单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-01-14
Single-cell and spatial profiling highlights TB-induced myofibroblasts as drivers of lung pathology
2026-03-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析结核病感染肺组织,揭示了MMP1+CXCL5+成纤维细胞作为驱动结核病肺病理的关键细胞亚群 首次在结核病肺组织中识别出MMP1+CXCL5+肌成纤维细胞样亚群,并揭示其与SPP1+巨噬细胞在肉芽肿中的互作网络 研究样本量有限,且部分发现依赖非人灵长类动物模型验证 阐明结核病肺免疫病理的细胞驱动机制 结核病感染者和阴性个体的肺组织 数字病理学 结核病 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 流式细胞术 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 结核病感染和阴性个体的肺组织样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
2 2026-01-14
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2026-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1
研究论文 本文对商业单细胞RNA测序技术进行了全面评估,比较了多种平台的性能指标和实际应用因素 首次在单细胞TCR恢复可用检测中比较了T细胞特异性性能,并综合评估了细胞回收率、灵敏度对稀有细胞亚型解析能力的影响 研究主要基于PBMC样本,可能不适用于其他组织类型;未涵盖所有商业平台 评估商业单细胞RNA测序技术的实际应用性能和选择标准 来自不同供者的标准化PBMC样本 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 多个供者的PBMC样本 NA 单细胞RNA-seq, TCR分析 NA 评估了七种全转录组mRNA检测试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒
3 2026-01-14
Opportunities for RNA sequencing in physiology: from big data to understanding homeostasis and heterogeneity
2026-Feb-01, Function (Oxford, England)
综述 本文探讨了RNA测序在生理学中的应用潜力,强调其从大数据到理解稳态和异质性的作用 强调非编码RNA(如lncRNA)在生理学中的重要性,并讨论单细胞和空间转录组学的最新进展 未提及具体实验或数据验证,主要基于现有文献综述 评估RNA测序技术在生理学研究中的机遇和挑战 RNA分子,包括编码和非编码RNA,以及其在细胞、组织和器官生理学中的应用 自然语言处理 NA RNA测序,单细胞转录组学,空间转录组学 NA RNA测序数据 超过一百万RNA测序数据集 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
4 2026-01-14
Detection of pleiotropic genetic factors and critical brain cell types linking insomnia with psychiatric disorders
2026-Jan-13, Sleep IF:5.3Q1
研究论文 本研究通过分析失眠症与12种精神疾病的遗传关联,揭示了它们之间共享的遗传结构和神经生物学机制 首次系统地识别了失眠症与多种精神疾病共享的70个基因组位点,并确定了GABA能突触信号通路和特定皮质神经元亚型在共病机制中的核心作用 研究主要基于欧洲血统人群的GWAS数据,可能限制了结果在其他人群中的普适性;功能验证和因果推断需要进一步实验研究 探究失眠症与精神疾病之间的遗传重叠、生物学通路和脑细胞类型关联 失眠症和12种精神疾病(包括ADHD、厌食症、焦虑症、自闭症谱系障碍、双相情感障碍、重度抑郁症和精神分裂症)的基因组数据 遗传学与神经科学 精神疾病与睡眠障碍 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序 bivariate MiXeR、conjFDR、ASSET、MAGMA、SEISMIC 基因组关联数据、单细胞转录组数据 失眠症样本量314,149;精神疾病样本量12,783至449,855不等 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5 2026-01-14
Advances in Adipose Tissue Biology
2026-Jan-13, Endocrine reviews IF:22.0Q1
综述 本文综述了脂肪组织生物学的最新进展,强调了其在人类生理调节中的核心作用及其在肥胖相关疾病中的关键影响 强调了脂肪组织从惰性组织转变为动态调节器官的认识转变,并突出了单细胞RNA测序等技术在揭示脂肪库特异性机制中的潜力 NA 回顾脂肪组织在健康和疾病中的关键作用,并总结该领域的主要科学进展 脂肪组织及其在肥胖相关疾病(如2型糖尿病、心血管疾病、肝脏疾病和多种癌症)中的功能 NA 2型糖尿病、心血管疾病、肝脏疾病、多种癌症 单细胞RNA测序 NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
6 2026-01-14
PD1 blockade-induced DKK1 expression by CD8+ T cells promotes blood-brain barrier permeabilization
2026-Jan-13, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 本研究揭示了抗PD1疗法通过诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1,破坏血脑屏障完整性,从而影响脑转移瘤治疗效果的机制 首次发现抗PD1疗法(而非其他免疫检查点抑制剂)会特异性诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1,通过β-catenin/TCF和FOXM1通路破坏血脑屏障,并证明清除血浆DKK1可恢复屏障完整性 研究主要基于实验模型和临床观察,具体在人类患者中的分子通路验证和长期影响仍需进一步研究 阐明抗PD1疗法在脑转移瘤治疗中疗效差异的宿主驱动因素,特别是其对血脑屏障的影响 脑转移瘤微环境、CD8⁺ T细胞、血脑屏障内皮细胞 单细胞组学 肺癌脑转移 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据、临床MRI影像数据 未明确说明具体样本数量,涉及实验模型和肺癌患者临床数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
7 2026-01-14
Single-cell and spatial transcriptomic profiling of cardiac fibroblasts following myocardial infarction
2026-Jan-13, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本文通过单细胞和空间转录组学技术,研究了心肌梗死后心脏成纤维细胞的转录动态和分子事件 整合了bulk RNA测序、RNAscope原位杂交和空间转录组学数据,首次在解剖和时间维度上映射了心脏成纤维细胞向修复性亚群转变的基因表达变化 研究主要关注心肌梗死早期阶段,长期动态和功能验证可能不足 探究心肌梗死后心脏成纤维细胞的异质性及修复性亚群的出现机制 心肌梗死后的小鼠心脏成纤维细胞 单细胞生物学 心血管疾病 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, RNAscope原位杂交, bulk RNA-seq NA 转录组数据, 空间基因表达数据 未明确指定样本数量 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
8 2026-01-14
PCID2 is essential for spermatogonial differentiation by regulating alternative splicing
2026-Jan-13, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1
研究论文 本研究揭示了PCID2通过调控选择性剪接在精子发生过程中的关键作用 首次在体内证明了PCID2通过调控选择性剪接来调节精原细胞分化和减数分裂启动,并鉴定了其相互作用的剪接因子和关键靶基因 研究主要基于小鼠模型,在人类中的直接相关性尚需进一步验证 探究PCID2在精子发生中的生理功能及其分子机制 小鼠精原细胞和精子发生过程 生殖生物学 男性不育症 单细胞转录组测序、RNA测序、免疫沉淀-质谱分析、共免疫沉淀、PCR 条件性基因敲除小鼠模型 转录组数据、蛋白质相互作用数据 Pcid2条件性敲除小鼠及其对照 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
9 2026-01-14
131I-Labeled Dual Immune Checkpoint Inhibitors for Tumor Microenvironment Improvement To Enhance Antitumor Efficacy
2026-Jan-13, Molecular pharmaceutics IF:4.5Q1
研究论文 本研究开发了一种新型放射性免疫治疗剂[I]I-AK104,用于治疗非小细胞肺癌,并探索其通过重塑肿瘤微环境增强抗肿瘤疗效的机制 首次将PD-1/CTLA-4双特异性抗体AK104与放射性碘-131标记结合,创建了一种新型放射性免疫治疗剂,并系统揭示了其通过激活CD8 T细胞和中性粒细胞介导的免疫原性细胞死亡来重塑肿瘤微环境的多重机制 研究仅在荷瘤小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验;长期安全性和潜在毒性尚未评估 开发新型放射性免疫治疗剂并探索其增强非小细胞肺癌抗肿瘤疗效的机制 非小细胞肺癌(NSCLC)荷瘤小鼠模型 肿瘤免疫治疗 肺癌 SPECT/CT成像、成像质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、组织病理学分析 动物模型(小鼠) 影像数据、单细胞转录组数据、组织病理图像 未明确说明具体样本数量,使用荷瘤小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
10 2026-01-14
From glycolytic signatures to patients: A translational roadmap for reproducible, equitable deployment of multi-omics and AI in colorectal cancer
2026-Jan-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
综述 本文提出了一种用于结直肠癌中多组学与人工智能可重复、公平部署的标准化路线图 提出了一个以标准为先的路线图,整合了TRIPOD+AI、PROBAST+AI和DECIDE-AI等国际公认框架,并强调通过代谢成像进行正交验证以确保生物真实性 NA 为将结直肠癌中的糖酵解异质性发现转化为可靠的临床工具,提供可重复且全球适用的生物标志物开发路线图 结直肠癌 机器学习 结直肠癌 批量转录组学,单细胞转录组学,代谢成像,光谱学 AI 转录组数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq,空间转录组学 NA NA
11 2026-01-14
Biologically interpretable deep learning-derived MRI phenotypes reveal lymph node involvement and neoadjuvant therapy response in intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Jan-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究开发了一个名为SwinU-CliRad的模型,用于通过MRI图像和临床放射学特征对肝内胆管癌的淋巴结受累进行风险分层,并评估其在新辅助治疗中的预测价值 整合了基于Swin UNEt TRansformers的MRI深度学习输出与临床放射学特征,构建了可解释的模型,并探索了模型输出与肿瘤多组学特征及单细胞RNA测序数据的关联 研究依赖于回顾性队列,且外部验证队列样本量相对较小,需要进一步前瞻性验证 开发一个非侵入性模型,以改进肝内胆管癌的淋巴结受累分层并为治疗决策提供信息 肝内胆管癌患者 计算机视觉 肝内胆管癌 磁共振成像、单细胞RNA测序、多组学分析 Swin UNEt TRansformers (SwinU) 与临床放射学特征整合的深度学习模型 MRI图像、临床数据、放射学特征、多组学数据 发现队列682例,内部测试队列204例,外部多中心队列88例,新辅助治疗队列145例 NA 单细胞RNA测序 NA NA
12 2026-01-14
Repurposing resmetirom suppresses MASH-associated hepatocellular carcinoma, with mechanistic implications of MDK/LRP1-mediated metabolic reprogramming and immunosuppression
2026-Jan-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究探索了重新利用Resmetirom治疗MASH相关肝癌的潜力,并揭示了MDK/LRP1轴在代谢重编程和免疫抑制中的机制 首次将临床批准的Thrb激动剂Resmetirom重新用于MASH-HCC治疗,并发现MDK/LRP1轴介导的M2样巨噬细胞极化和T细胞耗竭新机制 研究主要基于临床前模型,尚未在人体临床试验中验证,且MASH-HCC的复杂微环境可能涉及更多未探索的相互作用 探索MASH相关肝癌的发病机制并开发有效治疗策略 MASH相关肝癌的临床前模型、肝星状细胞、发育异常肝细胞、巨噬细胞和T细胞 单细胞组学 肝癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多个临床前模型,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
13 2026-01-14
GraphSTAR: Proximal Operator-Based Graph Neural Network Enhanced by Dynamic Graph Aggregation for Spatial Transcriptomics
2026-Jan-12, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 本文提出了一种名为GraphSTAR的新方法,用于整合空间转录组学中的空间坐标和基因表达数据,以改进空间域识别和细胞类型注释任务 GraphSTAR通过将空间和基因表达数据编码为无向图,并利用动态图聚合结合近端算子,有效建模局部邻域关系和长程功能关联,克服了现有方法在探索长程关系方面的不足 NA 解决空间转录组学中原始空间坐标与高维基因表达谱在原生特征空间中的整合挑战,以更好地解析基因的空间表达模式 空间转录组学数据,包括空间坐标和基因表达谱 空间转录组学 NA 空间转录组学技术 图神经网络(GNN) 空间坐标和基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
14 2026-01-14
Serum cytokines predict response and survival in esophageal squamous cell carcinoma receiving chemoradiotherapy combined with anti-PD-1 antibody: analyses of two phase II clinical trials
2026-Jan-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究通过分析血清细胞因子,构建了CYTOscore模型,用于预测食管鳞状细胞癌患者接受放化疗联合抗PD-1抗体治疗的反应和生存 首次基于血清细胞因子IL-8、CCL3和CCL4构建了CYTOscore风险评分模型,并验证其在预测ESCC患者治疗反应和生存中的有效性,结合多组学分析揭示了低风险患者肿瘤微环境中B细胞干扰素-γ/α信号通路的富集 研究样本量相对有限(总样本142例),且为回顾性分析和前瞻性验证结合,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 识别可用于预测食管鳞状细胞癌患者接受放化疗联合抗PD-1抗体治疗反应和生存的细胞因子生物标志物 食管鳞状细胞癌患者 NA 食管鳞状细胞癌 RNA-seq, WES, 空间转录组学 CYTOscore风险评分模型, 列线图 血清细胞因子数据, 多组学数据 81例来自两项II期临床试验的患者,61例独立前瞻性队列患者 NA RNA-seq, 全外显子组测序, 空间转录组学 NA NA
15 2026-01-14
Landscape of microRNA and target expression variation and covariation in single mouse embryonic stem cells
2026-Jan-12, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本研究通过基因敲除和单细胞RNA-seq技术,系统分析了小鼠胚胎干细胞中microRNA及其靶基因的表达变异与共变 首次在单细胞水平上全局性地描绘microRNA动态,揭示了microRNA形成四个共表达群组,并发现microRNA通常增加靶基因RNA水平的变异和共变 研究仅限于小鼠胚胎干细胞,未在其他细胞类型或生物体中验证 系统研究microRNA在小鼠胚胎干细胞中的替代功能,包括对靶基因表达变异和共变的影响 小鼠胚胎干细胞(mESCs) 自然语言处理 NA 单细胞RNA-seq, 转录抑制 NA RNA-seq数据 单细胞水平的小鼠胚胎干细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
16 2026-01-14
RAS/MEK/PI3K pathway inhibition augments response to CD40 agonism by targeting CD11b+ Bregs thereby overcoming melanoma PD1-resistance
2026-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究探讨了通过联合抑制RAS/MEK/PI3K通路和CD40激动剂来克服黑色素瘤对PD1抵抗的机制 揭示了RAS/MEK/PI3K通路抑制剂能抑制CD40激动剂诱导的CD11b+ Bregs,从而增强CD8 T细胞介导的肿瘤杀伤,为免疫检查点阻断抵抗的黑色素瘤提供了新的治疗策略 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;样本量有限,未涉及大规模患者队列 开发针对免疫检查点阻断抵抗的黑色素瘤患者的有效二线治疗方案 BRAF/NRAS突变黑色素瘤肿瘤模型(C57BL/6小鼠)及患者样本中的CD11b+ Bregs 癌症免疫治疗 黑色素瘤 scRNA-Seq(单细胞RNA测序) NA 单细胞转录组数据 C57BL/6小鼠模型及患者样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
17 2026-01-14
Interpretable inflammation landscape of circulating immune cells
2026-Jan-12, Nature medicine IF:58.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学技术,描绘了感染、免疫介导炎症性疾病和癌症中循环免疫细胞的炎症过程,构建了一个包含超过650万个外周血单个核细胞的炎症图谱 通过大规模单细胞转录组数据,首次构建了跨多种疾病的全面炎症模型,并应用无监督和可解释机器学习开发疾病分类框架 研究主要基于外周血单个核细胞,可能无法完全反映组织局部炎症状态;样本虽覆盖19种疾病,但疾病类型和样本量仍有扩展空间 旨在全局性理解炎症在循环免疫细胞中的生物学过程,并开发炎症性疾病的分类框架 循环免疫细胞,特别是外周血单个核细胞 单细胞转录组学 感染、免疫介导炎症性疾病、癌症 单细胞转录组学 无监督机器学习、可解释机器学习 单细胞RNA-seq数据 1,047名患者(56%女性,43%男性),超过650万个外周血单个核细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
18 2026-01-14
Decoding the tumor microenvironment remodeling orchestrated by CLEC3B+ inflammatory cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma immunotherapy: elucidation from pan-cancer spatially single-cell transcriptomics landscape
2026-Jan-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
19 2026-01-14
A technical comparison of spatial transcriptomics platforms across six cancer types
2026-Jan-12, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本研究系统比较了五种商业空间转录组学平台在六种癌症类型FFPE样本中的技术性能 首次在相同FFPE肿瘤样本上同时评估测序型和成像型空间转录组平台,并首次对Xenium多组织和Prime版本进行同样本比较 研究仅针对FFPE临床样本,未涵盖新鲜冷冻组织等其他样本类型 评估不同空间转录组学平台在临床肿瘤样本中的技术性能差异 六种癌症类型的匹配FFPE人类肿瘤切片 空间转录组学 多种癌症 空间转录组学 NA 空间转录组数据、蛋白质数据 六种癌症类型的匹配FFPE肿瘤切片 10x Genomics, NanoString 空间转录组学, 空间多组学 Visium v1, Visium v2/CytAssist, Visium HD, Xenium, CosMx Visium v1, Visium v2 with CytAssist, Visium HD, Xenium Multi-Tissue (377基因), Xenium Prime (5,000基因), CosMx
20 2026-01-14
Intracellular microbial signals in the gastrointestinal tract of dairy cattle
2026-Jan-12, Microbiome IF:13.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞分析揭示了奶牛胃肠道上皮细胞中存在细胞内微生物信号,并探讨了其与瘤胃发育的潜在关联 首次在奶牛胃肠道中应用单细胞宿主-微生物互作分析(SAHMI),发现细胞内微生物信号与特定细胞类型(如潘氏细胞和基底细胞)及DNA修复机制相关 研究样本量有限(仅新生和成年奶牛),且微生物信号的功能验证尚不充分 探究奶牛胃肠道细胞内微生物的存在及其在瘤胃发育中的作用 奶牛(新生和成年)的十种胃肠道组织类型 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细菌荧光原位杂交(FISH) NA 单细胞RNA测序数据、微生物基因组数据 新生和成年奶牛的十种胃肠道组织类型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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