单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39285 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-11 |
The role of positional information in determining dermal fibroblast diversity
2024-04, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.matbio.2024.02.009
PMID:38423396
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综述 | 综述了位置信息在决定真皮成纤维细胞多样性中的作用 | 系统总结了位置信息如何影响成纤维细胞异质性和可塑性，并探讨其在皮肤稳态、伤口愈合、纤维化和癌症中的潜在应用 | 作为综述，缺乏原始实验数据支持，未提供具体机制验证 | 阐明位置信息对真皮成纤维细胞多样性的调控作用及其在皮肤疾病中的意义 | 真皮成纤维细胞及其在皮肤中的异质性和可塑性 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-11 |
Deciphering the heterogeneity of neutrophil cells within circulation and the lung cancer microenvironment pre- and post-operation
2024-02-06, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09850-z
PMID:38319415
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌患者循环血和肿瘤微环境中中性粒细胞亚群的异质性 | 开发了过表达率（OER）计算方法来评估中性粒细胞亚群的特异性，并识别了具有潜在临床价值的基因面板 | 缺乏对中性粒细胞亚群识别标准的明确结论 | 评估中性粒细胞亚群分布特征以帮助非小细胞肺癌的诊断和预后 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织、癌旁组织及术前术后血液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-05-11 |
Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types
2024-01-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44742-0
PMID:38233398
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研究论文 | 通过整合单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）和RNA-seq（scRNA-seq）数据，识别与大脑疾病相关的胎儿和成体脑细胞类型 | 首次大规模整合GWAS数据与超300万scATAC-seq和scRNA-seq图谱，从染色质可及性和基因表达两个维度识别脑疾病关键细胞类型 | 研究依赖GWAS汇总统计数据，可能遗漏罕见变异或细胞类型特异效应；仅覆盖83种细胞类型，仍存在未检测的细胞亚型 | 利用单细胞表观组学和转录组学数据，优先识别与脑部疾病相关的关键胎儿和成体脑细胞类型 | 28种脑部相关疾病/特征以及83种细胞类型的scATAC-seq和scRNA-seq图谱 | 计算生物学、基因组学 | 脑部疾病（如重度抑郁症、精神分裂症、ADHD）、代谢特征（如BMI） | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞染色质可及性数据、单细胞基因表达数据、GWAS汇总统计 | 28种疾病/特征的平均样本量约298,000人；单细胞数据包含320万个细胞 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-05-11 |
The phosphatase DUSP22 inhibits UBR2-mediated K63-ubiquitination and activation of Lck downstream of TCR signalling
2024-01-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44843-w
PMID:38225265
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研究论文 | 揭示DUSP22磷酸酶通过抑制UBR2介导的Lck K63-泛素化来调控T细胞受体信号通路 | 首次发现E3泛素连接酶UBR2是T细胞活化中Lck的正向上游调控因子，并阐明DUSP22通过去磷酸化UBR2促使其降解的调控机制 | 未提及具体局限性 | 研究T细胞激活过程中Lck激酶的调控机制及其在炎症反应中的平衡作用 | T细胞受体信号通路中的关键蛋白DUSP22、UBR2和Lck | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 系统性红斑狼疮患者外周血T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-11 |
BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data
2024-01-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44560-w
PMID:38218939
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研究论文 | 提出BIDCell框架，利用自监督深度学习结合细胞形态和基因表达数据，实现亚细胞空间转录组数据的细胞分割 | 引入生物信息指导的损失函数，融合单细胞转录组和细胞形态信息，实现高精度细胞分割，避免碎片化或过大细胞导致的污染表达 | 未提及具体限制，但可能依赖高质量参考数据且对新型组织类型泛化能力未知 | 开发改进的细胞分割方法，提升亚细胞空间转录组数据中细胞识别的准确性和基因分配精度 | 亚细胞空间转录组数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 亚细胞成像转录组学、单细胞转录组学 | 自监督深度学习框架 | 空间基因表达数据、细胞形态图像 | 多种组织类型和技术平台的数据集 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-05-11 |
Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency
2024-01-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020276
PMID:37729611
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研究论文 | 整合单细胞ATAC-seq和RNA-seq分析t(11;14)多发性骨髓瘤及其BCL2依赖性 | 首次在原发性多发性骨髓瘤细胞中整合单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq分析，深入解析t(11;14)多发性骨髓瘤的表观遗传调控组和转录组及其对venetoclax耐药性的影响 | 未明确说明 | 揭示t(11;14)多发性骨髓瘤对BCL2抑制剂的依赖性及其表观遗传调控机制 | t(11;14)多发性骨髓瘤患者 | 表观遗传学 | 多发性骨髓瘤 | ATAC-seq, RNA-seq | NA | 单细胞测序数据 | 原发性MM样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2026-05-11 |
Analysis of Single-Cell RNA-seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_6
PMID:36929075
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综述 | 描述了单细胞RNA测序数据分析的标准工作流程和相关工具，并提供使用建议 | NA | NA | 介绍单细胞RNA测序数据分析的标准工作流程和常用方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-11 |
Single-cell RNA-sequencing analyses identify heterogeneity of CD8+ T cell subpopulations and novel therapy targets in melanoma
2021-Mar-26, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2020.12.003
PMID:33575475
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析黑色素瘤中CD8+ T细胞亚群的异质性，并识别潜在治疗靶点 | 首次在黑色素瘤中系统描述了7个CD8+ T细胞亚群的异质性，并发现耗竭性CD8+ T细胞亚群2中的三个过表达基因（、、）可作为新型治疗靶点 | 研究基于已发表数据，未涉及实验验证；样本量可能有限；靶点的临床前验证尚未进行 | 探索黑色素瘤中CD8+ T细胞亚群的异质性及其对预后和免疫治疗的影响 | 黑色素瘤样本中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-11 |
Single-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-negative breast cancer based on gene regulatory networks
2021-Mar-05, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2020.12.018
PMID:33575114
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据构建基因调控网络，解析三阴性乳腺癌的瘤内异质性 | 通过整合基因共表达和转录因子结合基序富集分析，为每个亚型构建基因调控网络，并基于中心性指标识别关键基因 | 未提及样本量大小及其他潜在局限性 | 利用单细胞RNA测序数据构建基因调控网络，以解析三阴性乳腺癌的瘤内异质性并识别关键基因 | 三阴性乳腺癌患者的恶性细胞亚型 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | PAM50分型模型 | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本量 | 双歧杆菌 | 单细胞RNA测序 | 双歧杆菌 | 双歧杆菌 |
| 10 | 2026-05-11 |
Systemic transcriptome comparison between early- And late-onset pre-eclampsia shows distinct pathology and novel biomarkers
2021-Feb, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.12968
PMID:33332660
|
研究论文 | 比较早发型和晚发型子痫前期的全身转录组，揭示其病理差异并发现新型生物标志物 | 首次整合胎盘和外周血转录组与母胎界面单细胞转录组，系统比较早发型和晚发型子痫前期的病理差异，并发现各自特异的新型生物标志物 | 需要更大样本量验证新标志物的临床适用性，且单细胞数据整合分析的深度有限 | 阐明早发型和晚发型子痫前期的病理差异并发现新型诊断生物标志物 | 子痫前期患者（早发型和晚发型）的胎盘和外周血样本 | 数字病理学 | 子痫前期 | 转录组测序、单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 包含早发型和晚发型子痫前期患者及对照组的胎盘和外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 整合了母胎界面的单细胞转录组数据 |
| 11 | 2026-05-11 |
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity and differential expression of decidual tissues during the peripartum period
2021-Feb, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.12967
PMID:33300223
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析围产期蜕膜组织的异质性和差异表达基因 | 首次在单细胞分辨率下揭示围产期蜕膜中多种细胞亚型的动态变化及其功能，包括蜕膜基质细胞、绒毛外滋养细胞和T细胞的激活状态 | 未提及具体局限性 | 研究围产期蜕膜组织的细胞异质性和转录组变化，以理解其在分娩启动中的作用 | 分娩前后的蜕膜细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 29,231个蜕膜细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-05-11 |
TransSynW: A single-cell RNA-sequencing based web application to guide cell conversion experiments
2021-02, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.20-0227
PMID:33125830
|
研究论文 | TransSynW是一个基于单细胞RNA测序数据的网络应用程序，用于指导细胞转化实验 | 首次开发基于单细胞RNA测序数据的网络应用来预测细胞转化转录因子，并优先识别先驱因子以促进染色质开放 | 需进一步验证预测结果的实验可行性，且可能受限于单细胞数据的质量和细胞类型的代表性 | 开发计算工具预测细胞转化所需的转录因子，推动干细胞研究和再生医学中的细胞疗法 | 用户指定的细胞群体及其转化过程中涉及的转录因子 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-11 |
Cell-Type-Specific Immune Dysregulation in Severely Ill COVID-19 Patients
2021-01-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108590
PMID:33357411
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序分析重症COVID-19患者外周血单核细胞的免疫失调特征 | 揭示了ARDS患者单核细胞中抗原呈递和干扰素反应缺陷，而淋巴细胞中干扰素信号反应增强，以及细胞毒性活性和B细胞激活抑制的免疫失衡状态 | NA | 探究重症COVID-19患者的细胞类型特异性免疫失调机制 | 健康志愿者、中度COVID-19患者、急性呼吸窘迫综合征患者以及从ARDS恢复的患者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19, 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3名健康人、5名中度患者、6名ARDS患者、6名恢复期患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-05-11 |
Longitudinal Multi-omics Analyses Identify Responses of Megakaryocytes, Erythroid Cells, and Plasmablasts as Hallmarks of Severe COVID-19
2020-12-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.11.017
PMID:33296687
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研究论文 | 通过对14名患者的多时间点样本进行纵向多组学分析，鉴定了严重COVID-19中巨核细胞、红细胞和浆母细胞的反应特征 | 首次通过纵向多组学方法揭示严重COVID-19中巨核细胞、红细胞和浆母细胞的动态变化及其与疾病预后的关联 | 样本量较小（14名患者），可能限制结果的普适性；主要基于外周血分析，未涉及组织水平的验证 | 理解严重COVID-19疾病轨迹相关的细胞特征，为开发生物标志物和靶向治疗提供依据 | COVID-19患者的外周血样本，包括浆母细胞、巨核细胞和红细胞 | 机器学习 | COVID-19 | RNA-seq, 甲基化测序, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据, DNA甲基化组数据, 单细胞转录组数据 | 14名患者，共采集多达5个时间点的外周血样本，包括超过358,000个单细胞 | Illumina | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 批量ATAC-seq | Illumina NovaSeq | Illumina NovaSeq用于批量转录组和甲基化组测序，单细胞转录组测序采用10x Chromium平台 |
| 15 | 2026-05-11 |
Cigarette Smoke Exposure and Inflammatory Signaling Increase the Expression of the SARS-CoV-2 Receptor ACE2 in the Respiratory Tract
2020-06-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.05.012
PMID:32425701
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研究论文 | 本研究揭示香烟烟雾暴露通过上调ACE2表达增加SARS-CoV-2感染风险，并发现ACE2是干扰素刺激基因 | 首次证明香烟烟雾剂量依赖性上调呼吸道ACE2表达，并发现ACE2作为干扰素刺激基因可能形成正反馈循环促进病毒传播 | 未明确ACE2上调是否直接导致病毒感染增加，缺乏人类临床样本验证 | 探究香烟烟雾暴露对SARS-CoV-2受体ACE2表达的影响及其调控机制 | 啮齿动物和人类呼吸道组织 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-05-10 |
Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms
2026-May, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2453922
PMID:39836385
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研究论文 | 利用机器学习算法识别克罗恩病中与昼夜节律相关的生物标志物并构建诊断模型 | 首次将昼夜节律相关基因与克罗恩病诊断模型结合，利用单细胞测序验证基因表达谱 | 未明确指出样本量和外部验证的局限性 | 识别克罗恩病中与昼夜节律相关的生物标志物并开发诊断模型 | 克罗恩病患者与对照组的基因表达数据 | 机器学习 | 克罗恩病 | 基因表达芯片、单细胞测序 | 机器学习算法（具体类型未明确） | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2026-05-10 |
The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress
2026-May, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2453941
PMID:39868728
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研究论文 | 结合缺氧和内质网应激相关基因构建乳腺癌预后模型 | 首次将缺氧和内质网应激相关基因结合构建乳腺癌预后模型，并分析了免疫浸润和药物敏感性 | NA | 利用缺氧和内质网应激相关基因预测乳腺癌患者预后 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | Cox回归, Lasso回归 | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-05-10 |
GZMK+CD8+ T cells target a specific acinar cell type in Sjögren's disease
2026-May, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.08.014
PMID:41162286
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学及空间免疫表型分析，揭示干燥综合征中GZMK+CD8+ T细胞靶向特定腺泡细胞类型及其致病机制 | 首次发现PRR4+CST3+WFDC2-浆黏液性腺泡细胞在干燥综合征中选择性丢失，并揭示了GZMK+CD8+ T细胞通过亚胞溶解效应机制损害线粒体完整性和激活先天免疫信号 | 研究仅限于唾液腺组织，可能不适用于其他外分泌腺体；体外实验可能无法完全反映体内复杂微环境 | 探究干燥综合征中唾液腺内不同细胞类型的相互作用及其在病理过程中的角色 | 人类小唾液腺组织样本，包括干燥综合征患者和非患者 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 干燥综合征患者和对照组的唾液腺样本（具体数量未在摘要中明确） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium用于单细胞测序，10x Visium用于空间转录组学分析 |
| 19 | 2026-05-10 |
The transcriptome of CD14+CD163-HLA-DRlow monocytes predicts mortality in idiopathic pulmonary fibrosis
2026-May, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00804-2025
PMID:41360505
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组，预测特发性肺纤维化患者的死亡率 | 首次发现CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组特征可预测特发性肺纤维化患者的死亡风险，并识别出潜在的药物靶点 | 研究基于样本量有限（n=1054），且未在更大规模独立队列中验证；基因评分与功能的因果关系需进一步实验验证 | 探究免疫细胞特异性转录组特征与特发性肺纤维化死亡率之间的关联 | 特发性肺纤维化患者、健康对照及其他肺部疾病患者 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、细胞反卷积分析 | LASSO回归 | 单细胞转录组数据、临床随访数据 | 1054例样本（特发性肺纤维化555例，其他499例） | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 未明确提及，可能基于10x Genomics平台，但文中仅描述scRNA-seq |
| 20 | 2026-05-10 |
Agonistic GITR treatment enhances antitumor immune responses and suppresses tumor progression in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-May, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-026-02347-y
PMID:41620983
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研究论文 | 通过GITR激动剂治疗增强胰腺导管腺癌的抗肿瘤免疫反应并抑制肿瘤进展 | 首次在胰腺导管腺癌中证实GITR激活可减少调节性T细胞并增加细胞毒性效应细胞，结合常规化疗可能改善患者预后 | 主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需进一步验证 | 探索GITR作为胰腺导管腺癌免疫治疗靶点的潜力及其机制 | 胰腺导管腺癌细胞、肿瘤微环境中的淋巴细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 小鼠Pan02模型及人类手术切除样本（包括未治疗和新辅助化疗患者） | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |