单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-02	Organelle symphony: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology 2026-Apr-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404 PMID:40146002	综述	本文综述了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）在缺血性和出血性中风病理生物学中的作用，重点关注它们在氧化应激、炎症和神经保护中的机制	强调了Nrf2和NF-κB在中风病理生理学中的相互作用及其在细胞器间的串扰，提出了通过单细胞测序和空间转录组学开发靶向治疗的新视角	未具体讨论针对Nrf2和NF-κB的靶向治疗在临床实践中的应用挑战和效果	探讨Nrf2和NF-κB在中风病理生物学中的作用及其潜在的治疗靶点	核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）	神经科学	中风	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
2	2025-07-02	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的抗肿瘤效应	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并支持组合免疫疗法策略的开发	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	阐明局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK cells）	免疫治疗	乳腺癌	scRNAseq	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
3	2025-07-02	TSC2/mTORC1 integrates deoxynivalenol signals recognized by membrane receptors IR and EGFR to restrict intestinal stem cell function 2025-Aug-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138769 PMID:40466374	研究论文	该研究探讨了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）如何通过膜受体IR和EGFR整合信号，进而通过TSC2/mTORC1通路限制肠道干细胞功能	揭示了DON通过膜受体IR和EGFR与TSC2/mTORC1通路的相互作用机制，以及IR/EGFR过表达对DON诱导的肠道干细胞损伤的修复作用	研究主要基于体外和离体模型，未在完整动物模型中验证	探究DON如何通过膜受体信号通路影响肠道干细胞功能	猪肠道类器官和IPEC-J2细胞系	细胞生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、等温滴定量热法（ITC）	NA	基因表达数据	NA
4	2025-07-02	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus 2025-Aug, Molecular oral microbiology IF:2.8Q3 DOI:10.1111/omi.12495 PMID:40366262	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓中T细胞的功能耗竭状态	首次使用单细胞RNA测序技术分析口腔扁平苔藓患者T细胞的组成和异质性，揭示了CD8+耗竭T细胞的关键作用	样本量较小（仅3名患者和3名健康对照），且动物模型与人类疾病存在差异	探究口腔扁平苔藓免疫微环境中T细胞的特征及其在疾病发生中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织，以及小鼠慢性炎症模型	免疫学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、HE染色、免疫荧光染色	小鼠慢性炎症模型	基因表达数据、组织病理学图像	3名口腔扁平苔藓患者和3名健康个体的组织样本，以及小鼠模型
5	2025-07-02	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2) CreERT2 2025-Aug, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70021 PMID:40580015	研究论文	本研究利用Contactin-2 (Cntn2) CreERT2小鼠模型追踪发育中鼻子内的早期迁移神经元	开发了一种可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，用于时间控制地追踪和操纵特定神经元群体	研究中可用的分子标记数量有限，可能影响对早期迁移神经元的全面追踪	研究发育中嗅觉系统的神经元迁移过程	啮齿动物发育中鼻子内的早期迁移神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
6	2025-07-02	From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.020 PMID:40567162	研究论文	本研究系统描述了成年斑马鱼在视神经横断后5周内的再生动态，包括视网膜、视神经和大脑的时空协调恢复过程	首次全面揭示了斑马鱼视觉通路在视神经损伤后的时空再生动态，并建立了与功能恢复的关联	研究仅聚焦于斑马鱼模型，结果向哺乳动物（尤其是人类）的转化潜力仍需进一步验证	阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空动态机制	成年斑马鱼的视觉通路（视网膜、视神经和大脑）	神经再生	视神经损伤	H&E染色、免疫组化、透射电镜、单细胞RNA测序、视动反应(OKR)行为评估	斑马鱼模型	组织学图像、转录组数据、行为数据	未明确说明样本数量，研究持续5周时间
7	2025-07-02	Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112023 PMID:40585359	研究论文	本研究利用机器学习方法开发了一个基于缺氧微环境的11基因特征，用于预测胶质瘤患者的临床结果	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了缺氧微环境中不同类型细胞间的异质性通讯，并开发了一个比现有100多个已发表特征更准确的预后工具	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	开发一个缺氧相关的特征来改善胶质瘤患者的预后预测	胶质瘤患者	机器学习	胶质瘤	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	六个队列的数据
8	2025-07-02	Mature megakaryocytes acquire immune characteristics in a mouse model of aplastic anemia 2025-Jul-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了成熟巨核细胞在再生障碍性贫血中获得的免疫特性	发现了成熟巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中表现出免疫激活特征，并具有抗原呈递细胞的功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的非血小板生成功能	小鼠模型和再生障碍性贫血患者的巨核细胞	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电子显微镜	小鼠免疫性骨髓衰竭模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型和部分人类患者样本
9	2025-07-02	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	review	本文综述了骨质疏松症的基因表达和激素信号传导机制及其在临床治疗中的突破	介绍了单细胞RNA测序和长链非编码RNA等最新研究进展，以及基于遗传和激素变异的个体化治疗方法	需要进一步研究和临床合作将这些新发现转化为实际医疗应用	探讨骨质疏松症的分子机制和临床治疗新方法	骨质疏松症的基因表达和激素信号传导	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
10	2025-07-02	FLI1 and GATA1 govern TLN1 transcription: new insights into FLI1-related platelet disorders 2025-Jul-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.286372 PMID:39744817	研究论文	本研究旨在阐明FLI1变异对人类巨核细胞和血小板的影响，揭示了FLI1与GATA1在TLN1转录调控中的新机制	发现FLI1变异通过影响与GATA1的协同转录活性导致talin-1缺乏，从而影响血小板功能，并提出了talin-1作为FLI1变异致病性分类的生物标志物	研究仅针对四种FLI1变异，样本量有限，且体外实验结果需进一步在体内验证	探究FLI1变异导致血小板功能障碍的分子机制	人类巨核细胞和血小板	分子生物学	血小板功能障碍	单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	患者巨核细胞和血小板样本（具体数量未明确提及）
11	2025-07-02	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中癌症干细胞(CSC)通过外泌体TSPAN8增强非干细胞癌细胞(NSCC)的干细胞特性并促进恶性进展的机制	首次发现CSC分泌的TSPAN8富集外泌体通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强NSCC的干细胞特性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导的细胞间通讯机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症干细胞(CSC)和非干细胞癌细胞(NSCC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本数量，使用PDAC细胞系和动物模型
12	2025-07-02	Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA PMID:40392631	研究论文	比较了基于液滴和微孔板的两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法对人类BAL液细胞的适用性	首次比较了液滴和微孔板两种方法在冷冻保存人类BAL液细胞后进行单细胞RNA测序的效果	仅使用了四个BALF样本，样本量较小	评估和比较两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BAL液细胞中的应用效果	人类BAL液细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四个BALF样本
13	2025-07-02	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jul, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	综述	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中不同B细胞亚群的异质性及其功能多样性，揭示了B细胞在肿瘤免疫中的双重作用	肿瘤浸润B细胞与非免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用仍不明确	探讨B细胞亚型在结直肠癌中的作用及其在肿瘤微环境中的功能	肿瘤浸润B细胞（TIBs）及其在结直肠癌肿瘤微环境中的亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
14	2025-07-02	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jul, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	研究论文	本文介绍了一种高效的类器官切割方法，用于长期培养和高通量分析	利用3D打印技术制造切割夹具，提高了切割效率和一致性，同时设计了模具方法用于创建密集排列的类器官阵列和冷冻切片	未提及具体类器官类型的适用性限制或长期培养中的潜在问题	解决类器官长期培养中的缺氧和营养限制问题，提高培养效率和样本制备一致性	人类多能干细胞(hPSC)衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术、GelMA或Geltrex包埋、OCT包埋	NA	NA	未明确提及具体样本数量
15	2025-07-02	Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation 2025-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02190-y PMID:40537510	research paper	该研究通过整合全肝叶成像和小鼠肝脏中CX3CR1细胞的单细胞RNA测序分析，发现了一种新型的肝门区巨噬细胞（LPAMs），其在维持肝脏免疫稳态中发挥重要作用	识别了一种新型的CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs），并揭示了其在肝脏免疫稳态中的独特功能和与交感神经的密切互动	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究肝脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其在肝脏免疫稳态中的作用	小鼠肝脏中的CX3CR1细胞	免疫学	非酒精性脂肪性肝炎	全肝叶成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	小鼠肝脏样本
16	2025-07-02	Putting AML Differentiation States on the BoneMarrowMap 2025-Jul-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0083 PMID:40294281	研究论文	本文介绍了一种名为'BoneMarrowMap'的新型计算工具，用于将白血病单细胞RNA测序数据集映射到造血分化状态	开发了'BoneMarrowMap'工具，发现了12种与预后和治疗相关的复发性急性髓系白血病分化模式，并解析了单个患者体内的白血病克隆结构	NA	开发计算工具以分析白血病单细胞RNA测序数据，并探索其与造血分化状态的关系	急性髓系白血病(AML)患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大规模单细胞RNA测序数据集
17	2025-07-02	Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma 2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16985 PMID:40296254	研究论文	通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数	首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分系统，并验证了TIMP1作为潜在治疗靶点	需要进一步的临床验证来确认TIMP1作为治疗靶点的有效性	研究结肠腺癌中与胞葬作用相关的基因及其在预后和治疗中的意义	结肠腺癌(COAD)患者	数字病理学	结肠癌	单细胞测序、多组学数据分析、机器学习	机器学习算法	多组学数据	162个与胞葬作用相关的基因(ERRGs)，其中22个在结肠腺癌中失调
18	2025-07-02	T-cell differentiation stage block bias confers hypermethylation and mediastinal preference in T-cell lymphoblastic lymphoma 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70380 PMID:40579780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序，揭示了T-LBL中恶性T细胞主要在DN和DP阶段受阻，并探讨了这种阻滞模式如何导致免疫抑制微环境和纵隔偏好	首次从分化阻滞的角度揭示了T-LBL和T-ALL的异质性，并发现E2F2通过上调UHRF1导致肿瘤抑制基因高甲基化的新机制	研究样本主要来自单一中心，可能影响结果的广泛适用性	重新评估T-LBL和T-ALL之间的差异，探索其分子机制和治疗靶点	T细胞淋巴母细胞淋巴瘤(T-LBL)和T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)	肿瘤学	淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)	NA	流式细胞数据, 体细胞突变数据, 单细胞测序数据, 表达阵列数据	NCH-TALL-LBL队列(具体数量未明确说明)
19	2025-07-02	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了人类烧伤伤口微环境的多样性	首次应用空间转录组学技术于烧伤组织，揭示了不同烧伤深度区域的基因表达空间模式及其与细胞类型和生物通路的关联	提供了该技术在烧伤组织中应用的注意事项	理解人类烧伤伤口微环境并识别具有再生潜力的特定区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量
20	2025-07-02	CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae269 PMID:39568061	研究论文	本研究通过单细胞和单核RNA测序技术，探讨了CD38连接在脓毒症中的作用及其通过NAMPT信号通路促进肾脏基质细胞产生IL-6的机制	揭示了CD38连接通过NAMPT信号通路促进肾脏基质细胞产生IL-6的新机制，并提出了NAMPT作为脓毒症治疗的新靶点	研究主要基于LPS诱导的脓毒症小鼠模型，人类样本的验证相对有限	阐明CD38连接在脓毒症中的作用及其潜在治疗靶点	小鼠腹膜免疫细胞、LPS诱导的脓毒症小鼠模型及人类脓毒症组织	免疫学	脓毒症	scRNA-seq, snRNA-seq	LPS诱导的脓毒症小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	小鼠模型及人类脓毒症组织样本