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当前共找到 43167 篇文献，本页显示第 1941 - 1960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1941 | 2026-08-20 |
Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma
2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011537
PMID:40518290
|
研究论文 | 通过多组学分析发现肿瘤内在的SREBP1驱动肝细胞癌的免疫排斥，并提出潜在治疗靶点 | 首次通过大规模多组学分析（RNA-seq、蛋白质组、单细胞RNA-seq、成像质谱细胞术和空间脂质组学）识别SREBP1作为肝细胞癌免疫排斥的关键调控因子，并利用3D共培养模型验证其通过M2样巨噬细胞重编程抑制CD8 T细胞浸润 | 研究主要基于体外3D共培养模型，缺乏体内实验验证，且未涉及临床ICI治疗反应的患者分层验证 | 识别肝细胞癌中与免疫排斥相关的肿瘤内在驱动因子，以克服免疫检查点抑制剂耐药 | 肝细胞癌肿瘤标本（900+人类样本）和31个肿瘤单细胞RNA-seq样本，包括HepG2细胞系 | 基因组学, 蛋白质组学, 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 成像质谱细胞术, 空间脂质组学（MALDI）, CRISPR敲除, 3D共培养 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据, 空间脂质组数据 | 900+人类肿瘤标本（用于RNA-seq和蛋白质组学）和31个肿瘤样本（用于单细胞RNA-seq） | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间脂质组学, 成像质谱细胞术 | NA | NA |
| 1942 | 2026-08-20 |
Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis
2025-Jun, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00422-3
PMID:40216939
|
研究论文 | 本研究通过纵向单细胞转录组分析，揭示了小鼠乳腺正常发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的层级动态变化 | 首次解析了乳腺正常发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的层级分化动态，并发现Wnt9a是CD34肌成纤维细胞癌相关成纤维细胞衰老的调控因子 | 研究基于小鼠模型，需进一步在人类样本中验证 | 阐明乳腺正常形态发生和肿瘤发生过程中成纤维细胞的层级动态及其调控机制 | 小鼠乳腺组织中的成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过45,000个小鼠乳腺成纤维细胞，覆盖五个发育阶段和肿瘤发生过程 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1943 | 2026-08-20 |
Integrating HiTOP and RDoC frameworks part II: shared and distinct biological mechanisms of externalizing and internalizing psychopathology
2025-05-09, Psychological medicine
IF:5.9Q1
DOI:10.1017/S0033291725000819
PMID:40340892
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研究论文 | 本研究通过多组学方法整合HiTOP和RDoC框架，探究外化与内化精神病理学的共享和独特生物学机制 | 首次将HiTOP和RDoC框架结合多组学数据，系统性地跨基因、分子、细胞、回路和生理学五个层面分析精神病理学谱系 | 未提供明确的局限性信息 | 探究外化（EXT）、内化（INT）以及共享（EXT+INT）精神病理学谱系在RDoC分析单元上的生物学映射 | 外化、内化和共享精神病理学谱系，涉及基因、分子、细胞、脑回路和生理健康 | 机器学习 | 精神疾病 | 全基因组关联研究、药物重定位分析、单细胞RNA测序、磁共振成像 | NA | 基因组数据、单细胞表达数据、影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1944 | 2026-08-20 |
A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging
2025-01-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adn3949
PMID:39607904
|
研究论文 | 构建PanSci单细胞转录组图谱，分析小鼠衰老过程中细胞群体动态变化 | 首次整合超过2000万个细胞的单细胞转录组数据，揭示衰老相关的细胞状态和群体动态 | 未提供具体限制信息 | 阐明衰老相关的细胞群体动态变化 | 小鼠组织中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 623个小鼠组织样本，超过2000万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1945 | 2026-08-20 |
Cholesterol restriction primes antiviral innate immunity via SREBP1-driven noncanonical type I IFNs
2025-01, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00346-9
PMID:39668245
|
研究论文 | 本研究通过化学筛选发现他汀类药物通过SREBP1驱动非经典I型干扰素表达，增强RIG-I依赖的抗病毒先天免疫反应 | 首次揭示胆固醇限制通过SREBP1转录因子诱导非经典I型干扰素（如IFN-ω）表达，从而增强RIG-I信号通路，连接胆固醇代谢与先天免疫 | 他汀类药物对I型干扰素反应具有多效性，研究仅聚焦于RIG-I信号通路；肥胖模型显示RIG-I反应减弱，但机制未完全阐明 | 探究胆固醇代谢调控先天免疫反应的机制，特别是通过RIG-I信号通路 | RIG-I活性、小分子化合物、他汀类药物、SREBP1转录因子、I型干扰素、肺泡巨噬细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 化学筛选、单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 小鼠模型（正常及肥胖） | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 1946 | 2026-08-20 |
PKM2-mediated STAT3 phosphorylation promotes acute liver failure via regulating NLRP3-dependent pyroptosis
2024-12-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07227-w
PMID:39722076
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研究论文 | 本研究揭示了PKM2通过促进STAT3磷酸化调控NLRP3依赖性细胞焦亡，从而加重急性肝衰竭的机制 | 首次阐明PKM2通过核转位与STAT3结合，增强其磷酸化并促进NLRP3表达的非代谢功能，在巨噬细胞焦亡和急性肝衰竭中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限，且具体分子机制细节未完全阐明 | 探究PKM2在急性肝衰竭中调控炎症反应的分子机制，特别是对NLRP3介导的焦亡的影响 | 小鼠肝脏巨噬细胞及D-半乳糖胺/LPS诱导的急性肝衰竭小鼠模型 | 生物信息学 | 急性肝衰竭 | 单细胞转录组测序 | CNN | 基因表达数据 | 小鼠模型及巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1947 | 2026-08-20 |
Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0
2024-12-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910
PMID:39626665
|
研究论文 | 升级并标准化IOBR包至2.0版本，提供六个模块用于基于多组学数据的肿瘤微环境分析，并支持从单细胞RNA测序数据构建基因签名和参考矩阵以进行微环境反卷积 | IOBR 2.0提供了从数据预处理到建模的完整分析流程，并支持从单细胞RNA测序数据构建基因签名和参考矩阵，增强了多组学整合能力 | 文章未明确提及局限性 | 推进肿瘤微环境研究中的多组学整合，提供标准化的分析工具以增强对肿瘤免疫相互作用的理解 | 肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肿瘤 | 多组学分析，单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 转录组数据，多组学数据，单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | NA |
| 1948 | 2026-08-20 |
A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data
2024-12-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913
PMID:39644902
|
研究论文 | 提出一种基于配对基因表达相关性的统计方法CellTran，用于从单细胞RNA测序数据中系统识别过渡细胞 | 无需显式解析基因调控网络，仅利用配对基因表达相关性即可检测过渡细胞，区别于现有工具主要研究表达状态而非调控状态的变化 | 未明确说明，可能包括对调控网络推断的局限性或对复杂过渡状态的敏感性不足 | 从scRNA-seq数据中识别过渡细胞，揭示细胞状态转变的分子机制，以增强疾病干预治疗靶点的发现 | 过渡细胞及其基因表达谱 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 统计方法（非深度学习模型） | 单细胞转录组数据 | 不适用（未在标题和摘要中提供具体样本数量） | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 1949 | 2026-08-20 |
Single-cell RNA sequencing algorithms underestimate changes in transcriptional noise compared to single-molecule RNA imaging
2024-12-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100933
PMID:39662473
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研究论文 | 该研究利用小分子扰动（IdU）增强转录噪声，并通过比较多种单细胞RNA测序算法与单分子RNA荧光原位杂交技术，评估了scRNA-seq在量化转录噪声变化方面的准确性 | 首次系统性地将scRNA-seq算法与smFISH技术对比，评估其对转录噪声变化的量化能力，并发现所有算法均系统性低估噪声变化，同时提出IdU可全局增强噪声而不改变平均表达水平 | 研究仅基于特定的小分子扰动（IdU）和代表性基因panel，可能无法完全反映所有生物学条件下的噪声变化；smFISH仅验证了部分基因，无法覆盖全基因组范围 | 评估scRNA-seq算法在量化转录噪声变化方面的准确性，并与smFISH进行比较，以确定最佳噪声量化方法 | 人类和小鼠细胞系中的转录噪声变化，涉及约90%的基因及一组代表性基因 | 生物信息学，单细胞转录组学 | 不适用（NA） | 单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交 | 不适用（NA） | 基因表达数据（scRNA-seq和smFISH数据） | 人类和小鼠数据集，具体样本数未在标题和摘要中提供 | 不适用（NA） | 单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交 | 不适用（NA） | 不适用（NA） |
| 1950 | 2026-08-20 |
Expanding the landscape of antibody discovery
2024-12-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936
PMID:39689694
|
评论 | 本文评论了Wagner等人开发的一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序的新方法，用于筛选多样化的抗体基因文库与病毒受体蛋白文库 | 该方法创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序相结合，实现了配对抗体-抗原的文库对文库筛选，克服了传统筛选技术的挑战 | 摘要中未提及具体局限性 | 拓展抗体发现领域，实现高通量配对抗体-抗原筛选 | 抗体基因文库和病毒受体蛋白文库 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1951 | 2026-08-20 |
Cell type and dynamic state govern genetic regulation of gene expression in heterogeneous differentiating cultures
2024-12-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100701
PMID:39626676
|
研究论文 | 利用异质分化培养体系，结合单细胞RNA测序，研究人类遗传变异在不同细胞类型和动态状态下对基因表达的调控作用。 | 首次在异质分化培养体系中系统解析29种细胞类型的表达数量性状基因座，揭示分化轨迹上的动态调控效应，并复现已知效应。 | 未提及具体局限性。 | 阐明不同细胞类型和动态状态下遗传变异对基因表达的调控机制，加深对疾病相关位点的理解。 | 53名人类供体的异质分化培养细胞。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 53名供体，超过900,000个细胞。 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1952 | 2026-08-20 |
scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies
2024-12-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723
PMID:39667347
|
综述 | 对商业化的单细胞和空间组学技术进行动态综述，涵盖从基础到新兴的平台，并讨论其在药物研发中的应用 | 提供实时更新的活体综述，系统比较成熟与新兴商业平台，并强调微流控、组合索引及空间转录组学等关键技术趋势 | 未提及具体技术限制或比较分析，可能缺乏实验验证 | 综述单细胞和空间组学技术的商业化趋势及其在生物医学研究和药物开发中的应用 | 商业化的单细胞和空间组学平台 | 基因组学 | NA | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1953 | 2026-08-20 |
Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer
2024-12-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005
PMID:39658541
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研究论文 | 对117例高级别浆液性卵巢癌样本进行空间和分子表征，揭示化疗诱导的髓系驱动的空间性T细胞耗竭及其免疫治疗意义 | 首次揭示化疗后卵巢癌中髓系细胞网络（Myelonets）促进CD8 T细胞耗竭，并发现NECTIN2-TIGIT相互作用作为免疫检查点阻断的预测标志 | 未提供明确的局限性信息 | 理解标准化疗对高级别浆液性卵巢癌抗肿瘤免疫适应性的影响，并探索免疫治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 组织样本、单细胞基因表达数据、空间转录组数据 | 117例高级别浆液性卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1954 | 2026-08-20 |
WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis
2024-11-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886
PMID:39515332
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研究论文 | 提出了一种用于空间转录组学分析的加权集成方法WEST，以提高数据分析的性能和鲁棒性 | 利用集成技术结合多个方法，提升空间域检测的准确性和灵活性，具有广泛的适用性 | 未明确提及局限性；可能依赖于合成和真实数据集的验证 | 开发一种通用的空间转录组数据分析方法，以有效整合表达和空间信息 | 空间转录组学数据，包括合成和真实数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 集成方法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1955 | 2026-08-20 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-11-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905
PMID:39561717
|
研究论文 | 提出了一种名为ConDecon的无聚类方法，用于从单细胞RNA测序数据推断bulk组织中每个细胞存在的可能性，从而无需依赖离散细胞类型即可进行基因表达去卷积。 | 创新点在于开发了ConDecon，一种聚类独立的去卷积方法，能够推断连续细胞过程（如细胞分化或免疫细胞激活）中的细胞状态，相比基于回归的方法提高了表型分辨率和功能性。 | 局限性在于ConDecon可能依赖于单细胞数据的质量和代表性，且对于噪声或批次效应敏感，但摘要未明确提及具体限制。 | 旨在通过单细胞RNA-seq数据，以聚类独立的方式估计bulk组织中的细胞丰度，提高去卷积的分辨率，以支持对连续细胞过程的推断。 | 研究对象包括儿科室管膜瘤中的神经退行性小胶质细胞炎症通路及其间质转化，以及bulk ATAC-seq等其他数据模态。 | 机器学习, 生物信息学 | 儿科室管膜瘤, 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序，bulk ATAC测序 | NA | 基因表达数据，ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，bulk ATAC测序 | NA | NA |
| 1956 | 2026-08-20 |
Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics
2024-Nov-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1
PMID:39606471
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和CITE-seq技术，解码人类子宫内膜中组织驻留树突状细胞（uDCs）的功能和发育轨迹 | 首次通过整合单细胞RNA测序和CITE-seq技术，全面解析人子宫内膜中uDCs的亚型、发育轨迹及其在胚胎着床前后的特定功能 | 未提供具体的样本量和验证实验，uDCs在女性生殖疾病中的直接作用仍需进一步研究 | 阐明人类子宫内膜中uDCs的起源、分子特征及在胚胎着床前后的特定作用 | 人类子宫内膜组织中的树突状细胞（uDCs） | 单细胞组学 | 女性生殖障碍 | 单细胞RNA测序、CITE-seq | NA | 基因表达数据、表面蛋白表达数据 | 未明确 | NA | 单细胞RNA测序、CITE-seq | NA | NA |
| 1957 | 2026-08-20 |
Jag1 insufficiency alters liver fibrosis via T cell and hepatocyte differentiation defects
2024-11, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00145-8
PMID:39358604
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研究论文 | 本研究使用Alagille综合征小鼠模型，结合单细胞RNA测序和多色流式细胞术，揭示Jag1单倍剂量不足通过影响T细胞和肝细胞分化导致肝纤维化的机制。 | 首次证明Jag1基因单倍剂量不足通过肝细胞和免疫细胞（尤其是调节性T细胞）的相互作用决定Alagille综合征的纤维化进程。 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未深入探讨除T细胞和肝细胞外的其他细胞类型在纤维化中的作用。 | 阐明Jag1单倍剂量不足如何通过肝细胞和T细胞分化缺陷促进Alagille综合征中的肝纤维化。 | Alagille综合征小鼠模型（Jag1缺陷小鼠）、Rag1小鼠及患者肝脏样本。 | 免疫学、肝病学、分子生物学 | Alagille综合征、肝纤维化 | 单细胞RNA测序、多色流式细胞术、过继转移、DSS诱导结肠炎、胆管结扎 | 小鼠模型（Jag1缺陷、Rag1缺陷） | 单细胞基因表达数据、流式细胞术数据、组织学数据 | 小鼠模型若干组及患者肝脏样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序系统 |
| 1958 | 2026-08-20 |
Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve
2024-10-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864
PMID:39326411
|
研究论文 | 开发了scResolve方法，用于从多细胞分辨率的空间转录组数据中恢复单细胞表达谱 | 提出了一种新方法scResolve，能够从多细胞分辨率的空间转录组数据中准确恢复单个细胞在原始位置的表达谱，这一能力是传统细胞类型解卷积方法无法实现的，并支持细胞类型特异性的差异表达分析和罕见细胞群识别 | 摘要中未提及局限性 | 开发一种从空间转录组数据中恢复单细胞表达谱的方法，以提升空间分析的精度和灵活性 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 肺部疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1959 | 2026-08-20 |
Generation, expansion, gene delivery, and single-cell profiling in rhesus macaque plasma B cells
2024-10-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100878
PMID:39406231
|
研究论文 | 本研究开发了在恒河猴血浆B细胞中进行纯化、扩增、基因递送和单细胞分析的方法，为工程化B细胞治疗提供大型动物模型验证。 | 首次在非人灵长类恒河猴血浆B细胞中建立了完整的扩增、分化、AAV基因递送和单细胞分析流程，并发现了与人类不同的调控分子表达模式。 | 未提供具体局限性信息。 | 开发用于评估工程化B细胞在免疫健全大型动物模型中的方法。 | 恒河猴（非人灵长类）血浆B细胞。 | 单细胞测序、分子生物学 | NA | 单细胞测序、流式细胞术、AAV转导 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | 恒河猴B细胞；培养7天后扩增10倍（具体样本量未给出） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1960 | 2026-08-20 |
Dissecting the dynamic cellular transcriptional atlas of adult teleost testis development throughout the annual reproductive cycle
2024-10-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202296
PMID:38477640
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序，构建了成年黑石斑鱼在年度生殖周期中睾丸发育的动态细胞图谱，揭示了生殖细胞和体细胞的发育轨迹及相互作用网络 | 首次在成年硬骨鱼年度生殖周期中，利用单细胞转录组测序精细解析睾丸细胞异质性，并展示了精原细胞从糖酵解到线粒体呼吸的生物能量转换 | 未提及具体局限性 | 解析硬骨鱼睾丸在年度生殖周期中的动态细胞图谱，为精子发生调控和濒危物种种质保存奠定基础 | 成年黑石斑鱼的睾丸细胞，涵盖退化期、再生期和分化期 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组测序 | 不适用 | 单细胞基因表达数据 | 来自成年黑石斑鱼在退化期、再生期和分化期的睾丸细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |