单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-12-19	An improved bacterial single-cell RNA-seq reveals biofilm heterogeneity 2024-Dec-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97543 PMID:39689163	研究论文	本研究提出了一种改进的细菌单细胞RNA测序方法RiboD-PETRI，用于探索生物膜异质性	引入了一种新的方法RiboD，通过去除核糖体RNA衍生的cDNA，显著提高了mRNA检测率，解决了细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题	NA	解决细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题，并探索生物膜的异质性	细菌单细胞RNA测序和生物膜异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
182	2024-12-19	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-17, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文研究了肝细胞癌中GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肿瘤免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制，并提出了靶向GMPS作为肝细胞癌治疗新策略的可能性	实验主要集中在体外和细胞水平，缺乏临床试验验证	探索肝细胞癌快速生长和转移的调控机制，并寻找潜在的治疗靶点	肝细胞癌组织、GMPS、PD-L1、CD8 T细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	晚期肝细胞癌组织
183	2024-12-19	Predictive significance of MPT-driven necrosis-related genes signature in gastric cancer and their impact on the tumor microenvironment 2024-Dec-17, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03832-7 PMID:39690336	研究论文	本研究探讨了MPT驱动的坏死相关基因（MPTDNRGs）在胃癌（GC）中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境（TIME）的影响	首次揭示了MPTDN相关基因在胃癌中的突变率和表达差异，并构建了预测胃癌预后的风险模型，同时评估了其对免疫治疗反应的影响	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多临床样本的验证	探讨MPTDN相关基因在胃癌中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者的MPTDN相关基因表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	RNA测序（RNA-seq）	LASSO回归	RNA序列数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本，以及尿路上皮癌样本用于验证
184	2024-12-19	Synovial innate immune exhaustion is associated with worse pain in knee osteoarthritis 2024-Dec-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	研究论文	研究探讨了膝关节骨性关节炎患者中滑膜先天免疫细胞耗竭与疼痛加剧之间的关系	首次揭示了滑膜先天免疫细胞耗竭与膝关节骨性关节炎患者疼痛加剧之间的关联，并提出了免疫调节巨噬细胞耗竭可能是治疗新靶点的观点	研究样本量较小，且仅限于膝关节骨性关节炎患者，结果的普适性有待进一步验证	旨在识别与膝关节骨性关节炎患者疼痛加剧相关的滑膜先天免疫细胞亚群及病理生理机制	膝关节骨性关节炎患者的滑膜组织及先天免疫细胞	NA	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织	122名膝关节骨性关节炎患者的滑膜组织样本，其中32个样本用于空间转录组学和蛋白质组学分析，8个样本用于单细胞RNA测序
185	2024-12-19	Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910 PMID:39626665	研究论文	本文介绍了IOBR 2.0工具包，用于通过多组学数据对肿瘤微环境进行多维解码，以增强免疫肿瘤学研究	IOBR 2.0通过多组学数据整合和单细胞RNA测序数据构建基因特征和参考矩阵，提供了更全面的肿瘤-免疫相互作用分析	研究结果仍需在大规模临床队列中进行验证	通过多组学数据整合推进肿瘤微环境研究	肿瘤微环境及其与免疫疗法的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
186	2024-12-19	A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913 PMID:39644902	研究论文	本文提出了一种名为CellTran的统计方法，利用配对基因表达相关性从scRNA-seq数据中识别过渡细胞	该方法无需明确解析基因调控网络，即可检测过渡细胞，并揭示其独特的基因表达特征	NA	揭示驱动细胞状态转换的分子机制，并增强识别疾病干预治疗靶点的能力	从scRNA-seq数据中识别过渡细胞及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	统计方法	基因表达数据	涉及多种生物学背景的样本，包括组织再生、胚胎发育、癌前病变和疫苗接种后的体液反应
187	2024-12-19	Single-cell RNA sequencing algorithms underestimate changes in transcriptional noise compared to single-molecule RNA imaging 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100933 PMID:39662473	研究论文	本文通过小分子扰动和单细胞RNA测序算法，比较了转录噪音在单细胞RNA测序和单分子RNA荧光原位杂交中的量化差异	首次通过单分子RNA荧光原位杂交验证了单细胞RNA测序算法在量化转录噪音时的系统性低估	所有单细胞RNA测序算法在量化噪音变化时均存在系统性低估	评估和比较不同单细胞RNA测序算法在量化转录噪音方面的准确性	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（smFISH）	NA	基因表达数据	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据
188	2024-12-19	Cellular heterogeneity and cytokine signatures in acute myeloid leukemia: A novel prognostic model 2024-Dec-16, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102194 PMID:39689517	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性髓性白血病（AML）的细胞异质性和细胞因子特征，并构建了一个新的预后风险评分模型	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了AML患者骨髓样本中的多种细胞亚群，并基于关键细胞因子相关基因构建了一个预后风险评分模型	本研究依赖于公开数据集，可能无法完全代表所有AML患者的特征	研究AML的细胞异质性和细胞因子特征，并开发一个新的预后模型以提高诊断和治疗的精准性	急性髓性白血病患者的细胞异质性、细胞因子相关基因及其预后价值	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序	预后风险评分模型	基因表达数据	多个独立AML患者队列
189	2024-12-19	Expanding the landscape of antibody discovery 2024-Dec-16, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936 PMID:39689694	研究论文	本文介绍了一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术的方法，用于筛选多样化的抗体基因库	本文创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术结合，成功筛选出多样化的抗体基因库	NA	开发一种新的方法用于抗体-抗原配对发现	抗体基因库和病毒受体蛋白库	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
190	2024-12-19	Dynamics of Liver Cancer Cellular Taxa Revealed Through Single-cell RNA Sequencing: advances and challenges 2024-Dec-15, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217394 PMID:39689824	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肝癌细胞动态变化中的进展和挑战	单细胞RNA测序技术揭示了肝癌异质性和肿瘤微环境的关键分子驱动因素和表型景观	本文主要讨论了当前技术的挑战和局限性	探讨单细胞RNA测序技术在肝癌研究中的应用及其对个性化治疗的推动作用	肝癌的细胞动态变化、肿瘤微环境及其分子驱动因素	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
191	2024-12-19	Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches 2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385 PMID:39691517	研究论文	本研究整合多组学数据，利用机器学习方法筛选EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其有效性	本研究创新性地结合了多组学数据和机器学习方法，筛选出具有潜在抗乳腺癌活性的EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其分子相互作用和构象动力学	本研究主要基于细胞系数据和计算模型，尚未进行体内实验验证	筛选和验证针对乳腺癌中EGFR过表达的有效治疗化合物	乳腺癌细胞系中的EGFR抑制剂	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	支持向量机、人工神经网络、随机森林	多组学数据	使用了来自Cancer Cell Line Encyclopedia和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的乳腺癌细胞系数据
192	2024-12-19	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2024-Dec-09, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	本文通过单细胞转录组分析比较了高脂饮食和普通饮食喂养的小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干细胞和前体细胞的转录组差异，并研究了膳食黄酮木犀草素对这些差异基因表达的影响	本文首次揭示了木犀草素通过上调Aspn、Htra1和Efemp1基因抑制3T3-L1细胞脂肪生成的作用	本文仅在细胞和小鼠模型中验证了结果，尚未在人体中进行验证	旨在通过单细胞转录组分析识别肥胖相关的新脂肪生成基因，并研究木犀草素对其表达的影响	脂肪干细胞和前体细胞、3T3-L1细胞	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三组独立的小鼠单细胞RNA测序数据，以及3T3-L1细胞实验
193	2024-12-19	Single-cell analysis reveals a unique microenvironment in peri-implantitis 2024-Dec, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13982 PMID:38566468	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了种植体周围炎的独特微环境	首次通过单细胞RNA测序揭示了种植体周围炎与健康个体和牙周炎患者在微环境上的差异，特别是发现了CXCL13+纤维母细胞亚群在种植体周围炎中的显著增加	研究样本量较小，且仅限于特定患者群体，可能影响结果的普适性	揭示种植体周围炎的独特微环境	种植体周围炎患者的组织样本	NA	牙周疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	种植体周围炎患者、健康个体和牙周炎患者的组织样本
194	2024-12-19	Association of circulating cytokine levels and tissue-infiltrating myeloid cells with achalasia: results from Mendelian randomization and validation through clinical characteristics and single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02155-2 PMID:39377966	研究论文	本文研究了食管失弛缓症与循环细胞因子水平及组织浸润髓系细胞之间的关系，通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证了潜在机制	首次通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序结合的方法，揭示了食管失弛缓症中特定细胞因子和髓系细胞的作用机制	研究样本量较小，且仅基于FinnGen数据库的数据，可能存在地域和人群的局限性	探讨食管失弛缓症的免疫失调机制，并寻找潜在的治疗靶点	循环细胞因子水平、组织浸润髓系细胞、食管失弛缓症患者	NA	食管失弛缓症	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定	NA	基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据	47种细胞因子的cis-eQTLs/pQTLs数据，以及来自FinnGen的食管失弛缓症GWAS数据
195	2024-12-19	Gastric Cancer Actively Remodels Mechanical Microenvironment to Promote Chemotherapy Resistance via MSCs-Mediated Mitochondrial Transfer 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404994 PMID:39392399	研究论文	本文研究了胃癌通过间充质基质细胞介导的线粒体转移重塑机械微环境以促进化疗耐药的机制	首次揭示了胃癌细胞通过间充质基质细胞介导的线粒体转移，利用细胞外基质的机械信号促进化疗耐药的机制	研究仅限于体外实验和部分患者的样本分析，需要进一步的临床验证	探讨胃癌对奥沙利铂耐药的机制，并寻找可能的干预策略	胃癌患者的肿瘤组织和间充质基质细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	组织	部分奥沙利铂耐药的胃癌患者
196	2024-12-19	Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations 2024-Dec, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02471-8 PMID:39482463	研究论文	本文提出了一种结合速度场和流形估计的贝叶斯RNA速度模型，用于研究细胞周期中的基因调控动态	引入了一种新的贝叶斯模型，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，提供了统计控制，并识别了显式动力系统的参数	NA	解决现有RNA速度算法缺乏统计控制和动态一致性的问题，并研究细胞周期中的基因调控动态	细胞周期中的基因表达动态	单细胞RNA测序	NA	RNA速度分析	贝叶斯模型	基因表达数据	NA
197	2024-12-19	Molecular Lineages and Spatial Distributions of Subplate Neurons in the Human Fetal Cerebral Cortex 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407137 PMID:39495628	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元（SPNs）的分子谱系和空间分布	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系	研究仅涵盖了妊娠10至25周的胎儿大脑皮层，未涉及更早或更晚的发育阶段	揭示人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系	人类胎儿大脑皮层中的子板神经元（SPNs）	NA	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	妊娠10至25周的人类胎儿大脑皮层样本
198	2024-11-07	Mapping out multiple sclerosis with spatial transcriptomics 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01798-x PMID:39501034	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
199	2024-12-19	IL1RAP Blockade With a Monoclonal Antibody Reduces Cardiac Inflammation and Preserves Heart Function in Viral and Autoimmune Myocarditis 2024-Dec, Circulation. Heart failure DOI:10.1161/CIRCHEARTFAILURE.124.011729 PMID:39513273	研究论文	本文研究了通过单克隆抗体阻断IL1RAP（IL-1受体辅助蛋白）在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗效果	本文首次提出通过阻断IL1RAP来治疗心肌炎，相较于单独阻断IL-1，这种方法更为高效	本文的研究仅在BALB/c小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其疗效	探索IL1RAP阻断在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗潜力	BALB/c小鼠模型中的病毒性和自身免疫性心肌炎	NA	心血管疾病	空间转录组学（Visium 10× Genomics）	NA	基因表达数据	每组10-11只BALB/c小鼠
200	2024-12-19	Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression 2024-Dec, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17318 PMID:39547957	研究论文	研究探讨了电离辐射对斑马鱼胚胎孵化过程中组织金属蛋白酶抑制剂（TIMPs）表达的影响	首次揭示了电离辐射通过诱导TIMPs表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制	研究仅在斑马鱼胚胎中进行了实验，未涉及其他物种	探究电离辐射对水生生物和人类发育的生物学影响	斑马鱼胚胎及其孵化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	暴露于5 Gy电离辐射的斑马鱼胚胎