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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-10-19
Inhibition of BMP-Smad1/5 signaling with DMH1 attenuates joint degeneration in a rat model of cuff tear arthropathy
2026-Dec, Osteoarthritis and cartilage open
研究论文 该研究通过改良大鼠肩袖撕裂关节病模型,利用单细胞RNA测序和分子生物学手段,探究BMP-Smad1/5信号通路在关节退变中的作用,并评估DMH1抑制该通路的治疗效果 首次在改良大鼠肩袖撕裂关节病模型中系统表征BMP配体表达及BMP-Smad1/5信号通路的激活情况,并证明DMH1抑制该通路可减轻软骨退变、软骨下骨吸收和滑膜炎症 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本或临床试验中验证;DMH1的长期安全性和全身副作用未评估;单细胞RNA测序样本量有限 表征肩袖撕裂关节病中的BMP信号通路,并确定抑制DMH1敏感的BMP I型受体信号是否能减轻肩袖撕裂关节病病理 改良肩袖撕裂关节病大鼠模型(mCTA)的肱骨头、软骨、软骨下骨和滑膜组织 骨关节炎与肌肉骨骼疾病 肩袖撕裂关节病 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, RT-qPCR, 免疫染色 NA 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2 2026-10-19
GeoMx Digital Spatial Profiler Enables Layer-Specific Spatial Transcriptomic Profiling of the Human Retina: A Proof-of-Concept Study from Post-Coronovirus Disease 2019 Donor Tissue
2026-Nov, Ophthalmology science IF:3.2Q1
研究论文 该研究利用NanoString GeoMx数字空间分析仪对人类视网膜进行层特异性空间转录组分析,并应用于COVID-19病史供体视网膜的探索性比较 首次将GeoMx DSP应用于人视网膜的层分辨空间转录组分析,通过跨平台计算验证与已发表scRNA-seq参考特征建立一致性,并在COVID-19病史供体中进行探索性应用 仅为概念验证研究,COVID-19相关差异表达结果属探索性发现,样本量有限,需在更大规模独立验证队列中进一步研究 生成人视网膜层分辨的空间转录组图谱,评估该方​​法能否成功解析病变视网膜各分区空间定位的转录变化 有和无COVID-19病史供体的死后人视网膜组织 空间转录组学 COVID-19, 眼部疾病 空间转录组学 NA 空间转录组数据, 文本 有和无COVID-19病史供体的死后人视网膜样本(具体数量未在摘要中说明) NanoString 空间转录组学 GeoMx Digital Spatial Profiler GeoMx DSP结合解剖学定义的视网膜层ROI选择进行层分辨空间转录组分析,并与已发表scRNA-seq参考特征进行跨平台验证
3 2026-10-19
Integrative transcriptomic analysis reveals tumor-adjacent mucosal remodeling in colorectal cancer
2026-Oct-17, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1
研究论文 通过对25例结直肠癌患者的配对远端正常、癌旁和肿瘤组织进行bulk RNA测序,构建正常-癌旁-肿瘤表达连续体,揭示癌旁黏膜存在协调的肿瘤导向转录变化 构建了有序的正常-癌旁-肿瘤表达连续体,使用基于limma的线性趋势模型识别沿该连续体的单调转录变化,而非依赖传统配对差异分析 样本量较小(25例患者),癌旁黏膜与远端正常黏膜在配对分析中无显著差异表达,单细胞RNA-seq分析基于外部数据 阐明结直肠癌癌旁黏膜与远端正常黏膜及肿瘤组织的关系,揭示癌旁黏膜的转录组重塑特征 25例结直肠癌患者的配对远端正常黏膜、癌旁黏膜和肿瘤组织 转录组学 结直肠癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq limma线性趋势模型 转录组数据 25例患者的配对远端正常、癌旁和肿瘤组织(共75个bulk RNA-seq样本),外加外部bulk队列和单细胞RNA-seq数据 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
4 2026-10-19
Wnt10b is required for the increase in cancellous bone caused by oxidized phospholipids blockade
2026-Oct-17, Bone IF:3.5Q2
