单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2025-12-28
Lubricin maintains temporomandibular joint homeostasis by regulating synovial inflammation
2026-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2
研究论文 本研究探讨了蛋白聚糖4(Prg4,即润滑素)在维持颞下颌关节稳态中的作用及其在颞下颌关节骨关节炎中的病理意义 首次利用高分辨率Visium HD空间转录组学揭示了Prg4在颞下颌关节中的区域特异性表达模式,并阐明了其在炎症过程中的时间依赖性调控作用 研究主要基于小鼠模型,其结论向人类临床转化的有效性仍需进一步验证 探索Prg4在维持颞下颌关节稳态及治疗颞下颌关节骨关节炎中的潜在再生治疗应用 野生型和Prg4敲除小鼠的颞下颌关节、体外培养的滑膜细胞 空间转录组学 颞下颌关节骨关节炎 空间转录组学、谱系追踪、体外炎症刺激 NA 空间转录组数据、组织学图像、基因表达数据 野生型和Prg4敲除小鼠模型,具体数量未明确说明 10x Genomics 空间转录组学 Visium HD 高分辨率Visium HD空间转录组学平台
2 2025-12-28
SpatialFusion: A Unified Model for Integrating Spatial Transcriptomics to Unveil Cell-type Distribution, Interaction, and Functional Heterogeneity in Tissue Microenvironments
2026-Jan-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1
研究论文 本文介绍了一种名为SpatialFusion的深度学习模型,旨在通过整合基因表达和空间坐标来改进空间转录组学中的空间域识别和细胞类型反卷积 SpatialFusion模型创新性地结合了图神经网络和注意力机制,通过空间数据的多维嵌入捕获复杂空间关系,并采用双编码策略(空间图和特征图的协同学习)及自监督对比学习,显著提高了准确性和鲁棒性 NA 解决空间转录组学中空间域识别和细胞类型反卷积在准确性、鲁棒性和计算效率方面的挑战 人类DLPFC数据集和乳腺癌肿瘤微环境 空间转录组学 乳腺癌 空间转录组学 图神经网络, 注意力机制 基因表达数据, 空间坐标数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
3 2025-12-28
Dissecting neuroblastoma heterogeneity through single-cell multi-omics: insights into development, immunity, and therapeutic resistance
2026-Jan, Oncogene IF:6.9Q1
综述 本文综述了单细胞多组学技术在解析神经母细胞瘤异质性、发育起源、免疫微环境及治疗耐药性方面的应用与见解 整合单细胞转录组学、表观基因组学和空间分析,揭示了神经母细胞瘤沿肾上腺能-间充质连续体的细胞状态动态、肿瘤微环境互作及可逆的耐药机制,强调了肿瘤可塑性作为潜在治疗靶点 NA 解析神经母细胞瘤的细胞异质性、发育起源、免疫微环境及治疗耐药机制,以指导联合治疗策略 神经母细胞瘤(儿童最常见的颅外实体肿瘤) 数字病理学 神经母细胞瘤 单细胞多组学分析 NA 单细胞转录组、表观基因组、空间分析数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 NA NA
4 2025-12-28
Hpv-driven rewiring of the tumor immune microenvironment through single-cell profiling informs prognosis and therapy in HNSCC
2026-Jan, Oral oncology IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞分析揭示了HPV感染如何重塑头颈鳞状细胞癌的肿瘤免疫微环境,并开发了一个基于HPV相关基因的预后模型 利用单细胞RNA测序技术全面描绘HPV+与HPV- HNSCC肿瘤免疫微环境的差异,并构建了一个基于七个HPV相关基因的新型预后风险特征 研究依赖于公共数据库(TCGA和GEO)的数据,可能受到样本异质性和技术批次效应的影响,且需要进一步的前瞻性临床验证 阐明HPV感染如何重编程头颈鳞状细胞癌的肿瘤免疫微环境,并开发一个用于患者分层和指导个性化治疗的预后模型 头颈鳞状细胞癌患者,特别是基于HPV状态(HPV+和HPV-)的肿瘤样本 数字病理学 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,转录组去卷积分析,LASSO-COX回归,免疫组织化学 预后风险模型(基于LASSO-COX回归) 转录组数据,单细胞RNA测序数据 来自TCGA和GEO数据库的多个独立队列,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
5 2025-12-28
The Crosstalk of Epithelial Cells, Endothelial Cells, and Macrophages Orchestrates Inflammation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2026-Jan, Cell biology international IF:3.3Q3
研究论文 本研究通过建立细胞共培养模型,探讨了慢性阻塞性肺病(COPD)中上皮细胞、内皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用如何通过激活NF-κB和GSK3β信号通路来放大炎症反应 首次结合单细胞RNA测序数据分析和LPS诱导的三细胞(A549、HUVECs、THP-1)共培养模型,系统揭示了COPD中特定细胞间通讯网络及其通过NF-κB和GSK3β信号通路放大炎症的机制 研究主要基于体外细胞模型,可能无法完全模拟体内复杂的微环境;使用的细胞系(如A549、THP-1)可能无法代表所有相关细胞类型的异质性 旨在建立模拟COPD炎症微环境的细胞共培养模型,并研究其中细胞通讯的机制 肺泡上皮细胞(A549)、人脐静脉内皮细胞(HUVECs)和巨噬细胞(THP-1) 单细胞组学与细胞生物学 慢性阻塞性肺病 单细胞RNA测序,细胞共培养,Transwell系统,细胞因子谱分析,蛋白质印迹 细胞共培养模型 单细胞RNA测序数据,细胞因子分泌数据,蛋白质表达数据 基于GEO数据库中的单细胞RNA测序数据进行分析,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
6 2025-12-28
A complete spatial map of mouse retinal ganglion cells reveals density and gene expression specializations
2025-Dec-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学和机器学习技术,绘制了小鼠视网膜神经节细胞(RGCs)的完整空间分布图谱,揭示了其密度和基因表达的特异性 首次系统性地绘制了所有已知RGC类型的完整空间分布图,并发现了基因表达在背腹轴和ART区域内的空间变异,这些变异独立于细胞密度分布 研究主要基于小鼠模型,与灵长类黄斑区域的基因表达相关性有限,暗示了小鼠与灵长类中央视觉特化的差异 探究小鼠视网膜神经节细胞的空间分布特化和基因表达模式 小鼠视网膜神经节细胞(RGCs) 空间转录组学 NA 空间转录组学,机器学习,en-face冷冻切片 机器学习 空间转录组数据,图像数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
7 2025-12-28
Transient interferon-driven NK cell activation in acute hepatitis C
2025-Dec-27, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1
研究论文 本研究通过流式细胞术和单细胞测序技术,分析了急性丙型肝炎患者自然杀伤细胞在感染期间及治愈后的动态变化 首次在急性丙型肝炎感染中,通过纵向样本结合单细胞测序技术,揭示了由I型干扰素驱动的高度活化NK细胞亚群的瞬时出现及其在治愈后的消退过程 急性丙型肝炎感染病例较为罕见,样本量有限;研究未深入探讨活化NK细胞亚群的具体效应机制 探究急性丙型肝炎病毒感染期间自然杀伤细胞的免疫应答动态及其在病毒清除后的恢复情况 急性丙型肝炎患者、慢性丙型肝炎患者及健康对照者的自然杀伤细胞 免疫学 丙型肝炎 流式细胞术, 单细胞测序 NA 细胞表型数据, 转录组数据 纵向采集的急性丙型肝炎患者样本,并与慢性患者及健康对照进行比较 NA 单细胞RNA-seq NA NA
8 2025-12-28
Comparative analysis reveals distinct molecular heterogeneity in vaginal cells between recurrent and primary pelvic organ prolapse patients
2025-Dec-27, Frontiers of medicine IF:3.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序比较分析了复发性与原发性盆腔器官脱垂患者阴道细胞中的分子异质性 首次在单细胞分辨率上揭示了复发性与原发性盆腔器官脱垂之间的分子异质性差异,并识别出与复发相关的特异性成纤维细胞亚群和巨噬细胞表型变化 研究基于现有单细胞RNA测序数据集,样本量可能有限,且未进行功能验证实验 探究盆腔器官脱垂复发与原发性病例在阴道细胞分子层面的异质性差异 复发性与原发性盆腔器官脱垂患者的阴道成纤维细胞、平滑肌细胞和巨噬细胞 单细胞组学 盆腔器官脱垂 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
9 2025-12-28
The Distinct Monocyte Subsets and Intercellular Communication in Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Dec-27, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了原发性干燥综合征中独特的单核细胞亚群及其细胞间通讯 首次在pSS患者中利用scRNA-seq详细描绘单核细胞亚群的异质性、转录因子变化及免疫细胞相互作用 样本量有限,未进行功能验证实验,且仅关注单核细胞,未全面评估其他免疫细胞 表征pSS患者单核细胞亚群的变异及其功能作用 原发性干燥综合征患者和健康对照者的单核细胞 单细胞组学 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确具体数量,但包括pSS患者和健康对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
10 2025-12-28
Immune involvement in neuropsychiatric disorders: Insights from single-cell transcriptomic studies
2025-Dec-27, Psychiatry and clinical neurosciences IF:5.0Q1
综述 本文综述了单细胞转录组学技术在神经精神疾病免疫机制研究中的应用与发现 整合单细胞RNA测序和单核RNA测序技术,克服了批量RNA测序的平均化效应,揭示了多种神经精神疾病中的细胞类型特异性免疫改变 单细胞和单核RNA测序方法仍面临技术挑战,如细胞捕获效率、测序深度和数据分析复杂性 探讨免疫系统在神经精神疾病中的作用,并综述相关单细胞转录组学研究进展 精神疾病(如精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症、自闭症谱系障碍、注意力缺陷多动障碍)和神经系统疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病、路易体痴呆、多发性硬化症、抗NMDA受体脑炎) 数字病理学 神经精神疾病 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
11 2025-12-28
CellCraft: an extensible visual programming application for gene regulatory network inference
2025-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了CellCraft,一个基于Web的应用程序,旨在简化单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断 CellCraft提供了一个直观的图形用户界面和视觉编程接口,简化了复杂多步骤分析的设计与执行,并采用模块化插件架构确保可扩展性 NA 开发一个用户友好且可扩展的应用程序,用于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断 单细胞RNA测序数据 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
12 2025-12-28
ATG7 dysfunction in senescent melanocytes and hypopigmented skin: Reversal by metformin
2025-Dec-26, The British journal of dermatology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和时序转录组分析,揭示了自噬功能障碍(特别是ATG7下调)是紫外线诱导黑色素细胞衰老的早期关键事件,并发现二甲双胍可通过恢复自噬活性和氧化还原平衡延缓衰老 首次将ATG7功能障碍确定为黑色素细胞衰老的最早期分子改变,并证明二甲双胍可通过靶向ATG7依赖性自噬通路干预衰老过程 研究主要基于体外UVB诱导的衰老模型和临床样本观察,体内干预效果和长期安全性需进一步验证 阐明黑色素细胞衰老的早期分子机制并探索预防性治疗策略 紫外线诱导的衰老黑色素细胞、特发性点状白斑皮肤组织 单细胞组学 皮肤色素减退性疾病 单细胞RNA测序, 时序转录组分析, 免疫组化, 基因敲低/过表达 NA 单细胞RNA-seq数据, 转录组数据, 蛋白质数据 未明确样本数量 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
13 2025-12-28
Non-parasite genome encoded virus-like RNAs reprogram the pathogenicity of human blood flukes
