单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 19921 - 19940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19921 | 2024-08-08 |
Metabolic-related gene pairs signature analysis identifies ABCA1 expression levels on tumor-associated macrophages as a prognostic biomarker in primary IDHWT glioblastoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.869061
PMID:36248907
|
研究论文 | 本研究通过分析代谢相关基因对签名，确定了肿瘤相关巨噬细胞中ABCA1表达水平作为原发性IDHWT胶质母细胞瘤的预后生物标志物。 | 开发了一种基于代谢相关基因对的预后签名，用于原发性IDHWT胶质母细胞瘤患者的个性化管理。 | NA | 开发一种针对IDHWT胶质母细胞瘤患者的稳健预后签名。 | 原发性IDHWT胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织和临床数据。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共分析了377个样本，包括204个训练集样本和173个验证集样本。 |
| 19922 | 2024-08-08 |
Expression Analysis of Ligand-Receptor Pairs Identifies Cell-to-Cell Crosstalk between Macrophages and Tumor Cells in Lung Adenocarcinoma
2022, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2022/9589895
PMID:36249427
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了肺腺癌中的配体-受体对表达，揭示了巨噬细胞与肿瘤细胞之间的细胞间对话。 | 首次在肺腺癌中详细分析了巨噬细胞与肿瘤细胞之间的自分泌和旁分泌网络，并构建了基于细胞间相互作用的机器学习预测模型。 | 研究依赖于已发表文献和公开数据库中的样本，可能存在数据来源的局限性。 | 探索肺腺癌中巨噬细胞与肿瘤细胞之间的细胞间通信，并识别与患者预后相关的关键基因对。 | 肺腺癌患者的单细胞和批量RNA测序样本，以及巨噬细胞和肿瘤细胞的细胞亚型。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 159,219个单细胞（包括18,248个肿瘤细胞和29,520个巨噬细胞） |
| 19923 | 2024-08-08 |
Identification of cellular heterogeneity and immunogenicity of chondrocytes via single-cell RNA sequencing technique in human osteoarthritis
2022, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2022.1004766
PMID:36249797
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人骨关节炎中软骨细胞的异质性和免疫原性 | 首次定义了八种具有不同生物学功能的软骨细胞亚型，并发现效应软骨细胞和纤维软骨细胞可能促进骨关节炎的发展 | NA | 探索软骨细胞的生物学功能和标志物，以促进骨关节炎的准确诊断和靶向治疗 | 人骨关节炎中的软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 19924 | 2024-08-08 |
SCAN-IT: Domain segmentation of spatial transcriptomics images by graph neural network
2021-Nov, BMVC : proceedings of the British Machine Vision Conference. British Machine Vision Conference
PMID:36227018
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的方法SCAN-IT，通过将空间域识别问题转化为图像分割问题，利用图神经网络对空间转录组图像进行域分割 | SCAN-IT方法结合了几何建模、图神经网络和DeepGraphInfomax信息学方法，能够处理来自不同空间转录组技术的数据，包括高空间分辨率低基因覆盖率和低空间分辨率高基因覆盖率的数据 | NA | 开发一种新的方法用于空间转录组图像的域分割，以更好地理解和控制生物功能 | 复杂生物组织的空间和功能域分割 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络 | 图像 | NA |
| 19925 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomic analysis delineates epithelial and mesenchymal subpopulations and transition stages in childhood ependymoma
2023-04-06, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noac219
PMID:36215273
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研究论文 | 利用空间转录组学分析了儿童脑肿瘤神经上皮瘤的细胞亚群和转变阶段 | 揭示了儿童神经上皮瘤的细胞组成及其在肿瘤进展中的相互作用 | 研究未说明样本的具体数量和来源 | 加深对儿童神经上皮瘤微环境的理解 | 儿童神经上皮瘤后脑室亚组A（PFA） | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19926 | 2024-08-05 |
The heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations: Their origins, biomarkers, and roles in the tumor microenvironment
2023-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15609
PMID:36197901
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研究论文 | 本文探讨了癌症相关成纤维细胞亚群体的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | 本研究通过单细胞转录组学策略分析CAFs的不同亚群体及其来源和生物标志物 | 未提及具体的实验数据和样本规模，可能影响结论的普适性 | 旨在深入探讨癌症相关成纤维细胞在不同肿瘤中的角色 | 研究癌症相关成纤维细胞的不同亚群体及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 胃癌，结直肠癌，胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 19927 | 2024-08-05 |
Single-cell Transcriptomics Reveals Early Molecular and Immune Alterations Underlying the Serrated Neoplasia Pathway Toward Colorectal Cancer
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.10.001
PMID:36216310
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研究论文 | 本研究揭示了锯齿性肿瘤途径与结直肠癌相关的早期分子和免疫改变 | 首次通过单细胞转录组学描绘了锯齿性病变中的分子和免疫改变 | 研究样本数量有限，可能影响研究结果的广泛性 | 解析锯齿性病变中尚未明确的分子和免疫改变 | 16个锯齿性病变样本与3个正常结肠组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 19个样本（16个锯齿性病变，3个正常结肠组织） |
| 19928 | 2024-08-08 |
Implications of microglial heterogeneity in spinal cord injury progression and therapy
2023-01, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2022.114239
PMID:36216123
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综述 | 本文综述了微胶质细胞在脊髓损伤进展和治疗中的异质性及其作用 | 利用单细胞RNA测序(Sc-RNAseq)等技术，深入研究了微胶质细胞在整个生命周期中的异质性 | NA | 探讨微胶质细胞在脊髓损伤中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 微胶质细胞在脊髓损伤中的异质性及其功能 | NA | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序(Sc-RNAseq) | NA | NA | NA |
| 19929 | 2024-08-08 |
Integrative genomic and transcriptomic profiling reveals distinct molecular subsets in adult mixed phenotype acute leukemia
2023-01, American journal of hematology
IF:10.1Q1
DOI:10.1002/ajh.26758
PMID:36219502
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研究论文 | 本研究通过综合基因组和转录组分析方法，探索了176名成人混合表型急性白血病患者的分子特征，并定义了八个具有独特突变和基因表达特征的分子亚群 | 首次通过综合基因组和转录组分析方法，定义了混合表型急性白血病的八个分子亚群，并分析了各亚群的基因突变和表达特征 | 研究样本主要集中在成人患者，且样本量相对有限，可能影响结果的普遍性 | 通过综合基因组和转录组分析，揭示混合表型急性白血病的分子特征，以促进更精确的诊断和治疗 | 176名成人混合表型急性白血病患者及其分子特征 | 数字病理学 | 白血病 | 下一代测序, RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 176名成人混合表型急性白血病患者，包括86名T-淋巴/髓系MPAL患者，42名Ph+ MPAL患者，36名B-淋巴/髓系MPAL患者，4名t(v;11q23)患者，8名MPAL, NOS, 罕见类型患者 |
| 19930 | 2024-08-08 |
H3K4me3 as a target of di(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP) impairing primordial follicle assembly
2023-Jan, Chemosphere
IF:8.1Q1
|
研究论文 | 本研究探讨了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)对原始卵泡组装的影响及其分子机制，特别是H3K4me3的作用。 | 发现Smyd3-H3K4me3是DEHP对小鼠早期卵泡发生过程中原始卵泡形成的新的有害ER介导效应的目标，并强调表观遗传变化作为DEHP等内分泌干扰物的重要目标。 | NA | 研究DEHP对原始卵泡组装的影响及其分子机制。 | 小鼠卵巢中的原始卵泡和H3K4me3水平。 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 从DEHP暴露的母亲的后代卵巢中获取样本 |
| 19931 | 2024-08-08 |
Subcapsular Sinus Macrophages Promote Melanoma Metastasis to the Sentinel Lymph Nodes via an IL1α-STAT3 Axis
2022-12-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0225
PMID:36206577
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研究论文 | 研究了皮肤来源的肿瘤细胞通过淋巴管迁移至前哨淋巴结（sLN）的过程，并探讨了亚被膜窦（SS）中的巨噬细胞通过IL1α-STAT3轴促进黑色素瘤转移的机制 | 发现了亚被膜窦中的巨噬细胞在识别肿瘤抗原后产生促肿瘤的IL1α，并通过单细胞RNA测序揭示了IL1α信号在转移性肿瘤细胞中的STAT3为主要靶点 | NA | 探讨黑色素瘤转移至前哨淋巴结的机制及潜在的免疫治疗策略 | 亚被膜窦中的巨噬细胞、IL1α、STAT3信号通路 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从接受IL1α特异性阻断抗体治疗的动物中获取的微切割转移样本 |
| 19932 | 2024-08-08 |
Cellular Landscapes of Nondiseased Human Cardiac Valves From End-Stage Heart Failure-Explanted Heart
2022-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318314
PMID:36200446
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研究论文 | 探索来自终末期心力衰竭患者的心脏移植中的非病变人类心脏瓣膜的细胞景观 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面分析非病变人类心脏瓣膜叶片的细胞景观，并结合生物信息学方法识别细胞类型、描述细胞功能及研究细胞发育轨迹和相互作用 | 研究仅限于非病变心脏瓣膜，未涉及病变瓣膜的情况 | 探索心脏瓣膜疾病的细胞层面机制，以识别新的治疗靶点 | 来自终末期心力衰竭患者的心脏移植中的非病变人类心脏瓣膜叶片 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 5个主动脉瓣、5个肺动脉瓣、5个三尖瓣和3个二尖瓣，共128,412个细胞 |
| 19933 | 2024-08-08 |
Review: Challenges and perspectives in applying single nuclei RNA-seq technology in plant biology
2022-Dec, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2022.111486
PMID:36202294
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综述 | 本文综述了单核RNA测序技术在植物生物学中的应用挑战与前景 | 探讨了单细胞转录组在植物细胞发育和环境应激响应中的动态调控 | 讨论了使用植物原生质体与核进行单细胞RNA测序实验的优缺点 | 支持基因功能研究，建立精确的转录程序，预测更准确的基因调控网络，并长期设计新基因途径以增强选定作物性状 | 植物细胞的转录组及其在细胞发育和环境应激中的调控 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多种植物物种和器官的细胞 |
| 19934 | 2024-08-08 |
Thyroid hormone regulators in human cerebral cortex development
2022-12-01, The Journal of endocrinology
IF:3.4Q2
DOI:10.1530/JOE-22-0189
PMID:36219489
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review | 本文综述了甲状腺激素在人类大脑皮层发育中的调控作用 | 利用单细胞转录组学方法分析了发育中的人类大脑皮层的单细胞RNA-Seq数据，提供了甲状腺激素转运蛋白、脱碘酶和受体在特定细胞中表达的新见解 | 由于小鼠和人类大脑之间的根本差异，小鼠疾病模型并不完全令人满意 | 探讨甲状腺激素在人类新皮层发育中的病理生理学背景 | 人类大脑皮层发育中的甲状腺激素调控 | NA | NA | 单细胞RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 19935 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics shows moxibustion promotes hippocampus astrocyte and neuron interaction
2022-Dec-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2022.121052
PMID:36220370
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研究论文 | 本研究探讨了艾灸通过促进海马体星形胶质细胞与神经元之间的相互作用，从而改善阿尔茨海默病小鼠的认知功能 | 本研究首次采用空间转录组学技术评估艾灸对阿尔茨海默病小鼠星形胶质细胞与神经元相互作用的影响 | NA | 研究艾灸是否能通过促进星形胶质细胞与神经元之间的相互作用，增强突触可塑性，从而缓解阿尔茨海默病的认知障碍 | 阿尔茨海默病小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | APP/PS1小鼠 |
| 19936 | 2024-08-08 |
scHiCPTR: unsupervised pseudotime inference through dual graph refinement for single-cell Hi-C data
2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac670
PMID:36205615
|
研究论文 | 本文介绍了scHiCPTR，一种基于图的无监督流程，用于从单细胞Hi-C接触矩阵中推断伪时间 | scHiCPTR通过双图优化过程优化图结构，有助于减少噪声导致的虚假细胞连接，并确定全局发育方向性 | NA | 研究如何利用单细胞Hi-C接触矩阵构建伪时间路径，以沿着发育轨迹对细胞进行排序 | 单细胞Hi-C接触矩阵 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C技术 | 图模型 | 矩阵数据 | NA |
| 19937 | 2024-08-08 |
PPMS: A framework to Profile Primary MicroRNAs from Single-cell RNA-sequencing datasets
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac419
PMID:36209413
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PPMS的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中分析初级微小RNA（pri-miRNA） | PPMS框架能够以细胞类型分辨率对pri-miRNA进行分析和定量，这是目前其他计算方法所不具备的 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在单细胞水平上分析和定量pri-miRNA | pri-miRNA在不同细胞类型和细胞状态中的分布及其与细胞/读取序列数量的关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | RNA序列数据 | 包括人类心脏的不同腔室、人类多能干细胞分化为心肌细胞以及感染了严重急性呼吸综合征冠状病毒2的hiPSCs衍生心肌细胞的公开单细胞RNA测序数据 |
| 19938 | 2024-08-08 |
Subclones of bone marrow CD34+ cells in acute myeloid leukemia at diagnosis confer responses of patients to induction chemotherapy
2022-11-15, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.34481
PMID:36197314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了新诊断急性髓系白血病（AML）患者骨髓CD34+细胞的异质性，并根据患者对诱导化疗的反应将其分为敏感组和耐药组 | 本研究首次揭示了CD34+细胞亚群与AML患者对诱导化疗反应的关系，并提供了预测患者反应的生物标志物 | NA | 研究AML患者骨髓CD34+细胞的异质性与对诱导化疗反应的关系 | 急性髓系白血病患者的骨髓CD34+细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新诊断的AML患者骨髓CD34+细胞样本 |
| 19939 | 2024-08-08 |
Angiotensin-converting Enzyme-2 (ACE2) Expression in Pediatric Liver Disease
2022 Nov-Dec 01, Applied immunohistochemistry & molecular morphology : AIMM
IF:1.3Q3
DOI:10.1097/PAI.0000000000001068
PMID:36222506
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研究论文 | 本文研究了儿童免疫介导性肝病中血管紧张素转换酶2（ACE2）的表达情况 | 采用了新的方法学来评估ACE2在儿童肝病中的表达，并使用计算深度学习分割模型和空间转录组学进行分析 | 需要进一步研究ACE2在慢性疾病和急性感染中的作用 | 更好地理解ACE2在肝病中的存在及其在感染如COVID-19中的作用 | 儿童免疫介导性肝病中的ACE2表达 | NA | 肝病 | 免疫荧光染色、共聚焦显微镜、酶联免疫吸附试验、空间转录组学 | 深度学习模型 | 组织、血液 | 儿童和成人肝病及对照组织样本 |
| 19940 | 2024-08-08 |
BATF epigenetically and transcriptionally controls the activation program of regulatory T cells in human tumors
2022-10-14, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abk0957
PMID:36206353
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研究论文 | 本文研究了BATF在人肺肿瘤微环境中对调节性T细胞的表观遗传和转录调控作用 | 首次揭示了BATF通过表观遗传调控激活相关基因表达，从而影响T细胞在肿瘤微环境中的分化和功能 | NA | 探讨BATF在肿瘤微环境中对调节性T细胞分化和功能的调控机制 | 人肺肿瘤中的调节性T细胞及其表观遗传和转录调控 | 数字病理学 | 肺癌 | ATAC测序、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据 | NA |