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当前共找到 41796 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-07-27 |
Diffusion-based representation integration for foundation models improves spatial transcriptomics analysis
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag259
PMID:42412816
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研究论文 | 提出DRIFT框架，通过热核扩散将空间上下文整合到基础模型的输入表示中，提升空间转录组学分析性能 | 首次利用扩散过程将空间邻域信息整合到现有单细胞基础模型中，实现跨任务泛化的空间转录组学分析 | 未明确提及局限性，但可能依赖于基础模型的质量和空间转录组数据的分辨率 | 开发一个通用框架，桥接空间转录组数据与基础模型，提升下游任务如细胞类型注释、聚类和跨样本对齐的性能 | 空间转录组数据及单细胞基础模型（如scRNA-seq和ST基础模型） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 基础模型（如图神经网络、Transformer等，未具体说明） | 基因表达数据和空间位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 182 | 2026-07-27 |
An interpretable multi-task whole-slide histopathology AI model for non-small cell lung cancer: Cross-cohort generalisation, spatial attention-transcriptomic integration, and molecular-immune profiling
2026-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70744
PMID:42494157
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研究论文 | 提出了一种可解释的多任务全切片组织病理学AI模型SparseAGE-MTL，用于非小细胞肺癌亚型分类、分期预测和生存风险评估，并整合了空间转录组学和分子免疫图谱 | 首次在弱监督多任务学习框架中结合共享投影拓扑编码器和端点特定头，实现了亚型分类、分期概率和生存风险的联合预测，并通过注意力图谱与空间转录组学的共定位提供了生物学可解释性 | 回顾性研究设计缺乏前瞻性验证，分期估计区分度较低且校准依赖队列，需要带有治疗注释的前瞻性数据才能投入临床使用 | 评估H&E全切片图像是否可用于估计非小细胞肺癌的组织学亚型、病理分期概率、生存风险及空间相关的生物学关联 | 非小细胞肺癌患者 | 数字病理学, 机器学习 | 非小细胞肺癌 | H&E染色全切片成像, 10x Visium空间转录组学, 批量转录组学 | 多任务多实例学习模型 (SparseAGE-MTL) | 病理图像, 转录组数据, 空间转录组数据 | 训练和基准测试使用954例TCGA病例，外部评估使用948例组织微阵列和324例全切片病例 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学切片 |
| 183 | 2026-07-27 |
The autonomic nervous system-lung interface in experimental BPD: NPY modulates immune response, alveolar growth and vascular muscularizationin neonatal mice exposed to oxidative stress
2026-Jul-01, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03773-5
PMID:42387502
|
研究论文 | 研究神经肽Y在新生小鼠高氧诱导支气管肺发育不良模型中对免疫反应、肺泡生长和血管肌化的调节作用 | 首次揭示神经肽Y在自主神经系统-肺界面中的双重作用，即保留肺泡化的同时促进免疫细胞募集和血管肌化 | 仅使用小鼠模型，未在人体组织中验证，且未探索其他自主神经递质的协同作用 | 探究自主神经系统信号及神经肽Y在高氧诱导的支气管肺发育不良模型中的贡献 | 新生野生型和NPY基因敲除小鼠暴露于高氧或常氧环境后的肺部变化 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织形态学图像 | 新生小鼠（野生型和NPY敲除型），暴露于85%氧气或21%氧气，从出生至出生后14天 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 184 | 2026-07-27 |
Identification of PRKCB, NLRC4, and TNFSF10 as Key Regulators of the Lipid Metabolism-Autophagy Network in Atherosclerosis
2026-Jul, Cell biochemistry and function
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/cbf.70221
PMID:42389891
|