研究论文 本文研究氧化磷脂阻断对小鼠骨量的合成代谢效应及其机制,发现E06-scFv通过上调Wnt10b促进骨形成,而Wnt10b缺失会削弱该效应 揭示Wnt10b主要来源于成骨谱系细胞,并通过scRNA-seq证明E06-scFv转基因小鼠的前成骨细胞和成骨细胞中Wnt10b及Wnt靶基因表达增加;证明Wnt10b是氧化磷脂阻断增加骨量所必需的 机制研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中验证;Wnt10b缺失仅部分而非完全消除E06-scFv的骨量增加效应,提示存在其他通路 阐明氧化磷脂阻断(E06-scFv)产生骨合成代谢效应的分子机制,特别是Wnt10b在其中的作用 6月龄E06-scFv转基因小鼠(雄性和雌性)及Wnt10b缺失小鼠的骨骼组织与间充质细胞 骨生物学 骨质疏松症 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、DXA骨密度检测 NA 基因表达数据、影像数据 6月龄E06-scFv转基因小鼠及野生型小鼠的间充质细胞(scRNA-seq),具体数量未在摘要中说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
5 2026-10-19
Alpha-ketoglutarate ameliorates systemic sclerosis-associated fibrosis by restoring endothelial function
2026-Oct-17, Pharmacological research IF:9.1Q1
研究论文 本文通过靶向代谢组学、单细胞RNA测序和动物模型,揭示α-酮戊二酸(α-KG)通过恢复内皮功能、抑制TGF-β/Smad信号通路,改善系统性硬化症相关纤维化 首次发现α-KG在纤维化肺组织和TGF-β刺激的成纤维细胞中代偿性升高;通过单细胞RNA测序和转录组反卷积意外鉴定内皮细胞是α-KG在纤维化肺中的主要靶细胞;揭示α-KG通过恢复内皮细胞比例、血管生成功能和屏障完整性,以及上调NRF1和恢复脂肪酸氧化来发挥抗纤维化作用 研究主要基于博来霉素诱导的小鼠模型和HUVECs体外实验,尚未在系统性硬化症患者中验证α-KG的临床疗效和安全性 探究α-KG对系统性硬化症相关纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制 博来霉素诱导的皮肤和肺纤维化小鼠模型、TGF-β刺激的成纤维细胞、人脐静脉内皮细胞(HUVECs)、博来霉素诱导的纤维化肺组织 数字病理学、代谢组学、单细胞转录组学 系统性硬化症、肺纤维化、皮肤纤维化 靶向代谢组学、单细胞RNA测序、bulk转录组测序、转录组反卷积 NA 代谢组数据、单细胞转录组数据、bulk转录组数据、图像 NA NA 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq NA NA
6 2026-10-19
Single-cell RNA sequencing identifies a proinflammatory S100a8/a9+ macrophage subset contributing to acute kidney injury
2026-Oct-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序鉴定出小鼠肾脏中一个独特的促炎性S100a8/a9+Ly6chigh巨噬细胞亚群,并揭示其在LPS诱导的急性肾损伤中的作用机制 首次通过单细胞RNA测序鉴定出LPS刺激后小鼠肾脏中独特的S100a8/a9+Ly6chigh促炎性巨噬细胞亚群,并证明S100a9缺失可通过减少CD11b+Ly6chigh巨噬细胞浸润和抑制促炎细胞因子产生来减轻急性肾损伤 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;S100a8/a9作为治疗靶点的安全性和有效性仍需进一步临床研究 鉴定内毒素血症诱导急性肾损伤中巨噬细胞亚群及其功能角色 小鼠肾脏巨噬细胞、LPS诱导或缺血再灌注损伤的急性肾损伤模型、S100a9-/-小鼠及骨髓移植受体小鼠 单细胞组学、免疫学 急性肾损伤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
7 2026-10-19
CXCL14+ fibroblasts promote development of IBD-associated fibrosis and cancer by interacting with SPP1+ macrophages via collagen IV secretion
2026-Oct-17, British journal of cancer IF:6.4Q1
研究论文 该文通过单核转录组、空间转录组等多组学方法揭示了CXCL14+成纤维细胞通过分泌IV型胶原与SPP1+巨噬细胞互作,促进IBD相关纤维化和癌变的机制 首次在单核水平揭示CXCL14+成纤维细胞是微环境中胶原的主要来源,并阐明其通过分泌IV型胶原与SPP1+巨噬细胞互作形成TGF-β1反馈环路驱动IBD相关纤维化和癌变的机制 摘要中未明确提及研究局限性 探究IBD相关癌症发生发展过程中细胞亚型的动态变化和相互作用机制 IBD相关纤维化和癌变过程中的细胞亚型(CXCL14+成纤维细胞、SPP1+巨噬细胞等) 数字病理学 炎症性肠病相关癌症 单核转录组测序,空间转录组学,生态动态建模,多重免疫组化,体外共培养,体内动物实验 NA 图像,文本 NA NA 单核RNA-seq,空间转录组学 NA NA
8 2026-10-19
Spatial Neighborhood Construction and NICHES Connectomics for Differential Ligand-Receptor Analysis in Fibrotic Human Lung
2026-Oct-16, Journal of visualized experiments : JoVE
研究方法 本文提出了一种基于成像空间转录组数据的计算流程,在单细胞对分辨率上推断配体-受体信号,并构建空间邻域与NICHES连接组学图,用于纤维化人肺组织的差异配体-受体分析 在单个细胞-细胞对分辨率上保留信号推断结果,利用测量的物理距离约束候选相互作用,并将邻域定义、LR数据库和评分函数等所有建模选择作为用户可调参数暴露出来;同时构建C2C、C2N和N2C三种互补表示及邻域组成分析 摘要中未明确说明该流程的局限性 开发一个可重复、模块化且可调的计算协议,用于研究空间组织的细胞间通讯,并在纤维化肺组织中识别区分纤维化区域与周围组织的差异配体-受体机制 纤维化人肺组织 空间转录组学, 生物信息学 肺纤维化 成像空间转录组, 配体-受体分析, 连接组学分析 NA 空间转录组图像数据, 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
9 2026-10-19
Enrichment of Retinal Endothelial Cells and Müller Glia Enable Comprehensive scRNA-Seq Profiling of the Blood-Retinal Barrier
2026-Oct-16, Journal of visualized experiments : JoVE
研究方法论文 本文提出一种优化的鼠视网膜细胞分离方法,结合温和酶解与机械吹打并利用FACS富集血管内皮细胞和Müller胶质细胞,实现血视网膜屏障的高质量单细胞RNA测序分析 整合温和酶解与机械吹打以保持细胞活性并减少转录伪影,同时采用FACS靶向富集占比不足2%的稀有细胞群,并测试基于抗体的细胞哈希实现样本多重化以提升成本效率 摘要未明确说明富集过程可能引入的细胞状态偏差及方法在其他神经组织中的普适性仍需验证 建立一种能够保留细胞完整性并选择性富集稀有细胞群的鼠视网膜单细胞悬液制备方法,以支持血视网膜屏障的单细胞分辨率研究 鼠视网膜细胞,特别是血管内皮细胞和Müller胶质细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-10-19
SPP1+ TAMs drive colorectal tumorigenesis through an ARG2-orchestrated metabolic-immune crosstalk
2026-Oct-13, Cancer letters IF:9.1Q1
研究论文 该文揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过ARG2介导的代谢-免疫串扰驱动结直肠癌发生的分子机制,并发现长双歧杆菌可下调CD44破坏该轴 首次阐明SPP1+ TAM通过SPP1-CD44轴诱导CRC细胞ARG2表达,ARG2通过USP10去泛素化稳定c-Myc进而激活HK2驱动Warburg代谢的正反馈环路,并发现长双歧杆菌作为微生物来源的精准辅助治疗可破坏SPP1-ARG2轴 研究主要基于临床标本、小鼠模型和细胞系的多平台整合策略,但未明确提及具体的样本量和大规模临床验证队列,微生物调控机制的因果关系仍需进一步体内验证 解析SPP1+ TAM重编程肿瘤进展的分子机制,并确定肠道微生物是否调控结直肠癌中的这一过程 结直肠癌临床标本、小鼠模型和结直肠癌细胞系 肿瘤免疫学、单细胞转录组学 结直肠癌 单细胞转录组学、多平台整合分析 NA 单细胞转录组数据、临床标本数据、动物模型数据、细胞系数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
11 2026-10-19
Early-life exposure to environmental pollutants and endocrine disruptors: emerging risks and mechanistic insights in maternal, fetal, and child health
2026-Oct-13, Environmental research IF:7.7Q1
综述 综述早期生命暴露于环境污染物和内分泌干扰物对母体、胎儿和儿童健康的影响及其机制 强调生命历程视角和环境正义,整合暴露组学、多组学、单细胞测序、空间生物学和微生物组研究等新方法揭示机制 未提及具体研究数据,缺乏原始实验验证,主要基于现有文献总结 总结早期生命环境暴露的暴露途径、生物监测方法、胎盘过程、分子和表观遗传修饰及其对神经发育、代谢、内分泌和生殖的影响,并强调暴露评估、预防措施和政策框架的进展 孕妇、胎儿和儿童 环境健康与暴露组学 神经发育障碍, 代谢功能障碍, 内分泌异常, 生殖损伤 暴露组学, 高分辨率质谱, 生物监测, 被动采样, 多组学, 单细胞测序, 空间生物学, 微生物组研究 NA 文本 NA NA NA NA NA
12 2026-10-19
Erratum: DestinyNet: A deep-learning framework for cell-fate analysis from lineage-tracing single-cell RNA sequencing data
2026-Oct-09, Patterns (New York, N.Y.)
