单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 43167 篇文献,本页显示第 1961 - 1980 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1961 2026-08-20
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了ConDecon,一种不依赖聚类的方法,利用单细胞RNA-seq数据推断批量组织中每个细胞的细胞状态存在可能性,从而进行表达去卷积,并在小儿室管膜瘤中发现了神经退行性小胶质细胞炎症通路与间质转化的关联。 提出聚类无关的ConDecon方法,无需预先定义离散细胞类型,可直接推断细胞状态的存在可能性,提高了表型分辨率和功能。 摘要未明确提及局限性。 开发并验证一种不依赖聚类的去卷积方法,以更精细地解析批量组织中的细胞组成和连续生物学过程。 小儿室管膜瘤组织样本,以及单细胞RNA-seq和批量组织RNA-seq数据。 机器学习 小儿室管膜瘤 单细胞RNA测序、批量RNA测序、ATAC测序 NA 基因表达数据 未明确给出具体样本量 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序、批量ATAC测序 NA NA
1962 2026-08-20
Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory
2024-08-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究利用可动态软化和硬化的水凝胶生物材料,发现骨骼肌干细胞具有对基质硬度的机械记忆,且这种记忆可通过靶向RhoA信号通路克服 首次证明骨骼肌干细胞在培养初期对基质硬度形成持久机械记忆,并通过单细胞RNA测序揭示其分子特征 未明确说明,但可能涉及体外模型与体内环境的差异 探究骨骼肌干细胞是否对过去微环境具有机械记忆,并寻找克服干细胞功能障碍的方法 骨骼肌干细胞(MuSCs) 生物材料学,干细胞生物学 肌肉萎缩症,衰老相关疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未提供具体样本量 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium 单细胞3'测序
1963 2026-08-20
Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics
2024-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组学数据,学习细胞状态向量场,量化非平衡驱动力,揭示细胞分化和重编程的物理原理。 提出从单细胞RNA速度学习细胞状态向量场,量化全局非平衡驱动力为景观和通量,发现最优路径偏离梯度路径且不经过鞍点,挑战了传统过渡态估计。 摘要中未提及局限性。 揭示细胞分化和重编程的物理原理和驱动力,提供理解细胞命运决定的框架。 干细胞/祖细胞、细胞分化与重编程过程、细胞间相互作用和基因调控网络。 机器学习 NA 单细胞RNA测序 向量场学习 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1964 2026-08-20
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文评估了大型语言模型GPT-4在单细胞RNA-seq分析中利用标记基因信息进行细胞类型注释的准确性,并开发了R软件包GPTCelltype以支持自动化注释。 首次系统评估GPT-4在单细胞RNA-seq细胞类型注释中的表现,并提供了用户友好的R软件包,可显著减少人工注释所需的工作量和专业知识。 摘要中未提及明确的局限性。 评估GPT-4在单细胞RNA-seq分析中的细胞类型注释能力,并开发自动化注释工具。 数百种组织和细胞类型的单细胞RNA-seq数据。 自然语言处理,计算生物学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) GPT-4(大型语言模型) 单细胞基因表达数据(文本格式的标记基因信息) 数百种组织和细胞类型(具体数量未说明)。 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA NA
1965 2026-08-20
Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis
2024-08-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析接受免疫检查点治疗的患者心脏和骨骼肌活检样本,揭示了与免疫相关心肌炎和肌炎不良临床结局相关的分子通路和细胞亚群 首次在活体患者中通过单细胞RNA测序对免疫相关心肌炎和肌炎组织进行全面分析,识别出FcγRIIIa(CD16a)表达的髓系细胞亚群和炎症性IL1B+TNF+髓系细胞与不良预后相关联 样本量较小,特别是仅有一例单独心肌炎病例,且研究未进行功能验证实验 阐明免疫检查点治疗诱导的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫细胞亚群,寻找改善治疗和预后的新靶点 免疫检查点治疗并发心肌炎和/或肌炎的癌症患者,以及接受免疫检查点治疗但无毒性反应的患者作为对照 数字病理学 免疫相关心肌炎和肌炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 11例患者(10例重叠心肌炎和肌炎,1例单独心肌炎)及9例对照,共58,523个细胞 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
1966 2026-08-20
bHLH transcription factors cooperate with chromatin remodelers to regulate cell fate decisions during Arabidopsis stomatal development
2024-08, PLoS biology IF:7.8Q1
研究论文 该论文研究了拟南芥气孔发育过程中bHLH转录因子与染色质重塑因子协同调控细胞命运决定的机制 通过整合scRNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq和邻近标记技术,揭示了bHLH转录因子通过招募SWI/SNF复合物和组蛋白乙酰转移酶HAC1来克服染色质抑制状态、激活靶基因的新机制 未明确阐述研究局限性 理解表观基因组、顺式调控元件和转录因子如何共同控制拟南芥气孔发育中的细胞命运决定 拟南芥叶片表皮中的气孔发育过程,特别是meristemoid细胞的命运转变 机器学习和基因组学 NA scRNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、邻近标记 NA 基因表达数据、染色质可及性数据、蛋白质互作数据 NA NA 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、MNase测序 NA NA
1967 2026-08-20
Spatial Dissection of the Immune Landscape of Solid Tumors to Advance Precision Medicine
2024-07-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1
综述 本文综述了空间多组学技术在实体瘤免疫微环境研究中的应用,以推进精准医学发展 强调空间转录组学和蛋白质组学技术在保留肿瘤微环境地理信息的同时进行高吞吐量RNA和蛋白质分析,以深入表征肿瘤免疫景观 未明确指出,但综述可能受限于当前空间多组学技术的高成本和复杂性 通过空间多组学剖析实体瘤免疫景观,以改善预后预测和治疗反应,指导个性化治疗 实体恶性肿瘤中的免疫细胞、肿瘤细胞及基质细胞 数字病理学 实体瘤 空间转录组学、空间蛋白质组学 NA 空间组学数据(RNA和蛋白质表达数据) NA NA 空间转录组学, 空间蛋白质组学 NA NA
1968 2026-08-20
Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
2024-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞测序技术分析了胶质母细胞瘤患者的肿瘤浸润CD8+ T细胞,发现其主要是克隆扩增的GZMK+效应T细胞群体。 首次揭示了GBM中CD8+ TIL以GZMK+效应T细胞为主,而非经典的耗竭性T细胞,并在蛋白质水平验证了这一发现。 样本量较小(15例),且未对GZMK+ T细胞的功能进行深入验证,缺乏对治疗意义的直接测试。 探索胶质母细胞瘤中肿瘤浸润T细胞的特征,以理解免疫治疗疗效有限的原因。 15例高级别胶质瘤患者(包括GBM或IDH突变型星形细胞瘤4级)的肿瘤浸润T细胞。 单细胞免疫组学 胶质母细胞瘤 CITE-seq, 单细胞RNA测序, 配对V(D)J测序 NA 单细胞转录组和表位数据、T细胞受体序列数据 15例患者 10x Genomics 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,CITE-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序,10x Chromium单细胞V(D)J测序,CITE-seq
1969 2026-08-20
Branching topology of the human embryo transcriptome revealed by Entropy Sort Feature Weighting
2024-06-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究介绍了一种名为连续熵排序特征加权(cESFW)的替代特征选择方法,用于分析单细胞转录组数据,并应用于人类早期胚胎发育的转录组分析 提出cESFW作为一种无需预设高变基因的数学框架,在合成数据集上优于传统HVG选择,并在未平滑或增强原始计数矩阵的情况下,实现高分辨率嵌入,揭示胚胎发育中的分支拓扑和新的细胞状态 摘要未明确提及局限性,可能包括对合成数据依赖、样本合并偏差或分析方法的适用性限制 开发并验证一种改进的特征选择方法,以解析人类胚胎早期发育的单细胞转录组谱系决策和细胞状态 人类早期胚胎发育的细胞,包括从八细胞期到植入后阶段的细胞,以及多能干细胞培养物 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 不适用(基于熵排序的数学方法,非深度学习模型) 单细胞基因表达数据(计数矩阵) 六个合并的单细胞RNA-seq数据集,覆盖人类早期胚胎发育阶段,具体细胞数量未提供 不适用 单细胞RNA-seq 不适用 不适用
1970 2026-08-20
Single cell transcriptomics reveals distinct transcriptional responses to oxycodone and buprenorphine by iPSC-derived brain organoids from patients with opioid use disorder
2024-06, Molecular psychiatry IF:9.6Q1
研究论文 利用iPSC来源的脑类器官进行单核RNA测序,揭示了阿片类药物使用障碍患者对羟考酮和丁丙诺啡的不同转录反应 首次利用单细胞转录组学技术,在iPSC来源的脑类器官中比较羟考酮和丁丙诺啡对患者特异性的细胞类型特异性转录反应,并发现羟考酮激活STAT1和I型干扰素信号通路 研究仅包括三名男性OUD患者,样本量较小,且使用iPSC来源的脑类器官可能无法完全模拟体内脑环境的复杂性 在单细胞水平上理解阿片类药物如何调节脑细胞类型功能,特别是比较羟考酮和丁丙诺啡对OUD患者脑类器官的转录影响 来自三名男性OUD患者的iPSC来源的前脑类器官 转录组学 阿片类药物使用障碍 单核RNA测序 Seurat整合分析流程 单核RNA测序数据 25787个细胞,来自三名OUD患者的iPSC来源前脑类器官 NA 单核RNA-seq NA NA
1971 2026-08-20
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过重建单细胞转录组和表观遗传谱的基因调控网络,揭示调控血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素,并识别出RUNX1和TIMP1等新的调控因子。 利用单细胞转录组和表观遗传谱重建基因调控网络,结合计算机模拟扰动分析,优先识别出RUNX1和TIMP1作为新的增殖调控因子,并验证TIMP1通过CD74介导的STAT3信号促进增殖。 未提及具体限制。 阐明控制血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素,并识别具有临床潜力的疾病靶点。 血管平滑肌细胞(VSMCs),包括增殖倾向、损伤响应和非响应状态的VSMCs。 单细胞转录组学、表观遗传学、基因调控网络 血管疾病(导致心脏病和中风) 单细胞RNA测序、表观遗传分析(如ATAC-seq)、基因调控网络重建、计算机模拟扰动分析 基因调控网络模型 单细胞转录组数据、表观遗传数据 未提及具体样本数量。 NA 单细胞RNA测序、表观遗传分析 NA NA
1972 2026-08-20
Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses
2024-05-15, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究通过结合小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元的单细胞RNA测序图谱与伪时间分析,建立了一个探究背侧脊髓中神经命运决定和发育轨迹的资源,并验证了其有效性 开发了一个结合单细胞RNA-Seq图谱与伪时间分析的在硅资源,用于研究背侧中间神经元的命运决定,并通过原位杂交实验在体内验证了预测的候选基因 未明确提及局限性 探究背侧脊髓中背侧中间神经元的命运决定和发育轨迹的分子机制 小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元及发育中的小鼠脊髓 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序 伪时间分析 基因表达数据 未提供具体样本数量 未提供 单细胞RNA测序 未提供 未提供
1973 2026-08-20
PDGFRα+ITGA11+ fibroblasts foster early-stage cancer lymphovascular invasion and lymphatic metastasis via ITGA11-SELE interplay
2024-04-08, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学,鉴定出早期膀胱癌中一种新的PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞亚群,并揭示其通过ITGA11-SELE相互作用促进淋巴管生成和早期癌症淋巴血管浸润及淋巴结转移的机制 首次在早期膀胱癌中鉴定出PDGFRα+ITGA11+ CAF亚群,并阐明其通过ITGA11-SELE相互作用激活SRC-p-VEGFR3-MAPK通路促进淋巴管生成及通过CHI3L1调节基质促进癌细胞浸润的机制 研究主要基于早期膀胱癌样本,可能不适用于其他癌症类型;机制验证主要在细胞和动物模型中,临床转化仍需进一步验证 阐明早期癌症中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在淋巴血管浸润和淋巴结转移中的作用机制 早期膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞亚群及其与淋巴管内皮细胞的相互作用 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序、空间转录组学 CAF特异性缺陷小鼠模型 单细胞转录组数据、空间转录组数据、临床样本数据 910例临床队列样本 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3' 转录组, 10x Visium空间转录组
1974 2026-08-20
Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses
2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过伪时间分析研究背侧脊髓中背侧中间神经元的谱系决策和发育轨迹,结合单细胞RNA测序图谱并验证新基因。 开发了一个结合小鼠ESC来源的背侧中间神经元单细胞RNA测序图谱与伪时间分析的资源,用以识别调控谱系轨迹转变状态的新基因,并发现了dI5谱系轨迹的新终点。 摘要中未提及明确的局限性。 探究背侧脊髓中背侧中间神经元的命运决定和发育轨迹的分子机制。 小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元以及发育中的小鼠脊髓。 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 伪时间分析 单细胞基因表达数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1975 2026-08-20
Chemotherapy induces myeloid-driven spatial T-cell exhaustion in ovarian cancer
2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合空间和分子分析,揭示了化疗诱导的高级别浆液性卵巢癌微环境中T细胞耗竭的空间动态变化 首次发现化疗通过巨噬细胞在“髓系网络”中延长抗原呈递,驱动CD8+ T细胞的空间重分布和耗竭,并识别出TIGIT-NECTIN2配体-受体相互作用,为联合免疫治疗提供新策略 摘要中未提及明确局限性 探究化疗诱导的肿瘤微环境时空重塑,特别是T细胞耗竭机制,为改善免疫治疗疗效提供依据 97例化疗前后的高级别浆液性卵巢癌样本 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据 97例高级别浆液性卵巢癌样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq、空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'、10x Visium空间转录组
1976 2026-08-20
Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics
2024-03-02, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了Cancer-Finder,一种基于域泛化的深度学习算法,用于在单细胞和空间转录组数据中快速准确地注释恶性细胞,平均准确率达95.16% 提出了一种基于域泛化的深度学习算法Cancer-Finder,能够跨数据集泛化,在单细胞和空间转录组数据中准确识别恶性细胞,并在肾细胞癌样本中识别出与预后相关的基因签名 未明确提及局限性 解决当前算法在泛癌数据中恶性细胞注释的准确性和泛化性问题 单细胞和空间转录组数据中的恶性细胞,包括5个透明细胞肾细胞癌空间转录组样本 机器学习 肾细胞癌 单细胞转录组测序、空间转录组测序 深度学习 单细胞和空间转录组数据 5个透明细胞肾细胞癌空间转录组样本 NA 单细胞转录组测序、空间转录组测序 NA NA
1977 2026-08-20
TREX1 is required for microglial cholesterol homeostasis and oligodendrocyte terminal differentiation in human neural assembloids
2024-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1
研究论文 本研究利用人类胚胎干细胞衍生的微胶质细胞和含有少突胶质细胞的类组装体,探究TREX1在人类微胶质细胞胆固醇代谢和少突胶质细胞终末分化中的作用 首次揭示TREX1在人类微胶质细胞中的功能,表明其调节胆固醇代谢以维持微胶质细胞稳态,并影响少突胶质细胞谱系的分化,且提出他汀类药物作为潜在治疗策略 研究基于体外模型,可能无法完全反映体内复杂环境,且长期效应和临床相关性需进一步验证 阐明TREX1在人类微胶质细胞中的生物学功能及其在神经发育和疾病中的作用机制 人类胚胎干细胞衍生的微胶质样细胞、含有微胶质细胞和少突胶质细胞的类组装体 神经科学 Aicardi-Goutières综合征 转录组学、单细胞转录组学、光学显微镜、透射电子显微镜 细胞模型、类组装体 转录组数据、图像数据 未明确说明样本数量,但涉及多个细胞系和类组装体 NA 单细胞转录组学 NA NA
1978 2026-08-20
Single-Cell Histone Modification Profiling with Cell Enrichment Using sortChIC
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文介绍了一种结合细胞富集的单细胞组蛋白修饰检测技术sortChIC,用于绘制单细胞中的组蛋白翻译后修饰图谱 提出sortChIC技术,将组蛋白修饰定位与基于表面染色的细胞富集相结合,实现对稀有细胞类型的单细胞组蛋白修饰分析 未明确说明局限性 开发一种灵敏的单细胞方法,用于研究异质性组织中的细胞类型特异性组蛋白修饰动态变化,特别是在稀有细胞类型中 组蛋白翻译后修饰,特别是干细胞和祖细胞等稀有细胞类型 机器学习 NA 单细胞染色质免疫切割测序(sortChIC) NA 基因组数据 NA NA 单细胞测序 NA NA
1979 2026-08-20
Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过纵向单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序,揭示了IgA肾病早期急性损伤模型中肾内免疫细胞的动态特征。 首次整合时间序列的单细胞转录组和染色质可及性分析,识别出具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期T细胞耗竭亚群(CX3CR1-transTeff)。 基于小鼠模型,可能无法完全反映人类IgA肾病的复杂性。 高分辨率描绘早期IgA肾病小鼠模型急性肾损伤期间的动态免疫细胞景观。 IgA肾病小鼠模型的肾脏免疫细胞(CD45+)及肾细胞。 单细胞组学 IgA肾病 单细胞RNA测序(scRNAseq)、单细胞ATAC测序(scATACseq) NA 单细胞转录组和染色质可及性数据 73个样本(对照组、IS、IA、IR各4-5只小鼠) NA 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 NA NA
1980 2026-08-20
BCR, not TCR, repertoire diversity is associated with favorable COVID-19 prognosis
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析康复和死亡COVID-19患者在中等和危重阶段的免疫反应,发现BCR库多样性而非TCR库多样性与良好预后相关 首次揭示BCR库多样性而非TCR库多样性与COVID-19良好预后相关,并发现康复者与死亡者在蛋白质生物合成和线粒体ATP代谢方面的差异 信息未提供 探究COVID-19患者康复与死亡过程中免疫反应(尤其是TCR和BCR库特征)的差异 康复和死亡的COVID-19患者(处于中等和危重阶段) 单细胞测序 COVID-19 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 康复和死亡患者(具体数量未提及) NA 单细胞RNA-seq NA NA
回到顶部