单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-04-02	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	research paper	该研究探讨了AIMP蛋白家族在胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤中对抗血管生成治疗反应的影响	首次揭示了AIMP1/2/3表达与血管生成的相关性，并发现高AIMP2亚组对抗血管生成治疗反应更好	研究为回顾性分析，需要前瞻性研究验证	探索AIMP蛋白家族作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的潜力	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	digital pathology	glioblastoma	multi-omic分析（转录组学、表观遗传学、蛋白质组学）和单细胞转录组学	Cox比例风险模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集
182	2025-04-02	Charting Postnatal Heart Development Using In Vivo Single-Cell Functional Genomics 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.10.642473 PMID:40161658	研究论文	通过整合单核转录组学和基于图像的空间转录组学，绘制出生后心脏发育的时间空间图谱，揭示心肌细胞成熟的动态调控网络	开发了PIP-seq（基于探针的Indel可检测扰动测序）高通量平台，用于在单核分辨率下直接捕获sgRNA表达、扰动状态和转录组图谱，并鉴定了21个心肌细胞成熟的新调控因子	NA	解析出生后心脏发育的调控机制，特别是心肌细胞成熟的动态过程	出生后心脏的细胞类型，特别是心肌细胞	功能基因组学	心血管疾病	单核转录组学、空间转录组学、PIP-seq	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
183	2025-04-02	High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.09.642133 PMID:40161839	research paper	该研究通过CRISPR抑制筛选和单细胞RNA测序技术，系统研究了阿尔茨海默病GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应	首次结合CRISPRi筛选和scRNA-seq技术，系统解析AD GWAS变异对小胶质细胞炎症状态的调控机制	研究主要基于hiPSC来源的小胶质细胞模型，与体内真实情况可能存在差异	阐明阿尔茨海默病遗传风险因素调控小胶质细胞炎症反应的分子机制	人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞(iMGLs)	基因组学	阿尔茨海默病	CRISPR抑制筛选(CRISPRi), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), CROP-seq	hiPSC-derived microglia模型	基因组数据, 转录组数据	针对119个AD GWAS位点进行筛选
184	2025-04-02	Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.07.642107 PMID:40161587	研究论文	通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序技术，研究肝癌中肿瘤细胞与微环境的共依赖性	开发了一种基于深度学习的策略（Spatial Dynamics Network, SDN），用于空间映射肿瘤细胞状态及其周围结构，揭示了肿瘤细胞村庄的概念及其与患者预后的关联	研究样本量相对较小（50个肿瘤生物样本），可能限制了结果的普遍性	理解肿瘤空间景观的形成及其对肿瘤侵袭性的影响	肝癌肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	肝癌	空间单细胞成像、单细胞RNA测序	深度学习	图像、RNA序列数据	50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞
185	2025-04-02	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Mar-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1 PMID:40162205	research paper	介绍了一个名为Thor的综合计算平台，用于空间转录组学和组织学图像的多模态分析	Thor平台通过抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效整合细胞形态与空间转录组学	NA	填补基因组和图像分析在空间转录组学中的无缝整合空白	空间转录组学和组织学图像	digital pathology	heart failure, breast cancer, bladder cancer	spatial transcriptomics, immunofluorescence staining, Visium HD	anti-shrinking Markov diffusion method	genomic data, image data	ISH, MERFISH, Xenium, Stereo-seq datasets, in-house heart failure patient samples, mouse olfactory bulb, breast cancer samples, bladder cancer sample
186	2025-04-02	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-Mar-06, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探究了阿尔茨海默病(AD)患者中淀粉样蛋白-β(Aβ)免疫疗法的作用机制	揭示了不同免疫方法下小胶质细胞状态与Aβ清除的关联，发现了TREM2和APOE的上调与抗体反应及Aβ清除的正相关性	研究样本量未明确说明，机制验证可能需要更多实验	阐明免疫疗法促进Aβ清除的分子机制	接受主动/被动Aβ免疫的AD患者、未免疫AD患者及健康对照	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明患者数量
187	2025-04-02	A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants 2025-Mar-05, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942 PMID:40043141	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，分析了极早产婴儿出生后头两个月内循环免疫细胞的动态变化	首次在极早产婴儿中进行了纵向多组学分析，揭示了其外周免疫发育的独特轨迹	样本量较小（仅10名极早产婴儿），且未评估长期临床结局	了解极早产婴儿外周免疫系统的发育特征	极早产婴儿（EPIs）、健康成人、早产和足月脐带血样本	免疫学	早产儿相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T和B细胞受体测序、磷酸化蛋白质质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	10名极早产婴儿（1周、1个月和2个月时采样）及对照样本
188	2025-04-02	Kurarinone regulates Th17/Treg balance and ameliorates autoimmune uveitis via Rac1 inhibition 2025-Mar, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.03.013 PMID:38522752	研究论文	研究探讨了苦参酮（KU）通过抑制Rac1调节Th17/Treg平衡并改善自身免疫性葡萄膜炎（AU）的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术全面描绘KU治疗的EAU小鼠免疫景观，并发现KU通过抑制Rac1和Id2/Pim1轴改善Th17/Treg平衡	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证	探究KU对自身免疫性葡萄膜炎的治疗效果及其调节机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和葡萄膜炎患者外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），siRNA干扰，选择性抑制剂	EAU动物模型	RNA测序数据，细胞分析数据	EAU小鼠模型和人类PBMCs样本
189	2025-04-02	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000662 PMID:40008906	research paper	通过整合单细胞和空间转录组分析，揭示人类肝脏祖细胞的异质性	首次在人类肝脏中系统性地研究了肝脏祖细胞的异质性，并发现了其与胆管细胞的空间共定位	样本量相对有限，仅分析了4种肝脏状态下的细胞	探究人类肝脏祖细胞的异质性及其在肝脏再生中的作用	人类肝脏祖细胞(LPCs)	digital pathology	liver disease	spatial transcriptomics sequencing	NA	single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics	259,400个单细胞，来自胎儿、健康、肝硬化和肝癌影响的肝脏
190	2025-04-02	Polygenic enrichment analysis in multi-omics levels identifies cell/tissue specific associations with schizophrenia based on single-cell RNA sequencing data 2025-Mar, Schizophrenia research IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.schres.2025.02.008 PMID:40036903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，在多组学水平上进行多基因富集分析，以识别与精神分裂症相关的细胞/组织特异性关联	使用单细胞疾病相关性评分（scDRS）算法，在单细胞分辨率下将大脑单细胞RNA测序与精神分裂症风险联系起来，并识别出与精神分裂症相关的基因过表达的细胞类型	样本量较小（59个SCUBE3表达细胞和21个FN1表达细胞），可能限制结果的普遍性	探索精神分裂症的细胞起源和组织异质性，以深入了解疾病病因	大脑单细胞RNA测序数据及多组学面板（ATAC-seq、RNA-seq、TWAS和GWAS）中的精神分裂症相关基因	生物信息学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、RNA-seq、TWAS、GWAS	scDRS算法	单细胞RNA测序数据、多组学数据	59个SCUBE3表达细胞和21个FN1表达细胞
191	2025-04-02	Unraveling enhanced liver regeneration in ALPPS: Integrating multi-omics profiling and in vivo CRISPR in mouse models 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000630 PMID:40048448	研究论文	本研究通过建立小鼠模型，结合多组学分析和CRISPR基因编辑技术，探讨了ALPPS手术在促进肝脏再生中的优势及其分子机制	首次整合RNA-seq、microRNA-seq和scRNA-seq多组学分析，结合CRISPR-cas9体内验证，揭示了ALPPS促进肝脏再生的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究ALPPS手术促进肝脏再生的分子机制	小鼠肝脏组织	分子生物学	肝脏疾病	RNA-seq, microRNA-seq, scRNA-seq, CRISPR-cas9	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
192	2025-04-02	Single-cell RNA sequencing of the spleen reveals differences in Salmonella typhimurium infection mechanisms between different chicken breeds 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104669 PMID:39793244	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究不同鸡品种脾脏在沙门氏菌感染中的免疫反应差异	首次对鸡脾脏进行单细胞转录组分析，比较了北京油鸡和科宝肉鸡在细菌感染后的免疫反应差异	仅研究了两种鸡品种，结果可能不适用于其他品种	探究不同鸡品种对沙门氏菌感染的免疫反应机制差异	北京油鸡和科宝肉鸡的脾脏CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	细菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	54,487个细胞
193	2025-04-02	Combining machine learning and single-cell sequencing to identify key immune genes in sepsis 2025-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85799-1 PMID:39789158	research paper	本研究通过结合机器学习和单细胞测序技术，识别脓毒症中的关键免疫基因	结合多种机器学习算法和单细胞测序数据，识别并验证了脓毒症中的关键免疫基因	样本量较小（脓毒症患者23例，健康对照10例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的新型生物标志物	脓毒症患者和健康对照的外周血样本	machine learning	sepsis	RNA-seq, qPCR, single-cell sequencing	Random Forest, LASSO regression, SVM, XGBoost, Logistic regression, AdaBoost, KNN	RNA sequencing data	脓毒症患者23例，健康对照10例
