
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠2型辅助T细胞的转录组复杂性，发现了一种非编码的IL-4 RNA，该RNA通过后转录机制上调IL-4的产生 | 首次在单细胞水平上发现了一种非编码的IL-4 RNA，该RNA通过后转录机制调控IL-4蛋白的产生 | NA | 揭示非典型转录本如何通过后转录机制调控其对应典型基因的表达 | 小鼠2型辅助T细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22906 | 2024-08-09 |
Gene Signature of the Human Pancreatic ε Cell
2018-12-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/en.2018-00833
PMID:30380031
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从成年非糖尿病供体分离的人胰腺ε细胞的分子特征 | 本研究扩展了关于ε细胞发育过程中重要基因的先前知识，并为探究这种罕见的人胰岛细胞类型的转录组提供了资源 | NA | 探索人胰腺ε细胞的分子特征，特别是涉及细胞功能调控的转录因子、细胞表面受体和代谢途径相关基因 | 人胰腺ε细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从成年非糖尿病供体分离的ε细胞 |
| 22907 | 2024-08-09 |
High-Throughput Single-Cell Sequencing of both TCR-β Alleles
2018-12-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1800774
PMID:30381480
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research paper | 本研究开发了一种高通量的条形码方法，用于同时分析数百个单细胞中鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。 | 本研究首次采用高通量条形码技术，实现了对单细胞中TCR-β等位基因VDJ重组状态的同步分析。 | NA | 研究旨在探索B和T淋巴细胞中抗原特异性生成的重要机制——等位基因排除现象。 | 研究对象为鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。 | digital pathology | NA | next-generation sequencing | NA | sequencing data | 数百个单细胞 |
| 22908 | 2024-08-09 |
T Helper Cell Cytokines Modulate Intestinal Stem Cell Renewal and Differentiation
2018-11-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.10.008
PMID:30392957
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研究论文 | 本文研究了辅助T细胞细胞因子如何调节肠道干细胞的更新和分化 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了MHC II类分子在Lgr5肠道干细胞中的富集，并展示了这些细胞作为非传统抗原呈递细胞在共培养系统中的作用 | NA | 探讨免疫细胞在肠道干细胞微环境中的作用及其对干细胞命运的影响 | 肠道干细胞及其在辅助T细胞影响下的更新和分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Lgr5肠道干细胞和CD4辅助T细胞的共培养系统 |
| 22909 | 2024-08-09 |
Simulation-based benchmarking of isoform quantification in single-cell RNA-seq
2018-11-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1571-5
PMID:30404663
|
研究论文 | 本文通过模拟数据对五种流行的单细胞RNA测序isoform定量工具进行了基准测试 | 首次对单细胞RNA测序中的isoform定量工具进行了全面的基准测试 | 主要基于模拟数据进行评估，实际数据的分析较少 | 评估和比较单细胞RNA测序中isoform定量工具的性能 | 五种流行的isoform定量工具 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 模拟数据和真实数据 | 使用了SMARTer和SMART-seq2数据进行模拟 |
| 22910 | 2024-08-09 |
CDC20B is required for deuterosome-mediated centriole production in multiciliated cells
2018-11-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06768-z
PMID:30405130
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类双体阶段的多纤毛细胞（MCCs）中细胞周期相关基因的表达特征，并探讨了CDC20B基因在MCCs中对中心粒释放和纤毛生产的作用。 | 首次揭示了CDC20B蛋白与双体结构的关联，并证明了CDC20B在中心粒释放和纤毛生产中的必要性，以及通过过表达Separase可以挽救CDC20B缺陷的MCCs中的中心粒分离和纤毛生产。 | NA | 研究CDC20B在多纤毛细胞中对中心粒生产和纤毛形成的作用。 | 人类和鼠类多纤毛细胞中的CDC20B基因及其功能。 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22911 | 2024-08-09 |
Analysis of Single-Cell RNA-Seq Identifies Cell-Cell Communication Associated with Tumor Characteristics
2018-11-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.047
PMID:30404002
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤微环境中细胞间的配体-受体相互作用，并探讨了这些相互作用与肿瘤特征的关系 | 提出了一种新的方法来表征肿瘤微环境中所有细胞类型的配体-受体相互作用，并应用于六种同基因小鼠肿瘤模型中 | 对于哪些相互作用在肿瘤中发生以及这些相互作用如何影响结果的知识仍然有限 | 研究细胞间相互作用，其在不同肿瘤中的变异性及其与结果的关系 | 肿瘤微环境中的细胞间配体-受体相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 六种同基因小鼠肿瘤模型及一个公开的人类黑色素瘤数据集 |
| 22912 | 2024-08-09 |
The Mammalian Spermatogenesis Single-Cell Transcriptome, from Spermatogonial Stem Cells to Spermatids
2018-11-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.026
PMID:30404016
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，分析了从小鼠和人类中获取的超过62,000个生精细胞的转录组数据，揭示了从精原干细胞到精子细胞的基因表达模式。 | 首次全面展示了从精原干细胞到精子细胞的单细胞转录组图谱，为男性生殖相关疾病的研究和避孕方法的开发提供了丰富的信息资源。 | NA | 研究精原干细胞到精子细胞的基因表达变化，以及这些变化在男性生殖和相关疾病中的应用。 | 小鼠和人类的生精细胞。 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过62,000个生精细胞 |
| 22913 | 2024-08-09 |
AutoImpute: Autoencoder based imputation of single-cell RNA-seq data
2018-11-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-34688-x
PMID:30397240
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法AutoImpute | AutoImpute能够学习输入scRNA-seq数据的固有分布，并根据此分布插补缺失值，同时对生物学上静默的基因进行最小程度的修改 | NA | 开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中由于RNA量不足导致的零计数问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达矩阵 | NA |
| 22914 | 2024-08-09 |
Combination cancer immunotherapy targeting PD-1 and GITR can rescue CD8+ T cell dysfunction and maintain memory phenotype
2018-11-02, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aat7061
PMID:30389797
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研究论文 | 本文研究了联合癌症免疫疗法，通过靶向PD-1和GITR来恢复CD8+ T细胞功能并维持记忆表型 | 本文通过单细胞RNA测序发现，联合使用PD-1和GITR抗体可以协同增强CD8 T细胞的效应功能，通过恢复关键稳态调节因子CD226和TIGIT的平衡，从而显著提高生存效益 | NA | 研究如何通过激活共刺激途径来提高检查点抑制的疗效，并促进持久的免疫T细胞记忆 | 肿瘤浸润的CD8 T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过2000个肿瘤浸润的CD8 T细胞 |
| 22915 | 2024-08-09 |
Spatial organization of the somatosensory cortex revealed by osmFISH
2018-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0175-z
PMID:30377364
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研究论文 | 本文介绍了一种循环单分子荧光原位杂交方法，并定义了体感皮层的细胞组织结构 | 开发了一种新的循环单分子荧光原位杂交技术，能够在大面积组织区域上同时映射大量细胞类型特异性标记 | 缺乏空间信息 | 创建脑的分子普查，通过单细胞转录组学产生大量分子定义的细胞类型目录 | 体感皮层的细胞组织 | NA | NA | osmFISH | NA | 分子数据 | 大面积组织区域 |
| 22916 | 2024-08-09 |
Shared and distinct transcriptomic cell types across neocortical areas
2018-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0654-5
PMID:30382198
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研究论文 | 本研究通过深度单细胞RNA测序分析了来自小鼠新皮质两个远端区域的23,822个细胞，定义了133种转录组细胞类型 | 研究结合单细胞RNA测序和逆行标记，将兴奋性神经元的转录组类型与其长距离投射特异性相匹配，建立了结合转录组和投射的皮质细胞类型分类 | NA | 探索小鼠新皮质中跨功能不同区域的细胞类型多样性 | 小鼠新皮质中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 23,822个细胞 |
| 22917 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing paints diverse pictures of the brain
2018-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/d41586-018-07027-3
PMID:30382219
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22918 | 2024-08-09 |
Disease-relevant transcriptional signatures identified in individual smooth muscle cells from healthy mouse vessels
2018-11-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06891-x
PMID:30385745
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研究论文 | 本文通过结合单细胞转录组学和谱系追踪技术，研究了健康小鼠血管中血管平滑肌细胞（VSMCs）的异质性 | 发现了与疾病相关的转录特征，这些特征反映了VSMCs的区域特异性发育历史及其在炎症、粘附和迁移相关基因中的异质性表达 | NA | 探讨血管平滑肌细胞在健康血管中的异质性及其与疾病的关系 | 健康小鼠血管中的单个血管平滑肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个健康小鼠血管中的单个血管平滑肌细胞 |
| 22919 | 2024-08-09 |
Tissue Unit-ed: Lung Cells Team up to Drive Alveolar Macrophage Development
2018-11-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.10.031
PMID:30388447
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研究论文 | Cohen等人利用单细胞RNA测序技术研究发育中的肺部免疫和非免疫细胞，绘制了在肺泡巨噬细胞发育过程中候选细胞间相互作用的地图 | 揭示了上皮细胞、ILC2s、嗜碱性粒细胞与发育中的巨噬细胞之间的潜在交叉对话，并在体外和体内进行了验证 | NA | 研究肺泡巨噬细胞发育过程中的细胞间相互作用 | 发育中的肺部免疫和非免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 22920 | 2024-08-09 |
A Cancer Cell Program Promotes T Cell Exclusion and Resistance to Checkpoint Blockade
2018-11-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.09.006
PMID:30388455
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和计算分析方法，探讨了促进免疫逃避的恶性细胞状态，并发现了一种与T细胞排除和免疫逃避相关的抗性程序。 | 本研究首次识别出一种在免疫治疗前表达的抗性程序，该程序在体内外模型中与CDK4/6抑制剂联合使用时能减少黑色素瘤肿瘤的生长。 | NA | 旨在揭示免疫检查点抑制剂抵抗的分子基础，并探索新的治疗策略以克服免疫治疗抵抗。 | 黑色素瘤肿瘤中的恶性细胞状态及其对免疫治疗的影响。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 33个黑色素瘤肿瘤样本和112名黑色素瘤患者 |