单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-22	Transcriptomic heterogeneity of non-beta islet cells is associated with type 2 diabetes development in mouse models 2025-Jan, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06301-6 PMID:39508880	研究论文	本研究探讨了非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	揭示了非β细胞在2型糖尿病发展中的转录异质性，并发现这种异质性与胰岛内细胞间相互作用及β细胞功能障碍有关	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛数据，可能无法完全反映人类2型糖尿病的复杂性	理解非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	肥胖小鼠模型和人类胰岛中的非β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自肥胖小鼠和人类胰岛的单细胞转录组数据
2	2024-12-22	Osteoarthritis year in review 2024: Genetics, genomics, and epigenetics 2025-Jan, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.10.014 PMID:39537019	综述	本文综述了过去12个月在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的进展	本文介绍了功能基因组学研究的增加，并确定了26个与骨关节炎病理相关的新基因，以及单细胞转录组学、表观转录组学和线粒体基因组学等新技术的应用	本文仅关注使用全基因组组学技术的人类材料研究	总结过去一年在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新进展	骨关节炎的遗传学、基因组学和表观遗传学	基因组学	骨关节炎	全基因组组学技术、单细胞转录组学、表观转录组学、线粒体基因组学	NA	基因组数据	涉及多种骨关节炎相关组织的人类样本
3	2024-12-22	GraCEImpute: A novel graph clustering autoencoder approach for imputation of single-cell RNA-seq data 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109400 PMID:39561511	研究论文	本文提出了一种基于图聚类自编码器（GCAE）的新方法GraCEImpute，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的缺失值填补	GraCEImpute模型通过图聚类自编码器的方法，显著提高了scRNA-seq数据中缺失值填补的准确性，并增强了下游分析的质量	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于技术限制导致的高缺失率问题	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图聚类自编码器（GCAE）	单细胞RNA测序数据	NA
4	2024-12-22	ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis 2025-Jan, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282948 PMID:39586800	研究论文	本研究首次对慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了CHC的微环境变化和免疫病因	首次使用scRNA-seq技术分析CHC受影响的舌组织，揭示了纤维细胞和T/NK细胞在CHC中的显著变化及其在细胞间相互作用中的核心作用	NA	揭示慢性增生性念珠菌病（CHC）的微环境变化和免疫病因	慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织	数字病理学	口腔念珠菌病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5	2024-12-22	Identification of IFITM3 as a diagnostic biomarker of systemic lupus erythematosus and its association with disease activity based on multi-omics and experimental verification 2025-Jan, Lupus IF:1.9Q3 DOI:10.1177/09612033241304454 PMID:39629611	研究论文	本研究旨在通过多组学分析和实验验证，识别系统性红斑狼疮（SLE）的诊断生物标志物IFITM3，并探讨其与疾病活动的关系	首次通过多组学分析和实验验证，发现IFITM3在SLE患者外周血单核细胞中显著上调，并验证其作为SLE诊断标志物的潜力	研究样本量相对较小，且仅限于特定人群，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别SLE的新型诊断生物标志物并探讨其与疾病活动的关系	系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞和健康对照	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹法, 流式细胞术	NA	RNA数据	68名SLE患者和31名健康对照
6	2024-12-22	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	研究探讨了糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响，特别是Müller胶质细胞通过Zfp36基因的保护作用	首次揭示了Müller胶质细胞在糖尿病诱导的视网膜损伤中通过Zfp36基因的保护作用	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中验证	探讨糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响及其分子机制	视网膜细胞类型，特别是Müller胶质细胞	NA	糖尿病性视网膜病变	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大鼠模型中的不同视网膜细胞类型
7	2024-12-22	The impact of PTEN status on glioblastoma multiforme: A glial cell type-specific study identifies unique prognostic markers 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109395 PMID:39531927	研究论文	本研究分析了PTEN野生型和缺失型胶质母细胞瘤患者的单细胞转录组数据，揭示了PTEN状态对不同胶质细胞类型的影响及其独特的预后标志物	首次在单细胞和bulk转录组数据中系统分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤中不同胶质细胞类型的影响，并识别出与肿瘤生长相关的独特基因和通路	研究仅基于公开的单细胞和bulk转录组数据，未进行体内或体外实验验证	探讨PTEN状态对胶质母细胞瘤中不同胶质细胞类型的分子机制及其预后标志物	PTEN野生型和缺失型胶质母细胞瘤患者的单细胞和bulk转录组数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	转录组数据	公开的单细胞和bulk转录组数据
8	2024-12-22	Integrative multi-omics analysis of Crohn's disease and metabolic syndrome: Unveiling the underlying molecular mechanisms of comorbidity 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109365 PMID:39541897	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了克罗恩病与代谢综合征之间的潜在分子机制	首次通过多组学分析揭示了克罗恩病与代谢综合征之间的共享基因及其在免疫和代谢调节中的作用	研究依赖于公共数据库的微阵列数据，可能存在数据质量和样本偏倚的问题	探讨克罗恩病与代谢综合征之间的分子机制及其潜在关联	克罗恩病和代谢综合征的共享基因及其在免疫和代谢调节中的作用	数字病理学	消化系统疾病	微阵列数据分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因本体论（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建、随机森林、最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、极端梯度提升（XGBoost）算法、CIBERSORT、基因集变异分析（GSVA）、孟德尔随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端梯度提升（XGBoost）	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的微阵列数据，具体样本数量未明确提及
9	2024-12-22	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析了正在发生连接的小鼠胚胎肾脏管状结构，发现肝细胞生长因子（HGF）通过MAPK信号通路和基质金属蛋白酶（MMPs）促进管状结构的连接，而不依赖于细胞增殖	首次揭示了HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进肾脏管状结构连接的机制，并证明了HGF和胶原酶处理足以诱导胚胎小鼠肾脏的管状结构连接	研究仅限于小鼠胚胎肾脏，尚未在其他物种或成年肾脏中验证	探讨肾脏管状结构连接的机制及其在移植医学中的潜在应用	小鼠胚胎肾脏管状结构的连接过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胚胎肾脏样本
10	2024-12-22	Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study 2024-Dec-20, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002166 PMID:39705130	研究论文	本研究使用荧光标记和空间转录组学技术，追踪脂肪来源干细胞外泌体在鼠挤压损伤模型中的作用	首次结合荧光标记和空间转录组学技术，全面分析了脂肪来源干细胞外泌体在神经再生中的复杂相互作用和信号通路	研究仅限于鼠模型，尚未在人类中验证	探讨脂肪来源干细胞外泌体在神经再生中的精确机制	脂肪来源干细胞外泌体在鼠挤压损伤模型中的作用	NA	NA	荧光标记、空间转录组学	NA	基因表达数据	鼠挤压损伤模型
11	2024-12-22	NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data 2024-Dec-20, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae747 PMID:39705170	研究论文	本文介绍了一种名为NLSDeconv的新型细胞类型反卷积方法，用于空间转录组数据，并提供了一个Python包	NLSDeconv基于非负最小二乘法，相比现有的18种反卷积方法，在统计性能和计算效率上表现更优	NA	开发一种高效的细胞类型反卷积方法，用于空间转录组数据	空间转录组数据中的细胞类型贡献	生物信息学	NA	非负最小二乘法	NA	转录组数据	涉及多种空间转录组数据集
12	2024-12-22	Scope+: An open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-Dec-20, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文介绍了一个名为Scope+的开源、高度优化和可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据	Scope+架构支持细胞级别的元分析，并提供了一个开放源代码的平台，供研究人员构建自己的图谱	NA	开发一个开放源代码的架构，用于快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据	单细胞RNA测序图谱数据，特别是COVID-19血液和免疫细胞数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	500万COVID-19血液和免疫细胞
13	2024-12-22	Extrasinusoidal macrophages are a distinct subset of immunologically active dural macrophages 2024-Dec-20, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adh1129 PMID:39705337	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析和转基因小鼠模型，全面表征了位于硬脑膜静脉窦外的巨噬细胞，揭示了其在神经炎症中的独特作用	首次全面表征了位于硬脑膜静脉窦外的巨噬细胞，揭示了其在神经炎症中的独特作用和多样性	本文主要依赖于小鼠模型，研究结果的临床相关性尚需进一步验证	研究硬脑膜静脉窦外巨噬细胞的细胞和功能异质性及其在神经炎症中的作用	硬脑膜静脉窦外的巨噬细胞	NA	NA	单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析	NA	单细胞转录组数据、图像	转基因小鼠模型
14	2024-12-22	Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates 2024-Dec-20, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq0702 PMID:39705360	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了文昌鱼消化道的细胞特征，揭示了脊椎动物消化系统内分泌细胞的保守性	首次通过单细胞RNA测序揭示了文昌鱼消化道中的内分泌样细胞，并发现了与脊椎动物胰岛素样生长因子1（Igf1）相似的文昌鱼Ilp1	未提及具体的研究局限性	探索脊椎动物消化系统的进化起源及其内分泌细胞的保守性	文昌鱼消化道的细胞特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	未提及具体样本数量
15	2024-12-22	S100A11 is a potential prognostic biomarker and correlated with tumor immunosuppressive microenvironment in glioma 2024-Dec-20, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040701 PMID:39705426	研究论文	本研究探讨了S100A11作为胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）潜在生物标志物的角色及其与GAMs浸润的相关性	首次揭示了S100A11在胶质瘤免疫抑制微环境中的重要作用，并提出其可能作为GAMs的潜在标志物	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	更好地理解胶质瘤的免疫微环境	S100A11在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达及其与GAMs浸润的关系	NA	脑肿瘤	Western blot, 免疫组织化学, 免疫荧光分析, 单细胞测序, 免疫浸润分析	NA	蛋白质, 单细胞数据	未明确提及具体样本数量
16	2024-12-22	Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005 PMID:39662471	研究论文	本文通过单细胞转录组和抗体库测序评估了抗原特异性B细胞的预测模式	引入了带有抗原特异性或非特异性标签的单细胞转录组和抗体库测序数据集，并评估了基于基因表达和抗体库特征的不同机器学习模型的性能	需要足够的带有抗原特异性标签的训练数据	加速抗原特异性B细胞的预测过程	抗原特异性B细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序，抗体库测序	线性和非线性机器学习模型	基因表达数据，抗体序列数据	来自免疫小鼠的B细胞
17	2024-12-22	Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001 PMID:39615483	研究论文	本文利用多能干细胞分化系统，研究了T细胞谱系分化过程中的转录动力学和细胞命运限制事件	首次通过时间分辨的单细胞RNA测序揭示了T细胞谱系分化过程中多能造血程序的下调、90多个谱系相关转录因子的上调以及细胞周期退出的高度协调发展窗口，并发现了YBX1在T细胞谱系分化中的作用	研究主要基于体外多能干细胞分化系统，可能与体内环境存在差异	揭示T细胞谱系分化过程中的基因表达程序和克隆关系	T细胞、肥大细胞和髓系细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
18	2024-12-22	Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation 2024-Dec-16, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974 PMID:39694081	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录组特征	首次提供了驴精子发生和成熟过程的单细胞分辨率转录组图谱	NA	提供驴精子发生和成熟过程的单细胞景观分析	驴的精子发生和成熟过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
19	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203102 PMID:39575683	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型的平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
20	2024-12-22	Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203152 PMID:39628450	研究论文	本文研究了海胆胚胎在细胞转分化过程中克服重编程障碍的机制	首次揭示了转分化过程中基因调控状态的转变序列，并发现信号时序对色素细胞重编程的影响	研究仅限于海胆胚胎，未探讨其他物种或细胞类型的转分化过程	探讨胚胎发育中细胞转分化的分子机制	海胆胚胎中的微细胞（骨骼细胞前体）和早期内胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个海胆胚胎的单细胞样本