2025-Dec-26, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究发现了四种存在于日本血吸虫中的非寄生虫基因组编码的病毒样RNA,这些RNA在生殖细胞中富集,通过编码RNA依赖性RNA聚合酶调控胚胎活力和产卵,从而影响宿主病理 首次在人类血吸虫中鉴定出非寄生虫基因组编码的病毒样RNA,并揭示其通过RdRp调控生殖和生存的关键功能,为血吸虫病控制提供了新的潜在治疗靶点 研究主要聚焦于日本血吸虫和涡虫,其他寄生虫或生物中的ngRNA功能尚未探索,且机制细节需进一步验证 探究非寄生虫基因组编码RNA在寄生虫生物学中的作用,特别是其对病原性和生存的影响 日本血吸虫(Schistosoma japonicum)和涡虫(Dugesia japonica) 寄生虫学 血吸虫病 宏转录组学、单细胞RNA测序、RNA干扰、分子生物学方法 NA RNA序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2025-12-28
Non-canonical NOTCH1 signaling regulates ferroptosis vulnerability in dormant lung cancer cells with stable resistance
2025-Dec-26, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究鉴定了一种具有稳定耐药性的休眠肺癌细胞亚群,并揭示了非经典NOTCH1信号通路通过调控铁死亡易感性等机制维持其耐药性的作用 首次鉴定并命名了具有稳定耐药性的休眠肺癌细胞亚群,揭示了非经典NOTCH1信号通路(而非经典通路)在调控其细胞周期、铁代谢、上皮-间质转化及铁死亡易感性中的关键作用,并发现了一条新的NOTCH1-AKT-BAX翻译后调控轴 研究主要基于细胞系和患者样本的体外及体内实验,其临床转化效果及在更广泛癌症类型中的普适性有待进一步验证 深入理解癌症的非遗传性耐药机制,并开发针对耐药癌细胞的有效治疗策略 肺癌细胞系(包括顺铂敏感和耐药株)、肺癌患者样本、以及从上述来源中分离出的核黄素/NOTCH1阳性细胞亚群 癌症生物学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 来自肺癌细胞系和患者样本的细胞群体 NA 单细胞RNA-seq NA NA
15 2025-12-28
Phosphodiesterase ENPP2, which is co-upregulated in obese and pregnant mice, is essential for islet beta cell compensation during obesity
2025-Dec-26, Diabetologia IF:8.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别了在肥胖和妊娠小鼠胰岛β细胞中共同上调的磷酸二酯酶ENPP2,并验证了其通过LPA-Akt/mTOR信号通路促进β细胞增殖、抑制凋亡和增强胰岛素分泌的关键作用 首次利用单细胞RNA测序比较肥胖和妊娠小鼠胰岛细胞的转录组,发现ENPP2作为共同上调基因,在β细胞补偿中起核心调节作用,并揭示了其通过LPA受体2介导的Akt/mTOR通路机制 研究主要基于小鼠模型,人类糖尿病样本中ENPP2表达降低的临床相关性及治疗潜力需进一步验证 识别能适度增强肥胖期间β细胞补偿能力的关键分子 饮食诱导肥胖小鼠、妊娠小鼠的胰岛细胞,Min6 β细胞系,以及Enpp2基因敲除和过表达转基因小鼠 单细胞组学 糖尿病 单细胞RNA-seq, 定量PCR, 免疫荧光 NA RNA表达数据 未明确指定样本数量,涉及多种小鼠模型和细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
16 2025-12-28
Coronary Artery Calcification: Decoding Mechanisms, Innovations, and Translational Strategies from Bench to Bedside
2025-Dec-26, Journal of cardiovascular translational research IF:2.4Q3
综述 本文回顾了冠状动脉钙化(CAC)30年的研究进展,整合了病理机制、技术创新和临床证据,并探讨了从被动标志物到主动调控过程的认知转变 总结了单细胞测序揭示的CAC内膜与中膜亚型及其驱动通路(如BMP2/Smad、OPG/RANKL),并强调了血管内碎石术(IVL)和人工智能在影像分析中的创新应用 指出他汀类药物对钙化的双重效应、亚型诊断空白、以及先进工具(如IVL)在资源有限地区普及率低(>70%无法获得)等挑战 旨在综合CAC的病理机制、技术进展与临床管理策略,推动从被动治疗向主动血管健康优化的转变 冠状动脉钙化(CAC)及其相关的动脉粥样硬化病理过程 数字病理学 心血管疾病 单细胞测序,人工智能影像分析 NA NA NA NA NA NA NA
17 2025-12-28
Decoding anoikis-related genes in lung adenocarcinoma brainmetastasis via single-cell RNA sequencing: CD44-mediated functions
