单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1941	2025-05-04	Unveiling cell-type-specific microRNA networks through alternative polyadenylation in glioblastoma 2025-Jan-21, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02104-8 PMID:39838429	研究论文	本研究通过探索胶质母细胞瘤中替代多聚腺苷酸化（APA）在调节microRNA结合和转录后调控中的作用，揭示了细胞类型特异的microRNA网络	发现了APA在胶质母细胞瘤细胞身份和转化中的独立调控机制，并构建了microRNA-转录因子-靶基因网络	研究仅基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索胶质母细胞瘤中APA对microRNA网络和细胞状态转换的调控机制	胶质母细胞瘤中的少突胶质前体细胞（OPCs）和CD133+放射状胶质样肿瘤细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1942	2025-05-04	Orchestrated response from heterogenous fibroblast subsets contributes to repair from surgery-induced stress after airway reconstruction 2025-Jan-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186263 PMID:39836476	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了气道重建手术后的成纤维细胞亚群及其在伤口愈合中的作用	首次鉴定了气道重建手术后的五种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在手术诱导应激反应中的不同功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究气道重建手术后成纤维细胞在伤口愈合和纤维化过程中的作用机制	气道组织中的成纤维细胞亚群	单细胞转录组学	气道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及原生和重建气道组织的比较
1943	2025-05-04	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-Jan-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究探讨了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化及其对转移和治疗抵抗的影响	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态的变化图谱	仅关注了CRC的遗传突变和细胞状态变化，未涉及其他可能的机制	研究CRC转移和治疗抵抗的细胞学基础	结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
1944	2025-05-04	Ribosome profiling and single-cell RNA sequencing identify the unfolded protein response as a key regulator of pigeon lactation 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.336 PMID:39846187	研究论文	本研究通过核糖体分析和单细胞RNA测序技术，揭示了未折叠蛋白反应在鸽子泌乳过程中的关键调控作用	首次在鸽子泌乳过程中发现成纤维细胞来源的BAFF信号激活分泌上皮细胞，模拟B细胞转化并通过未折叠蛋白反应增强蛋白质生产	研究仅针对225日龄的雄性鸽子，未考虑年龄和性别差异的影响	阐明鸽子嗉囊泌乳的分子机制和细胞动态	225日龄未配对非泌乳雄性鸽子(MN)和孵化后第一天开始泌乳的雄性鸽子(ML)	分子生物学	NA	RNA测序、核糖体分析、单细胞转录组测序(scRNA-seq)、RNA荧光原位杂交(RNA FISH)	NA	RNA测序数据、单细胞转录组数据	两组雄性鸽子样本(具体数量未明确说明)
1945	2025-05-04	Deciphering the toxic effects of polystyrene nanoparticles on erythropoiesis at single-cell resolution 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.277 PMID:39846194	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术全面评估了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的影响	首次在单细胞分辨率下揭示聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼红细胞生成的毒性作用	研究仅针对斑马鱼胚胎，未涉及其他生物或发育阶段	探究聚苯乙烯纳米颗粒对水生生物造血过程的毒性影响	斑马鱼胚胎的红细胞生成过程	毒理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼胚胎样本
1946	2025-05-04	Cross-species single-cell transcriptomics reveals neuronal similarities and heterogeneity in amniote pallium 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.102 PMID:39846196	研究论文	通过跨物种单细胞转录组学揭示了羊膜动物大脑皮层的神经元相似性和异质性	首次利用单核RNA测序技术对多种羊膜动物大脑皮层进行跨物种比较，揭示了转录组保守性和物种特异性差异	研究仅基于转录组数据，未考虑蛋白质表达和功能验证	探究羊膜动物大脑皮层的进化动态和神经元同源性	猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟和蜥蜴的大脑皮层	神经科学	NA	单核RNA测序	NA	转录组数据	超过130,000个细胞核
