单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-22	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发适用于多种组织和肿瘤类型的分子和蛋白质友好型脱钙协议，以及构建多癌种组织微阵列（TMA），实现了对空间蛋白质组学和转录组学数据的系统性质量评估	开发了一种分子和蛋白质友好型脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究，并构建了多癌种组织微阵列（TMA）	研究中未提及样本量的具体数据，且可能受限于特定技术平台（如PhenoCycler-Fusion和Xenium）的可用性	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的分析前挑战	多癌种组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	空间生物学	多癌种	PhenoCycler高多重免疫组化（IHC）、Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	NA
182	2025-07-22	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	本文通过RNA测序技术研究了哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	首次全面测序了哮喘诱导下肺神经免疫景观的变化，并揭示了基因在迷走神经节中的空间分布模式	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	小鼠迷走神经节和肺组织	生物医学	哮喘	RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	使用naïve小鼠和经链格孢菌诱导哮喘的小鼠
183	2025-07-22	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	research paper	提出了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学（ST）数据	构建了一个全连接、有向且加权的网络模型，用于量化配体-受体相互作用在空间位置上的信号活性	仅在三个相互作用上验证了方法的有效性，未涉及更多配体-受体对	开发一种新的网络分析方法，用于空间转录组学数据的细胞间通讯研究	空间转录组学数据中的配体-受体相互作用	digital pathology	NA	空间转录组学（ST）	网络模型	基因表达数据	一个真实的ST数据集
184	2025-07-22	Melanocyte dysfunctions: future and promise of stem cells 2025, American journal of stem cells IF:1.5Q4 DOI:10.62347/EOIC7075 PMID:40686746	综述	本文综述了黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）在皮肤色素沉着和附属器官色素沉着中的作用，以及它们在治疗白癜风、头发灰白、伤口愈合障碍和黑色素瘤等疾病中的潜力	深入探讨了McSCs在皮肤再生和修复中的关键作用，以及利用单细胞RNA测序、空间转录组学等前沿技术对McSC生物学及其调控微环境的新认识	对McSCs在黑色素细胞功能障碍（如白癜风）中的特性仍缺乏全面理解	探讨McSCs在皮肤健康和疾病中的作用及其在再生医学中的应用潜力	人类黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）	再生医学	白癜风	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因编辑、全基因组测序	NA	NA	NA
185	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome Analyses of Four Pain Related Genes in Osteosarcoma 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251331508 PMID:40686838	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了骨肉瘤中四个疼痛相关基因的表达模式	首次在单细胞水平上揭示了ARTN、PSPN、GDNF和NRTN这四个疼痛相关基因在骨肉瘤不同细胞类型中的差异表达模式	研究仅基于现有数据集进行分析，未进行实验验证	探究骨肉瘤中疼痛相关基因的表达机制	人类骨肉瘤组织和细胞系	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	16种骨肉瘤细胞系和多种组织细胞类型
186	2025-07-22	Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Identifies ISR-Related Genes Driving Immune Regulation in Parkinson's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521744 PMID:40687147	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组学分析，鉴定了与帕金森病免疫调控相关的ISR相关基因	首次揭示了ISR相关基因（DDIT4、GNA13、HSPA1B和SLC7A5）在帕金森病微胶质细胞中的差异表达及其在免疫相关信号通路中的作用	研究主要依赖于公开的转录组数据，实验验证仅限于DDIT4基因	探究帕金森病进展中的分子机制，特别是ISR相关基因的作用	帕金森病患者和小鼠模型的脑组织	数字病理	帕金森病	单细胞RNA测序、空间转录组学、Lasso回归、随机森林算法、GSEA、GSVA、CIBERSORT	随机森林、Lasso回归	转录组数据	公开的GEO数据库中的转录组数据，具体样本数量未明确说明
187	2025-07-22	Integrated Analysis of Ferroptosis- and Cellular Senescence-Related Biomarkers in Atherosclerosis Based on Machine Learning and Single-Cell Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S529581 PMID:40687151	研究论文	该研究通过生物信息学方法结合机器学习算法和单细胞测序数据，识别了与铁死亡和细胞衰老相关的动脉粥样硬化生物标志物	首次整合铁死亡和细胞衰老相关基因，利用多种机器学习算法和单细胞RNA测序数据发现新的动脉粥样硬化诊断标志物	研究结果需要动物实验进一步验证，且样本量可能有限	探索铁死亡和细胞衰老在动脉粥样硬化中的作用机制并寻找诊断标志物	动脉粥样硬化相关基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，WGCNA，机器学习算法	机器学习模型（未指定具体模型）	基因表达数据	未明确说明样本数量
188	2025-07-22	Leveraging multiple labeled datasets for the automated annotation of single-cell RNA and ATAC data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.043 PMID:40687986	研究论文	介绍了一种名为JIND-Multi的新框架，用于在多个标注数据集之间转移细胞类型标签，适用于scRNA-Seq和scATAC-Seq数据	JIND-Multi框架能够处理多种标注数据集，显著减少未分类细胞的比例，同时保持原始JIND模型的准确性和性能	需要相同类型的标注数据，对于罕见细胞类型或scATAC-Seq数据的适应性可能有限	提高单细胞RNA和ATAC数据的自动化注释精度	单细胞RNA和ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	JIND-Multi	单细胞测序数据	NA
189	2025-07-22	dandelionR: Single-cell immune repertoire trajectory analysis in R 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.047 PMID:40687995	research paper	介绍了一个名为dandelionR的R包，用于单细胞免疫组库轨迹分析	填补了R语言中缺乏基于VDJ特征空间的单细胞轨迹分析工具的空白	仅适用于R用户，可能不适用于偏好Python的研究者	开发一个R包，用于整合单细胞RNA测序和免疫受体测序数据，以研究淋巴细胞发育	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和适应性免疫受体(AIR)测序(scVDJ-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scVDJ-seq	扩散映射(diffusion maps), 吸收马尔可夫链(absorbing Markov chains)	单细胞测序数据	NA
190	2025-07-22	Integrated multiomics analysis identifies PHLDA1+ fibroblasts as prognostic biomarkers and mediators of biological functions in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592416 PMID:40688078	研究论文	该研究通过整合多组学分析，识别出PHLDA1+成纤维细胞作为胰腺癌的预后生物标志物和生物学功能中介	提出了一个新颖的7基因风险模型，揭示了PHLDA1在肿瘤-间质相互作用中的关键作用	研究中涉及的CAF亚型的功能贡献尚未完全理解	增强胰腺癌的风险分层并识别新的治疗靶点	胰腺癌患者的肿瘤微环境，特别是癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学和大块RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	NA
191	2025-07-22	S100A8/A9 in herpes zoster neuralgia: molecular mechanisms and therapeutic perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615638 PMID:40688076	综述	本文全面综述了S100A8/A9在带状疱疹神经痛中的分子机制及治疗前景	首次系统分析了S100A8/A9通过TLR4/TNF信号通路调节神经炎症过程的分子机制，并提出了其作为治疗靶点的潜力	当前治疗方法的局限性需要进一步解决	探讨S100A8/A9在带状疱疹相关神经性疼痛中的分子机制和治疗潜力	带状疱疹（HZ）和带状疱疹后神经痛（PHN）	神经科学	带状疱疹神经痛	单细胞测序、多组学分析	NA	分子生物学数据	NA
192	2025-07-22	Integrative single-cell and spatial transcriptomics uncover ELK4-mediated mechanisms in NDUFAB1+ tumor cells driving gastric cancer progression, metabolic reprogramming, and immune evasion 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591123 PMID:40688093	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了NDUFAB1+肿瘤细胞在胃癌进展、代谢重编程和免疫逃逸中的核心机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，发现了C1 NDUFAB1+亚型在胃癌中的关键作用，并鉴定出ELK4作为重要调控因子	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索胃癌肿瘤异质性、代谢重编程和免疫逃逸的分子机制	胃癌组织和相关细胞亚型	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, 空间转录组学	Seurat, Robust Cell Type Decomposition, CellChat, StLearn	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量
193	2025-07-22	Key immune regulators in retinal ischemia-reperfusion injury via RNA sequencing 2025, International journal of ophthalmology IF:1.9Q2 DOI:10.18240/ijo.2025.07.06 PMID:40688775	研究论文	通过RNA测序技术探索视网膜缺血再灌注损伤中的关键免疫调节因子及其分子机制	结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，鉴定了与免疫细胞浸润相关的枢纽基因，并揭示了微胶质细胞和树突状细胞在免疫活动中的核心作用	研究仅关注了急性期的视网膜缺血再灌注损伤，未涉及慢性期的变化	探索视网膜缺血再灌注损伤的免疫细胞浸润和分子机制，寻找潜在的治疗靶点	视网膜缺血再灌注损伤模型	生物信息学	视网膜疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
194	2025-07-22	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	本研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶点，并开发了一种针对claudin-4的肽类分子成像剂	首次将空间转录组学和蛋白质组学应用于PDAC分子靶点的筛选，并开发了针对claudin-4的新型分子成像剂	研究仅基于人类手术样本，未涉及动物模型或临床试验验证	开发胰腺导管腺癌的分子成像靶点和诊断方法	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和正常胰腺组织	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET成像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
195	2025-07-22	Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629499 PMID:39763713	研究论文	本研究探讨了肺成纤维细胞在烟曲霉感染期间的激活如何通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御	揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的新型保护作用及其通过免疫调节和增强ECM分泌能力限制肺部损伤的机制	研究未详细探讨成纤维细胞激活的具体分子机制及其在不同免疫状态下的长期影响	探究肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的功能响应及其对宿主防御的作用	烟曲霉感染的肺成纤维细胞	免疫学	侵袭性曲霉病	细胞谱系追踪、靶向细胞消融、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	免疫正常和免疫抑制宿主的肺组织样本
196	2025-07-22	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	review	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，以及单细胞和空间转录组学在这些模型中的应用	结合单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术，提供了对这些神经退行性疾病模型的新见解	没有模型是完美的，存在一定的局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
197	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的治疗方法	接受颅脑放疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为数据	接受9 Gy颅脑放疗的成年小鼠，部分接受RZ治疗（13 mg/kg，饮用水）6-7周
198	2025-07-22	Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.15.628587 PMID:39763751	研究论文	本研究通过结合成像空间转录组学和免疫组化共染色技术，分析了视网膜神经节细胞（RGCs）在二维视网膜表面的空间分布及其与局部微环境的关系	首次系统地描述了45种小鼠RGC类型的空间分布特征，并发现部分RGC类型在血管周围富集，这些发现为理解视觉编码和神经退行性反应提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类RGC的发现虽然相似但仍需进一步验证	探索视网膜神经节细胞类型的空间分布模式及其与局部微环境的关系	小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	神经退行性疾病	成像空间转录组学（MERFISH）、免疫组化共染色	NA	图像、转录组数据	45种小鼠RGC类型及其人类同源细胞
199	2025-07-22	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	本文通过空间和分子特征分析，揭示了化疗后高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中免疫细胞状态的动态变化及骨髓细胞驱动的T细胞耗竭机制	发现了化疗诱导的骨髓细胞网络（Myelonets）通过NECTIN2-TIGIT信号通路驱动T细胞耗竭的空间机制，并验证了靶向该通路可增强免疫检查点阻断疗效	样本量相对有限（117例），且仅针对HGSC亚型	阐明化疗后卵巢癌微环境中免疫适应的空间生物学机制	117例化疗前后配对的HGSC组织样本	肿瘤免疫学	卵巢癌（高级别浆液性亚型）	单细胞转录组测序、空间转录组分析	患者来源的功能性免疫肿瘤学平台	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	117例配对的化疗前后HGSC样本
200	2025-07-22	Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本研究揭示了内皮细胞中的氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）在缺血性急性肾损伤（AKI）后肾脏修复中的关键作用	发现了内皮PHD1、PHD2和PHD3同时失活而非仅PHD2失活会促进肾脏不良修复，并确定了MCT4抑制剂syrosingopine可恢复适应性修复	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏数据仅作为观察性验证	探索缺血性AKI向CKD转变的内皮细胞机制	小鼠和人类肾脏内皮细胞	肾脏病理学	急性肾损伤和慢性肾病	scRNA-Seq分析	PHDTiEC小鼠模型	基因表达数据和病理学数据	小鼠模型和人类肾脏样本