研究论文 | 本研究综合批量转录组和单细胞RNA测序数据，利用生物信息学方法筛选出动脉粥样硬化中脂质代谢-自噬网络的关键调节基因PRKCB、NLRC4和TNFSF10，并探讨其免疫微环境特征和潜在治疗价值 | 首次整合批量转录组和单细胞RNA测序数据，通过WGCNA和LASSO回归筛选出三个与动脉粥样硬化脂质代谢和自噬相关的新调节基因，并利用分子对接技术发现槲皮素和阿替洛尔可与PRKCB活性位点稳定结合 | 研究仅基于小鼠模型和公开数据集，缺乏大规模临床样本验证；分子对接结果需要进一步实验验证；未深入探讨三个基因在脂质代谢和自噬之间的具体调控机制 | 探索动脉粥样硬化中脂质代谢和自噬网络的关键调节基因及其免疫微环境特征 | 动脉粥样硬化斑块组织、小鼠主动脉组织和血浆样本 | 生物信息学 | 动脉粥样硬化 | 批量转录组测序, 单细胞RNA测序, 实时定量PCR, 蛋白质印迹, 免疫组化, 酶联免疫吸附测定 | WGCNA, LASSO回归 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠主动脉组织（实验组和对照组） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2026-07-27 |
Single-bacterium RNA-seq protocol to uncover heterogeneous expression of coding and noncoding genes in Bacteroides thetaiotaomicron
2026-Jul-01, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104651
PMID:42391002
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protocol | 描述了一种针对多形拟杆菌的单细菌RNA测序实验方案，用于揭示编码和非编码基因的异质性表达 | 首次为厌氧微生物Bacteroidota门下成员提供了专门的单细菌RNA-seq方案，包括转录组稳定化、FACS收集、优化裂解步骤以及结合MATQ-seq和Cas9去核糖体序列的流程 | 仅针对多形拟杆菌一个物种，可能需调整才能适用于其他Bacteroidota成员 | 开发并标准化可用于Bacteroidota门下细菌的单细胞转录组分析方法 | 多形拟杆菌（Bacteroides thetaiotaomicron） | 单细胞转录组学 | NA | MATQ-seq, Cas9去核糖体序列, FACS, RNA-seq | NA | 单细菌转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2026-07-27 |
Metabolic Dysregulation of FC3 Fibrochondrocytes via MDH2 Promotes Intervertebral Disc Degeneration
2026-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71246
PMID:42394313
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和转录组测序分析，揭示FC3纤维软骨细胞亚群中MDH2介导的代谢失调促进椎间盘退变的机制 | 首次鉴定出FC3纤维软骨细胞亚群在椎间盘退变中的关键作用，并发现MDH2作为枢纽基因连接三羧酸循环激活与FC3代谢表型，通过药物筛选提出潜在治疗化合物 | 未提及明确的局限性，但研究主要基于公共数据集分析，缺乏体内实验验证 | 阐明椎间盘退变过程中驱动疾病进展的特异性细胞亚群及其代谢机制 | 椎间盘退变组织中的软骨细胞和纤维软骨细胞亚群 | 数字病理学 | 腰椎间盘退变 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序、hdWGCNA、伪时间轨迹推断、代谢通路分析 | NA | 基因表达数据 | 两个公共数据集（GSE230809, GSE186542）的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 公共数据集GSE230809和GSE186542中的单细胞RNA测序数据 |
| 187 | 2026-07-27 |
Integrated Proteomic and scRNA-Seq Analysis Reveals Pyroptosis-Related Subtypes in Lung Adenocarcinoma
2026-Jul, The clinical respiratory journal
DOI:10.1111/crj.70210
PMID:42402362
|
研究论文 | 整合蛋白质组和单细胞RNA测序数据，探究焦亡相关蛋白在肺腺癌肿瘤微环境中的潜在作用及其与免疫、预后和治疗反应的关系 | 首次通过整合蛋白质组和scRNA-seq数据，识别出肺腺癌中与焦亡相关的三种分子亚型（脂质代谢、信号转导和免疫激活），并构建了基于焦亡相关蛋白的预后评分模型 | 样本量相对较小（103例患者），且缺乏外部独立验证数据集 | 探究焦亡相关蛋白在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其与肿瘤免疫、预后和治疗反应的关联 | 肺腺癌患者 | 计算生物学 | 肺腺癌 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | 蛋白质表达数据、单细胞转录组数据 | 103例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA |
| 188 | 2026-07-27 |
Recipient-derived macrophages mediate acute cardiac allograft rejection via GSDMD-induced pyroptosis mechanism
2026-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70729
PMID:42403008
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术揭示受体来源的M1型巨噬细胞通过GSDMD介导的细胞焦亡驱动心脏同种异体移植急性排斥反应的机制 | 首次证明巨噬细胞GSDMD依赖的焦亡在心脏同种异体移植急性排斥反应中的关键作用，并揭示TNFα/IL6通过NF-κB/STAT3通路调控GSDMD表达的分子机制 | 未提及具体限制条件 | 确定巨噬细胞GSDMD依赖的焦亡是否驱动心脏同种异体移植急性排斥反应，及靶向GSDMD能否延长移植物存活 | 心脏同种异体移植小鼠模型中的巨噬细胞、CD8+T细胞及移植心脏组织 | 免疫学， 移植医学 | 心脏移植排斥反应 | 单细胞RNA测序， 免疫印迹， 流式细胞术， 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据， 图像 | 小鼠模型（具体样本量未说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2026-07-27 |
Exosome-Associated Gene Network and the Role of SPP1 in Herpes Stromal Keratitis and the Therapeutic Modulation by Ursolic Acid
2026-07-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.8.15
PMID:42405671
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研究论文 | 本研究探索了单纯疱疹病毒性角膜炎中外泌体相关基因网络，鉴定了SPP1作为关键驱动基因，并评估了熊果酸的治疗潜力 | 首次构建了HSK中外泌体相关基因网络，发现SPP1在疾病进展中的核心作用，并揭示了熊果酸通过下调SPP1和抑制PI3K/Akt信号通路的治疗机制 | 该研究主要基于小鼠模型，未提及人类样本验证；机制探讨仅覆盖PI3K/Akt通路，未完全阐明其他可能的分子途径 | 阐明HSK中外泌体相关基因网络及SPP1的作用，并评估熊果酸的治疗效果和机制 | HSV-1感染小鼠的角膜组织及免疫细胞 | 数字病理学 | 单纯疱疹病毒性角膜炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 免疫组织化学, 流式细胞术 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据, 流式数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2026-07-27 |
PertAdapt: unlocking single-cell foundation models for genetic perturbation prediction via condition-sensitive adaptation
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag307
PMID:42412811
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研究论文 | 提出PertAdapt框架，通过条件敏感适配解锁单细胞基础模型，准确预测遗传扰动效应 | 引入插件式扰动适配器和自适应损失，分别通过基因相似性掩码注意力机制动态捕捉扰动敏感基因表达模式，提升预训练知识迁移效果 | 未提及具体局限性 | 准确预测遗传扰动（如基因敲除、变异）后的转录反应 | 单细胞RNA-seq数据中的遗传扰动效应 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 单细胞基础模型（含扰动适配器） | 文本（基因表达数据） | 七个扰动数据集，包括单基因和双基因设置 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2026-07-27 |
DiSPA: differential substructure-pathway attention for drug response prediction
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag272
PMID:42412793
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研究论文 | 提出一种名为DiSPA的差异子结构-通路注意力框架，用于药物反应预测，通过建模化学子结构与通路级基因表达之间的双向交互来提升预测性能 | 引入差异交叉注意力机制，抑制高维生物网络中的虚假关联，增强上下文相关交互，首次将差异注意力用于药物反应预测并在空间转录组学中实现零样本应用 | 注意力分析仅提示差异注意能更好优先处理预定义靶点相关通路，但未进行机制验证；外部数据集和跨数据集泛化仍需进一步验证 | 开发一种能够捕捉化学子结构与细胞通路状态之间细粒度、上下文相关相互作用，且对噪声和稀疏性具有鲁棒性的药物反应预测模型 | 药物与细胞系（GDSC和CTRP数据集）以及空间转录组数据 | 机器学习 | NA | NA | 差异交叉注意力 | 基因表达数据、药物化学结构数据 | GDSC基准数据集和CTRP外部数据集中的细胞系样本，以及空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2026-07-27 |
Striping artifact removal in VisiumHD data through nuclear counts modeling
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag306
PMID:42412812
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研究论文 | 提出一种统计方法，通过核计数模型去除VisiumHD数据中的条纹伪影 | 利用H&E共定位图像的核分割信息，建立负二项分布模型，通过广义线性模型框架拟合核特异性浓度及行列条纹因子，实现非周期性条纹伪影的高效去除，优于现有方法 | 未提及方法对核分割不准或低质量H&E图像的鲁棒性，以及计算效率与大规模数据的适用性 | 开发去除VisiumHD空间转录组条纹伪影的统计方法，以保留生物学信号 | 合成数据及四张公共VisiumHD组织切片数据 | 数字病理学 | 不适用 | 空间转录组学 | 广义线性模型 | 图像 | 四张公共VisiumHD组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x VisiumHD | 10x VisiumHD 2 µm × 2 µm分辨率空间转录组学平台 |
| 193 | 2026-07-27 |
R4ST: a reference-guided graph-generative model for robust reconstruction of spatial transcriptomic profiles
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag228
PMID:42412818
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研究论文 | 提出一种参考引导的图生成模型R4ST，用于稳健重建空间转录组学图谱 | 利用单细胞RNA-seq数据作为参考，结合图归纳与直推建模双学习通道，捕捉空间数据中的互补拓扑信息，实现缺失基因表达的准确重构 | 未提及具体局限 | 完成空间转录组学数据，提升生物解释性 | 空间转录组学数据与单细胞RNA-seq参考数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 图生成模型 | 基因表达数据 | 多个平台数据集（未具体说明数量） | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 多平台数据集包括10x Visium和Illumina NovaSeq |
| 194 | 2026-07-27 |
A dependency-aware deep generative model for inferring RNA velocity from spatial transcriptomics
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag270
PMID:42412830
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研究论文 | 提出spaVelo，一种依赖感知的深度生成模型，用于从空间转录组数据推断RNA速度 | 将空间信息整合到转录动力学中，利用空间感知变分自编码器和空间调节转录缩放因子，实现点特异性及异质性动态建模 | 未明确提及，但可能在复杂空间组织中的适用性仍需进一步验证 | 从空间转录组数据推断RNA速度，研究空间组织的细胞状态转变 | 空间转录组数据中的细胞点 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序 | 深度生成模型（空间感知变分自编码器） | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 195 | 2026-07-27 |
CPS: mapping physical coordinates to high-fidelity spatial transcriptomics via privileged multi-scale context distillation
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag218
PMID:42412832
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研究论文 | 提出一种名为细胞定位系统（CPS）的上下文感知隐式神经表示框架，通过特权多尺度上下文蒸馏策略将物理坐标映射到高保真度空间转录组 | 首次利用特权多尺度上下文蒸馏策略，将多尺度组织微环境视为特权信息，通过教师网络的多尺度微环境注意力机制捕获自适应生物相互作用，并将其显式蒸馏到学生坐标网络，实现从空间坐标直接生成上下文感知的表达图谱 | 未提及具体局限性 | 开发一种无需图像配准依赖、具有上下文感知能力的高分辨率空间转录组数据处理方法 | 空间转录组数据及对应的组织物理坐标 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、隐式神经表示 | 隐式神经表示网络（含教师-学生网络结构） | 空间转录组数据 | 使用DLPFC数据集、小鼠脑组织和人类乳腺癌组织数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 196 | 2026-07-27 |
A disentangled transformer-based transfer learning framework to predict patient drug response from tumor single-cell transcriptomics
2026-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag269
PMID:42412833
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研究论文 | 提出scTAPE框架，利用肿瘤单细胞转录组数据预测患者药物反应 | 采用解耦学习策略从匹配的bulk和单细胞表达谱中提取内在药理信号，并通过预训练-微调范式实现跨域泛化 | NA | 利用单细胞转录组数据预测患者药物反应，解决肿瘤内细胞异质性对疗效的影响 | 肿瘤单细胞转录组数据、细胞系数据、两个独立临床队列 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | Transformer | 单细胞转录组数据、bulk转录组数据 | 细胞系数据集和两个独立临床队列 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 197 | 2026-07-27 |
Glutamate carboxypeptidase II activation in astrocytes mediates glymphatic impairment and cognitive vulnerability in the aging brain following surgery
2026-Jul, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71666
PMID:42427142
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研究论文 | 探讨衰老大脑中星形胶质细胞谷氨酸羧肽酶II活化如何介导手术后的淋巴功能损伤和认知脆弱性 | 首次揭示星形胶质细胞GCPII在衰老大脑手术后认知功能障碍中的性别特异性机制，并证明GCPII敲低可逆转认知缺陷 | 未提及明显的局限，但可能包括仅使用小鼠模型及年龄相关背景的泛化性受限 | 阐明衰老大脑手术后认知障碍的细胞和分子机制，尤其关注星形胶质细胞GCPII的作用 | 老年小鼠的认知功能、淋巴活动及星形胶质细胞功能 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用老年小鼠，未明确分组样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 198 | 2026-07-27 |
Spatial Transcriptomic Atlas Reveals That Forkhead Box O3-Mediated Mitochondrial Dynamics Imbalance Drives Premature Ovarian Insufficiency in Mice
2026-Jul, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70623
PMID:42435003
|
研究论文 | 通过构建空间转录组图谱揭示FoxO3介导的线粒体动力学失衡驱动小鼠卵巢早衰的机制 | 首次构建卵巢早衰小鼠模型的空间转录组图谱，结合空间分析与功能机制研究，阐明FoxO3通路异常激活通过破坏线粒体动态平衡导致颗粒细胞衰老和卵巢功能衰竭 | 仅使用小鼠模型（未涉及人类样本），且机制验证主要基于体外细胞实验和动物模型（可能需进一步临床验证） | 揭示卵巢早衰（POI）与生殖衰老的空间和分子特征，特别是颗粒细胞衰老过程中的线粒体动力学失衡机制 | 小鼠卵巢早衰模型（包括triptolide诱导的KGN细胞模型和10月龄自然衰老小鼠）的颗粒细胞 | 空间转录组学 | 卵巢早衰 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | POI小鼠模型（数量未明确）和10月龄自然衰老小鼠卵巢（每组至少3只，但未明确样本总数） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术用于构建小鼠卵巢空间图谱 |
| 199 | 2026-07-27 |
Influenza-induced tuft cell expansion is associated with changes in ILC2 populations in the distal lungs of mice
2026-Jul, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.71000
PMID:42436595
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研究论文 | 该论文研究了流感感染后小鼠远肺中簇细胞扩张与2型固有淋巴细胞（ILC2）群体变化之间的关联 | 首次揭示流感损伤后异位簇细胞与ILC2之间存在双向调控轴，以及簇细胞缺陷影响1型和3型固有淋巴细胞（ILC1和ILC3）的扩张 | 主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且具体分子机制尚需进一步阐明 | 探究流感损伤后异位簇细胞在塑造固有免疫反应中的功能 | 感染流感病毒后的小鼠远肺组织中的簇细胞和固有淋巴细胞 | 机器学习和生物信息学 | 流感病毒感染后肺部免疫反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠样本，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2026-07-27 |
From Gut to Fat: Intestinal Epithelial Exosomes Target PDGFRα+ Progenitors to Promote Lipogenesis and Counteract Subcutaneous Adipose Tissue Atrophy in Aging
2026-Jul, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70625
PMID:42437849
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研究论文 | 研究揭示小肠上皮外泌体通过miR-379-5p/Usp34/Wnt/β-catenin轴靶向PDGFRα+祖细胞促进脂肪生成，逆转衰老相关皮下脂肪组织萎缩 | 首次发现小肠上皮外泌体介导肠道与脂肪组织的通讯，通过调控PDGFRα+前脂肪细胞分化参与年龄相关的皮下脂肪重塑 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步验证在人类中的机制保守性和治疗潜力 | 探讨年龄相关皮下脂肪组织萎缩的机制及潜在治疗策略 | 小鼠小肠上皮外泌体和皮下脂肪组织PDGFRα+祖细胞 | 机器学习 | 老年病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 老年和年轻小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |