单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19441	2024-08-08	Identification of immune cell function in breast cancer by integrating multiple single-cell data 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1058239 PMID:36479102	研究论文	本研究通过整合两个公开的乳腺癌单细胞RNA测序数据集，探讨了肿瘤微环境中不同类型免疫细胞的功能	本研究利用单细胞RNA测序技术，全面评估了细胞间的异质性，并揭示了不同细胞类型的基因表达状态	由于样本大小和测序深度的影响，不同细胞类型在乳腺癌中的基因特异性无法完全揭示	旨在识别对乳腺癌免疫微环境至关重要的细胞类型特异性基因，以促进乳腺癌治疗	研究对象包括乳腺癌中的B细胞、T细胞和巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	整合了两个公开的乳腺癌scRNA-seq数据集
19442	2024-08-08	Optimization of chondrocyte isolation from human articular cartilage to preserve the chondrocyte transcriptome 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.1046127 PMID:36479429	研究论文	本文优化了从人类关节软骨中分离软骨细胞的程序，以最大限度地保留软骨细胞的转录组	研究引入了在低氧条件下立即处理软骨组织和使用不同浓度的胶原酶II以及Actinomycin D来稳定转录组的方法	NA	优化从人类关节软骨中分离软骨细胞的程序，以保留软骨细胞的转录组	人类关节软骨中的软骨细胞	NA	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自骨关节炎患者的软骨组织
19443	2024-08-08	Anesthesia and developing brain: What have we learned from recent studies 2022, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2022.1017578 PMID:36479527	综述	本文综述了近年来关于麻醉对发育中大脑影响的研究进展，提供了保护不成熟大脑的有用建议和潜在治疗靶点	结合单细胞测序技术筛选非人灵长类动物中的差异基因表达，并在啮齿类动物中进行验证	啮齿类模型中的机制是否具有临床相关性仍不明确，且使用非人灵长类动物模型的研究机构较少	探讨麻醉对发育中大脑的神经毒性影响及其机制，并寻找新的解决方案	发育中的大脑	NA	NA	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	NA
19444	2024-08-08	Immune and non-immune cell subtypes identify novel targets for prognostic and therapeutic strategy: A study based on intratumoral heterogenicity analysis of multicenter scRNA-seq datasets in lung adenocarcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1046121 PMID:36483553	研究论文	本研究基于多中心单细胞RNA测序数据集，分析了肺腺癌中的肿瘤内异质性，识别了免疫和非免疫细胞亚型，并揭示了潜在的预后和治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术，系统分析了肺腺癌的多中心数据集，识别了15种主要细胞类型和57个细胞亚群，并发现了多种潜在的生物标志物	NA	旨在通过分析肺腺癌的肿瘤内异质性，识别新的预后和治疗靶点，以改善临床治疗效果	肺腺癌中的免疫和非免疫细胞亚型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多中心数据集
19445	2024-08-05	Microglial INPP5D limits plaque formation and glial reactivity in the PSAPP mouse model of Alzheimer's disease 2023-06, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.12821 PMID:36448627	研究论文	该文章研究了微小胶质细胞中INPP5D基因在阿尔茨海默病小鼠模型中的作用	文章揭示了INPP5D的条件性下调如何增加斑块负担及微小胶质细胞的招募，并鉴定了CST7作为新的斑块标记物	文章未提及研究的局限性	探讨INPP5D在阿尔茨海默病小鼠模型中的功能与影响	使用APPKM670/671NL /PSEN1Δexon9（PSAPP）小鼠模型和Inpp5d基因敲除小鼠进行研究	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	PSAPP小鼠	组织样本	实验涉及3个月大和6个月大小鼠
19446	2024-08-05	Early fate bias in neuroepithelial progenitors of hippocampal neurogenesis 2023-04, Hippocampus IF:2.4Q3 DOI:10.1002/hipo.23482 PMID:36468233	研究论文	本研究报道了小鼠海马发育过程中神经上皮祖细胞的命运偏倚和基因表达程序	揭示了早期神经上皮干细胞向海马特定神经前体细胞或非神经细胞命运的限制	缺乏对早期命运限制机制的深入研究	探究早期神经上皮干细胞与后生神经发生细胞之间的克隆关系	小鼠海马中的神经上皮干细胞及其克隆相关细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	数千个克隆相关细胞
19447	2024-08-05	Single-cell RNA-Seq analysis of diabetic wound macrophages in STZ-induced mice 2023-Mar, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1007/s12079-022-00707-w PMID:36445632	研究论文	本研究对糖尿病伤口中的巨噬细胞进行了单细胞RNA测序分析	识别了一种先前未描述的巨噬细胞群体，并分析了其基因表达和可能的功能	仅在STZ诱导的糖尿病小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类情况	研究糖尿病慢性伤口中巨噬细胞的异质性及其在伤口愈合中的作用	糖尿病慢性伤口中的巨噬细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	CD45+免疫细胞，来自17个细胞群体
19448	2024-08-05	Experimental validation of in silico analysis estimated the reverse effect of upregulated hsa-miR-106a-5p and hsa-miR-223-3p on SLC4A4 gene expression in Iranian patients with colorectal adenocarcinoma by RT-qPCR 2023-03, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.5499 PMID:36468451	研究论文	本研究利用计算分析和实验技术研究了结肠直肠癌中共表达基因及其相关miRNA网络	首次确认了SLC4A4作为结肠直肠癌的下调核心基因，并识别出hsa-miR-223-3p和hsa-miR-106a-5p作为其特定的核心miRNA	需要进一步的实验数据来支持本研究的结果和验证精确的分子通路	研究结肠直腸癌中的共表达基因及其miRNA网络	伊朗结肠直肠腺癌患者的组织样本及其相关的miRNA	数字病理学	结肠癌	RT-qPCR	加权基因共表达网络算法	转录组数据	从结肠直肠癌患者提取的癌症和相邻正常组织样本
19449	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing of Arabidopsis Leaf Tissues Identifies Multiple Specialized Cell Types: Idioblast Myrosin Cells and Potential Glucosinolate-Producing Cells 2023-Mar-01, Plant & cell physiology DOI:10.1093/pcp/pcac167 PMID:36440710	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了拟南芥叶片组织的转录组，识别并验证了多种特化细胞类型，包括芥子细胞和潜在的硫代葡萄糖苷合成细胞	本研究通过使用单细胞转录组数据和β-葡萄糖醛酸酶启动子分析，发现了新的特异性报告基因，用于芥子细胞和潜在硫代葡萄糖苷合成细胞的鉴定	不同植物发育阶段和细胞类型注释方法的差异限制了研究间的比较	旨在通过单细胞转录组分析，深入了解拟南芥叶片中硫代葡萄糖苷-芥子酶防御系统相关细胞类型的表达特征	拟南芥叶片组织中的特化细胞类型，特别是芥子细胞和硫代葡萄糖苷合成细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	扩展的拟南芥叶片组织中的多个细胞类型
19450	2024-08-08	Single-cell discovery of the scene and potential immunotherapeutic target in hypopharyngeal tumor environment 2023-03, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-022-00567-x PMID:36460803	研究论文	本文构建了首个喉下癌的单细胞转录组图谱，并探索了其潜在机制	首次构建了喉下癌的单细胞转录组图谱，并识别了七种细胞类型，包括上皮细胞和髓系细胞	NA	研究喉下癌的细胞通信机制及其潜在的免疫治疗靶点	喉下癌及其癌旁组织的单细胞转录组数据	数字病理学	喉下癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	17,599个细胞
19451	2024-08-05	Meta-Analysis of Human Cancer Single-Cell RNA-Seq Datasets Using the IMMUcan Database 2023-02-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0074 PMID:36459564	meta-analysis	开发了一个专门用于人类癌症的单细胞RNA测序数据库IMMUcan scDB并进行了元分析	提供了一个集成化、可公开访问的数据库，涵盖56种不同癌症类型的144个数据集，并具有详细的临床和生物信息注释	数据异质性和研究之间的变异性可能对结果造成影响	探讨与肿瘤微环境相关的单细胞RNA测序数据并进行元分析	涉及56种不同癌症类型的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	144个数据集
19452	2024-08-08	Development of a personalized dendritic cell vaccine and single-cell RNA sequencing-guided assessment of its cell type composition 2023-02, Cytotherapy IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.jcyt.2022.10.013 PMID:36443171	研究论文	本文研究了一种个性化树突状细胞疫苗的细胞类型组成，并通过单细胞RNA测序技术进行评估	首次通过单细胞转录组分析方法，详细研究了DC疫苗CUD-002的细胞类型组成，并确认了其安全性	NA	旨在评估和解决基于树突状细胞的免疫治疗产品在制造过程中细胞类型异质性的监管考虑	个性化树突状细胞疫苗CUD-002的细胞类型组成及其安全性	免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19453	2024-08-08	Heterogeneity of Circulating Epithelial Cells in Breast Cancer at Single-Cell Resolution: Identifying Tumor and Hybrid Cells 2023-02, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202200206 PMID:36449636	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析非转移性乳腺癌患者中CD45阴性和CD45阳性循环上皮细胞（CECs）的异质性	首次在单细胞分辨率下识别出乳腺癌中的肿瘤细胞和杂交细胞，并发现CD45 CECs中存在大量拷贝数异常，与肿瘤分级正相关	需要进一步研究以确定哪些循环肿瘤和杂交细胞亚群对乳腺癌转移有贡献	研究循环肿瘤细胞和杂交细胞在乳腺癌中的异质性及其在转移中的作用	非转移性乳腺癌患者的循环上皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	非转移性乳腺癌患者的循环上皮细胞
19454	2024-08-08	Single-cell genomics illustrates heterogeneous phenotypes of myocardial fibroblasts under ischemic insults 2023-02-01, Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologie cellulaire DOI:10.1139/bcb-2022-0229 PMID:36458696	研究论文	本文通过单细胞基因组学研究，揭示了心肌纤维母细胞在缺血损伤下的表型异质性	首次在单细胞分辨率下揭示了心肌纤维母细胞在缺血和再灌注条件下的表型异质性	NA	探索心肌纤维母细胞在心肌梗死区域的再生/修复反应	心肌纤维母细胞的表型异质性	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从心肌梗死区域的Yucatan小型猪中分离的心肌纤维母细胞
19455	2024-08-08	Molecular Dissection of Somatic Skeletal Disease in Neurofibromatosis Type 1 2023-02, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.4755 PMID:36459048	研究论文	本研究通过时间序列单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了神经纤维瘤病1型（NF1）患者来源的假关节样本中的骨基质细胞（BSCs），揭示了NF1相关骨骼疾病的发病机制。	首次应用时间序列单细胞RNA测序技术研究NF1患者的骨基质细胞，揭示了Clec11a-Itga11-Wnt信号通路在NF1相关骨骼疾病中的作用。	研究主要集中在细胞和分子层面，缺乏对NF1患者骨骼疾病的临床治疗效果的直接评估。	探讨NF1患者骨骼疾病的发病机制。	NF1患者的骨基质细胞和假关节样本。	数字病理学	神经纤维瘤病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	患者匹配的控制组和假关节来源的初级骨基质细胞
19456	2024-08-05	Longitudinal single-cell analysis of SARS-CoV-2-reactive B cells uncovers persistence of early-formed, antigen-specific clones 2023-01-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165299 PMID:36445762	研究论文	研究了COVID-19感染和疫苗接种后B细胞克隆的持久性和演变	首次长期跟踪分析了特异性B细胞克隆在COVID-19患者中的持续存在与演变	仅针对重症COVID-19患者进行样本收集，样本代表性可能有限	预测新兴病毒变种的免疫反应并优化疫苗	重症COVID-19患者的抗原特异性B细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序、CITE-Seq、B细胞受体测序（BCR-Seq）	NA	基因组数据	重症COVID-19患者的纵向样本
19457	2024-08-08	Single-cell analysis reveals distinct functional heterogeneity of CD34+ cells in anagen wound and diabetic wound 2023-01-08, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.11.080 PMID:36463761	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了正常、生长期和糖尿病伤口中的CD34细胞的表型和功能异质性	首次揭示了CD34细胞在不同类型伤口中的功能异质性及其对伤口愈合的影响	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类样本中验证结果	探究CD34细胞在不同类型伤口中的功能异质性及其对伤口愈合的影响	CD34细胞在正常、生长期和糖尿病伤口中的表型和功能	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从小鼠伤口边缘收集的CD34细胞
19458	2024-08-05	SCExecute: custom cell barcode-stratified analyses of scRNA-seq data 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac768 PMID:36448703	研究论文	本文介绍了SCExecute工具，用于分析条形码分层的单细胞RNA测序数据	SCExecute支持用户自定义命令在按条形码分层的单细胞对齐文件上执行，填补了现有工具在细胞特征分析中的不足	该工具的效用可能受限于用户对命令行的熟悉程度和可用计算资源	研究如何使用现有工具对条形码分层的scRNA-seq数据进行定制的细胞水平分析	条形码分层的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	序列数据	使用了10X Genomics Chromium系统的droplet scRNA-seq数据进行示例
19459	2024-08-05	Targeting CCL5 signaling attenuates neuroinflammation after seizure 2023-01, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14006 PMID:36440924	研究论文	该研究旨在探讨CCL5信号通路在癫痫后神经炎症中的作用	本研究首次揭示了CCL5/CCR5信号通路在癫痫模型小鼠中的重要性，并展示了通过Maraviroc干预该信号通路的有效性	本研究使用的小鼠模型可能无法完全模拟人类癫痫的复杂性	研究CCL5/CCR5信号通路在癫痫后神经炎症中的潜在靶向作用	癫痫小鼠模型及其海马区域的转录组特征	数字病理学	癫痫	10× Genomics空间转录组学	NA	基因表达数据	癫痫小鼠数目不明
19460	2024-08-05	CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis 2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201537R PMID:36468677	研究论文	本研究探讨了CD73生成的细胞外腺苷在胰腺炎中缓解中性粒细胞介导的组织损伤和抑制化生的作用	该研究首次揭示了CD73在胰腺炎中的关键作用，并提出CD73增益剂作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果可能在人类患者中存在差异	研究CD73在急性和慢性胰腺炎中的作用及其机制	CD73敲除小鼠与C57BL/6小鼠（野生型）	数字病理	胰腺炎	免疫组化和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	组织样本	CD73小鼠和C57BL/6小鼠