单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30478 篇文献，本页显示第 1981 - 2000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1981 | 2025-07-17 |
Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.17.660224
PMID:40666928
|
研究论文 | 本研究开发了一种HER2阳性乳腺癌小脑转移的同源免疫活性小鼠模型，揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在转移过程中的关键作用 | 首次开发了HER2阳性乳腺癌小脑转移的免疫活性小鼠模型，并发现IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进转移生长 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证 | 探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的机制并寻找潜在治疗靶点 | HER2阳性乳腺癌小脑转移 | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、MRI、光学成像 | 小鼠模型 | 影像数据、转录组数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 1982 | 2025-07-17 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
|
research paper | 介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的全面交互式QC报告 | QCatch专门针对alevin-fry和simpleaf的输出设计，提供标准化的QC报告，并支持无缝集成到下游分析工作流中 | NA | 提高单细胞测序数据分析的质量控制水平 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 1983 | 2025-07-17 |
Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660571
PMID:40667236
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了MANF缺失的小鼠Purkinje细胞在酒精诱导下内质网应激的性别特异性机制 | 首次发现MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护作用及其性别差异 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护机制 | MANF敲除小鼠的Purkinje细胞 | 神经科学 | 酒精性神经毒性 | 空间转录组学分析、高通量原位分析 | MANF敲除小鼠模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 性别特异性MANF敲除小鼠群体 |
| 1984 | 2025-07-17 |
Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660790
PMID:40667316
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合机器学习和多重原位分析的技术平台ESCargoT，用于加速背侧脊髓中增强子的发现，以实现对神经回路的精确控制 | 开发了ESCargoT平台，结合机器学习引导的增强子优先级排序、模块化AAV组装和多重筛选，实现了对背侧脊髓中多种细胞类型增强子的高效发现和验证 | 研究主要针对背侧脊髓，可能不适用于其他神经区域；增强子的功能特异性在跨物种应用中可能存在差异 | 加速背侧脊髓中增强子的发现，开发针对特定细胞类型的基因靶向工具和基因疗法 | 背侧脊髓中的少突胶质细胞和15种背角神经元亚型 | 机器学习 | 疼痛和瘙痒相关疾病 | 机器学习、多重AAV组装、原位分析 | 机器学习模型 | 染色质可及性数据、空间表达数据 | 27个增强子-AAV文库在小鼠中进行测试 |
| 1985 | 2025-07-17 |
Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659520
PMID:40666966
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research paper | 该研究通过单细胞转录组学和谱系定义小鼠模型，揭示了胸腺髓系细胞的多样性和发育特性，特别是对DC2亚群的异质性进行了详细描述 | 发现胸腺DC2亚群实际上由4种不同的细胞谱系组成，包括单核细胞来源的DC和巨噬细胞，以及一种新型的CX3CR1+过渡性DC(tDC)群体 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 阐明胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态，特别是DC2亚群的异质性 | 胸腺髓系细胞，特别是DC2亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学，谱系定义小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1986 | 2025-07-17 |
The Human LRRK2-R1441G Mutation Drives Age-Dependent Oxidative Stress and Mitochondrial Dysfunction in Dopaminergic Neurons
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.16.660029
PMID:40667152
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研究论文 | 研究LRRK2-R1441G突变如何影响中脑多巴胺神经元的线粒体功能 | 揭示了LRRK2-R1441G突变导致的多巴胺神经元中线粒体功能障碍和氧化应激的年龄依赖性变化 | 研究仅基于转基因小鼠模型，未涉及人类样本 | 探讨LRRK2-R1441G突变在帕金森病发病机制中的作用 | 中脑多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 双光子成像、空间转录组学、GeoMx Digital Spatial Profiler | BAC转基因小鼠模型 | 图像、转录组数据 | 3、6和10个月大的转基因小鼠 |
| 1987 | 2025-07-17 |
Single-Cell Profiling of Lichen Planus Reveals Type I IFN Response Triggering the Interface Dermatitis Reaction
2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043
PMID:40499747
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扁平苔藓（LP）皮肤病变中I型干扰素（IFN）反应在界面皮炎反应中的关键作用 | 首次在LP病变皮肤中鉴定出I型IFN富集环境，并揭示了IFN对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响，以及IFN-β在角质形成细胞与CD8 T细胞相互作用中的功能效应 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究LP的免疫发病机制及驱动界面皮炎反应的潜在机制 | 扁平苔藓患者病变皮肤与健康对照皮肤 | 免疫学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | 体外共培养模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量（LP患者与健康对照皮肤样本） |
| 1988 | 2025-07-17 |
OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212
PMID:40577399
|
研究论文 | 提出了一种基于正交图自编码器的方法OrgaCCC，用于在空间转录组数据上构建细胞间通讯网络 | 使用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们 | 依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围 | 提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性 | 空间转录组数据中的细胞间通讯 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 变分图自编码器 | 基因表达数据、空间位置数据 | 五个空间转录组数据集 |
| 1989 | 2025-07-17 |
Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells
2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002633
PMID:40663487
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研究论文 | 该研究通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了CD39+细胞在脓毒症发病机制中的代谢免疫学作用 | 首次整合双向孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了CD39+CD8+T细胞通过代谢中间体如硫酸雄酮促进脓毒症进展的新机制 | 研究样本量相对有限，且仅分析了特定数据库的单细胞数据 | 阐明免疫表型与代谢物在脓毒症发病中的相互作用机制 | 脓毒症患者和对照组的免疫细胞及代谢物 | 代谢免疫学 | 脓毒症 | 双向孟德尔随机化(MR), 单细胞转录组测序 | NA | 基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据 | 11,643例脓毒症病例, GSE167363数据库的脓毒症与对照样本 |
| 1990 | 2025-07-17 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652873
PMID:40463189
|
研究论文 | 本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果 | 首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究 | 研究仅局限于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响 | 年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠 | 分子病理学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和中老年小鼠群体 |
