单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39154 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-02-15 |
A single approach, multiple insights: Harnessing spatial transcriptomics and proteomics to identify novel therapeutic targets of alcohol-associated hepatitis
2025-Apr, Alcohol, clinical & experimental research
DOI:10.1111/acer.70007
PMID:39948688
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-05-07 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
|
研究论文 | 通过对人类皮肤中单个黑素细胞的全基因组测序和表型分析，揭示了低突变负担的黑素细胞亚群存在于日光损伤皮肤中，并发现这些细胞具有干细胞样特性和独特的空间分布 | 首次结合单细胞突变景观和空间转录组学（10X Xenium）揭示黑素细胞亚群在皮肤中的异质性和动态再生机制，提出毛囊是黑素细胞的保护性生态位 | 样本量相对有限（297个细胞来自31位供体），且未对不同光损伤程度的皮肤进行纵向追踪以验证迁移假说 | 探究人类皮肤中黑素细胞稳态维持机制及亚群差异 | 人类皮肤中297个单个黑素细胞及其基因表达、突变负担和空间分布 | 数字病理学 | 皮肤癌（黑素细胞相关） | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组图像、突变数据 | 来自31位供体的297个黑素细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组学平台实现单细胞分辨率下基因表达与空间位置的整合分析 |
| 3 | 2026-05-07 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本研究探讨了危重症（含脓毒症）患者中CD4 T细胞亚群特异性代谢重编程及其机制 | 首次揭示危重症中CD4 T细胞亚群特异性代谢可塑性——调节性T细胞获得糖酵解能力并稳定免疫抑制标志物，通过单细胞转录组学鉴定犬尿氨酸代谢为Treg糖酵解适应与抑制性重编程的关键机制 | 主要基于体外细胞实验和临床样本关联分析，未在动物模型中验证因果性；样本量及亚群功能验证的深度有限 | 阐明危重症（脓毒症）患者CD4 T细胞代谢与免疫功能异常的机制关联 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人的CD4 T细胞 | 机器学习的部分应用（单细胞转录组学分析） | 脓毒症、危重症相关免疫功能障碍 | 单细胞转录组测序 | 不适用（未明确提及特定机器学习模型） | 单细胞转录组数据 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人（具体数目未说明） | 不适用（未提及具体平台公司） | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-07 |
Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279430.124
PMID:39578100
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研究论文 | 对人类和小鼠宿主/嵌套基因对进行全面鉴定，揭示组织特异性的转录相互作用 | 首次提供小鼠和人类宿主/嵌套基因对的最新目录，发现转录共表达具有组织特异性，并通过单细胞RNA-seq分析证明基因对可在单个细胞中共表达，且同时同地转录可增强宿主基因的转录多样性 | 未明确说明局限性 | 系统鉴定哺乳动物宿主/嵌套基因对，研究其组织特异性转录相互作用 | 人类和小鼠的宿主/嵌套基因对 | 自然语言处理 | 不适用 | RNA-seq, scRNA-seq | 不适用 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类多个组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 5 | 2026-05-07 |
Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279037.124
PMID:39438113
|
研究论文 | 系统鉴定了果蝇和线虫中961个转录因子的结合谱，揭示了组织特异性调控关系 | 首次大规模系统鉴定两个主要模式生物中转录因子的体内结合事件，并利用机器学习模型结合ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据识别细胞类型特异性调控因子 | 研究主要依赖ChIP-seq技术，可能遗漏部分低丰度或动态结合的转录因子结合位点；单细胞RNA-seq数据覆盖范围有限 | 构建转录因子结合位点目录以解读基因调控关系 | 果蝇和线虫中的转录因子及基因组调控空间 | 数字病理学 | NA | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习模型 | 序列数据 | 果蝇中605个转录因子识别360万个结合位点，线虫中356个转录因子识别90万个结合位点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-05-07 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示IL-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键作用 | 首次利用snRNAseq和空间转录组学联合分析，识别出ACM患者心肌中与疾病相关的纤维化-炎症空间微环境，并验证了抗IL-1β中和抗体的治疗潜力 | 未提及具体限制 | 探索IL-1β在致心律失常性心肌病进展中的作用及其作为治疗靶点的可行性 | ACM患者心肌样本和Dsg2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-07 |
Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics
2024-11-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279640.124
PMID:39567235
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综述 | 本文综述了将长读长测序与单细胞和空间转录组学结合以理解RNA异构体表达的方法、挑战和机遇 | 系统总结了单细胞和空间长读长测序技术的最新进展，并讨论了它们在理解转录本异构体在发育和病理中作用的应用 | 这些技术在实施和数据解释方面存在挑战，且对RNA异构体生物学作用的理解仍然有限 | 概述单细胞和空间长读长测序技术的出现，讨论其挑战和限制，并强调其在理解异构体表达中的潜力 | RNA异构体表达及其在发育和病理中的角色 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-07 |
Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing
2024-Nov-07, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12112538
PMID:39595104
