单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 19401 - 19420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 19401 | 2024-08-08 |
Immunosuppressive role of SPP1-CD44 in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma assessed by single-cell RNA sequencing
2023-Aug, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-022-04498-w
PMID:36469154
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）及其在肝内胆管癌（ICC）肿瘤微环境中通过CD44的免疫抑制作用。 | 首次揭示了SPP1通过CD44在肝内胆管癌肿瘤微环境中对T细胞增殖的抑制作用，并识别了免疫抑制细胞因子TGFβ-3作为CD44的诱导因子。 | 研究基于已发表的转录组数据，可能受限于样本量和数据来源的多样性。 | 旨在阐明SPP1在肝内胆管癌中的生物学功能及其免疫抑制作用。 | 研究对象包括9名患者的肝内胆管癌及其邻近肝组织的细胞。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 62,770个细胞 |
| 19402 | 2024-08-08 |
FLG Deficiency in Mice Alters the Early-Life CD4+ T-Cell Response to Skin Commensal Bacteria
2023-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.10.019
PMID:36496196
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研究论文 | 研究FLG缺陷小鼠在早期生活中对皮肤共生细菌的CD4+ T细胞反应的改变 | 首次揭示了FLG缺陷小鼠在新生儿期皮肤屏障功能微小差异伴随的共生菌特异性CD4反应的偏斜，及其对皮肤免疫稳态的持久影响 | NA | 探讨FLG缺陷是否影响新生儿皮肤屏障功能，并改变共生菌特异性T细胞的质量和功能影响 | FLG缺陷小鼠和野生型小鼠的新生儿皮肤屏障和早期皮肤免疫反应 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | C57BL/6 Flg小鼠和野生型小鼠的新生儿 |
| 19403 | 2024-08-05 |
Testing for Phylogenetic Signal in Single-Cell RNA-Seq Data
2023-04, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0357
PMID:36475926
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研究论文 | 本文首次证明单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据包含足够的进化信号，可用于系统发育分析。 | 首次展示了单细胞RNA测序数据在重建细胞之间的系统发育关系方面的应用潜力。 | 尚需进一步研究以完善和改进这些方法，以全面捕捉癌症中的体细胞进化动态。 | 探讨如何利用单细胞RNA测序数据进行系统发育分析。 | 单细胞RNA测序数据及其在肿瘤细胞中的表达水平和单核苷酸变异(SNV)。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19404 | 2024-08-08 |
HTNV infection induces activation and deficiency of CD8+MAIT cells in HFRS patients
2023-03-08, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxac111
PMID:36480318
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研究论文 | 研究探讨了汉坦病毒（HTNV）感染对HFRS患者CD8+MAIT细胞的影响 | 首次鉴定了MAIT细胞的基因表达谱，并揭示了HTNV感染期间MAIT细胞激活的分子机制 | NA | 探索HTNV感染期间MAIT细胞的作用和表型 | HFRS患者的CD8+MAIT细胞 | NA | 出血热伴肾综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据 | HFRS患者的CD8+MAIT细胞 |
| 19405 | 2024-08-05 |
TNFα/TNFR1 signal induces excessive senescence of decidua stromal cells in recurrent pregnancy loss
2023-02, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2022.103776
PMID:36495656
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研究论文 | 本文研究了肿瘤坏死因子α（TNFα）在复发性妊娠损失（RPL）中的作用，尤其是它如何诱导决策基质细胞的过度衰老。 | 本文揭示了TNFα/TNFR1信号通路在RPL患者子宫内膜决策细胞中的作用及其机制，这是以前未被探讨的。 | 目前的研究可能未涵盖所有影响决策细胞衰老的因素，且样本量相对较小。 | 研究TNFα如何通过TNFR1信号通路诱导RPL患者决策细胞的过度衰老。 | 研究对象为复发性妊娠损失患者的决策细胞及正常对照组细胞。 | 数字病理学 | 复发性妊娠损失 | 单细胞测序 | 体外决策化模型 | 细胞 | 6个复发性妊娠损失样本和5个正常对照样本 |
| 19406 | 2024-08-05 |
Genetics in non-alcoholic fatty liver disease: The role of risk alleles through the lens of immune response
2023-02, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2022.0318
PMID:36472053
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综述 | 这篇文章从免疫系统的视角总结了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和非酒精性脂肪性肝炎（NASH）的遗传学最新进展 | 强调了基因组技术的新应用，包括单细胞测序和基因表达遗传学，以阐明NAFLD/NASH风险等位基因在调节免疫系统细胞中的潜在作用 | NA | 研究NAFLD和NASH相关风险变异在调节免疫驱动的肝病严重性中的潜在作用 | NAFLD和NASH的遗传学及其与免疫反应的关系 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 19407 | 2024-08-05 |
Tissue RNA Integrity in Visium Spatial Protocol (Fresh Frozen Samples)
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_8
PMID:36495450
|
研究论文 | 本文描述了在新鲜冷冻组织上应用Visium空间转录组协议的关键步骤 | 提出了在不需要专门仪器的情况下，如何有效处理新鲜冷冻组织以获得空间转录组数据 | 未提及样本量以及对结果的具体应用限制 | 阐明如何处理新鲜冷冻组织以保持组织形态学质量和mRNA转录本的完整性 | 新鲜冷冻组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19408 | 2024-08-05 |
Practical Considerations for Complex Tissue Dissociation for Single-Cell Transcriptomics
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_19
PMID:36495461
|
研究论文 | 本文探讨了复杂组织解离以进行单细胞转录组学的实践考虑 | 提供了关于组织处理工作流程的关键方面的详细讨论，强调了组织质量检查的重要性 | 讨论了组织冷冻保存的潜在限制 | 建立高效的组织处理方案以实现单细胞RNA测序 | 复杂组织的处理和解离 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 19409 | 2024-08-05 |
A MATQ-seq-Based Protocol for Single-Cell RNA-seq in Bacteria
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_4
PMID:36495446
|
研究论文 | 本文描述了一种基于MATQ-seq的单细胞RNA-seq实验流程，用于细菌的研究 | 开发了一种针对细菌的单细胞RNA-seq协议，为研究表型异质性提供了新的方法 | 未提及具体的局限性 | 研究细菌在不同环境中表型异质性的转录组特征 | 主要研究了两种人类病原体：沙门氏菌和铜绿色假单胞菌 | 数码病理学 | NA | MATQ-seq | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 19410 | 2024-08-05 |
Plant Single-Cell/Nucleus RNA-seq Workflow
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_6
PMID:36495448
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研究论文 | 本章提供了植物单细胞RNA测序工作流程的关键信息和实验设计的重要步骤 | 介绍了植物单细胞转录组技术在不同物种和器官的应用，以及其对植物细胞生物功能的解码潜力 | 缺乏针对特定植物细胞和环境应激响应的具体案例研究 | 探索植物单细胞转录组技术的应用及其对植物细胞功能的揭示 | 不同器官和不同物种的植物细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 19411 | 2024-08-05 |
Full-Length Single-Cell RNA-Sequencing with FLASH-seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_5
PMID:36495447
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研究论文 | 本文开发了一种新的全长单细胞RNA测序方法FLASH-seq，能够检测更多基因，并具有较低的操作时间和较强的定制潜力 | FLASH-seq显著提高了基因检测数量，优化了操作流程，并引入了分子识别技术以减少伪影 | FLASH-seq的某些变体仍然不使用独特的分子标识符，这可能限制某些分析的精确度 | 研究开发高效且灵敏的全长单细胞RNA测序技术 | 研究对象为全长单细胞RNA的测序过程及其变体 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | NA | NA |
| 19412 | 2024-08-05 |
Using "Galaxy-rCASC": A Public Galaxy Instance for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_16
PMID:36495458
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研究论文 | rCASC是一个模块化的工作流，为单细胞RNA-seq数据分析提供集成环境 | 将rCASC集成到Galaxy平台，使其可以通过图形用户界面使用，并重构功能以实现与R包的独立性 | 无法在远程服务器上使用Java前端，限制了其应用场景 | 为单细胞RNA-seq数据分析提供一个功能齐全的工具 | rCASC工具及其在Galaxy平台上的实现 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA |
| 19413 | 2024-08-05 |
BD Rhapsody™ Single-Cell Analysis System Workflow: From Sample to Multimodal Single-Cell Sequencing Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_2
PMID:36495444
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研究论文 | 介绍了BD Rhapsody™单细胞分析系统的工作流程与数据处理 | 展示了使用BD Rhapsody™系统捕获多模态单细胞信息的创新方法 | 未提及相关的局限性 | 旨在提高对复杂生物系统的理解，特别是在单细胞测序方面 | 单细胞及其多模态信息 | 数字病理学 | 肿瘤学 | 下一代测序 (NGS) | NA | 单细胞测序数据 | 涉及数千个单细胞的样本 |
| 19414 | 2024-08-08 |
Functional-Feature-Based Data Reduction Using Sparsely Connected Autoencoders
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_11
PMID:36495453
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研究论文 | 本文介绍了一种基于功能特征的数据降维方法，使用稀疏连接的自编码器来改善细胞聚类与其基础细胞生物学之间的联系 | 提出了一种基于功能特征驱动的数据降维方法，以更好地连接细胞聚类与其基础细胞生物学 | NA | 改善单细胞RNA测序数据中细胞聚类与基础生物学之间的联系 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 文本 | NA |
| 19415 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNAseq Clustering
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_12
PMID:36495454
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研究论文 | 本文介绍了如何使用多种聚类工具对单细胞RNA测序转录组数据进行聚类分析 | NA | 本文提到了聚类过程中存在的一些限制 | 探讨单细胞RNA测序数据中细胞亚群组织的识别 | 单细胞RNA测序转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类工具 | 转录组数据 | 大量单个细胞 |
| 19416 | 2024-08-08 |
A Guide to Trajectory Inference and RNA Velocity
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_14
PMID:36495456
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研究论文 | 本文讨论了轨迹推断和RNA速度的概念和理论方面，并展示了如何将这两种方法结合使用，以及在真实数据上的应用案例 | 本文结合了轨迹推断和RNA速度方法，利用未剪接和剪接的mRNA丰度来推断单个细胞的RNA速度 | NA | 探讨从单细胞RNA测序数据中研究细胞动态过程的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞动态过程，如细胞分化、细胞周期和细胞（去）激活 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19417 | 2024-08-08 |
Integration of scATAC-Seq with scRNA-Seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_15
PMID:36495457
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）与单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-Seq）数据的整合分析方法 | 本文首次聚焦于scRNA-Seq与scATAC-Seq数据的结合，以进行人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性的综合分析 | NA | 研究目的是整合多组学数据，以更好地理解细胞异质性和复杂细胞群体的发现 | 研究对象是人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq, scATAC-Seq | NA | 转录组数据, 染色质可及性数据 | NA |
| 19418 | 2024-08-08 |
Bringing Cell Subpopulation Discovery on a Cloud-HPC Using rCASC and StreamFlow
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_17
PMID:36495459
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研究论文 | 本文介绍了如何利用rCASC和StreamFlow框架在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法 | 本文引入了新的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，结合大规模高通量测序，能够在前所未有的分辨率下评估细胞群体和生物系统的基本生物学特性 | NA | 探讨如何在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法 | 单细胞RNA测序数据和细胞亚群发现算法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | 每次运行可分析数千个细胞 |
| 19419 | 2024-08-08 |
Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening
2022-12-20, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d2lc00888b
PMID:36477690
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研究论文 | 本文介绍了一种基于光学镊子辅助的池筛选和单细胞分离（OPSI）系统，用于精确、索引式地分离单个细菌、酵母或人癌细胞 | 该系统通过微流控芯片实现可控的静态流场，利用明场、荧光或拉曼成像精确筛选1至40微米大小的细胞，并通过1064 nm光学镊子捕获目标细胞，实现高纯度和高速度的单细胞分离 | NA | 开发一种通用的单细胞分离、培养和测序方法，适用于不同大小的细胞 | 细菌、酵母和人癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | 图像 | 1至40微米大小的细胞 |
| 19420 | 2024-08-08 |
Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas
2022-12-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35262-w
PMID:36496409
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研究论文 | 本文研究了线粒体功能障碍如何通过ALK5-SMAD2信号通路诱导小鼠视网膜血管发育迟缓和动静脉畸形 | 揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸形的新机制 | NA | 探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制 | 小鼠视网膜血管发育 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三种突变小鼠的视网膜内皮细胞 |