单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 38805 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-04-29 |
Extracellular vesicle-mediated transcellular mitophagy as a modulatory target for moderate hyperoxia-induced alveolar developmental arrest in bronchopulmonary dysplasia
2026-Jun, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 揭示中度高氧诱导支气管肺发育不良中成纤维细胞通过细胞外囊泡介导的线粒体自噬传递导致肺泡发育停滞的机制 | 首次阐明成纤维细胞通过富含外线粒体膜蛋白VDAC1的细胞外囊泡抑制肺泡上皮细胞线粒体自噬，从而在BPD中发挥关键作用 | NA | 探究中度高氧下成纤维细胞如何参与肺泡发育停滞的机制，为支气管肺发育不良寻找治疗靶点 | 中度高氧诱导的支气管肺发育不良小鼠模型中的成纤维细胞和II型肺泡上皮细胞 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序, 细胞外囊泡分析 | NA | 基因表达数据, 图像 | 中度高氧（60%氧气）暴露的BPD小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-04-29 |
Advancing single-cell omics and cell-based therapeutics with quantum computing
2026-May, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-025-00918-0
PMID:41478876
|
综述 | 探讨量子计算在单细胞组学和基于细胞的治疗中的进展与挑战，通过高分辨率检测与先进计算工具整合，构建细胞行为的精准模型 | 首次系统阐述量子计算如何协同人工智能，解决单细胞分析中捕获细胞动态的计算瓶颈，并提出与基于细胞治疗的整合路径 | 作为路线图文章，未提供实验验证或具体算法实现，主要基于理论探讨和案例研究 | 探索量子计算在单细胞空间转录组学和多组学技术中的应用，推动细胞行为模型的变革 | 单细胞和细胞群体行为模型、基于细胞的治疗策略 | 机器学习 | NA | 单细胞测序、空间转录组学、多组学技术 | NA | 单细胞组学数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞多组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-04-29 |
Serial Spatial Transcriptomes Reveal Regulatory Transitions in Maize Leaf Development
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70515
PMID:41493197
|
研究论文 | 优化了使用10× Genomics Visium系统的空间转录组学协议，并开发计算流程重建玉米幼苗中SAM和连续发育叶片的三维基因表达谱，揭示从SAM中未分化干细胞到功能分化叶片结构的动态转变 | 首次优化了基于10× Genomics Visium系统的空间转录组学实验流程与计算分析管线，实现了玉米叶片发育过程中基因表达的三维空间定位与动态追踪，优于缺乏时空背景的单细胞转录组分析 | 目前该方法的应用仍需要进一步的样品制备和数据处理优化，可能对某些植物组织或特定发育阶段存在适用性挑战 | 揭示玉米叶片从茎尖分生组织起源到功能分化过程中的基因表达调控网络与发育转变机制 | 玉米幼苗中的茎尖分生组织（SAM）和连续发育的叶片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个连续发育阶段的玉米幼苗茎尖分生组织和叶片样品 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10× Genomics Visium系统用于空间转录组学实验优化 |
| 4 | 2026-04-29 |
Mass Spectrometry Imaging Combined With Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals the Multidimensional Spatial Distributions and Biosynthetic Pathways of Medicinal Components in Andrographis paniculata
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70534
PMID:41504619
|
研究论文 | 通过质谱成像与单细胞转录组分析，揭示了穿心莲中药物成分的多维空间分布和生物合成途径 | 首次在药用植物穿心莲中建立质谱成像与单细胞RNA测序联合系统，实现活性成分的精细空间定位和细胞类型特异性表达分析 | 未提及明显局限性 | 探索药用植物中活性成分的精细分布和生物合成途径 | 穿心莲（Andrographis paniculata） | 数字病理学 | NA | 质谱成像（MSI）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LC-QQQ-MS/MS | NA | 图像、基因表达数据 | 穿心莲叶片和茎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱成像（MSI） | NA | NA |
| 5 | 2026-04-29 |
Dissecting the Cell-Type-Specific Response to an Emerging Tobamovirus in Tomato Reveals Cultivar-Dependent Involvement of Brassinosteroid Signalling
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70559
PMID:41562490
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析番茄中两种不同遗传背景的品种对新兴烟草花叶病毒的细胞类型特异性反应，揭示了油菜素内酯信号通路的差异参与 | 首次在单细胞水平上揭示不同遗传背景的番茄品种对ToBRFV感染的细胞类型特异性反应，并发现油菜素内酯信号通路在抗性中起品种依赖性作用 | 未提供具体局限性信息 | 探究植物病毒在不同细胞类型中的宿主反应以及遗传背景（包括抗性基因）对感染动态的影响 | 番茄品种'金鹏1号'（JP）和'Rutgers'（RG）以及番茄褐色皱纹果病毒（ToBRFV） | 机器学习 | 植物病毒病 | 单细胞RNA测序 | 拟时间分析 | 基因表达数据 | 两种番茄品种（JP和RG）的叶片样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-04-29 |
Integrated bioinformatics analysis of the shared molecular mechanisms between Parkinson's disease and COVID-19
2026-Apr-28, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00908-25
PMID:41930954
|
研究论文 | 通过综合生物信息学分析和单细胞RNA测序研究帕金森病与COVID-19之间的共享分子机制 | 首次识别出CHI3L1作为连接帕金森病和COVID-19的关键基因，并揭示星形胶质细胞在调控神经炎症和突触可塑性中的核心作用 | 研究基于公开数据库数据，样本量有限，需要更大规模的研究验证CHI3L1的功能意义和病理相关性 | 探究帕金森病与COVID-19之间的共享分子机制和潜在治疗靶点 | 帕金森病患者和COVID-19患者的基因表达数据和脑组织单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病, COVID-19 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 公开数据库中的帕金森病和COVID-19样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-04-29 |
Multi-scale spatial testing recovers gene programs missed by existing detection methods
2026-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.12.711372
PMID:41890107
|
研究论文 | 提出FlashS方法，在频域中重新定义基于核的空间检验，以检测任意多尺度表达模式，并扩展到数百万细胞 | 通过频域变换将空间检验从固定尺度模型解放出来，实现多尺度空间可变基因检测，同时保持可扩展性 | 未明确说明局限性，但可能依赖于基因表达数据的空间分辨率 | 开发一种能够检测现有方法遗漏的多尺度空间模式的空间可变基因检测方法 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 机器学习和数字病理学 | 心血管疾病（与心脏组织相关） | 空间转录组学 | 核方法（频域变换） | 基因表达数据 | 50个基准数据集覆盖9个平台，包括艾伦脑MERFISH图谱（394万个细胞） | NA | 空间转录组学，MERFISH | MERFISH | 艾伦脑MERFISH图谱 |
| 8 | 2026-04-29 |
Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium
2026-Apr, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013
PMID:40889615
|
研究论文 | 通过跨平台转录组数据整合，识别出人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫信号特征 | 首次通过跨平台统计整合多个公开数据集，系统性地表征骨关节炎滑膜的转录表型，并聚焦于与疼痛相关的信号通路 | 研究基于公共数据集，样本量有限（153例受试者），且仅关注终末期骨关节炎，未纳入早期或中度病变 | 表征骨关节炎滑膜的转录表型，重点关注与疼痛相关的神经免疫信号 | 人类非骨关节炎和骨关节炎滑膜组织样本 | 机器学习 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 153例受试者（质量控后139例） | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina NovaSeq | 来自GEO数据库的多个微阵列和RNA测序数据集 |
| 9 | 2026-04-29 |
Spatial Transcriptomics Reveals Injured Cells, Signature Genes, and Communication Patterns in the Cyst Microenvironment of Polycystic Kidney Disease
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000894
PMID:41071604
|
研究论文 | 利用空间转录组学揭示多囊肾病囊肿微环境中的损伤细胞、标志基因和通讯模式 | 首次通过空间转录组学方法在组织原位解析多囊肾病囊肿微环境中的细胞组成、基因表达和细胞通讯模式，填补了传统单细胞测序缺乏空间信息的空白 | 文章未明确提及局限性 | 研究多囊肾病囊肿微环境的变化如何驱动囊肿形成 | Pkd1缺陷小鼠和野生型小鼠的肾脏组织 | 空间转录组学 | 多囊肾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 野生型和Pkd1缺陷小鼠肾脏样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间基因表达平台 |
| 10 | 2026-04-29 |
Unlocking single-cell level and continuous whole-slide insights in spatial transcriptomics with PanoSpace
2026-Apr, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00938-y
PMID:41495261
|
研究论文 | 提出PanoSpace计算框架，整合低分辨率空间转录组学、高分辨率组织学和单细胞RNA测序，重建连续单细胞水平的全切片基因表达图谱 | 首次实现从低分辨率空间转录组数据到连续单细胞水平全切片重建，并具备跨组织类型（肿瘤与非肿瘤）的模块化适配能力 | 未明确说明 | 开发一种计算框架，克服当前空间转录组学平台分辨率低和采样稀疏的局限，实现全切片单细胞水平连续重建 | 乳腺癌和前列腺癌组织样本，以及小鼠脑组织 | 数字病理学 | 乳腺癌，前列腺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，组织学图像，单细胞RNA测序数据 | 乳腺癌和前列腺癌组织样本，小鼠脑组织（具体数量未说明） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-04-29 |
Metabolic surgery mitigates early kidney injury in obese youth with diabetes by suppressing mTORC1/JAK/STAT signaling
2026-Apr-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI198545
PMID:41665972
|
研究论文 | 研究代谢减重手术（垂直袖状胃切除术）如何通过抑制mTORC1/JAK/STAT信号通路缓解肥胖青少年2型糖尿病患者的早期肾损伤 | 首次结合单细胞RNA测序、肾脏组织学评估和循环蛋白质组学，揭示减重手术后肾脏在细胞和分子层面的适应性变化，并识别出mTORC1和JAK/STAT通路作为潜在治疗靶点 | 样本量较小（仅5名青少年接受配对活检），且缺乏非手术对照组，长期随访数据有限 | 探索代谢减重手术（垂直袖状胃切除术）对肥胖青少年2型糖尿病患者肾脏结构和分子变化的影响 | 5名肥胖伴2型糖尿病的青少年（术前及术后12个月配对肾脏活检），以及64名TEEN-LABS队列中接受减重手术的肥胖青少年（有无糖尿病） | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 组织学图像 | 5名患者（配对肾脏活检），64名患者（循环蛋白质组学） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 12 | 2026-04-29 |
Multi-omics analysis of the lactylation-driven microenvironment and non-invasive clinical translation in hepatocellular carcinoma
2026-Apr, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-025-11016-w
PMID:41699363
|
研究论文 | 通过多组学策略探究乳酰化驱动微环境在肝细胞癌中的预后模型及无创临床转化 | 构建了基于赖氨酸乳酰化的风险模型，整合了KLa、蛋白质和转录组多组学数据，并探索了超声影像组学用于无创预测的潜力 | 未明确提及，但可能需要更大样本验证及超声影像组学模型的泛化性测试 | 研究肝细胞癌中乳酰化驱动微环境的临床价值并促进其临床转化 | 肝细胞癌患者 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析、单细胞测序、超声影像组学 | 风险模型 | 组学数据、影像数据 | 本地队列和公共HCC队列 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-04-29 |
Hmx2 and Dmrt2 Coordinate the Differentiation of Intercalated Cell Subtypes in Kidney
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000885
PMID:41051882
|
研究论文 | 本研究揭示了Hmx2和Dmrt2在肾脏集合管闰细胞亚型分化中的协调作用 | 首次阐明Hmx2和Dmrt2作为互斥转录因子分别调控B型和A型闰细胞分化，并发现Hmx3在两者缺失时补偿性表达 | Dmrt2敲入未能修复Foxp1缺陷小鼠的闰细胞分化异常，提示可能存在尚未阐明的调控机制 | 探究Dmrt2和Hmx2在肾脏闰细胞亚型分化中的功能 | 小鼠肾脏远端肾单位特异条件性敲除和敲入模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除/敲入小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠及人类肾脏数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序分析小鼠和人类肾脏数据集 |
| 14 | 2026-04-29 |
The AICL-KLRF1 axis supports CD4-CD8 T cell communication and cytokine competence in pre-exhausted CD8+ T cells
2026-Apr, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-026-00732-5
PMID:41851343
|
研究论文 | 该文章识别出AICL-KLRF1轴作为CD4-CD8 T细胞通信通路，支持晚期分化CD8 T细胞的细胞因子产生 | 首次发现AICL-KLRF1轴介导CD4 T细胞与CD8 T细胞之间的通信，维持预耗竭CD8 T细胞的细胞因子活性 | 未提及具体局限 | 阐明维持预耗竭CD8 T细胞细胞因子产生的信号机制 | 人类CD4和CD8 T细胞，肺腺癌组织及邻近组织样本 | 免疫学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间蛋白质组学 | NA | scRNA-seq数据、scATAC-seq数据、空间蛋白质组数据 | 肺腺癌及邻近组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | 10x Chromium | 单细胞RNA-seq及单细胞ATAC-seq分析 |
| 15 | 2026-04-12 |
Spatial Transcriptomics of the Cyst Microenvironment in an Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Model
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001050
PMID:41920711
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2026-04-29 |
A single-cell atlas of Toxoplasma sexual development in the feline intestinal tract
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685900
PMID:41929010
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学构建猫肠道中弓形虫有性发育的细胞图谱 | 首次在单细胞水平解析弓形虫在猫肠道中的有性发育过程，发现罕见细胞群体如配子细胞，并鉴定出AP2X6为大配子细胞发育的调控因子 | 数据仅来自两个实验共15,068个细胞，样本量有限；未提及体内验证或其他动物模型 | 研究弓形虫在猫肠道中有性发育的基因调控网络 | 从猫肠道分离的弓形虫寄生虫 | 单细胞生物学 | 弓形虫病 | 单细胞RNA-seq, CRISPR-Cas9 Perturb-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 15,068个细胞（来自两个独立实验） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 17 | 2026-04-29 |
A single-cell atlas of the human airways from patients with allergic rhinitis comorbid with asthma
2026-Mar-24, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2026.03.013
PMID:41887463
|
research paper | 本文通过单细胞RNA测序技术，绘制了过敏性鼻炎合并哮喘患者气道的单细胞图谱，揭示了上下气道细胞组成和转录变化的相似性及炎症反应机制 | 首次对过敏性鼻炎合并哮喘患者多个不同微解剖区域的气道刷取样本进行单细胞RNA分析，发现了病变气道纤毛细胞结构损伤和上皮屏障破坏，并鉴定出GZMA-PARD3通路在体外破坏气道上皮屏障 | 仅纳入有限样本量，且为横断面研究、缺乏纵向随访数据 | 研究过敏性鼻炎合并哮喘患者上下气道细胞种群分布和转录变化，探索慢性炎症条件下细胞图谱的异同 | 过敏性鼻炎合并哮喘患者及健康志愿者的鼻腔和支气管刷取细胞 | machine learning | asthma | single-cell RNA-seq | NA | single-cell transcriptomic data | 若干名过敏性鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻腔及支气管刷取样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 18 | 2026-03-21 |
scZiva: imputation method for single-cell RNA-seq data with zero-inflated variational autoencoder
2026-Mar-19, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06422-2
PMID:41857511
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2026-03-20 |
Lactylation-related gene signature for prognosis prediction and immune infiltration assessment in lung adenocarcinoma via bulk and single-cell RNA sequencing
2026-Mar-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04845-0
PMID:41851557
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2026-04-29 |
The landscape of B and plasma cells in breast cancer: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2026-Mar-12, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-026-00917-0
PMID:41820356
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，构建了乳腺癌中B细胞和浆细胞的高分辨率图谱，揭示了其异质性和功能角色 | 首次通过整合已有和新产生的单细胞转录组及BCR测序数据，综合分析了B细胞和浆细胞的转录谱、克隆扩增、空间分布和细胞间相互作用，发现了两种肿瘤富集的B细胞亚群（CD200 naive B细胞和ISG15非典型记忆B细胞），并通过体内实验验证了CD200 B细胞在抗肿瘤免疫和抗PD-1疗法中的关键作用 | 未提及样本数量限制或可能的批次效应，以及对功能性验证的物种差异（小鼠模型与人体的差异） | 解析乳腺癌中B细胞和浆细胞的异质性和功能角色，为免疫治疗提供潜在生物标志物和靶点 | 乳腺癌患者的肿瘤组织样本（79个样本，来自35位患者） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 35位患者的79个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序, 空间转录组学 | NA | NA |