单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1941	2024-11-19	Chrysalis: decoding tissue compartments in spatial transcriptomics with archetypal analysis 2024-Nov-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07165-7 PMID:39550461	研究论文	本文介绍了一种名为Chrysalis的计算方法，用于在空间转录组学中通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，无需外部参考数据	Chrysalis方法无需外部参考数据，通过空间变异基因检测和原型分析快速揭示组织区室，并提供独特的可视化方法	NA	开发一种无需外部参考数据的空间转录组学组织区室解析方法	空间转录组学中的组织区室	生物信息学	NA	空间转录组学	原型分析	基因表达数据	NA
1942	2024-11-20	The advance of single cell transcriptome to study kidney immune cells in diabetic kidney disease 2024-Nov-16, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03853-y PMID:39550562	综述	本文综述了单细胞转录组技术在糖尿病肾病中研究肾脏免疫细胞的应用	单细胞测序技术相比传统方法在解析细胞异质性、并行多组学研究和发现新细胞类型方面具有优势	由于肾脏结构和功能的复杂性和异质性，研究每种细胞类型在肾脏病理生理学中的功能仍具有挑战性	探讨单细胞转录组学在糖尿病肾病领域的应用，并强调通过scRNA-seq分析揭示免疫细胞在糖尿病肾病中的重要作用	糖尿病肾病中的肾脏免疫细胞，包括巨噬细胞、T细胞、B细胞等	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及肾脏活检和尿液样本的多种免疫细胞
1943	2024-11-20	New Window Into Hepatitis B in Africa: Liver Sampling Combined With Single-Cell Omics Enables Deep and Longitudinal Assessment of Intrahepatic Immunity in Zambia 2024-Nov-15, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae054 PMID:38332750	研究论文	本文在赞比亚卢萨卡的研究队列中引入肝细针穿刺活检（FNAB），结合单细胞组学技术，对未经治疗的慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染者进行深入和纵向的肝内免疫评估	本文首次在非洲地区使用肝细针穿刺活检结合单细胞RNA测序技术，对HBV感染者的肝内免疫进行深入和纵向评估	研究样本量较小，且仅限于赞比亚卢萨卡地区	旨在通过肝细针穿刺活检结合单细胞组学技术，深入了解HBV感染者的肝内免疫机制，并为治疗策略提供新见解	未经治疗的慢性HBV感染者，包括HIV合并感染者和急性HBV感染者	数字病理学	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	117例初始样本和47例纵向样本（1年随访）
1944	2024-11-20	Unveiling the role of Pleckstrin-2 in tumor progression and immune modulation: insights from a comprehensive pan-cancer analysis with focus on lung cancer 2024-11-15, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00225-8 PMID:39546161	研究论文	研究探讨了Pleckstrin-2（PLEK2）在肿瘤进展和免疫调节中的作用，特别是在肺癌中的表现	系统分析了PLEK2在多种癌症中的表达模式、预后相关性和功能影响，并发现PLEK2抑制剂Navitoclax的潜在应用	研究主要基于TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，可能存在数据来源的局限性	揭示PLEK2在肿瘤进展和免疫调节中的作用，寻找新的生物标志物和治疗靶点	PLEK2在多种癌症中的表达、预后影响及其在肿瘤微环境中的功能	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	使用了来自TCGA、GTEx和Human Protein Atlas的数据，具体样本数量未明确提及
1945	2024-11-20	Analysis of single-cell RNA sequencing in human oocytes with diminished ovarian reserve uncovers mitochondrial dysregulation and translation deficiency 2024-Nov-15, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01321-8 PMID:39548561	研究论文	本研究首次利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢储备减少（DOR）患者卵母细胞的转录组变化，揭示了线粒体功能失调和翻译缺陷	首次采用单细胞RNA测序技术揭示DOR卵母细胞的转录组变化，并发现PLAG1-IGF2轴的失调可能与DOR卵母细胞质量下降有关	研究仅限于GV阶段的DOR卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	揭示卵巢储备减少患者卵母细胞的特定致病机制	卵巢储备减少患者的卵母细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	DOR卵母细胞和对照卵母细胞
1946	2024-11-20	Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma 2024-Nov-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02168-8 PMID:39548577	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，鉴定出COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞和空间转录组学技术，在未分化多形性肉瘤中鉴定出COL6A3作为预后生物标志物，并验证了其在预测总体生存和无转移生存中的有效性	研究样本量较小，仅包括5个AFX和PDS活检样本以及1个PDS切除样本	鉴定未分化多形性肉瘤中的预后生物标志物	未分化多形性肉瘤（UPS）及相关肿瘤	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	5个AFX和PDS活检样本，1个PDS切除样本，以及46个和38个独立的UPS肿瘤样本
1947	2024-11-20	Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on single-cell RNA sequencing 2024-Nov-14, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02511-3 PMID:39543284	研究论文	本文利用深度学习工具整合和分类多个单细胞RNA测序数据集，定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	开发了一种基于深度学习的模型，能够无偏地分类细胞类型，并定义用于识别谱系、细胞类型和状态的基因集	NA	利用深度学习技术整合和分类单细胞RNA测序数据，定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	RNA测序数据	使用公开数据进行测试，具体样本数量未明确说明
1948	2024-11-20	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	研究论文	本文通过数字空间RNA分析技术研究了IPMN的转录组状态，揭示了低风险和高风险表达程序，并探讨了其在胰腺癌风险分层中的应用	首次使用数字空间RNA分析技术对IPMN进行转录组分析，揭示了低风险和高风险表达程序，并提出了改进现有风险分层模型的潜力	NA	研究IPMN的转录组状态，以提高胰腺癌风险分层的准确性	IPMN的转录组状态及其与胰腺癌风险的关系	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析技术	NA	RNA	10个IPMN样本
1949	2024-11-20	Lateralized nodose ganglia gene expression implicates cholecystokinin receptors in interoceptive reward signaling 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.01.621506 PMID:39554115	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析左右迷走神经节基因表达差异，探讨胆囊收缩素受体在内脏奖励信号中的作用	首次揭示了迷走神经节中胆囊收缩素A受体在右迷走神经中的特异性表达，可能与内脏奖励信号的不对称编码有关	研究仅限于大鼠和小鼠，尚未在人类中验证	探讨迷走神经节基因表达差异在内脏奖励信号中的作用	大鼠和小鼠的左右迷走神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠和小鼠的左右迷走神经节样本
1950	2024-11-20	Identifying a CD8T cell signature in the tumor microenvironment to forecast gastric cancer outcomes from sequencing data 2024-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-603 PMID:39554559	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因，预测胃癌患者的预后	首次利用CD8T细胞相关基因构建胃癌预后预测模型	研究仅基于TCGA数据库的数据，样本量有限	探索肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因在胃癌预后预测中的作用	胃癌患者的肿瘤微环境及CD8T细胞相关基因	数字病理学	胃癌	单细胞mRNA测序	Cox回归模型	基因数据	TCGA数据库中的胃癌患者数据
1951	2024-11-20	Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619858 PMID:39554071	研究论文	研究分析了系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织的单细胞多组学数据，揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在驱动纤维化基因程序中的作用	开发了HALO算法，验证了AP-1、RUNX和EGR转录因子在控制纤维化基因程序中的活性，并建立了转录因子-调控元件-基因网络	NA	探讨转录因子在纤维化肺病中的调控机制	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（snRNA-seq）和单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	神经网络工具ChromBPNet	基因组数据	系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）和对照肺组织
1952	2024-11-20	Landscape of immune cells in systematic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection: assessed by single-cell sequencing 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead673 PMID:38078808	研究论文	研究分析了系统性红斑狼疮患者在有无EB病毒感染情况下的免疫细胞和B细胞受体（BCR）谱，并通过单细胞RNA测序识别两者之间的差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，揭示了CD8+增殖T细胞比例和IFN-α/β通路在感染组中的变化	样本量较小，仅包括两名健康对照，可能影响结果的普遍性	分析系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱，以更好地理解免疫反应机制	系统性红斑狼疮患者及其在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共8名参与者，包括2名SLE-EBV+患者，4名SLE-EBV-患者和2名健康对照，共获得83,478个细胞
1953	2024-11-20	Long non-coding RNA H19X as a regulator of mononuclear cell adhesion to the endothelium in systemic sclerosis 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae034 PMID:38305495	研究论文	研究H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达调节因子的功能	首次揭示了H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达的调节因子	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探讨H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中的功能	H19X长非编码RNA、内皮细胞、系统性硬化症患者皮肤活检	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、ELISA	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的内皮细胞
1954	2024-11-20	Biallelic RXFP2 variants lead to congenital bilateral cryptorchidism and male infertility, supporting a role of RXFP2 in spermatogenesis 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae195 PMID:39222519	研究论文	研究探讨了RXFP2基因的双等位变异如何导致先天性双侧隐睾和男性不育，并支持RXFP2在精子发生中的作用	首次在人类病例中证实RXFP2在精子发生成熟中的作用，并发现双等位变异导致男性不育	目前仅基于一个家庭的研究，需要更多病例验证	探讨RXFP2基因变异对男性生育能力的影响	RXFP2基因及其在精子发生中的作用	NA	男性不育	长读长测序、单细胞RNA测序、环AMP报告基因检测	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	一个家庭中的两名男性成员
1955	2024-11-20	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for human testicular ageing 2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deae199 PMID:39241251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸衰老的转录组图谱和潜在靶点	首次提供了年轻和老年人类睾丸的全面单细胞转录组图谱，并揭示了与睾丸衰老相关的分子机制和潜在治疗靶点	由于收集人类睾丸组织的困难，样本量有限，未来需要进一步的功能和机制研究	探讨人类睾丸衰老的分子基础和潜在治疗靶点	年轻和老年人类睾丸组织中的单细胞转录组	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6个年轻个体和6个老年个体的睾丸组织样本，以及10个年轻捐赠者和10个老年捐赠者的更大样本集
1956	2024-11-20	The Inflammatory Characteristics of Symptomatic Glioma Associated With Poor Prognosis and Chemoresistance via Tumor Necrosis Factor Signaling Pathway 2024-Oct, Brain tumor research and treatment DOI:10.14791/btrt.2024.0035 PMID:39542520	研究论文	研究分析了有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异，发现有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	首次揭示了有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应，导致预后不良和化疗耐药	研究为回顾性分析，样本量有限，需要进一步的前瞻性研究验证	探讨有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异及其对预后和化疗耐药的影响	有症状和无症状胶质瘤样本	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序 (RNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA数据	TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本
1957	2024-11-20	Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae586 PMID:39550222	研究论文	本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题	scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性	单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	Transformer	基因表达数据	九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集
1958	2024-11-20	Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.575008 PMID:38260361	研究论文	研究探讨了骨肉瘤细胞如何通过激活肺部微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并评估了尼达尼布作为治疗药物的潜力	首次揭示了骨肉瘤细胞通过诱导肺部微环境中的纤维化来促进肺转移，并证明了尼达尼布作为靶向治疗药物的有效性	研究主要基于小鼠模型和患者样本，需要进一步的临床试验验证	识别骨肉瘤肺转移的特定治疗靶点，阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制	骨肉瘤细胞、肺部微环境、尼达尼布	数字病理学	骨肉瘤	单细胞转录组学（scRNA-seq）、多参数免疫荧光、空间转录组学	NA	转录组数据	免疫功能正常的小鼠模型、患者样本、免疫缺陷的人源异种移植模型
1959	2024-11-20	Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data 2024-09-03, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021 PMID:38504523	研究论文	本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法	该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性	NA	研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制	卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序	RNA剪接多元模型	转录组数据	卵巢癌和肺癌来源的细胞系
1960	2024-11-20	Disruption of memory B-cell trafficking by belimumab in patients with systemic lupus erythematosus 2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae286 PMID:38775637	研究论文	研究探讨了贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞迁移的影响	首次深入分析了贝利木单抗对记忆B细胞的影响，揭示了其在治疗系统性红斑狼疮中的新机制	研究样本量较小，且仅限于特定的患者群体	探讨贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞的影响	系统性红斑狼疮患者的记忆B细胞	NA	系统性红斑狼疮	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞数据，转录组数据	1245名系统性红斑狼疮患者