单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22861	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics in Cancer Immunobiology: The Future of Precision Oncology 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.02582 PMID:30483257	综述	本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫生物学中的应用，特别是单细胞RNA测序技术在解析肿瘤异质性和罕见细胞群体中的作用	单细胞RNA测序技术能够无偏倚地研究数千个肿瘤细胞，并针对肿瘤中的罕见群体进行研究，有助于发现传统批量转录组分析中遗漏的细胞类型和途径	目前单细胞水平上研究癌症仍面临挑战，包括技术上的限制和现有方法的改进需求	探讨单细胞RNA测序技术在癌症免疫生物学中的应用，以及其在精准肿瘤治疗中的潜力	研究肿瘤微环境中的免疫系统及其在癌症免疫耐受中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	数千个肿瘤细胞
22862	2024-08-09	pyNVR: investigating factors affecting feature selection from scRNA-seq data for lineage reconstruction 2019-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty950 PMID:30445607	研究论文	本文介绍了pyNVR工具，用于从scRNA-seq数据中选择特征以进行谱系重建，并比较了其与多种无监督算法的性能差异	开发了基于邻域方差比（NVR）的特征选择方法，并将其作为Python包实现，显著提高了性能	NA	研究影响scRNA-seq数据特征选择的因素，并评估不同算法在特征选择上的表现	scRNA-seq数据中的特征选择算法及其性能	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	NA
22863	2024-08-09	GRNBoost2 and Arboreto: efficient and scalable inference of gene regulatory networks 2019-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty916 PMID:30445495	research paper	本文介绍了GRNBoost2和Arboreto框架，用于从大规模基因表达数据中高效推断基因调控网络	提出了GRNBoost2算法和Arboreto框架，能够高效处理因高通量基因分析技术（如单细胞RNA-seq）产生的日益增长的数据量	NA	开发工具集以从大型表达数据集中推断基因调控网络	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	梯度提升	基因表达数据	NA
22864	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in facioscapulohumeral muscular dystrophy disease etiology and development 2019-04-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy400 PMID:30445587	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合伪时间轨迹建模，研究了面肩肱型肌营养不良症（FSHD）的病因和细胞进展	本文首次在单细胞水平上揭示了FSHD特异性细胞群，并发现了与DUX4去抑制相关的新基因，同时构建了FSHD细胞进展模型	本文主要集中在单细胞RNA测序数据的分析，未涉及临床治疗效果的验证	旨在揭示FSHD疾病的病因和细胞进展，为治疗提供新的生物标志物和靶点	面肩肱型肌营养不良症（FSHD）的病因和细胞进展	数字病理学	面肩肱型肌营养不良症	单细胞RNA测序	伪时间轨迹建模	RNA	所有测试的患者来源的培养物中均鉴定出少量FSHD特异性细胞群
22865	2024-08-09	scFTD-seq: freeze-thaw lysis based, portable approach toward highly distributed single-cell 3' mRNA profiling 2019-02-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky1173 PMID:30462277	研究论文	本文介绍了一种名为scFTD-seq的微芯片平台，用于直接进行单细胞冷冻-解冻裂解的3' mRNA测序	scFTD-seq平台简化了工作流程，减少了准备步骤和操作时间，同时保持了与最先进的scRNA-seq平台相匹配的数据质量和成本	NA	开发一种新的单细胞3' mRNA测序方法，以简化流程并提高可移植性	循环滤泡辅助T细胞，这些细胞与系统性红斑狼疮的发病机制有关	数字病理学	系统性红斑狼疮	3' mRNA测序	NA	mRNA	NA
22866	2024-08-09	Evaluation and application of RNA-Seq by MinION 2019-Feb-01, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes IF:3.9Q1 DOI:10.1093/dnares/dsy038 PMID:30462165	研究论文	本文评估并应用了使用MinION纳米孔测序仪进行的全长cDNA测序方法	利用MinION的长读取特性，能够识别剪接模式及其组合，并提供融合基因转录本的全长cDNA信息，以及用于SNP分型的全长度cDNA信息	测序准确性仍有限，仅为92.3%	评估并应用MinION RNA-Seq技术在全长cDNA测序中的性能	全长cDNA测序技术及其在不同应用中的效果	基因组学	NA	RNA-Seq, MinION	NA	cDNA	两个特定个体的七个主要器官
22867	2024-08-09	Usage of Single-Cell RNA Sequencing to Unveil Immune Lymphoid Cell Precursors 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-8885-3_5 PMID:30465196	研究论文	本文描述了一种基于板式的协议，用于制备骨髓先天淋巴细胞前体的单细胞cDNA文库，以便进行下一代测序基础的转录组分析	利用单细胞RNA测序技术，揭示免疫淋巴细胞前体的新细胞群和细胞异质性	NA	研究免疫细胞的发现和细胞发育轨迹	骨髓先天淋巴细胞前体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
22868	2024-08-09	Genome-wide CRISPR Screens in Primary Human T Cells Reveal Key Regulators of Immune Function 2018-12-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.024 PMID:30449619	研究论文	本文开发了一种名为SLICE的新方法，用于在人类T细胞中进行全基因组CRISPR筛选，以识别免疫功能的关键调节因子	SLICE方法结合了单导RNA（sgRNA）慢病毒感染和Cas9蛋白电穿孔，使得在初级人类细胞中进行大规模CRISPR筛选成为可能	NA	旨在通过CRISPR技术发现和表征初级细胞中的功能基因靶点，以优化药物开发和细胞疗法设计	人类T细胞	基因编辑	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	全基因组范围内的基因
22869	2024-08-09	Comparative Analysis and Refinement of Human PSC-Derived Kidney Organoid Differentiation with Single-Cell Transcriptomics 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.010 PMID:30449713	研究论文	本文通过单细胞转录组学比较分析了两种定向分化协议生成的人类多能干细胞衍生的肾脏类器官，并探讨了其与胎儿和成人肾脏细胞的相似性及改进方法。	通过抑制脑源性神经营养因子（BDNF）及其受体NTRK2的信号通路，显著减少了类器官中的神经元数量，同时不影响肾脏分化，从而改进了类器官的形成。	类器官衍生的细胞类型尚不成熟，且有10%-20%的细胞不属于肾脏细胞。	探讨人类多能干细胞衍生的肾脏类器官与成人肾脏的相似性，并寻找改进类器官分化的方法。	人类多能干细胞衍生的肾脏类器官、胎儿和成人肾脏细胞。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	83,130个细胞来自65个类器官以及胎儿和成人肾脏细胞
22870	2024-08-09	Tutorial: guidelines for the experimental design of single-cell RNA sequencing studies 2018-12, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0073-y PMID:30446749	教程	本文为单细胞RNA测序研究提供了实验设计的指南	总结了当前的方法学和分析选项，并讨论了它们在不同研究场景中的适用性	NA	促进单细胞RNA测序实验设计中的决策过程	单细胞RNA测序实验设计	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22871	2024-08-09	Immunomodulatory activity of lenvatinib contributes to antitumor activity in the Hepa1-6 hepatocellular carcinoma model 2018-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.13806 PMID:30447042	研究论文	研究了lenvatinib（一种多靶点酪氨酸激酶抑制剂）及其与抗PD-1抗体联合使用在Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型中的抗肿瘤和免疫调节活性	发现lenvatinib在免疫活性小鼠中的抗肿瘤活性比免疫缺陷小鼠更强，并且与抗PD-1抗体联合使用时能进一步提高肿瘤消退率和反应率	需要进一步的临床试验来验证lenvatinib与抗PD-1抗体联合治疗在晚期肝细胞癌中的效果	探讨lenvatinib及其与抗PD-1抗体联合使用在肝细胞癌治疗中的抗肿瘤和免疫调节活性	Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	免疫活性小鼠和免疫缺陷小鼠
22872	2024-08-09	Molecular Investigation of the Ciliate Spirostomum semivirescens, with First Transcriptome and New Geographical Records 2018-12, Protist IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.protis.2018.08.001 PMID:30447617	研究论文	对纤毛虫Spirostomum semivirescens进行分子研究，首次生成其转录组并更新地理记录	首次对Spirostomum semivirescens进行分子研究，生成其转录组，并发现其可能处于重新分配TGA终止密码子的早期阶段	NA	研究Spirostomum semivirescens的分子特征及其与环境的关系	纤毛虫Spirostomum semivirescens及其内共生藻类	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自英国和瑞典的Spirostomum semivirescens样本
22873	2024-08-09	Kidney organoids-a new tool for kidney therapeutic development 2018-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2018.07.029 PMID:30466559	研究论文	本文介绍了利用CRISPR/Cas9技术创建肾脏荧光线粒标记物，以监测肾脏类器官的分化过程，并优化成熟度	结合个性化肾脏类器官、基因编辑和单细胞测序技术，有望提高对疾病的理解、改善人类细胞疾病模型、增强预测毒理学，并可能实现“盘中的临床试验”	NA	开发新的肾脏治疗工具	肾脏类器官的分化过程和成熟度优化	数字病理学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞测序	NA	细胞	NA
22874	2024-08-09	Mapping Cellular Reprogramming via Pooled Overexpression Screens with Paired Fitness and Single-Cell RNA-Sequencing Readout 2018-11-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.008 PMID:30448000	研究论文	本文通过结合条形码开放阅读框过表达文库与单细胞RNA测序技术，研究了遗传扰动对细胞状态的影响，并构建了遗传共调节网络。	开发了一种名为SEUSS的新技术，通过结合单细胞RNA测序和过表达筛选，实现了对细胞状态和适应性的多维度分析。	NA	研究遗传扰动对细胞状态的影响，并构建遗传共调节网络。	人类多能干细胞（hPSCs）和发育关键的转录因子（TFs）。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个转录因子和基因家族的过表达文库。
22875	2024-08-09	Longitudinal single-cell RNA sequencing of patient-derived primary cells reveals drug-induced infidelity in stem cell hierarchy 2018-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07261-3 PMID:30467425	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了肿瘤细胞中化疗抗性的不同模式	揭示了药物选择下肿瘤细胞通过表观遗传机制转分化的新适应方式，并发现JQ1介导的BRD4抑制能逆转药物诱导的适应性	NA	研究化疗抗性的机制及潜在的治疗策略	患者来源的原代细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
22876	2024-08-09	Defining human cardiac transcription factor hierarchies using integrated single-cell heterogeneity analysis 2018-11-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07333-4 PMID:30464173	研究论文	本文通过综合单细胞异质性分析，定义了人类心脏转录因子层次结构	应用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合转录组和剪接分析，揭示了hiPSC-CMs中的多个不同单细胞群体及其转录调控因子	NA	研究hiPSC-CMs的异质性来源及其与心脏转录调控因子的关系	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）及其在心脏分化过程中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CRISPR基因编辑，ChIP-seq	NA	RNA	超过半打的单细胞群体
22877	2024-08-09	Machine learning based classification of cells into chronological stages using single-cell transcriptomics 2018-11-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-35218-5 PMID:30464314	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的框架GERAS，用于根据单细胞转录组数据将细胞分类到其时间顺序阶段	GERAS框架能够以超过90%的准确率对斑马鱼和人类胰腺细胞的时间顺序阶段进行分类，并显示出对生物和技术噪声的鲁棒性	NA	开发一种新的技术来确定细胞的年龄，以便预防与年龄相关的疾病	斑马鱼和人类胰腺细胞	机器学习	NA	单细胞转录组学	机器学习框架	转录组数据	斑马鱼和人类胰腺细胞的独立单细胞样本
22878	2024-08-09	Seq-ing out the Killers of Mice and Men 2018-11-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.007 PMID:30462994	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠和人类脾脏及血液中的自然杀伤细胞的转录组特征	揭示了组织和物种特异性的转录组特征	NA	探索小鼠和人类自然杀伤细胞的多样性	小鼠和人类的脾脏及血液中的自然杀伤细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
22879	2024-08-09	The Molecular Signature of Megakaryocyte-Erythroid Progenitors Reveals a Role for the Cell Cycle in Fate Specification 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.084 PMID:30463007	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）的分子特征，揭示了细胞周期在巨核细胞和红细胞分化中的作用	首次揭示了细胞周期调控因子在巨核细胞和红细胞分化中的作用，并通过遗传和药物调控验证了这一发现	NA	探索巨核细胞和红细胞前体分化的分子机制	人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）及其相关前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22880	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Estrogen Signaling Coordinately Augments One-Carbon, Polyamine, and Purine Synthesis in Breast Cancer 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.093 PMID:30463022	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了雌激素信号如何协同增强乳腺癌细胞中的一碳代谢、多胺合成和嘌呤合成	首次在单细胞水平上重建了雌激素响应的转录网络，并展示了雌激素刺激下的代谢转换机制	NA	深入理解雌激素受体α在乳腺癌进展中的转录调控机制	雌激素受体α阳性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及