2025-Dec-26, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序解码了肺腺癌脑转移中失巢凋亡相关基因的作用,并验证了CD44的关键功能 首次在单细胞水平上系统分析了肺腺癌脑转移过程中失巢凋亡相关基因的表达变化和功能,并构建了基于批量RNA数据的预后模型 样本量相对较小(6个肺癌样本和6个脑转移样本),且为回顾性研究 探究失巢凋亡相关基因在肺腺癌脑转移进展中的作用 肺腺癌原发肿瘤组织和脑转移组织 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序 预后模型 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,临床生存数据 6个肺癌样本和6个脑转移样本(来自单细胞RNA测序数据集),外加用于验证的临床样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
18 2025-12-28
Identification of conserved canonical marker genes in human and mouse adrenal glands using Visium spatial transcriptomics
2025-Dec-24, Histochemistry and cell biology IF:2.1Q2
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,全面绘制了成年人类和小鼠肾上腺的基因表达图谱,旨在鉴定跨物种保守的经典标记基因 首次在人类和小鼠肾上腺中系统性地整合空间转录组数据,揭示了一个定义肾上腺分区和功能的保守经典标记基因目录,并强调了小鼠模型在肾上腺研究中的转化价值 研究样本量有限(仅1例人类样本和4只小鼠),且人类和小鼠样本采用了不同的制备方法(OCT vs FFPE),可能影响直接比较 鉴定人类和小鼠肾上腺中保守的经典标记基因,以理解肾上腺组织的分子保守性和支持小鼠模型的转化研究 成年人类肾上腺(31岁女性)和成年小鼠肾上腺(10周龄雄性CD-1小鼠) 空间转录组学 NA 空间转录组学 无监督聚类 空间基因表达数据 1例人类肾上腺样本,4只小鼠肾上腺样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium NA
19 2025-12-28
Spatial multi-omics profiling uncovers metabolic heterogeneity in Sjögren's syndrome and identifies PS(36:1) as a potential therapeutic target
2025-Dec-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术,揭示了干燥综合征(SS)唾液腺免疫微环境中的细胞类型分布及代谢异质性,并识别出PS(36:1)作为潜在治疗靶点 首次从空间多组学角度描述干燥综合征的转录和代谢特征,结合单细胞分辨率数据识别出关键代谢物PS(36:1)及其与CD4+ T细胞浸润的关联,并通过体内实验验证其治疗潜力 样本量较小(仅8个人类唇腺样本),且主要基于小鼠模型验证,人类临床验证尚需进一步研究 探究干燥综合征的发病机制,识别新的治疗靶点 干燥综合征患者的唇腺样本、健康对照唇腺样本、NOD/ShiLtj小鼠模型 数字病理学 干燥综合征 单细胞RNA测序、空间转录组学、空间代谢组学、免疫组化、HE染色、唾液流率测定、免疫荧光实验 NA 基因表达数据、代谢物数据、图像数据 8个人类唇腺样本(4例SS患者,4例健康对照),NOD/ShiLtj小鼠模型 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学、空间代谢组学 NA NA
20 2025-12-28
Identification of coagulation-related hub genes in ischemic stroke based on bioinformatics integration analysis and investigation of their immune regulatory mechanisms
2025-Dec-24, European journal of medical research IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过生物信息学整合分析,识别了缺血性脑卒中中与凝血相关的枢纽基因,并探讨了其免疫调控机制 结合多个数据集和机器学习模型筛选枢纽基因,并通过单细胞RNA-seq分析其在特定细胞簇中的表达定位 部分枢纽基因在独立数据集和RT-qPCR验证中表达趋势不完全一致,且样本量有限 探索凝血相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用,并寻找潜在的生物标志物和治疗靶点 缺血性脑卒中患者样本及相关基因表达数据 生物信息学 缺血性脑卒中 生物信息学整合分析、机器学习、RT-qPCR、单细胞RNA-seq 随机森林、梯度提升决策树、支持向量机 基因表达数据 多个数据集(GSE16561、GSE9877、GSE58294、GSE224273)及临床样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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