194	2025-04-02	Integrative bioinformatics and immunohistochemical analysis unravel the prognostic significance and immunological implication of LIMCH1 in breast cancer: a retrospective study 2025-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85255-0 PMID:39789044	research paper	通过整合生物信息学和免疫组化分析，揭示LIMCH1在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次将生物信息学分析与临床免疫组化数据结合，研究LIMCH1在乳腺癌中的预后价值和免疫微环境影响	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，需要前瞻性研究验证	探索LIMCH1作为乳腺癌预后标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	bioinformatics analysis, immunohistochemistry (IHC), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	nomogram	genomic data, clinical data, image data	TCGA队列和临床IHC队列数据
195	2025-04-02	Genetic associations of plasma metabolites with immune cells in hyperthyroidism revealed by Mendelian randomization and GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks analysis 2025-01-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85664-1 PMID:39779799	research paper	该研究利用孟德尔随机化（MR）和GWAS-sc-eQTLs xQTLbiolinks分析，探讨了血浆代谢物与免疫细胞在甲状腺功能亢进症（HD）中的遗传关联	首次揭示了特定免疫细胞表型（如CD25在幼稚成熟B细胞和CD8+NKT细胞上）与HD之间的因果关系，并发现硫酸百里香酚作为潜在代谢介质	研究结果依赖于GWAS数据的可用性和质量，且样本主要来自欧洲人群，可能限制结果的普适性	探究免疫细胞表型、HD及血浆代谢物之间的因果关系和潜在机制	免疫细胞表型、HD患者及血浆代谢物	遗传学与免疫学	甲状腺功能亢进症	孟德尔随机化（MR）、GWAS、sc-eQTL分析	MR-Egger、MR-PRESSO、多变量MR	基因组数据、代谢组数据	免疫细胞表型GWAS数据（n=18,622）、HD数据（3,731病例，480,867对照）、血浆代谢物数据（n=115,078）
196	2025-04-02	Cytokine expression and cytokine-mediated cell-cell communication during skeletal muscle regeneration revealed by integrative analysis of single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.12055 PMID:39691872	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其介导的细胞间通讯	整合了15个公开可用的单细胞RNA测序数据集，全面分析了393种注释的小鼠细胞因子在再生肌肉中的表达，揭示了广泛的、动态的细胞因子表达和双向细胞间通讯	研究仅关注早期再生时间点（0、2、5和7天），未涵盖整个再生过程	探究骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其在细胞间通讯中的作用	小鼠骨骼肌再生过程中的细胞因子表达和细胞间通讯	单细胞RNA测序分析	骨骼肌损伤	scRNA-seq	CellChat	单细胞RNA测序数据	15个公开可用的scRNA-seq数据集
197	2025-04-02	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	research paper	该研究探讨了胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态在无Kras突变情况下的DNA甲基化记忆及其对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响	揭示了在无致癌基因突变情况下，ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在肿瘤细胞可塑性中的作用	研究未涉及致癌基因突变背景下的ADM表观遗传变化	探究ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在胰腺导管腺癌（PDAC）发生中的作用	胰腺腺泡细胞及其ADM过渡状态	表观遗传学	胰腺导管腺癌	DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、甲基化数据	人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本及实验诱导的ADM细胞
198	2025-04-02	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	research paper	该研究通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮中的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料学	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
199	2025-04-02	Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.09.24310178 PMID:39040193	research paper	该研究探讨了平滑肌细胞（SMC）表观遗传变化如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过GWAS和孟德尔随机化研究筛选出与高血压相关的SNP，并发现JMJD3在SMC表型调控中的新机制	研究主要基于小鼠模型和人类动脉的scRNA-seq数据，临床转化仍需进一步验证	揭示高血压动脉重塑的分子机制并寻找潜在治疗靶点	平滑肌细胞（SMC）和高血压相关基因变异	心血管疾病研究	心血管疾病	GWAS, 孟德尔随机化, scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	三个独立的人类GWAS研究数据和小鼠模型
200	2025-04-02	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了隐孢子虫整个生命周期的基因表达程序，并确定了控制其生命周期和性别决定的关键转录因子	研究发现仅存在三种细胞内阶段，并鉴定出转录因子Myb-M作为雄性命运的最早决定因素，这在缺乏遗传性别决定的生物体中具有重要意义	研究主要基于体外培养和感染动物模型，可能无法完全反映人体内的实际情况	揭示隐孢子虫生命周期的分子机制，为疫苗和治疗方法的开发提供基础	隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)	分子生物学	腹泻病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	体外培养和感染动物的隐孢子虫样本