1947	2025-05-04	Multi-omics analysis and experimental verification reveal testicular fatty acid metabolism disorder in non-obstructive azoospermia 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.223 PMID:39846195	研究论文	通过多组学分析和实验验证，揭示了非梗阻性无精子症（NOA）中睾丸脂肪酸代谢紊乱的关键机制	首次通过多组学方法（包括微阵列分析、单细胞RNA测序和代谢组学）系统研究了NOA中脂肪酸代谢紊乱，并确定了PPARG作为关键转录因子	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	阐明脂肪酸代谢紊乱与非梗阻性无精子症发病机制的关系	非梗阻性无精子症患者的睾丸组织和相关细胞	生殖医学	男性不育症	微阵列分析, scRNA-seq, 代谢组学	NA	基因表达数据, 代谢组数据	公共数据库中的NOA患者数据（具体数量未说明）
1948	2025-05-04	TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5584635/v1 PMID:39877090	研究论文	介绍了一种名为TrimNN的图基深度学习框架，用于识别和分析复杂组织中多细胞拓扑组织的细胞群落基序	提出了一种自下而上的方法，通过图基深度学习框架识别细胞群落基序，区别于传统的自上而下的聚类方法，具有可解释性和普适性	NA	研究复杂组织中多细胞拓扑组织的细胞群落基序	空间转录组学和蛋白质组学数据中的细胞群落基序	数字病理学	NA	空间转录组学和蛋白质组学	图基深度学习框架	空间组学数据	NA
1949	2025-05-04	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.11.23298309 PMID:38014192	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，对溃疡性结肠炎患者的回肠袋进行了细胞类型分辨的转录组和表观遗传图谱分析	发现了回肠袋中以前未表征的吸收性和分泌性上皮细胞群，这些细胞表达部分结肠特异性基因，同时保持一些回肠特异性基因的表达	样本量较小（患者6人，健康对照6人），可能影响结果的普遍性	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋组织	生物医学研究	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据	6名患者（4男2女）和6名健康对照（3男3女）的配对活检样本
1950	2025-05-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals LEF1-Driven Wnt Pathway Activation as a Shared Oncogenic Program in Hepatoblastoma and Medulloblastoma 2025-Jan-09, Current oncology (Toronto, Ont.) DOI:10.3390/curroncol32010035 PMID:39851951	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了LEF1驱动的Wnt通路激活在肝母细胞瘤和髓母细胞瘤中的共同致癌程序	发现了LEF1依赖的胚胎程序在两种儿科肿瘤中的共同转录激活，揭示了Wnt信号通路在肿瘤细胞中的调控机制	研究样本量有限，且仅针对两种特定儿科肿瘤	探究肝母细胞瘤和髓母细胞瘤中共同的致癌机制	肝母细胞瘤和髓母细胞瘤	生物信息学	肝母细胞瘤, 髓母细胞瘤	单细胞RNA测序, 多组学数据分析	ROC曲线分析	转录组数据, 单细胞数据	PBTA髓母细胞瘤队列和两个独立的髓母细胞瘤转录组队列
1951	2025-05-04	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	本研究利用空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背侧中缝核（DRN）基因表达的空间差异	首次在临床前AD模型中揭示了DRN亚区对AD病理的差异性易感性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能与tau磷酸化调控相关	空间转录组技术需要结合其他验证方法以克服其局限性	探究5-HT神经元对AD病理易感性或抵抗性的潜在遗传机制	过表达人类tau蛋白的小鼠（htau小鼠）的背侧中缝核	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组化评估	htau小鼠模型	空间转录组数据	NA
1952	2025-05-04	Single-Cell Insights Into Cellular Response in Abdominal Aortic Occlusion-Induced Hippocampal Injury 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70154 PMID:39834143	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探究了腹部主动脉闭塞（AAO）模型小鼠海马区的细胞特异性分子病理学变化	首次在单细胞水平上揭示了AAO诱导的海马损伤的转录组变化，并识别了五种不同的星形胶质细胞亚型	研究仅使用了雄性C57BL/6小鼠，可能限制了结果的普遍性	探究腹部主动脉闭塞引起的海马损伤的细胞特异性分子机制	雄性C57BL/6小鼠（8周龄）的海马组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	AAO小鼠模型	单细胞转录组数据	62,624个细胞对应7种细胞类型
1953	2025-05-04	Data-driven model discovery and model selection for noisy biological systems 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012762 PMID:39836686	研究论文	提出了一种基于混合动力系统的数据驱动框架，用于模型发现和模型选择，以处理生物系统中的噪声问题	结合神经网络和稀疏回归，有效处理高噪声生物数据，并能够整合部分已知的系统知识	方法在极端噪声条件下可能仍存在性能下降	开发一种能够处理噪声和稀疏数据的生物系统模型发现方法	生物系统的复杂动力学	机器学习	NA	稀疏识别非线性动力学(SINDy), 神经网络	混合动力系统, 神经网络	单细胞转录组数据	NA
1954	2025-05-04	Trajectory inference from single-cell genomics data with a process time model 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012752 PMID:39836699	研究论文	提出了一种名为Chronocell的方法，通过生物物理过程模型从单细胞转录组数据中推断细胞轨迹和动态信息	引入了'过程时间'的概念替代传统的'伪时间'，提供了一个具有生物物理意义的轨迹推断框架	过程时间推断可能具有挑战性，数据集质量和模型评估需要特别注意	改进单细胞转录组数据中的细胞轨迹推断方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	Chronocell模型	基因表达数据	多种数据集（从类聚类到连续分布）
1955	2025-05-04	Exploring Cervical Adenocarcinoma: Epidemiological Insights, Diagnostic and Therapeutic Challenges, and Pathogenetic Mechanisms 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70620 PMID:39840708	review	本文综述了宫颈腺癌的流行病学特征、诊断与治疗挑战以及最新研究进展	强调了宫颈腺癌与鳞状细胞癌在肿瘤微环境特征上的显著异质性，并总结了常见的临床前模型及其优缺点	对宫颈腺癌与鳞状细胞癌在发病机制上的异同理解有限	探讨宫颈腺癌的流行病学、诊断与治疗挑战及发病机制	宫颈腺癌及其与鳞状细胞癌的比较	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
1956	2025-05-04	Predicting Outcomes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Using scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq: A Model Development and Validation Study 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70617 PMID:39840762	研究论文	该研究通过scRNA-seq和bulk RNA-seq数据开发并验证了一个预测食管鳞状细胞癌(ESCC)预后的模型	基于葡萄糖代谢相关基因集构建风险预后模型，并鉴定出4个枢纽基因(SERP1、CTSC、RAP2B和SSR4)	样本量相对有限，需要更多外部验证	开发ESCC预后预测模型并探索治疗选择	食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	风险预后模型	基因表达数据	GEO数据库8例、TCGA数据库99例、MSKCC中心140例
1957	2025-05-04	Integrated Analysis of Bulk RNA Sequencing, eQTL, GWAS, and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Key Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70359 PMID:39853609	research paper	通过整合分析bulk RNA测序、eQTL、GWAS和单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中的关键基因	发现了SERPING1和STEAP3两个基因在肝细胞癌的发生和发展中的关键作用，并揭示了它们在代谢调控和巨噬细胞激活等生物过程中的作用	研究依赖于公开数据集，可能存在样本选择偏差，且实验验证仅限于部分基因	发现肝细胞癌的新分子靶点用于检测和治疗	肝细胞癌（HCC）	digital pathology	liver cancer	bulk RNA测序, eQTL分析, GWAS, 单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫组化, 定量PCR	NA	RNA测序数据, 临床数据	三个公开的HCC数据集（来自TCGA和GEO）
1958	2025-05-04	A20 as a Potential Therapeutic Target for COVID-19 2025-Jan, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70127 PMID:39853876	review	本文探讨了A20作为COVID-19潜在治疗靶点的作用及其调控机制	提出A20作为调控COVID-19病理过程的关键因子，并探讨其在抗感染和抗炎症中的作用	研究主要基于文献综述和单细胞RNA-seq数据分析，缺乏实验验证	探索A20在COVID-19病理过程中的调控机制及其作为治疗靶点的潜力	COVID-19患者和健康个体的单细胞RNA-seq数据	医学研究	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	来自NCBI GEO数据库的健康个体和不同严重程度COVID-19患者的数据
1959	2025-05-04	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Biomechanical Loading-Induced Imbalance in Bone and Fat, Leading to Ossification in Lumbar Intervertebral Disc Nucleus Pulposus Degeneration 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31506 PMID:39854079	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究生物力学负荷对腰椎间盘退变中髓核骨化的影响	发现了一种受生物力学负荷影响的CITED4+METRN+软骨细胞亚群，并揭示了其在髓核骨化中的作用	样本量较小（仅5例新鲜组织），且部分分析基于回顾性样本	探索腰椎间盘退变中髓核骨化的细胞机制和生物力学影响	腰椎间盘髓核组织（L3-S1节段）	单细胞转录组学	腰椎间盘退变	单细胞RNA测序、免疫组织化学、免疫荧光	NA	RNA测序数据、组织病理学图像	5例新鲜NP组织（L3-S1节段）+回顾性石蜡样本
1960	2025-05-04	Exploring a pico-well based scRNA-seq method (HIVE) for simplified processing of equine bronchoalveolar lavage cells 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317343 PMID:39854349	研究论文	本研究评估了基于pico-well的HIVE™ scRNA-seq方法在处理马哮喘（EA）患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞中的应用	HIVE方法具有实用优势，包括适用于野外和临床环境，以及适合处理敏感细胞的温和工作流程	HIVE方法在细胞类型代表性方面存在偏差，特别是粒细胞和肥大细胞的准确性需要进一步优化	评估HIVE™ scRNA-seq方法在马哮喘研究中的应用效果	马哮喘患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	数字病理学	马哮喘	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	马哮喘患者的BAL细胞样本