单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19541	2024-08-08	scRNA-seq for Microcephaly Research [I]: Single-Cell Droplet Encapsulation, mRNA Capture, and cDNA Synthesis 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_8 PMID:36418727	研究论文	本文描述了一种基于Drop-Seq方法的单细胞RNA测序技术，用于小头症研究	采用纳米级液滴物理分离细胞并同时引入细胞特异性DNA条形码，提高了样本处理的高通量	NA	探索单细胞RNA测序技术在小头症研究中的应用	小头症样本组织	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	最少150,000个细胞，最多可捕获5000个单细胞转录本
19542	2024-08-08	scRNA-seq for Microcephaly Research [III]: Computational Analysis of scRNA-seq Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_10 PMID:36418729	研究论文	本文专注于单细胞转录组分析（scRNA-seq）数据的计算分析，特别是从Drop-Seq平台生成的大规模scRNA-seq数据中解析生物信号	利用scRNA-seq技术同时探索数千个单细胞的基因表达模式	NA	解析从大规模scRNA-seq数据中提取的生物信号	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	数千个单细胞
19543	2024-08-08	scRNA-seq for Microcephaly Research [IV]: Dirichlet Regression for Single-Cell Population Differences 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2752-5_11 PMID:36418730	研究论文	本文介绍了使用Dirichlet回归分析单细胞RNA测序数据中细胞组成的差异	首次采用Dirichlet回归方法比较不同条件下细胞组成的差异	仅限于分析多个生物学重复样本的情况	研究微头症中单细胞RNA测序数据的细胞组成变化	单细胞RNA测序数据中的细胞群差异	生物信息学	微头症	scRNA-seq	Dirichlet回归	单细胞RNA测序数据	多个生物学重复样本（三个或更多）
19544	2024-08-08	High-level of intratumoral GITR+ CD4 T cells associate with poor prognosis in gastric cancer 2022-Dec-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105529 PMID:36419848	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了胃癌患者中GITR+ CD4 T细胞的表达模式及其与预后的关系	揭示了GITR+ CD4 T细胞在胃癌中的免疫抑制作用及其与预后的关联，并发现Treg细胞中GITR蛋白的分布受微环境影响	NA	探讨GITR在胃癌中的表达模式及其对预后的影响	胃癌患者的GITR+ CD4 T细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19545	2024-08-08	Expression and regulatory characteristics of peripheral blood immune cells in primary Sjögren's syndrome patients using single-cell transcriptomic 2022-Dec-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105509 PMID:36425764	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术分析了原发性干燥综合征患者外周血单个核细胞的免疫细胞亚群表达及调控特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了原发性干燥综合征患者外周血单个核细胞中CD14单核细胞的转录因子表达及目标基因调控情况，并提出了基于表达的CD56CD16 NK细胞分类系统	研究样本量较小，仅包括三名患者和三名健康对照	探讨原发性干燥综合征患者外周血免疫细胞亚群的表达及调控特性	原发性干燥综合征患者及健康对照的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	68,500个外周血单个核细胞，来自三名原发性干燥综合征患者和三名健康对照
19546	2024-08-08	Neuronal cell types, projections, and spatial organization of the central amygdala 2022-Dec-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105497 PMID:36425768	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、多重荧光杂交、免疫组织化学和远距离投射映射，对中央杏仁核（CEA）的细胞类型进行了“自下而上”的理解	本文识别了两种在先前研究中未被解决的主要细胞类型，并揭示了与表达相关的新型CEA子域	NA	研究中央杏仁核的细胞类型、投射和空间组织	中央杏仁核的细胞类型和电路	NA	NA	单细胞RNA测序、多重荧光杂交、免疫组织化学	NA	细胞	涵盖了所有CEA神经元的三分之一
19547	2024-08-08	High precision, high throughput generation of droplets containing single cells 2022-12-06, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d2lc00841f PMID:36416090	研究论文	本文介绍了一种简单的被动微流控系统，能够高效地生成包含单细胞的液滴，具有极高的吞吐量和极低的错误率	该技术克服了单细胞封装过程中的随机性问题，显著提高了效率和吞吐量，并增强了组合液滴实验的可预测性	NA	开发一种高精度、高吞吐量的单细胞液滴生成技术	单细胞封装技术及其在单细胞测序、稀有细胞分离、免疫学或癌症生物学中的多细胞/珠研究中的应用	微流控技术	NA	微流控技术	NA	NA	每分钟生成超过22,000个单细胞加载的液滴