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术表征糖尿病创面中成纤维细胞的异质性 | 本文系统总结单细胞测序技术革新如何改变成纤维细胞分析策略，并聚焦于表征不同成纤维细胞亚群及其谱系 | 未提及具体局限性 | 探讨单细胞RNA测序在糖尿病创面愈合研究中的应用，特别是成纤维细胞异质性的表征 | 糖尿病创面中的成纤维细胞 | 自然语言处理 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-05-07 |
Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data
2024-10-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278843.123
PMID:39406498
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研究论文 | 提出了两个负二项分布之差的（DOTNB）理论框架，并应用于高通量测序数据的比较分析，开发了用于单细胞RNA-seq数据差异表达基因检测的方法DEGage | 首次推导了DOTNB的基本解析结果并考察其渐近性质，基于此开发的DEGage方法在检测差异表达基因时优于五种现有工具 | 未明确指出本文方法的局限性 | 建立DOTNB的理论基础并将其应用于高通量测序数据的比较分析，特别是单细胞RNA-seq数据的差异表达基因检测 | 仿真和真实单细胞RNA-seq数据集，包括前列腺癌数据和含恐惧记忆的小鼠神经元数据 | 计算生物学、生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 负二项分布 | 单细胞RNA测序数据 | 包含多个数据集：前列腺癌数据集识别了17种细胞类型的标记基因；小鼠神经元数据揭示了8个潜在记忆相关基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-05-07 |
Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level
2024-10-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279363.124
PMID:39424325
|
研究论文 | 利用12个单细胞转录组图谱研究三种神经退行性疾病中逆转录转座子的动态失调 | 首次在单细胞水平系统研究神经退行性疾病中逆转录转座子的动态变化，并构建了scARE数据库 | 未明确说明 | 探究逆转录转座子在神经退行性疾病中的细胞异质性和动态调控 | 阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症患者样本 | 单细胞转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | 12个单细胞转录组图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-05-07 |
Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect
2024-Oct-18, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00362-4
PMID:39424806
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研究论文 | 通过原位杂交和单细胞RNA测序分析，揭示骨表面细胞在RANKL/OPG通路中激活破骨细胞生成及促成denosumab反弹效应的作用 | 首次利用原位杂交直接鉴定骨表面细胞在RANKL/OPG通路中的角色，并揭示OPG:Fc处理导致局部破骨细胞激活位点积累的机制 | 该研究主要基于小鼠模型，人类数据依赖公开数据库，且未完全阐明denosumab反弹效应的全部细胞机制 | 探究骨表面细胞通过RANKL/OPG通路激活破骨细胞生成及denosumab反弹效应的细胞机制 | 小鼠骨组织及人类骨样本中的骨表面细胞、骨细胞和骨髓基质细胞 | 机器学习和数字病理学 | 骨骼疾病 | 原位杂交、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 多种物种、骨骼部位及经OPG:Fc和PTH处理的小鼠样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 公开可用的小鼠骨髓基质细胞单细胞RNA测序数据 |
| 12 | 2026-05-07 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 提出一种名为INSPIRE的深度学习方法，用于整合来自多个空间转录组学数据集，以解决不同来源数据整合与解释的挑战 | 通过图神经网络和对抗学习机制实现空间感知的数据整合，并利用非负矩阵分解揭示可解释的空间因子及对应基因程序 | 未明确讨论计算资源的消耗或对大规模数据的可扩展性限制 | 开发一种能够灵活整合不同样本、技术和发育阶段的空间转录组学数据的方法 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、海马体切片、胚胎切片以及包含50万个空间位点的时空器官发生图谱 | 机器学习和数字病理学 | 不适用 | 空间转录组学 | 图神经网络和生成对抗网络 | 图像和转录组数据 | 包括人类皮层切片、小鼠脑切片、海马体和胚胎切片，以及包含50万个空间位点的时空图谱 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 13 | 2026-05-07 |
A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types
2024-09-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278980.124
PMID:39142810
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研究论文 | 通过转录抑制结合批量及单细胞RNA测序，直接测量线虫胚胎发育过程中全转录组的mRNA降解速率，揭示mRNA稳定性在不同阶段和细胞类型中的差异调控 | 首次实现胚胎发育过程中时空分辨的mRNA降解速率全转录组测量，并识别不同细胞类型和发育阶段中差异调控的mRNA降解 | NA | 研究线虫胚胎发育过程中mRNA降解的时空调控及其对基因表达动态的影响 | 线虫胚胎 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-05-07 |
Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries
2024-09-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277066.122
PMID:39147582
|
研究论文 | 评估在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq文库上进行批量与单细胞变异检测的方法 | 系统比较了基于批量聚合读取与单个细胞的变异检测方法在10x Genomics平台上的表现，发现批量方法显著优于单细胞方法，并揭示了单细胞方法中RNA编辑事件的潜在捕获与噪声模式 | 未涵盖所有变异检测工具，且结果基于特定平台（10x Genomics Chromium），可能不适用于其他单细胞技术 | 评估在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq文库上不同变异检测方法的优劣与挑战 | 匹配的批量全基因组测序样本库 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 全基因组测序 | NA | 测序数据 | 多个匹配的批量全基因组测序样本库（具体数量未在摘要中提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序文库 |
| 15 | 2026-05-07 |
A gene regulatory network-aware graph learning method for cell identity annotation in single-cell RNA-seq data
2024-08-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278439.123
PMID:39134412
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研究论文 | 提出一种基于基因调控网络感知的图学习方法scHGR，用于单细胞RNA-seq数据的细胞身份注释 | 利用基因调控关系构建基因介导的细胞通信图，减少数据源噪声并建立远距离细胞连接，在22个场景中实现准确一致注释 | 未提及具体局限性 | 开发自动化细胞注释工具，提高跨批次、技术、组织和物种数据的注释准确性和鲁棒性 | 单细胞转录组数据中的细胞身份，包括外周血单个核细胞和COVID-19患者细胞图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 图学习模型 | 基因表达数据 | 22种场景的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-05-07 |
Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis
2024-07-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278431.123
PMID:38981682
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研究论文 | 提出SiPSiC方法，用于推断单细胞中通路活性，并进行聚类和差异分析 | 提出SiPSiC方法，可在每个单细胞水平推断通路活性，实现更敏感的差异分析和聚类，并能克服患者特异性伪影 | 未明确提及局限性 | 开发准确估计单细胞中通路活性的方法，用于聚类和差异分析 | COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集中的单细胞 | 机器学习 | COVID-19, 肺腺癌, 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-05-07 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和代谢分析定义了小鼠和人类MAIT细胞群体在不同器官的分布、发育途径及代谢特征 | 首次揭示小鼠MAIT17与MAIT1细胞在转录组和代谢状态上的显著差异，并比较了人类与小鼠MAIT细胞在外周组织中的分化差异 | 未深入探讨环境因素对MAIT细胞亚群影响的分子机制 | 表征小鼠和人类MAIT细胞在胸腺中的发育途径及不同器官中的群体特征 | 小鼠和人类黏膜相关恒定T（MAIT）细胞，涉及肺、血液、胸腺等器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，代谢分析 | NA | 基因表达数据，代谢表型数据 | 小鼠（包括宠物店小鼠）和人类样本（肺、血液），具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-05-07 |
Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535302
PMID:37066136
|
研究论文 | 本研究通过机械感应机制揭示脂肪细胞转化为瘢痕成纤维细胞的过程，并证明抑制Piezo可防止和逆转瘢痕形成 | 首次证实脂肪细胞在机械力感应下可转化为成纤维细胞驱动瘢痕形成，并发现Piezo抑制即使在已形成的瘢痕中也能诱导再生愈合 | 未明确说明局限性 | 探究脂肪细胞是否通过机械感应参与瘢痕纤维化，并评估Piezo抑制的治疗潜力 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型中的脂肪细胞与成纤维细胞转化 | 数字病理学 | 瘢痕形成 | 单细胞RNA测序、空间转录组学Visium、CODEX多重成像 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、成像数据 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型 | 10x Genomics, 其他未指定 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学成像 | 10x Chromium, 10x Visium, CODEX | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组学，CODEX用于多重蛋白成像 |
| 19 | 2026-05-07 |
Innate-like functions of natural killer T cell subsets result from highly divergent gene programs
2016-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/ni.3437
PMID:27089380
|
研究论文 | 通过转录组、表观基因组和单细胞RNA测序分析胸腺自然杀伤T细胞亚群，揭示其高度分化的基因程序导致先天性样功能差异 | 首次发现自然杀伤T细胞亚群在转录组和表观基因组水平存在高度分化，表明胸腺为先天性样NKT细胞亚群印记了独特基因程序 | 研究仅限于胸腺中的自然杀伤T细胞亚群，未涉及外周组织或其他发育阶段的NKT细胞 | 探究自然杀伤T细胞亚群的功能差异是否源于其基因程序的分化 | 胸腺自然杀伤T细胞亚群 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 表观基因组分析 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 单细胞基因表达数据 | 纯化的胸腺自然杀伤T细胞亚群（具体数量未提及） | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2026-05-06 |
Altered crosstalk of bacterial lipopolysaccharide with immune cells in colorectal cancer compared to paired adjacent intestinal tissue
2026-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2026.2665878
PMID:42084500
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研究论文 | 应用3D光片成像、空间转录组学和成像质谱流式技术，比较结直肠癌与癌旁组织中细菌脂多糖与免疫细胞的交互作用变化 | 首次在患者来源的结直肠癌及癌旁组织中，结合多种空间组学技术同时可视化细菌脂多糖、免疫细胞和血管，揭示了肿瘤微环境中免疫细胞-细菌交互作用的区域差异 | 样本量有限，未深入探讨细菌组成对交互作用的具体影响机制 | 探究结直肠癌中细菌脂多糖与免疫细胞空间交互作用的改变及其对宿主-微生物互作的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织及其配对癌旁肠组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 3D光片成像, 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | 图像, 转录组数据 | 患者来源的结直肠癌及癌旁组织样本 | NA | 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |