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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-04-27
Efferocytosis-related biomarkers and immune infiltration in pancreatic ductal adenocarcinoma based on single-cell sequencing and machine learning: a comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation
2026-Jun-11, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 基于单细胞测序和机器学习整合生物信息学分析与实验验证,揭示胞葬作用相关生物标志物在胰腺导管腺癌中的免疫浸润特征 首次通过单细胞转录组学与机器学习结合,系统解析胰腺导管腺癌中巨噬细胞胞葬作用的异质性,并构建包含六基因(CD36、ITGAV、PANX1、PPARG、S100A4、THBS1)的风险预测模型 研究主要依赖公开数据集,样本量有限且缺乏多中心独立外部验证;THBS1基因功能验证仅在体外进行,未涉及体内动物模型或临床前瞻性队列验证 探索胞葬作用相关基因在胰腺导管腺癌中的表达模式、预后预测价值及肿瘤微环境重塑机制 胰腺导管腺癌患者组织样本及细胞系(如用于THBS1敲降实验的PDAC细胞) 机器学习, 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序, RNA-seq, 实时荧光定量PCR, 蛋白质印迹法 Cox回归, LASSO回归 基因表达数据, 单细胞转录组数据 TCGA-PDAC和GTEx数据集(具体样本数未明确)、GEO数据集(如单细胞数据集)、6基因模型构建基于训练组及验证组(样本量未具体说明) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2 2026-04-27
In silico virtual knockout identifies PXDNL as a fibroblast-specific driver of sarcopenia and GABA as a potential modulator
2026-Jun-11, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 通过虚拟基因敲除和单细胞RNA测序分析,确定PXDNL是肌肉减少症成纤维细胞特异的驱动因子,并发现GABA作为潜在调节剂 首次利用计算机模拟虚拟基因敲除与多组学数据结合,识别出成纤维细胞特异的肌肉减少症驱动基因PXDNL,并验证了GABA作为可重靶向药物的治疗潜力 研究主要基于计算机模拟和体外实验,缺乏体内动物模型验证,且样本量相对较小 识别肌肉减少症的因果机制和可转化的治疗靶点 肌肉减少症中成纤维细胞特异基因PXDNL及其调控的细胞外基质基因 机器学习 老年疾病 单细胞RNA测序, 虚拟基因敲除, 分子对接 WGCNA, scTenifoldKnk, plsRglm 基因表达数据 238份活检样本(来自5个GEO队列)和10份单细胞样本(12,847个细胞) NA 单细胞RNA测序 NA NA
3 2026-04-27
Aquaporin 4 knockdown alleviates traumatic brain edema and reduces neuronal axonal growth cone collapse via the RhoA/ROCK pathway
2026-Jun-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1
研究论文 本研究通过调控AQP4表达,揭示其在创伤性脑损伤后脑水肿和神经修复中的作用机制 首次通过单细胞RNA测序揭示AQP4敲低通过RhoA/ROCK通路减少星形胶质细胞分泌Sema3A,从而减轻神经元轴突生长锥塌陷 未提及具体局限性 阐明AQP4过表达诱导的水肿如何影响神经元修复及其神经保护机制 创伤性脑损伤小鼠模型 机器学习 神经系统疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 创伤性脑损伤小鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
4 2026-04-27
Serial Spatial Transcriptomes Reveal Regulatory Transitions in Maize Leaf Development
2026-May, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 利用优化后的10x Genomics Visium空间转录组学协议,重建玉米幼苗中茎尖分生组织和连续发育叶片的基因表达三维图谱,揭示叶片发育过程中的调控转变 首次通过优化空间转录组学流程和开发计算管道,实现从SAM到分化叶片的连续发育阶段的三维基因表达图谱构建,超越了缺乏时空背景的单细胞转录组分析 未提及具体局限性 阐明玉米叶片从茎尖分生组织到功能分化过程中的基因表达级联调控机制 玉米幼苗 机器学习 NA 空间转录组学 NA 空间基因表达数据 玉米幼苗样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Genomics Visium系统
5 2026-04-27
Mass Spectrometry Imaging Combined With Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals the Multidimensional Spatial Distributions and Biosynthetic Pathways of Medicinal Components in Andrographis paniculata
2026-May, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 结合质谱成像与单细胞转录组分析揭示穿心莲中药用成分的多维空间分布及生物合成途径 首次在药用植物穿心莲中建立质谱成像与单细胞RNA测序的整合系统,从器官、组织和细胞类型层面解析活性成分的精细分布与合成路径 未提及具体局限性 研究穿心莲中药用成分穿心莲内酯的多维空间分布及生物合成途径,为植物代谢物的精细合成与分布提供新策略 穿心莲(Andrographis paniculata)的叶片和茎部组织 机器学 NA 质谱成像、单细胞RNA测序、LC-QQQ-MS/MS NA 图像、转录组数据 穿心莲叶片和茎部样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA-seq、质谱成像 NA NA
6 2026-04-27
Dissecting the Cell-Type-Specific Response to an Emerging Tobamovirus in Tomato Reveals Cultivar-Dependent Involvement of Brassinosteroid Signalling
2026-May, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
research paper 使用单细胞RNA测序技术解析番茄对新兴烟草花叶病毒ToBRFV的细胞类型特异性反应,揭示油菜素内酯信号通路在不同品种中的差异化作用 首次在单细胞水平上揭示不同遗传背景的番茄品种对ToBRFV感染的细胞类型特异性反应,并发现油菜素内酯信号在抗病性中的品种依赖性差异 未涉及 探究不同番茄品种在细胞水平上对ToBRFV感染的响应差异,特别是油菜素内酯信号通路的作用 番茄品种'金棚1号'(JP)和'Rutgers'(RG)的叶片细胞 machine learning geriatric disease 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 两个番茄品种的叶片细胞样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
7 2026-04-27
Single-Cell Nanodroplet Processing Proteomics Pipeline for Analysis of Human-Derived Microglia
2026-May, Proteomics IF:3.4Q2
研究论文 提出一种基于纳升液滴处理的单细胞蛋白质组学流程,用于分析人源小胶质细胞 首次实现从人脑死后组织来源的小胶质细胞中进行单细胞蛋白质组学分析,无需标记,鉴定蛋白数量与单细胞RNA测序相当 该研究仅为初步验证,样本量有限,且未进行大规模亚型分类或疾病相关分析 开发一种可用于大规模蛋白质组学的小胶质细胞亚型分类方法,以研究其在神经退行性疾病中的作用 人脑死后皮层来源的小胶质细胞 数字病理学 阿尔茨海默病、神经退行性疾病 单细胞质谱蛋白质组学、荧光激活细胞分选、纳升液滴处理 NA 蛋白质组数据 单个小胶质细胞,平均鉴定1039种蛋白质 NA 单细胞蛋白质组学 NA 基于荧光激活细胞分选和纳升液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学流程
8 2026-04-27
A machine learning-driven framework integrating cell death and senescence signatures for multi-target drug design and immunotherapy optimization in ovarian cancer
2026-Apr-26, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 利用机器学习整合细胞死亡与衰老特征,建立多靶点药物设计和免疫治疗优化的预测框架,并在卵巢癌中验证 首次将非凋亡性细胞死亡与衰老通路整合为一个可预测的机器学习模型(CDSLS),并结合多组学分析和人工智能靶向药物设计,为卵巢癌多靶点治疗和免疫治疗优化提供新策略 部分关键基因的功能验证仅限于RB1,其他潜在靶点未深入探索;模型在临床转化前需更多独立大规模队列验证 构建基于机器学习的多靶点药物设计与免疫治疗优化框架,用于卵巢癌精准治疗 卵巢癌患者样本(n=1858)及免疫治疗数据集 机器学习 卵巢癌 单细胞RNA测序、多组学分析、人工智能靶向化合物预测 机器学习模型(CDSLS) 基因表达数据、单细胞转录组数据 1858例卵巢癌患者样本(多队列汇总)及免疫治疗数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
9 2026-04-27
Guidelines for single cell RNA sequencing analysis of eosinophils
2026-Apr-25, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2
研究论文 针对嗜酸性粒细胞单细胞RNA测序分析提供优化指南,整合多数据集进行跨平台比较,提出专用分析策略 首次系统整合嗜酸性粒细胞scRNA-seq数据集并跨平台分析,提出嗜酸性粒细胞专用标记基因面板和内含子包含比对策略 主要基于公开数据集分析,可能未涵盖所有平台和组织类型;嗜酸性粒细胞固有转录组稀疏性仍难以完全克服 建立嗜酸性粒细胞scRNA-seq分析优化框架,提升细胞回收、注释和生物学解释的可靠性 嗜酸性粒细胞单细胞RNA测序数据,涵盖多个平台、组织和物种的公开数据集及实验室内部数据 单细胞转录组学 嗜酸性粒细胞相关疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 整合了多个实验室的公开嗜酸性粒细胞scRNA-seq数据集 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA测序 10x Chromium, Illumina NovaSeq 包含10x Chromium单细胞系统和Illumina NovaSeq测序平台
10 2026-04-27
Emergent latent neurotoxic effects of manganese following nominal chronic exposures in human stem cell and C. elegans models
2026-Apr-25, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2
研究论文 本文通过人类诱导多能干细胞衍生的皮层培养物和秀丽隐杆线虫两种模型,揭示了慢性锰暴露后出现的潜在神经毒性效应,并在停用暴露后通过单细胞RNA测序和表型分析确认了这些效应 首次在两种遗传和机制敏感的系统中,通过停用慢性锰暴露后检测到显著放大的潜在神经毒性效应,且单细胞RNA测序揭示了立即与停止暴露后的转录组差异 未明确说明局限性,但结果依赖于模型系统,可能需要进一步在人体中验证 研究慢性锰暴露后在行为缺陷出现前的潜在神经毒性机制 人类诱导多能干细胞衍生的皮层培养物和秀丽隐杆线虫 机器学习 神经退行性疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据和行为表型数据 人类诱导多能干细胞衍生的皮层培养物(具体样本数未提供)和秀丽隐杆线虫(具体样本数未提供) NA 单细胞RNA测序 NA NA
11 2026-04-27
Identification of synovial lymphatic system in the temporomandibular joint and their roles in arthritis and pain
2026-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 鉴定颞下颌关节中的滑膜淋巴系统及其在关节炎和疼痛中的作用 首次在颞下颌关节中发现滑膜淋巴系统,并揭示其功能障碍驱动关节炎和疼痛的机制 主要基于小鼠模型,人类组织样本有限,可能需进一步验证临床相关性 研究颞下颌关节中淋巴系统的存在及其在关节炎和疼痛中的作用 颞下颌关节滑膜淋巴系统 数字病理学 颞下颌关节炎 单细胞RNA测序, 组织透明化, 三维体积成像, 功能遗传学 NA 基因表达数据, 成像数据 使用了遗传报告小鼠和人类组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
12 2026-04-27
Single-cell profiling reveals distinct populations of tumor-associated macrophages and metastatic tumor cells in breast cancer brain metastasis
2026-Apr-25, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序和批量DNA测序,揭示了乳腺癌脑转移中肿瘤相关巨噬细胞和转移性肿瘤细胞的异质性,并鉴定了GABRB3和NRXN1作为脑转移潜能的候选调节因子 首次在单细胞分辨率下系统描绘了乳腺癌脑转移的肿瘤免疫微环境,发现循环TAMs和组织驻留TAMs分别呈现M1样和M2样表型,并鉴定了与脑转移相关的神经相关肿瘤细胞亚型和反复突变 样本量较小(7例患者进行单细胞测序,47例进行批量DNA测序),且功能验证仅在异种移植模型中进行,需进一步在更大队列和临床研究中验证 探索乳腺癌脑转移的分子机制,特别是肿瘤免疫微环境和转移性肿瘤细胞的异质性 乳腺癌脑转移患者 单细胞生物学 乳腺癌脑转移 单细胞RNA测序、批量DNA测序 NA 单细胞转录组数据、DNA突变数据 7例患者(scRNA-seq)和47例患者(批量DNA测序) NA 单细胞RNA-seq, 批量DNA-seq NA NA
13 2026-04-27
PW1+ cells give rise to cardiac adipocytes during development and myofibroblasts following injury
2026-Apr-25, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 本研究利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示了PW1+细胞在心脏发育过程中分化为脂肪细胞,并在心肌梗死后分化为肌成纤维细胞的双重潜能 首次证明PW1+细胞在心脏中具有干细胞特性,可分别贡献于心脏脂肪细胞和肌成纤维细胞的形成,为心脏脂肪生成和纤维化机制提供了新见解 尚未明确PW1+细胞分化的具体分子调控机制,以及其在其他心脏病理条件下的作用 探究PW1+细胞在心脏中的干细胞特性及其在发育和损伤后的分化潜能 小鼠心脏中的PW1+细胞 数字病理学 心血管疾病 遗传谱系追踪、单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 成年小鼠心脏样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
14 2026-04-27
Integrator subunit IntS11 orchestrates the temporal dynamics of neural lineage progression in Drosophila
2026-Apr-25, Cell & bioscience
研究文章 利用果蝇模型揭示Integrator亚基IntS11通过转录调控细胞周期基因和维持长3'UTR异构体来协调神经谱系进展的时间动态 首次发现IntS11作为神经谱系进展的阶段特异性调控因子,通过转录控制细胞周期基因维持神经母细胞增殖,并通过维持长3'UTR异构体稳定分化程序 未提及具体局限性,可能包括需要进一步在哺乳动物模型中验证 探究IntS11在神经谱系进展中的具体调控功能 果蝇神经母细胞及其后代细胞 数字病理学 神经发育疾病 单细胞RNA测序,ChIP-qPCR,FUCCI分析,活体成像,MARCM NA 基因表达数据 果蝇幼虫脑样本,具体数量未在摘要中给出 NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2026-04-27
The dual molecular identity of vestibular kinocilia bridges structural and functional traits of primary and motile cilia
2026-Apr-24, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究揭示了前庭毛细胞动纤毛同时具备初级纤毛和运动纤毛的分子特征,提示其在毛束中可能发挥主动力生成作用 首次通过单细胞RNA测序揭示前庭动纤毛表达运动和初级纤毛相关基因的双重分子身份,并发现其具有自发运动能力 未能在哺乳动物中进行功能验证,运动性机制的分子细节尚不完全明确 阐明前庭毛细胞动纤毛的结构、分子组成和功能特征 成年小鼠前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序、免疫染色、活细胞成像 NA 基因表达数据、图像数据 成年小鼠前庭和耳蜗毛细胞,斑马鱼和人类前庭毛细胞,牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
16 2026-04-27
Pathway-level somatic mutation burden reflects diffuse genomic accumulation rather than selective transcriptional disruption in ovarian serous carcinoma: Evidence from bulk, spatial, and multi-region genomic analyses
2026-Apr-24, Gynecologic oncology IF:4.5Q1
研究论文 通过分析批量、空间和多区域基因组数据,探讨卵巢浆液性癌中肿瘤突变负荷与转录通路活性的关系,发现TMB增加反映弥散性基因组积累而非选择性转录通路破坏 首次在多尺度基因组数据(批量、空间、多区域)中系统验证TMB与转录通路活性的关系,并揭示染色质重塑通路在TMB增加和上皮细胞区隔中优先突变 研究统计效能有限,无法检测到TMB与通路活性的微小关联;仅基于单一癌症类型进行分析 明确卵巢浆液性癌中肿瘤突变负荷增加是否驱动选择性转录通路破坏或反映弥散性基因组积累 卵巢浆液性癌患者的肿瘤样本(包括CPTAC-GDC队列84例、Gray Foundation空间转录组队列43例、MSK SPECTRUM多区域基因组队列42例) 机器学习 卵巢浆液性癌 空间转录组学, 全外显子组测序 NA 基因表达数据, 突变数据, 空间转录组数据 共169例患者(CPTAC-GDC 84例、Gray Foundation 43例、MSK SPECTRUM 42例) NanoString, Illumina 空间转录组学, 批量RNA测序 GeoMx Digital Spatial Profiler, NovaSeq GeoMx空间转录组平台用于原位基因表达分析,Illumina NovaSeq用于全外显子组测序
17 2026-04-27
Translating brain anatomy and disease from mouse to human in latent gene expression space
2026-Apr-24, EBioMedicine IF:9.7Q1
研究论文 利用潜在基因表达空间将小鼠脑解剖和疾病模式翻译至人类 首次构建基于基因表达的定量跨物种共同空间,并通过变分自编码器实现小鼠到人类脑疾病模式的预测性翻译 依赖基因同源性且可能受限于空间转录组数据的物种特异性差异 建立从小鼠到人类脑部研究的定量桥梁框架 小鼠和人类大脑的基因表达数据 机器学习 阿尔茨海默病、帕金森病 空间转录组学 变分自编码器 基因表达数据 小鼠空间转录组数据、人类同源基因数据 NA 空间转录组学 NA NA
18 2026-04-27
Generation of a prop1 knockin zebrafish enables single-cell transcriptomics of early pituitary development
2026-Apr-24, Endocrinology IF:3.8Q2
研究论文 通过构建prop1敲入斑马鱼品系,利用单细胞转录组学研究早期垂体发育 首次生成了prop1敲入斑马鱼报告基因品系,并构建了首个斑马鱼早期垂体发育单细胞图谱 未提及明显的局限性 研究脊椎动物早期垂体发育的细胞和分子机制 斑马鱼和小鼠的早期垂体发育 数字病理学 未指定 单细胞RNA测序、活体成像 NA 单细胞转录组数据、图像 斑马鱼品系及胚胎样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
19 2026-04-27
Type I interferon drives T cell responses to amyloid beta in the central nervous system
2026-Apr-23, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学揭示了APP23转基因小鼠模型中中枢神经系统淀粉样蛋白病理进展过程中,T细胞从依赖于微胶质细胞转变为介导神经炎症的免疫微环境动态变化,并发现I型干扰素驱动CD8+ T细胞对β-淀粉样蛋白的应答 首次在单细胞水平揭示淀粉样蛋白病理晚期T细胞显著增加及其围绕Aβ斑块的聚集现象,鉴定出表达干扰素刺激基因的CD8+ T细胞亚群,并阐明其通过CXCL10-CXCR3轴招募非ISG T细胞的机制 主要基于小鼠模型,人类样本验证范围有限;未深入探讨T细胞亚群的功能异质性及长期效应 研究中枢神经系统淀粉样蛋白病理中适应性免疫系统(特别是T细胞)的动态变化及其调控机制 APP23转基因小鼠模型及人类中枢神经系统淀粉样蛋白病理样本 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 APP23转基因小鼠模型及人类中枢神经系统淀粉样蛋白病理组织样本(具体数量未在摘要中提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
20 2026-04-27
Intragraft clonal expansion of cytotoxic CD8+ and CD4+ T cells in antibody-mediated kidney transplant rejection
2026-Apr-23, Kidney international IF:14.8Q1
研究论文 通过多组学分析揭示了抗体介导的肾移植排斥反应中细胞毒性CD8+和CD4+ T细胞的克隆扩增现象 首次在抗体介导的排斥反应中系统证实CD4+和CD8+细胞毒性T细胞的克隆扩增,挑战了传统AMR与TCMR的二元分类框架 样本量有限(仅16例单细胞测序),且未涉及功能验证实验 探索抗体介导的肾移植排斥反应中T细胞的克隆性和空间组织特征 肾移植活检组织中的CD4+和CD8+ T细胞 数字病理学 肾移植排斥反应 RNA-seq, 单细胞RNA/TCR测序, 多重免疫染色 NA 转录组数据, 单细胞测序数据, 空间蛋白组数据 192例批量转录组、16例单细胞RNA/TCR测序、18例和75例多重免疫染色 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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