19548	2024-08-08	The kidney-more than the sum of its cellular parts 2022-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.08.032 PMID:36411017	研究论文	本文探讨了肾脏作为一个复杂器官，其细胞间相互作用对生理和病理生理的影响，并利用单细胞测序技术和空间转录组学等方法来解析这些相互作用	利用单细胞测序技术和空间转录组学等先进技术，解析肾脏细胞间复杂的生理和病理生理相互作用，并发现新的生物标志物和治疗选项	NA	解析肾脏细胞间相互作用的复杂生理和病理生理机制	肾脏及其细胞间的相互作用	数字病理学	NA	单细胞测序技术，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
19549	2024-08-08	Urinary single-cell transcriptomics: a promising noninvasive method for assessing acute kidney injury 2022-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.09.006 PMID:36411018	研究论文	探讨利用尿液单细胞RNA测序评估人类急性肾损伤的可行性	提出了一种新的非侵入性方法——尿液单细胞RNA测序，用于评估急性肾损伤，可能发现新的生物标志物和治疗靶点	NA	探索非侵入性方法获取肾脏内部信息，以理解急性肾损伤的机制	急性肾损伤患者尿液中的单细胞	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
19550	2024-08-08	Empagliflozin reduces kidney fibrosis and improves kidney function by alternative macrophage activation in rats with 5/6-nephrectomy 2022-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2022.113947 PMID:36411661	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了SGLT2抑制剂empagliflozin在5/6肾切除大鼠模型中对肾脏纤维化和肾功能的改善作用及其机制。	首次揭示了empagliflozin通过抑制CD206+CD68+ M2巨噬细胞极化，靶向mTOR和自噬途径，以及减弱CD8+效应T细胞的炎症信号，来改善肾脏功能和形态。	NA	探讨empagliflozin在5/6肾切除大鼠中改善肾脏功能和减少纤维化的机制。	5/6肾切除大鼠的肾脏细胞。	数字病理学	慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	多个5/6肾切除大鼠的肾脏样本
19551	2024-08-08	A single-cell human islet interactome atlas identifies disrupted autocrine and paracrine communications in type 2 diabetes 2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac084 PMID:36415826	研究论文	本文通过单细胞转录组学数据分析，构建了人类胰岛互作图谱，并探讨了其在2型糖尿病中的变化	首次构建了人类胰岛互作图谱模型，识别了2型糖尿病中失调的自分泌和旁分泌通信	NA	研究胰岛细胞间的协同通信，并探讨其在2型糖尿病中的变化	2型糖尿病患者和非糖尿病患者的胰岛细胞	NA	2型糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	3046个细胞，分为7种细胞类型
19552	2024-08-08	Impacts of neoadjuvant chemoradiotherapy on the immune landscape of esophageal squamous cell carcinoma 2022-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104371 PMID:36434949	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新辅助化疗放疗对食管鳞状细胞癌免疫微环境的影响	首次全面描绘了新辅助化疗放疗相关的免疫变化，为理解食管鳞状细胞癌对新辅助化疗放疗的免疫机制提供了深入见解	NA	探究新辅助化疗放疗对食管鳞状细胞癌肿瘤免疫微环境的影响	食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗放疗前后的免疫微环境变化	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	8名男性患者的8个新辅助化疗放疗前样本和7个新辅助化疗放疗后样本
19553	2024-08-08	CTLA-4 on thymic epithelial cells complements Aire for T cell central tolerance 2022-11-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2215474119 PMID:36409920	研究论文	研究发现在髓质胸腺上皮细胞（mTECs）中表达的共抑制受体细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4（CTLA-4）对T细胞中枢耐受的建立起到补充Aire因子的作用	发现CTLA-4在mTECs中的表达对T细胞中枢耐受的建立起到补充Aire因子的作用	研究中未发现CTLA-4缺失的胸腺上皮细胞小鼠有主要免疫缺陷，但存在轻微的炎症水平增加和部分Foxp3CD4调节T细胞生成缺陷	探讨CTLA-4在胸腺上皮细胞中对T细胞中枢耐受的作用	髓质胸腺上皮细胞（mTECs）和CTLA-4的表达	免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	CTLA-4缺失的胸腺上皮细胞小鼠
19554	2024-08-08	Single-cell RNA-sequencing data analysis reveals a highly correlated triphasic transcriptional response to SARS-CoV-2 infection 2022-11-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04253-4 PMID:36435849	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了SARS-CoV-2感染后的人支气管上皮细胞和结肠及回肠类器官的转录反应	揭示了SARS-CoV-2感染后转录反应的非线性模式，包括初始和最终的下调阶段以及中间的上调阶段	NA	研究SARS-CoV-2感染后的转录反应机制	人支气管上皮细胞和结肠及回肠类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个细胞
19555	2024-08-08	Identification of molecular classification and gene signature for predicting prognosis and immunotherapy response in HNSCC using cell differentiation trajectories 2022-11-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-24533-7 PMID:36437265	研究论文	本文旨在探讨细胞分化轨迹在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的临床意义，通过共识聚类分析识别不同的分子亚型，并基于分化相关基因（DRGs）开发预测HNSCC患者预后的风险模型。	本文通过细胞分化轨迹识别了不同的分子亚型，并构建了一个基于差异表达预后DRGs的新型签名，能够预测患者的预后和免疫治疗反应。	NA	探索细胞分化轨迹在HNSCC中的临床意义，并开发预测患者预后和免疫治疗反应的分子分类和基因签名。	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者及其分子亚型和预后预测。	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），共识聚类分析，加权相关网络分析（WGCNA），Cox回归分析	NA	RNA序列数据	NA
19556	2024-08-08	Bi-potential hPSC-derived Müllerian duct-like cells for full-thickness and functional endometrium regeneration 2022-Nov-23, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00263-2 PMID:36418304	研究论文	研究首次通过有效协议生成人多能干细胞衍生的Müllerian管样细胞，这些细胞能够分化为子宫内膜上皮和基质细胞，并在体内外重建全层子宫内膜	本研究首次生成了人多能干细胞衍生的Müllerian管样细胞，这些细胞具有双向分化潜能，能够重建全层子宫内膜，并显示出在体内修复子宫内膜结构和恢复妊娠功能的能力	NA	开发基于干细胞的组织再生策略，用于治疗严重的子宫内膜损伤	人多能干细胞衍生的Müllerian管样细胞及其在子宫内膜再生中的应用	NA	子宫内膜损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19557	2024-08-08	Establishment of an ovarian cancer omentum metastasis-related prognostic model by integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2022-Nov-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01059-0 PMID:36424614	研究论文	本文通过综合分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，建立了一个与卵巢癌网膜转移相关的预后模型。	首次在单细胞水平上分析卵巢癌网膜转移，探索和理解细胞功能和遗传水平的网膜转移及预后。	NA	建立一个与卵巢癌网膜转移相关的预后模型，并分析这些基因在卵巢癌网膜转移中的潜在机制。	卵巢癌网膜转移的细胞类型、分化轨迹、肿瘤微环境及免疫浸润。	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO, Cox回归	基因表达数据	9885个细胞来自6名患者，GSE132342数据集包含3769名患者，TCGA-OV数据集包含379名患者。
19558	2024-08-08	How vascular smooth muscle cell phenotype switching contributes to vascular disease 2022-11-21, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-022-00993-2 PMID:36411459	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（VSMCs）在血管疾病中的表型转换及其分子机制和功能角色	近年来，由于单细胞测序和细胞谱系追踪技术的快速发展，揭示了多种VSMCs表型在血管老化、动脉粥样硬化（AS）和主动脉瘤（AA）中的存在	NA	探讨VSMCs表型转换在血管老化、AS和AA中的分子机制及其贡献	血管平滑肌细胞的表型转换及其在血管疾病中的作用	NA	心血管疾病	单细胞测序、细胞谱系追踪	NA	NA	NA
19559	2024-08-08	Comprehensive Analysis of Cuproptosis-Related Genes in Prognosis and Immune Infiltration of Hepatocellular Carcinoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2022-Nov-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14225713 PMID:36428805	研究论文	本研究通过大量和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于铜死亡相关基因（CRGs）的多基因签名模型，用于预测肝细胞癌（HCC）的预后和免疫浸润特征	首次综合分析了CRGs在HCC中的预后潜力和肿瘤免疫微环境（TIME）特征	NA	研究CRGs在HCC中的预后价值和免疫微环境特征	肝细胞癌（HCC）中的铜死亡相关基因（CRGs）	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	LASSO Cox回归分析	RNA测序数据	两个队列的数据用于验证
19560	2024-08-08	The Molecular Signature of Human Testicular Peritubular Cells Revealed by Single-Cell Analysis 2022-11-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11223685 PMID:36429113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了人类睾丸间质细胞的分子特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸间质细胞的分子特征，并识别了四种细胞状态，发现了一些未知功能，如产生视黄酸的能力	文中提到体外和体内表达基因的微小差异可能是由于细胞可塑性，但未深入探讨	定义和研究人类睾丸间质细胞的特征和功能	人类睾丸间质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从正常精子发生供体的睾丸样本中分离出的培养的人类睾丸间质细胞