| 1991 | 2025-07-17 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为lr-kallisto的方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析 | 开发了lr-kallisto方法，将kallisto的RNA-seq定量方法适配于长读长测序技术，提高了定量分析的准确性和速度 | 未提及具体样本量或实验验证的广泛性 | 解决长读长测序数据中转录本异构体定量分析的生物信息学挑战 | 长读长测序数据中的转录本异构体 | 生物信息学 | NA | ONT长读长测序 | kallisto | RNA-seq数据 | NA |
| 1992 | 2025-07-17 |
Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea
2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties
DOI:10.1159/000545134
PMID:40058359
|
研究论文 | 探讨CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用 | 首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是激活老年性听力损失局部炎症微环境的触发点 | 需要进一步的体内干预实验验证 | 研究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的角色 | 年轻和老年小鼠的耳蜗 | 生物医学 | 老年性听力损失 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、实时定量PCR、Western blot、迁移实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 年轻和老年小鼠的耳蜗样本 |
| 1993 | 2025-07-17 |
Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S530987
PMID:40655119
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研究论文 | 本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）对增强抗肿瘤免疫力的影响 | 揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤反应，并激活NK细胞、巨噬细胞和树突状细胞 | 研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行，尚未在人类临床试验中验证 | 研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫力的影响及参与的免疫细胞 | 小鼠TC-1/A9模型中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISPOT检测 | 小鼠模型 | 实验数据 | NA |
| 1994 | 2025-07-17 |
The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970
PMID:40655140
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用 | 首次发现ATF3在BAVM发病机制中的关键作用，为BAVM的精准治疗提供了新的可能性 | 研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在动物模型和临床样本中验证 | 探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略 | 脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞 | 精准医学 | 脑动静脉畸形 | scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(CCK-8, RT-qPCR, Transwell等) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1995 | 2025-07-17 |
Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf123
PMID:40655197
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据的伪时间导数识别细胞周期调控基因 | 开发了一种通过单细胞RNA测序研究细胞周期的方法，避免了传统的细胞周期同步或选择实验 | NA | 研究细胞周期及其调控组件 | 细胞周期调控基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间方法 | RNA测序数据 | NA |
| 1996 | 2025-07-17 |
Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1579121
PMID:40655943
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响 | 首次系统性评估长期电磁场暴露对肝脏的影响，并利用单细胞RNA测序和时空分辨分析揭示不同肝细胞对电磁辐射的敏感性和反应模式 | 研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类 | 评估长期电磁场暴露对肝脏的影响 | 小鼠肝脏 | 生物医学 | NA | 单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析 | NA | RNA测序数据、脂质组数据、组织学图像 | 小鼠暴露于2.45 GHz电磁场长达5个月 |
| 1997 | 2025-07-17 |
Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.114505
PMID:40657372
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示了转化生长因子-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了宫颈癌进展阶段肿瘤微环境（TME）的重塑过程，并发现了一个新的转移相关上皮亚群（Epi0_AGR2）以及TGF-β驱动的细胞协同作用作为转移开关 | 样本量相对较小（scRNA-seq n=11），需要在更大规模的队列中进行验证 | 解析宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的时空演变及其预后意义 | 宫颈癌患者的原发灶（局部n=3、区域n=4、转移n=4）和TCGA-CESC队列（n=304） | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重免疫组化（mIHC） | 计算模型（基于TME转移生态位特征） | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据 | scRNA-seq样本11例（局部3例/区域4例/转移4例），TCGA队列304例 |
| 1998 | 2025-07-17 |
Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.113580
PMID:40657391
|
研究论文 | 本研究通过多尺度分析和机器学习，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞（eCAFs）在肺腺癌（LUAD）中的预后作用 | 首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制作为肺腺癌进展和预后的关键因素，并开发了一个包含28个eCAFs相关基因的预后模型 | 需要进一步的实验验证 | 探索肺腺癌的新型治疗靶点和预后策略 | 肺腺癌（LUAD）患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，机器学习 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 15个LUAD肿瘤样本，整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据 |
| 1999 | 2025-07-17 |
DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study
2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses
IF:1.5Q4
DOI:10.1089/AID.2024.0005
PMID:39086230
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应 | 揭示了梅毒与HIV感染之间的直接因果关系，并发现RPAIN基因上调可能是促进HIV感染进展的关键因素 | 研究依赖于基因组关联研究的数据，可能存在未测量的混杂因素 | 评估梅毒对HIV感染的因果效应 | 梅毒和HIV感染 | 遗传流行病学 | HIV感染 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序 | 加权中位数、MR Egger、逆方差加权 | 基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2000 | 2025-07-17 |
CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat
2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC
PMID:38507610
|
研究论文 | 利用CRISPR-Cas9基因组编辑技术在大鼠体内生成小鼠肺组织 | 首次通过CRISPR-Cas9基因组编辑和囊胚互补技术在大鼠体内生成小鼠肺组织，实现了供体胚胎干细胞对肺组织近99%的贡献 | 研究仅在小鼠和大鼠之间进行，尚未在更大动物或人类中验证 | 探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺组织的可能性 | 小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎 | 生物工程 | NA | CRISPR-Cas9基因组编辑、囊胚互补技术、免疫染色、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞图像数据 | 小鼠-大鼠嵌合体 |