单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27574 篇文献，本页显示第 19661 - 19680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19661 | 2024-08-08 |
Directly induced human retinal ganglion cells mimic fetal RGCs and are neuroprotective after transplantation in vivo
2022-12-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.011
PMID:36368332
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研究论文 | 本文开发了一种快速协议，用于从人干细胞直接诱导视网膜神经节细胞（iRGC）的分化，并通过钙成像和单细胞RNA测序验证了其与胎儿视网膜神经节细胞的高度相似性，并展示了其在移植后的神经保护功能。 | 本文首次展示了直接诱导的人视网膜神经节细胞（iRGC）与胎儿视网膜神经节细胞的高度相似性，并证明了其在移植后的神经保护功能。 | NA | 开发一种新的视网膜神经节细胞替换疗法，以恢复青光眼和其他视神经病变患者的视力。 | 人干细胞直接诱导的视网膜神经节细胞（iRGC）及其在移植后的功能。 | 干细胞研究 | 视神经病变 | 钙成像，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 19662 | 2024-08-08 |
Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity
2022-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05400-x
PMID:36352227
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了189个肝癌样本，揭示了肝癌免疫微环境的不同亚型及其与临床相关性的联系 | 首次详细描述了肝癌免疫微环境的五种亚型，并揭示了肿瘤相关中性粒细胞在免疫抑制中的作用 | NA | 探究肝癌免疫微环境的异质性及其与临床相关性的联系 | 肝癌患者的免疫微环境和肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 189个样本，包括124名患者和8只小鼠 |
| 19663 | 2024-08-08 |
Tissue-resident memory T cells: The key frontier in local synovitis memory of rheumatoid arthritis
2022-12, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2022.102950
PMID:36356551
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研究论文 | 本文探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留记忆T细胞（T）在局部滑膜炎记忆中的作用 | 提出使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学技术来探索T细胞在时间和空间维度上的基因表达模式，以识别特定的治疗靶点 | 目前对滑膜T细胞的异质性了解不明确 | 研究T细胞在RA局部复发和器官受累中的作用，并探索新的治疗方法 | 组织驻留记忆T细胞（T）及其在RA中的作用 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明 |
| 19664 | 2024-08-08 |
Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens
2022-12, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-022-00951-w
PMID:36357512
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研究论文 | 本文展示了利用图神经网络基于组织样本中的空间蛋白质分布来模拟肿瘤微环境，并将其建模为局部子图，以捕捉与不同临床结果相关的独特细胞相互作用 | 本文提出的图深度学习模型在预测患者结果方面比基于细胞类型局部组成的深度学习方法更为准确，并提供了关于肿瘤细胞和粒细胞空间分隔对患者预后影响的见解 | NA | 研究如何从多重免疫荧光成像的丰富数据集中识别和表征与疾病相关的微环境 | 人类头颈部和结直肠癌的组织样本 | 计算机视觉 | 头颈部癌, 结直肠癌 | 多重免疫荧光成像 | 图神经网络 | 图像 | 40-plex免疫荧光成像应用于人类头颈部和结直肠癌的组织样本 |
| 19665 | 2024-08-08 |
A transient inflammatory response contributes to oxaliplatin neurotoxicity in mice
2022-Dec, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.51691
PMID:36369764
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了背根神经节中小神经元和卫星胶质细胞的转录组，揭示了奥沙利铂引起的神经毒性与炎症反应的关系。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了奥沙利铂神经毒性中炎症反应的分子机制，并提出了抗炎策略作为预防奥沙利铂引起的外周神经病变的新治疗方法。 | NA | 确定奥沙利铂神经毒性发展的确切分子机制，并寻找新的治疗靶点。 | 小鼠模型的背根神经节中的感觉神经元和卫星胶质细胞。 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 19666 | 2024-08-08 |
Epigenomic landscape study reveals molecular subtypes and EBV-associated regulatory epigenome reprogramming in nasopharyngeal carcinoma
2022-Dec, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104357
PMID:36371985
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组亚硫酸氢盐测序、转座酶可及染色质测序、全外显子测序和单细胞RNA测序数据，探讨了EB病毒相关表观遗传失调在鼻咽癌中的作用 | 发现了EB病毒阳性鼻咽癌中一种新的全局低甲基化亚型，并识别了EB病毒特异性差异甲基化区域，这些区域与CTCF结合丢失相关 | NA | 揭示鼻咽癌中的表观遗传异质性，并探讨EB病毒感染与宿主因子在病毒相关表观遗传变化中的作用 | 鼻咽癌中的EB病毒相关表观遗传失调 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）、转座酶可及染色质测序（ATAC-Seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 19667 | 2024-08-08 |
Single-cell mapping reveals dysregulation of immune cell populations and VISTA+ monocytes in myasthenia gravis
2022-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2022.109184
PMID:36372318
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和流式细胞术分析了重症肌无力患者和健康对照者的免疫细胞组成和功能变化 | 首次揭示了重症肌无力患者中VISTA+单核细胞的增加以及多种免疫检查点的异常表达 | 研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据 | 探究重症肌无力患者免疫细胞的异常调控及其潜在的生物标志物 | 重症肌无力患者和健康对照者的血液样本 | 免疫学 | 重症肌无力 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12名未接受免疫抑制治疗的重症肌无力患者和10名性别及年龄匹配的健康对照者，以及外部验证队列中的38名重症肌无力患者和21名健康对照者 |
| 19668 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing for traumatic spinal cord injury
2022-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202200943R
PMID:36374259
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在创伤性脊髓损伤（tSCI）研究中的应用，分析了损伤后脊髓微环境的细胞和分子变化 | 利用scRNA-seq技术深入研究了tSCI后脊髓细胞类型的多样性和细胞间通讯的分子机制 | NA | 探索tSCI后脊髓微环境的细胞和分子变化，以及细胞间通讯的机制 | 创伤性脊髓损伤后的脊髓细胞和分子变化 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 19669 | 2024-08-08 |
Twist2-expressing cells reside in human skeletal muscle and are responsive to aging and resistance exercise training
2022-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201349RR
PMID:36374263
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析和免疫荧光染色，证明了Twist2表达细胞在人体骨骼肌中的存在及其定位，并探讨了这些细胞对衰老和阻力训练的响应 | 首次在人体骨骼肌中发现Twist2表达细胞，并证实这些细胞与小鼠中的Twist2表达细胞在转录水平上高度相似 | 尚未完全阐明Twist2表达细胞的成肌潜能及其与肌肉质量或肌肉纤维横截面积的关系 | 探讨Twist2表达细胞在人体骨骼肌中的存在及其对衰老和阻力训练的响应 | 人体骨骼肌中的Twist2表达细胞及其对衰老和阻力训练的响应 | NA | NA | 单细胞RNA测序分析，免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像 | 年轻和老年人的骨骼肌活检样本，以及进行12周阻力训练的人体样本 |
| 19670 | 2024-08-08 |
Multiplexed analysis of gene expression and chromatin accessibility of human umbilical cord blood using scRNA-Seq and scATAC-Seq
2022-12, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2022.10.013
PMID:36375296
|
研究论文 | 本研究利用scRNA-Seq和scATAC-Seq技术对人类脐带血细胞的基因表达和染色质可及性进行了无偏分析 | 首次全面揭示了脐带血细胞在不同孕周的基因表达和染色质可及性特征 | NA | 深入理解脐带血细胞的染色质景观和调控网络 | 人类脐带血细胞的基因表达和染色质可及性 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq, scATAC-Seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 31至37孕周的脐带血细胞样本 |
| 19671 | 2024-08-08 |
scSSA: A clustering method for single cell RNA-seq data based on semi-supervised autoencoder
2022-12, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2022.10.006
PMID:36377123
|
研究论文 | 本文提出了一种基于半监督自编码器的单细胞RNA测序数据聚类方法scSSA | scSSA结合了半监督自编码器、快速独立成分分析和高斯混合聚类，充分利用了现有的生物信息 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督自编码器 | 基因表达数据 | 10个公共单细胞RNA测序数据集 |
| 19672 | 2024-08-08 |
Polony gels enable amplifiable DNA stamping and spatial transcriptomics of chronic pain
2022-11-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.10.021
PMID:36368323
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研究论文 | 本文介绍了一种大规模可扩展的印章方法，用于制造含有独特条形码的约1微米克隆DNA集群的聚合物凝胶阵列，并利用这些凝胶开发了一种名为Pixel-seq的单细胞空间转录组测定法，应用于小鼠的旁臂核并分析了神经性疼痛调节的转录组和细胞间通信的变化。 | 提出了一种新的聚合物凝胶印章方法，相比依赖测序的阵列制造方法，成本降低了至少35倍，时间缩短至约7小时。 | NA | 开发一种成本效益高、通量大的方法来获取复杂组织中空间解析的组学数据。 | 小鼠的旁臂核组织，以及神经性疼痛调节的转录组和细胞间通信。 | 分子生物学 | 神经性疼痛 | 聚合物凝胶印章技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠的旁臂核组织样本 |
| 19673 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing unveils key contributions of immune cell populations in cancer-associated adipose wasting
2022-Nov-15, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00466-3
PMID:36376273
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了癌症相关恶病质（CAC）中脂肪组织损失的免疫细胞群体的关键作用 | 首次全面分析了CAC患者和非CAC患者的白色脂肪组织中的间质血管部分细胞组成，并发现了脂肪前体细胞和免疫细胞的库房特异性和疾病特异性集群及发育轨迹 | NA | 揭示癌症相关恶病质中慢性炎症和脂肪消耗的因果机制 | 癌症相关恶病质患者的白色脂肪组织中的免疫细胞和脂肪前体细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | CAC患者和非CAC患者的白色脂肪组织样本 |
| 19674 | 2024-08-08 |
AQP5 complements LGR5 to determine the fates of gastric cancer stem cells through regulating ULK1 ubiquitination
2022-Nov-14, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-022-02532-w
PMID:36372898
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和多种生物技术手段，研究了AQP5作为胃癌干细胞（GC-CSCs）的特定表面标记物，并探讨了AQP5与LGR5共同调控GC-CSCs恶性生物功能及其机制。 | 首次报道AQP5作为GC-CSCs的特定表面标记物，并揭示了AQP5通过诱导ULK1的K63介导的泛素化来激活自噬的机制。 | NA | 旨在识别和验证胃癌干细胞的特定表面标记物，并探讨其生物学功能和分子机制。 | 胃癌干细胞及其表面标记物AQP5和LGR5。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序、转录组测序、蛋白质组检测、质谱分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 来自胃癌患者的细胞样本 |
| 19675 | 2024-08-08 |
Region-specific denoising identifies spatial co-expression patterns and intra-tissue heterogeneity in spatially resolved transcriptomics data
2022-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34567-0
PMID:36376296
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研究论文 | 本文开发了一种计算工具MIST，用于检测分子区域并进行基于区域的缺失值插补，以分析空间转录组学数据 | MIST工具能够准确恢复空间转录组学中的缺失值，并有助于识别组织内部的异质性和恢复空间基因共表达信号 | NA | 开发和验证一种新的计算工具，用于分析空间转录组学数据中的分子区域和缺失值插补 | 空间转录组学数据中的分子区域和缺失值 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个由10x Visium空间转录组学生成的数据集 |
| 19676 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics defines an improved, validated monoculture protocol for differentiation of human iPSC to microglia
2022-11-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-23477-2
PMID:36376339
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，优化并验证了一种从人诱导多能干细胞（iPSC）分化为小胶质细胞的单培养协议 | 本文通过系统评估培养基成分、涂层和生长因子，优化了培养基配方，产生了转录和功能上都相关的小胶质细胞 | NA | 开发一种真实的人工体外模型，用于研究人类小胶质细胞的生理功能 | 人诱导多能干细胞（iPSC）分化为小胶质细胞的过程 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 跨两个实验室验证 |
| 19677 | 2024-08-08 |
Shape-aware stochastic neighbor embedding for robust data visualisations
2022-Nov-14, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-05028-8
PMID:36376789
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研究论文 | 本文提出了一种基于形状感知图距离的t-SNE算法改进方法，用于增强高维数据可视化的鲁棒性和准确性 | 通过引入形状感知图距离，改进了t-SNE算法在表示集群间层次关系和避免虚假模式方面的不足 | NA | 旨在改进t-SNE算法在高维数据可视化中的性能，特别是在揭示集群结构和层次关系方面 | 高维单细胞转录组数据和MNIST图像数据 | 计算机视觉 | NA | t-SNE | NA | 图像 | 涉及单细胞转录组数据和MNIST图像数据 |
| 19678 | 2024-08-08 |
Tissue dissociation for single-cell and single-nuclei RNA sequencing for low amounts of input material
2022-Nov-12, Frontiers in zoology
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12983-022-00472-x
PMID:36371195
|
研究论文 | 本文评估了从小型组织样本中分离单细胞和单核的不同方法，并展示了这些方法在单细胞和单核RNA测序中的应用。 | 提出了适用于少量输入材料的两种分离协议，即单细胞和单核的分离方法，并比较了单细胞RNA测序（scRNAseq）和单核RNA测序（snRNAseq）的数据。 | NA | 探索在组织材料有限的情况下，如何有效地进行单细胞和单核RNA测序。 | 果蝇的眼触角成虫盘组织样本。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq），单核RNA测序（snRNAseq） | NA | RNA | 小型组织样本 |
| 19679 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in mouse intra- and extra articular ligaments
2022-11-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04196-w
PMID:36371589
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠前交叉韧带（ACL）和内侧副韧带（MCL）的转录组特征，揭示了这两种韧带细胞的异质性 | 首次详细描述了ACL和MCL中三种表达不同胶原蛋白的成纤维细胞类型的异质性，并发现了与年龄相关的细胞组成和基因表达变化 | NA | 探究小鼠前交叉韧带和内侧副韧带细胞的异质性，为韧带损伤的治疗提供潜在的治疗靶点 | 小鼠前交叉韧带（ACL）和内侧副韧带（MCL）的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 19680 | 2024-08-08 |
Downregulation of zinc finger protein 71 in laryngeal squamous cell carcinoma tissues and its potential molecular mechanism and clinical significance: a study based on immunohistochemistry staining and data mining
2022-Nov-11, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-022-02823-8
PMID:36369089
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研究论文 | 本研究探讨了锌指蛋白71（ZNF71）在喉鳞状细胞癌（LSCC）组织中的表达及其潜在分子机制和临床意义 | 首次报道了ZNF71在LSCC中的确切表达水平及其分子机制 | 需要进一步研究以验证ZNF71下调对LSCC进展的影响 | 探究ZNF71在LSCC中的表达及其分子机制和临床意义 | ZNF71在LSCC组织中的表达水平及其对LSCC进展的影响 | 数字病理学 | 喉癌 | 免疫组织化学染色（IHC）、基因芯片、高通量测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本、基因表达数据 | 33个LSCC样本和29个非LSCC样本用于IHC分析，313个LSCC样本和192个非LSCC样本用于基因芯片和高通量测序分析 |