更正 本文是对DestinyNet论文的更正声明 无 仅作为更正声明,未提供新研究内容 更正已发表论文中的错误 已发表的DestinyNet论文 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度学习框架 文本 NA NA NA NA NA
13 2026-10-19
Disentangling batch effects and biological signals across conditions in single-cell transcriptome
2026-Oct-09, Patterns (New York, N.Y.)
研究论文 提出了一种基于变分自编码器的批次校正方法Kanade,通过分离潜在变量来区分批次效应和生物信号,实现选择性校正并保留生物特征 利用变分自编码器专门化潜在变量,明确解耦批次效应与生物信号,避免传统方法 indiscriminately 混合数据导致生物信号丢失,支持跨条件比较分析 仅在模拟和真实数据集上验证,未提及大规模临床样本或多种平台数据的广泛测试;方法依赖于变分自编码器,可能对复杂批次结构敏感 解决单细胞转录组分析中批次效应与生物信号混杂的问题,实现选择性批次校正以支持跨条件比较分析 单细胞转录组数据(包括模拟数据和真实数据集) 机器学习 NA 单细胞转录组测序 VAE 文本(基因表达矩阵) NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-10-19
Tunable population diversity through a noise-driven differentiation switch
2026-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序分析神经祖细胞在40种信号组合下的分化,揭示一种噪声驱动的分化开关可调控细胞群体多样性 提出噪声驱动的退火开关机制,在log细胞命运概率空间中实现加性调控,并预测早期双潜能状态 摘要未明确说明具体局限性 探究组合信号如何通过电路层面机制调控神经祖细胞分化为多样细胞类型群体的比例 神经祖细胞(NPCs) 单细胞转录组学、计算生物学、发育生物学 NA 单细胞RNA-seq D-SPIN调控网络模型、分化开关电路模型 单细胞转录组数据 40种信号条件下的神经祖细胞,具体细胞数未在摘要中说明;另验证小鼠胚胎视觉皮层发育数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
15 2026-10-19
Integrating scRNA-Seq and Spatial Transcriptomics Reveal Novel Risk Stratification Signatures in Cervical Carcinoma
2026-Oct, Journal of medical virology IF:6.8Q1
研究论文 整合单细胞RNA测序和空间转录组学,识别与宫颈癌前病变进展相关的预后生物标志物,并通过改进的原位测序进行验证 发现了一个此前未被识别的上皮亚群epi8,该亚群主要来源于正常宫颈但具有癌症相关特征,并与预后生物标志物FAM19A4和miR124-2共享分子特征;证明epi8相关标志物可将低级别鳞状上皮内病变(LSIL)分层为进展、持续和消退组 需要更大规模的回顾性验证来确认这些生物标志物在临床实践中的适用性;研究主要基于回顾性分析 识别与LSIL结局相关的预后生物标志物,改善宫颈癌筛查中的风险分层和精准分流 宫颈癌及低级别鳞状上皮内病变(LSIL)患者样本 数字病理学 宫颈癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 改进的原位测序(IISS) NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像 分析了341,978个单细胞 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
16 2026-10-19
Differential evolution of neuroinflammatory remodeling programs related to scar formation and regeneration in spinal cord injury: A cross-species multi-omics analysis
2026-Sep-30, Neural regeneration research IF:5.9Q1
研究论文 该文通过跨物种多组学分析比较小鼠与斑马鱼脊髓损伤后神经炎症重塑程序的差异演化,揭示SPP1-CD44程序在瘢痕形成与再生中的不同命运 首次在阶段对齐的小鼠与斑马鱼脊髓损伤数据中整合单细胞/单核转录组、空间转录组、调控子分析、机器学习验证、染色质可及性分析和计算机扰动建模,系统揭示保守的SPP1-CD44损伤响应程序在哺乳动物中持续存在而在再生修复中衰减 摘要未明确说明样本量、具体平台配置及实验验证的深度,跨物种比较主要依赖生物信息学整合,功能因果验证有限 解析哺乳动物瘢痕形成与斑马鱼再生修复中神经炎症重塑程序差异的分子基础 小鼠与斑马鱼脊髓损伤模型及损伤组织 空间转录组学, 单细胞组学, 计算生物学 脊髓损伤 单细胞转录组测序, 单核转录组测序, 空间转录组学, 染色质可及性分析, 机器学习, 计算机扰动建模 机器学习模型, 调控子分析, 配体-受体共表达分析, 计算机扰动模型 基因表达数据, 空间转录组数据, 染色质可及性数据, 图像, 文本 NA NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
17 2026-10-19
Comprehensive Molecular and Clinicopathological Profiling of Lymphatic Malformations
2026-Sep-23, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
研究论文 该研究对34例淋巴管畸形(LM)病例进行综合分子与临床病理分析,探讨PIK3CA突变与临床表现、组织病理特征及分子特征的关系 首次结合空间转录组学分析PIK3CA突变型LM中淋巴管内皮细胞区域基因表达,发现NFATC1上调及钙调磷酸酶-NFAT通路可能参与LM发病机制 回顾性研究设计且样本量较小(34例),空间转录组仅分析了2例PIK3CA突变型LM病例 阐明PIK3CA突变与淋巴管畸形临床表现、组织病理学特征及分子特征之间的关系,探索LM的发病机制 34例淋巴管畸形(LM)患者的病变组织 数字病理学、分子病理学 淋巴管畸形、血管畸形 靶向下一代测序(NGS)、免疫组化、空间转录组学 NA 基因序列、组织切片图像、空间转录组数据 34例LM病例(其中20例PIK3CA突变型,14例非突变型),空间转录组分析2例PIK3CA突变型LM NA 靶向NGS、空间转录组学 定制基因panel、空间转录组平台 NA
18 2026-10-19
Ragomics-Meta: An open-source, scalable, reproducible, and extensible multi-omics analysis workflow
2026-Sep, iMetaOmics
研究论文 本文介绍了一个开源、可扩展、可重复且可扩展的多组学分析工作流Ragomics-Meta,用于以代谢为中心的分析 整合了scRNA/snRNA-seq、空间转录组学、scATAC-seq和代谢组学模块,结合多个成熟工具和基于gutMGene的 curated 资源,并加入AI辅助解读 摘要中未明确提及局限性 提供用户友好的框架,用于整合单细胞和空间多组学分析,系统表征肿瘤代谢程序和宿主-微生物组相互作用 肿瘤代谢程序及宿主-微生物组相互作用 多组学分析 癌症 scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学, scATAC-seq, 代谢组学 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC-seq数据, 代谢组数据 NA NA single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics, single-cell ATAC-seq, metabolomics NA NA
19 2026-10-19
Gene expression signatures from single-cell transcriptomics predict Sjögren's syndrome
2026-Sep, iMetaOmics
研究论文 该研究通过分析干燥综合征患者外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据,构建了基于12个基因特征的机器学习诊断模型 首次基于单细胞转录组数据构建干燥综合征的12基因预测模型,并在临床样本中验证了关键基因 样本量有限,模型需要在更大规模人群中验证,单细胞数据仅来自外周血未涉及唾液腺等靶组织 绘制干燥综合征单细胞免疫图谱并开发可靠的分子诊断标签 干燥综合征患者和健康对照的外周血单个核细胞 单细胞转录组学、机器学习 干燥综合征 单细胞RNA测序、流式细胞术、实时定量PCR 机器学习 单细胞转录组数据、文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
20 2026-10-19
Renin Is Critical for Renin-Lineage Cell Plasticity, Migration, and Disease Outcome in Experimental Crescentic GN
2026-Aug-24, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1
研究论文 该研究利用tdTomato谱系示踪技术,在野生型和肾素敲除小鼠中追踪肾素谱系细胞在新月体性肾小球肾炎中的迁移与转录程序变化,并结合单细胞RNA测序分析其分子机制 首次揭示肾素表达对肾素谱系细胞可塑性、迁移及疾病结局的关键作用,并结合谱系示踪与单细胞转录组学解析肾素缺失导致的干扰素驱动和抗迁移表型 肾素谱系细胞消融仅减少巨噬细胞浸润而对整体疾病严重程度影响有限,研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中验证 探究肾素谱系细胞及其肾素表达在新月体性肾小球肾炎中的作用及机制 野生型小鼠和肾素敲除小鼠的肾素谱系细胞及肾小球 数字病理学 肾脏疾病 单细胞RNA测序、谱系示踪、组织学定量 NA 图像、文本 野生型和RenKO小鼠损伤后第10天和第21天分离的tdTomato阳性细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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